2GUIA

Structure and function of cyclized versions of the proofreading exonuclease subunit of e. coli dna polymerase iii
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
ITRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
publication title Structure and Function of Cyclized Versions of the Proofreading Exonuclease Subunit E. coli DNA Polymerase III
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 58
structure length 176
sequence length 176
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2guiA00
1ZBLA 3TANA 3NBPA 3NH2A 3K5LA 4N47A 4DLEA 4I2PA 2XY7A 1T03A 4DSJA 4CEBA 3TAMA 4M3XA 3DLRA 3OS1A 4I2QA 4J2EA 4KHSA 4E7KA 3LWLA 2P5OA 2DTUA 3EY1A 4DFMA 3D45A 2G8UA 4HCBA 3DMJA 3H08A 3HPGA 3DI6A 3B6PA 2ZE2A 4CJ4A 2KFNA 4E7JA 1WLJA 1L3TA 3K57A 2HMIA 4CECA 2O4GA 2VG7A 2PY5A 4B9MA 3MXMA 1KLNA 3CQ8A 3V1OA 3AO5A 1B9FA 3OYKA 4AHUA 4QCLA 3NDKA 3TWHA 3O4QA 1JLGA 4CJVA 2PYJA 2HHWA 4JRQA 4I9LA 3K59A 1YT3A 3AVIA 1RBTA 3KLIA 3OVNA 3ULDA 1J5OA 4Z4GA 1VK0A 1EX4A 4IDKA 5SWMA 3TAEA 2D5RA 2OA8A 2XO7A 4B08A 1GOAA 2OPRA 1C1AA 4CGFA 1BQNA 4DSFA 4DFJA 3RMAA 4CJQA 3O4NA 2D0BA 4Q5VA 1MU2A 1SL2A 4B9NA 4E3SA 5HLFA 1W0HA 1SV5A 3ASMA 2YHBA 4C8NA 1KRPA 5C42A 1RDCA 4CJWA 3ZSWA 4FVMA 1YVUA 3L2UA 4ZTFA 3NF8A 3RRGA 4ID5A 3OYBA 2G8IA 1LWFA 2DFEA 4CK1A 4B9LA 2VG5A 2Y1JA 4DSIA 1HNVA 4Z0UA 3I8DA 1NJXA 4FLTA 2O4IA 2BGGA 3ZT0A 4DS5A 4F3TA 3AA5X 4CJFA 1RT6A 3HPHA 4DTJA 5HRSA 3HK2A 4B9TA 1RT1A 1HQUA 4ID1A 3T19A 4XIUA 2XY6A 4FLZA 2IDOA 4M3TA 1EETA 1D9DA 3PX4A 3BGRA 5FRMA 4OLBA 2QKKA 4PY5A 3CG7A 2YHAA 3SZ2A 2WOMA 2RPIA 4CF9A 4OJRA 3ZCMA 2FBXA 3KLEA 4LSNA 3PX0A 3ZSZA 4OKJA 2X74A 2FBYA 1XWLA 3JSMA 4FCYA 3OS0A 2ATQA 3VQ9A 4IKFA 4O55A 1TGOA 1DTQA 3MEEA 3OJSA 3KK3A 4DLGA 1ZYQA 1KVAA 1S5JA 5KI6A 4CF8A 2A1RA 3HJFA 3RR7A 1HQEA 1B92A 1TKZA 2WONA 2HNYA 2D0CA 4AHRA 4DU1A 4Z4FA 4DQSA 1NK9A 1ASWA 1RDBA 3V9XA 5HROA 3KLGA 3MECA 1IO2A 1WSIA 3LPTA 4H8KA 4FM2A 1JLFA 4FJJA 1D9FA 3ZSXA 4DQRA 4CEQA 1RNHA 3OYAA 4E0DA 1S1UA 4DQQA 2HNZA 3HP6A 4JLHA 4FK0A 5I42A 4BDPA 1R0AA 4BACA 1NK4A 1RT2A 1A5WA 3P5JA 3O3HA 3DYAA 1DLOA 3TARA 3V9ZA 4KHWA 4BWJA 3PX6A 3QNNA 3OYIA 3C6UA 2ZD1A 3G10A 3NGYA 3PUFA 1KTQA 2IS3A 3IRXA 4CFCA 3K5MA 1L5UA 1JLCA 1F21A 3DLHA 3AVNA 4CCHA 4DS4A 1S6PA 3DRPA 5J1EA 1ITGA 1TL3A 3ITHA 3DLEA 1A5XA 3AA2A 4I7FA 2YNHA 4HUGA 4QOZB 2BE2A 2FC0A 3TABA 4KKOA 4PA1A 4FZZA 1CZ9A 4AHTA 4DU3A 1KFSA 3QLHA 1NK0A 3OYMA 4KPYA 4PWDA 5HRNA 1S9GA 3QESA 3HYFA 1LWEA 1CZBA 1IG9A 2P51A 4C8LA 1ASVA 3OYDA 1NJYA 1NOYA 4FJGA 4AILC 4FJ5A 3TAQA 2B6AA 4DF8A 1C0UA 5J2QA 4CEAA 4CGDA 4CHQA 1L3UA 4FK2A 3QINA 1CXQA 2OZMA 3OJUA 4B9VA 4Q0BA 2DY4A 1I39A 1IKXA 2YNFA 3VQ8A 3VQAA 4M42A 1U47A 4CEDA 4RW7A 4CE9A 4CIGA 1X9WA 1QSYA 3ZSYA 3QO9A 4ELUA 4N41A 4C8MA 4AHCA 2GBZA 3AVGA 4G1QA 3QEVA 1BCOA 1X9MA 4W5QA 3OYHA 3VQ4A 3NF6A 1DTTA 4MFBA 3SNNA 4KRFA 3VQBA 4CHNA 4M3YA 4FLWA 4BE1A 1BQMA 1C6VA 1CXUA 1Y97A 4GVMA 3CFRA 4LSLA 3PO5A 4CJTA 4YNQA 4FM1A 2E6LA 4CF1A 1BGXT 3HVTA 5KRSA 4R5PA 1KSPA 1ZBIA 1IKVA 3AO1A 4OGEA 4N5SA 1HYVA 1KFDA 4FJIA 4H4OA 3SPYA 3CFPA 4KHNA 4B3OA 3TAFA 2B5JA 3QNOA 2KZMA 2HHUA 1VSKA 1VSHA 2QK9A 1B9DA 3AA3A 4CERA 3NFAA 3SCXA 1S1WA 3S3OA 1BIUA 1C1BA 3ZT3A 2IGIA 2OZSA 1FK9A 3MEDA 3KTQA 2P1JA 3M8QA 4HTUA 1D8YA 3AV9A 4KO0A 3S3MA 5EU7A 2X78A 2XRIA 3HVRA 2AJQA 3S9HA 3LANA 3VA0A 1T8EA 1A5VA 3SPZA 3OYGA 4RW9A 3QEXA 3I0SA 4J2DA 4ZHRA 1RBRA 1GOCA 4W5RA 3LZIA 1JXEA 4IFVA 1UA0A 4FZYA 2HNDA 3DLGA 4KB1A 3NH0A 3ZT4A 3AO2A 1FXXA 3IG1A 4CGGA 3LWMA 3UIQA 1U49A 1Z26A 2ITGA 1SKRA 4NCAA 3HL8A 4Z4CA 5KGXA 1RILA 4GW6A 1RT5A 4O44A 3V1QA 1C1CA 1N5YA 4ELVA 4FJ9A 4CJLA 2G8HA 1RBSA 1WSGA 1XC9A 2W42A 2EX3A 4LD0A 3QETA 4FLXA 1TKDA 4TSXA 1RT4A 4CJRA 1RTIA 2IC3A 3C95A 2E4LA 4MQ3A 1HJRA 5DK5A 2XY8A 3WNFA 2HVHA 3AVAA 2E6MA 4RW8A 4E1NA 4DSEA 3SI6A 4F4KA 4FK4A 1SKSA 3ALYA 2F8SA 3OYCA 2Z1IA 3PV8A 4M3WA 2RKIA 2D0AA 1JKHA 4E19A 2F8TA 4QAGA 1SL0A 4NCGA 4IFYA 3LP3A 4Z4IA 1NKEA 3NCIA 5FROA 4AHVA 3OYLA 4JS4A 5DMRA 3O3GA 1HPZA 4OKEA 3SYZA 3TAPA 2RN2A 3NH1A 4FW2A 3LP2A 1NK7A 3A2FA 1JL2A 1NK6A 3WNEA 3DOLA 2Y1IA 4AH9A 1IKYA 1S9EA 4CIFA 1RDAA 3MAQA 5J2PA 4F2RA 1XHZA 1VSLA 1QQCA 4CK2A 1QSLA 2YKNA 3L2RA 3V4IA 5CYQA 5SZTA 5CYMA 3MEGA 3K5NA 1WSJA 3C6TA 2G8FA 2GUIA 3IAYA 4DMNA 1YTUA 4KAZA 1FKOA 3L2WA 1HNIA 3DM2A 4CEFA 4E89A 1VSJA 3JYTA 4KHYA 1JLAA 1YTAA 4CJUA 4CGIA 4FJHA 4DTSA 4DTUA 4F3OA 4M3ZA 3CM5A 4Y1DA 4KB0A 3LP1A 4W5NA 3OYJA 3V1RA 2PYLA 4CF0A 4I9QA 4EZ9A 3IS9A 4FXDA 1D5AA 1RDDA 4DQPA 3NF9A 2G8VA 3F73A 4KTZA 2YKMA 4E1MA 5KRTA 1RBVA 4HVJA 3AVMA 3CFOA 4FYDA 2HHTA 3QEIA 1S6QA 2DFHA 4BE2A 4DFKA 3L2VA 1QHTA 4KTWA 3OS2A 2HHQA 1BI4B 3V9WA 1JL1A 4FJMA 3D0PA 1C0MA 1JXBA 3ZSVA 3M8SA 4DTXA 3WNGA 4CFBA 2BDPA 1NOZA 4PUOA 2F96A 4LH4A 3ZT2A 1VRTA 4CJ5A 1VSDA 4O0JA 1NKBA 2XHBA 4RW6A 4KHQA 4CEOA 3SV4A 1HMVA 3OYFA 4B9UA 3CYMA 2B4JA 3LAKA 3NF7A 4B8CA 2PZSA 5FDLA 3PY8A 3CM6A 4KV8A 2HVIA 4CESA 5C25A 1VSIA 3L2QA 2XY5A 4FW1A 5CY4A 1RTJA 5HBMA 3HXMA 5HRPA 3RWUA 5D3GA 3KK1A 4CHOA 3V9SA 1UA1A 3KIOA 4B9SA 3VQ7A 4M3UA 4DTRA 2KFZA 4CEZA 1KVCA 2YV0X 3SQ1A 1RTDA 1U04A 4CGHA 4C8KA 1S1XA 1I3AA 4HUFA 3K2PA 3BDPA 3ZSOA 3LAMA 3O3FA 2OPPA 1GOBA 2GV9A 3QERA 2HHVA 1CLQA 1WSEA 4FJLA 4RG8A 3VQ5A 2Z1GA 1LW2A 3TAGA 1JLEA 4IBNA 3NGIA 1TV6A 4EZ6A 4EP5A 4CF2A 2KW4A 3P1GA 1U45A 4DF4A 3SV3A 3NE6A 5KGWA 4DTNA 3L3VA 3EYZA 2RF2A 3AVKA 4M3RA 3RRHA 4CJPA 3LZJA 1WAFA 1TKTA 2I5JA 3SUOA 3KKRA 4HHTA 5T7BA 3SQ0A 1VSEA 4OLAA 3NGZA 3KK2A 3AO4A 2HB5A 1U48A 1TK0A 3QEWA 4IG0A 4CJKA 4OPKA 4JS5A 1J9AA 2FBTA 2Z1HA 4IG3A 1S1TA 4DSKA 3AVBA 1Z25A 3B6OA 2KQ2A 3FFIA 4OGCA 1KVBA 3KJVA 4DWIA 3RR8A 3ISNC 3KD5E 1NJWA 3LPUA 4EP4A 3ZSQA 3AVFA 3RMCA 4DFPA 3VQEA 2FBVA 3TI0A 1BCMA 4BWMA 1KLMA 4DTOA 1BISA 5J2NA 2G8WA 3SJJA 2QXFA 3K5OA 1LW0A 4CJ3A 2EHGA 1KCFA 3RTVA 4FZXC 1VSFA 4LH5A 1LAWA 1Q8IA 4DG1A 4KI4A 3VQCA 1JLQA 1LAVA 1RTHA 1BI4A 3VQQA 2Q3SA 3M8RA 1HYSA 3V9UA 1WNSA 3V81A 3SQ4A 2JGUA 1RBUA 2IOCA 1NJZA 3U3GA 2OYQA 1TVRA 1WSHA 3LALA 2HW3A 4O5BA 5KTQA 2Z1JA 1Q9XA 3C94A 4FJ7A 3V6DA 5CZ2A 4FJXA 2R7YA 1C0TA 1TAQA 4FLUA 1T7PA 2BANA 4BDYA 1RT3A 1XHXA 3MXIA 3KLHA 2JLEA 3KKSA 4CIEA 3VA3A 4NYNA 4RW4A 2OPQA 4ZTJA 4H4MA 5CZ1A 4N76A 2QKBA 4YFUA 1ZBFA 4BE0A 2ZQBA 1TKXA 1VSMA 1X9SA 4FJNA 1RT7A 4DSLA 4LY7A 4J2BA 4KHUA 3I0RA 3NHGA 1N6QA 4CHZA 3HM9A 3OY9A 5HP1A 1Q9YA 4W5TA 3DLBA 4J2AA 4DQIA 3SQ2A 2VG6A 3OYEA 2P5GA 3AA4A 4K8ZA 1IKWA 2KZZA 1NKCA 5HRRA 4FLYA 4E7IA 3U3YA 3HPOA 4FJ8A 4AHSA 3L8BA 3MXJA 3HP9A 3QIOA 1L3SA 3DOKA 4N56A 1RCHA 4DU4A 4CK3A 3PO4A 4O0IA 1J54A 3F9KA 4ELTA 1EP4A 1EKEA 1REVA 3OYNA 4PQUA 4CFAA 3AVHA 3TR8A 4KI6A 1LV5A 3VN5A 4JRPA 5I3UA 3S3NA 3AVLA 3U6FA 1XI1A 1UWBA 3G0ZA 1BIZA 3E01A 4Z4EA 3HT3A 5K14A 4OKKA 1WN7A 1W9HA 3NAEA 1QS4A 4M45A 4W5OA 4CJEA 4ICLA 3VQPA 1NK5A 4F2SA 3AVCA 4FLVA 1EXQA 5C24A 2G8KA 2NUBA 3VQ6A 4C8OA 2ETJA 4E7LA 1QTMA 3M8PA 4OVLA 1QSSA 4K8XA 1HYZA 3LP0A 3ZT1A 1NK8A 1TK5A 1L3VA 3P83D 4KTQA 5FRNA 3WNHA 2HHSA 1HRHA 1S1VA 1BL3A 1G15A 3AVJA 1UOCA 4WE1A 5JS2A 4CJSA 3T1AA 4FM0A 3T3FA 1FKPA 3RMDA 3DRRA 3SUQA 4DTMA 4Y1CA 3SUPA 4M41A 3DLKA 3DRSA 2VWKA 4B8AB 3QEPA 1JLBA 3VQDA 1UAXA 3KD1E 4HCCA 1ZBHA 4NCBA 4KFBA 3L3UA 1TAUA 1K6YA 1TK8A 4CEEA 1WSFA 4O4GA 3AO3A 4BDZA 4E7HA 3EZ5A 4OPJA 3KLFA 4F8RA 3QIPA 3ZSRA 1BHLA 1SUQA 2IAJA 2OPSA 4GMJB 3HO1A 3RMBA 4FJKA 4Z4HA 1ZBUA 1LWCA 3HSTB 2YNIA 2X6NA 2X6SA 1SKWA 1IH7A 1O1WA 1QE1A 2YNGA 1TL1A 1VRUA 5E41A 4CHPA 4L8RB 5J2MA 4UQGA 1U4BA 3THVA 1WAJA 4NYFA 1J53A 4CHYA 2VWJA 2DFFA 4DTPA 2LSNA 4CFDA 2A1SA 1SL1A 2HHXA 1X1PA 4HUEA 4KREA 5JS1A 4CGJA 3K58A 1ASUA 3SUNA 3LDSA 1T05A 2KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THXA 4YOWA 3TANA 3NBPA 4N47A 4DLEA 5M1NA 2UU9K 3LWLA 4DFMA 3O4WA 4BY9C 3HBTA 2GX9A 3BP8A 4CBWA 4U67L 3K57A 4CECA 3DLLL 3MXMA 3V1OA 4JYAK 1B9FA 4QCLA 3CMAN 1JLGA 4CJVA 3K59A 1YT3A 3KLIA 4BVOA 3ENHA 4B08A 3RMAA 1KAYA 1BQNA 1P90A 1T6DA 3VESA 4NO7A 4Q5VA 1MU2A 1SL2A 4E3SA 2P9UA 3WXKA 1W0HA 1SV5A 4C8NA 3Q7BA 4FVMA 3CF5L 4YHHK 2NZTA 1OH8A 4BRDA 2Y1JA 4DSIA 1RFQA 1HNVA 3L4QA 1NJXA 1GLJO 3KWGA 4PKGA 3ZT0A 5AZIA 3LDNA 3HPHA 2H3GX 4B9TA 1RT1A 3BF1A 2XY6A 4PY5A 2O8EB 2WOMA 3H1VX 2RPIA 4O8KA 4CF9A 1S72N 2VYPA 3ZSZA 5EOYA 2X74A 3OS0A 3OW2M 1TGOA 1HX1A 5TKWA 4DLGA 1ZYQA 3IDHA 4B1VA 5KI6A 3HJFA 3RR7A 1TKZA 2HNYA 2F9WA 1ASWA 4BR0A 3V9XA 5HROA 3KLGA 3MECA 1IO2A 4FJJA 3MN6A 1D9FA 2ASMA 4BVPA 3F5TA 3SK3A 3OYAA 4E0DA 3HZ6A 4DQQA 4JLHA 3CCQN 4JHDA 1R0AA 1A5WA 3O3HA 2ZJRL 1DLOA 3TARA 1BG3A 3P38A 4KHWA 3NGYA 5GIPA 2E1YA 3O9UA 2IS3A 4CCHA 1ILYA 3DRPA 1ITGA 1QZ5A 1K9MO 4QOZB 3KK7A 2YNHA 4HUGA 1Y64A 2FC0A 3CXCM 2P9LA 4FZZA 4AHTA 1VQON 4HWIA 3OYMA 2ZWHA 2CGKA 5HRNA 5AQFA 3LM9A 1NBWA 4DV6K 1W97L 5FLXO 4NXNK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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