2IVVA

Crystal structure of phosphorylated ret tyrosine kinase domain complexed with the inhibitor pp1
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
312
structure length
282
Chain Sequence
GPLSLSVDAFKIKWEFPRKNLVLGKTLGEGEFGKVVKATAFHLKGRAGYTTVAVKMLKENASPSELRDLLSEFNVLKQVNHPHVIKLYGACSQDGPLLLIVEYAKYGSLRGFLRESRLTMGDLISFAWQISQGMQYLAEMSLVHRDLAARNILVAEGRKMKISDFGLSRDVYEEDSVKRSQGRIPVKWMAIESLFDHIYTTQSDVWSFGVLLWEIVTLGGNPYPGIPPERLFNLLKTGHRMERPDNCSEEMYRLMLQCWKQEPDKRPVFADISKDLEKMMVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR RET PRECURSO
publication title Structure and chemical inhibition of the RET tyrosine kinase domain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 282
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2006-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2ivvA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2ivvA01
2G2HA 2X7FA 5AP3A 5AX9A 4NFMA 5E1SA 1OB3A 3CEKA 2UZVA 3OCSA 3BPRA 3H4JA 3LQ3A 4QYHA 5HCZA 3KRRA 1DAYA 3MDYA 4AFEA 4E1ZA 3UVRA 3NNWA 2HCKA 4UXLA 4FIFA 3QTWA 2XNNA 3NNVA 4O96A 5ANKA 1IASA 5IQIA 1H01A 4FL2A 4H58A 3JUHA 2WQBA 1SMHA 5HCYA 3OOMA 4I22A 4BBFA 3QTQA 4PRJA 5BVKA 2XKFA 4O7ZA 2C0TA 1NT2A 4HCTA 4OTWA 4FA2A 4BGHA 3R2BA 1M2RA 5DGZA 4M13A 5M4UA 4I0TA 4JXFA 4IAZA 3MS9A 2RIOA 3UJGA 1H0VA 1OPLA 3PVUA 3R9OA 3I0QA 3ZM4A 1J7LA 2WMQA 4EK4A 2G2IA 4KD1A 3IW4A 3DK3A 3U6JA 4D9TA 4KS7A 4BI0A 2R64A 4L01A 3RGFA 2R3JA 1H0WA 1ZY5A 4XLIA 1QMZA 3ANQA 4X2JA 4UMTA 5FLFA 5I3OA 5FBOA 3FKOA 2BPMA 4GUBA 4XG4A 5L8KA 4BDKA 1OIQA 5CZHA 2OJ9A 2PHKA 2XIZA 4JAIA 4AW2A 3NW5A 3MVLA 4Z9LA 2HXQA 2WMAA 1M7QA 4M67A 2GU8A 3ZC6A 2Y6OA 4KABA 3I79A 2ITWA 3PY0A 4HYIA 5E8WA 3QC9A 5AP2A 3R7VA 4AA5A 4F6SA 2UV2A 2P0CA 2YM5A 4O0TA 5IISA 4FNXA 5IMXA 4EK8A 2ITZA 3UO4A 5C26A 3N4VA 2R3RA 5T6KA 3EQFA 2PY3A 4IEBA 3EL7A 5A4CA 3V8SA 2ITYA 2BRGA 4FMQA 2IJMA 4OUCA 4A9UA 4JIKA 3SC1A 4IQ6A 4XX9A 3MH0A 1W7HA 3R28A 4H39A 2V0DA 4AP7A 2R3QA 4UXQA 4QPAA 1OL6A 1YI6A 3VRZA 5LJJA 4DN5A 3TV7A 1IRKA 5KHXA 2G2FA 4H1JA 3L9LA 3W1FA 5CSVA 2GMXA 4GFOA 4O21A 3ULIA 2HYYA 4TYGA 4EHGA 2CPKE 4BWKA 1IA8A 4O0WA 4FL1A 4CZUA 4U44A 2WMXA 4IC8A 4KA3A 5KCVA 2PZYA 4F09A 4ZEGA 3RZBA 4G9RA 4YTHA 5IA0A 2PZPA 1BMKA 3Q52A 1PXMA 3TV4A 3VQUA 4DEHA 3IDCA 2GNLA 2W1IA 4MNFA 5CF4A 3BHUA 4BCKA 4ITHA 2PVFA 4ZMFA 4Y72A 3VWAA 4HPTE 3GENA 3KRXA 1J7UA 2OFVA 2UZOA 4XH6A 2QI8A 4X3JA 5DH3A 4BYIA 5B7VA 5EH0A 3TTJA 4ZY5A 3QTIA 1WBWA 3FWQA 5LVMA 3UOKA 5LCJA 3G2FA 1UA2A 1PF8A 2PWLA 2IZSA 2FUMA 3QCXA 3UGCA 3DXNA 4FTMA 4WG4A 4GL9A 3D4QA 1YHSA 2Z2WA 2WOTA 4C4IA 3NVKI 2XNOA 3CE3A 3FKNA 1YHWA 3OP5A 3MH1A 4AU8A 2FGIA 2OSCA 2XM8A 3A2CA 3IDPA 4N6YA 5KBQA 2FH9A 4DCEA 4EZ7A 5BYLA 1NVQA 4BDDA 5CZIA 4EQCA 3ROYA 4B9DA 3FLZA 3Q53A 4FZFB 5AR5A 5A4LA 4U3ZA 4S33A 4XRJA 5DPVA 2VNWA 4F9YA 2BZKB 3RK7A 1REKA 4EHEA 2X6DA 3FYJX 3RAKA 3WYXA 4IIRA 3AD5A 2PVYA 2VWBA 1MP8A 3LFFA 4L46A 4MKCA 3E88A 3WF8A 2PMOX 3VQHA 2UW9A 4LOPA 1DI9A 4ACCA 4KKEA 3I7BA 4FV6A 3I4BA 3KN5A 4K9YA 4ZSEA 2E9VA 4R8QA 1PY5A 4A9YA 4AE6A 4D1ZA 4G6OA 1PMEA 5AEPA 4AGDA 3SGCA 3B2TA 3V04A 1UNLA 2V62A 4UY9A 5B2MA 2IVUA 3LLAA 3OFMA 3DAEA 4EK3A 3FDNA 2WMSA 4IX5A 4ANNA 3JY9A 4LQMA 2R3GA 3R04A 5G6VA 3QLGA 3HRCA 4FKLA 4J8MA 4YU2A 2VTNA 3KXXA 3KULB 2WQEA 3OWPA 1W0XC 4I5HA 4TNDA 5H8BA 3MW1A 3R8UA 4EC9A 2VTPA 4KIKA 2PYWA 2C6DA 4MBJA 4FSNA 3TNHA 4XHKB 3EJ1A 4J98A 3S4QA 1FVRA 4FICA 5KMNA 1OKVA 1WVXA 3RPOA 2F2CB 1GZ8A 3UG2A 3PXQA 4HVDA 2IVTA 1CSNA 3GXLA 2C3IB 5J9LA 3DDPA 2WTKB 4MWHA 4DF3A 2J0LA 3QD2B 3V8TA 3V3VA 3PSCA 3GUBA 2R3IA 5IG1A 4O2ZA 3T9IA 5DG5A 3ZDIA 4AGWA 3BGPA 4WRGA 1FVTA 3KXNA 3K2LA 3COIA 4HYUA 3CQEA 5IQDA 2Z02A 4HCUA 3BWJA 4M3QA 1P4OA 4FG8A 3W2RA 3NNUA 3TZMA 2JIUA 2C5VA 2VX1A 3QD0A 3IKAA 2OH0E 4Y73A 2CNUA 1OITA 3OROA 2FSLX 2X8EA 4FKVA 4LYNA 3AGMA 5M56A 3OW4A 3TV6A 1P2AA 5HO6A 4FSWA 4X6RA 5BMMA 5KMIA 4BCFA 1Q3DA 3AD4A 3BYSA 3U54A 4BCJA 2GSFA 5AP6A 3FKLA 5JZNA 1J3HA 1Q8ZA 1WBVA 2KTYA 2PE2A 5I9VA 3ZRLA 1B6CB 2OU7A 2F49A 2XKCA 5CY3A 4EOJA 4CKIA 3HV3A 4R3RA 4RQKA 4BN1A 3ZXZA 3A7IA 4BHZA 3HRBA 3OS3A 4AW5A 3MIAA 3LW0A 4FTIA 2ZYBA 3I5ZA 4BCMA 3DBDA 3LXNA 4FV8A 3RAWA 2J6MA 2ZJWA 3BGQA 4YR8A 3PE1A 2H8HA 3AC1A 4FIHA 1GAGA 2Z7RA 1Y8GA 1O6LA 3F88A 4EJNA 4E4XA 4MF0A 3PA3A 1T45A 4QMLA 5ANEA 4ZMEA 3Q2JA 4C58A 2Z7LA 2EXCX 2E9OA 2JFLA 3A4PA 2VGPA 3PJ2A 4XP2A 4F6UA 3JPVA 5DT3A 3A61A 3VUIA 1Q5KA 2IPXA 5M08A 5K4JA 2C47A 4R7IA 3ZC5A 1WVYA 2WTJA 3BV2A 4BHNA 2YM4A 1L3RE 3UIBA 2Z60A 1OBDA 4I92A 3V8WA 5IZFA 1VZOA 5KMKA 2R0UA 3I5NA 4IH8A 2HZ4A 5AFVA 4PDPA 2B4SB 5GINE 5HHWA 4EH3A 4DE4A 3VS7A 3KULA 5TO8A 3LXLA 5CF8A 1A06A 4G3CA 3EH9A 3AGLA 4D55A 3WIGA 2ZV8A 4YZMA 4RX5A 2H96A 3MTFA 3ZUVA 3SW7A 5EHLA 2BHHA 4FK6A 1WBTA 4FOBA 5LMKA 4KWPA 1H1QA 4MH7A 4NIFA 4RJ5A 3V5WA 4IZYA 4BDFA 4IW0A 3GU5A 3OXZA 4RX7A 3TNIA 3W33A 4A9SA 1REJA 4FF8A 4O0UA 3EL8A 3GOPA 3QAME 4P7EA 3RHKA 3WBLA 2V55A 4BCPA 4YLKA 2A19B 2QOIA 2I0EA 2VU3A 4QPSA 3FPQA 2EB3A 1XH5A 4XBUA 4I21A 3W2QA 2YFXA 4FX3A 3ZBXA 5CEKA 5EQPA 4FEQA 4FKIA 4W9WA 4CQEA 2YHVA 3TZ9A 4UMPA 4P90A 3GCVA 2QU6A 3U51A 3ZONA 2J51A 4EONA 4JNWA 4GFMA 4FTJA 3QQUA 4UALA 4FSQA 1XKKA 4ZTLA 4I6QA 4H36A 4XG2A 4FKJA 2RG6A 2XS0A 1W83A 3EKNA 2UW3A 4PX6A 3UO5A 3BLQA 2RG5A 1DAWA 3AQVA 3O8PA 4RFMA 4YPDA 3EN4A 4DFYA 3O71A 2ZV2A 4JJRA 2Q83A 4I0RA 4WA9A 2BDWA 5HEZA 2CNQA 5J79A 2VWWA 4CLIA 1BL6A 5I4NA 4I93A 3DY7A 3ZRMA 2WTIA 3NUNA 4D1XA 1SZMA 3NUSA 3SRVB 3NUUA 4TWNA 4JX3A 4Z16A 2Q0NA 1LEZA 4ZTHA 3NX8A 3WF6A 2VX3A 4GT5A 3VHEA 4BICA 3B8RA 5IQCA 2GCDA 3UOJA 4NL0A 4MK0A 3F5UA 3HMPA 3QUEA 3JVRA 4G6NA 3UPXA 4RQVA 4RFYA 1PXIA 1RDQE 4XV1A 2I0HA 4R6VA 5AMNA 3KU2A 4O27B 4RVTA 4JL9A 2J4ZA 2VNYA 4BI2A 5JFWA 3BELA 5IA3A 5H8EA 3AC5A 2UW7A 3PLSA 4OTIA 3SLSA 3MN3A 4KKGA 2YIYA 3UYSA 5CU3A 4FUYA 5JFXA 3CLYA 2ZMDA 3C1XA 3QU0A 4IX4A 2B1PA 3CQUA 2DWBA 4HNFA 4IBMA 1T46A 4MXCA 4NJ3A 5DFPA 3VULA 4K2RA 3B8QA 2XBAA 4BBMA 4F9WA 3FY2A 5L2TA 1U5RA 3PLAE 1Z5MA 1GIHA 1AD5A 2ZM1A 3FHRA 2Z8CA 2R3FA 4MD9E 1R3CA 5KKRC 4H05A 4QP2A 5AADA 3DKFA 4BF2A 2VWUA 3OCTA 4FTRA 5DBXA 4FKPA 2C6TA 2VTRA 5T68A 3VAPA 2Y6MA 1PXKA 3OC1A 4FNZA 5GZ9A 4AS0A 2JDRA 4BIDA 4EOQA 3H0ZA 3VW6A 4YZCA 3W55A 4IB3A 4QO9A 3MFRA 5L6PA 4M0ZA 2R3HA 3FSKA 4Y46A 4YP8A 3MY5A 5GJDA 5JH6A 4J53A 5A3XA 3AMAA 3DLSA 3P78A 5FXQA 4GS6A 3BEAA 4AWIA 4IX6A 4K1BA 5G1XA 3VUHA 3LQ8A 3AOXA 4BTFA 1DM2A 4DG3E 3EHAA 2BRHA 2J9MA 3OG7A 1BUHA 4WD5A 1ZYCA 3ORPA 1Y57A 1KOAA 3PWDA 4LL0A 4NTSA 5K0KA 4FEXA 3RM6A 3UVPA 4F08A 5HTCA 2R7IA 4GEOA 3C0GA 4MEDA 1P4FA 4XLVA 5LXMA 1M7NA 2X1NA 3FL4A 4RA4A 2VTIA 3OF0A 4F4PA 4TY1A 5EYMA 5LQFA 3QHRA 4I6BA 4OR5A 5HQ0A 4EHVA 2XCKA 4DEDA 5FXSA 1FBNA 5AWMA 5EQEA 1OIUA 2DS1A 4ALUA 4DBXA 3FLWA 1FVVA 5BVOA 4E20A 4QRCA 3M1SA 3BYVA 4UYAA 3PIXA 4P5QA 3VS5A 1XJDA 1YWNA 3EQGA 4JBOA 4YO6A 3MSSA 2JKOA 3UBDA 3BBTB 1P5EA 3UIUA 4YZBA 3MJ1A 3ZLSA 5F4NA 4YZNA 4FKSA 1ZXEA 4L42A 4MD8E 5AV0A 4FI1A 2ZB0A 3DBCA 3UC4A 3NVMB 5IQHA 1ZOGA 3F3TA 2Z7QA 3QCSA 5BVEA 3IPHA 5CI6A 5BVDA 3Q2MA 3BHVA 2QD9A 4LM5A 1H1SA 3BE9A 3ZBFA 4DEEA 2W9FB 1FGKA 2YDIA 5DNRA 2H6DA 4DGMA 4K33A 3G9LX 3WF9A 2OJGA 5IH6A 4WHZA 1W8CA 4BKZA 5KMLA 5BMSA 3NR9A 4FKTA 3W8LA 3R2YA 2W1DA 3ATSA 4JDKA 3WILA 3NMUF 4ERWA 4ERKA 3E5AA 3FXZA 3AD6A 1U4DA 2HZ0A 1YOMA 3DKOA 4ASDA 4BCGA 3ZU7A 2JLDA 4KNBA 2CSNA 1QCFA 4U42A 2XJ0A 3SXSA 4RX8A 4X3FC 1H25A 2HWOA 5LWMA 5DLSA 1Q4LA 2G9XA 3POOA 4CD0A 4DT9A 2O63A 3JS2A 2NRYA 3Q6WA 3C4WA 3R9DA 5CANA 4UWBA 1ZYDA 3I7CA 1AGWA 1EH4A 3GU8A 3LQ5A 2V7AA 3II5A 4HJOA 5EDRA 3Q9YA 4BDBA 4E3CA 1URWA 4G1WA 5AAEA 4IVBA 4G3FA 1VJYA 4FBXA 5EKOA 3GEQA 4DTAA 4CXAA 3RI1A 4YUQA 2YIQA 4AOTA 3KXGA 4IDTA 3MA6A 2VWVA 4LRKA 4NW5A 4RFZA 3RPYA 4JLCA 3NUXA 4NT4A 4EK5A 2YIRA 3HAMA 5EI8A 3HRFA 5AX3A 5AA8A 2DYLA 4HGEA 3TEIA 3ZLYA 4E5BA 3DQWA 3ZO3A 3I0OA 2F7XE 2ITPA 2QQ7A 3PPZA 4GK3A 4TYHA 2A1AB 2YLFA 4WSQA 4C33A 2WTVA 3KVWA 5DT4A 1FOTA 1PMNA 3NYXA 3Q5IA 2P4IA 4G5PA 1GOLA 3TI1A 4AN2A 4FTQA 4N4SA 3EWHA 1V1KA 3NSZA 4KBCA 3KB7A 4F99A 2REIA 2XUUA 5C01A 4X2GA 5J7HA 4Y83A 5IF1A 3OD6X 2RFNA 4DFNA 1WZYA 3QQGA 4DITA 3OHTA 4CMTA 5CASA 2C5OA 3F2RA 3I1AA 1H4LA 2VO6A 4BCQA 3IS5A 4OAVB 3C7QA 4ZSAA 3LZBA 4FKQA 3E62A 1G8SA 3MVHA 4RIWB 4CEGA 3KF4A 4J52A 2W06A 3PVBA 1O9UA 4BCNA 1QPDA 3QFVA 3R9HA 4O7SA 3QTRA 3HLLA 3R8ZA 4LFIA 2RSVA 4F64A 3FZ1A 4UN0C 5L8LA 4UX9A 2PVRA 3AT2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G2H A;  2X7F A;  5AP3 A;  5AX9 A;  4NFM A;  5E1S A;  1OB3 A;  3CEK A;  2UZV A;  3OCS A;  3BPR A;  3H4J A;  3LQ3 A;  4QYH A;  5HCZ A;  3KRR A;  1DAY A;  3MDY A;  4AFE A;  4E1Z A;  3UVR A;  3NNW A;  2HCK A;  4UXL A;  4FIF A;  3PUF C;  3QTW A;  2XNN A;  3NNV A;  4O96 A;  5ANK A;  1IAS A;  5IQI A;  1H01 A;  4FL2 A;  4H58 A;  3JUH A;  2WQB A;  1SMH A;  5HCY A;  3OOM A;  4I22 A;  4BBF A;  3QTQ A;  4PRJ A;  5BVK A;  2XKF A;  4O7Z A;  2C0T A;  1NT2 A;  4HCT A;  4OTW A;  4FA2 A;  4BGH A;  3R2B A;  1M2R A;  5DGZ A;  4M13 A;  5M4U A;  4I0T A;  4JXF A;  4IAZ A;  3MS9 A;  2RIO A;  3UJG A;  1H0V A;  1OPL A;  3PVU A;  3R9O A;  3I0Q A;  3ZM4 A;  1J7L A;  2WMQ A;  4EK4 A;  2G2I A;  4KD1 A;  3IW4 A;  3DK3 A;  3U6J A;  4D9T A;  4KS7 A;  4BI0 A;  2R64 A;  4L01 A;  3RGF A;  2R3J A;  1H0W A;  1ZY5 A;  4XLI A;  1QMZ A;  3ANQ A;  4X2J A;  4UMT A;  5FLF A;  5I3O A;  5FBO A;  3FKO A;  2BPM A;  4GUB A;  4XG4 A;  5L8K A;  4BDK A;  1OIQ A;  5CZH A;  2OJ9 A;  2PHK A;  2XIZ A;  4JAI A;  4AW2 A;  3NW5 A;  3MVL A;  4Z9L A;  1TZD A;  2HXQ A;  2WMA A;  1M7Q A;  4M67 A;  2GU8 A;  3ZC6 A;  2Y6O A;  4KAB A;  3I79 A;  2ITW A;  3PY0 A;  4HYI A;  5E8W A;  3QC9 A;  5AP2 A;  3R7V A;  4AA5 A;  4F6S A;  2UV2 A;  4F78 A;  2P0C A;  2YM5 A;  4O0T A;  5IIS A;  4FNX A;  5IMX A;  4EK8 A;  2ITZ A;  3UO4 A;  5C26 A;  3N4V A;  2R3R A;  5T6K A;  3EQF A;  2PY3 A;  4IEB A;  3EL7 A;  5A4C A;  3V8S A;  2ITY A;  2BRG A;  4FMQ A;  2IJM A;  4OUC A;  4A9U A;  4JIK A;  3SC1 A;  4IQ6 A;  4XX9 A;  3MH0 A;  1W7H A;  3R28 A;  4H39 A;  2V0D A;  4AP7 A;  2R3Q A;  4UXQ A;  4QPA A;  1OL6 A;  1YI6 A;  3VRZ A;  5LJJ A;  4DN5 A;  3TV7 A;  1IRK A;  5KHX A;  2G2F A;  4H1J A;  3L9L A;  3W1F A;  5CSV A;  2GMX A;  4GFO A;  4O21 A;  3ULI A;  2HYY A;  4TYG A;  4EHG A;  2CPK E;  4BWK A;  1IA8 A;  4O0W A;  4FL1 A;  4CZU A;  4U44 A;  2WMX A;  4IC8 A;  4KA3 A;  5KCV A;  2PZY A;  4F09 A;  4ZEG A;  3RZB A;  4G9R A;  4YTH A;  5IA0 A;  2PZP A;  1BMK A;  3Q52 A;  1PXM A;  3TV4 A;  3VQU A;  4DEH A;  3IDC A;  2GNL A;  2W1I A;  4MNF A;  5CF4 A;  3BHU A;  4BCK A;  4ITH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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