2ITGA

Catalytic domain of hiv-1 integrase: ordered active site in the f185h construct
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE
publication title The catalytic domain of human immunodeficiency virus integrase: ordered active site in the F185H mutant.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 37
structure length 160
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2itgA00
3DOKA 4JLHA 2IOCA 2ITGA 3D45A 3ZSWA 3ALYA 2HW3A 1RT5A 4O0IA 3B6OA 4ZTJA 4I9LA 3KLEA 1UOCA 3EYZA 4CJEA 1X9SA 3JYTA 4LH4A 4B8AB 4FM0A 1NKEA 4OKKA 1U48A 3SUPA 1D8YA 4CJFA 4E1MA 3IRXA 3TI0A 1L5UA 4CGHA 1FXXA 1T7PA 1NK8A 4O55A 3PX0A 1BL3A 3QLHA 1S1VA 4OPJA 1HYVA 3M8RA 4CECA 1UA0A 3CYMA 3ISNC 2XY6A 4FK0A 4E89A 3AO1A 4B9LA 1ZYQA 4JS4A 4KHYA 2G8IA 3M8QA 1WSIA 3RMBA 3KLGA 1KRPA 4B3OA 2FBYA 1HNIA 3OYCA 4F3OA 4CF9A 1L3TA 4CHNA 4KV8A 3CFPA 3SUOA 4JRPA 3ZSOA 1VSEA 3KK2A 4DTUA 4J2AA 1L3SA 3AVKA 2KFNA 2NUBA 2YKNA 4FJJA 3S3OA 4KTQA 3KK3A 3ZSVA 1WSEA 4KB1A 3AA3A 3NCIA 4DFKA 1KLMA 3T1AA 4DU4A 3TAFA 4DSLA 1NK6A 1FKPA 5HRSA 4CEBA 4FK2A 4OLAA 4FJ5A 3IS9A 4CIFA 1CXQA 3KLHA 3IG1A 4ID5A 4Y1DA 3VQPA 5D3GA 3F9KA 3K58A 4Z0UA 4KAZA 3U3YA 5HLFA 2IDOA 2AJQA 2ETJA 2IS3A 4CFCA 1YT3A 4LY7A 1BISA 4CJLA 4OPKA 5HRNA 1XWLA 3L3VA 4Z4IA 1O1WA 4CFAA 5DMRA 1JL2A 4RW7A 2YHAA 4CIEA 4DFPA 4KI4A 4NCGA 2B6AA 2Z1HA 2OYQA 4AHUA 4CE9A 4HUFA 4J2DA 4CERA 4N41A 3DRSA 4ELUA 4GVMA 4KHQA 2OPSA 4CEZA 3M8PA 3NF8A 3OS1A 4EZ6A 4CGDA 1VSIA 2XHBA 1T05A 2P5GA 3SCXA 4HHTA 1REVA 3C94A 4ZHRA 4BE2A 4AILC 4FJLA 2D5RA 1XC9A 4KHNA 1JL1A 3P83D 2DFHA 2X74A 4KTZA 4CF8A 4DQSA 4M3YA 4KRFA 4C8MA 3LP0A 1FK9A 4CJPA 3TABA 3ZSXA 1X9MA 4BDYA 5HROA 3BDPA 3SPZA 4CFDA 3TWHA 4C8LA 3V81A 1WSFA 3HYFA 4DTXA 1VSLA 2KQ2A 4CEAA 4CHQA 1U45A 3OYJA 4BACA 1BCMA 3RR7A 1BIZA 4DTSA 4CK2A 1JXBA 1NK9A 1S6QA 3OYKA 3AO2A 4CK1A 3JSMA 1RT1A 2G8HA 3MEGA 3PUFA 4FM2A 1BQNA 4H4MA 4M3RA 4FJ8A 3CM5A 1RDDA 3TAPA 1I3AA 4PUOA 1C1CA 4DF4A 1TGOA 4K8XA 1J53A 1DTQA 3M8SA 3ASMA 4I2PA 1RILA 3DLKA 3V1RA 1IH7A 5KI6A 1D5AA 3DLBA 4FJ7A 1FKOA 3HPHA 3HPOA 1C0MA 1QS4A 5SZTA 3TAQA 4FCYA 1RT3A 3SNNA 2LSNA 3QETA 1VSMA 4CK3A 3OYDA 3OY9A 3NF7A 1QSYA 1WSGA 3KIOA 4IBNA 4FLYA 4JRQA 4HCBA 3OJSA 2FBTA 3AVLA 1LWCA 1KTQA 1ZBUA 2YNFA 2ZD1A 1IKVA 1CZBA 4I2QA 4Y1CA 3KLIA 3OS2A 2Z1JA 1HYZA 1S1TA 4E0DA 3AA5X 2BGGA 4FLTA 4FVMA 1U47A 1D9FA 4FLZA 3AVGA 4AHSA 3NHGA 1XHZA 1S5JA 2Z1IA 4I7FA 4OGCA 2PY5A 4N76A 1TL3A 4DTNA 3S3NA 2G8KA 5JS2A 3PO5A 2ATQA 2JLEA 5I3UA 3DM2A 4J2BA 2FBVA 4CGIA 1SUQA 2KFZA 5J2PA 4O0JA 3LAKA 4FW1A 1BI4A 4CJQA 2X78A 5HBMA 4UQGA 4NCBA 3H08A 3AVJA 4IFYA 2OPPA 3RMAA 4DQRA 1HRHA 4K8ZA 4M3UA 4Q0BA 1Q8IA 3LPTA 3WNFA 2HHXA 2P1JA 2D0AA 3HSTB 1TK0A 2F96A 1WLJA 2PYJA 1S9EA 3EY1A 3L2QA 1GOCA 4OKJA 1QHTA 1XI1A 1VRUA 3HM9A 5J2QA 3ITHA 4PQUA 1BCOA 2B5JA 3KLFA 1D9DA 1HYSA 4AHVA 1BGXT 1RT4A 1WN7A 4OLBA 1JXEA 4CJWA 4CGJA 1RNHA 1BIUA 1CZ9A 1TKXA 1QE1A 1VSDA 2VG6A 4LH5A 1ZBFA 3TAMA 3ZT0A 5T7BA 4JS5A 3TAGA 1Y97A 1QTMA 3OYEA 1NKCA 4OVLA 3OYHA 1Z25A 4CF0A 4B9UA 5I42A 4FJXA 2BDPA 1GOAA 4KKOA 1EETA 4W5NA 1LAWA 3AA2A 3AO4A 1J5OA 4FJGA 4B8CA 4O4GA 1S1WA 3QEXA 2BANA 1S1UA 4YFUA 1WAJA 3OYNA 1JLEA 2HMIA 1HMVA 3KKSA 4EP4A 2G8UA 4G1QA 4GMJB 2Z1GA 1KFSA 4ELVA 1RBVA 2D0CA 4KHUA 3DYAA 4KI6A 1RBSA 2RF2A 3OVNA 1VSFA 1ASUA 4IKFA 3K5NA 2HHTA 4AHRA 1VSKA 3RRHA 4F2SA 1L3UA 3UIQA 1UWBA 4CJUA 1HJRA 1LWEA 1X9WA 4HUGA 3QERA 4DTMA 5HRRA 3HVTA 2OA8A 4RW9A 2A1RA 1NJXA 2R7YA 4Z4EA 3LP2A 4CEOA 1YVUA 1EKEA 1LW2A 4E7JA 4CHOA 3K59A 5CY4A 5CYMA 2O4IA 1W0HA 4OGEA 3CFRA 1A5XA 4O44A 5DK5A 3V9UA 3HO1A 1S9GA 4BWJA 4DTJA 5C42A 3MAQA 1S1XA 1HPZA 3L2RA 3E01A 4CIGA 2OZSA 3C6TA 3VQDA 2YNGA 3AVNA 3LP3A 3AVAA 3V9XA 4FJIA 1R0AA 1VSJA 4LSNA 3CQ8A 2HHSA 4CEDA 3S9HA 3K5MA 3HL8A 3ZSZA 4N56A 1T03A 1EXQA 1KLNA 3IAYA 4ICLA 4N5SA 4E3SA 4J2EA 3ZT4A 2GBZA 1VRTA 3VQ9A 1SKSA 3ZSRA 3AVCA 3VQCA 4E7KA 4H4OA 3SQ1A 4NYNA 1KVAA 3ZT2A 5HP1A 4LD0A 3VQ5A 3MEDA 3B6PA 3LDSA 3PX4A 5KRTA 3L3UA 4W5QA 1CXUA 1I39A 3V9SA 4L8RB 1SKWA 4M3ZA 2GV9A 4F3TA 4FLVA 1ASVA 4KHWA 3LANA 3VA0A 4DSJA 4DF8A 4RW4A 3AVIA 1Q9XA 1Z26A 4GW6A 4CCHA 4DQIA 4C8KA 4FJ9A 3AVMA 1NJZA 1XHXA 2YKMA 3DRRA 3ZT1A 4CFBA 2QK9A 1JKHA 1TK5A 3LP1A 3VQ7A 3F73A 4FJNA 2OPQA 1KCFA 1A5WA 1JLGA 1F21A 4QAGA 4IFVA 1DLOA 3AVBA 2D0BA 4W5OA 4FYDA 1NJWA 1IKWA 4CJ3A 5FDLA 3VQ4A 4E7LA 1EX4A 4F8RA 4M3TA 1RT6A 4CJKA 4FLWA 4B08A 3K57A 3C95A 3DI6A 4DU1A 3SZ2A 3L2WA 4WE1A 5CZ2A 3OYMA 1C1AA 4Z4GA 3VQ8A 3OYBA 1NKBA 3V1OA 3SQ0A 3LAMA 5J2MA 1IG9A 2HHVA 4CHPA 5C25A 3THVA 3P5JA 3KTQA 3LZJA 4MFBA 4CHYA 4CJRA 4FJKA 3AO3A 3AVHA 1JLFA 3TARA 3ZSYA 4F2RA 3NF6A 2DFEA 3OYLA 2WOMA 4E7HA 2QKBA 1TK8A 1N5YA 3NF9A 2KW4A 2A1SA 5CYQA 4Q5VA 4PY5A 3CG7A 4E1NA 2HHWA 1RBUA 1UAXA 2VG5A 3V9ZA 1RT2A 3T19A 4O5BA 4M41A 1RBTA 3HVRA 2Y1JA 3KKRA 1BI4B 1KSPA 2E4LA 4DMNA 3VA3A 3RTVA 4B9TA 3AO5A 4BDPA 3NH0A 1C0TA 1NOYA 4KREA 1B92A 1MU2A 2Q3SA 3LWLA 4HCCA 5SWMA 3OYGA 4E7IA 1NK4A 2DFFA 4DTOA 2GUIA 3SQ4A 4DG1A 1SL0A 3I8DA 3K5OA 1NK0A 1RTDA 1RT7A 1DTTA 4C8OA 1RCHA 4KO0A 3FFIA 4M3WA 3ZCMA 4IG3A 4FK4A 3MXJA 2HHUA 1BHLA 4FZXC 3DMJA 1YTAA 1RTIA 2XY8A 4OJRA 3QEIA 2KZZA 1KVCA 1RDCA 3O4NA 1C6VA 1EP4A 4NYFA 4HUEA 3QESA 4Z4FA 3SPYA 1IKXA 3O3FA 3QEWA 1JLQA 1QSSA 3KD1E 3TANA 1NK7A 3MXMA 4BWMA 4FJMA 2O4GA 1CLQA 3T3FA 1KFDA 1NOZA 3SUNA 2G8VA 1KVBA 3U6FA 4M45A 2KZMA 2XY5A 2QKKA 4ID1A 3SV4A 3V4IA 4KHSA 1WSHA 2XY7A 3AA4A 1G15A 3LWMA 1HQUA 2IGIA 2PYLA 3QO9A 4DWIA 3DRPA 2HNYA 3V1QA 3U3GA 1K6YA 5FROA 4CJTA 1JLBA 3VQ6A 4DTPA 3RR8A 2OZMA 4CGGA 1TKTA 2XRIA 4DS4A 4CEQA 3QEPA 1QSLA 4NCAA 4E19A 2P5OA 5JS1A 2DY4A 2FC0A 1ZBHA 4FLUA 1ITGA 4AHCA 4DLGA 2YNIA 3L8BA 3V6DA 5J2NA 4IDKA 1RDAA 1HNVA 2HNZA 4IG0A 4BE1A 3SQ2A 2PZSA 2HNDA 1RBRA 3V9WA 1SL1A 2DTUA 2VG7A 2VWJA 4KFBA 1LV5A 3CM6A 4KTWA 3QNOA 5K14A 3PX6A 1NK5A 3DOLA 3VN5A 3KJVA 3LPUA 2IAJA 3OYIA 1IO2A 4OKEA 1UA1A 4RW8A 4ZTFA 3RRGA 2HVIA 2YHBA 2ZE2A 1Q9YA 3VQEA 3RMDA 4BDZA 1TAUA 2E6MA 1TL1A 1WAFA 4CGFA 1B9DA 3RMCA 3NGYA 1W9HA 3NH2A 1A5VA 3QIPA 4LSLA 4BE0A 4B9SA 3CFOA 5EU7A 3HXMA 1U4BA 4QOZB 4I9QA 2HVHA 3NBPA 4EP5A 4W5RA 3SV3A 4RG8A 1VK0A 3QEVA 1SL2A 2F8SA 4FJHA 4C8NA 3BGRA 3NGZA 1JLCA 3D0PA 4DTRA 1BQMA 4B9MA 1RTJA 3P1GA 4RW6A 4CJSA 3KK1A 3WNEA 3TAEA 3SUQA 3MXIA 1GOBA 2RKIA 3O4QA 3LZIA 3PY8A 2P51A 3HPGA 3I0SA 4KPYA 4M42A 3NDKA 4CF1A 4R5PA 3HK2A 3QINA 1VSHA 3ZT3A 3HP9A 3NAEA 4DFMA 1L3VA 3L2VA 3NH1A 1C1BA 5FRNA 3L2UA 4DQQA 4FZZA 1J54A 2QXFA 5C24A 3QNNA 3WNGA 2RPIA 3A2FA 1S6PA 4CF2A 3O3GA 1TKDA 2XO7A 1TAQA 1NJYA 4YNQA 1U49A 4DSEA 1C0UA 2X6SA 5FRMA 4N47A 1TVRA 5HRPA 4FZYA 3WNHA 4KB0A 2YV0X 5KRSA 3TR8A 3K5LA 3MECA 4CESA 1LWFA 2G8WA 4TSXA 3OS0A 3O3HA 2HHQA 4DS5A 2FBXA 3NGIA 4XIUA 3AV9A 5E41A 1YTUA 3SJJA 2HB5A 2VWKA 3C6UA 4CEEA 1SKRA 2ZQBA 1X1PA 1ZBIA 1ZBLA 1JLAA 2EX3A 4Z4CA 1WSJA 4CJ5A 3DLRA 4DU3A 2X6NA 4CEFA 2IC3A 3RWUA 1LW0A 2Y1IA 4PWDA 4W5TA 5KTQA 4DSIA 4M3XA 4B9VA 2YNHA 2E6LA 1J9AA 3ZSQA 4DFJA 3DLGA 3I0RA 3VQAA 3PV8A 3NFAA 2WONA 3LALA 2KTQA 4F4KA 2EHGA 4CJ4A 4FLXA 1U04A 3EZ5A 3VQQA 3DLHA 3MEEA 1ASWA 4FM1A 4ELTA 1T8EA 3OYFA 3OJUA 3ULDA 3G0ZA 2RN2A 1IKYA 4AHTA 2B4JA 1WNSA 1RTHA 2OPRA 4CHZA 3HT3A 1SV5A 3HJFA 3K2PA 4EZ9A 5CZ1A 3S3MA 2G8FA 3PO4A 4PA1A 1LAVA 2W42A 1TKZA 3AVFA 3QIOA 4H8KA 5J1EA 2I5JA 4MQ3A 3HP6A 1B9FA 1N6QA 1TV6A 1HQEA 4Z4HA 4DLEA 4B9NA 3G10A 4QCLA 4DSFA 4DSKA 1QQCA 4AH9A 3NE6A 4HTUA 2F8TA 5KGXA 4DQPA 4CJVA 2BE2A 3SI6A 3VQBA 3OYAA 5KGWA 4FW2A 1RDBA 3DLEA 4HVJA 4FXDA 3KD5E 2JGUA 3SYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D45A 4H5TA 4YOUA 4ZTJA 2F9WA 5BRHA 2Q2RA 3AGRA 1T6DA 3KLEA 3EYZA 1ZBSA 4CJEA 3ATVA 3IRXA 4CGHA 3OBWA 4O55A 4EIAA 3PX0A 5AQTA 3QLHA 3CD6N 3WT0A 2AP1A 2Q36A 4CECA 5CHIA 1UA0A 2XY6A 4B9LA 2G8IA 4B3OA 3KLGA 4F3OA 1L3TA 5M1QA 1R59O 3SUOA 3KK2A 4DTUA 4J2AA 3AVKA 2GTDA 3C0BA 2NUBA 2YKNA 2F4VK 3S3OA 3S41A 3ZSVA 4EFHA 1KLMA 3T1AA 4DSLA 1YJNN 4Z94A 1QZ5A 4CEBA 4FJ5A 3IS9A 3IG1A 4ID5A 3K58A 3H6EA 4KAZA 5HLFA 3SAFA 3EN9A 2IS3A 3MN6A 2O8DB 4H0OA 2YJFA 1Z6RA 1XWLA 4KI4A 1J5EK 1NGFA 2HSTA 1IJJA 4IO8A 4CERA 4GVMA 3VF4A 4CGDA 2XHBA 1T05A 4FJLA 4RWTA 4HHTA 3C94A 5ADXA 1N33K 2D5RA 5LY3A 4G9ZA 1JL1A 2DFHA 2X74A 5AFUA 4DQSA 2HHHK 4KRFA 3UB5A 2GX9A 3CCLN 3LP0A 1FK9A 3DXMA 4CJPA 1X9MA 5HROA 2YJEA 3SJHA 3SPZA 4FWKA 4C8LA 4JI7K 5C2FA 4CZFA 4CHQA 3OYJA 4BACA 2HBKA 1JXBA 3IDHA 3JSMA 1RT1A 3MEGA 4QS8A 4FM2A 1GLJO 4H4MA 1YJ9N 3TTFA 3TAPA 4PUOA 1XQSC 4K8XA 1J53A 5AQMA 3V1RA 5KI6A 5AR0A 4K41A 2HBLA 4YOTA 1YAGA 3HPHA 5IWAK 5SZTA 1E4FT 3TAQA 4H5VA 1VSMA 4CK3A 4DR4K 3VTHA 3NF7A 1QSYA 4JRQA 4DR5K 3EO3A 3TTCA 1ZBUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SUQ A;  3WNE A;  3LDQ A;  3VMF B;  2RKI A;  2P51 A;  4KPY A;  2ZF5 O;  5AQU A;  3ENH A;  4CF1 A;  2FSJ A;  3QIN A;  3NAE A;  3L2V A;  3L2U A;  4FZZ A;  4JD2 A;  3A5M C;  2QEX N;  3WNG A;  3A2F A;  5CE3 A;  2GWJ A;  3G6E N;  3CCS N;  1TAQ A;  4JD2 B;  1X3N A;  2NZT A;  4FZY A;  3WNH A;  2ZJP L;  3TR8 A;  3OS0 A;  2HHQ A;  5AQJ A;  1VQ5 N;  1W2B M;  2FBX A;  3NGI A;  1YTU A;  3SJJ A;  1ZBI A;  2A6A A;  4C23 A;  1BA0 A;  1RGI A;  4DU3 A;  3BZK A;  3RWU A;  1LW0 A;  3WQT A;  3LM2 A;  2UUC K;  2E6L A;  3FGU A;  2ASO A;  3VQA A;  1N32 K;  3H1Q A;  3ZYY X;  4JI5 K;  4OPH A;  4CJ4 A;  5JVG L;  1U04 A;  1P90 A;  4DV1 K;  3OYF A;  5AZJ A;  3OJU A;  4AHT A;  4XH5 A;  5M1P A;  1WNS A;  3MX2 A;  4CHZ A;  4BRF A;  2G8F A;  1LAV A;  1TKZ A;  2QWP A;  3AVF A;  3QIO A;  2I5J A;  4MQ3 A;  1N6Q A;  1RDW X;  4QCL A;  1D4X A;  1QQC A;  3NE6 A;  4DQP A;  1RDB A;  4HVJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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