2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
3SAGA 2KV2A 2RRDA 2MA1A 5C0YA 2DGZA 1YT3A 2CPRA 3SAFA 1D8BA 2HBKA 2HBMA 4CGZA 4QIWF 4CDGA 2E1EA 2HBJA 4QJFB 2E1FA 2HBLA 3SAHA 1GO3F 4O3MA 3CYMA 4OO1J 1WUDA 4NLBA 4NLCA 2RHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTFA 1A77A 1Q81O 4BRDA 4B9SA 1T6CA 5EWGA 4YORA 1RCHA 2HOFA 2H3FA 4W5RA 7ICIA 3QEVA 4I9LA 2JRZA 5AQUA 3TAGA 1LKYA 1ECWA 4JLHA 2G8IA 4R65A 4PGXA 1S0VA 4DMNA 1K1SA 2LBOA 4JI1K 4CHNA 4MEXA 3QDKA 2ATLA 3ZX3A 1RFQA 2GO7A 4M47A 1Z4OA 1JX4A 3F5AA 3ONNA 4CFDA 5BRHA 1ZD2P 4FWQA 4KLQA 4Y2RA 2FLLA 3KFUF 1VSLA 4YHHK 4TQRA 2W9CB 2MA1A 5KPRA 3KKAC 3ZI4A 3OGUA 5KG1A 4DOCA 4MFFA 4O55A 4C23A 2HVHA 4PZOA 4JWNA 3CJBA 3L2VA 5HL7L 4H03B 3U4LA 3EZWA 4FVUA 4F3OA 3BQ2A 7ICJA 3E9PA 4X66K 5IIOA 1Q7YO 8ICQA 2E6LA 3H4BA 3EEQA 2BTFA 1TKXA 3HT3A 1PK1B 1XS9D 4OCZA 3H3NO 1XNSA 3IMXA 4Z4IA 4HHTA 2P9SA 4DS5A 2W9BA 3M9MB 4I2PA 2WF6A 3N97B 2IDOA 3SPZA 4IXCA 4NXMK 1NGEA 3PIOL 2KJ8A 4W5TA 1B9FA 2B21A 5CZ1A 4O3OA 5FDLA 5AI9A 4KLJA 2OXOA 1EP4A 1J2NA 3LYSA 1U47A 1C20A 3CQYA 5JMVA 4J9SA 1SAZA 2P51A 1C0FA 2H3QA 5KG4A 1X3MA 3L4PA 2KQ2A 3LVVA 1ZQSA 3SI8A 2RPIA 3J7YP 4QZIA 1KVBA 3CFOA 2K4PA 4NL9C 3D2FB 4C7ZA 4DR7K 1L3UA 4DL4A 4RW4A 2H5XA 2M9NA 3UMCA 3DV9A 4NXZA 2MU2A 3GV8B 5KFHA 2QW9A 5CYMA 2NRHA 1BL3A 4J9PA 3ISDA 5BPMA 1SGGA 5AK6A 3RRGA 1QH9A 4DOAA 3P83D 4PKIA 1ZQEA 3BF3A 2XC9A 8ICPA 1B92A 1BA1A 1ESVA 3J80O 3NDKA 4IQVA 3OY9A 5KFGA 3SUPA 4EHUA 4IRKA 3CCEN 4FS2A 1D9DA 4IBNA 1RBSA 4KHSA 1RYRA 1M90O 4F4ZA 4DCCA 1K6YA 1BG3A 3PW4A 3DM2A 2JXJA 3QFUA 5J0XA 4PY5A 3J7AP 1COOA 1RBRA 2EAOA 1LKYB 2VG5A 2P9IA 3QU2A 1C0MA 3RSEB 9ICPA 2QWPA 4O9MA 5LY3A 4F5RA 5JVGL 4NM1A 1C1BA 2G8FA 3G6XA 1VSDA 2OPRA 2ZTEA 5SZTA 5BRFA 1HKCA 3DI6A 2X6SA 2ASLA 9ICTA 4DU4A 3KLEA 3FZKA 3B0YA 1HUXA 5B8HA 1BISA 4JKFA 4LF9K 5KFPA 4Z6FA 4Y1DA 2YV0X 5FRNA 2W04A 3IHQB 1RYSA 4RT3A 1BI4A 3H0MB 3RBEA 3WXMB 4JI8K 1TE2A 4FJGA 1T94A 2A19A 4M9NA 1QSLA 2PFNA 5M1FA 4I2FA 1ZQOA 3KKRA 4A2BA 3AMZA 2QWQA 2O4IA 1REVA 1S6QA 4DL5A 4KN7A 2W9BB 2F77X 3IUCA 1HNIA 2VQFK 2JR5A 3VF4A 3CFPA 2PFOA 4RQ1A 2LHTA 3AVFA 5JS2A 2N1RA 3WK7A 2YQEA 2R7YA 4H0YB 1U4BA 1NKBA 4DFPA 1BPYA 1GOAA 1CI4A 3CJ9A 5ALFA 4ZTJA 4ECUA 3UKRA 3KHYA 4H5WA 5DGBA 1EKEA 1U48A 3SLCA 2KG5A 2BR0A 3VPZA 1U04A 2XO7A 4IDHA 1Q86O 4O5BA 1RDWX 4PA1A 1AROP 5A2QO 4DTPA 2PBDA 4JNEA 2G8KA 2HOQA 1BPXA 1VJ5A 3HILA 5J2DA 4PHPA 4N76A 2W6LA 4RQMA 2QK9A 1NOMA 4IQTA 1J9AA 4GKJK 1YZ7A 2BCUA 2AGOA 2Z1JA 4FVMA 5TKYA 4OGEA 3BS5A 3M9OB 4QOZB 1JROA 1NJXA 3LDOA 1P7DA 3SPYA 1TV9A 3NGDA 4M04A 4H5RA 3LDNA 4KX5A 2CGKA 3ZYYX 1D4XA 1LAWA 4IO8A 3NUQA 4JI5K 2DKXA 4C8OA 1NU0A 1XSLA 1RT2A 2GX9A 5JU5A 3GU3A 4JMUA 2BCVA 4DEZA 4UB4A 3DWLA 1MQ3A 4FJMA 2PZSA 1QSYA 4I2GA 2P5GA 3VF2A 1YVUA 4PQUA 4J2AA 3M3ZA 5DM7L 4M6WA 1JALA 4YD2A 2WF9A 3AGKA 2VQEK 5AJ3K 4E7JA 3JS6A 4CHQA 4B9VA 4FM2A 5AM4A 3PW7A 4NB4A 3Q8RB 4IQWA 4YQWA 4F4WA 3LDPA 2JV3A 1WOQA 1DLOA 2LM4A 4RW7A 4FJKA 1CZ9A 2IVPA 2P9IB 2VA2A 1FFVA 4RQ7A 5GINA 5ALUA 2F9TA 3IG1A 3VQ9A 4YN4A 3T1AA 1Q82O 4RQ5A 4H0XB 2XGPA 3TADC 4YOTA 1KVCA 2OZSA 3QINA 3HK2A 2NLXA 2XHBA 3NS1A 3MN7A 3J7ZO 1ZQGA 3SQ2A 3WEEA 4UAYA 1LAVA 3PSFA 3HM8A 4PUOA 2OPSA 3U9ZA 2HHQA 4CCHA 2O6KA 1RDBA 2HBMA 2W3RA 4ED0A 4XEIA 3PV8A 1HQEA 3WXIA 2Q31A 1FK9A 3NF6A 3VQPA 7ICNA 1O08A 5H2FU 4LFAK 4DL3A 5AK4A 4I2HA 4GIBA 2BQRA 4ZH4A 4CHZA 3OYHA 4M41A 4O5KA 4FPAA 1W7AA 3S9HA 4ID1A 4MDBA 1NZBA 2KSOA 4CK2A 2FMSA 3RB3A 9ICMA 3G6EN 2G8HA 2E2NA 3I8BA 2LSNA 5HRSA 2G8VA 1FJGK 4Y1CA 2G8UA 5ALXA 5KFJA 4YMMA 1SUQA 3U9DA 2Y1JA 4QZ8A 5J2EA 2XGQA 5J0RA 3I0SA 4Q45A 3RAXA 1S1WA 3UKRB 4JI0K 8ICCA 3FFIA 1QVGM 4CIGA 3DXMA 2JGAA 2ZJRL 3RJHA 3O1BA 1HUOA 4ECWA 4WFAL 3EPIA 4KHYA 4O3PA 4NYFA 1SZHA 4I2QA 3SJHA 4C1NK 4PZNA 2IVNA 2ZJ5A 3EPGA 4Z4CA 2AH5A 4JI6K 3RJFA 4QZAA 2NRWA 5KT6A 3RRHA 3NVWA 4EEYA 2AA4A 4JKDA 1WUAA 2BPGA 1HX1A 3V7JA 4J9QA 4L8RB 5ALGA 3THVA 2ZWHA 2G5IB 2KIWA 1BPDA 1KCFA 3V81A 3AL0B 3BS5B 4I2JA 5KFOA 1OH6A 3WU2U 5KTQA 4CEAA 3BQTA 5AM0A 4K0KK 3LDAA 3FZLA 3QIOA 5AKYA 2C22A 3D2QA 2WHEA 3K1ZA 3L3FX 3BDPA 2EWSA 2GEMA 5GIPA 4E7LA 3AGRA 5ALQA 3K9JA 1XSPA 2D8CA 3EE8A 4O5FA 4CZEA 5AQHA 2D4WA 2P5OA 4YDUA 3C6AA 7ICQA 2QXFA 4CEDA 3OYFA 4R5PA 2P6UA 4M6WB 9ICFA 1WSJA 1T7PA 2YN4A 3UB5A 1SV0A 5EU7A 2Z1HA 3ZT0A 1TKTA 4B9MA 3GIKA 2GWSA 4BACA 2VKQA 1LWCA 4JKBA 3BUZB 5L1JA 3TI0A 5KAFU 1OUQA 2OZMA 2DBYA 5AQOA 5AKEA 2KHOA 4C8MA 1JL2A 1DEJA 1OVQA 5AK5A 1XMQK 3M7DA 2FXUA 3R8EA 4C0ZA 2CXYA 4FLUA 3EE9A 3NE6A 4IG0A 5AQNA 3O3FA 2W3SA 4J2DA 3WEEB 5AKZA 2DPNA 5AQMA 4FLVA 3VEXA 1HLUA 5L1IA 3V6HA 2BGWA 4YNQA 5KG2A 2KVSA 4ED7A 4M2YA 5M1PA 1F44A 1ZBHA 1SZPA 5I3UA 1GLJO 3UIQA 4I6MA 4RPYA 2K4IA 2ZIUB 3JPTA 5F2RA 2IC3A 4AQYK 1ATSA 3BF1A 4QIWF 4CHYA 1IH7A 4BDPA 2DFLA 4DR2K 4NCGA 3ENBA 1BWFO 2HDOA 2ZUDA 3O4QA 4WQ4C 2WF5A 2KSOB 4W5OA 1RTDA 4Z0UA 2JZBA 3VQQA 4LF6K 3RB4A 3A8YA 1DXSA 2KKPA 3BQ1A 3ICXA 4F4XA 3ISBA 1S76D 3CIPA 4C80A 3QEIA 3V4IA 3EWAA 3Q7BA 1WCLA 2AU0A 1RTHA 3ED5A 3SBTA 4LF7K 1Y64A 3SYZA 3D2SA 2YTUA 3RFAA 1LWEA 1QE1A 4ZTFA 5DB8A 3A0IX 2XCPA 1ZQMA 1HUZA 4OLAA 1NG9A 3EL2A 2WTFA 4BG9A 4QZ9A 5KFWA 3VMFB 4XH5A 1ZQWA 3VQEA 5DK5A 1VSHA 3CCMN 3SEIA 4DUYK 4ILJA 5KQDA 4J9OA 1T44A 1A0PA 4CD1A 4BRFA 8ICVA 2D0BA 4N41A 4FJNA 9ICNA 2K8AA 1XSNA 5JICA 4J9RA 5G5GA 4I2EA 9ICHA 2WC9A 1BPZA 2YKMA 5AQIA 5J0QA 3K9KA 3QUCA 4BWMA 4UW9A 3C29A 4CGDA 1ZQZA 2NNWA 4FSVA 3CP8A 3ZCMA 3CI5A 1JLCA 3J81j 3VQ6A 5C5JA 3C2LA 4FLTA 4MHVA 3K4GA 5KFAA 2KFZA 4BRHA 4W5NA 3RR7A 1RDUA 1MA9B 3SAHA 5JTIA 4ILHA 1VSEA 3OYDA 5KFIA 3DLLL 2W8LA 4F5PA 2MSNA 4I7FA 4XQ8A 3QNMA 5KFFA 2RE2A 4DR6K 1L3VA 1VQ7N 5C25A 1ZQAA 5DG9A 3HKZC 5L1MA 4LY7A 5M1OA 4BC2A 1WLJA 4DTUA 1NGCA 2E1ZA 5ALDA 3F53A 1GLBG 4BE1A 4YOVA 5MLCQ 4FJ7A 4JK1A 2R8IA 5BR8K 2KTQA 2JWLA 3H0RB 4RQ6A 3HL8A 9ICQA 2PFUA 2WB1F 3K58A 2QKKA 2K89A 3MDAA 4DCHA 5D49A 2Q0ZX 3O80A 2PYLA 3LWMA 1U2VA 1NOYA 4FWKA 3ASMA 1NJZA 3VOVA 1DOQA 9ICVA 1T05A 3SUNA 2FF6A 4KRFA 4FK2A 4CJSA 8ICBA 3EUB2 2Q0UA 3LAMA 3HW8A 3VQCA 1YZ6A 7ICHA 4DHYA 4IG3A 5ALJA 3CC7N 5CR0A 3QUBA 2E2PA 1VSFA 1IXRA 5ADXH 2NRRA 5I9EB 1RDDA 4I6MB 1N60A 2EZZA 4ACOA 3KHGA 1S8OA 2YMPA 5KT3A 2CH6A 2Q1NA 1EO1A 2VYPA 3QX7A 4RTFD 2E2QA 1WWUA 2FMPA 1PVPA 5BREA 4UAZA 3Q7CA 5ALOA 5HBMA 3GG4A 1R0AA 2JZBB 2J6UA 2ZJAA 1YHQN 4Z6EA 2PFQA 3CCUN 2ZQBA 4I27A 1RILA 1S1UA 5JVHL 3OS2A 1HYSA 4B1YB 1IM4A 3N7RC 3LP1A 3VQ7A 4DF4A 3V6DA 2G8WA 4BWJA 1EQYA 3I28A 3VN5A 2M0NA 1ZQHA 3O4WA 4HUEA 1HJRA 1WSHA 3PSIA 1SB3C 2R8HA 4RU9A 1G99A 1COKA 2NRVA 3SNNA 4DWIA 2P35A 4P4MA 3KWIA 1RDFA 1MWKA 1IKXA 3E9LA 2HHWA 3ISCA 1VAZA 4M3YA 4DFDA 2E5LK 1ZQKA 1V85A 5KFDA 3WKBA 5FROA 4CJ4A 1X66A 1ZD3A 5AQQA 3U3GA 3VGKA 3H3OB 3LDQA 2J6SA 3PX4A 3ZDDA 2KZZA 3CJCA 3FE1A 3AVNA 4E1NA 1ZJNA 3WNFA 4P0PB 2EAMA 4Y2UA 3TFSA 2KMDA 3OTQA 1NGDA 5G5HA 3AO1A 1EXNA 4KB0A 5KFCA 1L6NA 3NH0A 4BRNA 2G08A 3GL1A 4X5VA 4FW1A 2EQYA 1RZTA 1WN7A 3QNOA 3VEOA 3AVKA 4DTNA 4FJXA 2HMPA 3O8MA 4YOYA 4I28A 2KICA 5ALZA 2RHFA 1HJPA 2KV2A 1KC8O 5J8YA 2GWKA 5ALKA 3HSCA 3SJJA 4FJJA 1RT5A 3RJJA 3F73A 2RDIA 5FP0A 1NJYA 3ENOA 1C1CA 2KNJA 2OTLN 1N63A 4JKGA 4K4GA 2ZUBA 4XH4A 2DY4A 2X74A 1BNOA 4ECRA 4WQ5C 3U3YA 2V7YA 4B1UB 2LYAA 2UVVA 5KFUA 8ICEA 4O3NA 5KG6A 1Q3UA 4CI6A 9ICGA 4NLBA 3ZSYA 7ICGA 5ALVA 5HMLA 4OKJA 1U2VB 2CGJA 4NM2A 1S10A 1HEKA 2AQ4A 3PR4A 5IILA 2F9WA 2UVWA 1XUPO 4DKWA 4FM1A 4E7HA 5IIIA 3VESA 2HVIA 4YDUC 3RH6A 1V4SA 2E8MA 4WFNL 3H45C 2ZGZA 5KT5A 2A1RA 3NRWA 1IBLK 1A76A 3PW0A 5EX5A 3TAQA 3NVZA 4M7XA 1E4GT 3AV9A 3KKSA 4EFHA 5BRDA 3MR5A 2K8BB 4CF8A 1OH8A 4GXIA 2B6AA 1Q9XA 4IOCL 3ZSWA 1N36K 2QKQA 3QEBZ 3I8DA 7ICUA 2O8CA 3PSTA 3UMBA 5ALLA 4ECZA 1X9WA 2OH2A 4LZGA 3T3FA 2D6FC 2A3ZA 1JLFA 4CJFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAG A;  2KV2 A;  2RRD A;  2MA1 A;  5C0Y A;  2DGZ A;  1YT3 A;  2CPR A;  3SAF A;  1D8B A;  2HBK A;  2HBM A;  4CGZ A;  4QIW F;  4CDG A;  2E1E A;  2HBJ A;  4QJF B;  2E1F A;  2HBL A;  3SAH A;  1GO3 F;  4O3M A;  3CYM A;  4OO1 J;  1WUD A;  4NLB A;  4NLC A;  2RHF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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