The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
165
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structure length |
165
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Chain Sequence |
ALVEDNNAVAVSFSEEQEALVLKSWAILKKDSANIALRFWLKIFEVAPSASQMFSFLRNSDVPLEKNPKLKTHAMSVFVMTCEAAAQLRKAGKVTVRDTTLKRLGATHLKYGVGDAHFEVVKFALLDTIKEEVPADMWSPAMKSAWSEAYDHLVAAIKQEMKPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| molecule keywords |
Non-symbiotic hemoglobin 1
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| publication title |
Role of phenylalanine B10 in plant nonsymbiotic hemoglobins.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Oryza sativa
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| total genus |
53
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| structure length |
165
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| sequence length |
165
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CIU A; 1DXU B; 2V1I A; 4L2M A; 1YEV B; 2DN3 B; 3E55 A; 3M39 A; 1GDK A; 2LH2 A; 1GBU A; 2DHB A; 4KN3 A; 1CH7 A; 1Y0T B; 2ZLT A; 108M A; 1B86 A; 1MLF A; 3IC0 B; 4MPM A; 1XQ5 A; 5EE4 D; 1LA6 B; 3CY5 A; 2D2M D; 4F6B A; 1Y8K B; 3E5O A; 5HY8 A; 1V4W B; 4PQB A; 1U7S A; 1RQ3 A; 1HBR B; 1MGN A; 1LFQ A; 3UHK A; 1DO4 A; 1DXC A; 1A6N A; 2G14 A; 1DUK A; 2MYB A; 1CO9 A; 3QMA A; 2ZST A; 3CIU B; 3UHZ A; 1YFF B; 1AZI A; 3M3A A; 1H1X A; 2H8D A; 1DWR A; 1GBU B; 2DHB B; 5F0B A; 103M A; 4JAC A; 1DM1 A; 3ZJM A; 3UGZ A; 2ZLT B; 2SPN A; 2PEG A; 1A9W A; 5JOM A; 2XYK A; 2ZSN A; 3NMM A; 1ABY A; 1MKO A; 1OJ6 A; 5EOH A; 1XQ5 B; 1CMY A; 3LB2 A; 1O16 A; 4H2L A; 1Z8U B; 1VXE A; 2Z8A A; 5HY8 B; 1UC3 A; 1YVQ A; 3WCV B; 1N9I A; 1RQ3 B; 2D60 A; 3ZOM A; 1G0A A; 1DO7 A; 5EE4 C; 5JDO F; 4N7P B; 2JHO A; 1BZ1 A; 3HEN A; 2D2M C; 3AQ7 A; 2OLP A; 2DXM A; 2Z6T A; 2WY4 A; 1MLO A; 4NI0 A; 1J3Z B; 1LFY A; 3PIA A; 1LFL A; 2HBF A; 1R1Y A; 1A6K A; 4PNJ A; 1MOD A; 2H8D B; 1MYJ A; 1CH5 A; 1Y8I A; 2QSS A; 2OHA A; 1Y83 A; 3O89 A; 4QAU A; 1UIW A; 3WCP B; 1VXF A; 1MLG A; 2PEG B; 1MNK A; 3PI3 A; 4MQJ A; 3NMM B; 1NPF A; 1RTX A; 4WCH D; 1ABY B; 1XCH A; 1CMY B; 2H35 A; 5CN5 A; 4H2L B; 3RGK A; 1CH2 A; 1YVQ B; 1HV4 A; 2D60 B; 1G0A B; 1Y09 A; 3SDH A; 1BZ1 B; 1C7B B; 2LH5 A; 4MXL A; 2DXM B; 4NI0 B; 1LFY B; 1O1O A; 3PIA B; 1DKE A; 1LHT A; 1CH3 A; 1LFL B; 1JEB A; 1R1Y B; 1N9F A; 4G51 A; 3WCW D; 1MOC A; 1YMA A; 1Y8I B; 2QSS B; 6HBI A; 1JL6 A; 1Y83 B; 3MKB A; 5EU2 A; 1CP0 A; 1UIW B; 2W6X A; 4LPI A; 4MQJ B; 5JGG A; 1YMC A; 3V2V A; 3E5I A; 2WTG A; 2H35 B; 4MXK A; 3D7O A; 1Y4R A; 1N9X A; 3WCU D; 1HV4 B; 1NS9 A; 2ZFO D; 2MGF A; 1Y09 B; 2QFK A; 1RPS A; 1LFT B; 1MBI A; 2BW9 M; 5CNC A; 1GZX A; 3TM9 A; 1UVX A; 1O1O B; 1DKE B; 3D1A B; 1JEB B; 3ONZ A; 3NML A; 3S65 A; 1Y5F A; 4G51 B; 3AQ9 A; 5HBI A; 1MWD A; 1IRD A; 3PEL A; 1YOG A; 5C6Y A; 1SI4 A; 4FC3 A; 3UHS A; 1A0U B; 2HBE A; 3WCW C; 3KUO A; 1Y0D A; 2GRZ A; 1S56 A; 3A59 A; 1LJW A; 4TWU A; 5JGG B; 5AB8 A; 2VYY A; 3IC2 A; 4ILZ A; 5CN6 A; 1BVD A; 1YE0 A; 3G4Q A; 3D7O B; 1GCV B; 1OR6 A; 1Y4R B; 1HGC A; 4HRR A; 1NS9 B; 4H0B A; 3QM5 A; 3WCV D; 6HBW A; 1MYH A; 1RPS B; 2EVK A; 5CNB A; 3QJB A; 1F63 A; 1GJN A; 1GZX B; 1MLN A; 3WCU C; 2ZFO C; 3G4Y A; 1SDL A; 3ONZ B; 3S65 B; 1Y5F B; 2NSS A; 3PI8 A; 1HLB A; 1IRD B; 3PEL B; 2QU0 B; 1SI4 B; 2HBE B; 1Y0D B; 4HHB A; 3A59 B; 1LJW B; 1IBE A; 3IC2 B; 1YH9 A; 1YE0 B; 2Z6N A; 3ZJR A; 3ZJJ A; 1HGC B; 1UX9 A; 4NXA A; 4HRR B; 2HHD A; 3S48 C; 1SHR A; 1JF3 A; 1VRF A; 2R50 A; 4MU5 A; 1EWA A; 6HBW B; 1A6M A; 2O5M X; 3QJB B; 5CHR A; 1Y0W A; 1LFV A; 1SDL B; 1CH9 A; 2W6V A; 3PI8 B; 2HBC B; 2D6C A; 1DXV B; 1YEQ B; 4PQC A; 2HHB A; 3PI2 A; 3ARK A; 1MYT A; 2HCO A; 1V07 A; 3AQ5 A; 1ECO A; 3RJN B; 1YH9 B; 1Y85 A; 1CG5 A; 1UFP A; 2O5Q X; 2EB8 A; 1A9W E; 3UHC A; 2Z6N B; 4U8U D; 2MGL A; 4ESA A; 1YVT A; 2HHD B; 1SHR B; 1OUT A; 1A3N A; 1BZP A; 1CIK A; 1Y0W B; 1MCY A; 2MGC A; 3LR9 A; 3PI1 A; 2H8F A; 1VXH A; 2QSP A; 2W6V B; 3NFE B; 1XZ4 A; 5AZQ A; 4DWU A; 1JDO A; 2VLZ A; 3G4R A; 4G1B A; 1YE2 A; 1Y5J A; 1ECN A; 1A4F B; 3G4V A; 4FH6 A; 2HCO B; 1XY0 A; 1CG5 B; 1VWT A; 3UH3 A; 1LH2 A; 3H58 A; 1WVP A; 4ESA B; 1YVT B; 2AUP A; 3GDJ B; 1HAB A; 1OUT B; 2MGH A; 1A3N B; 1V5H A; 2GRH A; 4U8U C; 2R1H A; 2H8F B; 1F5O A; 3BOM A; 2GLN A; 3ZJP A; 2QSP B; 4VHB A; 1MNO A; 3VAU A; 1XZ4 B; 1KD2 A; 2ZLV A; 5EQM A; 1HBS A; 1J3Y A; 4N7N A; 3OO5 A; 1HLM A; 1JZM A; 1MLK A; 1YE2 B; 1Y5J B; 1FSX A; 1MOA A; 1CPW A; 1A00 A; 1VXA A; 2EVP A; 2BNL A; 2WTH A; 2ZSZ A; 1XY0 B; 1XZ2 A; 3BA2 A; 1VWT B; 3UH7 A; 3ODQ B; 3WFT A; 1S61 A; 2R4X A; 1MTJ A; 1G08 A; 3OJ1 A; 1QI8 A; 1BZR A; 2SPO A; 3OGB A; 2QLS A; 5KER A; 2O5O X; 4MQG A; 3LQD A; 1NAZ A; 2R1H B; 2MYE A; 4ROL A; 3BOM B; 1N9H A; 3NG6 A; 4DC7 A; 2G12 A; 1KD2 B; 1YEU A; 2ZLV B; 5CNG A; 1HBS B; 1J3Y B; 5B85 A; 2GDM A; 4N7N B; 1CQ2 A; 3OO5 B; 2EKT A; 1HBH B; 1G0B A; 1BUW A; 2ZLU A; 1FSX B; 3OK5 A; 1A00 B; 3G46 A; 2O5L X; 1YFF A; 1M9P A; 3GQG A; 1XZ2 B; 1KR7 A; 2GNV A; 1Y5K A; 3A5G A; 3ECX A; 2ZT3 A; 1G08 B; 1GCW A; 1QI8 B; 3UHH A; 1XXT A; 3NL7 A; 2QLS B; 5D5R A; 5KER B; 1HAC A; 2BMM A; 4MQG B; 3LQD B; 1A0Z A; 4ROL B; 2NSR A; 3GYS A; 3NG6 B; 1YIE B; 1S5X B; 1YEU B; 5ILE A; 2QFN A; 5CN4 A; 4MQK A; 4N7P A; 5EYJ A; 5EUI A; 1XYE A; 3V2Z A; 1DUO A; 1G0B B; 1BUW B; 3U3E A; 4U8U A; 1HHO A; 3A5A A; 2ZLU B; 1J3Z A; 3K3U A; 2ZT4 A; 3K9Z A; 1Y7D A; 1HRM A; 2PGH A; 3QM6 A; 1YCA A; 3ARL A; 1M9P B; 3GQG B; 1GDI A; 1FLP A; 1Y5K B; 3UBC A; 1U7R A; 1BJE A; 1GCW B; 3A9M A; 1HBG A; 1XXT B; 2V1E A; 2GL3 A; 3NL7 B; 1NXF A; 1LH5 A; 4NI1 A; 3UHQ A; 3WCP A; 1HAC B; 1A0Z B; 1PMB A; 2V1K A; 2FRK X; 110M A; 3GYS B; 3MJP A; 4F6J A; 4O35 A; 109M A; 3R5I B; 2MGA A; 2ZSS A; 1MLM A; 1Y7G A; 4MQK B; 3LHB A; 5EUI B; 1XYE B; 3PI9 B; 1C7B A; 1NZ4 A; 2VM0 A; 4U8U B; 3UHG A; 1LUE A; 1HHO B; 1NEJ A; 3ZJI A; 3MYN A; 1YIH A; 1JP9 A; 4UUR A; 1Y7D B; 2PGH B; 1XZ7 A; 1MLJ A; 2GRF A; 1EMY A; 3DHR A; 4YU3 A; 2BK9 A; 3S1J A; 3M3B A; 2EKU A; 1Y4Q A; 1I3D A; 1NS6 A; 3WTG B; 1Y0A A; 2ZS1 A; 4NI1 B; 4F68 A; 2W72 A; 1CG8 A; 1MLR A; 1X9F A; 2RI4 A; 4MQI A; 4MAX A; 3MJP B; 1YEN A; 2RAO A; 1LTW A; 1DXT A; 5CND A; 3S1I A; 1OBM A; 4F6D A; 4F4O A; 3ZOL A; 1Y8W A; 1Y7G B; 3FS4 A; 1HCO A; 1GVH A; 2EB9 A; 4ROM B; 1LFT A; 4JYQ A; 2MGG A; 1IWH A; 3ASE A; 1NEJ B; 4HSW A; 1IT3 A; 1IOP A; 1YIH B; 2HZ1 A; 3DHT A; 3D1A A; 1XZ7 B; 1A3O B; 4O2G A; 3DHR B; 4YU3 B; 1DTM A; 3UHR A; 4NK1 A; 3QJC A; 1S6A A; 3M38 A; 1LH7 A; 1Y4Q B; 2VYW A; 3WFX A; 1A0U A; 1NS6 B; 1Y0A B; 2ZS1 B; 1V4U A; 3WR1 A; 2W72 B; 3G52 A; 1CG8 B; 1X9F B; 2RI4 B; 2O5S X; 1OFK A; 2ZS0 B; 4MQI B; 1Q1F A; 1C7D A; 1YEN B; 2RAO B; 1DXT B; 1GCV A; 3QZX A; 3ZJO A; 4OOD A; 4F4O B; 3DR9 A; 1Y46 B; 1BZ6 A; 1Y8W B; 7HBI A; 3FS4 B; 4FWY A; 1HCO B; 112M A; 1IWH B; 1HJT A; 5KKK A; 1Y45 B; 1Y8H B; 1WLA A; 1JW8 A; 3DHT B; 2MGK A; 1Y35 A; 1V4X A; 4KMV A; 1ABS A; 1CO8 A; 3ORD A; 3VRE A; 1FHJ A; 2VEB A; 3ZJH A; 1XZU A; 3QJC B; 1RSE A; 4F6F A; 3B75 A; 2QU0 A; 2CMM A; 2BLI A; 1V75 A; 1V4U B; 3WR1 B; 4MBA A; 1SWM A; 3QZZ A; 4N8T A; 5F2A A; 1C7D B; 2ZSP A; 3PT7 B; 1JWN A; 1Y7C A; 3SZK A; 5JDO D; 3AT5 A; 2XKG A; 3QJD A; 1XZ5 A; 1QXD A; 3ED9 A; 3S66 A; 3BJ3 A; 1Y7Z A; 1JZL A; 5ILM A; 1I3E A; 1HDS B; 1RQA A; 4FWZ A; 5MBA A; 1J7W A; 1Y35 B; 1V4X B; 2BLH A; 3VRE B; 4NK2 A; 1FHJ B; 3KMF C; 3UHB A; 1SPG A; 2HBC A; 2G0S A; 1DXV A; 1XZU B; 1OR4 A; 2LH3 A; 1YEQ A; 3B75 B; 3BCQ A; 1LH6 A; 1UX8 A; 1YDZ A; 4F6I A; 1V75 B; 2V1J A; 2W6Y A; 2HBS A; 1VXG A; 3AG0 A; 2OHB A; 1QSI A; 4N8T B; 1NWI A; 4X0L B; 4TWV A; 4XS0 A; 5HLU A; 1Y7C B; 4H07 A; 1A01 B; 3SZK B; 3ZH0 A; 3AT5 B; 3QJD B; 1XZ5 B; 1QXD B; 1AJG A; 1CIO A; 3S66 B; 3BJ3 B; 3QM8 A; 1Y7Z B; 2MYD A; 5JDO C; 1RQA B; 1VHB A; 1J7W B; 1BZZ A; 1YHU B; 1FCS A; 2V1G A; 1SPE A; 3EU1 A; 5KDQ A; 3NFE A; 1YZI A; 3IXF A; 1SPG B; 2D2N A; 2FRJ X; 1IRC A; 4DWT A; 3BCQ B; 3OVU C; 1YDZ B; 4DC8 A; 1A4F A; 1ITH A; 3UBV A; 2HBS B; 1O1P A; 1QSI B; 3ZHW A; 4XS0 B; 2HZ3 A; 2GKN A; 3D17 A; 2D5X A; 3BJ2 A; 3GDJ A; 4G1V A; 3P5Q A; 2V1F A; 3HRW B; 1BZZ B; 1YG5 A; 3HYU A; 3EU1 B; 5KDQ B; 3LB3 A; 1YZI B; 2GTL A; 2D2N B; 1F65 A; 2O5B X; 1OUU A; 1EW6 A; 1ECA A; 1JY7 A; 2MGE A; 1EBT A; 1WMU A; 1GLI A; 3BJ1 A; 1MLS A; 3D1K A; 4GZG A; 1MYZ A; 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4YU4 A; 1YGF B; 2M6Z B; 1THB A; 2G0X A; 2D5Z B; 1O1K A; 1MOB A; 1J7Y B; 1MDN A; 2ZSO A; 1MBO A; 1RQ4 B; 3G53 A; 1ABW A; 3R5I A; 4HBI A; 2GKM A; 2W31 A; 4F6G A; 1BBB B; 2O58 X; 3HXN B; 2QRW A; 1FAW B; 2YRS A; 3PI9 A; 1GBV B; 3DUT B; 2NX0 A; 3MJU B; 1MWC A; 3QJE A; 1YEO B; 2V1H A; 2MGB A; 4M4A B; 4UIQ A; 2LH7 A; 4M4B B; 5E6E B; 2FAL A; 1B0B A; 1O1N B; 2VLX A; 1FN3 A; 2SPM A; 3EOK B; 1BZ0 A; 3AT6 B; 1COH A; 2NRM A; 1DLY A; 1XZV B; 1TU9 A; 1SDK B; 2LH6 A; 1UT0 A; 1JP6 A; 3WTG A; 1YHU D; 1Y0C A; 1DTI A; 4YU4 B; 2NRL A; 1JP8 A; 1THB B; 3WCT A; 2AA1 A; 1O1K B; 3PI4 A; 1S69 A; 2AUR A; 1RTE A; 2IG3 A; 1M6C A; 1ABW B; 1FDH G; 1CH4 A; 1NZ5 A; 3W4U A; 4PQ6 A; 1B86 B; 4ROM A; 5HU6 A; 3WHM A; 2YRS B; 1K1K A; 1GDJ A; 1QSH A; 1VXD A; 1K0Y A; 3QJE B; 5M3S A; 5EV5 A; 3CY5 B; 1CQX A; 1A3O A; 4ZVB A; 1Y2Z A; 1G09 A; 4IRO A; 1ECD A; 1LFQ B; 1FN3 B; 1BZ0 B; 1COH B; 5CNE A; 3VRG A; 1J41 A; 5CN7 A; 1Y4P A; 4SDH A; 3R0G A; 5E29 A; 1FSL A; 4TYX A; 1Y0C B; 2G3H A; 2ZT0 A; 2FRI X; 3WCT B; 2AA1 B; 1QPW A; 2D2N D; 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