2J74A

Structure of beta-1,4-galactanase
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAETSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords YVFO
publication title Investigating the Binding of Beta-1,4-Galactan to Bacillus Licheniformis Beta-1,4-Galactanase by Crystallography and Computational Modeling.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus licheniformis
total genus 147
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j74A00
2G8ZA 1UWIA 2NW0A 1LLOA 1QNOA 4BQ3A 2WWDA 3SCWA 3WDHA 3AS2A 1W3JA 3AIQA 3WNLA 1NM9A 4JFSA 3BMWA 1HJXA 2D2OA 1CXHA 4PMZA 2QV4A 1ISWA 1JD7A 2F8QA 5A95A 3ZR5A 1CGYA 2VX7A 5CSYA 4UFJA 3EDKA 4UQ9A 1VEMA 4KMQA 1KCLA 2VR5A 3CUFA 1GPFA 4UTFA 4FLRA 5JUVA 3OGVA 3APGA 1H1NA 1XSJA 6A3HA 1XCWA 1V3LA 4ZFMA 4UQAA 4E8CA 1V03A 1UWTA 2VRKA 3SCOA 4JFVA 1H49A 5HXMA 4OJYA 2IXVA 2PBOA 1MW1A 1TVNA 3O9NA 2G3JA 2VZOA 4H2CA 4GI9A 3VINA 2BHZA 1B90A 1UWQA 2BY3A 3L4UA 4JCLA 4PMYA 4UFIA 5IFTA 3K4DA 1DWFM 2ZUNA 4X9YA 1QI3A 3PZVA 3WDQA 2E3ZA 4PYSA 2ZXDA 3MUY1 1OGGA 1JZ7A 2WZHA 1GQIA 1ISZA 2CESA 1VFFA 5CPTA 4DUWA 1DEDA 3KZSA 3N17A 3W6LA 3A47A 3VD7A 3WH9A 1CYGA 4CGTA 1ZJBA 3I3BA 3PTQA 2O9OA 4NI3A 4ZXLA 1B3WA 1ZS2A 3ZOAA 1MXDA 2WNWA 3VIOA 4P7LA 4H8UA 3WUGA 3MSGA 4AZCB 1QW8A 3HJEA 1JAKA 3QGVA 4J3XA 2J8GA 1I1XA 2V3GA 3WNOA 3S2CA 2GK1B 3ALFA 4WIWA 1YHTA 3ZQ9A 2X05A 3PZIA 3PTMA 1BYDA 1M7XA 2D0GA 4FK9A 1V02E 2UWFA 4J3UA 3VGGA 1KR0A 3OGSA 4MB5A 4PSRA 1V3MA 4U3AA 5C70A 1XH2A 5ECUA 1TMQA 2W91A 2BVDA 2DT3A 3BAIA 4UOJA 4KRUA 3ZMRA 2VNCA 1V0NA 3AIUA 4GZJA 4RL3A 4MB3A 1WB0A 3WH5A 1JZ5A 3RM9A 3WF4A 3EMZA 1EHAA 3POCA 1E72M 3OLEA 1KGWA 2ZXBA 3PBGA 4UCFA 4ATLA 1NP2A 3CUIA 5ABFB 4CN1A 3HMCA 6CGTA 5IDIA 4A3HA 1CENA 2WLYA 1QBAA 3WUEA 1UKTA 4R27A 4P7RA 1QNSA 3BAWA 3NSMA 1ISXA 2A3CA 2F2HA 3UG3A 1ECEA 1XYZA 4M24A 5HDRA 3WNPA 1UH3A 3WQ8A 3RIKA 1CDGA 1K9DA 2J74A 4MTVA 5BXSA 1IV8A 1FH8A 3GH4A 1JI1A 3NYDA 3VX0A 3KWXA 4GI8A 3CO4A 5D4YA 5A8QA 1E1EA 2VCBA 3GNOA 1B3XA 5A8OA 2BV9A 3DYMA 1EXPA 5BYWA 1JYNA 2ZUSA 3VIFA 4HP5A 4W5UA 1C8QA 5A6KA 4OZOA 1LWJA 5DT7A 5C8BB 1UD4A 1UR1A 2WYSA 2WMIB 4QLKA 1HP5A 2CBVA 2W62A 1V0KA 2TAAA 3VMPA 4QFUA 2VO5A 1Q6FA 1M53A 4UQDA 3PZNA 4D6FA 1OBAA 4JFWA 4P8WA 2GFTA 1UR0A 3WFZA 3W81A 2VMFA 5AC4A 5HOSA 3U5UA 4P8VA 5D8WA 4GKLA 4UQBA 3TA9A 2X09A 1KXTA 3BCDA 2EPOA 2DT1A 2GK1A 1V6XA 2DPEA 3PZTA 1W3KA 3IANA 1B3VA 2UY2A 4BQ4A 5ABHA 5A94A 2V3DA 3WBEA 4MB1A 4UZUA 3VIMA 4E8DA 1LG1A 2YLAA 3UR7A 1E9LA 1RPKA 2EXOA 4PMNA 4JCMA 4TOQA 4JZ5A 1V6VA 4ACZB 1XSKA 1GVYA 1WZMA 5A6SA 1UOKA 3UEQA 1H0IA 1CXIA 5E70A 1LL4A 1KBBA 5I79A 3L4YA 4LXFA 1UD6A 4IUGA 4IM4A 1HKJA 4UNIA 3CZJA 3SCSA 4AZ5A 5LA1A 2WSPA 3VDAA 3CMGA 3A3HA 3AXHA 5DEZA 8CGTA 3M6DA 1PAMA 2JFEX 1ZBKA 1JXKA 2GJPA 1ODUA 2YA1A 4D71A 3RILA 3SUVA 5ABFA 4H7VA 1JF6A 4D6HA 2YBUA 2RGMA 2XJ7A 1G5AA 1CLXA 3FAWA 4P8UA 4AY1A 3VGEA 4EE9A 5I3DA 4U2ZA 5FIPA 3SCTA 1WDSA 1C90A 1UWRA 1WDRA 4EAMA 4U5IA 3AIVA 4PTVA 5BRQA 3AJ7A 1E0VA 2EPKX 4CCCA 2OSYA 5I23A 4A3YA 1BSIA 4W8LA 3RMEA 2UY3A 1BYCA 1VFUA 2ZXAA 1XGZA 4ZXOA 4AMCA 2WC4A 4D6GA 3BH4A 1Q4NX 5A6MA 2DT2A 1YQ2A 4QLLA 2XVPA 1CEOA 4LGXA 3WH8A 1E6QM 3SCUA 1J0YA 1HF6A 1Q6CA 2WC7A 3ARSA 3SEPA 2D1ZA 2W5FA 2GDVA 2PWHA 3VKKA 3WQVA 3GM8A 4EANA 5A8PA 2XGIA 2F61A 1G01A 1QNPA 2J7CA 1JFXA 4X0VA 4FLQA 5GNZA 3WEMA 1V6YA 3FXYA 4OIFA 4UFKA 3W82A 3NCOA 2VZVA 1DWGM 2CBUA 3M07A 2PWGA 1HL9A 2WZEA 4DWSB 3VM5A 1UWUA 1MWOA 3AS0A 5JBDA 2VRJA 1EHNA 2J7FA 4FLSA 2WVVA 3ECQA 2VQUA 1JYVA 4TVDA 5D9PA 1JDAA 4W7VA 3A6OA 3VMOA 2VVNA 2YJQA 5HPOA 3JUGA 1BG9A 3FHAA 4XZWA 3OBAA 1OGSA 5CLWA 1JZ3A 4JHZA 3VIHA 4HA4A 1E4MM 2WW5A 5CPSA 4CD5A 1CIUA 2WWCA 3GNPA 1GHSA 2BVTA 3D5HA 4M81A 2J78A 4TX6A 1ITXA 1W9XA 2VURA 2FDMA 3DC0A 3ARWA 2BHUA 1B1YA 4HU8A 4NZCA 4GZIA 2E9MA 4PCTA 2X8RA 1W32A 4DUXA 5BXRA 1XC6A 3ARRA 1MFUA 1FOBA 4GPNA 4TUFA 4GXPA 1GOIA 2WAGA 3WMCA 4D1JA 4WSKA 1KXVA 4JKMA 1KCKA 4GIAA 2WVSA 3BLPX 4MNMA 3PHAA 1CPUA 1EOMA 4W89A 1J0ZA 1MW3A 2G3NA 4TVCA 1E15A 3BAYA 3WSUA 1W2VA 3QOMA 5JIWA 3VIGA 1NWSA 3ARUA 3SUTA 4B9ZA 2J62A 1H41A 5CGTA 2BY1A 2EO7A 1E0WA 3GTNA 3IK2A 3W53A 2E9LA 2XUCA 1E6SM 1CLVA 2VTFA 5DT5A 4KWUA 4C7FA 2GDUA 5BRPA 2WC3A 1ISYA 4B3LA 3WUBA 1AQMA 1QBBA 1PZ2A 2ZUVA 3SUWA 4U33A 2XGBA 4HTYA 1NP0A 1ODZA 1W91A 3NDYA 1PIFA 1E3XA 1XD0A 3B9AA 1R8LA 4DWSD 3KE0A 4M80A 1AQHA 5I2UA 1W9BM 1VEPA 1HVQA 1VENA 2G3IA 2C0HA 1U30A 1OM0A 4QAWA 2GJXA 2J7HA 3VGFA 4D1IA 4JFUA 4Y7EA 1GOWA 1ZL1A 4EKJA 3VNZA 1V3IA 1WP6A 4MNLA 1GZJA 2OSXA 1MQPA 3ZJ7A 1X1NA 2W4XA 4PTXA 3FY1A 1CXEA 3RDKA 2WVTA 1UA7A 2J7GA 5M3WA 1B2YA 2DGAA 2NT0A 4CD8A 2VJXA 1EDQA 3AMCA 4DUVA 5EMYA 1CGVA 1JNDA 5AYIA 5BXPA 1E56A 3WQ5A 3DHUA 5FKYA 1CTNA 1AMYA 1E5NA 2W92A 2CBJA 2PWEA 5A8MA 2OWCA 3ZJ8A 3AMLA 1UKOA 4GQQA 5IXEA 1V3KA 3OLIA 4D72A 2OYKA 2CBIA 2XFFA 4JAWA 4P7OA 2WMGA 5E9AA 3VVGA 1UQZA 1JIBA 4HOXA 2BXZA 3MUAA 1US3A 1CECA 3AXXA 3OB8A 2J77A 4J3SA 4YPJA 3T2OA 3N18A 2YKKA 4P7NA 3GZAA 1NOWA 2WB5A 2Z1SA 2D0FA 3SUUA 2DH3A 4U3CA 4JKKA 4AIOA 5DF0A 2D20A 2Y24A 3ZT7A 1BFNA 2OYMA 5I5RA 3W37A 3G6LA 2WMFA 3AISA 4JL2A 3N12A 5HBFA 2GSJA 2IXUA 1PZ3A 4URIA 2D24A 3CIVA 2VOTA 2YLLA 1J0IA 1DWJM 1H09A 1M01A 1KGUA 4WK9A 1V0MA 3ZO9A 1XH1A 1EQPA 3PTKA 1J10A 2XG9A 4Q22A 5AYBA 2WZIA 3RM8A 3N11A 4PN2A 4B3KA 1NOFA 3LMYA 1LG2A 5ABGA 2X1IA 1SFSA 3WQ6A 1KXHA 4TTUA 4FMVA 3VD5A 4U2YA 4PMXA 3ZSSA 2Y2WA 1GOMA 1MQRA 1QNQA 3M7SA 4M8UA 4AD0A 1WAWA 4F9JA 1TCMA 4NSBA 1RD6A 3N15A 3O2LA 2YA0A 1LJYA 3FW6A 3A4XA 1QHPA 1XV8A 4WKHA 4H8VA 6TAAA 3TTSA 3GBEA 1KFWA 1I1WA 2ZUTA 2V5DA 1EDTA 1EGZA 1VIWA 4CCEA 5A6JA 2VUYA 3ARQA 3OLDA 1D7FA 2W63A 2BFGA 3KL5A 2CHOA 3L2MA 2XVGA 3AQUA 2XYLA 1B3ZA 2VI0A 3I3EA 1EIBA 1BPLB 2CIPA 3W0KA 4Z2JA 3MMWA 5E09A 3AFBA 5CLTA 2BVYA 2YL5A 3BXWA 2WMKA 3FHQA 1P6WA 3PZOA 1NWUA 2YL9A 1B0IA 4MNJA 1DTUA 1TR1A 1JI2A 2FGLA 4MPKA 2D0HA 3BSGA 5M03A 2WCGA 5BWFA 5FD0A 2VZTA 1KXQA 2CERA 1WCGA 2O9RA 3HN3A 1US2A 3WF1A 4GO8A 2YOCA 2O9PA 3AXIA 3CHFA 3IJ7A 4LX4A 1A3HA 3WELA 3L4ZA 3MV11 3THDA 5CZKA 1V6UA 3VM7A 3F5KA 5D9NA 4OBRA 1BQCA 3THCA 1B30A 1K9FA 1J0KA 1MYRA 2J25A 1WDPA 3UG4A 1UD2A 3AROA 1BYBA 1HXJA 1UZ4A 1AQ0A 3T0DA 1OCQA 3K8KA 4AISA 5AY7A 3VGBA 4RE2A 3UCQA 4LYQA 1F4HA 1RP8A 1Y7VA 3ARYA 5D8ZA 1ZB5A 4IPLA 1OWQA 3BCFA 1XHGA 1TA3B 2YL8A 2UY4A 3PZQA 1PEZA 4HZ7A 3IAQA 1BAGA 1GNXA 3D3AA 4H8HA 4ZENA 2NSXA 3UR8A 3LPGA 3T0AA 1WZLA 2EEXA 2BY2A 2XVNA 1R87A 2WMHA 2BNJA 1XCXA 4RE4A 4GZEA 9CGTA 4A4AA 3BMVA 2ZUMA 2O92A 2FHCA 2WANA 5I0DA 2D23A 2Y4SA 2WBGA 1V08A 4AEFA 3PZMA 4FLOA 1GUVA 4AZCA 4HA3A 1FHDA 4CD7A 1GJWA 3N9KA 3W29A 4V2XA 1GCYA 3GH7A 3T08A 3EBVA 3VOCA 4HMCA 1UKPA 1UA3A 1C7SA 1A47A 3CBWA 1J0HA 1XSIA 2DIEA 1UKQA 2WHLA 2HVMA 4CU6A 2J7DA 1W1VA 3AOFA 1U33A 1LQ0A 2EQDA 1FH7A 4W85A 4W93A 3DHPA 3WF0A 3NIYA 1GORA 2WCSA 4UOQA 4M29A 3WFLA 1H0GA 3OZPA 5GQBA 5DMYA 4AWEA 2YDQA 1W3LA 4P7QA 5E6YA 4D6DA 2XM1A 2VZSA 4D6IA 3NSNA 2WK2A 1CXKA 1UD5A 1MFVA 5ABEA 4PUEA 1GW1A 1J9YA 1W1TA 4CVUA 1EDGA 3WDRA 1GONA 1KQYA 4TVUA 3AICA 2Y8KA 3AHVA 4QLJA 1CWYA 2J7BA 2Q8XA 1TG7A 2QF8A 3W38A 1HKKA 1O6IA 1E55A 1EQCA 3LPPA 3KL0A 4AIEA 1Z32X 1HJSA 4B15A 2OWWA 1Q6GA 4HMDA 3AHZA 1OGBA 4W8BA 1VBRA 3AMDA 4W7WA 1HNYA 1OIMA 2WM0A 1JYXA 1EO7A 2D3LA 1BGGA 3TOPA 4XZBA 4D6JA 1UR4A 2JF7A 2DSVA 1QOXA 3EDJA 1XD1A 2JEQA 3NSXA 1UHVA 3CUGA 3CZ8A 4LQ1A 4ZE5A 1WZKA 3TONA 2WSKA 3W27A 3K8LA 4XUYA 1H4PA 4TTGA 1G0CA 2CNCA 2WPGA 2Y8VA 3EDDA 7CGTA 2WMIA 3EMQA 3RJYA 2YIHA 1H5VA 3GH5A 2OWXA 1WKYA 2WHKA 2DSWA 1C91A 1OB0A 1SYTA 4CU8A 2A3BA 3VPLA 4P8XA 5F7UA 1VB9A 2Z1KA 5A6BD 3VD3A 2B31A 1GQJA 1RP9A 3BC9A 1QI2A 3CZLA 3RO8A 1JZ6A 1XRVA 1UG6A 3F4VA 5EFDA 4MNKA 2V5CA 2XIIA 4J7RA 1FFRA 4PMUA 1HJWA 1BTCA 2XTKA 1QVBA 3ZJ6A 2ZX9A 3WH6A 1HJVA 4ACZA 2DSZA 1E71M 3ZJKA 2OSWA 2WCAA 4PMQA 4XX6A 4JFTA 2OYLA 4RE3A 4CD6A 2OLHA 5GNYA 3AHXA 2YBTA 4Q7NA 2PC8A 1E1FA 3WNNA 1IZKA 2VCCA 1UD8A 3KEHA 3MKKA 1NOUA 3A4WA 2J8FA 2FH6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G8Z A;  1UWI A;  2NW0 A;  1LLO A;  1QNO A;  4BQ3 A;  2WWD A;  3SCW A;  3WDH A;  3AS2 A;  1W3J A;  3AIQ A;  3WNL A;  1NM9 A;  4JFS A;  3BMW A;  1HJX A;  2D2O A;  1CXH A;  4PMZ A;  2QV4 A;  1ISW A;  1JD7 A;  2F8Q A;  5A95 A;  3ZR5 A;  1CGY A;  2VX7 A;  5CSY A;  4UFJ A;  3EDK A;  4UQ9 A;  1VEM A;  4KMQ A;  1KCL A;  2VR5 A;  3CUF A;  1GPF A;  4UTF A;  4FLR A;  5JUV A;  3OGV A;  3APG A;  1H1N A;  1XSJ A;  6A3H A;  1XCW A;  1V3L A;  4ZFM A;  4UQA A;  4E8C A;  1V03 A;  1UWT A;  2VRK A;  3SCO A;  4JFV A;  1H49 A;  5HXM A;  4OJY A;  2IXV A;  2PBO A;  1MW1 A;  1TVN A;  3O9N A;  2G3J A;  2VZO A;  4H2C A;  4GI9 A;  3VIN A;  2BHZ A;  1B90 A;  1UWQ A;  2BY3 A;  3L4U A;  4JCL A;  4PMY A;  4UFI A;  5IFT A;  3K4D A;  1DWF M;  2ZUN A;  4X9Y A;  1QI3 A;  3PZV A;  3WDQ A;  2E3Z A;  4PYS A;  2ZXD A;  3MUY 1;  1OGG A;  1JZ7 A;  2WZH A;  1GQI A;  1ISZ A;  2CES A;  1VFF A;  5CPT A;  4DUW A;  1DED A;  3KZS A;  3N17 A;  3W6L A;  3A47 A;  3VD7 A;  3WH9 A;  1CYG A;  4CGT A;  1ZJB A;  3I3B A;  3PTQ A;  2O9O A;  4NI3 A;  4ZXL A;  1B3W A;  1ZS2 A;  3ZOA A;  1MXD A;  2WNW A;  3VIO A;  4P7L A;  4H8U A;  3WUG A;  3MSG A;  4AZC B;  1QW8 A;  3HJE A;  1JAK A;  3QGV A;  4J3X A;  2J8G A;  1I1X A;  2V3G A;  3WNO A;  3S2C A;  2GK1 B;  3ALF A;  4WIW A;  1YHT A;  3ZQ9 A;  2X05 A;  3PZI A;  3PTM A;  1BYD A;  1M7X A;  2D0G A;  4FK9 A;  1V02 E;  2UWF A;  4J3U A;  3VGG A;  1KR0 A;  3OGS A;  4MB5 A;  4PSR A;  1V3M A;  4U3A A;  5C70 A;  1XH2 A;  5ECU A;  1TMQ A;  2W91 A;  2BVD A;  2DT3 A;  3BAI A;  4UOJ A;  4KRU A;  3ZMR A;  2VNC A;  1V0N A;  3AIU A;  4GZJ A;  4RL3 A;  4MB3 A;  1WB0 A;  3WH5 A;  1JZ5 A;  3RM9 A;  3WF4 A;  3EMZ A;  1EHA A;  3POC A;  1E72 M;  3OLE A;  1KGW A;  2ZXB A;  3PBG A;  4UCF A;  4ATL A;  1NP2 A;  3CUI A;  5ABF B;  4CN1 A;  3HMC A;  6CGT A;  5IDI A;  4A3H A;  1CEN A;  2WLY A;  1QBA A;  3WUE A;  1UKT A;  4R27 A;  4P7R A;  1QNS A;  3BAW A;  3NSM A;  1ISX A;  2A3C A;  2F2H A;  3UG3 A;  1ECE A;  1XYZ A;  4M24 A;  5HDR A;  3WNP A;  1UH3 A;  3WQ8 A;  3RIK A;  1CDG A;  1K9D A;  2J74 A;  4MTV A;  5BXS A;  1IV8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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