2HMPA

Uncomplexed actin cleaved with protease ecp32
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
publication title Crystal structure of polymerization-competent actin
pubmed doi rcsb
total genus 124
structure length 360
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2hmpA03
2ASPA 5I9EB 5EVZA 3U8XA 3P4IA 1YAGA 2ASOA 4I6MB 3IMXA 4BQLA 3QDKA 3RSEA 1OKJA 1NGAA 4QS7A 3O80A 2A40A 3MN9A 1HKCA 2Q1NA 3VEZA 2P9LA 4B1XB 4JHDA 3JS6A 4EHUA 3LM2A 1S22A 4HTLA 4O5FA 5AQGA 1S3XA 4BR2A 3TU5A 3UE5A 4IWVA 4A62A 5AQMA 5AQFA 1BG3A 3BF1A 3EZWA 3ATVA 5AQRA 4C23A 1SAZA 4CZLA 3AARA 3FZHA 3ULEA 3R9PA 2FLOA 1BOTO 2A42A 5FPMA 1E4GT 4JD2B 4RTFD 4WQ4C 5KPRA 2NZTA 3OHRA 2ZGZA 2EWSA 1MA9B 1NLVA 4B1VA 1WOQA 3GDQA 4FWKA 2FSJA 3D2FB 3M6GA 5AFUA 5AZIB 3WQUA 1QQNA 2A5XA 4GY2B 4PKHA 4BRIA 4M7XA 4FWSA 1NGJA 3C7NA 4FWLA 4MLHA 2VCPA 5BPNA 3MN5A 2P9UA 2QWPA 3AAPA 3CJ1A 5LY3A 3CHWA 3FLCO 1IJJA 3ENOA 1NMDA 3IUCA 1XC3A 1WUAA 5JICA 3VF4A 2E2PA 4MO4A 3QB0A 5KPZA 2HOEA 2P9PB 3VGKA 3ZX0A 2I7NA 1GLJO 4H0YB 4WQ4A 3CJBA 3VENA 4JHDB 3U4LA 1HX1A 4GNIA 2FXUA 4I6MA 1KAYA 2CH6A 5ADXA 3M1FA 1X3MA 4CD1A 2ASMA 4WQ5C 3A5LC 4BG9A 1NGDA 3R8EA 4A2AA 1RDWX 3SK3A 1Q18A 4FWQA 1JCGA 5AQYA 2AP1A 4YDUC 4CBWA 5F0XA 2W41A 1HLUA 3VGMA 1QZ5A 2E20A 2QWQA 1GLFO 1NGHA 5EXWA 3C0BA 2P9NB 3CJ9A 3MN7A 4XH4A 5AQQA 3EL2A 4A61A 1T6DA 4BC5A 2IVPA 1X3NA 4JD2A 4XH5A 5AQPA 2Q97A 5AQSA 5AFUH 4CI6A 3UKUB 4H5RA 3D2FA 1NGGA 4EHTA 1YUWA 5AZIA 4BREA 5AZJB 3H46O 5F2RA 2QXLA 5LJVA 4CBUA 4WQ5A 2YJFA 4BROA 4DQ8A 1EQYA 3LDPA 4HWIA 4IJAA 2ZWHA 5EX5A 3GE1A 1ATSA 3TPQA 3HSCA 2W40A 3ZETB 3O4WA 2VWBA 2AA4A 4DB3A 3GBTA 5BRHA 2HMPA 3R6MA 4FWRA 3DJCA 1DEJA 3CI5A 4BVPA 4IZ9A 2UYTA 1HJOA 2BUPA 3WXLA 3O8MA 2ITMA 3SLCA 4BRFA 2P9PA 4B9QA 4PL7A 1KXPA 3VEXA 3QBXA 1DKGD 1QHAA 2P9KA 4FPBA 3MMVA 4H5WA 2E8AA 5CE3A 2V7YA 5BPLA 5ADXH 4PKGA 4JNEA 2CGLA 4BG8A 4MO5A 1DGKN 2E2QA 1H1VA 1YVNA 1QQOA 1MDUB 5BR9A 1NGFA 1V4TA 4IO8A 4IXCA 3EN9A 5E26A 1NM1A 1SQKA 4WYBA 1V4SA 4NO7A 2FF3B 1Y64A 5JMVA 1ATRA 1NGCA 4F9OA 4QS8A 1G99A 2QW9A 1RFQA 2GWJA 1MWMA 3WUHA 2P9NA 3GG4A 2YHXA 1JCFA 5BPMA 3FGUA 4BGBA 1KAXA 4FWMA 4BC2A 4CZKA 5AQOA 3QFUA 1BWFO 3HTVA 1P8ZA 2QWRA 4BRCA 3UKUA 3VF6A 3HZ6A 1NGBA 1JCEA 3H1VX 5AZJA 2NLXA 3UKRB 3W3DA 2V52B 4K41A 4EIAA 3AAQA 2D4WA 4J8FA 2GEMA 2E1ZA 4BR4A 4CBXA 2CGKA 3GL1A 4XH1A 4B1YB 2QWNA 5JLFA 1QQMA 3ZETA 2P9KB 3HM8A 4B1UB 1R59O 4H0XB 2QWOA 2VYPA 3VEWA 5JLHA 3BP8A 5E84A 2FSNA 2E2NA 1K8KB 4H0TB 4H5NA 4FO0A 3ATUA 3CJ7A 2Q0RA 2CGJA 4BGAA 5KQDA 3O5BA 2DPNA 1T6CA 3H6EA 2YHYA 1U2VB 2GUPA 4ISGA 3DXKB 1E4FT 3O6WA 1GLEG 4BRQA 3LDOA 2Q36A 3CQYA 3VEOA 4BRGA 3ENHA 2J4RA 3ID8A 4L3QA 4BRLA 1NGIA 3KVGA 4EAHD 5AQLA 5AQXA 3I8BA 1GLDG 2V51B 3CJAA 3H3NO 1TYQB 4CZEA 3WEEB 3WQTA 2H3GX 5BN9A 4H5VA 4EFHA 2YJEA 2A41A 4DCHA 2P9SB 4BR9A 2IVOA 3DAWA 2BTFA 2Q0UA 4MLEA 2I7PA 2QM1A 1C0FA 5AQJA 3KZBA 3FZKA 4BQZA 1ZC6A 4XEIA 4DHYA 4YDUA 5TKYA 4CZFA 4BRMA 3CIPA 3LM9A 3D2EB 3UKRA 4QS9A 4Y0WA 4BR5A 3DWLA 4K43A 2D1KA 2GWKA 4CZJA 3VF2A 3O1BA 1C0GA 4H0VB 3H45C 4FOEA 3G25A 3BUZB 1ZBSA 4H03B 3VETA 3A5OC 3UB5A 3WXIA 1TUYA 3A8YA 2QWLA 3CQXA 4CZGA 4B1WB 2ZF5O 1K8KA 2IIRA 1J6ZA 4BC4A 3VERA 1RGIA 1Z6RA 3ZEUB 3VESA 3U9ZA 3U9DA 4CZMA 2A3ZA 1U2VA 3O1WA 3SJHA 5B8HA 3DXKA 4LC9B 1GLBG 3VEVA 5BRDA 3WXKA 3FZLA 3KHYA 2CH5A 3WT0A 3CJCA 4BRPA 1X9JA 3IFRA 1LCUA 5BRFA 4FSVA 2QWMA 5FPDA 1GLCG 3EO3A 4KBOA 5EOYA 5AQUA 2KHOA 3W0LA 5AQNA 4BR7A 4E1JA 1TYQA 4BRAA 4B1ZA 3WEEA 3QBWA 3I33A 4ISFA 4BRKA 4FWNA 2P9IB 2P9SA 4FPAA 3L0QA 2PAVA 1NWKA 3F9MA 2WUSA 3A0IX 3H1QA 3LDLA 5AQIA 2D0PA 3QFPA 4BR0A 1ATNA 3EKSA 1BDGA 3IDHA 1HUXA 1KAZA 4JN4A 3GOIA 2E88A 5AQZA 2F9TA 5AQTA 3DXMB 2HF4A 3D2EA 3MN6A 1BUPA 3CERA 4BRDA 3VOVA 4BRNA 4AM7A 1LOTB 2GTDA 4BVOA 3FZFA 2Q31A 4M63C 5FPEA 5BN8A 1SZ2A 5ELZA 3CETA 5AQVA 2PBDA 4H0PA 3FR0A 3LL3A 2GELA 5AR0A 3RSEB 3ZX3A 5FPNA 1GLLO 4FL9A 3MDQA 2E1YA 1TUUA 1YXQA 3QICA 2P9LB 2YHWA 3B8AX 5AQKA 4PKIA 4H5TA 4O8KA 4CJ7A 2D0OA 5LJWA 3ZEUA 3HBTA 4H0OA 1NGEA 5AQHA 4PL8A 1IG8A 3JXUA 3H3OB 3BEXA 1ZXOA 1Z05A 1MWKA 3QMLA 3AY9A 3MCPA 3ZX2A 1BO5O 3ULEB 3VGLA 4CZIA 4BRHA 3L6QA 3WXJA 1XQSC 3M3ZA 3O08A 5KQ8A 2E2OA 4A2BA 2FF6A 1HKBA 4K25A 1BU6O 1T44A 3FFKB 4BC3A 5F1XA 1HKGA 4FOIA 2V7ZA 3VEYA 5BREA 1U6ZA 2OANA 5EY4A 3LDQA 1CZAN 1BA0A 1NBWA 3SMSA 3C7NB 3EKUA 5KPTA 4FWPA 2P9IA 4RWTA 3D7EO 2P9UB 1GLAG 4M7YA 2ZGYA 2F9WA 4RCHA 4AM6A 1ESVA 3LDNA 4IJNA 4NB4A 3A5MC 1BA1A 3S41A 2Q2RA 3HI0A 2IVNA 3FZMA 4CZHA 3A5NC 2A6AA 4FWOA 3J8AA 2FSKA 3MK6A 3DXMA 3FE1A 2NRHA 2HF3A 2YI1A 3L4IA 4CD3A 1HPMA 1QZ6A 3BF3A 1D4XA 4Z94A 4JAXA 2YCHA 5AQWA 1XUPO 4K42A 3SMPA 4ISEA 3VPZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZM6K 4FM0A 5EVZA 4FJLA 3NGIA 1Y97A 1YAGA 1QQCA 5CZ1A 3IMXA 4BQLA 4CHPA 1WSGA 1OKJA 1NGAA 3TI0A 3MN9A 1GOCA 2KKZA 1U04A 1YJ9N 3JS6A 4DTOA 4EHUA 1KVAA 3KK2A 3LM2A 2G8HA 4O5FA 4CF1A 3TU5A 3TWHA 1GOBA 1YITN 3TTFA 1ASUA 4JLHA 1JLFA 4A62A 3TAFA 3OS2A 4OLBA 3BF1A 4C23A 4Z4EA 3ULEA 4BACA 2FLOA 3L8BA 4WF9L 3CM6A 5FPMA 1KCFA 4JD2B 3G4SN 5KPRA 4FJKA 1J9AA 2NZTA 3Q7BA 4U7BA 4CFAA 3RTVA 2FSJA 3M6GA 2DFFA 5AZIB 1VQPN 1T05A 2A5XA 4GY2B 3IG1A 4PKHA 3DLHA 3TABA 1NKEA 2VCPA 5BPNA 3SBGA 4M3TA 3DOLA 1X9MA 3NMUA 2QWPA 3AAPA 5LY3A 2X6SA 1KVCA 2HSTA 1REVA 5CZ2A 1L3UA 2Z1HA 1ASVA 3IUCA 5JICA 3VF4A 5SWMA 4HUGA 3ZX0A 2G8WA 1KC8O 1J5EK 3AVMA 2HHQA 3MX5A 3MWPA 5JVGL 3PIPL 4FJIA 4DV5K 4CEDA 3NCIA 3M1FA 1X3MA 4CD1A 1CXQA 1N6QA 4WQ5C 1EO1A 3I0SA 4B9TA 1RDWX 3LP0A 5CYQA 1KLMA 1QHTA 4IDKA 5M1NA 3MXJA 4YDUC 4CBWA 5F0XA 1VQ8N 3HT3A 4CFDA 1HLUA 3SUQA 2E20A 3K0SA 3SYZA 1GLFO 3CJ9A 3AGKA 4XH4A 4LFCK 3LAMA 1S72N 3D45A 2VWJA 2Z1JA 1X3NA 4JD2A 3QEIA 3HRGA 5AQPA 5KRSA 2Q97A 1IKVA 1B9FA 4XIUA 5AFUH 3LWMA 3V1OA 3MAQA 1CXUA 4CEAA 4DV0K 1YUWA 5AZIA 2Z1GA 3V9UA 3C6AA 1EX4A 3MXMA 2YJFA 4BROA 5I42A 4HWIA 2LSNA 4PQUA 3AO2A 3HSCA 2W40A 3O4WA 2VWBA 4CGHA 4DB3A 3HP9A 2OTLN 3GBTA 2HMPA 3R6MA 4NLCA 4CF8A 3CI5A 4AHVA 2UYTA 3WXLA 4QOZB 2NRTA 3RMBA 4B9QA 3SPYA 2O8BB 3QBXA 3QEWA 4FPBA 2P9KA 3SUPA 3AVJA 4AQYK 3TAQA 5ADXH 4B3OA 1RBUA 1Q82O 2CGLA 2E2QA 2F8SA 3SUOA 1VSLA 4W5OA 1Y64A 2D0BA 1T8EA 2QW9A 5HL7L 4BDYA 1MWMA 1A5WA 3WUHA 3GG4A 3MXIA 3HK2A 2YHXA 2YKNA 3IKMA 4B9MA 3OVNA 4BC2A 2KZMA 1B92A 1VQ4N 5AQOA 1WAFA 2FBVA 2HHWA 2QKKA 3AVBA 3N4PA 1P8ZA 4BRCA 4KHSA 4NLBA 4GKJK 3V9XA 3H1VX 4OKJA 1QSLA 1FJGK 2V52B 4AILC 3OBYA 3LAKA 3THXB 4LFAK 2CGKA 5JLFA 2QWNA 1RDAA 2A1RA 3P83D 1R59O 2QWOA 3VEWA 1VRUA 5E84A 4AHSA 2FSNA 3AO4A 4AH9A 1K8KB 2O8BA 2IC3A 1D9FA 4FO0A 1D8YA 1JXBA 1RDBA 2Q0RA 5C24A 2VG6A 5C25A 3TAEA 4X64K 3O5BA 1U2VB 3BY5A 1IV0A 5E41A 3OYFA 3VEOA 4LF5K 5M1OA 3ITHA 2J4RA 4ID1A 1NK5A 1C1BA 3PV8A 5JVHL 5AQLA 4CGDA 5CHIA 3I8BA 1GLDG 4YNQA 1NK4A 3WEEB 3WQTA 3PO4A 5BN9A 4H5VA 1NJWA 3E66A 1RTJA 3LPTA 3U6FA 4V19S 1SKSA 5FDLA 1NK7A 2HBJA 4DSLA 4MLEA 2I7PA 3KK1A 4JKAA 3NVMA 4EZ6A 3RR8A 3C6TA 1LW0A 1RTIA 1BQNA 3NFAA 3WNHA 4K43A 3KK7A 2GWKA 3PUFA 1C0GA 4PUOA 3RRGA 3V1QA 3KLHA 5HLFA 2JWLA 3BUZB 4EZ9A 1HNIA 4E89A 3HYFA 3QETA 3NF8A 3WXIA 1X9SA 2O8DB 3CQXA 4YHHK 1K8KA 1EWRA 4KH6A 4BC4A 1S9GA 2HHVA 1F21A 1U47A 1ZBIA 5GAHP 3K59A 5HRNA 4DV1K 1U2VA 3O1WA 1VSJA 2ZJPL 4LC9B 1GLBG 4CK3A 3K5LA 1XNRK 1XC9A 1Q7YO 3WT0A 4M41A 1BCMA 4E19A 2YHBA 4CCHA 5FPDA 3F2KA 4LSLA 1VSKA 3MEDA 5AQNA 1VSFA 3O9UA 4JS4A 4BRAA 4CJLA 3WEEA 3I33A 2HHUA 4Q0BA 1VQMN 4FPAA 3L0QA 1NWKA 3H1QA 3KTQA 2YX6A 4O8UA 1W7AA 4OGCA 4BR0A 3CMAN 3K9KA 5HRSA 3V6DA 3PX6A 3V81A 2IS3A 1XHZA 1KRPA 2F9TA 4E7HA 2HF4A 4BRNA 3ZSYA 1EXQA 3TSQA 4AM7A 2GTDA 2XHBA 3BZKA 5ELZA 4ICLA 3CETA 5AQVA 3PO5A 2E6MA 4CJPA 3RSEB 2F96A 1KSPA 2O8DA 5FPNA 4CJFA 4LFBK 3PSIA 1GLLO 3JAMO 4FL9A 1QVGM 1TUUA 1VQNN 3E1YA 1WAJA 1JLQA 3HBTA 4DSEA 2Q3SA 4FJ9A 2UUBK 1XNQK 1IG8A 3JXUA 1JLCA 4K0KK 3BEXA 4CJEA 4CJWA 3QMLA 2GX9A 1BO5O 3VGLA 3G6EN 2RE2A 4CZIA 3EYZA 1G15A 4ID5A 3V1RA 4JKFA 3E9LA 4CVNE 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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