The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
IKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTARVTLTRCFYLFPGH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| molecule keywords |
Caspase-1
|
| publication title |
A Common Allosteric Site and Mechanism in Caspases
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
15
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-06-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3R6G B; 3R7N B; 3D6F B; 1I51 B; 3KJF B; 2C2Z B; 2H4Y B; 2QL9 B; 3GJS B; 1RE1 B; 3R5J B; 4ZVO B; 4LSZ B; 3R7S B; 1NME B; 1RWN B; 1RWW B; 2DKO B; 1RWX B; 2CNL B; 2C2M B; 1RWM B; 1RWP B; 3GJR B; 1RHK B; 4JB8 B; 2QLB B; 4ZVR B; 1RHR B; 1SC3 B; 2Y0B B; 2CNO B; 2QLF B; 4ZVS B; 4ZVQ B; 2XYG B; 1RHQ B; 1PAU B; 3EDQ B; 1ICE B; 3NS7 B; 2C2O B; 5IC6 B; 2H5J B; 2C1E B; 2HBR B; 2XZD B; 2QLJ B; 4ZVU B; 1QTN B; 2C2K B; 2HBZ B; 2Y1L B; 2CJY B; 2QL5 B; 3GJQ B; 1RWK B; 3GJT B; 3RJM B; 2XYP B; 3D6H B; 1IBC B; 3R6L B; 2CDR B; 1RWO B; 4DCP B; 4DCO B; 2HBY B; 2H48 B; 3QNW B; 3P4U B; 1RHJ B; 1F9E B; 2H5I B; 1I3O B; 2CJX B; 3KJQ B; 2HBQ B; 2H4W B; 4ZVP B; 4ZVT B; 2H54 B; 1SC1 B; 1GFW B; 1RHM B; 1RHU B; 2H51 B; 1RWV B; 2XYH B; 3R7B B; 5K20 B; 3IBC B; 3P45 B; 1PYO B; 1SC4 B; 2FQQ B; 3D6M B; 2P2C B; 4DCJ B; 1BMQ B; 3EDR B; 2CNK B; 5IC4 B; 3KJN B; 3SIP B; 2CNN B; 3IBF B; 2QL7 B; 2H65 B; 1QDU B; 2XZT B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1U1M A; 4PEO A; 3BB5 A; 4P10 A; 1HI1 A; 1RT2 A; 5H9E K; 3GIM A; 2W9B A; 1Y9O A; 1NZ8 A; 1N5Y B; 5JVG Q; 5AE1 A; 1MNE A; 3IWN C; 4Q2L A; 1RWW B; 4KAI A; 3A8K A; 2O1P A; 1J5O A; 1FK9 B; 1H72 C; 1X5S A; 2ZJR Q; 4F2R A; 1VQ6 S; 1ZPW X; 4IKA A; 2VD3 A; 3PY8 A; 2L9W A; 3GZ7 A; 2H5J B; 4MAK A; 3CE8 A; 1KFS A; 4KPY A; 3QRQ A; 2HHP A; 3IRX B; 3D1H A; 4RR5 A; 3TEG A; 1YK9 A; 4RW9 A; 2D7S A; 1OPZ A; 1EKR A; 4ZP6 A; 2CA9 A; 1KR4 A; 4MIB A; 5IQQ A; 1HD1 A; 4EO8 A; 1AB8 A; 1PG5 B; 2HWH A; 3RBZ A; 4Y3C A; 1HR0 F; 2FJX A; 4ZLP A; 3HVT B; 1HNZ F; 2AF6 A; 3UD4 P; 2H51 B; 3U1L A; 5F3T A; 5GAG U; 2KFN A; 2JLE A; 3OT9 A; 4PPD A; 1QTM A; 2C3U A; 1FO1 A; 2FVP A; 1WOO A; 1X5T A; 1M90 T; 4EUV A; 4X84 A; 4ELU A; 3BN4 A; 3DLE B; 2VBZ A; 2V67 A; 2D9O A; 2HVI A; 3QLH A; 1TQL A; 1IBL J; 1VJQ A; 1X4B A; 3T5L A; 3OL6 A; 2ZE2 B; 3M2R A; 2KFY A; 1JLB A; 1JK9 B; 5E2Q A; 2ACM A; 3TAN A; 2B9W A; 4ZVQ B; 2B6A B; 1HNW F; 3UVJ A; 2Q6C A; 1T05 A; 3PYD A; 3PR5 B; 1S6Q B; 3IGN A; 5LMU J; 3PW2 A; 2RSQ A; 1BWE A; 3IXQ A; 5KT4 A; 4EYH B; 2OSR A; 3QIP A; 3HXM A; 3W62 A; 3QQC D; 2CQC A; 4UW2 A; 3MI7 X; 3TP2 A; 5A6P A; 2VC1 A; 2M2B A; 3GIK A; 3ULH A; 3AXM A; 2GGP B; 2IM0 A; 4LJM A; 1DLO A; 4LVO P; 2LCW A; 2I5J A; 5L8R C; 3G82 A; 2XMJ A; 5HI7 A; 4A8S A; 1EHW A; 5HBM A; 1H38 A; 1RWV B; 1H3D A; 3GV7 B; 3Q8U A; 3ADA C; 4ZLL A; 2EG1 A; 2VKR A; 1HR0 J; 1UVJ A; 2U2F A; 2GC8 A; 5C42 A; 2DR5 A; 3QPI A; 4LIW A; 2HFV A; 2FVS A; 5BJR A; 5GVQ A; 3SBM A; 1PBA A; 2W8K A; 1F9H A; 3WIV A; 3PRB A; 1NJI T; 5DM6 Q; 3RAM A; 4F4X A; 4J37 A; 4DS4 A; 5GME A; 1LWE B; 4UZC A; 2IDE A; 5HQ8 A; 2VA3 A; 2KT2 A; 3QO9 B; 3G71 S; 1NLK L; 2B9E A; 4DR5 J; 3ZZ0 A; 1ZM2 A; 2CPF A; 1VQS A; 4ECY A; 1U02 A; 2PN6 A; 2MQ8 A; 2KVQ E; 4CQ1 A; 3MZI A; 5B08 A; 2OD4 A; 1X9M A; 3D0G E; 3O5T B; 2LP4 A; 2SXL A; 2AGQ A; 1HPZ B; 3SMZ A; 2ATC B; 4LFB J; 4ELV A; 1SVD A; 2WW4 A; 1UP1 A; 4IG0 A; 5GAG I; 3TZW A; 3RYL A; 2YWW A; 3LPY A; 3RW6 A; 1S79 A; 3LQV A; 1C1B A; 4ZMM A; 1WSR A; 2MZJ A; 5ETK A; 1LOU A; 2D3O 1; 4G1P A; 1NPK A; 3JAM Y; 7FDR A; 4DQS A; 3OUY A; 3A4T A; 2XSF A; 4H54 A; 2WVE A; 2NSB A; 4K59 A; 1TKZ A; 4B3O A; 3LP1 A; 4GVB B; 2W2Q P; 4FF2 A; 2G9O A; 4NLY A; 1CJT A; 2L9N A; 2Q1L A; 3J81 j; 2QA1 A; 2LA6 A; 1GAO A; 3GFH A; 4DL5 A; 2M0G B; 2CDR B; 2PGC A; 3GR0 A; 2QFJ A; 4TU7 A; 1TEL A; 3W9I A; 3CJK A; 1HIY A; 3D54 A; 5HAN A; 3PW7 A; 1CJV A; 1U1L A; 1D9D A; 3JQJ A; 3CGI A; 2LU1 A; 1JLG A; 5IV3 A; 1WDD A; 3J7A 1; 3M30 B; 2HHH F; 2XG8 A; 1RTD A; 3FSX A; 3OTO F; 1N34 F; 1JNZ B; 2BAB A; 3GR1 A; 3DLB A; 1YLX A; 3DRS A; 3NG8 A; 2BJ9 A; 2OTJ S; 1LFW A; 2ZC3 A; 2KHD A; 4K2X A; 2CNL B; 1O6X A; 2JVO A; 2KRR A; 3QRR A; 2JH3 A; 2DXD A; 2KJV A; 3DM2 B; 3OFH A; 4IH5 A; 4H4O B; 3K5L A; 2Z2Z A; 4WXO A; 2I1R A; 3H0P A; 4URG A; 3H2V E; 3NWR A; 2OUG A; 3DI6 A; 2AYG A; 2Q79 A; 3UDL A; 1SJ4 P; 2N7Y A; 5DDO C; 3ISN C; 2AJQ A; 2MQQ A; 2C2R A; 2R7Q A; 3H42 A; 4WTY A; 4C0O C; 1HQ2 A; 2C2E A; 3SCK E; 4G65 A; 3FSY A; 4C11 B; 2PII A; 3EM1 A; 4A8W A; 4XDD A; 1WI6 A; 3TVZ A; 1C4A A; 2J7U A; 1KSP A; 4ZDN A; 4C0B A; 2UU9 F; 1VGY A; 3BJY A; 4XAK A; 4OI1 A; 1Y10 A; 1HMV B; 3PJX A; 2G0C A; 1K47 A; 2R4F A; 3KLV A; 4AXI A; 2V4Q A; 1VYA A; 2RDD A; 3JXO A; 4IFV B; 4H4M A; 2GJ2 A; 3PR4 A; 3OHA A; 3TZZ A; 2D41 A; 4NA3 A; 1ZBT A; 1N34 J; 1XR7 A; 2MKY A; 1QE1 B; 4A8X A; 3R9L A; 1Q0N A; 2PA8 D; 1D09 B; 1KTQ A; 2ADC A; 4L73 A; 1M5S A; 3SCI E; 1FRX A; 2Y1L B; 4ALZ A; 2FYX A; 3HFK A; 1NEE A; 3DRR A; 3M2V B; 2MKC A; 2H48 B; 2DH9 A; 2QJ3 A; 3J80 U; 3DC2 A; 5FD1 A; 1RCX B; 4F2S A; 1CQN A; 1CJU A; 4B9N A; 3UN5 A; 2DNQ A; 2ZH2 A; 3K89 A; 2Z56 B; 3SFG A; 4HTI A; 1UET A; 4ZCI A; 4O4G B; 4Y65 A; 1PYO B; 4DCJ B; 2PFF B; 2BW2 A; 3V5R A; 5E0O A; 4NXN F; 1U8W A; 4NLW A; 3NCP A; 2MQP A; 3KLE B; 4IR1 A; 3VV2 B; 1RKJ A; 4ED1 A; 5AE2 A; 5KFF A; 2IJR A; 3MEG B; 4AE5 A; 5I3Q A; 4OJH A; 3OR2 A; 4CCH A; 4C0H A; 2KL8 A; 4LFA J; 1RWP B; 1FJ7 A; 4OI6 A; 4XDC A; 2AZ3 A; 1U25 A; 2MQM A; 2EK1 A; 3CSK A; 1F3V A; 1TL5 A; 4RU2 A; 1RTH B; 3BS9 A; 2PE8 A; 2XYG B; 2PD1 A; 4OHW A; 3UN2 A; 5ETM A; 2JEF A; 2C42 A; 2C1E B; 2DNP A; 3DRP A; 5DDP C; 1LWC B; 4J9P A; 4JI7 F; 3PHE A; 3SQG A; 5ETS A; 4YHH F; 4TLR A; 4C8L A; 2B4V A; 2NXN A; 1KRP A; 3TZX A; 1C0T A; 4DV7 F; 2K06 A; 3IA0 A; 1Q8B A; 4DUZ F; 1KQF B; 4YS2 A; 2I6W A; 4LR8 A; 1WC0 A; 1R0A A; 3H2L A; 4NOH A; 3DHW C; 4O44 A; 3N6L A; 1NB2 A; 1H2U X; 3EXC X; 1HNX J; 4M5K A; 2M4M A; 3TUI C; 2JZ5 A; 1XR6 A; 1SV5 A; 2HNZ A; 1P27 B; 2VKZ G; 4IFY B; 3IS9 B; 2GVD B; 1TKX A; 1N33 F; 5HSP A; 2PI4 A; 3FVY A; 5JMN A; 4OV6 A; 4TY8 A; 1IWA A; 2GCF A; 3MM7 B; 1RE1 B; 4NXN J; 4DR7 F; 2HQI A; 4ZVO B; 3A3N B; 1X4C A; 5G4D A; 1FWP A; 3W61 A; 3UDC A; 5K8O A; 5T14 A; 5J2Q B; 2GVZ A; 4IOA Q; 4J91 A; 1PAU B; 1FD2 A; 4HI2 A; 3MTK A; 4LRB A; 3I5B A; 2VL1 A; 1ZZF A; 4WK1 A; 4P2F A; 1SJR A; 2YKN A; 4QR0 A; 3DNC A; 1FNM A; 4X4O A; 2XZW A; 4JI7 J; 1M5V C; 3M32 A; 2K7J A; 1A9N B; 4EEY A; 1V3S A; 5KFT A; 5KFP A; 1BGX T; 2DJW A; 1WAC A; 4DV7 J; 1NRK A; 3GV8 B; 3RAQ A; 3B54 A; 4E98 A; 4ZCL A; 2IM2 A; 2B43 A; 3RU0 A; 1KNZ A; 1DZ5 A; 2DYA A; 1RTI A; 1R6V A; 5ADZ A; 2A0F B; 1RT1 B; 1PJ5 A; 2G0J A; 4LF8 J; 1VHF A; 4L3K A; 4NLV A; 4CO0 A; 4Y28 C; 2COL A; 3KHR A; 1C4C A; 2HWI A; 1S9G B; 1NND A; 3H25 A; 3W66 A; 4LBP A; 4YQW A; 1N33 J; 1O0P A; 4OYP A; 2HGN A; 1NU4 A; 3CD6 S; 3V4I B; 4DR7 J; 3W5X A; 2YTC A; 3HHL D; 3ILJ A; 3PNI A; 3ET6 B; 1DQ8 A; 3HHK A; 2HRT A; 3CUN A; 3PDN A; 1S76 D; 2DNR A; 1ZH5 A; 3I9V 9; 4RW8 A; 4O3P A; 3BDP A; 1U6F A; 2ASL A; 5D0E A; 4O0N A; 2XS5 A; 4FNI A; 2IC3 A; 3EWG A; 3CD0 A; 4ED5 A; 4GC7 A; 2Z0G A; 3QRP A; 4KTQ A; 4ZVT B; 3T1H F; 2CVI A; 4ECZ A; 4USU A; 4U8Y A; 2BM1 A; 2OP5 A; 2YX4 A; 2HNY B; 4HVZ A; 2X7I A; 3QJL A; 5C5J A; 5HRO A; 1SUQ B; 1K44 A; 2BKN A; 2OPQ B; 2B4P A; 3MD3 A; 1E6V A; 3KHL A; 3VQT A; 2OPS A; 2WRM A; 3H5X A; 1LW2 A; 2P6S A; 4LRE A; 4M95 A; 1DAX A; 2WON A; 4LBH A; 2VG7 A; 2NXC A; 2M52 A; 4L74 A; 4DV1 F; 4ILL A; 1UTA A; 4YY3 F; 5T41 A; 3FZ2 A; 2LKZ A; 3GLJ A; 4K4S A; 1KKH A; 2R7V A; 5MLC V; 2ROP A; 5ETQ A; 3IWL A; 2VH7 A; 1NK9 A; 2JJ4 D; 2GJF A; 4KQZ A; 4PXE A; 2H9Z A; 3H7H B; 3BSC A; 1NK6 A; 4FBU A; 2NZC A; 2O5D A; 2CJX B; 1KON A; 4L75 A; 3D9B A; 3H40 A; 3P45 B; 2ZKT A; 4ETX A; 2UVV A; 2Z4P A; 4C2M A; 1QVF R; 3VAK A; 3RUB L; 5ETR A; 1SCJ B; 2AX0 A; 1TAQ A; 4JI8 F; 1UWA A; 3DXS X; 5DZ7 A; 2FGO A; 1H7W A; 2LQJ A; 1N5T A; 1U6Z A; 3GB0 A; 3ELH A; 4B3R F; 4FPR A; 2BQR A; 2H1Y A; 2V4J A; 2QC3 A; 2QN6 B; 4BBY A; 2XSJ B; 4OZJ A; 3OBI A; 2YVS A; 1NKB A; 2BJD A; 4M63 A; 5KG1 A; 3MUV P; 3NCR A; 4WE1 B; 3UR3 C; 4CLT A; 2N3L A; 2K1R B; 4DPT A; 1N5Q A; 2R8I A; 2CQ3 A; 5KFK A; 2QLW A; 4BWJ A; 3HSG A; 4YY3 J; 1D9A A; 4KV8 A; 3POT B; 3D67 A; 1OY8 A; 4DPU A; 3IBW A; 3WIU A; 2YPZ A; 3LAM A; 1FE4 A; 4NAS A; 2MHN A; 3JS9 A; 3MMC B; 3Q8S B; 2DTJ A; 3CJ8 A; 3D66 A; 2LEB A; 1S1W B; 3N4W A; 3JSM A; 1U2F A; 1RHM B; 4PXD A; 4ZN1 A; 2L48 A; 5K14 B; 1AZS B; 4FS1 A; 3MCN A; 5KOW A; 2CPI A; 4KHP F; 4Q5V A; 3T19 A; 4QZV B; 3NGT A; 2H65 B; 4JYA F; 1QDU B; 2OAU A; 1RK8 A; 2KM8 B; 4ZP9 A; 4UZB A; 1FES A; 3BGR B; 4RW4 B; 4LF1 A; 3K5N A; 4JI8 J; 3ZZT A; 4C7Q A; 3MOZ A; 3NOG A; 1RWN B; 1NK0 A; 5DG8 A; 4DFM A; 1VLY A; 3CF5 Q; 2DIU A; 1N5Y A; 1UEV A; 1W2B R; 3ZTP A; 4DX6 A; 2FJW A; 4KGZ B; 1NAQ A; 1B7Y B; 2MKH A; 4R25 A; 5DG9 A; 1RA7 A; 1LWF A; 1QTN B; 3CJ0 A; 3C8Y A; 2IJN A; 3UD5 A; 5A2Q Y; 4JV2 A; 2M9K A; 2IVM A; 1VBY A; 3PFE A; 2ZWO A; 1ZPV A; 3W5Z A; 4CLW A; 2LMI A; 3AD8 C; 2YNH B; 1WUU A; 3ISZ A; 1NKC A; 5D0G A; 1TMM A; 4C8Y A; 1K9M T; 1S4F A; 4MTP A; 1U47 A; 2GAH C; 3HM9 A; 1B0P A; 3PXG a; 1VRT B; 2QTW A; 2KVI A; 1AXQ A; 3BF4 A; 1A6L A; 3HVT A; 1B99 A; 2YWE A; 3KHH A; 2RNE A; 1RU1 A; 3HO1 A; 2XHW A; 1GEH A; 4PPZ A; 1F60 B; 2FVR A; 4PZV A; 4RW7 A; 3CMQ A; 3TUP A; 3HD1 A; 3R27 A; 5J2N B; 3HSZ A; 1VIS A; 3DLE A; 2YX7 A; 2DKO B; 1X0P A; 1Y5N B; 1YJW S; 1NJX A; 4W90 B; 1KHW A; 3HJV A; 8ATC B; 2XQC A; 4B17 A; 5EWG A; 1VQ7 S; 3NBP B; 4B9M A; 2RIJ A; 8RUC A; 3JSY A; 2A2C A; 2XHC A; 2E9R X; 1FFG B; 2W9C B; 1HWJ A; 3RRG A; 1MWZ A; 2E7V A; 4M5N A; 4NA2 A; 1HBM B; 3DOK B; 2B6A A; 5AXN A; 4B02 A; 3CJT A; 4ID5 B; 2XYP B; 2XMU A; 2ZZT A; 1S6Q A; 3V6D A; 2DR6 A; 5A0Y B; 3BBB A; 1NK7 A; 3KNG A; 1EKS A; 2CQ4 A; 4RBU A; 4LF7 J; 3SCL E; 2WHO A; 4PWW A; 2J0S D; 1YI2 S; 4K5R A; 2VDH A; 1FEE A; 1KS2 A; 4A46 A; 3MTJ A; 1KVK A; 3HHL C; 1RAJ A; 5F8L A; 2YQ3 A; 1RBO B; 4TY9 A; 4HH1 A; 4DQQ A; 2DGV A; 1S72 S; 2H4Y B; 2FB0 A; 1YWX A; 1A0O B; 6FDR A; 5CH7 B; 1ZAV A; 1RHK B; 4FVC A; 3I4P A; 1H2V Z; 1GXT A; 1RT5 A; 3KXD A; 5KFJ A; 1WHX A; 3HFV A; 2PDA A; 3CNQ P; 1IR2 A; 2ZOG A; 5D78 A; 5IT4 A; 5L1J A; 1T95 A; 1OQ6 A; 3G6V A; 1LWE A; 1X5P A; 2CJA A; 3QSY B; 1UZD A; 3KK2 B; 2ZH7 A; 5JUM A; 1S5Z A; 3JSR A; 2FJB B; 2KI2 A; 4GKK J; 1CEZ A; 3W60 A; 4O3R A; 2D9P A; 2QZ8 A; 1NK4 A; 4I2Q A; 4KE5 A; 2PEH A; 3F73 A; 4HI1 A; 2CPX A; 1HPZ A; 2E1P A; 1G1X A; 2VZ9 A; 2I9S A; 5KG6 A; 3MAQ A; 2QSF A; 2YWG A; 4B3S F; 3C16 B; 4LRA A; 5EHH A; 2QA4 S; 1TP7 A; 2BW7 A; 3R5J B; 4ES2 A; 3W5Y A; 1YSJ A; 4USM A; 4IO1 A; 3MDF A; 1FKO B; 5F3Z A; 4FYD A; 1FTC A; 3ENA A; 4Y2A A; 4OJ3 A; 2CPJ A; 3T9Z A; 1Y11 A; 3KLI A; 3A8I A; 2C2K B; 3UDV A; 3WX8 A; 2V0N A; 5D4O A; 2DNG A; 3K59 A; 3QAU A; 4F7V A; 3CC4 S; 1AFI A; 4GVB A; 5L1K A; 5CYM B; 1NJZ A; 2RQK A; 1ZM3 A; 4P9S A; 2VFT A; 4Y2I A; 3AFG A; 2R42 A; 3CTR A; 2BRL A; 4HDH A; 1HBU A; 2AV5 A; 2EFV A; 3NGD A; 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