The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase/biosynthetic protein/rna
|
| molecule keywords |
H/ACA RNA
|
| publication title |
Crystal structure of an H/ACA box ribonucleoprotein particle
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
12
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF04410 | Gar1 | Gar1/Naf1 RNA binding region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MQK C; 2EY4 C; 2V3M A; 2RFK C; 2HVY B; 3U28 C; 3UAI C; 2EQN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XKA C; 4K1T A; 3DHK H; 3S9B A; 2A4O A; 2OXS A; 2VIV A; 1AI8 H; 1EZS C; 1G2M A; 1O3B A; 1ANE A; 1GJ6 A; 1C5M D; 1O39 A; 2R3Y A; 4R0I A; 4VGC B; 5JBA S; 1KXE A; 1V2Q T; 3HAT H; 4GHT A; 2FM2 A; 1XUF A; 5K7R A; 4CH2 B; 2KAI B; 2LP6 A; 3LPR A; 3Q3X A; 2XCF A; 1GG6 B; 1MKW H; 2Z9J A; 5EQR A; 3URC A; 4Y8X A; 2ODP A; 1HAH H; 2WPL S; 3QUM P; 2GDD A; 2PSX A; 1YY3 A; 1BTP A; 4IN2 A; 4YES B; 2UWL A; 1BOQ A; 2KCA A; 2LNC A; 2J98 B; 5EXL A; 2CMY A; 1C2K A; 3SU5 A; 1NFU A; 3TH2 H; 1T4U H; 1C9P A; 2FMJ A; 2WIN I; 1SGQ E; 1O3L A; 5FBI A; 4U2W A; 1TAL A; 2OC8 A; 2XBY A; 3E3T A; 3FVF B; 2FI4 E; 5SGA E; 3M7Q A; 3OAA D; 1HAX B; 4YT7 H; 2FOC A; 2PHB A; 2XRC A; 1LVY A; 5EOK A; 3K65 B; 4HZH A; 5C0U A; 1P2M A; 3BEI B; 2PGB B; 1EQ9 A; 1INC A; 3TVJ B; 4DII H; 1P8V C; 4WVP E; 5F8X A; 5ETX A; 2BLO A; 4ZHM U; 1BUI A; 3GCH B; 3A84 A; 1W0Z U; 5JPM H; 1E37 B; 2F4L A; 4CH8 B; 4XRN A; 5FXL A; 5H4I B; 5C2Z A; 5DN6 D; 3TNS A; 5EU8 A; 2TGD A; 3WY8 A; 3ZZ8 A; 1P05 A; 1EOL A; 1GI5 A; 3SNE A; 1C1U H; 2ZU2 A; 4IBL H; 3RC6 A; 1P3C A; 4UFF H; 2GKV E; 1ELV A; 1ZSL A; 2Z3E A; 2ZKS A; 3VEQ B; 1MAB B; 2J95 A; 1A3E H; 3KL6 A; 1NFY A; 4UON A; 2FTM A; 5HM2 A; 4Y0Z E; 4Y0Y E; 1WQS A; 4Y71 A; 1FLE E; 1LHC H; 1ZGI A; 3SUD A; 6CHA C; 5A8X A; 2Z9G A; 3GCT F; 2BTC E; 1GHB F; 2FYQ A; 4NZQ A; 1K1L A; 1SHY A; 5FX5 A; 2CHA C; 5G4B A; 3QLP H; 2PLX A; 1V2U T; 5CHA C; 1EXF A; 1HJ8 A; 3QDZ B; 3KNX A; 3B9F H; 3ZZD A; 4BXS A; 3KQB A; 3M3S A; 3ZV8 A; 1GBL A; 3PV2 A; 3GCN A; 4ABD A; 1NRQ H; 3UQO A; 3A82 A; 2ZQ2 A; 1G32 B; 1NU7 B; 3MU5 A; 1C5W B; 5F8Z A; 3FKS D; 4BXW A; 3FFG A; 1IQM A; 2FI5 E; 4FU9 A; 1P09 A; 2R3U A; 4INH A; 4Q7Z A; 1VGC C; 1RRK A; 1ZPB A; 4NA9 H; 1Z8I B; 1S81 A; 2VH0 A; 1FNI A; 3BG4 C; 1W2K H; 2BVX H; 4NSY A; 1P9S A; 2P16 A; 3EDX B; 4CRB A; 1VZQ H; 4JYU H; 1O2X A; 3RXB A; 1DY9 A; 4AFS A; 3FP7 E; 1SOZ A; 1O30 A; 1PQ8 A; 1M9U A; 3O8R A; 5DG6 A; 3U8O H; 2C8Y B; 1L1G A; 2QN5 T; 3F9E A; 3GCO A; 1BHX B; 1TPP A; 2W7S A; 4A92 A; 3UOU A; 4I8H A; 4FXG H; 8LPR A; 4GAW A; 3RXR A; 3O8C A; 3PTB A; 1BTH H; 1ESB A; 1GJ8 B; 5JBT A; 2Q6G A; 5IK2 D; 2J9N A; 1EPT B; 4X2Y A; 1GWA A; 1VIT G; 1DPO A; 4Y79 A; 3PWC A; 1K1O A; 3NKK A; 3RMO H; 1C1V H; 2CF8 H; 3BEU A; 5BRR E; 1FUJ A; 1D3T B; 1O2N A; 1YGC H; 1YPH C; 2THF B; 3AK5 A; 4VGC C; 3LU9 B; 2OUA A; 2XC4 A; 3S0N A; 4B1T A; 1GG6 C; 1V2S T; 1GBE A; 4IN1 A; 5EXN A; 3UNQ A; 1AQ7 A; 3RM0 H; 3H7T A; 2AIQ A; 2FOA A; 3T2N A; 4BAK B; 5KGO A; 3UTU H; 6LPR A; 1JIM A; 2W3K A; 1F2S E; 1ELB A; 1GBH A; 1BDA A; 2GMT B; 1ELD E; 4TPI Z; 4O03 A; 1SVP A; 1EJM A; 2AHM E; 1C2I A; 1GGD B; 1GI4 A; 1SLW B; 1GI3 A; 4CRE A; 5KEC A; 2I6Q A; 5DK1 A; 4Y7A A; 4Y11 E; 4B74 A; 1O2G H; 1QB9 A; 1YP9 A; 1YCP M; 3UQV A; 2WPK S; 2YNA A; 1Z1I A; 3GIS B; 1CU1 A; 2YNB A; 3AAU A; 4B6E A; 1TIO A; 1UW7 A; 2BQ6 B; 1LHE H; 1LPZ B; 1TNL A; 1HNE E; 3RMN H; 2V3O H; 3SNA A; 1DXP A; 2FDA A; 1T8L A; 3GCH C; 4SGB E; 5TCA A; 4KEL A; 3F3B A; 3BN9 A; 1YPH E; 5EPY A; 2ZU4 A; 1S6F A; 5AFY H; 1YPG H; 3T5F H; 1GJC B; 1ZTL A; 1UVS H; 2BDB A; 2IN2 A; 2J5U A; 2SGE E; 1O3I A; 2J2U A; 1K1N A; 2PP6 A; 1GI2 A; 5F8T A; 2ASU B; 4A6L A; 1B7X B; 2CV3 A; 2W26 A; 4HTC H; 1CGH A; 1XMN B; 2P93 A; 4TWY A; 1DS2 E; 2AH4 X; 2VIO A; 2PKA A; 4MQA A; 2H5D A; 2OQ5 A; 3DFJ A; 2P3F H; 3FZD A; 3A85 A; 3MI4 A; 1NTP A; 3S9A A; 5A2M H; 2VWO A; 1OYT H; 1O2V A; 1P03 A; 4AC9 A; 3NK8 A; 1WV7 H; 1KLI H; 3T26 A; 1J9C H; 4OS1 A; 4JZE H; 1AKS B; 3A87 A; 2ZFQ H; 2B7D H; 1DDJ A; 2GZ7 A; 2O8M A; 1HJA B; 4K69 A; 2V3M A; 4GCH F; 1GHY H; 1TGC A; 2A5I A; 2BY7 X; 1O31 A; 4EST E; 1GBA A; 1NZQ H; 2VIW A; 1EZX C; 5FCR A; 3RXE A; 1SGY E; 1W0J D; 5C1X A; 4ZKS U; 2JJ2 D; 1L4Z A; 1V2K T; 4CR9 A; 4FU7 A; 1FI8 A; 1MD7 A; 4Q63 A; 3ZZ7 A; 3FAO A; 2VJ1 A; 3OEH D; 2H9T H; 1P11 E; 2WHX A; 3ATI A; 3NXP A; 4LZ4 B; 4U30 A; 3ZZ5 A; 4XDE A; 3SQE E; 8GCH F; 1UTO A; 3FAN A; 2Z7F E; 5HYO A; 3G01 A; 1O3P B; 3ITI A; 1O2Q A; 2P94 A; 3LJJ A; 1BRA A; 1TPS A; 3UFA A; 1Y3X A; 3ATW A; 2O8L A; 2G00 A; 1FIW A; 5L30 H; 3HK6 B; 2QE7 D; 3UIR A; 1JRT A; 2ZO3 H; 4AN7 A; 4H6T A; 1GJB B; 1V2W T; 1MMJ N; 2O8T A; 2XWB I; 1IHS H; 4X2V A; 1P2Q A; 3EST A; 4AB8 A; 3RXM A; 1NT1 A; 4KTC A; 3SW2 B; 1ORF A; 7EST E; 1LKA A; 1O3K A; 3RXS A; 3BTD E; 1P01 A; 1A61 H; 1FPH H; 1THP B; 3RML H; 1KLT A; 4TY7 A; 2FZZ A; 1EPT C; 4MLF B; 2VWL A; 1H8I H; 1W10 U; 2ZGH A; 2ZDA H; 3C1K A; 1EAT A; 1RFN A; 1EJN A; 1DX5 M; 1G30 B; 2UWO A; 2XW9 A; 2NU2 E; 4F48 B; 1UCY H; 5CMX H; 1H4W A; 1O2H A; 2PR3 A; 4HGC A; 1EST A; 5A0A E; 1GI9 B; 2A0Q B; 3Q3K A; 1FDP A; 1C5N H; 1VJA U; 1EAW A; 4H4F A; 1GJ7 B; 1GBM A; 4ZHL U; 4AX9 H; 1BMA A; 3KHV A; 2F43 B; 3RXV A; 2BDA A; 2Y81 A; 4NCY A; 4UFE H; 5E0J A; 3T25 A; 1AVG H; 4RI0 A; 4RN6 A; 4AOR A; 2PKS B; 2GMT C; 2GP9 B; 2J94 A; 2EI6 A; 1J14 A; 1A3B H; 3M7U A; 3M35 A; 1ARB A; 3E8L A; 3GY5 A; 1GGD C; 3BTH E; 5JYI A; 1O2S A; 2SFA A; 4OGY A; 5GCH G; 2F9O A; 4GLY A; 1YF4 A; 3WWF A; 5IYT A; 4NA8 A; 1DLE A; 1AY6 H; 1ELG A; 1MAX A; 2FO9 A; 4X6P A; 3A88 A; 5T3H A; 4ZMA H; 2OBO A; 1YCP H; 3RXP A; 3ZZA A; 3FN8 A; 4WME A; 1F5R A; 1WAY B; 3L6P A; 4ASH A; 1HIA B; 1TQ0 B; 2FLB H; 1S5S A; 2HPP H; 2ZI2 H; 1JBU H; 2V35 A; 2BDI A; 1LHG H; 2QGR A; 1GL1 A; 2GCH G; 4BAM B; 1YPE H; 1MTW A; 3RLY H; 3PLP A; 4OGX A; 1O5B B; 1SGT A; 2Z6B D; 1GBC A; 5HIZ A; 1GMC F; 5TJX A; 2BD5 A; 1SGF G; 2HLD D; 3MFJ A; 2KAI A; 4Q4L A; 3M5L A; 4CRA A; 3M37 A; 1EP5 A; 1AZZ A; 3U8R H; 5DP9 A; 1JOU B; 4IC6 A; 1QR3 E; 2BYA X; 2FES H; 5T1V A; 1UTM A; 2QV1 A; 3SQH E; 1BMF D; 1AVW A; 1TLD A; 3T27 A; 4E7N A; 2J34 A; 3U1I B; 1SOT A; 3QWC H; 5DP5 A; 4NFE A; 4ZXX H; 4ZKN U; 1FZZ A; 1ZR0 A; 2EI8 A; 3VB4 A; 3ZV9 A; 2VU8 E; 1QB1 A; 5J4S A; 3I29 A; 2ZFT A; 1B0E A; 1YPL H; 3SV2 H; 1S82 A; 1C5S A; 4AG2 A; 1HJA C; 1IQN A; 5LPR A; 5LGO A; 1BT7 A; 4Z0K A; 1GCT B; 4ZXY H; 1BTW A; 2ZPQ A; 1TRN A; 1AVX A; 3SZE A; 1XVM A; 1SLU B; 1NRP H; 3F2F A; 3FOA A; 1HAG E; 3GYL B; 2ANY A; 2R2W U; 1GBT A; 4TY6 A; 4ABE A; 1ELA A; 5EPN A; 2SNW A; 2ZU1 A; 4UE7 H; 4FVB A; 1C5Q A; 5K0H A; 1OP0 A; 3QN7 A; 1MBQ A; 1ANB A; 1UJ1 A; 3ENS B; 4CBO A; 1C1R A; 1UO6 A; 3H5C B; 4ISL A; 4RSP A; 3SGB E; 5E8E H; 1PJP A; 2ZQ1 A; 2Q6F A; 2WYJ A; 3H09 A; 4ZCN A; 1ABJ H; 1QUR H; 1LHF H; 5HGG A; 7KME H; 1DWE H; 2G4U A; 3KQE A; 3O8D A; 1DM4 B; 4NG9 H; 1DSU A; 4JCN A; 3QZR A; 4AGK A; 1C2H A; 2BVR H; 1F0R A; 3MHW U; 4MPX A; 5A8Z A; 2GZ9 A; 3BV9 B; 1LPK B; 9EST A; 3RC5 A; 1RXP A; 4X1Q U; 1J16 A; 4IS5 A; 1AFE H; 3OTJ E; 2QF4 A; 2QA9 E; 3A86 A; 3ZZ3 A; 2UUF B; 1L1N A; 5EW2 H; 3RM2 H; 1YM0 A; 3GYM A; 1MCV A; 3PM3 A; 1CHO G; 3LGW A; 1IQG A; 1ZHR A; 2FX6 A; 1KTS B; 2FXR A; 3F2G A; 3O8B A; 2STA E; 1D3P B; 2W5E A; 1ANC A; 1SSX A; 4DCD A; 2G51 A; 2GD4 B; 3VXE H; 2NU0 E; 2Y80 A; 3F9G A; 1AHT H; 2O8W A; 1KDQ A; 1Q31 A; 4M7G A; 1MTN B; 1Z71 A; 2B0F A; 5ABW A; 3SJI A; 1HDT H; 3QTO H; 1BCU H; 1TOC B; 1NBM E; 3BTF E; 3DSG A; 4Y6D A; 5F53 A; 4X6O A; 1CT0 E; 4E06 H; 1W7G H; 2ZF0 H; 2VNT A; 5DP6 A; 3S9C A; 2PKS C; 1CA8 B; 3HKI B; 5A0B A; 1V2L T; 1W14 U; 1UTQ A; 1F0U A; 2EA3 A; 2GVF A; 1A2C H; 1F0S A; 1BA8 B; 2BB4 A; 1V2P T; 3HPT B; 3A80 A; 1OWD A; 1A0J A; 4YT6 H; 4ABF A; 3Q3Y A; 3RXJ A; 4J1Y A; 1GDQ A; 3MH6 A; 3UWI A; 1ZRB A; 2XCN A; 4LOY H; 1PQA A; 2VB0 A; 4OS4 A; 3I78 A; 1UVO A; 2BLQ A; 2C3S A; 3TJO A; 3MOC A; 2C93 B; 3F0P A; 1GHX H; 1O34 A; 4K60 A; 3V0X A; 1GBK A; 1C2G A; 4FUI A; 1EPT A; 3PMJ A; 3AW1 A; 1O2R A; 4O97 A; 1GBJ A; 1W3C A; 3MNB A; 3ZYE A; 3PMB B; 2P95 A; 1EOJ A; 4ZH8 A; 2P3T B; 4RKJ B; 1IQF A; 7GCH G; 3GY3 A; 2BD8 A; 4P02 A; 2BLV A; 4BTU B; 3LGV A; 1E36 B; 1EKB B; 5GDS H; 1GHB G; 2J92 A; 3W1E A; 3V13 A; 1EAS A; 1BML A; 2BLW A; 1OPH B; 3L3T A; 5E2O A; 2SGQ E; 1NRO H; 3CS7 A; 4MDS A; 3SUF A; 1FN8 A; 2XC0 A; 2H5C A; 2BD2 A; 1AFQ B; 3F9H A; 4U32 A; 2FIR H; 1HAO H; 2PTN A; 1TRY A; 1NS3 A; 3LOX A; 5BPE A; 2AEI H; 2A1D B; 1PYT D; 2YMS B; 1O3O A; 1C4Y 2; 3RU4 T; 4A1V A; 1BZX E; 2TGT A; 3LGT A; 1O3H A; 3PB1 E; 2P8O B; 4TT3 D; 1GCT C; 1H9H E; 1QA0 A; 2GT8 A; 2EST E; 4B2C A; 3OU0 A; 1V6D A; 3Q77 A; 2FOF A; 1O2P A; 1S0Q A; 3DSP A; 1SQO A; 1C1N A; 3IG6 B; 5C5O A; 1XVO A; 1AUT C; 5C20 A; 1XUJ A; 1SFI A; 1QBO A; 1A7S A; 3OX7 U; 2IOT A; 2BMG B; 1DXW A; 1QL9 A; 1VIT H; 2IPQ X; 1GI8 B; 1J8A A; 4XE4 A; 3HK3 B; 3RXL A; 1AB9 B; 1C2E A; 1SBW A; 3QX5 H; 1QFK H; 1D3D B; 1COW D; 1V2R T; 1V2O T; 1PPZ A; 1S6L A; 1DST A; 1T4V H; 1DWB H; 2H2Z A; 2QY0 B; 4AG1 A; 4D76 A; 1ELC A; 1E79 D; 3KYF A; 2RDE A; 1ZHM A; 3EAJ A; 4ASU D; 2B5T B; 1HAV B; 1SQT A; 4K5Z A; 3S7H B; 1O3N A; 1UTN A; 1YBW A; 2KCP A; 3N7E A; 4DIH H; 1OWE A; 1MU8 B; 2QXI A; 1Y3V A; 1SGP E; 4TYD A; 3RXI A; 4NZL A; 1C1M A; 1GI7 B; 1GVL A; 2ZU5 A; 5JDU B; 4JK6 A; 1N1L A; 2Z9K A; 1AKS A; 2F91 A; 2H1U A; 1K1J A; 2ZHE H; 1BTU A; 1EB1 H; 5HMA A; 3LIW A; 4NIX A; 1BQY A; 2Q6D A; 2HAL A; 1GJ5 H; 3UOP A; 1O3A A; 4Y8Z A; 1EAU A; 1P2K A; 2ZDM A; 3KN2 A; 3HGP A; 1SFQ B; 4I32 A; 1NC6 A; 3M5M A; 2F9V A; 2W7U A; 1CE5 A; 1OS8 A; 1TX6 A; 1MTN C; 3S69 A; 1Z8J B; 2GJG A; 3VPK A; 5HM9 A; 2Q1J A; 1S84 A; 1SMF E; 2G81 E; 2A4R A; 1HLT H; 3VB6 A; 1LDT T; 3QO6 A; 1P2I A; 2R9P A; 1V3X A; 4DJZ B; 1SG8 B; 2ILN A; 1E35 B; 3TNT A; 3BTE E; 1JXP A; 1SLX B; 2BD3 A; 2VID A; 1GI6 A; 3ODF A; 3TK6 A; 1HAZ B; 2ZEB A; 4DGJ A; 4A1X A; 3NRL A; 1GI1 A; 3ZVG A; 1GBI A; 3V12 A; 3SV8 A; 2AGE X; 3A89 A; 4INK A; 2V0B A; 3A7V A; 4ACB A; 1LHD H; 1KXB A; 1QNJ A; 3V7T A; 1HAY B; 4KKD A; 4BNR A; 1JWT A; 1GMH F; 3RMM H; 1MQ5 A; 1BB0 B; 2OCV B; 2P59 A; 1LTO A; 3GS9 A; 4D7F A; 3E1X B; 3SYJ A; 1P10 A; 5A8Y A; 1HGT H; 1CSO E; 1BTX A; 3MWI U; 2Z3D A; 1TPA E; 2BDH A; 4MVN A; 2HVX A; 1Z6E A; 1TBR H; 2Y7X A; 1O5G H; 1V2M T; 2NU1 E; 2WZQ A; 1EFR D; 4XFQ A; 3RDZ A; 3GY4 A; 1K21 H; 3NWU A; 9LPR A; 1FXY A; 1UHB A; 1O32 A; 3OY5 U; 4B6F A; 1RIW B; 1Y8T A; 3RXQ A; 3P70 B; 1LVB A; 2KFW A; 2ZFR H; 1AIX H; 4FUD A; 3FO8 D; 1BJU A; 1YLN A; 3PO1 B; 2PUX B; 2VWM A; 4ISO A; 1XUH A; 4ISI H; 3SHA H; 2GDE H; 3LGY A; 4B2A A; 3M5N A; 2ODY B; 4XD7 D; 1AFQ C; 1GPZ A; 2UUY A; 3K6Y A; 4GCH G; 3UNR A; 1CGI E; 4B2B A; 2BXT H; 2Y5F A; 2ZCK P; 1L0Z A; 1TYN A; 1SQR A; 1XM1 A; 2FYR A; 1YPM H; 2YMS C; 1DWD H; 1P57 B; 2VVC A; 5AFZ H; 1QB6 A; 3KYG A; 1TE0 A; 2P8O C; 1FAK H; 2H9H A; 1TNK A; 2SGP E; 1H1B A; 1BMM H; 1LO6 A; 3TH4 H; 1V2T T; 3TK5 A; 1OWK A; 1BIT A; 8GCH G; 2ZNK H; 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