2J62A

Structure of a bacterial o-glcnacase in complex with glcnacstatin
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GlcNAcase NagJ
publication title GlcNAcstatin: a picomolar, selective O-GlcNAcase inhibitor that modulates intracellular O-glcNAcylation levels.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j62A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j62A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j62A01
1X1NA 3PTKA 3QOMA 3CIVA 1K6AA 2D0HA 1GPFA 1NWTA 3ARRA 3MSGA 1Q6GA 3CZ8A 3K8KA 4BQ4A 4J3VA 4NI3A 3SCTA 1W2PA 4UQEA 2YLLA 5A8OA 3OGRA 5E0FA 1RPKA 4MNJA 1E1EA 3ECQA 1F4AA 2WSPA 2J79A 3CUGA 4A3HA 3WN6A 4HPHA 3OGVA 2PWFA 4FLSA 2CESA 4NSBA 3RIKA 2VZTA 1KXTA 1RP9A 3DYOA 1JDAA 4OUEA 1W1VA 2D0GA 1WE5A 1UD4A 3WNLA 2DPEA 3WELA 4AEFA 4E4PA 1JFHA 3WQVA 2ZICA 1O7AA 2BVDA 3EDDA 3L4WA 2YL9A 2PF0A 5A6BA 1HJSA 5DF0A 1CZ1A 1J0ZA 4JL1A 3THCA 3TTYA 1LJYA 2WXDM 5BYWA 3RPMA 4CCCA 4J3WA 3W26A 3CZJA 3OB8A 2A3BA 4W7WA 1EO5A 4MADA 3BC9A 4UFIA 4AD4A 3K8MA 2VCBA 2WVSA 3AIUA 4AD3A 5D9NA 2CYGA 2A3CA 4DM2A 1E71M 3ARVA 1QI0A 4C7DA 3I3DA 1VJZA 3WF0A 1HVQA 3M07A 1CXKA 1ECEA 4UFHA 1UKSA 2PBGA 2D3LA 3NSMA 4A3YA 3DYMA 4D6IA 5D9PA 1UQYA 1UD2A 1KGWA 4MB3A 1S46A 1HF6A 1EDTA 4PMYA 1CGTA 1US3A 2J7CA 2Y8KA 2CBVA 2DSZA 1E4NA 3ZO9A 2VZUA 5A6MA 3CHDA 4UFJA 3SCVA 2E9MA 1TFVA 5D8ZA 3L4YA 2FH8A 2J8FA 2UY3A 4L4PA 3PTQA 4UQDA 5TD4A 3W6MA 3W81A 2V38A 4F8XA 2D23A 1QW9A 4BQ3A 3OBAA 2WW5A 3RCNA 1OWQA 3VGFA 3GNRA 3UG4A 3AZSA 4HMDA 4AZ7A 2DT0A 3LMYA 5A6SA 2BY3A 2ZX6A 2YL6A 1MWOA 1E40A 1BAGA 4E8DA 1MQPA 3PZ9A 3VIOA 3AQUA 2D1ZA 2RGMA 4JCLA 4UQ9A 2WC7A 2WLYA 5LA1A 4CU8A 2CEQA 4D6EA 1QOXA 4AEEA 2G3NA 1ISXA 1ESWA 2O9RA 1B3VA 4UQBA 2NT0A 2VX5A 1W91A 2G4FA 3MUIA 3WIJA 1MFVA 1MYRA 2E4TA 4HA4A 3E1F1 3W82A 1CXHA 4YPJA 1QW8A 5EBAA 4PN2A 3RO8A 2DT2A 3M46A 4LYPA 4F9JA 1TVPA 4FF5A 1JAEA 2WMHA 1BSIA 1UWTA 3N12A 1GORA 1QI3A 3ZJ8A 1SR0A 1V0MA 2WPGA 3MKKA 2YBTA 3CH9A 1JGIA 4PMRA 4M24A 1E6NA 1FFQA 4BA0A 3WH7A 3GNPA 4JIEA 2FGZA 4TX6A 5A2CA 3OLEA 1PIGA 4V2XA 1CGUA 2W62A 1JD7A 2XFRA 1UWIA 4FLRA 4J3SA 3ZIZA 2BXZA 2Y2WA 1CNVA 1KQYA 4Q7NA 3AISA 2DIEA 4PTVA 4TOQA 4CN6A 1V6UA 2Y8VA 1BTCA 2WMJA 1LL4A 1J0KA 1WCGA 2W66A 1W9VA 2Y5EA 1QI4A 2OYMA 4TX8A 3UESA 4UFLA 1C8YA 1JZ8A 3SCNA 4PEEA 3AMKA 1NWRA 2YKKA 2JALA 1UR1A 1ZJBA 3WH5A 4XX6A 5E70A 1JZ2A 4MAVA 2J47A 3PN8A 3APGA 3K4AA 1BHGA 1M53A 1EHNA 2CBUA 2GJPA 1JIBA 1ISVA 5LA0A 4JFWA 3FAXA 1GVYA 1GHRA 5BXTA 3W37A 2OWCA 4HA3A 4EANA 1B30A 2X0HA 4CU6A 4UOZA 1CBGA 1B90A 3AIBA 3VKKA 4P7LA 4UZSA 3L4ZA 1BLIA 3AIEA 3SIMA 1UR4A 3PZUA 2VVSA 1G1YA 1LWJA 1GOIA 1DWGM 1W9UA 5JIWA 3VIKA 2JF6A 3BGAA 5IXEA 2D24A 1W1TA 4IPNB 4B3LA 5ABGA 3AYRA 5JBEA 1KBBA 5HPCA 5LYRA 2J7HA 4D72A 3L2LA 5M5DA 3ZT6A 2DSWA 2E8YA 5FKYA 2W4XA 2AOSA 2GJXB 4AYSA 2YA0A 2ZE0A 1XH0A 5CLWA 2EEXA 5BWFA 3BAKA 3GH7A 2V3DA 3WNNA 2XG9A 3PZMA 1XHGA 4ACZA 5I24A 4PMOA 1ZJAA 3OLDA 1H3GA 5GPRA 4UOQA 2IXVA 4Z2IA 2XIIA 5KZ6A 2YA2A 4ZFMA 2ZUWA 1H0GA 5CPTA 2BXYA 4QDMA 4QCFA 5AC4A 5CPSA 1HKIA 4NRSA 2CKSA 4UFMA 3L4XA 4FMVA 3F5JA 1UKPA 3GXFA 4HOWA 1UR8A 2E0PA 3AIVA 5DT7A 4ZXLA 1UR9A 2VO5A 1JF6A 2OSWA 3WNPA 4W84A 2ZWZA 1KXVA 4IISA 5I5RA 4U2ZA 2X1IA 4UCFA 4CD7A 4AMCA 4MJ2A 1ISYA 2FHCA 3D3AA 3SCOA 5A8NA 2J25A 1NOFA 5A6BD 4WK9A 3VDBA 4ACZB 2EPOA 1HL9A 4N0RA 3WUEA 3FW6A 2XM1A 1H1NA 3AMGA 1XC6A 4D1JA 3GNOA 4ML4A 3UERA 2JE8A 3UETA 4RE2A 1H41A 3LPOA 2WYSA 3UG5A 3ALFA 1A3HA 4HMCA 4M82A 4JHZA 1EQCA 3FXYA 2GDVA 3N9KA 2JIWA 2X09A 1C8XA 4V28A 1JL8A 1JYXA 4PYSA 1TE1A 4X9YA 2VT0A 4JFSA 2VZVA 3OZPA 3ZT5A 1B2YA 1Q4NX 5BXRA 4OOZA 1UR0A 3IJ8A 3NCOA 5EFDA 3WQ6A 4H8HA 4E2OA 1UH3A 1WZKA 1VB9A 3NYDA 4ATWA 1V6XA 4WKAA 3K46A 3IAPA 3RJXA 4OKDA 1JZ6A 3GBEA 3QR3A 4MJ4A 5JBFA 4PCTA 1XRVA 3WENA 1B3ZA 3U5YA 1MW0A 1O6IA 1G0CA 2GDUA 4PSPA 1E55A 4MNKA 1SMDA 1E6RA 4XUYA 5ABEA 1KQZA 3AMLA 1WZLA 2RGLA 3VM7A 5A95A 3TP4A 1UH4A 1OINA 1CGXA 5E6YA 3WF2A 4B9YA 3ZSSA 2ZUMA 2Z1KA 1RP8A 1HP5A 1OGSA 3HN3A 4WKHA 3VTRA 2WMFA 1BVNP 3VDHA 4LGXA 1B3XA 1XD0A 1TR1A 1XD1A 4C90A 1B9ZA 3BSGA 1W1PA 2BY2A 3WH8A 3G6MA 2XYLA 3D5HA 3PZGA 3VIPA 2VX7A 2VTFA 2XVNA 3FHQA 4EAMA 1Q6EA 1EGZA 3CZLA 4UQCA 5CJ5A 3WQ5A 2HISA 1OIMA 3QGVA 3VGDA 4ACYA 2BS9A 3N1AA 2YBUA 3SCPA 4H04A 2CPUA 1ZBKA 2OYLA 5KEZA 1Q6DA 2WKGA 4MDPA 3HMCA 1AQHA 1LL6A 1WPCA 2CHNA 3BCFA 2CHOA 1B0IA 4PMVA 2WBKA 4ZEPA 4GQQA 1HJWA 4PMDA 2WWDA 4GZJA 2YL5A 4NZCA 3PZQA 2ZIDA 3KE0A 3GH5A 1BYBA 3VGEA 2ZWYA 5EFFA 3QOKA 4W93A 3POHA 2XM2A 2PWHA 3POCA 3VILA 1UD6A 3ZQ9A 4TVUA 1UYQA 4J28A 2DH2A 4KGLA 4TUFA 3W53A 4B16A 1BG9A 1ODUA 4QFUA 2FHFA 2XJ7A 1JNDA 1R87A 3PZNA 4W5UA 3HU7A 2D20A 3QHMA 4DWSA 2WMKA 1YQ2A 1H49A 4U31A 4M80A 4KH2A 1C90A 1LWHA 2CITA 3L2MA 2AAAA 3AHVA 4YHEA 2EBNA 1QI5A 4Z2KA 1HJXA 2WWCA 2E9LA 3RM4A 3KL3A 4CUCA 2DH3A 3ARWA 3NSXA 3W0KA 1ZU8A 3MO4A 2CIPA 3WBEA 1CENA 3CUJA 3WEZA 1EOKA 3G6LA 1B3YA 3GYCA 1V03A 2YDQA 3TOPA 5ABFA 2EO7A 5CG0A 5HBFA 4F9DA 5ECUA 1ITXA 1EOMA 2GK1A 1CLXA 3BCDA 3ZR5A 4QP0A 2Z1SA 4WSJA 3EDEA 1EQPA 1GUVA 1HKJA 3VIMA 4KWUA 3BMWA 2J78A 2J7GA 1FA2A 1HVXA 2C8NA 3CUFA 5A2BA 1NOUA 1H09A 4PCSA 4U3AA 1BYCA 2XHYA 3CZEA 2CETA 1WB0A 4DWSB 4GINA 3GZAA 2BNJA 5M03A 4BZYA 1GQJA 4QLLA 1E3XA 1FP9A 3GXIA 3PZTA 3WMBA 1OSEA 4W87A 4H8UA 1LG2A 4MPKA 4URIA 3WDRA 3WD2A 3ZOAA 4DUWA 1JZ7A 3GXDA 1W1YA 4MNMA 5BCAA 3VPLA 3WEOA 1Y7VA 2BHZA 1E1FA 3AOFA 1W9DM 3W25A 5ABFB 1GOWA 1H4PA 1HJUA 4WF7A 2GK1B 1E4LA 4CD8A 1BGGA 4N42A 2GVYA 2VX6A 1HL8A 3BMVA 2W61A 3A3HA 4J7RA 2XFYA 1K9TA 4AW7A 4D6GA 1NOWA 2G41A 1HJVA 3U5UA 3VGHA 2VOTA 1GHSA 4MB4A 1UZ1A 3ALGA 5DT5A 3CBWA 2QF8A 1CXLA 3CO4A 3KL5A 1DTUA 4TVDA 2WAGA 2WHKA 2CBJA 2OWXA 3AYSA 5AYBA 4TTGA 1QI2A 1V02E 1C7SA 4JFTA 5FL0A 3U7BA 4HOZA 8CGTA 3VMNA 5C71A 1FHLA 5C8BB 5A8MA 4UNIA 4MDOA 1QNSA 2WCAA 5DMYA 1BPLB 2CKRA 4D6DA 2A3AA 1ZB5A 2IUZA 1LF1A 3CPUA 4UOJA 2E3ZA 3WL1A 2WHLA 4JFVA 4U5KA 3AMCA 1M03A 1TA3A 1FFRA 3T0DA 1ZL1A 3DC0A 3BAJA 1X6LA 3PZOA 3WD3A 2VQTA 3VD9A 3MUAA 4W88A 2Y4SA 6A3HA 3VIHA 3KEHA 4W89A 3WF1A 4P8WA 3ARTA 2BV9A 4HPGA 1ODZA 4LYQA 3DECA 1V6VA 4JFUA 4M29A 1J12A 2FDMA 3EDKA 3ARSA 2W91A 1Q6CA 1IZJA 3W24A 3OG2A 4LYRA 4PUEA 2XFFA 1NP0A 2YL8A 1BG4A 4KRUA 1HX0A 1UWUA 3AFBA 2BVTA 2J77A 1ZBVA 3WDIA 1ZS2A 2W67A 1JZ4A 4PBGA 2V5DA 5BRQA 1ITCA 2WSKA 1CLVA 3S6TA 1GONA 1XCXA 4Y7EA 1BYAA 1FH8A 4GPNA 4HP5A 3T08A 3MV01 5A6KA 5FL1A 3W28A 1L0PA 1TA3B 1XYFA 3PBGA 1UKOA 3F5LA 2DEPA 5M3WA 2GUYA 3CHFA 1W9BM 1E6ZA 1SFSA 2WM0A 2JIEA 5ABHA 3GH4A 4J3UA 1VBUA 4FLQA 5HOSA 4M56A 4HMEA 2WZIA 1E43A 1OIFA 4AZHA 2VR5A 4RL3A 1F4HA 3AZRA 4PTXA 2WKLA 2O9OA 1JFXA 3FN9A 1VFMA 3WFLA 2GJXA 2Y24A 1EO7A 2QV4A 3BXWA 1IZKA 2DIJA 1MXDA 3CUHA 2ZXQA 3W38A 1HXJA 3AROA 3RILA 2NW0A 5FIPA 3ARYA 1DWFM 5GNYA 1TZ7A 2O92A 2WZHA 2Q8XA 4CCDA 1MW2A 1JF5A 3AIQA 2WC3A 5GQBA 2JEQA 5CQ1A 1QNOA 1W3LA 1AMYA 1E6QM 2DT3A 2D22A 1M04A 4QLJA 3VIJA 3SUSA 7CGTA 3RJYA 4X0VA 1KR1A 1V3HA 2EPNA 2OYKA 1GQIA 5EB8A 1R7OA 3ZJ6A 1EIBA 4ZE4A 1KBKA 3UR8A 3VO0A 2XIBA 4M81A 3ARXA 3AS1A 3WUBA 1V6WA 1XH2A 4TXEA 1GOMA 2CCRA 5BRPA 1OB0A 1TUXA 4P7RA 2WHMA 4D71A 5IFTA 4B3KA 1WDSA 3A47A 1CPUA 3B9EA 1FH9A 4CD5A 1XGZA 3UG3A 7TAAA 1E0XA 2ZUUA 4PTWA 1QNQA 1IV8A 1ZBCA 4W5ZA 4IPLA 2BY0A 1J11A 4Q22A 4HA1A 1C8QA 1MW3A 2DT1A 3W29A 4NRRA 3AS2A 1K9EA 1JYVA 1Z32X 4OJYA 1YHTA 3AIWA 4U33A 3J7HA 4H2CA 4K68A 1VEPA 3T09A 3VIGA 4JKLA 1V0LA 1KGUA 4DWSD 4W8AA 4J27A 3A4WA 3VU2A 4M1RA 1C7TA 3O9NA 1SYTA 1KWGA 4JKKA 3SUUA 3WF4A 1J10A 3EMQA 1QPKA 3NDYA 1ISZA 3OLIA 2VNCA 2EPKX 2ZOXA 3WMCA 6CGTA 2F61A 3VUPA 5FD0A 3AHYA 3WBAA 5CXPA 2GFTA 2W5FA 1XYZA 3KL0A 1MQQA 1JXKA 3W4RA 3EDJA 1UD3A 4UTFA 1HP4A 3T0BA 1MVYA 4GO9A 4JZ5A 1D2KA 3L4UA 4AWEA 3EYPA 1JDDA 3VNZA 1UQZA 1H0IA 1LQ0A 5E09A 2BHUA 4F79A 3GDBA 5E9AA 2XGIA 4ZXOA 1DHKA 1VIWA 5HDRA 3EBVA 3UR7A 1PBGA 4AY1A 1L8NA 5I6SA 4JCMA 2WMGA 1VRXA 1UD8A 5D8WA 1BQCA 4WLCA 1C92A 2YJQA 2ZUNA 2FGLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1X1N A;  3PTK A;  3QOM A;  3CIV A;  1K6A A;  2D0H A;  1GPF A;  1NWT A;  3ARR A;  3MSG A;  1Q6G A;  3CZ8 A;  3K8K A;  4BQ4 A;  4J3V A;  4NI3 A;  3SCT A;  1W2P A;  4UQE A;  2YLL A;  5A8O A;  3OGR A;  5E0F A;  1RPK A;  4MNJ A;  1E1E A;  3ECQ A;  1F4A A;  2WSP A;  2J79 A;  3CUG A;  4A3H A;  3WN6 A;  4HPH A;  3OGV A;  2PWF A;  4FLS A;  2CES A;  4NSB A;  3RIK A;  2VZT A;  1KXT A;  1RP9 A;  3DYO A;  1JDA A;  4OUE A;  1W1V A;  2D0G A;  1WE5 A;  1UD4 A;  3WNL A;  2DPE A;  3WEL A;  4AEF A;  4E4P A;  1JFH A;  3WQV A;  2ZIC A;  1O7A A;  2BVD A;  3EDD A;  3L4W A;  2YL9 A;  2PF0 A;  5A6B A;  1HJS A;  5DF0 A;  1CZ1 A;  1J0Z A;  4JL1 A;  3THC A;  3TTY A;  1LJY A;  2WXD M;  5BYW A;  3RPM A;  4CCC A;  4J3W A;  3W26 A;  3CZJ A;  3OB8 A;  2A3B A;  4W7W A;  1EO5 A;  4MAD A;  3BC9 A;  4UFI A;  4AD4 A;  3K8M A;  2VCB A;  2WVS A;  3AIU A;  4AD3 A;  5D9N A;  2CYG A;  2A3C A;  4DM2 A;  1E71 M;  3ARV A;  1QI0 A;  4C7D A;  3I3D A;  1VJZ A;  3WF0 A;  1HVQ A;  3M07 A;  1CXK A;  1ECE A;  4UFH A;  1UKS A;  2PBG A;  2D3L A; 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