2IVNA

Structure of up1 protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
total genus 115
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA01
4BRPA 1TUUA 3W3DA 5F2RA 4BGBA 2Q97A 3FFKB 2P9PB 3FGUA 1GLLO 3DAWA 3IFRA 3AAPA 1H1VA 3I33A 1CZAN 4BC5A 3W0LA 3O80A 4B1ZA 3RSEA 2QWNA 1NGAA 2E1ZA 3QBWA 5E26A 3WQTA 2QWPA 3HI0A 4FWSA 2HOEA 1KXPA 1LOTB 1ESVA 5AQKA 1BG3A 5CE3A 4K41A 3LM9A 5AQXA 5AQZA 3WXIA 1NGEA 5FPNA 4BR4A 4CZLA 3UB5A 4BRKA 3ZETB 3EKSA 1QQNA 2BUPA 4EIAA 3FZLA 2J4RA 2P9KA 1NBWA 1SZ2A 1KAYA 2GELA 4AM6A 5E84A 4H0OA 4JD2A 5F0XA 4KBOA 2FXUA 4H0VB 5LJVA 4DHYA 3ATUA 3CERA 4H5NA 1S22A 2QM1A 1QZ5A 3LM2A 1E4GT 5LJWA 4QS7A 2HF4A 2D1KA 1C0FA 4CD1A 4BRDA 1Z05A 3CJ1A 2FSNA 2Q31A 4BC2A 3QFPA 3FZKA 4MLHA 2GUPA 3EZWA 3O4WA 4BRNA 3MK6A 1NGJA 3VF6A 4PL7A 1V4TA 4A2BA 4RWTA 3IUCA 2P9LA 2GEMA 2CGKA 3LDLA 4IWVA 3L6QA 2GWKA 5ADXH 3A8YA 4CBUA 2QWQA 5AQRA 4JHDB 3U9DA 3ZX2A 3GBTA 5KQ8A 4BRQA 4JD2B 2E2NA 2A41A 4AM7A 1K8KA 4L3QA 3R6MA 2Q0UA 3ZX3A 4CBXA 1SQKA 2ZGYA 2ITMA 2W40A 1GLAG 1KAZA 2YCHA 1LCUA 4O5FA 3VENA 4B1UB 4WQ5C 4CZGA 5AQPA 5KPZA 4BRAA 1HLUA 4BGAA 3CHWA 1YUWA 4CI6A 4FWRA 4DQ8A 5AFUH 3MCPA 4PKIA 2AP1A 3VEOA 2H3GX 3VEWA 4FSVA 1NM1A 4A62A 3VESA 4BG9A 3WQUA 1BA0A 4FL9A 3VF2A 1DEJA 5AZJA 2YJEA 2PBDA 4H5TA 1GLDG 2IVOA 2DPNA 5EVZA 2QWOA 2P9SB 2YI1A 1BDGA 2E2PA 5KPRA 3QFUA 3VEVA 3HBTA 5LY3A 3M3ZA 3M1FA 4WQ4A 1ZC6A 3I8BA 4BQLA 3HTVA 1JCEA 4FOEA 3ZETA 2QWMA 1YXQA 3SLCA 5BN8A 2QXLA 3AAQA 3AY9A 1QZ6A 3VERA 4BROA 4H0XB 4MO5A 4DB3A 3U4LA 4HTLA 5BN9A 4M7XA 3CJBA 3FR0A 3UKRA 1BU6O 2P9UA 4BR7A 3CQYA 1XUPO 3O1WA 4IJNA 4YDUA 3SMSA 2D0OA 3A5MC 3EKUA 4XH4A 4K25A 2V7YA 2NRHA 3LDOA 1ATNA 3QDKA 3A5LC 1P8ZA 1YAGA 3ZEUB 1GLEG 3QBXA 5AZJB 3CQXA 2QWLA 4PKHA 3CJ9A 1HJOA 1BO5O 1NLVA 1T6DA 3LDQA 1Q18A 4CZMA 3P4IA 4J8FA 3H3OB 4BRIA 2NLXA 4CBWA 1MDUB 4H0YB 3O1BA 3C0BA 2D0PA 4K42A 2E20A 1RDWX 3LDNA 2A5XA 5BPNA 3MN5A 1KAXA 4FWKA 3HM8A 4JHDA 1GLJO 3SJHA 4HWIA 2UYTA 3MN9A 2VCPA 1MWMA 1EQYA 4IXCA 4BRCA 5FPDA 4ISFA 4B1VA 3UKRB 2P9UB 4FWPA 1NWKA 3TU5A 4M63C 2Q0RA 3WEEB 2W41A 1R59O 4CD3A 2PAVA 2NZTA 1NGIA 5BREA 1GLFO 4MO4A 2F9WA 3L4IA 3DJCA 2F9TA 5EXWA 3DXKB 4CZHA 3D2EA 4EAHD 4A2AA 1RFQA 2QWRA 2CGLA 1X3MA 1XQSC 3D7EO 4B1XB 4QS8A 3MMVA 2V51B 5BPLA 1Z6RA 1U2VA 4BRFA 5FPEA 3R9PA 3A5NC 1RGIA 1BWFO 1NGCA 3WT0A 1BA1A 2VYPA 1HKGA 2I7NA 4FWNA 5AQHA 5AQMA 4MLEA 3L0QA 3VPZA 1NMDA 4XEIA 4H5VA 5JLFA 1NGFA 4IZ9A 2P9SA 5AQNA 4ISEA 1U6ZA 1ZBSA 5I9EB 3EN9A 3H3NO 1WUAA 4H0PA 1NGHA 3QICA 5BRFA 3CJAA 5TKYA 1DGKN 4O8KA 4I6MB 4BR5A 4XH5A 4E1JA 5JICA 5AQIA 4FOIA 1MA9B 4DCHA 1HX1A 4ISGA 3CI5A 3A0IX 4CZIA 3D2EB 4BQZA 3VETA 1G99A 2EWSA 3A5OC 3O6WA 4FWOA 4Y0WA 5AQVA 1WOQA 3MN7A 4A61A 1GLBG 1U2VB 3BF1A 2E88A 3VEXA 3QMLA 1NGDA 3ZEUA 1QQMA 3WXJA 3EL2A 1QQOA 2YHXA 3G25A 3MDQA 3VF4A 3CJ7A 3VGKA 3MN6A 4RCHA 3WXLA 2OANA 3GOIA 4RTFD 1MWKA 5BRDA 4B9QA 4C23A 5AR0A 4IJAA 3O08A 2GTDA 3FZMA 2A6AA 1ATSA 5AQQA 4EFHA 4EHUA 5KQDA 1YVNA 1Y64A 2ZWHA 5AQUA 1S3XA 1TUYA 2FLOA 2P9NB 4F9OA 3FZFA 3CIPA 3VGMA 4QS9A 3WEEA 4IO8A 3KHYA 5BPMA 4BRLA 1ZXOA 4BRGA 3DWLA 5AQJA 5EX5A 3ZX0A 2ASPA 3U8XA 3O5BA 3FLCO 2ASOA 1J6ZA 3TPQA 5AQGA 3CETA 3DXKA 2YHWA 2WUSA 4CZKA 1IJJA 4JAXA 4CZFA 4Z94A 2HF3A 3GG4A 2ZGZA 4BRMA 3WXKA 5FPMA 2Q36A 1HUXA 4B1WB 1HPMA 4H0TB 4BREA 2ASMA 2P9IA 2YJFA 4FWQA 2CGJA 4H5WA 4FWMA 4FPBA 1GLCG 1BOTO 4WQ4C 2HMPA 3J8AA 3VEYA 2E2OA 1TYQA 5AQYA 1JCGA 5AQOA 5AQLA 4XH1A 1X3NA 1T44A 2AA4A 4BC4A 5JLHA 4I6MA 3D2FA 5B8HA 3GL1A 1BUPA 4BG8A 2BTFA 4GY2B 4CZJA 2V52B 1XC3A 5BR9A 3WUHA 3HZ6A 1HKBA 3ENOA 4YDUC 5AQFA 5EY4A 3F9MA 2E2QA 2V7ZA 2CH5A 1QHAA 5BRHA 4GNIA 2CH6A 4FPAA 3LDPA 1NGBA 5JMVA 4BVPA 2E8AA 4WQ5A 1ATRA 3KVGA 4NO7A 3VGLA 3UKUA 5ADXA 4PKGA 4BRHA 2P9IB 3AARA 4B1YB 3BUZB 3DXMA 3FE1A 3LL3A 2E1YA 3RSEB 2A3ZA 3GDQA 4BR2A 1TYQB 2FF6A 2QW9A 4CZEA 1OKJA 3KZBA 2I7PA 4BR9A 2IVNA 2VWBA 5AZIA 3S41A 5KPTA 3C7NA 1C0GA 4K43A 3D2FB 2YHYA 3QB0A 1T6CA 4FO0A 3UE5A 3H1QA 1D4XA 5AFUA 2FF3B 1SAZA 1IG8A 3FZHA 2ZF5O 1X9JA 3O8MA 2P9NA 2P9KB 4LC9B 3OHRA 1E4FT 2Q2RA 3GE1A 4JNEA 3ATVA 5AQSA 1HKCA 1V4SA 3UKUB 2A40A 1DKGD 3BF3A 2GWJA 2A42A 3CJCA 3JS6A 3ULEA 3JXUA 3VEZA 4H03B 3DXMB 4FWLA 3SMPA 3M6GA 3H6EA 4PL8A 4BVOA 3SK3A 1JCFA 3ID8A 2IVPA 4JN4A 3H1VX 5AQTA 2P9PA 4BC3A 4H5RA 3VOVA 5AQWA 5ELZA 5AZIB 4WYBA 2D4WA 3C7NB 3ENHA 2P9LB 4EHTA 5EOYA 3BP8A 3R8EA 2Q1NA 1NGGA 4NB4A 4CJ7A 2FSJA 2KHOA 2FSKA 3HSCA 3IDHA 1K8KB 2IIRA 3B8AX 4BR0A 5F1XA 3EO3A 4M7YA 3IMXA 3BEXA 3U9ZA 3ULEB 3H46O 3H45C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HBMA 4DLGA 3RMAA 1TVRA 4DU3A 3M8PA 5F2RA 2D0CA 3FFKB 4K0KK 3P38A 2DFEA 4KI4A 4DSKA 2QTDA 3ID6A 2OPSA 2KFZA 3AAPA 4CGIA 4BDPA 1CZAN 3O80A 3T19A 3RSEA 4B08A 1NGAA 3T1HK 4IFEA 1BIUA 1KXPA 3QETA 2FBVA 4O44A 4DTJA 4LF5K 4CJKA 4JS5A 3T1AA 1QQNA 3PSIA 3FZLA 3KKSA 3VMFB 3CFOA 3HSTB 1KAYA 4AM6A 4H0OA 4JD2A 3SV3A 4F2SA 1S5JA 4JS4A 4CVNE 2O8FB 4FLWA 4DHYA 4N76A 4H5NA 4Q5VA 4B9TA 1C0FA 4BRDA 3CJ1A 2VG6A 3SBGA 5JS2A 4X65K 1JXEA 4DR7K 1KLNA 2X6SA 3B6PA 3EZWA 4W5NA 4O0IA 2HBKA 1V4TA 3H08A 3BY5A 2HNYA 2GEMA 3IG1A 5C10A 3A8YA 4RW6A 2QWQA 4JHDB 5KQ8A 4BRQA 3OYFA 4AM7A 2A41A 1IKWA 3K59A 1L3SA 1K8KA 2G8UA 3R6MA 5JVHL 1RT4A 4NCBA 3DLBA 2YCHA 4O5FA 3VENA 5KPZA 4KH6A 1YVUA 1Q82O 1TV6A 4HUEA 3CHWA 4E7KA 2HHQA 4CI6A 2O8BB 1LAWA 5DK5A 2PZSA 3VQPA 4LSLA 1I39A 3VEOA 1JLCA 2KW4A 3TTFA 2XY6A 1TL1A 3WQUA 4CJRA 2QXFA 3TSUA 2YJEA 4H5TA 1JLEA 3R3LA 4CJQA 4ELUA 4CCHA 2P9SB 2YI1A 1C6VA 5KPRA 3DM2A 4LF9K 3CMEN 5M1QA 1WSEA 1X9MA 4CEAA 4RW7A 3PLAA 4OKJA 2YKMA 3ENBA 4E7HA 1JCEA 2QXLA 4FZZA 3Q7CA 3VERA 4DSEA 2G8HA 4DR5K 1ASWA 3FR0A 2P9UA 3SI6A 4BR7A 2FBTA 3DMJA 2D0OA 3A5MC 3EKUA 4XH4A 3NVMA 5LL6Z 2V7YA 2NRHA 3LDOA 3KK2A 4O4GA 3AVMA 3MWTA 4DF8A 5JS1A 1NLVA 3NFAA 2O8EA 3K57A 1KVBA 5FLXO 1JXBA 3H3OB 1T7PA 4X64K 4DV7K 2O8DB 1QQCA 4K42A 4DUYK 3BZKA 1RDWX 4C8MA 4U67L 2HHXA 3LDNA 2PYLA 3PO4A 1SKSA 3MXIA 1NOYA 4JHDA 4JI0K 1GLJO 3KLHA 2VCPA 1EQYA 3CCUN 3TU5A 3V1OA 3WEEB 2W41A 4HHTA 4JI7K 2PAVA 1JL2A 2NZTA 4CHQA 5BREA 3NGYA 2NRTA 3L4IA 4OKKA 3VQCA 3SAFA 3LZIA 1N6QA 2DTUA 4AQYK 2O8BA 3D2EA 4B3OA 4DS5A 1RFQA 3RTVA 2CGLA 1XQSC 3D7EO 3HVTA 3AVBA 4GVMA 2I5JA 1NGCA 4X62K 1FW6A 4C1NI 2VYPA 3CC7N 3L0QA 1YTAA 4JKHA 2VWKA 5JLFA 1IKVA 2P9SA 5AQNA 4FJKA 1ZYQA 3CCRN 4CJ5A 3DRPA 4M3RA 5HRSA 3PUFA 1NKBA 1BISA 4I6MB 4BR5A 4E1JA 5JICA 1QVGM 1FKPA 3CI5A 3P39A 1Z25A 3MWPA 1A5XA 3BGRA 2EWSA 4ICLA 1EO1A 1Z26A 3MEEA 1WBDA 1XC9A 1QVFM 2Y1JA 4ELVA 3CCJN 1RBSA 1VQKN 3OA9A 1BI4A 2BDPA 3CCMN 3LP3A 3S9HA 1DT9A 3TAGA 4LF8K 4A5BA 3MDQA 3ZSOA 3ZSXA 3C65A 4RCHA 4KHPK 1MWKA 4IJAA 4OPAA 3O08A 3NF6A 2GTDA 2NRZA 4CHNA 3CYMA 4CHPA 2UXBK 3T1YK 3SQ4A 2JLEA 1HYZA 2P9NB 3OW2M 4F9OA 3AGKA 5CZ2A 4DR6K 3VGMA 3WEEA 4BRLA 1ZXOA 3LAKA 2ASPA 3OS0A 2ASOA 4DUZK 5AQGA 3VA0A 4JV5K 2YHWA 3KWGA 2WUSA 2F96A 4YOWA 3QIPA 1HNXK 3GG4A 3CF5L 3WXKA 3QESA 4HUFA 2B4JA 4B1WB 3E9PA 4CHOA 3EY1A 1WB9A 4LD0A 4FPBA 4CHZA 2IDOA 3E1YA 1U45A 3VEYA 2WOMA 1KD1O 4YOVA 4J2AA 1TYQA 1SS6A 4OX9K 3TSPA 1NK9A 4Y1CA 2G8KA 2HHHK 2AA4A 4ZTFA 5JLHA 3SUOA 1KFSA 4I6MA 4NYFA 2ITGA 3NF8A 4FJ5A 1BUPA 2BTFA 2R7YA 3K5LA 5BR9A 1W2BM 3HZ6A 5AQFA 5EY4A 4YORA 3F9MA 5J2MA 3HYFA 2E2QA 2ZQBA 1QHAA 4AHSA 2UUBK 3RRHA 4GNIA 4M3UA 3K5NA 4FPAA 1J53A 2HNDA 2E8AA 1ATRA 4NO7A 1DTQA 4DMNA 4FJIA 1S1XA 5ADXA 1N32K 1FKOA 4PKGA 3O9SA 1RT7A 3KK3A 3AARA 4B1YB 3FE1A 2E1YA 4M3WA 2A3ZA 3GDQA 4LF4K 1HQUA 3E01A 4DTPA 3J7YP 1TK0A 3KZBA 1GOAA 1CXQA 3PIOL 4FZYA 2VWBA 4YOYA 3S41A 3M8RA 2YHYA 3QB0A 4ILJA 2VG7A 4W5RA 4LY7A 5AFUA 3ZSQA 4DWIA 4DSJA 3FZHA 2P9NA 2P9KB 3OHRA 1NJYA 2Q2RA 3OTOK 1GOBA 4JNEA 3ATVA 3EZ5A 3O9RA 4E0DA 3PSFA 3UIQA 4B9NA 4JKFA 3ITHA 5J2QA 3ULEA 4NLBA 3JXUA 5M1FA 3VEZA 4H03B 3SMPA 4AHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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