2IXVA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (e94q mutant)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYQDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus phage cp-1
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2ixvA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2ixvA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ixvA01
1E73M 3MANA 4XZWA 4X0VA 1E55A 3TOPA 2VJXA 1OSEA 1PJ9A 4S3JA 4KH2A 5CPTA 5AYBA 3T2OA 3VNZA 3WUGA 1CXFA 3VVGA 1WE5A 1R85A 3T08A 1ZBKA 1H3GA 1Q6DA 1R7AA 4MTVA 4TVCA 1JXJA 4UR9A 1FP8A 1BYBA 4PUEA 2WNWA 1VEMA 1CLVA 4D6IA 3VMPA 4CD8A 4FLOA 3HIAA 1WO2A 1BHGA 1WPCA 4AYSA 1JI2A 1J01A 5A8OA 3SUVA 1MW2A 2DH3A 2BV9A 3RM4A 4NBZA 2X8PA 3SCQA 2VC9A 3K8KA 4M56A 4A3HA 2V05A 5E9AA 1RD6A 4EAMA 3ZJ6A 2WZHA 1KXHA 1GZJA 2ZXBA 4W8BA 1G5AA 3GH4A 3PBGA 3ARTA 1ITCA 1WDRA 3MMDA 5A8PA 2VZUA 4WSJA 2D23A 1JNDA 2OYMA 3TP4A 3TTSA 4TVUA 1G01A 5GNXA 1HP4A 3EMZA 3RILA 4E2OA 4CD5A 2WSKA 1XH2A 3D3AA 1JD9A 2BVTA 1OWQA 1W2VA 2FDMA 3GXIA 4J3VA 2V3DA 4JFTA 2GUYA 1X6NA 4P8WA 3SCWA 3GH7A 2JE8A 5E6ZA 2PWEA 3VDHA 3UEQA 4PMDA 3W25A 3WELA 4JFSA 1CEOA 2XVLA 2ZXAA 3NSMA 2XYLA 4DUWA 4DUVA 2YJQA 2WSPA 3VIFA 3ZM8A 3VDBA 4J3XA 4OBRA 1RP9A 1KGWA 2WYSA 4XV0A 4AZBA 2XG9A 1CENA 1HN1A 1QNOA 2E9BA 4J3SA 2F61A 1NARA 4PEEA 3VDCA 3N18A 4B15A 4YN5A 1UD4A 3A4WA 1V6XA 4DWSD 3I3EA 1JL8A 3NDZA 4PMOA 1V02A 3WH9A 1UD6A 4MDPA 1JZ6A 4JL2A 2ZUWA 3PZOA 1EDGA 4P7QA 1XRVA 3VIMA 3SIMA 3PZMA 4AY1A 1C7TA 1GOMA 3WD1A 4HU0A 1C8YA 3BAYA 1K9EA 1ISWA 1QI4A 1DWAM 1BGGA 1XSJA 3T2PA 3ARYA 1VBRA 1E71M 4QP0A 1CIUA 5JBDA 3WL1A 2BHYA 2DEPA 3VGEA 2DT0A 5I0DA 3UR8A 2CETA 3DHUA 1N82A 5EFDA 4WKFA 4BA0A 2QMKA 4NC2A 1E5NA 1LJYA 1Q6EA 2YDSA 1ZBWA 4CVWA 1E9LA 2ZXQA 3SURA 1W3HA 3CUGA 1WZAA 2J7BA 4RE4A 4P8VA 4NF7A 2NSXA 1CGVA 1C90A 1TA3B 2J77A 4W7UA 4Z2GA 2D24A 1GOIA 3BAIA 3WMBA 1LG1A 1P6WA 3VD4A 1CGXA 1V02E 1ZBCA 4PYSA 4N42A 4M80A 1J0ZA 1H2JA 3OZOA 3OLIA 4DWSB 1SR0A 4UOZA 1KQYA 2C0HA 3RIKA 2WB5A 1E4MM 1E0WA 5CZKA 2VR4A 4W93A 4W5ZA 1KB3A 4DM1A 4U2ZA 4UFKA 5BXPA 5I77A 2CBVA 7CGTA 2XSAA 2X1IA 1B0IA 2JALA 1XYZA 3AS0A 1VF8A 4MAVA 2VVNA 2CPUA 4AIOA 3WDRA 4D6JA 1GHRA 1NOFA 2J79A 2GDUA 3U5YA 4CU6A 4F66A 2VCBA 3AI0A 2VMFA 3BSGA 6CGTA 4LQ1A 5E0FA 3L4WA 3ZJKA 4KGJA 1UQYA 2E8ZA 4PCTA 3ZJ8A 3CZEA 5HNNA 5HPOA 4E8CA 1TA3A 2WM0A 3DYPA 4CN1A 4ZE4A 3DYOA 2WHMA 1CNVA 2VX7A 4KMQA 1W9XA 3KZSA 4MB1A 1KGXA 1QBBA 3W27A 1PPIA 4M8UA 2W63A 1G0CA 4DWSA 5A6JA 4D1JA 1OM0A 2AAAA 4D6FA 3FY1A 3M46A 4PMZA 1GNXA 4DM2A 1B3YA 1JYVA 2JF6A 4CU7A 1JFHA 4MAZA 1CGTA 1CBGA 1BF2A 4HA4A 1MW3A 1V6UA 1V6VA 4HZ8A 1UHVA 3AXXA 4C7FA 3VIIA 2X2YA 5LA2A 1QI0A 2QV4A 2B31A 1E6SM 3BMWA 1H41A 1NWUA 1VFFA 4MJ2A 2D3LA 4MB4A 1I75A 1YHTA 4PTMA 2J4GA 2NT1A 3OB8A 3B9AA 2OSYA 1KFWA 3SCRA 2VQUA 3WDJA 4JFVA 2WCGA 5BRQA 4J27A 4Z2JA 1WAWA 3SUWA 2JF7A 5ABFA 2E3ZA 1ZBVA 1GQIA 3VGFA 1Q6CA 1CZ1A 1V3HA 1UKSA 2VZSA 1C7SA 1UD2A 3RDKA 1ODZA 2J7GA 4Z2HA 1FP9A 3FNDA 1MW0A 2ZE0A 4HZ7A 3VU2A 1TUXA 1W9VA 4AZHA 4F79A 3WENA 2VYUA 1W1TA 1E3ZA 2ZUSA 1VRXA 3CHCA 2JFEX 2PF0A 1OD0A 2DIEA 4U3AA 4D6EA 2CBUA 1E56A 2WVTA 5A2AA 4AC1X 2D20A 3VPLA 1K9DA 1W3KA 1L8NA 2GK1B 1V08A 3G6MA 4LPCA 5CSYA 1XSIA 4H8UA 4YPJA 2XVGA 3ARSA 1QHZA 2VX4A 5I79A 2WMIB 1SMAA 1EA9C 3GM8A 3TA9A 5IHRA 1E3XA 4NI3A 3ARUA 3EDFA 1BPLB 1V3KA 3KL0A 1QOXA 3MUIA 2DSVA 2D0HA 2XGIA 3BH4A 1OINA 4BQ3A 1JI1A 3VUPA 2DT2A 4P7RA 3VMNA 2EO7A 2GJRA 4R27A 3N9KA 1DEDA 1EOKA 2XWEA 3IJ7A 3U57A 4MDOA 1GOKA 3BLKA 3KLKA 1QW8A 1WZLA 3L4YA 3BAJA 4HTYA 1CXHA 1F4HA 2VZTA 1M01A 3BCFA 4AZ5A 1AQ0A 2VX6A 3UETA 2X8RA 1UWTA 4JL1A 1KGUA 2DSKA 4M24A 4QCFA 3BAKA 1QHPA 1SMDA 4MB3A 4ZE5A 3CUFA 1Q6FA 1C93A 2CEQA 3CHEA 4TTGA 3PZVA 1V6WA 3NIYA 3TTOA 5TD4A 1TFVA 3PZ9A 3QHNA 1BVZA 1QPKA 3IJ8A 1MFUA 3PTMA 3FN9A 1GHSA 2XVKA 1M7XA 2A3HA 2UY3A 5DMYA 1HIZA 4PTWA 4JHZA 5DEZA 2C8NA 3ARWA 4CCCA 1GOQA 1SFSA 2YL8A 4GO8A 4JIEA 2W5FA 3L4UA 1FHLA 5A94A 2WMKA 4AEFA 2BS9A 5A3HA 1Q4NX 3N12A 4OUEA 1CTNA 3W82A 4UTFA 4NZCA 4E8DA 2DSUA 3A47A 5I3DA 3U5UA 1KWKA 3FAXA 3SCUA 1H0IA 3GBEA 1ISXA 3WDHA 3VIGA 1W9BM 4HPHA 3HZ3A 2J7DA 1PIFA 1ISYA 2YOCA 5D8WA 2G7CA 1ZJAA 2V04A 1FHDA 5JBFA 2OYLA 2UY2A 3GYCA 4HOXA 3OA5A 1EIBA 2V38A 2X0HA 1X1NA 3WQ4A 1WDPA 2WWDA 3AYSA 1E43A 4W7WA 1OGSA 1E70M 1HJVA 2CKSA 3JUGA 3WH7A 3ZMRA 4GPNA 5A6AA 1CDGA 2X05A 3CO4A 1US2A 5FIPA 4NBYA 1UUQA 1HJQA 4GI8A 1RPKA 3II1A 4R5EA 4UQAA 1KXVA 2D0FA 4PMQA 1B2YA 4C7GA 1NH6A 3N15A 4BQ5A 3ALFA 3W29A 3M07A 3QOMA 2BXYA 4WIWA 1JAEA 4OKDA 3WNOA 1R7OA 2D1ZA 4AZ7A 4AMCA 1UWSA 3GNOA 2G3IA 3HMCA 2VZVA 4JHOA 1EDQA 5M17A 4OOZA 2DSZA 3AFBA 3VILA 4D1IA 2Y2WA 3EMQA 1HVQA 4MNKA 3L4XA 4GKLA 2EPKX 2FGLA 2WK2A 2WHLA 2DH2A 2J7FA 3WDIA 1J9YA 1PX8A 1GORA 5A6MA 5D4YA 3PN8A 1BVNP 3AZSA 4CUCA 2Y24A 5BROA 5D9OA 2BNJA 2XWDA 5HPCA 4D71A 1O7AA 4M1RA 2J25A 2XJ7A 1PBGA 2HISA 3EDJA 1EOMA 2ZICA 1QNSA 1CXKA 3WBAA 1H4PA 4HMDA 2E9MA 3AMDA 2GVYA 3L4VA 2OSXA 2PB1A 4LXFA 1UZ4A 1B1YA 4JKKA 4GI9A 4P7NA 3VGHA 3WQ6A 8A3HA 1NQ6A 1OCQA 2W4XA 4U2YA 2JIWA 2W67A 2NW0A 4X36A 3A6OA 4H7VA 4AD2A 4LYRA 3WF2A 1M03A 1OIFA 2RGMA 3MV11 5EMYA 2CYGA 1D2KA 3U7BA 2XFRA 1V3MA 1C91A 4J3UA 1TCMA 3VGBA 2WKGA 3WNNA 4LX4A 1JDDA 3WNMA 1H0GA 4UOJA 2ZUMA 3M7SA 3LMYA 1J11A 5FKYA 3WY1A 4BS0A 1QW9A 3AIWA 1WB0A 2OLHA 1BSIA 2VCAA 4CVUA 1V0KA 2G3JA 2CHNA 2PBGA 3MSGA 3WUEA 4L4OA 1E40A 3FAWA 3WF0A 1V03A 1IZJA 4LYQA 1TVPA 3AHTA 1CECA 1EGZA 1H09A 1V3IA 2BY1A 2VVSA 2W91A 5D9NA 1HJSA 2Y8VA 5I24A 4HMEA 4P7OA 2VNCA 3T0BA 2VX5A 2VR5A 4OZOA 4EKJA 2FHFA 1C8XA 3CPUA 3WDPP 1EO5A 4AD1A 3EDEA 3MKKA 4Q7NA 3IANA 3PTQA 1JZ5A 4F9DA 3DYMA 2OWWA 4W88A 1IZKA 3CUIA 1HJXA 3VIJA 2YBUA 2BY2A 4URIA 3MSDA 3N1AA 4U5KA 1E15A 5A8MA 4W89A 1F4AA 1GVMA 2EPOA 3ZQ9A 1R86A 3VM5A 2ZIDA 1HXJA 2IXVA 2ZX8A 3WF1A 1PZ2A 6TAAA 1UR1A 2D22A 4YHEA 1I1XA 2BHUA 3VNYA 4IPNB 3AS1A 4D6CA 5E0CA 3NDYA 3N17A 4ACZB 1DWIM 1BAGA 4PTVA 3UESA 2DGAA 3AQUA 2OYKA 2QLYA 3GZAA 1GVYA 2W61A 1PZ3A 3RM8A 2G41A 5A6BD 4BF7A 1VFOA 4PTXA 3B9EA 5CGTA 4B16A 4M82A 3AS3A 2WC3A 2V3FA 1W1YA 2EJ1A 3FXYA 2VZOA 4PMYA 1HVXA 1UZ1A 4JKLA 1W2PA 5M03A 4AISA 2J7EA 4WJXA 1TR1A 1V3LA 2XVNA 5ABEA 1MYRA 2Q8XA 3ARPA 4ZENA 1BLIA 2DDXA 2PWGA 2WAGA 3OIHA 3QHMA 2D0GA 2UY5A 1LWJA 1LQ0A 1XD1A 2EQDA 2BVDA 4AYGA 3U7VA 1J0KA 5I2UA 4HU8A 1ZS2A 1E4IA 3VIOA 2J75A 4C7DA 4RE2A 1HX0A 1JDAA 3AIRA 5HOSA 3UG3A 3WD2A 4LGXA 1JYXA 4JFWA 1WZKA 5DT7A 3VINA 3AIEA 4ACZA 4KWUA 2WKLA 1MQPA 4RE3A 3QHOA 5A1AA 1E0XA 2TAAA 5I78A 1DHKA 4NRRA 3THDA 4QDMA 1LL7A 1EO7A 2X0YA 3L4TA 4WKHA 4UFJA 2CITA 2VCCA 2ZXDA 4KGLA 3UCQA 1C92A 3ZR6A 3AIQA 3WD3A 2VRKA 1ZU8A 2WWCA 1HJWA 1XHGA 2ZUUA 1UH3A 4H8HA 3WQVA 3ZR5A 1B3WA 5ABFB 5GNZA 1MXGA 3D5HA 3B9DA 5M3WA 3PZQA 3NCOA 3WEZA 2J74A 2JEQA 1G9HA 4TUFA 1CYGA 2CCRA 3CLWA 5BWFA 1HL8A 1HCXA 3F5KA 5A2CA 4U3CA 2FH6A 1QVBA 1Q6GA 5EB8A 1WDQA 1PAMA 5C8BB 2WXDM 4IM4A 2GJPA 1E6NA 2WW5A 1V0MA 1VFMA 5IXEA 2CBJA 1NM9A 3OBAA 5FL1A 4GINA 4MNLA 1KQZA 3RJYA 4AZCB 2XIBA 1KBKA 4W84A 2YL9A 3MUY1 1ECEA 1WZMA 1PIGA 2ZX5A 4DUXA 4CD7A 3PTKA 4UQ9A 2AMGA 4M81A 3AZTA 1PX4A 3NSNA 5CGMA 1MXDA 1ODUA 1UWQA 2V3EA 2J62A 3ARZA 5A6BA 4NRSA 1U30A 1I1WA 3WNPA 3O2LA 4HZ6A 4GI6A 2DQXA 5A6KA 2CHOA 3SCTA 4ML4A 4D6HA 1B30A 1E6RA 4UNIA 1GJWA 5ABGA 2W62A 1JYWA 3VD3A 3VGGA 4ZXOA 1Z32X 1O6IA 2J8GA 4UZSA 2IXUA 2A3EA 4ZFMA 2OWXA 3O9NA 1KR0A 1W3JA 1VIWA 4JCMA 2PWDA 2WANA 2XTKA 3OGSA 3FW6A 5CPQA 5DF0A 4TX6A 2RGLA 1K9FA 1HF6A 3AIUA 2BHZA 2YA1A 2ZWZA 2DPEA 1XV8A 4W5UA 1ZB5A 3WN6A 2Z1SA 2FGZA 2VTFA 2QHAA 1PEZA 2GDVA 1QNQA 5CPSA 1HKIA 1XH0A 3OLEA 3PZGA 4J3WA 3GXFA 4GQRA 1E0VA 2YDQA 4AZCA 3MO4A 2BVYA 5HDRA 2QPUA 3F5LA 1GVIA 5IHSA 2CXGA 4V28A 4AWEA 3W6MA 1X6LA 3DC0A 6A3HA 1H1NA 2WMHA 5GQBA 5I23A 2QF8A 2VI0A 1QI5A 5LYRA 1VJSA 2ZOXA 2DT3A 2X8OA 3WUBA 1JXKA 1XSKA 4B3LA 4U33A 4EANA 4OIFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E73 M;  3MAN A;  4XZW A;  4X0V A;  1E55 A;  3TOP A;  2VJX A;  1OSE A;  1PJ9 A;  4S3J A;  4KH2 A;  5CPT A;  5AYB A;  3T2O A;  3VNZ A;  3WUG A;  1CXF A;  3VVG A;  1WE5 A;  1R85 A;  3T08 A;  1ZBK A;  1H3G A;  1Q6D A;  1R7A A;  4MTV A;  4TVC A;  1JXJ A;  4UR9 A;  1FP8 A;  1BYB A;  4PUE A;  2WNW A;  1VEM A;  1CLV A;  4D6I A;  3VMP A;  4CD8 A;  4FLO A;  3HIA A;  1WO2 A;  1BHG A;  1WPC A;  4AYS A;  1JI2 A;  1J01 A;  5A8O A;  3SUV A;  1MW2 A;  2DH3 A;  2BV9 A;  3RM4 A;  4NBZ A;  2X8P A;  3SCQ A;  2VC9 A;  3K8K A;  4M56 A;  4A3H A;  2V05 A;  5E9A A;  1RD6 A;  4EAM A;  3ZJ6 A;  2WZH A;  1KXH A;  1GZJ A;  2ZXB A;  4W8B A;  1G5A A;  3GH4 A;  3PBG A;  3ART A;  1ITC A;  1WDR A;  3MMD A;  5A8P A;  2VZU A;  4WSJ A;  2D23 A;  1JND A;  2OYM A;  3TP4 A;  3TTS A;  4TVU A;  1G01 A;  5GNX A;  1HP4 A;  3EMZ A;  3RIL A;  4E2O A;  4CD5 A;  2WSK A;  1XH2 A;  3D3A A;  1JD9 A;  2BVT A;  1OWQ A;  1W2V A;  2FDM A;  3GXI A;  4J3V A;  2V3D A;  4JFT A;  2GUY A;  1X6N A;  4P8W A;  3SCW A;  3GH7 A;  2JE8 A;  5E6Z A;  2PWE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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