2GBZA

The crystal structure of xc847 from xanthomonas campestris: a 3-5 oligoribonuclease of dnaq fold family with a novel opposingly-shifted helix
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
NDRLIWIDLEMTGLDTDRDSIIEIATIVTDAQLNVLAEGPELAIAHSLETLEAMDEWNRNQHRRSGLWQRVLDSQVTHAQAEAQTVAFLGEWIRAGASPMCGNSICQDRRFLHRQMSRLERYFHYRNLDVSTIKELARRWAPAVASGFAKSSAHTALSDVRDSIDELRHYRQFMGTLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title The crystal structure of XC847 from Xanthomonas campestris: a 3'-5' oligoribonuclease of DnaQ fold family with a novel opposingly shifted helix
pubmed doi rcsb
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
total genus 61
structure length 179
sequence length 179
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2gbzA00
3HPOA 4FJHA 3QLHA 4GW6A 1IKWA 3DRRA 4CGJA 2AJQA 4CJKA 4RW6A 1NKCA 3SUQA 3SV3A 1HNIA 2YNFA 3M8SA 1QSLA 3SV4A 2KZMA 3KLHA 4CK3A 1DTTA 4N76A 4DFJA 3AVMA 1C1AA 2Z1HA 4ELTA 3V9XA 4K8ZA 2PZSA 5CZ2A 3OYLA 2YNIA 3O3HA 4KTWA 1ZBLA 5HRPA 3OYGA 4HHTA 1NKBA 3HVTA 4CERA 3VN5A 3F73A 4CHZA 4FZXC 1KFDA 1RT7A 3AVKA 3P1GA 4O0JA 4M3YA 2KQ2A 3RMCA 3KK1A 4MQ3A 2OPQA 2BDPA 4W5QA 2OPSA 4JRQA 3RMDA 4GVMA 1KLNA 4DU4A 1UOCA 1VSHA 3LP2A 2D0AA 4IFVA 3SNNA 4DSIA 2PYLA 3NGZA 3OYIA 5HLFA 4CGDA 4CGIA 1JLBA 1X9WA 1QSSA 2G8IA 3O4NA 3OYMA 1S1WA 1CZ9A 3DRSA 4CF0A 3PO5A 3JYTA 1XHZA 1FKPA 4C8MA 4CGFA 4M42A 3DOKA 4KHSA 3IS9A 4DU1A 1NJWA 5SWMA 3BDPA 3K5NA 5J2NA 2VG5A 4UQGA 3U3GA 1QS4A 3AVHA 3OYJA 1SKRA 3HSTB 4DTNA 4MFBA 1VSJA 4KREA 5HBMA 2YHAA 4E7IA 3QNOA 1WAJA 1IG9A 3ZSWA 4KRFA 4FLVA 3CM5A 4DQRA 1TKDA 1RBSA 3OJSA 2ETJA 4FJ5A 4M3TA 3ZT2A 1UA0A 4CJSA 2RPIA 3HP6A 1ZBUA 3ULDA 3MXMA 1QE1A 4CEAA 2Y1IA 1XC9A 1VSFA 1RCHA 4DLGA 4DSKA 3OVNA 4B3OA 1BIUA 2OYQA 4ID1A 3VQDA 4CF1A 4YFUA 3L2VA 4FXDA 3EYZA 2G8HA 2KZZA 4FLWA 1LV5A 3HP9A 4CF9A 3CYMA 3L3VA 1T7PA 4DTRA 4KI6A 3I0SA 4CEZA 1WN7A 4DSEA 3CG7A 2YNGA 4FW2A 2G8UA 2FBTA 2Z1JA 4KTQA 4PY5A 3S3OA 4ICLA 4Z0UA 3KJVA 4DF4A 2JLEA 4JLHA 4H4OA 3T3FA 4TSXA 3TAEA 1QHTA 4C8LA 2D0CA 2P51A 4DSFA 2EHGA 2XY7A 1Q9YA 2G8KA 2YHBA 1SKSA 3DOLA 1NOYA 1J54A 2A1SA 3PUFA 4AHCA 3AVBA 5DMRA 1NK8A 1BI4B 1S9GA 4KFBA 2IC3A 3B6PA 1RTIA 3HT3A 1N5YA 4W5NA 3LDSA 4CJFA 2KFZA 4NYNA 4EP4A 3P83D 4E7LA 1VSLA 3QETA 3ZT3A 1Z26A 3TAMA 4AHTA 3DLRA 4HUGA 2E6LA 3QIOA 4CJEA 4R5PA 1X9MA 3RR7A 1KVBA 4G1QA 3LAMA 1YTUA 3H08A 2Z1GA 5J2MA 3KKSA 1BL3A 4EZ6A 1EXQA 3SUNA 2F8TA 4PUOA 3DLGA 1U48A 4FZYA 3AA5X 4DG1A 2NUBA 1JL1A 2OPRA 4DTPA 2G8VA 3SZ2A 1B92A 1RT1A 3KLEA 3B6OA 2OPPA 4OKEA 4CJTA 4JRPA 1G15A 4Z4HA 3VA3A 3NF6A 3KK2A 2P1JA 4OLBA 1RT5A 2FBXA 4CJLA 4KO0A 3AA2A 3OYNA 2KTQA 1ITGA 1JLQA 1S5JA 4NCGA 3VQ8A 2ITGA 4KPYA 1IKXA 2O4IA 4RG8A 1HJRA 4QCLA 4FJ7A 5HROA 2HVIA 5CYMA 4B9LA 4OJRA 3IG1A 4XIUA 3OYHA 4FCYA 2HHWA 4FZZA 3CM6A 4FLUA 1UWBA 4QAGA 3LALA 3RR8A 3SQ0A 3S3NA 1KVCA 3QO9A 1U4BA 1JKHA 1RBUA 3EZ5A 4DLEA 1WSIA 2YKMA 4E19A 1KTQA 4JS4A 2VG7A 4BDZA 3S3MA 4F3TA 4DU3A 1QTMA 1X9SA 4FK4A 4H8KA 3AVFA 3ZCMA 4W5TA 3K5MA 1TK0A 3K5OA 3I0RA 4C8NA 1JL2A 2HNZA 4PWDA 3ZT0A 1TK5A 3C6TA 3MEGA 1YVUA 3KLIA 3DI6A 1RTJA 2X74A 5KGWA 4CJ3A 2BANA 4CJ5A 1NK6A 1RDDA 3G0ZA 3I8DA 3HPGA 3MAQA 1S6PA 1SL1A 1Q8IA 4E7KA 4DS5A 2YV0X 3AVNA 3V1OA 4EP5A 4F2RA 3SI6A 4FLZA 1TVRA 2WOMA 2YKNA 5FRNA 4OKKA 1BQNA 3UIQA 4OKJA 4CEDA 4HTUA 4IBNA 5CY4A 1ASWA 3T1AA 5KGXA 3TANA 4PA1A 2RN2A 3HK2A 1IO2A 1IKYA 3F9KA 3NAEA 4CEFA 4CHYA 3AO5A 4I2PA 2Y1JA 3AVLA 4CEBA 1RDCA 2DFHA 1LW2A 3NH0A 4DSJA 1HYSA 3QIPA 3L2QA 5FROA 2E6MA 3ZT4A 3D0PA 2DTUA 4LSNA 4CJUA 3IAYA 3SPYA 5JS2A 4AHVA 1KVAA 4J2AA 4KI4A 4CE9A 1NK4A 3VQCA 4CJ4A 4I7FA 4IG3A 3HVRA 2DFFA 5SZTA 1SKWA 4FJMA 3HXMA 1Z25A 1VSIA 4K8XA 4CFBA 4CEOA 3CFRA 4M3RA 1EX4A 1KLMA 5CZ1A 2HNYA 3LP0A 4CEEA 3OS1A 3OYCA 3PX0A 2PYJA 1HMVA 1WSGA 1RT3A 3L3UA 3QNNA 2FC0A 3M8RA 4DQQA 1A5XA 1I39A 4Z4IA 3C94A 1S9EA 1B9DA 1TV6A 2WONA 3QINA 2OZSA 2HHSA 3K58A 3OS2A 4FJKA 4FJLA 3MEDA 5K14A 3V9SA 2X6SA 4W5OA 3SJJA 1RT2A 2QXFA 4OGEA 4HUEA 5I3UA 2A1RA 1L3VA 4KHUA 2D5RA 1JLAA 3DLBA 1DTQA 5FDLA 3K5LA 4N5SA 3V9WA 4HVJA 1TGOA 1CXQA 1TKZA 1JLCA 2VWKA 2IOCA 1C0UA 4O44A 4N56A 2R7YA 1NK0A 4NCAA 1WSEA 4WE1A 2FBVA 3HL8A 4B8AB 4CHOA 4CJWA 3OJUA 3OYEA 4JS5A 4RW7A 4BWMA 3KKRA 1BHLA 3C6UA 4OVLA 3VQAA 4GMJB 4CGGA 2HHUA 4DTSA 3L2RA 3CQ8A 4ZTFA 1VSMA 3RRHA 3QEIA 1NJYA 1U47A 4AHRA 4NYFA 4M41A 5CYQA 1CZBA 4Y1CA 3PX4A 1L3SA 2OZMA 4Z4CA 2VG6A 3ZSOA 1UAXA 3LPTA 1NJZA 1QSYA 1W0HA 5C42A 1TKXA 4B9MA 2LSNA 1BCOA 1EP4A 3NCIA 4Z4EA 4B8CA 1U45A 3U6FA 3AVGA 3RRGA 3VQBA 4LH5A 4PQUA 1VSEA 3OY9A 5D3GA 4E1NA 1CXUA 4FM1A 5HRSA 3PX6A 1IKVA 3M8QA 4M3XA 4DTJA 3SQ4A 4YNQA 3V9UA 3ISNC 3ZSQA 4CIGA 1BIZA 5JS1A 1Q9XA 4O0IA 2P5OA 4OLAA 3LP1A 4HCCA 4H4MA 3WNFA 3CFOA 4CK1A 1RNHA 2ZQBA 1VK0A 1S1TA 3SQ1A 4QOZB 1VSDA 5HRRA 4BE2A 3HPHA 3L2UA 1GOCA 3ASMA 3DMJA 3LANA 4Y1DA 3O3GA 3TWHA 1HYZA 4O5BA 1FKOA 4BWJA 4I2QA 1TK8A 4E0DA 2IAJA 4RW9A 4IKFA 1RT4A 1XHXA 2BE2A 2XO7A 1HYVA 1TAQA 4IFYA 4CFDA 3OYAA 2KW4A 3TAFA 3MXIA 5FRMA 5DK5A 1C0TA 1VSKA 4FM0A 3NH2A 1L3TA 1ZBIA 4Z4GA 1QQCA 4FJGA 3P5JA 3V81A 5C25A 1S1VA 1X1PA 3V9ZA 1CLQA 3C95A 2RF2A 4KHNA 2YNHA 4CGHA 4CEQA 3NH1A 4J2EA 4L8RB 1BGXT 1A5WA 1W9HA 4Q0BA 3AO2A 4LD0A 4KTZA 4Z4FA 2G8WA 3OYFA 3SCXA 1ZBHA 3HJFA 4CIFA 1J53A 4KV8A 4CJRA 4W5RA 3HYFA 2P5GA 2VWJA 1S1UA 2X6NA 3AV9A 1RBTA 4AHUA 4E1MA 1LW0A 3VQ4A 4DFPA 1NOZA 2BGGA 3WNHA 3PV8A 1WAFA 3HO1A 3VQ5A 3K59A 2QKKA 2QK9A 3NF8A 1LWEA 3RMBA 4F2SA 4N41A 3NE6A 1DLOA 4KAZA 4AILC 3SQ2A 4Q5VA 4C8KA 2GBZA 2HVHA 4E3SA 1FXXA 1SUQA 3KD5E 4CIEA 4KKOA 3WNEA 3DM2A 1D8YA 3VQ6A 3ZSVA 3CFPA 1JLEA 2G8FA 5KI6A 4J2DA 3DYAA 3V1QA 1N6QA 3NF7A 4BE0A 2HHTA 3AVAA 4DTOA 3U3YA 3LWLA 4IG0A 1LAVA 2B5JA 4CHNA 4BDYA 1NKEA 1RDBA 4I9LA 4CHPA 3TABA 4FVMA 4FYDA 2X78A 1RT6A 1S6QA 1VRTA 4AH9A 1VRUA 2RKIA 4FW1A 4F8RA 4CFCA 3LZJA 2ZE2A 4CF2A 5T7BA 2E4LA 3NFAA 4CCHA 2ZD1A 4M3WA 3LPUA 4FLXA 3K57A 1REVA 4CK2A 1HQUA 1BI4A 1J5OA 3AA3A 4ZHRA 4HCBA 3NHGA 1B9FA 5J1EA 2D0BA 1R0AA 1T03A 1MU2A 5J2PA 5J2QA 1HNVA 3SUPA 1ZYQA 4DTUA 2HHVA 1ASVA 1NJXA 3THVA 4FK2A 3DLEA 3QERA 2HHQA 1RTHA 1BQMA 4AHSA 5KTQA 2I5JA 4M3UA 2DFEA 2FBYA 5HRNA 5EU7A 1JXBA 1TL1A 4BDPA 3ALYA 4FJ8A 4DS4A 1BCMA 1EETA 1D5AA 3T19A 1WLJA 1NK7A 4DQIA 4M45A 4F4KA 1LWCA 1T8EA 2F96A 1SL2A 2W42A 4CECA 2EX3A 5KRTA 5E41A 4DTXA 1JLGA 3O3FA 2XHBA 2OA8A 3NF9A 3TR8A 2F8SA 4FJIA 3VQQA 1KFSA 3OYDA 1YTAA 3AVCA 1D9DA 4CJVA 3PO4A 3VQ7A 3OS0A 4DQPA 1TL3A 2HB5A 3K2PA 4CF8A 3V4IA 4LSLA 3RTVA 3TAQA 4BE1A 2XY5A 4B9VA 4J2BA 4B9SA 2B6AA 4B08A 3AO1A 2XY8A 4DFMA 3QEPA 1HPZA 1L5UA 1WNSA 3DLHA 3G10A 3KIOA 3NGYA 3VA0A 1RBRA 4E7HA 3KLFA 3QEVA 3PY8A 1LWFA 1NK5A 3LWMA 1RTDA 3AA4A 2ATQA 3VQPA 3LP3A 2B4JA 4OPJA 2Q3SA 3AVIA 2PY5A 1K6YA 1C6VA 1FK9A 4RW4A 2Z1IA 1UA1A 3AO3A 1EKEA 1O1WA 2XY6A 1NK9A 3SPZA 1A5VA 4DTMA 3KLGA 1TKTA 4FLYA 3V1RA 2IGIA 3MEEA 4BACA 3VQ9A 3QEWA 1T05A 1RDAA 4B9TA 4CJPA 4FM2A 1XWLA 4DF8A 3WNGA 4LY7A 3DLKA 3VQEA 1ZBFA 3QEXA 4M3ZA 1F21A 3ITHA 5KRSA 4F3OA 2KFNA 2IS3A 3KD1E 4ELVA 1C0MA 1BISA 3E01A 4ID5A 1GOAA 4KHWA 3M8PA 1KRPA 1RBVA 3ZSXA 4DSLA 2XRIA 3SUOA 4OGCA 3LZIA 1KCFA 3S9HA 2IDOA 3NGIA 4HUFA 1KSPA 4EZ9A 1S1XA 3ZSZA 2O4GA 3KK3A 5I42A 2QKBA 1C1BA 4I9QA 3MECA 1HQEA 4KHQA 4LH4A 3ZSRA 1I3AA 4E7JA 3V6DA 3HM9A 1IH7A 1YT3A 1Y97A 4ELUA 4KB0A 1U04A 3RWUA 1U49A 3KTQA 4FJ9A 3IRXA 3MXJA 4N47A 3TAGA 4B9UA 4E89A 1RILA 4KB1A 4NCBA 3NBPA 3SYZA 3AO4A 1HRHA 4O4GA 4KHYA 3FFIA 4FK0A 4FJJA 3A2FA 3EY1A 4DQSA 1GOBA 3AVJA 3JSMA 2HW3A 4OPKA 5HP1A 1LAWA 4C8OA 2HHXA 1TAUA 3O4QA 3OYBA 3TARA 4DFKA 1D9FA 2JGUA 1JXEA 4O55A 3ZT1A 2GV9A 1SL0A 2HNDA 5C24A 3L8BA 4FLTA 3QESA 3TAPA 2GUIA 4CFAA 3TI0A 4ZTJA 4FJXA 3RMAA 4B9NA 3L2WA 1XI1A 4CESA 1WSHA 1L3UA 3ZSYA 1ASUA 3DRPA 1WSFA 2HMIA 3BGRA 4DWIA 3NDKA 4CJQA 1C1CA 1WSJA 3OYKA 1JLFA 4CHQA 1J9AA 4RW8A 4IDKA 3LAKA 4DMNA 2DY4A 3D45A 4FJNA 1SV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J8AA 1MWKA 3H45C 3QLHA 4XH1A 2VCPA 1DT9A 2YNFA 1E4FT 2F9TA 3SAFA 2D4WA 3IKMA 5CZ2A 2YNIA 3ID8A 4KTWA 5HRPA 3HVTA 2QWNA 2A3ZA 3VEZA 3T1HK 2AP1A 1KAZA 2P9SA 2KQ2A 5EY4A 3KK1A 3DXMB 3CI5A 2BDPA 3RMDA 3JAMO 1IBLK 2F4VK 3OYIA 1X9WA 1QSSA 1HUXA 4CF0A 1CZAN 3QMLA 4C8MA 2P9UB 3DOKA 4JKEA 4DU1A 3H1VX 3BDPA 5AZIB 5JVGL 4A62A 2VG5A 3AVHA 1SKRA 3O08A 1WAJA 1ILYA 1ZBSA 1MA9B 3OJSA 1K73O 4CJSA 3HP6A 3I8BA 1QE1A 4K43A 1HR0K 4DLGA 4DSKA 4CF1A 3HP9A 4CF9A 4PL7A 1OVQA 3VERA 4DSEA 3VETA 3LM9A 3ZX3A 4FW2A 4PKIA 2Z1JA 4KTQA 4PY5A 1WOQA 2OTLN 4Z0UA 3AGRA 3A5OC 4JLHA 5F2RA 4TSXA 3TAEA 2D0CA 2P51A 1SKSA 2Q2RA 1J54A 2A1SA 3MN6A 4AHCA 3AVBA 1NGHA 1S9GA 4YOTA 1RTIA 5AZJB 1NGCA 3QETA 3TAMA 4AHTA 2QI2A 1KVBA 3G25A 3LAMA 3H08A 5J2MA 1BL3A 3R9PA 1Q18A 4BG8A 3O8MA 4PUOA 2OPRA 2O8FA 5JMVA 5JLHA 1ZC6A 4OKEA 4CJTA 4JRPA 4DV3K 4Z4HA 3KK2A 3HM8A 4KO0A 1IBKK 5HOOA 1ITGA 4CD3A 4NLBA 4X66K 4QCLA 1V4TA 3CM6A 3L6QA 3LALA 1QVFM 1KVCA 3QO9A 3EZ5A 4BGAA 5AQYA 2YKMA 1KTQA 2VG7A 4BDZA 2O8CA 3FGUA 1NLVA 4W5TA 2HNZA 1QZ5A 4H0VB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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