The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
77
|
structure length |
77
|
Chain Sequence |
VQMDTEEVREFVGHLERFKELLREEVNSLSNHFHNLESWRDARRDKFSEVLDNLKSTFNEFDEAAQEQIAWLKERIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
hypothetical protein HP0062
|
| publication title |
Hypothetical protein HP0062 from Helicobacter pylori
rcsb |
| source organism |
Helicobacter pylori
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| total genus |
33
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HP0062-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J10 A; 4J42 A; 4W4L A; 3FX7 A; 4J7K A; 4IYI A; 4J41 A; 4J7J A; 2GTS A; 4IYH A; 4W4K A; 4KXR A; 4J11 A; 2G38 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4H13 B; 1TUB B; 4ZKI A; 3SPJ A; 3CC7 V; 5IJ0 A; 4CS4 A; 4BW5 A; 1NR1 A; 3TXQ A; 3U11 A; 3ASO C; 3H1I H; 4TOI A; 2PY5 A; 3FKS G; 2ZDI A; 2A06 H; 4FFK A; 1A32 A; 3F7V C; 3ABL B; 1GTO A; 4JI2 B; 4CH5 A; 1AB3 A; 5JVD A; 4H0L B; 5HFM A; 3SYP A; 1V55 B; 2ZE8 A; 4KHP O; 2Q0A A; 4X9Q A; 2RNB A; 3HKE A; 4JYB A; 2F4V B; 5BMV B; 1MSW D; 1N33 B; 3J7A U; 1LNQ A; 5FL7 G; 2QE7 G; 3ZHQ A; 1W0K G; 2YID A; 4DR3 B; 5LHH A; 5JJN B; 3B09 A; 3C90 A; 2KG7 B; 1F7Y A; 2O57 A; 4FLV A; 2UU9 B; 3MHS C; 3X2Q C; 1Q6I A; 4LF7 O; 5KUK A; 1FFX A; 4KP4 A; 3ICX A; 1VQP V; 3ZHV A; 1K4C C; 3OMI B; 5EBW C; 4JI7 O; 2DWD C; 5FNV A; 5FPR A; 1XMQ B; 1PL0 A; 5J2T B; 3OUF A; 5IY5 C; 4DV0 O; 3D3I A; 1BQZ A; 4MTF A; 1HW7 A; 3H1J H; 4ZOL A; 4FVM A; 4UXN A; 5LL6 Y; 4LF6 O; 2DQ0 A; 2QWO B; 3CJH A; 1AJQ A; 2BE3 A; 4O4J B; 4QJF B; 3DXR A; 2ADQ B; 1H2G A; 4J10 A; 4ZI7 B; 2JDI G; 1XRE A; 5DEC A; 4PDV A; 5BY1 A; 2QM4 A; 4RUF A; 4JZG A; 1YCI A; 2OWO A; 1B6Q A; 3BAB A; 2LFR A; 1ROP A; 4JI2 O; 3I56 V; 1HDJ A; 4IGG A; 1L8D A; 2AHY A; 5DM6 V; 3TK1 A; 1KB9 F; 3SDL A; 2V4D A; 3ZJZ A; 4EB6 B; 3FD9 A; 2F4V O; 3U0Z A; 4GYC B; 1PP9 H; 4XBF A; 1N33 O; 2GUZ B; 2X6C A; 2N74 A; 1SC5 B; 3OMA B; 3JCU Z; 4DR3 O; 3OTF A; 3J81 N; 4LBE C; 4LR3 A; 4QPK A; 3RYI A; 2ZR3 A; 4F4L A; 2UU9 O; 1GM9 A; 5IJ9 A; 2M6Y A; 4EKW A; 2BSK B; 3K5O A; 2QKA A; 4NYK A; 5TIS Z; 2WWW A; 1NZ6 A; 3ABK B; 4MTG A; 2ZNI A; 3WB0 A; 1E1R G; 4I4T A; 2W0X A; 1XMQ O; 3F5W C; 4GX1 A; 5LOV B; 4W4L A; 3I55 V; 1SS3 A; 1XMO O; 1YF2 A; 2KKW A; 4YHH B; 2QEX V; 5KX5 A; 4MW8 A; 3SJQ C; 1SQX H; 1VQM V; 1GN6 A; 1YVW A; 4IT5 A; 3H1L H; 5IDJ A; 1V54 C; 3STZ C; 3IAY A; 4MVS A; 5IJ0 B; 2QM8 A; 2JIZ G; 5LHG A; 1XNQ B; 2ETN A; 1TVK A; 1M93 A; 4P9P A; 1E1Q G; 1VQ7 V; 3B8N A; 4P2Z A; 4QPJ A; 1X4T A; 1P7G A; 1RPO A; 4X88 A; 4ZHQ A; 3FYI B; 1R3K C; 3MHH C; 2RQ6 A; 4FLX A; 5EC1 C; 2A9H A; 5JVD B; 3P3N A; 1Q6U A; 5EBL C; 3ZRV A; 4ZBM A; 1Q43 A; 3HKE B; 5JQG A; 2IJJ A; 4HNA A; 5IWA B; 3AG2 B; 1HNX B; 1JJO A; 2HR3 A; 3RWR D; 4X62 O; 2RJZ A; 4XDK A; 4F6E A; 1JFF A; 1ZWI C; 2ATK C; 1G6U A; 3MD0 A; 4U3F H; 3ABM C; 1D5A A; 1Q6H A; 3SJC C; 2Q9L A; 4B3S B; 2BTO A; 4X1I B; 4KL1 A; 2YXL A; 3OT7 A; 1Q81 W; 3OM3 B; 4DW1 A; 1FFX B; 5B1O A; 1SES A; 4PV1 B; 2YDE A; 2LO1 A; 5B3S B; 3OGI B; 3UM7 A; 2FKX A; 1S72 V; 1YHQ V; 2UXD B; 5FNV B; 1H2N A; 1O9G A; 2IH1 C; 4DV4 B; 4TV8 A; 4B3R O; 4PA9 A; 4I5S A; 1XQ8 A; 1VEW A; 1PNL A; 2WLL A; 3L9D A; 2Q7E A; 1Y76 A; 3T1C A; 4D7T A; 5J9P C; 2QDO A; 1QBZ A; 4YHH O; 4FLW A; 1FXH A; 2AHZ A; 3HB3 B; 3CD6 V; 1NTZ H; 4DW0 A; 4ZOL B; 4FZ1 A; 3H9V A; 1BT8 A; 2UXC B; 2IW5 A; 2CTW A; 2EIK B; 3CJH B; 3ZHT A; 5EZY A; 1EZJ A; 1H2M A; 2XTA A; 5KHJ A; 4DV3 B; 2IJK A; 4CS2 A; 1XNQ O; 3DXR B; 1BMF G; 1YJW V; 5CBF A; 5H6R A; 4UB8 Z; 3N27 A; 1YI2 V; 2OCC B; 2R72 A; 2JJ1 G; 5B1A B; 3UQ8 A; 2JVD A; 2FYU H; 4JI6 B; 2YIB D; 1Z2G A; 4FM0 A; 1QR8 A; 1URF A; 2WLM A; 3ZRS A; 4LF5 O; 2P06 A; 1ZAU A; 2YIB A; 3SPC A; 3THO A; 1FAF A; 2Q73 A; 3CCJ V; 5IT9 N; 5IWA O; 4J7Z A; 3AG1 C; 2YIA A; 4EEQ A; 1FXV A; 4W4K A; 2P6J A; 2QWQ B; 5H5N A; 3L74 H; 4DV2 O; 4E4E A; 2P22 C; 4LF8 B; 1U97 A; 3MDS A; 3P3P A; 3CRR A; 2XAG A; 2YIC A; 3RYI B; 1OV9 A; 2IBZ H; 4NTX A; 3CC2 V; 3AEI A; 4AIL C; 2LP7 A; 4YJ3 A; 4UFZ A; 4FK5 C; 3CYO A; 3T2M A; 3T4Z A; 2UXD O; 3IFX A; 3K3W A; 2ARH A; 4G28 B; 3CMA V; 4O4I A; 1H2L A; 4I4T B; 4DV4 O; 1BCC H; 1BGY H; 1GM8 A; 5L3C A; 3E22 A; 4JI5 O; 1TUB A; 1EFR G; 2Q6A A; 2ILM A; 5B66 Z; 3RYF A; 5KX5 B; 4QIW F; 4PD4 F; 3H1K H; 2VQF B; 2UXC O; 3CCU V; 1PD3 A; 1KMI Z; 3CCQ V; 2ZXW B; 5IYZ A; 4DV3 O; 1TVK B; 5GW7 A; 1YJ9 V; 2XAH A; 4FFB A; 4UV8 A; 4DV1 B; 1SQB H; 4I7Z B; 1H8E G; 4RQF A; 1YDX A; 4P30 A; 4ZHQ B; 1Q82 W; 1PKX A; 3OEH G; 3B40 A; 1JCH A; 3ASN C; 2E76 B; 5CA3 A; 3AG3 B; 4UUJ C; 5JQG B; 4HNA B; 1I7F A; 3CCS V; 3G71 V; 3VQV A; 2KG7 A; 1Q5O A; 1N32 B; 2EIL B; 1DF5 A; 5CA1 A; 4UCT A; 2HKO A; 4RO2 A; 1D5N A; 1EN4 A; 1RSO A; 1KC8 W; 3ZN0 A; 4LF8 O; 1WJZ A; 5GTI Z; 1GM7 A; 1K92 A; 4C7U A; 3CX5 F; 2AW9 A; 3E86 A; 5LA6 A; 3OEE G; 3FYE B; 3K0D A; 1IBL B; 3QF7 A; 3KZI Z; 1K5S A; 3SR2 C; 4LF9 O; 5KHI A; 4UCR A; 1TUE B; 4TV8 B; 3CCM V; 3FB8 C; 5IE9 A; 2WLL B; 2ZKO A; 2XOK G; 2ZIN A; 1Y76 B; 3CXC U; 1IBM B; 2UXX A; 2Q4P A; 5IYB O; 3ASO B; 2PYL A; 1S77 D; 3UT5 A; 2VQF O; 1Q86 W; 5EIB C; 4MVZ A; 3W7W A; 3HKC A; 1N34 B; 5EZY B; 1I0H A; 2UXN A; 1KEC A; 5LGU A; 4DV1 O; 4GKJ B; 4UV9 A; 2H94 A; 2ZCE A; 1BHB A; 1ZSP A; 3BRC A; 1WAZ A; 5CMU A; 4D6T H; 1JMK C; 2IU0 A; 4U3J A; 3B2E E; 1TGO A; 2WA4 A; 4BIO A; 2QKS A; 3UCS C; 4MW3 A; 1HR0 B; 2RN9 A; 3AG7 A; 1SQF A; 3BA9 A; 2QA4 V; 3B77 A; 2GDS A; 1FFT B; 1OHH G; 1N32 O; 3ZBH A; 4QE9 A; 3T1Y B; 1P7B A; 3RN4 A; 2X7R B; 3R66 A; 2Q67 A; 1RPR A; 2XUM A; 4MVR A; 2FTK A; 5IY5 B; 1SZX A; 4UCO A; 3W7T A; 4YJ3 B; 1UFI A; 2DE0 X; 5E79 Z; 1R6N A; 4DR2 B; 1KP3 A; 2CK3 G; 3D36 C; 1IBL O; 5ITZ A; 3IJ4 A; 2HHH B; 3ZRX A; 4O4I B; 5AG2 A; 4DR1 B; 1WB8 A; 1NT2 B; 4LFC B; 2JGD A; 3FB7 C; 3E22 B; 2NN4 A; 1IVS A; 4AQY B; 2JJ2 G; 4BWA A; 3RYF B; 1AJN A; 1W0J G; 1NBM G; 3WG7 C; 2IU3 A; 1PM9 A; 4NXN B; 1NKD A; 3QVN A; 3O65 A; 3CEI A; 4JYC A; 2EJR A; 2Y4U A; 5JWP A; 2BOB C; 3JAT A; 4H37 A; 1WLE A; 3D8C A; 3CME V; 1XL4 A; 5IYZ B; 2OCH A; 2UUA O; 3F7Y C; 1YJN V; 4DRX A; 4FPP A; 4FFB B; 1COW G; 1PNK A; 5CA0 A; 4JF3 A; 5EBM C; 4L87 A; 1GAX A; 2Z3Y A; 4GKJ O; 3R65 A; 4KUM A; 4WBN A; 4IL6 Z; 4LF4 B; 1PL4 A; 4K8X A; 4EFE A; 1QHT A; 1ZUQ A; 1G4Y B; 4PHZ A; 4JI1 B; 1XOU A; 1GH6 A; 3OGC C; 2JS5 A; 2LW7 A; 5LMU B; 1HR0 O; 1K3E A; 3BCC H; 5KA6 A; 3ZHR A; 4X1I A; 1DLB A; 4HZ3 A; 5CA1 B; 4E2L A; 2G38 A; 3SPH A; 4JI0 B; 1WNS A; 3T1Y O; 3PJS K; 3G67 A; 1IBK B; 1RSO B; 1Y66 A; 1GO3 F; 1WPX A; 4WFH A; 1B04 A; 3K0G A; 3J80 N; 5IYC O; 4GLX A; 5LA6 B; 4DR2 O; 3JD2 A; 3AG4 C; 2ZT9 B; 3N2K A; 4JYY A; 5J2U A; 2HHH O; 3OFN G; 1V54 B; 3VBB A; 4DR1 O; 2Q0O C; 1GN2 A; 2QWR B; 2UXB O; 4JAA A; 2HLD G; 3OR7 C; 5CBH A; 4B3M B; 4AQY O; 3SJA C; 3BEH A; 3TJT A; 5GTH Z; 3UKM A; 5KA5 A; 3F5T A; 4IYI A; 5KAI Z; 4NTY A; 2OTL V; 4NXN O; 1ORQ C; 5L3G A; 1FS0 G; 3UT5 B; 1P84 F; 3HKC B; 3SYA A; 2EX3 A; 2YC0 A; 1I08 A; 3K03 A; 1KKC A; 1KQS U; 3K08 A; 4FLZ A; 2UUB B; 4LF4 O; 1H38 A; 2GV9 A; 3BHP A; 2OTJ V; 2DMX A; 5A2Q N; 4JAU A; 1EZV H; 4U3J B; 2CTQ A; 1N0N A; 4JI1 O; 1VMG A; 2BCC H; 4QE7 A; 5LMU O; 2R9R B; 1Z5W A; 3ZS8 C; 2X0L A; 1SET A; 1NVP D; 1WPB A; 2QR4 A; 3CRQ A; 2PI4 A; 2LW1 A; 3G6B A; 2GTS A; 2ZM6 B; 2DOS A; 3STL C; 3JAR A; 4GCZ A; 2CAZ C; 5KHH A; 3B4S A; 5KLV H; 1IBK O; 3CCL V; 2EBO A; 5A9G A; 3ZCC A; 3S3W A; 1LR1 A; 1BHA A; 4K3A A; 1FYJ A; 4DUZ B; 3BPZ A; 4PI0 A; 4I9W A; 1YIT V; 2XHB A; 4CH4 A; 5ITZ B; 5EIB D; 1VF7 A; 4LNU A; 4Z2W A; 1I5X A; 1E79 G; 2P67 A; 2P4K A; 2JGD B; 4GT1 A; 3QTC A; 4B3M O; 1G8M A; 4WFB V; 3TGU H; 1K33 A; 2WLN A; 2KQX A; 3ZMS A; 3ETE A; 5K1P A; 3K9S A; 4JI3 B; 4BIZ A; 3JAT B; 3JAM N; 4JPR A; 2A7W A; 1JQ0 A; 4O4H A; 3LDD A; 3LDE A; 4JAV A; 4DRX B; 4XDL A; 5CA0 B; 3M99 B; 2VWJ A; 1NQT A; 3Q4H A; 5L3E A; 4WBN B; 2UUB O; 1JX9 A; 3AG1 B; 5LYJ A; 1QLN A; 2E75 B; 3VQW A; 2ITD C; 2N05 A; 1BL8 A; 1JA8 A; 5E1A C; 4JAS A; 4PA6 A; 5H9C A; 2EZO A; 4GZR B; 4X1K A; 4Q6G A; 2FB5 A; 1R6T A; 3LUT B; 3JD1 A; 3TET A; 3TXS A; 3G4S V; 1GRJ A; 4X8A A; 2YS8 A; 3CB2 A; 2B1I A; 1MNG A; 4CZZ A; 1AI7 A; 3OTO B; 3CCV V; 1WP8 A; 2P5O A; 1US6 A; 2ZM6 O; 1PNM A; 3ZMZ A; 3WFV A; 1ZX3 A; 3D36 A; 3E89 A; 1AR4 A; 4MTX A; 4MVM A; 2CDY A; 4OXS A; 4R50 A; 1QLE C; 2NR5 A; 3A0B Z; 1T5E A; 3GB7 C; 4DV7 B; 2VQE B; 1ARO P; 2LQT A; 1NU1 H; 4X20 B; 1ZLZ A; 4DUZ O; 2WAM A; 3E2E A; 3N2K B; 3VQX A; 2VWK A; 1YIJ V; 5J2U B; 2Y0I A; 5B1B C; 5LP6 C; 1K9M W; 2LGW A; 3A8T A; 2JS3 A; 4I55 A; 1GMG A; 1OCZ C; 2XAQ A; 1AI6 A; 2IM9 A; 1VP7 A; 3AK3 A; 4PA3 A; 4B7K A; 4XDJ A; 3SYC A; 1Y74 A; 4I0X A; 3AK2 A; 1B3Q A; 4JI3 O; 4RQE A; 3A0H Z; 2BOC C; 1I94 B; 1AP6 A; 3ZMT A; 1W59 A; 3ASN B; 1VF6 C; 1MOF A; 1M5I A; 1XHX A; 4WF9 V; 1IXB A; 2A3Q A; 2YI9 A; 1AVM A; 1HNX O; 2ZIM A; 5L3B A; 1BS3 A; 4DXW A; 1Z5V A; 3RYC A; 3ZHS A; 1L1F A; 1KD1 W; 2JK5 C; 4UCS A; 4NB5 A; 4QGP A; 4LH6 A; 4FLY A; 4LP8 A; 2QGN A; 3CP1 A; 2W6J G; 3ETD A; 4B3T B; 1AR5 A; 3GVM A; 4B3S O; 3DSQ A; 2DYS C; 4FIP C; 1S5H C; 5LHI A; 3N2G A; 3W7U A; 3MAQ A; 3OTO O; 1F4M A; 1NVP B; 3JAR B; 2QTO A; 4MSW C; 2Z0A A; 3RBZ A; 2D3O W; 4DV6 B; 1DF4 A; 1X59 A; 4IIJ A; 1BSM A; 1M1K W; 5BR8 B; 4FLU A; 1Q8I A; 4J42 A; 2K9P A; 2ADP A; 4DV7 O; 2VQE O; 3W7S A; 4RUE A; 1SA0 A; 2XAS A; 4LNU B; 4J80 A; 1J5E B; 3HR0 A; 5B1N A; 2V1D A; 3K57 A; 3E8G A; 4I50 A; 2Y69 B; 1SZT A; 3ZIA G; 4DV5 B; 3SGI A; 2OIG A; 4DR7 B; 3CPW U; 4PDM A; 5FPO A; 2YEV A; 3H01 A; 4O4H B; 1I94 O; 2CE4 A; 1ZL8 A; 1U96 A; 4N21 A; 4JI6 O; 1LUV A; 4K8Z A; 3JSN A; 3JD4 A; 1F51 A; 4K0K B; 4J7K A; 1PV0 A; 1M57 C; 1TAE A; 3Q4H B; 3UO3 A; 3S3X A; 3IC7 A; 1VQ8 V; 2RDC A; 5JCO C; 2E5L B; 5LYJ B; 3QO8 A; 1VQL V; 3AK1 A; 3EHB B; 2QSA A; 2YXY A; 4X1K B; 4BAY A; 2Q7H A; 4B3T O; 4IHJ A; 4D7S A; 4EFB A; 3P30 A; 4LFA B; 4AI8 A; 2DQ3 A; 3GWK C; 5KAF Z; 3FFQ A; 3WB2 A; 4PA4 A; 2VS0 A; 2F43 G; 4DV6 O; 1NTK H; 2XAF A; 4JV5 B; 1PPJ H; 5BR8 O; 2GSM B; 2IJI A; 2Z5U A; 4TQD A; 1AR1 B; 1HP8 A; 2E74 B; 2MK3 A; 1F23 A; 1GK9 A; 4HBN A; 4O4L A; 3WG7 B; 4FLT A; 1OCC C; 4WFG A; 1K5Q A; 3HKB A; 4WFA V; 3QNE A; 1J5E O; 2L35 A; 1YXB A; 3KG2 A; 4FJC C; 2MW2 B; 3EXA A; 1N36 B; 2CGO A; 4I55 B; 3ABU A; 5LMN B; 1K97 A; 2JGU A; 3C3T A; 1VQ6 V; 3ZRW A; 3WB1 A; 3K9A A; 4DV5 O; 4DR7 O; 1YZB A; 1K73 W; 4O2A A; 1Y74 B; 2ODM A; 4U7N A; 5H2F Z; 1K34 A; 4I0X B; 3KKY A; 1HWY A; 3BAA A; 5BZB A; 2P4V A; 2WSS G; 2F66 C; 2H3O A; 2UXB B; 2X6B A; 4CC6 A; 2OIE A; 3LNM B; 4I9Q A; 1BE3 H; 3HKD A; 4K0K O; 5C8Y A; 1MAB G; 4X65 B; 3DC5 A; 2DJV A; 5GON A; 1QCE A; 1FXK C; 3RYC B; 3X2Q B; 1RM1 C; 2E5L O; 1QU7 A; 3ZX6 A; 1XHZ A; 4CH3 A; 2ZE6 A; 3OR6 C; 3JD3 A; 4PDR A; 2A0L A; 3SJB C; 4MVO A; 1SKV A; 3N2G B; 3A0R A; 4LFA O; 2AXT Z; 3K04 A; 4JTC B; 2VRZ A; 2AZ2 A; 2Q69 A; 3NR7 A; 1EM1 A; 5CN0 A; 3AG4 B; 2HG5 C; 2PZS A; 1KP2 A; 2WLH A; 2ZE7 A; 1QR9 A; 4TQF A; 4IIJ B; 3G80 A; 3CWB H; 2PYJ A; 1SQQ H; 3JSL A; 4UCV A; 4JV5 O; 2DW4 A; 4Z1V A; 4NXM B; 5LP6 A; 2NNU A; 4Q20 A; 5KMG A; 5CB4 A; 4TSF G; 4QNH B; 5KHK A; 2F93 B; 2C2A A; 2GTA A; 1IBM O; 1SA0 B; 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