2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Moloney murine leukemia virus
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
2P51A 4EP5A 4ZHRA 1JLEA 3IRXA 4CGDA 3TANA 2P5OA 4ELTA 4DWIA 4M3UA 1S1WA 4W5OA 1RT2A 4KHYA 1JLBA 4DQRA 3SQ4A 2G8HA 4YNQA 3QERA 5I42A 3DM2A 2E6LA 5KRTA 3CFRA 4HHTA 1SKRA 1CZ9A 3ZSXA 3QIPA 4OKKA 1FXXA 2JGUA 3ZSYA 3V4IA 4CGGA 3OJUA 1KRPA 3SQ2A 3S9HA 4FLYA 3KIOA 4CJSA 2YV0X 4G1QA 3KJVA 3QETA 2X74A 4KO0A 3RMCA 4CIGA 4FJKA 4DFKA 2F96A 4E7LA 2HHUA 3V1OA 4N76A 1U48A 1B92A 1RT7A 3ASMA 4FXDA 1NKEA 1HNIA 3M8PA 4CEBA 1D9DA 4HUFA 3SUQA 2P1JA 1TAUA 3HP9A 5J2PA 4AILC 3TAFA 1TKXA 3AO5A 4FW2A 3V9UA 3K5LA 4M3RA 2GBZA 4E3SA 4ELUA 4DQIA 4CECA 5E41A 4M45A 3V6DA 1VRTA 4FJ8A 4EZ9A 1BQNA 1FKOA 1C1BA 3L2VA 3AVFA 1QHTA 4JRQA 2ATQA 3ZSZA 1CZBA 4CHZA 5J2MA 1J5OA 5JS1A 4DLEA 3BGRA 4E19A 3AVHA 3SUPA 1KFSA 3AVGA 5HRPA 2Y1IA 4CIEA 4CFDA 2YKMA 1CXQA 3LANA 1W9HA 3VQ8A 1QQCA 1S6QA 3NDKA 5HRNA 1RBRA 2YNGA 2B6AA 2QXFA 2XY6A 2VG6A 4B9LA 3OYMA 3CFPA 3HSTB 1BHLA 4CHPA 1KVAA 3AVJA 5J2NA 3O3FA 4DFPA 2G8KA 1TL3A 3EY1A 2FC0A 4FZXC 4B8CA 1LWFA 1CXUA 1SL0A 4FLUA 3NH2A 1R0AA 1X9MA 3M8QA 1B9DA 3U3GA 3OJSA 2ZQBA 4PQUA 3EZ5A 4CJPA 3SUNA 4C8OA 3OYEA 2VG7A 4FK4A 5KRSA 3DLBA 1VSFA 2DFFA 5FDLA 4B8AB 4YFUA 4KHUA 1YTUA 1RBVA 3MEGA 2D5RA 1JXEA 5J2QA 1ASVA 3DRRA 1D5AA 4ID1A 4DFJA 1VSIA 3HM9A 3SCXA 1QSYA 3F73A 3SJJA 3VQ5A 3DRPA 4N56A 1UAXA 4HUGA 1QSLA 2W42A 3QEVA 3TI0A 2QKKA 1ITGA 2KW4A 4I9LA 5EU7A 2BE2A 4FJ9A 2BANA 5CYMA 3O3HA 3KK1A 1RTDA 4J2BA 4R5PA 3QNOA 1FK9A 1BIUA 1RTHA 4NCBA 4M3ZA 3I0RA 1TV6A 1LWEA 3L2RA 3SI6A 1WNSA 1NK5A 4ELVA 4FZZA 1TVRA 4IFYA 4DU1A 2DFHA 3F9KA 3FFIA 2IS3A 3NGIA 1QTMA 3RMAA 4DU3A 4F4KA 3HP6A 4FLTA 2BGGA 4CESA 1VSJA 4CJLA 1SL1A 1L3UA 3PO5A 4IKFA 4M42A 2G8IA 3NBPA 4CEEA 2XHBA 3L8BA 4GW6A 4NYNA 4FJMA 4O0IA 2I5JA 1RDCA 2P5GA 4DS4A 1HMVA 4OGEA 4BE1A 4DMNA 4NCGA 4E7KA 4Y1DA 4FJNA 4IG3A 2YNFA 3SV3A 2G8VA 1BISA 1T8EA 3QLHA 1JLFA 3QEWA 3KD5E 3RWUA 3CQ8A 3KD1E 4RW4A 4CERA 3QEIA 3AA2A 2YHBA 2A1SA 1L3VA 1S1XA 3LWMA 2RPIA 2KZZA 4O0JA 1IKVA 3VN5A 4E7HA 1KLMA 4DS5A 1TKZA 3O4NA 3KLHA 4CHQA 3AVMA 5C24A 4B9SA 1C0MA 4HVJA 5SWMA 3DRSA 3K2PA 1NJWA 4BDYA 1LAWA 1RDAA 1RT4A 1RTIA 2D0CA 4IFVA 2R7YA 4FYDA 1KVCA 1IKXA 1JLCA 1TAQA 4HTUA 2GUIA 1YT3A 4Z4FA 1BCMA 5DK5A 5C25A 4F3TA 3PX4A 2IOCA 3KK3A 1J53A 1WLJA 3L2QA 3PX0A 4H4MA 1LWCA 3VQPA 3TARA 1ZBHA 3S3NA 4FK2A 1J9AA 3SYZA 4H4OA 2IGIA 3AA4A 4LD0A 1G15A 3AO1A 3I0SA 1TL1A 4DFMA 2HHQA 1BQMA 1RILA 1IKYA 3AA5X 1T7PA 3IG1A 3NF8A 1RT1A 4GMJB 3AVIA 3VQ4A 4Z4HA 3HPOA 3K5OA 4DSKA 1DTTA 4F8RA 3AVLA 4IDKA 1U4BA 2PYLA 4KREA 3AO4A 2KFZA 1HPZA 5FRNA 1C0TA 1SUQA 2FBYA 4AHRA 4CJ5A 3S3OA 2G8UA 1XI1A 4CEQA 2VWJA 5CYQA 4KB1A 4Z0UA 3DLGA 1UWBA 4K8ZA 2GV9A 4DG1A 3CG7A 3NGYA 4IG0A 1U04A 2Z1JA 4CHOA 4RW7A 1RT5A 3VQ9A 1UA1A 1ZYQA 3KLFA 4M3WA 2ITGA 4N47A 1S9EA 2QKBA 4I2QA 3OYLA 4DSEA 1IKWA 4DTXA 4B9NA 4KAZA 3WNGA 2OYQA 4OLAA 3RMBA 4N5SA 4CJWA 4PA1A 1EP4A 3AV9A 2EHGA 4KTQA 1EKEA 2X6SA 1NK6A 1S5JA 3LAMA 1D8YA 2E4LA 3OVNA 4FJGA 1VSMA 3TAPA 4FW1A 4OPKA 3VA3A 4I2PA 4DTUA 4FJJA 4K8XA 4KHQA 4M3TA 1N5YA 4O4GA 4EZ6A 3HXMA 5DMRA 4OKEA 3TABA 1NK0A 3T1AA 4O5BA 4FLXA 1L3TA 2IDOA 4QCLA 2O4GA 2O4IA 1WSJA 4FK0A 2HHWA 3QEPA 3NF7A 1FKPA 3P5JA 3ZT3A 3VQ7A 4CF0A 2D0BA 4KFBA 2HB5A 5HBMA 4KPYA 1HJRA 3DLEA 3AO3A 3QEXA 3ZT2A 1GOBA 1RCHA 2HNDA 4CGFA 3V9SA 3PY8A 1JLGA 2JLEA 4CEZA 3C95A 1HYZA 4I7FA 3HYFA 3U3YA 1A5VA 2A1RA 3KLGA 3C6UA 4DTPA 4CF9A 4BACA 2Z1HA 2KFNA 1SL2A 2KQ2A 4PUOA 4CGJA 1TKTA 3OYDA 4DTJA 4C8KA 1QS4A 4Y1CA 3VQBA 1EETA 3MAQA 3NH0A 3M8RA 3NF6A 4DSLA 2XY7A 4OJRA 3HO1A 2WONA 4M41A 3LP0A 3V9WA 1NK9A 1ZBIA 3OS2A 3LAKA 4B9MA 3UIQA 4FJHA 3P83D 4BDZA 3LALA 3CFOA 3SNNA 4W5RA 4OLBA 2X6NA 1JLQA 1RT3A 4C8MA 3VA0A 2G8WA 3OYIA 1LW0A 3DLRA 3L3UA 3CYMA 5KGXA 3V81A 1Z26A 4KTZA 3HVTA 3RMDA 3LPUA 3RTVA 4FVMA 2VWKA 1UOCA 3CM6A 3V1RA 3WNHA 4CF8A 4E1NA 4UQGA 4CIFA 4CJFA 1VSLA 2HNZA 4CJQA 1RBSA 4FM0A 3K5NA 3T3FA 1KCFA 4FJ5A 4WE1A 3OYHA 1KVBA 2RN2A 4CJ4A 4N41A 5CZ2A 5C42A 3MECA 4Q5VA 4XIUA 1X1PA 4AHCA 1DTQA 5SZTA 2IC3A 2WOMA 3OS0A 3KK2A 4KHWA 4CGHA 3HVRA 3HPHA 1RNHA 3SV4A 2HHXA 2FBXA 1S1UA 3MEEA 4NYFA 1WSIA 4OVLA 3LDSA 2E6MA 4QAGA 4CEOA 1BI4B 3L2UA 4ICLA 3NF9A 3V9XA 4CK2A 1XC9A 2DTUA 4EP4A 3OYCA 4DQPA 2KZMA 4Z4GA 2YNIA 4DF4A 2FBTA 3CM5A 1TKDA 4DTOA 3OY9A 3HJFA 1C0UA 3WNFA 4FJXA 4CHNA 3RRHA 3V9ZA 3NHGA 2Z1IA 3LP2A 4LY7A 1IO2A 4L8RB 4MFBA 1NJZA 3QINA 3QESA 1NKCA 3NE6A 3LP3A 2Y1JA 3IS9A 3NCIA 2PZSA 2HVIA 1IH7A 4BE0A 4CJEA 3ZSOA 1KTQA 4W5NA 4DSFA 3ITHA 3ZCMA 4CJUA 1DLOA 1T03A 3B6OA 3SPYA 3KLIA 4RW9A 2PY5A 3KKSA 4PY5A 3ULDA 4HCCA 1JLAA 1I3AA 5JS2A 1GOAA 4CGIA 1SV5A 4CJRA 3HT3A 1B9FA 4JRPA 1TGOA 4DLGA 1IG9A 4B3OA 1C1CA 4FJLA 1A5XA 1Q9YA 4FZYA 2OZMA 1HYSA 2OA8A 3LP1A 2XO7A 5KTQA 2RF2A 1S9GA 3C94A 3PUFA 3TAMA 4BDPA 4PWDA 3ISNC 2OZSA 1WN7A 3IAYA 4DTSA 4OPJA 3QO9A 1U49A 3DI6A 3MXIA 4ID5A 3SQ1A 4C8NA 5KGWA 3AVKA 3ZSVA 4JLHA 3ZT1A 1WSEA 4AHTA 4DU4A 3OYJA 1REVA 3LWLA 4GVMA 4DSIA 3VQDA 3KKRA 1NOYA 4Z4EA 1X9SA 1C1AA 5J1EA 3MXMA 3H08A 1JXBA 5I3UA 1XWLA 4FLVA 1D9FA 1U45A 2XRIA 4QOZB 1BGXT 4TSXA 1RT6A 3QIOA 5HP1A 4CK1A 4F2RA 3M8SA 1U47A 2PYJA 3OYBA 4FCYA 4Z4CA 3LZIA 3L3VA 3TR8A 3K5MA 4AHUA 3U6FA 1TK0A 3OYKA 3L2WA 3SZ2A 4DSJA 3DOLA 4Z4IA 3DYAA 4KI4A 1Q8IA 3TAEA 1LV5A 3KTQA 4RW6A 4KRFA 4MQ3A 3AVNA 3OYFA 3PV8A 1YTAA 3MXJA 3AVBA 1RBTA 2B4JA 3PO4A 3JSMA 4B08A 1K6YA 1LAVA 2FBVA 3DLHA 4ZTJA 4HCBA 1XHZA 2LSNA 3VQAA 4E89A 5T7BA 1SKSA 4CE9A 1NJXA 2F8TA 2Z1GA 1BL3A 3D45A 1VK0A 3SQ0A 1SKWA 3OS1A 5HRRA 4DTRA 1NOZA 1JL1A 2OPPA 3NH1A 1T05A 1TK8A 4B9TA 4F3OA 3VQ6A 4CFCA 3NFAA 4BWJA 4KHNA 1X9WA 1WSHA 1F21A 4J2EA 4E0DA 4CJKA 2OPQA 3DOKA 1NKBA 4KI6A 3AVAA 3ZSRA 1VSDA 4FLWA 4M3XA 2YKNA 3D0PA 5KI6A 4LH4A 1VSEA 4NCAA 3P1GA 1XHXA 1VRUA 3G10A 4CEFA 1VSHA 2EX3A 4BWMA 5FRMA 2NUBA 3THVA 2HHVA 1BCOA 3MEDA 4CF2A 4CHYA 4LH5A 4DQSA 2ETJA 4RG8A 5HROA 2X78A 4CJVA 4LSNA 3SUOA 1NJYA 2AJQA 3TWHA 3VQCA 2B5JA 1MU2A 4AHSA 2YHAA 4FM2A 3VQEA 4KB0A 3G0ZA 2KTQA 4BE2A 1J54A 4AHVA 1HRHA 4F2SA 1Q9XA 4I9QA 2HHSA 1RDDA 3NGZA 1NK4A 3OYGA 3ZT0A 3PX6A 1RBUA 4H8KA 1L5UA 2BDPA 4OKJA 3RR7A 3TAQA 1L3SA 3TAGA 3WNEA 3C6TA 1YVUA 1NK8A 4KHSA 1EX4A 3B6PA 4W5QA 4HUEA 2HVHA 1HYVA 3K58A 4CJ3A 4FLZA 4CEDA 2HHTA 3EYZA 1JL2A 4W5TA 3K59A 1HNVA 4KKOA 1ZBUA 4AH9A 4FM1A 4Q0BA 1HQUA 4J2DA 2RKIA 2HW3A 3K57A 3VQQA 3LZJA 2DY4A 4CJTA 5CZ1A 4CF1A 1ZBLA 3ZSQA 1HQEA 3OYNA 1S6PA 3KLEA 2XY5A 1TK5A 3E01A 1RTJA 4CCHA 3OYAA 1QE1A 4J2AA 2OPSA 1BIZA 3V1QA 1KFDA 2D0AA 2OPRA 2XY8A 4KV8A 1C6VA 3JYTA 1Z25A 4E7IA 2ZD1A 1EXQA 1VSKA 1WSGA 1JKHA 3AVCA 4OGCA 5K14A 3O3GA 3RRGA 1Y97A 1W0HA 1S1TA 4RW8A 4DTMA 3BDPA 1RDBA 3RR8A 2HMIA 4B9UA 1WAJA 2HNYA 1I39A 4O55A 1QSSA 1KSPA 1LW2A 5CY4A 4E1MA 1ASWA 2VG5A 5FROA 4ZTFA 1CLQA 4LSLA 1NK7A 4CFAA 4DF8A 4CEAA 5HLFA 2Q3SA 2YNHA 1A5WA 4M3YA 3HL8A 2QK9A 4FJIA 3QNNA 2ZE2A 4DQQA 1N6QA 1UA0A 1WSFA 5HRSA 3NAEA 4CK3A 3HK2A 3ZSWA 1O1WA 4O44A 4E7JA 4JS5A 3HPGA 3AA3A 3DMJA 5D3GA 3DLKA 2F8SA 3ZT4A 3AO2A 1ZBFA 2IAJA 1BI4A 4CFBA 4JS4A 3SPZA 3ALYA 3I8DA 1ASUA 1GOCA 1KLNA 4KTWA 2G8FA 4IBNA 4FJ7A 1S1VA 2DFEA 3LPTA 3T19A 4C8LA 3S3MA 3A2FA 4B9VA 4DTNA 3O4QA 1WAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P51A 4ZHRA 1JLEA 4ELTA 4A5BA 5EVZA 4M3UA 5F2RA 4KHYA 4YNQA 4ISGA 4HHTA 4FWPA 1CZ9A 3QIPA 4OKKA 2JGUA 3ZSYA 1E4FT 4CGGA 3P39A 1S22A 4H5RA 4FLYA 5AZIB 1GLJO 4DUYK 4BR9A 4CIGA 4E7LA 4O8UA 3V1OA 1VQ5N 4N76A 4JI5K 1RT7A 4LF4K 1XNQK 4CEBA 2BUPA 3SUQA 1TAUA 3HP9A 4LC9B 3AO5A 5AQPA 3EN9A 3K5LA 4DQIA 4CECA 3KVGA 2YJEA 3V6DA 1BQNA 5C2DA 1C1BA 3CC4N 5JS1A 4DLEA 3AVHA 3SUPA 4YDUA 1CXQA 2A5XA 2HBKA 4RWTA 3MX5A 4LFAK 3NDKA 3GOIA 3QFUA 2XY6A 4ILJA 4CHPA 1KVAA 3O3FA 4K25A 1VQNN 4C1NI 4JI7K 4DV1K 1CXUA 3HI0A 4GKJK 3D2EB 1VQ6N 1EWQA 2VYPA 3OYEA 3BY5A 2VG7A 4X66K 2DFFA 1YTUA 4PHTX 4H0XB 4YHHK 1VSIA 3HM9A 1QSYA 5F1XA 3SJJA 5CE3A 2QXLA 3DRPA 1QSLA 2QKKA 3QEVA 2KW4A 3C6HA 4CZFA 4FJ9A 3KK1A 1RTDA 2QWLA 4H0VB 1BIUA 4NCBA 1NGJA 3L2RA 1YITN 1LWEA 1R59O 1GLAG 4BRCA 2DFHA 4H5TA 3HP6A 2FSKA 3CCEN 4JK8A 5M1NA 4CJLA 3N4QA 1S72N 2XHBA 4CEEA 3UKUA 4GW6A 3H3NO 2I5JA 2P5GA 3HOSA 3I55N 3SV3A 3R9PA 3TSQA 1BISA 1T8EA 3QLHA 3RWUA 4CERA 3QEIA 3AA2A 2RPIA 2P9NB 1IKVA 4E7HA 2PAVA 4DS5A 2GWKA 3AVMA 5C24A 4B9SA 5TKYA 4HVJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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