2IGIA

Crystal structure of e. coli oligoribonuclease
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Oligoribonuclease
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 64
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2igiA00
4CGFA 1RTIA 1TK8A 4DQIA 3U3YA 1RBSA 1RBUA 4KI6A 3NE6A 4OKJA 1DTQA 3RR8A 5HP1A 4DTXA 1TK0A 2VG7A 3CM5A 1EKEA 4FLVA 3KKRA 4UQGA 2P5GA 1RTHA 2O4GA 5HBMA 3V1QA 2RKIA 5KRTA 3VQ5A 3NF9A 1VRTA 3DMJA 5FROA 1NJXA 4Z4GA 4OLAA 3P1GA 3OS2A 4CCHA 3K58A 3RR7A 4MQ3A 1TAQA 2VWKA 1C0TA 1EX4A 1Z26A 4KTWA 4DG1A 4W5QA 3JSMA 4AHCA 4B9VA 4KB1A 1QQCA 3VQBA 1QSYA 3ZCMA 2IAJA 1CZBA 4DQSA 3NFAA 2XY5A 2Y1IA 1JKHA 3C94A 3KK1A 1XC9A 2X6SA 1NK7A 2OZMA 1IG9A 4DQQA 4FZYA 4E7LA 4QOZB 3DLBA 4ID5A 3NGIA 1HMVA 2HHWA 2XY8A 2YNIA 3VQQA 3SV4A 1KVBA 1S1TA 2E6MA 2GUIA 4CK2A 2DY4A 1XWLA 4PWDA 5C24A 1BQNA 4N47A 4CJ3A 1S1UA 1UAXA 1D9FA 4HVJA 4DSKA 4BWMA 3SQ0A 3RMBA 3O4QA 1BISA 1BIUA 1DLOA 4YFUA 4CFCA 3SJJA 4Z4EA 1NJWA 4FLWA 4OKKA 1R0AA 3KLHA 4DF8A 3LP2A 1NJYA 1KLNA 2WOMA 1SL1A 3QIPA 3ZT1A 3KLGA 4CFBA 4DTPA 3EYZA 3PV8A 4FJLA 4FJ8A 1L3VA 1TV6A 4FLZA 4M3XA 4GMJB 1RT3A 3AA3A 3TWHA 1U47A 2RF2A 4CJ4A 4CIFA 3AVKA 2BDPA 3SPYA 4BDPA 1TKXA 4KKOA 3KJVA 1KVAA 3MXIA 4CJLA 3OJSA 4Q0BA 3T3FA 3DM2A 3QEWA 3QNOA 4B9SA 1TAUA 1WSGA 1NK0A 1L3TA 4H4MA 5HLFA 1VSLA 5DMRA 3K5MA 2HNZA 4O0JA 3L2VA 4E1NA 1JL1A 4CHPA 1S9EA 3ALYA 3B6OA 4QAGA 2EHGA 4CIGA 4KHQA 1RDAA 1RDDA 3AVGA 3LAMA 1ZYQA 1CXUA 3QEVA 3TAPA 1HRHA 4F2RA 1FKPA 3VQAA 3ZSXA 3AO1A 3ZT3A 3OS1A 1BHLA 1MU2A 4ID1A 3SQ4A 4M45A 4ZTFA 5JS1A 3S3NA 1CXQA 1ZBIA 3OVNA 3OY9A 4J2AA 1B9FA 2YNFA 3AVIA 4O0IA 2IS3A 5HROA 2A1SA 3TABA 1J54A 3OYJA 1IO2A 2VWJA 4CJKA 4FJKA 5T7BA 1VSMA 3VQDA 3O3FA 2F8SA 2R7YA 4C8MA 1ASUA 3IG1A 3ZT0A 4CF1A 3MAQA 4KHNA 1B92A 4DF4A 4BDZA 1NKCA 4DU3A 5FRNA 3AV9A 1T03A 2G8IA 4FLUA 5KTQA 4CHQA 4J2BA 3IRXA 4LH5A 2NUBA 3VA0A 3AA4A 4AHUA 1IKVA 1CZ9A 1JXBA 4M3UA 1BCMA 4DTOA 1LAVA 3G10A 1NOZA 3PO5A 1WAJA 3TAQA 5EU7A 4KREA 1RT4A 1HNIA 4XIUA 1VSDA 4GW6A 3KKSA 4O5BA 3OYIA 4CF9A 3L2QA 3HM9A 4DTMA 4DSLA 1EETA 4IG0A 2XO7A 3LWMA 1QE1A 3LZIA 4EZ6A 3L2RA 4RW8A 4KHYA 1UOCA 4ZHRA 2EX3A 2G8VA 4FJ5A 4E19A 3O3HA 3AVAA 4IFYA 3SUPA 3PO4A 4M3YA 2X74A 4FCYA 1B9DA 1HYVA 1S1WA 3SUQA 2B6AA 4N56A 3K5OA 4W5RA 4DS4A 4I7FA 1S5JA 5C42A 1S6PA 3RMCA 2PYJA 4DSJA 4DMNA 4M3ZA 4JRQA 3F73A 2FBXA 5K14A 1VK0A 5J1EA 4PY5A 3TANA 3CM6A 3LPTA 2W42A 5C25A 1IH7A 3VQ7A 3F9KA 4RW9A 1NK5A 3O4NA 2ZE2A 4CJPA 4FM1A 2YKMA 3AVNA 4PUOA 1LW2A 3AO4A 3ZSYA 2HVHA 4HTUA 2D0CA 4KV8A 3RMAA 1S1XA 2D0BA 1C1AA 1JLAA 4I2PA 4RG8A 4AH9A 3PX6A 1HYZA 4ICLA 2OYQA 4E7IA 3SQ2A 5KGXA 3OYHA 4DWIA 3WNGA 1W0HA 3M8SA 1ASVA 4KFBA 3QETA 1T7PA 4Z4FA 4OGEA 3VQ9A 3CG7A 1K6YA 3KD5E 1RBVA 2BE2A 3VN5A 4YNQA 3TR8A 3NCIA 2YHBA 1GOAA 4FW1A 2DFFA 3NAEA 4BACA 3TAFA 1HQEA 4G1QA 1XHXA 3SNNA 4CJWA 4HHTA 1JLQA 1RT6A 3DRPA 3HP9A 4B8CA 3PX4A 4NCBA 4FJMA 3QEXA 4E0DA 2X6NA 2JGUA 4B9LA 4FJ7A 4FVMA 4W5TA 3SQ1A 3AVFA 3L2UA 3S3OA 1RT1A 4CHOA 1FKOA 4N41A 3OYMA 1RBTA 4E3SA 4DFJA 3CYMA 3VQ4A 2HHQA 1YTAA 1X9MA 2ATQA 1RTJA 4RW4A 4CFDA 3WNFA 4CF2A 4JS5A 3TAEA 2G8WA 3NF6A 4CEFA 4DFMA 4Z4IA 3VQCA 2JLEA 2B5JA 3DRRA 4CIEA 3HVRA 3S3MA 3KK3A 3MEEA 3OJUA 1WSJA 2KW4A 3DOLA 5HRPA 3DLKA 1RDBA 3DYAA 3NDKA 3AVCA 3RTVA 4PQUA 2FBYA 2OPSA 5E41A 4KAZA 2O4IA 3NF8A 2YKNA 1BL3A 3HL8A 4DU4A 3QESA 3QERA 4O55A 4IG3A 2A1RA 4FM2A 3NH2A 5HRNA 1U48A 1F21A 1UWBA 2F8TA 3E01A 3LP3A 4FJIA 1HQUA 2FBVA 1DTTA 3SCXA 3CFOA 3HVTA 1TGOA 3LZJA 3L3VA 2QXFA 3HPGA 5CYQA 3TI0A 1VSJA 2Z1JA 1JLFA 3V1RA 1UA0A 1L5UA 3BDPA 1Q9XA 3SYZA 1SL2A 4CEBA 1JLCA 1QTMA 5CZ2A 1QHTA 2QK9A 4FLXA 2HW3A 3LP1A 1RDCA 3BGRA 3FFIA 2IGIA 4IKFA 1D8YA 4CECA 4AHTA 1VSEA 2FC0A 4Q5VA 4M41A 3D0PA 1A5XA 4PA1A 4NYFA 1J9AA 5I3UA 1ZBHA 4Z4HA 3DLGA 3NHGA 2VG6A 3AA2A 4CFAA 5J2NA 1U4BA 1SKSA 2ZD1A 2OA8A 2KTQA 1TVRA 3L8BA 2HB5A 3H08A 4KI4A 3QNNA 1I3AA 1WSIA 4OLBA 4KRFA 1WN7A 4BWJA 4FM0A 3HPHA 3UIQA 5CYMA 4KB0A 2XY6A 4N5SA 1RBRA 3KK2A 2HVIA 4W5OA 4FW2A 4MFBA 3HPOA 1NK9A 2HNYA 5CY4A 3MECA 1RT7A 1Q9YA 3V9XA 3SUNA 3DOKA 4FJNA 4FJXA 4CHYA 1KFDA 2XHBA 4EP4A 1FK9A 1W9HA 3KLFA 4HCCA 1YVUA 4HUGA 1KLMA 1I39A 4AILC 1J53A 4F3TA 3WNEA 2PY5A 3C6UA 4DTJA 3DLEA 2E4LA 4CHZA 4DS5A 3P83D 1TKDA 4B9TA 4FJJA 1U04A 3VQPA 4HUEA 3SV3A 4NCGA 4DTNA 4DQPA 5CZ1A 4FXDA 4W5NA 1RNHA 2DFHA 3RRGA 4ELUA 1ITGA 3RWUA 2KZZA 1RT5A 4Y1DA 4DTRA 1NOYA 4CGIA 3ZSZA 3EZ5A 1KTQA 3HT3A 3ZSOA 4FLTA 1X9WA 3LP0A 2ITGA 4KTZA 3SPZA 4DSIA 3HSTB 4KO0A 3ZT2A 3M8RA 2LSNA 3AO5A 4RW6A 4M3TA 3SUOA 4E7KA 4KPYA 1C1BA 1ZBFA 2Q3SA 4CEQA 4M42A 4CJFA 4ELVA 3AVJA 1BGXT 1IKYA 4OGCA 2HMIA 4LSLA 4E89A 4DFKA 4HUFA 4CF8A 1KSPA 4JRPA 4J2DA 3I0RA 1C6VA 2ZQBA 1EP4A 4OPJA 4CJQA 3OYAA 4NCAA 1A5VA 4I9QA 4F8RA 1GOCA 1G15A 1LWCA 1U49A 1KFSA 3ISNC 4Z4CA 4FZXC 1JLBA 3OYKA 4H8KA 3I0SA 4N76A 4IDKA 4BE2A 4LH4A 5KGWA 1S1VA 4CJTA 1SL0A 4FK0A 1HNVA 4EP5A 3P5JA 4CGDA 3RRHA 1LV5A 3HK2A 2G8KA 3KLIA 2ETJA 2XRIA 3I8DA 4QCLA 3HYFA 5HRRA 3OYCA 4LY7A 4CJSA 3HXMA 1RTDA 2D0AA 2FBTA 2QKBA 1J5OA 2HHVA 1HYSA 2YHAA 3V9UA 3D45A 3ITHA 4Z0UA 1KVCA 2DFEA 4CJEA 1SUQA 4CJUA 3K5NA 4DU1A 3MXMA 4O44A 3MEDA 3KD1E 4M3WA 2AJQA 1X1PA 4C8KA 3K2PA 5J2MA 4F2SA 5D3GA 1N5YA 1JLEA 3U6FA 1A5WA 1UA1A 4I9LA 2BGGA 1XI1A 4CEOA 4CEZA 3OYBA 5DK5A 4FYDA 1T8EA 3ZT4A 2HHSA 2IOCA 1QS4A 3KIOA 1WSEA 1NKBA 4CJVA 2G8FA 3PX0A 4LD0A 1BI4B 3T19A 3OYLA 3NH0A 1SV5A 3V9ZA 3HO1A 3HP6A 4DTUA 1WAFA 1N6QA 3SI6A 4B9UA 1HPZA 4L8RB 3HJFA 1WLJA 2KFZA 1TKTA 1C1CA 1S9GA 3NBPA 4DSEA 2KQ2A 3TAGA 5KRSA 4FJHA 1QSSA 4CEDA 1XHZA 4IFVA 1QSLA 2KZMA 3QIOA 2P51A 5HRSA 3OYEA 3PY8A 4JS4A 5FRMA 3CQ8A 1ZBUA 4OPKA 1JL2A 1U45A 3QEPA 3V9SA 4CE9A 1C0UA 2Z1HA 3DRSA 4NYNA 3AA5X 3KLEA 4DSFA 3QEIA 4ZTJA 3TARA 4CJ5A 3L3UA 4R5PA 3LDSA 2YNHA 4DQRA 2HHUA 1SKRA 1NK8A 4B8AB 1IKWA 1VRUA 3PUFA 4CGGA 4DTSA 1TL3A 3V81A 4E7JA 1BIZA 1D5AA 3K57A 4BDYA 1X9SA 1L3SA 1REVA 3QINA 4O4GA 3B6PA 3K5LA 4C8LA 2OZSA 1JXEA 5J2QA 4CF0A 1C0MA 1RT2A 1EXQA 2GV9A 3IS9A 1TK5A 4B9NA 2KFNA 1CLQA 3C95A 3LANA 3AVMA 3A2FA 4FJ9A 3U3GA 3VA3A 2QKKA 1RILA 3K59A 3S9HA 4DLEA 1WSHA 4CGHA 3NGZA 1JLGA 1GOBA 2BANA 1Y97A 4KHSA 1TKZA 4H4OA 4BE1A 4GVMA 4AHSA 4CEEA 1NK4A 4F4KA 4JLHA 1KRPA 1LW0A 3WNHA 2Z1GA 4C8NA 3ZSVA 4OJRA 2F96A 2G8HA 2WONA 1NKEA 4CK3A 2P5OA 1NJZA 3NGYA 4CEAA 1SKWA 2VG5A 2HHXA 4FJGA 3NH1A 4Y1CA 1LWFA 4IBNA 3CFRA 4AHVA 4B08A 4EZ9A 3V4IA 1S6QA 1HJRA 5FDLA 3LPUA 2Z1IA 3SZ2A 3TAMA 3AVBA 3THVA 4K8XA 4OKEA 3VQ6A 1YTUA 4E7HA 1ZBLA 2IDOA 3AVHA 1LWEA 1TL1A 3MXJA 4LSNA 3ZSRA 2OPQA 3OYNA 4FZZA 1T05A 2X78A 1BCOA 4HCBA 2RN2A 1NK6A 1D9DA 1IKXA 3VQEA 3JYTA 3IAYA 4C8OA 4M3RA 1FXXA 2PZSA 4OVLA 1LAWA 1WSFA 3LALA 4TSXA 3L2WA 3RMDA 2PYLA 2HNDA 3T1AA 4RW7A 3VQ8A 3DI6A 5SWMA 3OYDA 3M8PA 2GBZA 3ZSWA 3ULDA 1Z25A 4DLGA 4I2QA 4J2EA 5I42A 4CESA 2I5JA 3QLHA 3LWLA 1YT3A 2OPPA 5SZTA 3O3GA 3EY1A 2DTUA 1VSHA 2P1JA 3NF7A 4B3OA 4F3OA 3C6TA 1L3UA 4KHWA 2YV0X 4KHUA 1VSFA 2HHTA 5KI6A 5J2PA 3AVLA 4CK1A 2B4JA 4FK4A 3OS0A 2RPIA 5JS2A 1RCHA 1VSIA 2E6LA 2OPRA 4CERA 2D5RA 4CGJA 1O1WA 3G0ZA 3ZSQA 3CFPA 2G8UA 1BI4A 3DLHA 1BQMA 4WE1A 3AO3A 4ELTA 4CJRA 3M8QA 4CHNA 2YNGA 1Q8IA 3V1OA 4DFPA 4FK2A 3OYGA 3AO2A 4FLYA 2IC3A 3DLRA 4E1MA 3KTQA 2Y1JA 4KTQA 3V6DA 1ASWA 1WNSA 3V9WA 4B9MA 4K8ZA 4BE0A 4AHRA 3LAKA 3ASMA 3MEGA 3QO9A 1KCFA 3OYFA 2XY7A 1VSKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZIA 1RTIA 4GV9A 3U3YA 1RBSA 3RR8A 3TU5A 1EKEA 4UQGA 3O9QA 2RE2A 2O4GA 3P38A 4WFNL 3D7EO 3NF9A 4BRCA 4OLAA 3OS2A 1HKBA 1TAQA 2QTDA 1C0TA 4DG1A 4BC2A 1RFQA 4YY3K 1QSYA 4H5TA 3C7NA 4DQSA 3NFAA 1VQ9N 4B1YB 5M1QA 3C94A 3KK1A 1XC9A 2X6SA 1NK7A 2OZMA 1VQ5N 4YHHK 3DLBA 4ID5A 1HPMA 3TSUA 3SV4A 4DV1K 1S1TA 4CK2A 2DY4A 1XWLA 4I6MB 4RTFD 4O5FA 3D6RA 1JCGA 3LDOA 1VQKN 4B1WB 1GLDG 4HVJA 4GY2B 1NMDA 4DSKA 4JI4K 1KC8O 3RMBA 3O4QA 1OVYA 3LDLA 1NJWA 4FLWA 3FZHA 4OKKA 1R0AA 1OH5A 5BPNA 3MN6A 2WOMA 1EWQA 3QIPA 3ZT1A 4CFBA 4DTPA 3EYZA 4FJLA 5AZJB 1TV6A 4FLZA 4M3XA 3AA3A 2BDPA 3I8BA 4YOVA 4LF5K 3VEOA 3DM2A 2IVOA 3QEWA 4B9SA 1TAUA 3MDQA 5HLFA 4GKJK 2GX9A 5DMRA 4X62K 4O0JA 4LC9B 4E1NA 1JL1A 3D2FA 2FXUA 2EHGA 3R1XA 4WFBL 1CXUA 1HRHA 3FGUA 3VQAA 4AM7A 4EAHD 4IO8A 4M45A 4MLEA 1B9FA 2YNFA 4O0IA 3TSQA 3TABA 1IO2A 4CJKA 5T7BA 2R7YA 4BC5A 3HZ6A 4JAXA 5FRNA 1NKCA 4IEIA 3AV9A 4FLUA 3GDQA 3WUHA 5KPZA 2A3ZA 3JXUA 1GLJO 1NOZA 1WAJA 4KREA 3OYIA 2YHWA 4JKGA 3CCEN 4DV0K 3LZIA 4RW8A 1VQ8N 3O3HA 3AVAA 4IFYA 3SUPA 2P9SA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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