2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Inhibitor
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
5CZKA 2WCSA 3CUGA 1GOQA 2X8RA 3CTTA 3WD0A 3J7HA 1ISWA 3ALGA 2VT0A 1GOWA 3WIJA 4H41A 3B9EA 4PMDA 4AIEA 3M6DA 1R85A 2YL6A 1J0JA 3UR7A 4XZBA 5BRQA 2O9PA 3POHA 7A3HA 3E1F1 1K9TA 1GOMA 2FHBA 1NWTA 1X6NA 3CZGA 3VX0A 5M03A 2RGLA 1TR1A 3N15A 1NOFA 4JFVA 1QI0A 2WMIB 2WCAA 3CH9A 3EMCA 2IXUA 1WZAA 1G1YA 3UG3A 1KCKA 2YJQA 3UR8A 1KXTA 3U5UA 1E56A 5A3HA 3PZMA 1ITCA 4U5IA 3LPFA 4WK9A 2X2YA 1B0IA 1V0LA 1I1XA 1CXHA 3L4ZA 4URIA 3MANA 3ARWA 2GUYA 3PZGA 4B3KA 1JD7A 5A6BA 1E55A 1JD9A 5LA2A 2D1ZA 2XIIA 3UESA 2FH6A 3VD9A 4DWSC 4H04A 1QNOA 4IM4A 3AHXA 3WMSA 5DEZA 1UR8A 1H5VA 3PTKA 1R7OA 3L4UA 1NM9A 2QPSA 4V28A 1VBRA 3S6TA 4P7NA 1B31A 2BXYA 2CESA 1HL8A 2GJXB 2D2OA 4QCFA 3MUAA 4DWSA 4J28A 2JIWA 1KR1A 5EMYA 1OT2A 1C8YA 2X09A 3AIQA 4JCLA 4OOUA 5IFTA 2WAGA 5LA1A 3RMEA 1UKOA 3OB8A 5DT5A 4TX8A 5DO8A 4D71A 3BLPX 3VX1A 1KBBA 1C91A 3LPPA 3WDIA 1MFUA 5M17A 5I79A 5BRPA 1F4HA 1UH3A 1TVNA 1WZLA 2VUYA 1QBBA 5LYRA 2DDXA 3WH7A 2CHOA 3T2OA 1JL8A 4GPNA 1W2VA 1M04A 2GFTA 2YBUA 3MKKA 4AWEA 2YDRA 4CD5A 3CO4A 3N11A 1WDPA 1HF6A 1QNPA 2ZICA 2BY0A 1WB0A 1W32A 4M1RA 1JF5A 4MNMA 1ZBWA 2JFEX 1C7TA 3MV01 4M29A 2GK1B 2J4GA 1HKMA 1XD1A 3W25A 1H3GA 4AD3A 4B9YA 5GNXA 3AFBA 1JAKA 2E40A 4OBSA 1GNXA 2ZXQA 1W3KA 4D6EA 2QV4A 4M82A 3VGFA 3S2CA 4ZXOA 5IHRA 3OGSA 3WD3A 3ECQA 2W4XA 3EDEA 4MAVA 8A3HA 2EXOA 3U7VA 3WNPA 1E72M 2W62A 1UD4A 3TP4A 2WMHA 1CXKA 1B30A 4U2ZA 2E9MA 4C91A 1W91A 2CPUA 3MUIA 2WC4A 1QPKA 4FK9A 3VNZA 2VRKA 1E6NA 2YOCA 2V3DA 4BA0A 3VKKA 4PCTA 2XTKA 4DUXA 4HMEA 2NSXA 3L4WA 1HJXA 2D24A 2YL9A 4CGTA 2GVYA 3WFZA 4HPGA 1V3KA 4N42A 3ZJ8A 3FY1A 5LA0A 2UY4A 1GW1A 3VIHA 1JYVA 3VIJA 3ARYA 4AW7A 4FLOA 1FHDA 3AHTA 3WDHA 4KMQA 2W91A 5CG0A 1W1TA 1VAHA 1GHSA 1PX4A 4OKDA 2A3BA 1BVZA 2XM1A 7CGTA 2WZHA 4IPLA 3AS2A 2ZE0A 4KGLA 1CTNA 4JCMA 3W6LA 2QMKA 4KH2A 3TA9A 1NQ6A 1WP6A 3TOPA 1JIBA 4CCEA 1TFVA 3SCQA 2YL8A 1BVNP 4B3LA 1BGGA 3A4XA 3AS0A 3OZOA 3IAPA 3OIHA 1HKKA 2X0HA 1XSJA 1C8QA 3GH5A 3WDJA 4UZUA 1IZJA 3FXYA 1QNQA 1TG7A 1BAGA 1E71M 5D9MA 4AIOA 2EJ1A 4WJXA 2CETA 4W87A 3A4WA 2ZUMA 1V3JA 4JKLA 4GO9A 1EOMA 1TCMA 3RJXA 4H7VA 1WDRA 1MXGA 1UWRA 5HDRA 1HJVA 5C70A 3WQ8A 3I3EA 4J27A 5FD0A 3BAWA 2QMJA 4NZCA 1J11A 1RPKA 5AYIA 1BYAA 1SYTA 2DPEA 1HNYA 1JNDA 1QI2A 2ZX5A 2G4FA 1ZL1A 4W85A 2CITA 1JDDA 1XCWA 1QHOA 4L4OA 1JFXA 3ZMRA 2CKRA 5AC4A 3WQ4A 1VFFA 4W89A 1C3FA 4LQ1A 4M24A 1PBGA 2VR4A 3ZT7A 3WL1A 2J7DA 2CYGA 1QI5A 4HZ6A 1B1YA 2CKSA 1GCYA 3CHCA 2EPOA 2BY1A 3MSGA 4PCSA 5BXTA 3VDBA 4GXPA 3BAXA 2CEQA 4JKMA 4S3JA 4XX6A 5CPSA 2DT2A 1NP0A 4ZEPA 4ZFMA 1KXHA 1FP8A 2J74A 3PZUA 3VILA 2BY2A 3EDFA 2WHLA 4PTMA 3PTMA 1NOUA 1J0KA 1FA2A 2JEQA 2MANA 1V6VA 4YHGA 1E0WA 3AROA 1EHNA 1ZU8A 2VJXA 3AHVA 5CGTA 1CZ1A 1OIFA 1A3HA 2DT0A 4UR9A 2E0PA 4AZ7A 1G9HA 3SCPA 4W86A 2VZSA 1RP9A 3VIKA 4JIEA 2CBJA 2DT3A 5FCZA 2VOTA 1B3WA 1UQYA 4PMOA 3VUPA 1PIGA 4UFJA 4RE2A 1UKTA 3AOFA 3AI0A 3CMJA 3T08A 5ABFA 5CLWA 2DIEA 5AC5A 2A3HA 3CZJA 4U3AA 1R86A 4GQQA 3W6MA 4CN6A 2YL5A 2VZUA 2YA1A 3MSDA 3DECA 4F9JA 3UEQA 1UKSA 3MO4A 2WNWA 3LMYA 2BHUA 2HISA 1E1EA 1GOOA 1DWJM 1UA3A 1JZ2A 4ML4A 5HPCA 3K8LA 4GO8A 4HOZA 4CD4A 2PBGA 3WQ6A 3FNDA 1UKPA 4UNIA 3VTRA 1BYBA 3OG2A 1CNVA 4MJ2A 1B3XA 2WWCA 1XC6A 3GXMA 4UQCA 2B31A 2CCRA 4PTVA 1VFUA 1V08A 2WMIA 5A6AA 2WZEA 3I3BA 3WD1A 3PN8A 1VEPA 3I3DA 3ZT6A 1LJYA 1GONA 2ZWZA 5EFDA 3VIIA 4J3SA 1SR0A 1W9UA 4D6FA 3TTYA 5I0DA 3GTNA 1GQLA 4UQ9A 3BC9A 4Z2GA 1MW0A 3BMVA 4PMRA 1H11A 2J7HA 2PBOA 3VNYA 3L4TA 3POCA 1UYQA 1OD0A 4U2YA 3BMWA 1ECEA 4CD8A 3NUKA 1KGWA 1LWJA 2OLHA 3GXFA 3W28A 1BYCA 4GI6A 1XH0A 4W8AA 4W8BA 4L4PA 2YLLA 1UKQA 4PEEA 1RD6A 2VCCA 3DHUA 1QHZA 4TUFA 1Z32X 3SCTA 1NWSA 1NWRA 4QCEA 1BFNA 3K1DA 1H2JA 3IJ8A 3WBEA 1OGBA 3HN3A 1R87A 5FL0A 1EA9C 4WF7A 1FH7A 1UR2A 2J79A 5A6KA 3A3HA 3AISA 5I6SA 3N13A 3WKZA 1QW9A 2XVKA 1QI4A 2XSBA 4HOWA 1E9LA 4AC1X 2W63A 1DHKA 3PZTA 2D20A 3WEZA 1TUXA 1KWKA 2OSXA 1KFWA 1G94A 2VCAA 1HKIA 1ODZA 2G3IA 1EQCA 2X0YA 1JYXA 2BHYA 1CPUA 2CBUA 3GXDA 1W9DM 1EDGA 1PJ9A 1V03A 1UR0A 2D22A 1US2A 3ARSA 3AMDA 1CGTA 3PZNA 1XGZA 3G6MA 1LG1A 3BAJA 1G5AA 2Y8VA 3K4AA 4PMUA 4EANA 3MUZ1 1TMQA 1HX0A 3SUTA 5ABFB 2GDUA 1E73M 2VVNA 3HU7A 4GKLA 4UFIA 3IJ7A 4NF7A 1VENA 2WC3A 2E9BA 1LQ0A 3ARXA 2YKKA 1E6PA 2WMFA 2XM2A 2DH2A 1ISZA 1GJWA 1DWAM 1S46A 2G3NA 1FFRA 3TONA 3THCA 4QLJA 4AZ5A 5A2AA 4V27A 2QPUA 2J7GA 1MW2A 5I78A 1QI3A 2QF8A 2EO7A 1XCXA 4PUEA 3L4VA 3VGBA 2CXGA 3BH4A 2UY3A 1KQYA 1UWUA 4OIFA 5A69A 3FN9A 3WH5A 2XGIA 2EPLX 2VZVA 1BQCA 2EQDA 3VDCA 3N04A 1GOKA 2E9LA 3ZOAA 3VVGA 1UWQA 4OJYA 1WZMA 4R27A 2GDVA 3VIMA 1E4LA 4LXFA 4E8DA 3WEOA 4F8XA 4B9ZA 2XWEA 4J3TA 5DFAA 1XV8A 3WH9A 5JUVA 4KRTA 2WW5A 4CN1A 1E6ZA 5KEZA 2XSAA 1JDAA 1C93A 2VX5A 4D6IA 3DYMA 5HXMA 4DM1A 1M53A 1HVQA 3WH6A 2CNCA 3PBGA 1UA7A 2ZUVA 1J12A 4UQAA 4YHEA 2PWEA 4J3XA 2TAAA 3B8SA 4JL2A 4Z2HA 3NDZA 4UZSA 1MFVA 4YPJA 2E3ZA 1XH2A 2ESCA 1B90A 5GPRA 4AISA 1JZ5A 2PF0A 5A8QA 4XUYA 3VIGA 1I75A 1KCLA 5BYWA 1BSIA 3SUVA 2WANA 1OSEA 2JF6A 1VBUA 4U3CA 3THDA 2XJ7A 4CU7A 3FHAA 3GH4A 1J0IA 4MAZA 3T0AA 3BCFA 1AVAA 5A6SA 3N9KA 1EIBA 4A3HA 3CHEA 2D0FA 1QHPA 3JUGA 3CUHA 2WHJA 4IISA 2BY3A 3HMCA 4TVUA 3SEPA 1OCQA 1CGVA 1EDTA 1BYDA 3NSMA 2XWDA 2CBVA 3T09A 1CENA 3WDPP 4AY1A 2G3MA 2EPMX 1UWIA 2VQTA 1UD3A 3WF0A 1US3A 2XUCA 3SCSA 2O9OA 2A3AA 2J25A 2BHZA 5BXRA 2VNCA 2GJRA 2ZUNA 1JDCA 3N1AA 4HPHA 1E5JA 4AZCB 2JIEA 3OZPA 1M7XA 4PMXA 3KWXA 3DYPA 2YDSA 3WH8A 1E70M 4ZENA 3QOKA 1FOBA 4B16A 1K9EA 3KE0A 3VGGA 1W1PA 1HJUA 1O7AA 3RJYA 2J78A 1CEOA 5GNYA 1BG4A 2G8ZA 3GNPA 5D9OA 1CLVA 4A4AA 4CN4A 4HMDA 3ARZA 3WUEA 2J8GA 4WSJA 5I3DA 5FKYA 3PZOA 3WN6A 1R8LA 3T0BA 3AS1A 4XZWA 3WFLA 1PAMA 5TD4A 1E0VA 1BLIA 2PC8A 2W92A 1CIUA 4W5ZA 5ABGA 5E6ZA 4HOXA 2ZX9A 1CXFA 2ZX7A 1ISXA 8CGTA 4P7RA 1VEMA 1CGYA 4PSRA 2F8QA 4XB3A 4MDPA 3SCUA 1SMDA 4UFLA 2VX4A 1ISVA 1LG2A 4EE9A 1DWHM 4ATLA 1OWQA 3DYOA 2OSYA 3QHOA 2ZUTA 4ZXLA 2OWCA 2V5CA 4ACYA 1H0GA 2WK2A 2J7BA 2XYLA 3CBWA 1PIFA 1A47A 3RILA 3DC0A 3ALFA 4OUEA 2VZOA 2DSZA 4YN5A 3PZQA 2WCGA 2XHYA 3VM5A 2VTFA 4PMQA 4CCDA 5E0FA 3EBVA 3F4VA 3SCVA 3WNMA 3WD4A 3TTOA 3MMDA 1V0MA 3WNLA 2VQUA 3QHNA 4NRSA 2YA2A 4AZGA 3RDKA 3VIPA 3VDAA 2WMJA 4MTVA 1V6UA 3ARRA 6CGTA 1MQPA 4ACZA 3SCNA 1VRXA 2DIJA 3D5HA 5BROA 2DT1A 3GNRA 2D23A 4QDMA 1VB9A 3FAWA 1KXVA 1ODUA 4HMCA 5JIWA 4JL1A 3SCWA 4JAWA 1OGGA 2PWHA 3B9AA 3WQVA 1GPFA 4TTUA 1V02A 2D0GA 4FLQA 2XVGA 3NSNA 4B15A 5CQ1A 3SCOA 2E8ZA 4UCFA 1EH9A 4MDOA 4AMCA 1JZ6A 1V3LA 2OYLA 4U33A 2J7EA 1UD2A 4CD7A 4MB5A 2WMGA 3AZTA 2BV9A 4UQBA 3L2LA 2FHCA 4LYPA 1W1YA 1KB3A 1OD8A 4E8CA 4AEFA 1WKYA 2JF7A 2C0HA 3SIMA 1E4NA 2UY5A 2G3JA 4X0VA 5A8NA 4D1IA 1MQRA 3BXWA 3U7BA 3L2MA 1UUQA 1KR0A 2W66A 2DEPA 3W38A 3WDQA 2JALA 4JHZA 1V6WA 3WQWA 3AZSA 2W67A 2YIHA 3VO0A 2ZXBA 1J10A 1E3XA 1GUVA 4Z2KA 4Q7NA 1UWTA 2ZX8A 4A3YA 4D6JA 4AD0A 2PB1A 3W82A 2ZXAA 5IFPA 2W5FA 3B9DA 4J7RA 2EEXA 6A3HA 1OT1A 3UG5A 5I23A 4Y7EA 4R5EA 1JI1A 2WB5A 1ZBCA 5DF0A 1QOXA 2YLAA 4TOQA 4W5UA 3II1A 5FOOA 4JFSA 4HU0A 1CDGA 3AJ7A 4P8UA 5IXEA 3HJEA 3LPOA 3VOCA 5BCAA 2WKLA 3AIBA 2AOSA 2J75A 3WF3A 4CU6A 3O2LA 3IK2A 1C7SA 1E1FA 3AYSA 4MB3A 3N17A 4IUGA 5FL1A 1W3LA 5I77A 2CHNA 3BSGA 2Y5EA 2PWGA 1MQQA 4K68A 1RP8A 3GNOA 1AQMA 1BF2A 3AIEA 4WKHA 2CERA 2JE8A 3AXIA 1CYGA 2ZUSA 4ATDA 1VJSA 2V38A 4PMZA 2HVMA 5A8PA 1X1NA 4HA4A 2D3NA 1EXPA 4GINA 2ZXDA 3MV11 3OLGA 4D6HA 4PYSA 3G6LA 1UHVA 5BXPA 4PUDA 2WVUA 4F66A 4CU8A 4ACZB 1N82A 4GI9A 2Y8KA 2WSPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5CZK A;  2WCS A;  3CUG A;  1GOQ A;  2X8R A;  3CTT A;  3WD0 A;  3J7H A;  1ISW A;  3ALG A;  2VT0 A;  1GOW A;  3WIJ A;  4H41 A;  3B9E A;  4PMD A;  4AIE A;  3M6D A;  1R85 A;  2YL6 A;  1J0J A;  3UR7 A;  4XZB A;  5BRQ A;  2O9P A;  3POH A;  7A3H A;  3E1F 1;  1K9T A;  1GOM A;  2FHB A;  1NWT A;  1X6N A;  3CZG A;  3VX0 A;  5M03 A;  2RGL A;  1TR1 A;  3N15 A;  1NOF A;  4JFV A;  1QI0 A;  2WMI B;  2WCA A;  3CH9 A;  3EMC A;  2IXU A;  1WZA A;  1G1Y A;  3UG3 A;  1KCK A;  2YJQ A;  3UR8 A;  1KXT A;  3U5U A;  1E56 A;  5A3H A;  3PZM A;  1ITC A;  4U5I A;  3LPF A;  4WK9 A;  2X2Y A;  1B0I A;  1V0L A;  1I1X A;  1CXH A;  3L4Z A;  4URI A;  3MAN A;  3ARW A;  2GUY A;  3PZG A;  4B3K A;  1JD7 A;  5A6B A;  1E55 A;  1JD9 A;  5LA2 A;  2D1Z A;  2XII A;  3UES A;  2FH6 A;  3VD9 A;  4DWS C;  4H04 A;  1QNO A;  4IM4 A;  3AHX A;  3WMS A;  5DEZ A;  1UR8 A;  1H5V A;  3PTK A;  1R7O A;  3L4U A;  1NM9 A;  2QPS A;  4V28 A;  1VBR A;  3S6T A;  4P7N A;  1B31 A;  2BXY A;  2CES A;  1HL8 A;  2GJX B;  2D2O A;  4QCF A;  3MUA A;  4DWS A;  4J28 A; 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