The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
LSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Translation
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| molecule keywords |
Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
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| publication title |
Eukaryotic class 1 translation termination factor eRF1 - the NMR structure and dynamics of the middle domain involved in triggering ribosome-dependent peptidyl-tRNA hydrolysis
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
24
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VMF B; 2HST A; 3OBW A; 3MCA B; 2QI2 A; 2VGM A; 3E1Y A; 4AF1 A; 3OBY A; 3AGK A; 3WXM B; 1DT9 A; 2VGN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WUH A; 1YF5 L; 4W5R A; 4AHC A; 1KVA A; 1K73 O; 4JKH A; 3CJ9 A; 1B92 A; 4YOX A; 3RMB A; 4EZ6 A; 2QWM A; 4WFB L; 5JIC A; 1SKR A; 4BRF A; 1A5X A; 3OJS A; 4CZL A; 4XIU A; 1C1C A; 4LF7 K; 2P51 A; 4GMJ B; 1BUP A; 2YCH A; 3ZSW A; 3T1A A; 1L3U A; 1IKW A; 3K59 A; 3U6F A; 1K8A O; 2ZGY A; 2IVO A; 1XNR K; 4GV9 A; 4CEE A; 1BIZ A; 4BC4 A; 2HW3 A; 2HNZ A; 3ZX2 A; 4FLZ A; 3VEO A; 2ASO A; 4BWM A; 3OVN A; 4FJL A; 5AQW A; 4M42 A; 3MEG A; 5GAD P; 2FXU A; 4CK3 A; 1RT7 A; 2A41 A; 4KH6 A; 4DU1 A; 1D4X A; 2F9T A; 4CED A; 5BN9 A; 1SL1 A; 3KD5 E; 1KAX A; 2QTD A; 3VQ9 A; 4FM1 A; 4HUF A; 1RT2 A; 3F73 A; 1KC8 O; 3SK3 A; 4ICL A; 3EEQ A; 3T19 A; 1KVB A; 3GG4 A; 3ZSR A; 1C6V A; 1T6C A; 1VQK N; 4I9Q A; 3DOK A; 4CHP A; 4DSJ A; 2HHQ A; 1MDU B; 4PKG A; 3NE6 A; 3CET A; 3AVC A; 4CJR A; 1X9W A; 4FWP A; 1NK4 A; 3LDP A; 1KRP A; 4DSL A; 4BRN A; 2Q31 A; 4Z4E A; 4DLG A; 3M8S A; 4TSX A; 4H0V B; 3VEW A; 4ZHR A; 1DGK N; 1ATN A; 2HMI A; 3NCI A; 1S1V A; 2QWP A; 2OPP A; 5C2D A; 3SNN A; 3UKU A; 2QXL A; 4H4O A; 5M1N A; 1C0T A; 3HPO A; 3ZYY X; 5IWA K; 1LOT B; 5ADX A; 4KPY A; 2IAJ A; 3CFP A; 2HB5 A; 1ILY A; 5T7B A; 1QTM A; 3K58 A; 4B9V A; 2O4G A; 2FF3 B; 1HRH A; 3I8D A; 4CJS A; 1VRT A; 3OYB A; 5K14 A; 1QVG M; 3KLG A; 1NJI O; 4RW8 A; 3V9U A; 1BIS A; 3EZW A; 4KTW A; 3HL8 A; 3M8R A; 3TWH A; 3O4N A; 1YXQ A; 1SUQ A; 3J80 O; 3G4S N; 4FWQ A; 4CE9 A; 3UKU B; 4DTO A; 4CIF A; 1P8Z A; 2YHX A; 2PZS A; 4KHW A; 3VF6 A; 4HCC A; 4FZX C; 3QBX A; 3Q7C A; 4R5P A; 3NHG A; 2HBL A; 1BOT O; 1Y64 A; 4HWI A; 1NGJ A; 3LDQ A; 2W40 A; 3HM8 A; 3LM9 A; 5AQF A; 4BY9 C; 1NJZ A; 4YOW A; 3SLC A; 1IV0 A; 2YI1 A; 2GTD A; 1T05 A; 1C0G A; 1J54 A; 3EY1 A; 3O8M A; 4H0Y B; 3MN5 A; 4F3O A; 5FRM A; 4CHQ A; 4NCB A; 3DLG A; 5I3U A; 4E3S A; 1HYV A; 3I0R A; 3SMS A; 4FOI A; 4LFA K; 5J2M A; 4K0K K; 4B1U B; 1KFD A; 4MO5 A; 5HRP A; 3T1Y K; 3BUZ B; 4J8F A; 3VPZ A; 3WXI A; 1HNI A; 1WNS A; 2NRX A; 4JK7 A; 3PX4 A; 4NCA A; 4FOE A; 4EP5 A; 4FYD A; 3AVH A; 4Z4C A; 3EO3 A; 2UUB K; 4BE2 A; 3WEE B; 3MAQ A; 3QFU A; 4DV7 K; 3UE5 A; 3AAR A; 3O1B A; 4B9S A; 4DSI A; 1JLG A; 4CER A; 3IRX A; 4RTF D; 4KH4 A; 1JL1 A; 3JSM A; 1BIU A; 1WOQ A; 2QWO A; 3NAE A; 2QWL A; 3NGY A; 4H5N A; 3RMD A; 4LF5 K; 2AP1 A; 3QIP A; 3PIO L; 2A5X A; 3C6T A; 4CJ3 A; 4KKO A; 5AJ3 K; 5C12 A; 3OS0 A; 1F21 A; 3ZT4 A; 4X62 K; 4PL8 A; 3M6G A; 2E2N A; 1FJG K; 3TSQ A; 1T44 A; 3RVC A; 1I39 A; 3HVR A; 4FM2 A; 2UUC K; 3E9P A; 1YIJ N; 3ULD A; 4FZY A; 2UXC K; 4CJP A; 1NKC A; 2O8E A; 3AVG A; 3C6U A; 2CGL A; 5CYM A; 4KAZ A; 4H4M A; 1D5A A; 4CIG A; 3CYM A; 3DLE A; 4YOT A; 4M3W A; 1JXE A; 5CYQ A; 1RDC A; 4JS5 A; 3ID6 A; 4BR5 A; 3OYG A; 3QFP A; 4DF8 A; 4DFM A; 3BF3 A; 3NH1 A; 4IJA A; 3V1Q A; 3WQU A; 3MDQ A; 1TUU A; 3MMV A; 3CCV N; 4Z4F A; 1ZBU A; 4ELV A; 1TKX A; 5AFU H; 4BG9 A; 4WCE L; 4FJ7 A; 3R1X A; 3TAM A; 4H0P A; 1NK9 A; 4BVP A; 3AO2 A; 2QI2 A; 2O8E B; 2G8U A; 2WC9 A; 4CVN E; 3LP2 A; 4B8C A; 3KD1 E; 3TAE A; 4CZE A; 3VQB A; 4DWI A; 3DLB A; 2Q1N A; 1TL1 A; 3VA0 A; 4CFC A; 1HNZ K; 1QQN A; 2IVP A; 3O3F A; 2ETJ A; 4DV0 K; 1IBM K; 4DTP A; 4LC9 B; 2G8W A; 4DV2 K; 4Y0W A; 3TPQ A; 1UWB A; 3S9H A; 1NKB A; 4BRC A; 3SAF A; 3QET A; 5JS1 A; 4PY5 A; 4XH1 A; 5M1P A; 2HHX A; 4A5B A; 1WSE A; 4BRK A; 1HYZ A; 1P90 A; 4CJL A; 2YKN A; 3RTV A; 4M3Z A; 4LH5 A; 4CJT A; 3OYJ A; 3AA4 A; 1EXQ A; 3MN9 A; 3SAH A; 4KRE A; 4DTU A; 3VQC A; 3LWL A; 1TKT A; 4DQR A; 2EX3 A; 4GVM A; 3OYC A; 1BU6 O; 2Y1I A; 1XUP O; 2G8F A; 3C0B A; 4AIL C; 4OGE A; 3VQ5 A; 5J1E A; 1R59 O; 4JKE A; 3NGI A; 1GOC A; 4MQ3 A; 1DTT A; 3BY5 A; 4H8K A; 4CJ4 A; 3EN9 A; 1U4B A; 1JLC A; 3VQ4 A; 4X66 K; 4QS9 A; 2QWQ A; 2DFE A; 3A2F A; 1RT4 A; 5BRD A; 2E4L A; 3CCM N; 4DV1 K; 4CZH A; 3ZT2 A; 3M1F A; 5AR0 A; 3VMF B; 2QK9 A; 3G10 A; 3OBW A; 1TK0 A; 1IG8 A; 1REV A; 3SQ0 A; 2H3G X; 4CGH A; 4Y1D A; 3O6W A; 1Q9X A; 3D45 A; 1L3S A; 4IJN A; 4JV5 K; 3OYI A; 3HOT A; 4FJM A; 4CIE A; 1UAX A; 1XNQ K; 4GV6 A; 3N4Q A; 3WXM B; 1TK5 A; 3PY8 A; 4C8K A; 2KZZ A; 3DXK A; 2WOM A; 4IG0 A; 1T6D A; 4IDH A; 1DTQ A; 2FLO A; 2G8I A; 4DR3 K; 3MXI A; 4K43 A; 4K42 A; 5C0Y A; 4N47 A; 3RRG A; 2ITM A; 3RR7 A; 4I2Q A; 4FL9 A; 2XY7 A; 1NGB A; 4IO9 L; 3C65 A; 3O5B A; 4PL7 A; 2XY8 A; 1KAZ A; 1ITG A; 2G8K A; 2NUB A; 3SUN A; 3L2U A; 4GV3 A; 4WQ4 A; 4B3O A; 5AQU A; 1HJR A; 2VWJ A; 2F8S A; 4DQ8 A; 1V4S A; 5KQD A; 1NLV A; 1NGC A; 3L3V A; 1BA1 A; 1IH7 A; 3GE1 A; 2HND A; 4LF6 K; 4FK2 A; 4BQZ A; 4WF9 L; 3U9D A; 2QM1 A; 3LAM A; 3AVK A; 3P38 A; 4C1N K; 4W5T A; 4BRA A; 3L2V A; 1S9G A; 4JLH A; 5AZI A; 3VF2 A; 1RT3 A; 4FK0 A; 1GLB G; 5BPM A; 3HTV A; 3OYN A; 4JN4 A; 4BAC A; 4FJH A; 2B5J A; 1RTH A; 5CZ1 A; 1WBB A; 1JJ2 M; 3ENO A; 2P9U A; 2ZJR L; 4KHQ A; 3QIN A; 1RBT A; 1LWE A; 3O80 A; 4CZK A; 1ZC6 A; 3PV8 A; 2NRT A; 3RWU A; 1NMN A; 1O13 A; 1QZ5 A; 3DRR A; 3CPW M; 1YIT N; 3AVF A; 4B1W B; 5KQ8 A; 1MWM A; 5AZI B; 4DS5 A; 4Q5V A; 3CCE N; 1DLO A; 3FZL A; 3L2W A; 4JEP A; 1RT6 A; 3O9Q A; 5FDL A; 3U9Z A; 2ZF5 O; 4E7K A; 1B9D A; 1SS6 A; 2XY5 A; 4PUO A; 3LDN A; 2O8C A; 2P9U B; 2IVN A; 4YFU A; 3U3Y A; 3PO5 A; 5CE3 A; 3CME N; 2HMP A; 4NXM K; 1VQN N; 1QSY A; 5BR8 K; 1SAZ A; 1NJY A; 5AQT A; 1BDG A; 2P9S B; 4KRF A; 3DYA A; 4E19 A; 3C95 A; 3H6E A; 4G1Q A; 1U48 A; 4KHU A; 3DLK A; 4B9M A; 2KTQ A; 2O8C B; 4CCH A; 4RW9 A; 5C42 A; 4DTJ A; 3VN5 A; 4KFB A; 2NNW A; 4E7I A; 1FW6 A; 4J2E A; 4BGB A; 4CHO A; 1DKG D; 1VK0 A; 4CZJ A; 4DUY K; 1YHQ N; 1U45 A; 4DFJ A; 1CXU A; 4OJR A; 1XMQ K; 3TTD A; 1VQ7 N; 4DV6 K; 3JAM O; 2FSJ A; 2FC0 A; 4FSV A; 1G15 A; 1SKS A; 1K6Y A; 4M63 C; 1JLF A; 3SBT A; 1XHX A; 4K25 A; 1GOB A; 5HOO A; 4F9O A; 5AQI A; 3L3U A; 4AM6 A; 2NRH A; 3LP0 A; 1UA0 A; 3BZC A; 1RCH A; 2OZM A; 4M3R A; 2WTU A; 1BHL A; 3ZX3 A; 4GKJ K; 4XH4 A; 2PY5 A; 1S22 A; 4R79 A; 1VQ4 N; 3NDK A; 2KW4 A; 1VQ9 N; 3J7Z O; 2I7N A; 4PWD A; 2E2P A; 1HNX K; 1XQS C; 3OJU A; 1A5V A; 3HO1 A; 3CI5 A; 3CM6 A; 3A0I X; 1R0A A; 1VSM A; 3K5M A; 4FXD A; 5EX5 A; 2BDP A; 1N32 K; 2A40 A; 2V7Y A; 5TKW A; 2E88 A; 1K9M O; 1UA1 A; 3BGR A; 1TAQ A; 3J8A A; 1ZYQ A; 2VG5 A; 1IKX A; 2F96 A; 3TAQ A; 4CFD A; 4BWJ A; 1VAZ A; 1KCF A; 4H5V A; 4M7X A; 2NRZ A; 3KLI A; 4QCL A; 3GL1 A; 3L2R A; 3ITH A; 3SQ1 A; 4B9T A; 4CFA A; 3FE1 A; 4LF4 K; 1JL2 A; 4KI6 A; 2F8T A; 3ZET A; 2VQE K; 4FWL A; 4JKC A; 3VQA A; 4FPB A; 2FBX A; 5EU7 A; 4DR6 K; 5LMN K; 3M8P A; 4FWN A; 4YOV A; 4MFB A; 4CBU A; 2V7Z A; 1MA9 B; 1XMO K; 3L6Q A; 4XEI A; 3LP3 A; 4GW6 A; 1NNE A; 2RKI A; 2D5R A; 1VQ5 N; 2RN2 A; 1WAJ A; 4DQP A; 4I2P A; 4CZM A; 1LW0 A; 4N56 A; 3PUF A; 4BRO A; 1FXX A; 4YHH K; 3VQD A; 4Z4I A; 3ZET B; 3QEV A; 2HNY A; 3A5O C; 1GLD G; 4PKI A; 4KHS A; 5GAE P; 1OH6 A; 3R9P A; 3CG7 A; 4CBX A; 1HPZ A; 2I7P A; 3DOL A; 3DLH A; 3D0P A; 1KTQ A; 1RT5 A; 1NK8 A; 3D6R A; 1ASV A; 3OHR A; 3C6A A; 2P9K A; 2NRW A; 4HTU A; 4ILG B; 4MO4 A; 4JS4 A; 3DXM A; 2HBM A; 4OPA A; 3O1W A; 4CHZ A; 3U8X A; 1J5O A; 1BGX T; 1Q8I A; 4FZZ A; 4DSK A; 2GWJ A; 3QEI A; 4WYB A; 2YHB A; 5HRN A; 3AO4 A; 4CZI A; 3VQ8 A; 3BDP A; 3B6P A; 4A57 A; 3OS2 A; 3H45 C; 3LL3 A; 4BRE A; 3ASM A; 4DTN A; 1TGO A; 1U47 A; 2IS3 A; 4IZ9 A; 4BRM A; 5SZT A; 2X6S A; 1X1P A; 5BR9 A; 4JRP A; 2P9K B; 1L3V A; 3DXM B; 3CXC M; 2W6K A; 4LF8 K; 1CZA N; 2ZD1 A; 4OVL A; 4M3T A; 5LJV A; 1XC9 A; 4IWV A; 2VQF K; 1KSP A; 1E4F T; 3MCA B; 5AQL A; 4FJ8 A; 4K41 A; 2O8B A; 4BC2 A; 3DAW A; 3DLR A; 4CEF A; 3UIQ A; 2HHU A; 4IFY A; 1GLC G; 1XHZ A; 5MLC Q; 3H08 A; 1WSG A; 3TI0 A; 4BVO A; 5HP1 A; 3HPG A; 2KKZ A; 5C25 A; 3VQP A; 4DTS A; 1EWR A; 1CZB A; 1RNH A; 1HKB A; 3ENH A; 3QEP A; 3TU5 A; 1ATR A; 3EKS A; 2YNF A; 1CZ9 A; 4BC3 A; 4BDZ A; 4CJW A; 3VTH A; 3F5T A; 2OPR A; 1KFS A; 2QEX N; 2O8B B; 3NH0 A; 2GEL A; 3EYZ A; 1FKP A; 5ADX H; 2WON A; 3E1Y A; 3HOS A; 3MWP A; 4C8N A; 5KTQ A; 2A1R A; 3EKU A; 1NOY A; 1ZBH A; 3NF6 A; 5AQJ A; 1NGH A; 2E2O A; 3A5M C; 3HM9 A; 3K9J A; 1YJ9 N; 3P39 A; 4DU3 A; 4DHY A; 3SZ2 A; 4F2S A; 4ISE A; 1U6Z A; 4HUG A; 4FJK A; 3CCL N; 5KI6 A; 1L5U A; 2V51 B; 3AO5 A; 2RPI A; 3O9T A; 3SQ2 A; 2ITG A; 1G99 A; 3I0S A; 2ZM6 K; 3WQT A; 1TKZ A; 4B9U A; 2KQ2 A; 3RMC A; 4DB3 A; 3R3L A; 1VQO N; 4AF1 A; 1LW2 A; 2W42 A; 1NGA A; 4JNE A; 2VGN A; 4CJU A; 4CHY A; 1VSD A; 3AVN A; 3CM5 A; 2P9N A; 5HBM A; 4ISF A; 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1VQL N; 1C0M A; 2CGJ A; 3TAG A; 4IKF A; 2UU9 K; 4XH5 A; 5BRF A; 3VF4 A; 3JYT A; 4H0T B; 2RHK A; 3TAF A; 3L8B A; 3WNE A; 5EVZ A; 4DSE A; 1KLM A; 3F2K A; 3RSE B; 4NLB A; 4QS7 A; 3O4Q A; 2Q36 A; 3CD6 N; 3HPH A; 4O55 A; 3CQ8 A; 5M1F A; 3VER A; 3FLC O; 2ZJQ L; 4BR0 A; 5AQP A; 2P9I A; 3WNG A; 4EFH A; 2PYJ A; 4Q0B A; 4IDK A; 3AVI A; 5GIO A; 2D4W A; 2FBV A; 4H0O A; 4YOY A; 4L8R B; 3ZT0 A; 4YDU A; 5E84 A; 3J7Y P; 3QB0 A; 5AQN A; 2OYQ A; 4CGF A; 3IUC A; 2D0A A; 2FF6 A; 1RTJ A; 4DG1 A; 2EHG A; 3DRP A; 1LWC A; 2XRI A; 4MLH A; 1OVY A; 5M1Q A; 1QS4 A; 1YVN A; 3DMJ A; 4M3U A; 1EET A; 1X9S A; 2QKB A; 3C7N A; 2BUP A; 3TSU A; 4FWK A; 5EXW A; 2UUA K; 3E9L A; 3DI6 A; 3VQQ A; 1IBL K; 4B9N A; 4CEA A; 3SMP A; 4KB0 A; 4CZF A; 1IJJ A; 1WB9 A; 2P9I B; 3CCU N; 3K2P A; 2IGI A; 1NK6 A; 4NXN K; 4WQ5 A; 4A61 A; 1N36 K; 3OYM A; 4E7L A; 3KWG A; 4L3Q A; 2XO7 A; 1Q81 O; 3TAN A; 3ZSO A; 2ZQB A; 3MCP A; 2VWB A; 4DTX A; 2NRR A; 4FWR A; 4M41 A; 1U04 A; 4FJ5 A; 4O5B A; 3K5L A; 3C7N B; 3VEV A; 1VSJ A; 5JLH A; 5EOY A; 1OH5 A; 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