2J4RA

Structural study of the aquifex aeolicus ppx-gppa enzyme
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSNSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords EXOPOLYPHOSPHATASE
publication title Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 97
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2j4rA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 2j4rA02
1TYQA 2E8AA 2F9TA 1YXQA 3J8AA 3M1FA 4BR5A 3ATVA 2W40A 2ZWHA 1X3NA 3MDQA 2QWNA 1QZ5A 3CJAA 3UKRA 5AQIA 2E1ZA 1QZ6A 4LC9B 3CJ7A 1V4TA 2NRHA 2UYTA 4PKIA 3H6EA 2NLXA 5AQOA 5LJVA 3A5LC 2V7ZA 3DAWA 3WXIA 4B1ZA 3BEXA 1TYQB 5JICA 1S3XA 1T44A 2D4WA 4CZFA 3HTVA 4MLHA 1GLDG 3H1QA 4H0XB 3HSCA 1QQNA 3SK3A 3SLCA 1CZAN 3U4LA 4QS9A 4DCHA 2GWKA 3DXKA 4HWIA 5EX5A 4A61A 3SJHA 4O8KA 4BRHA 2FSNA 2HF3A 3EO3A 2ASOA 1SAZA 4BRIA 1GLJO 4BC5A 2QWRA 3WQTA 3VETA 2QW9A 3CJCA 2IVNA 1NGIA 4PL8A 4FPBA 3QBXA 1GLCG 4K41A 3VF6A 5I9EB 3DXKB 2Q31A 2P9IA 4BRFA 4CBXA 3WXLA 3BF1A 2J4RA 1NGBA 4XH5A 3AAPA 2D0OA 2GUPA 1SZ2A 4FWMA 3VEVA 3C0BA 4BQZA 5BPLA 4JD2A 4RCHA 1D4XA 3IDHA 2P9LA 1BOTO 3I8BA 2E2OA 4PKHA 4GY2B 2FSKA 4CZKA 1BWFO 5AQHA 3U8XA 4XEIA 3U9DA 3VENA 3L0QA 4H5TA 2QXLA 3R6MA 5AQGA 2Q2RA 4BC4A 4BVOA 4CZJA 1QQOA 1Z05A 1IG8A 4CZIA 4BRCA 5AQWA 2ITMA 2Q0UA 4H0PA 2GTDA 2P9NA 4XH4A 4BC3A 4JD2B 4BRNA 2YHXA 3LDOA 3QDKA 2QWOA 5TKYA 2IVPA 3H3OB 3WT0A 2P9LB 5AR0A 3WXJA 3LDNA 1NGCA 5JMVA 1BUPA 1HKCA 2CGJA 3QFPA 3JXUA 4BR9A 5JLHA 1IJJA 2NZTA 4BRLA 5E84A 1RGIA 3CJ1A 2Q1NA 4EHTA 2OANA 1MWMA 5LY3A 4BREA 2P9PB 2QWQA 3VERA 2D1KA 3MN5A 5EY4A 1BA0A 1BG3A 2BTFA 2QWLA 5KPTA 5AQTA 4QS7A 5EXWA 3WXKA 4BRGA 4K25A 4BC2A 1U2VA 4YDUA 2W41A 4FWKA 4MLEA 3VGKA 4WQ5A 3ENHA 2A41A 3MMVA 2IVOA 4JN4A 2E2PA 3CIPA 4BROA 4WQ4C 2P9KB 3D2FB 4I6MB 3RSEA 5BN8A 3O1BA 4F9OA 3VPZA 3CQYA 3KHYA 1JCEA 1SQKA 3DXMA 3A5MC 4JAXA 2YHYA 2GEMA 3O5BA 2EWSA 2P9UA 4FWNA 1GLFO 3C7NA 3WQUA 3FLCO 3A0IX 3ZETA 3JS6A 3WEEA 3LDLA 3RSEB 3L6QA 3M3ZA 5BRDA 4BR4A 3L4IA 1YAGA 1P8ZA 1MDUB 1HUXA 3IMXA 1X3MA 2HOEA 3HM8A 5AQLA 2AA4A 4H5NA 3FZLA 4IJAA 3VESA 5AQYA 1JCFA 2YJFA 5FPMA 2H3GX 4B1UB 2ZGZA 1E4GT 3UKRB 3ZETB 3CJ9A 2ZGYA 3CETA 4H0VB 5AQUA 4BRMA 3HZ6A 3CI5A 4FO0A 2E88A 4QS8A 4CD3A 1V4SA 4PKGA 2QWMA 3QFUA 4FL9A 3I33A 3VEOA 4BRAA 5AZJA 4EIAA 5AQNA 1MA9B 4FOEA 5AQPA 2E20A 5KPZA 4CBWA 3EL2A 5CE3A 5AQMA 3MN6A 3BP8A 1XQSC 1ZC6A 1NGFA 4H0YB 4GNIA 3CERA 2GELA 1KXPA 2YJEA 1NGAA 4Y0WA 3O8MA 3FZMA 1H1VA 1EQYA 1RFQA 2KHOA 3H46O 3MK6A 3G25A 4BR0A 5AZJB 1DEJA 1NMDA 4JHDA 1DGKN 1KAZA 3GBTA 2IIRA 1C0GA 1HKGA 1NM1A 2P9IB 2Q36A 4B1XB 4IXCA 3CJBA 3BUZB 1ZXOA 2CH5A 4IWVA 2A40A 3UB5A 3ZX2A 2VWBA 4B1VA 2A5XA 5AQZA 4H5RA 4CZMA 3H45C 1NGEA 3DJCA 5KQDA 3AARA 1J6ZA 2FF6A 4BQLA 4FWSA 4CZEA 4EHUA 3GL1A 4FPAA 2YI1A 2HF4A 5BR9A 1R59O 4K42A 4JNEA 2E2NA 3UKUA 3FR0A 4L3QA 3CQXA 1BDGA 2P9NB 4IZ9A 1GLLO 4M7XA 4EAHD 3VEZA 1KAXA 3QMLA 4BRQA 3ATUA 3EKSA 4BVPA 4CBUA 4ISEA 4IJNA 5BRHA 2E1YA 5F0XA 1NGGA 2ZF5O 4DQ8A 4HTLA 3U9ZA 5B8HA 2QWPA 2PAVA 1ATSA 3D2EA 3UKUB 4CZLA 4K43A 2A6AA 5FPNA 4WQ4A 3O6WA 1WOQA 4B1YB 1NGHA 3FZFA 3QICA 4A2BA 4BRKA 1K8KA 3A5OC 1T6DA 1HX1A 1U2VB 4BRDA 4YDUC 1C0FA 5F2RA 4WQ5C 3D2EB 3P4IA 5F1XA 4B9QA 4FSVA 4H5WA 5AFUH 3O1WA 5KPRA 2ASPA 2CGLA 3LL3A 3EKUA 3O4WA 3VEWA 4CZGA 1BA1A 1S22A 4B1WB 3VF4A 5BPNA 4M7YA 3EN9A 2AP1A 4PL7A 4BG8A 5AZIA 3W0LA 2D0PA 1K8KB 1MWKA 3LDPA 4KBOA 1OKJA 5BREA 1TUYA 2YHWA 3DXMB 1NBWA 2FSJA 4MO4A 2Q0RA 1Q18A 2P9UB 3LDQA 3C7NB 1DKGD 5KQ8A 4MO5A 3WEEB 5AQJA 2BUPA 1ESVA 1WUAA 3AAQA 3TPQA 5AZIB 3SMPA 4BGBA 2CGKA 5ELZA 3ZX0A 2VYPA 3BF3A 5AQKA 4Z94A 3AY9A 1BU6O 4NO7A 4CZHA 3MN7A 3DWLA 1XC3A 4H03B 4RWTA 2WUSA 4A2AA 2FF3B 3D7EO 5AFUA 1T6CA 1YUWA 2ASMA 3ZEUA 2FLOA 2HMPA 3H3NO 2VCPA 2YCHA 1NGDA 3GE1A 3R8EA 3FGUA 4BRPA 4J8FA 1NWKA 2GWJA 2QM1A 4AM7A 2F9WA 1LOTB 3A5NC 3WUHA 1G99A 1KAYA 1QHAA 2PBDA 1TUUA 4IO8A 3SMSA 4FWPA 3ULEA 3MCPA 4CD1A 5FPEA 3ZEUB 3QBWA 1X9JA 4O5FA 4AM6A 1LCUA 1Y64A 1JCGA 2CH6A 4A62A 4E1JA 5LJWA 3UE5A 3HI0A 2A42A 3QB0A 3W3DA 4H0TB 4JHDB 4EFHA 2FXUA 4FWQA 3VOVA 3IUCA 4M63C 3ULEB 2I7NA 3CHWA 1Z6RA 3M6GA 1ATNA 5AQVA 3ENOA 5AQSA 4ISFA 2V51B 2A3ZA 5E26A 5ADXH 5BRFA 3FFKB 5AQQA 2E2QA 3IFRA 4FWRA 4CJ7A 3VEYA 2P9PA 5AQFA 4CI6A 3VGLA 3KVGA 3EZWA 1NLVA 1RDWX 3VGMA 2V52B 5AQXA 5EVZA 4BG9A 1NGJA 5EOYA 3ID8A 4BR2A 3F9MA 1GLEG 2P9SA 3GOIA 1QQMA 1XUPO 1ZBSA 3O08A 3VF2A 1BO5O 3GDQA 5BN9A 5BPMA 3LM2A 4FWOA 5FPDA 2P9KA 3R9PA 1U6ZA 1HKBA 3D2FA 2I7PA 4DB3A 4I6MA 4XH1A 3S41A 4BR7A 4C23A 3VEXA 3TU5A 4RTFD 1GLBG 3MN9A 4WYBA 1GLAG 2DPNA 1YVNA 3ZX3A 2P9SB 1ATRA 3GG4A 2Q97A 4BGAA 3FE1A 3LM9A 3B8AX 5ADXA 5JLFA 3FZKA 5AQRA 3OHRA 4NB4A 3FZHA 4FWLA 3HBTA 1E4FT 1HJOA 4ISGA 2V7YA 3H1VX 3A8YA 4FOIA 1HLUA 4DHYA 3KZBA 3O80A 4H0OA 4H5VA 1HPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HPGA 1MU2A 3HOTA 3M1FA 4RW9A 2W40A 3V1OA 3TI0A 1LWEA 2G8KA 3MDQA 4CF8A 4C8MA 3CJAA 4DQIA 4LC9B 3TANA 3TTDA 4FXDA 3B6PA 4N5SA 3HRGA 3OYIA 4NYFA 1TYQB 5JICA 2D4WA 1CXUA 2RE2A 1VSKA 1S1WA 2ATQA 3TSPA 2HBMA 3H1QA 1CZAN 4QS9A 3KLGA 2Z1JA 2OTJN 5EX5A 2ZJRL 3P5JA 5KGWA 3JYTA 1NK9A 2FSNA 1SAZA 1WSGA 4BRIA 3PO4A 3AVGA 1RTJA 5BR8K 4BWJA 2QW9A 1T03A 1NGIA 4PL8A 1GLCG 4K41A 1DT9A 1D9FA 3DXKB 4BRFA 4CBXA 4DTPA 4O0JA 3NGIA 1RNHA 1QS4A 4DTNA 4JI6K 3VEVA 3RRHA 4BQZA 3P31A 4CW7B 4JD2A 4LF8K 4UQGA 1KSPA 4KPYA 1D4XA 3IDHA 2NRVA 2QXFA 5FROA 1B9DA 3J80O 4JRPA 3DLKA 1BWFO 2Z1HA 4LFCK 4XEIA 2RKIA 3M8RA 3K9JA 2HBLA 3K57A 3VENA 4OLBA 2QXLA 2Q2RA 1W97L 2Q0UA 4H0PA 3MEEA 1IKWA 4C1NI 1YHQN 3WT0A 3KKRA 3SZ2A 2CGJA 3SQ0A 4OKJA 4KHWA 1WBDA 3E1YA 1IJJA 3D45A 2UUBK 5M1FA 4NCAA 3MAQA 3CJ1A 1RT3A 4YHHK 3VQEA 4CEEA 1HNVA 2X78A 5CY4A 1HMVA 3VERA 4WE1A 4O0IA 1BI4B 2QWLA 2YKNA 5AQTA 1WSFA 4KHSA 3I0RA 3O9UA 3PX4A 2F96A 4ICLA 4KH4A 4BC2A 3VQ5A 3MMVA 2IVOA 5DM6L 4FW1A 3EZ5A 4BROA 4K8ZA 4CF1A 4CHZA 3TWHA 3CC4N 4I6MB 5KTQA 2YHBA 1D8YA 3NH1A 2BGGA 3O1BA 4DWIA 1SKWA 4F3TA 4CF9A 2DTUA 4ILGB 3KHYA 4JAXA 4WFAL 2NRXA 4DQRA 1XMQK 4B3MK 3C7NA 3ZETA 1KFDA 4DMNA 3L6QA 4M45A 3OYDA 3MXJA 4W5OA 3MECA 1QSYA 3L4IA 1YAGA 1P8ZA 3J7AP 2HOEA 5AQLA 3VESA 1JCFA 4FJ5A 4FJ9A 2W6KA 1NKCA 3THWB 4KHNA 5GAEP 2H3GX 4B1UB 4AHRA 1IG9A 1E4GT 4CK2A 4CJPA 1HNXK 3CCLN 3KD5E 4AHUA 1XMOK 3C6UA 1V4SA 3G4SN 3MCAB 4AH9A 1B92A 3JSMA 1L3VA 4BRAA 1SKRA 4NXNK 3UIQA 1NMNA 4B9TA 3V9XA 3AV9A 4QCLA 4OGEA 4KHQA 3AA3A 5KPZA 4FJ7A 4IKFA 5AQMA 3RVCA 1CZBA 4H0YB 4B9UA 4OKKA 3V6DA 5C10A 1NGAA 4Y0WA 3N4QA 2VWJA 1H1VA 5AZJB 4JKAA 5C15A 1DEJA 1NMDA 2RHKA 1KAZA 3GBTA 4GV9A 3AVHA 3CXCM 4E7KA 3O9QA 4B1XB 2JWKA 4O4GA 4NYNA 3RMCA 1WSIA 1IO2A 1WBBA 1FXXA 2A40A 3MX5A 2VWBA 4B1VA 4CJFA 1VQON 3ZSRA 4H5RA 4CZMA 1BCOA 1NGEA 2VQEK 3AARA 1J6ZA 3CF5L 3NGZA 4EHUA 1E3MA 3GL1A 3OYFA 4GKKK 1IBMK 1JL2A 2E2NA 3AVFA 4Q5VA 3TAPA 3RMBA 4IZ9A 4NCGA 1GLLO 4EAHD 4Z4GA 4BRQA 3QMLA 3ATUA 3AVLA 2G8HA 5HOOA 3SQ1A 2E1YA 1Q86O 4JKHA 4I9QA 4Z4CA 2IC3A 4EP5A 2NNWA 1NKBA 3EEQA 3HOSA 2VG5A 1N36K 2PAVA 1UAXA 2HVHA 4DSJA 2YX6A 4LF5K 3UKUB 3OYCA 1KLMA 1TKDA 3QINA 1NGHA 1LAWA 5HRPA 4B9VA 2ITGA 4B3TK 4AHTA 3A5OC 1HX1A 2IAJA 4O8UA 1U2VB 2OPPA 1C0FA 5F2RA 3VQ7A 3P4IA 4B9QA 4ILHA 1JLQA 2F4VK 2G8FA 2O8EA 1KVBA 2ASPA 4KKOA 2CGLA 4CFDA 5C25A 2P51A 3VEWA 4F2SA 4CZGA 1RILA 4B1WB 3U3YA 4IG0A 3W0LA 2D0PA 2PYLA 1MWKA 4KBOA 4CJRA 4Z0UA 3ASMA 2YHWA 1NBWA 4IOXA 4MO4A 4CGFA 2Q0RA 4FW2A 1Q18A 2PYJA 3QEIA 4DLGA 1JLEA 5KQ8A 5AQJA 3AGKA 3DRPA 4G1QA 1BCMA 1WUAA 3AAQA 2Z1GA 4IEEA 3DRRA 4BGBA 1TKZA 5AQKA 3KK3A 2HHWA 4PUOA 4FLUA 3PIPL 4ID1A 3VQ6A 2VWKA 4CGDA 3VQAA 2FF3B 1YJWN 2ASMA 1YUWA 3MWPA 4Z4EA 3H3NO 2VCPA 2E5LK 2YCHA 1NGDA 3GE1A 1NWKA 2QM1A 2F9WA 4DTRA 4BE0A 2O8DB 3WUHA 1TAQA 5DK5A 1QQCA 4B08A 4OPKA 3AVBA 1RT5A 2PBDA 2DFFA 3SPYA 4PY5A 4O5FA 3VTIA 4AM6A 1RDCA 3QEVA 2HNYA 4X64K 1HNZK 4Z4FA 3W3DA 4H0TB 4JHDB 2FXUA 3OJSA 4FWQA 3HVTA 3IUCA 1S1UA 4R79A 3ULEB 1Z6RA 4DTJA 4OJRA 4WF9L 1ATNA 2HHTA 3ENOA 1IKVA 4ISFA 5CYQA 1CXQA 5ADXH 5BRFA 3PX0A 4FJHA 5AQQA 3IFRA 3OS0A 4CVNE 1QE1A 1ZBFA 1VSHA 4DV7K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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