2J7FA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with carboxylate- substituted glucoimidazole
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
435
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASERAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 178
structure length 435
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7fA00
1CTNA 3WNKA 1UD8A 4J3SA 4MJ2A 2DGAA 2DSKA 1JXKA 5I5RA 1F4HA 4KMQA 3CZKA 3WH5A 3ECQA 1M7XA 1UWRA 4AD1A 1HJXA 5FD0A 1B90A 3FNDA 3AHZA 2CPUA 4PTXA 2ESCA 4GZIA 3BLKA 2ZUWA 3SIMA 3SURA 5M5DA 1OD0A 4C7FA 1UR8A 5I79A 3PZQA 4OZOA 4AD2A 2WSKA 3OZOA 1KBBA 4AZGA 1V6VA 1KCLA 4GI8A 5A2BA 3AYRA 3KL3A 4UFMA 1OGSA 4TVUA 5FOOA 2VI0A 1MW3A 3EDFA 4IM4A 1NP2A 1DTUA 1R8LA 1CXEA 2ZUSA 1ZU8A 1R85A 4AY1A 5C8BB 3UERA 4P7QA 4W7UA 4JFVA 3W6LA 2XUCA 4N42A 1JIBA 4H2CA 2VC9A 3NSMA 3MANA 3I3BA 3OGVA 3VKKA 1CGXA 2J7GA 2XVPA 4GQRA 2DT2A 4GPNA 4PMVA 1LF1A 3W28A 3HMCA 1TA3A 3WL1A 4AZIA 1WCGA 2OSYA 4MB1A 2Y4SA 5GNZA 2YL6A 2VOTA 1VJZA 3RM4A 4E8DA 3FHAA 1DWHM 5FL0A 3QGVA 3HN3A 1HVQA 1HX0A 3ZT5A 3QHOA 3RO8A 3MSDA 1E73M 1HT6A 2J79A 4HA1A 2VO5A 3SCQA 1BGAA 3MMDA 3IK2A 1GOWA 3O9NA 4JCLA 4MDPA 4U2ZA 2J62A 2W92A 4CU7A 2YDSA 2BXYA 4Z2LA 3ZR6A 4AIEA 5IFTA 3THCA 3VNZA 2DT3A 2XHYA 2DSZA 2JF6A 4J3VA 2ZXAA 3MMUA 1XC6A 1TUXA 3G6MA 3SUSA 1E56A 1I75A 4LXFA 1EDGA 1CZ1A 2J78A 1KB3A 3L4VA 2WVVB 1JF5A 4IISA 1ZS2A 2PC8A 4D6HA 4Z2GA 1QBBA 1JNDA 1AQMA 1VBRA 2WHKA 1KXHA 4HPGA 1G01A 3QHNA 1FHLA 1HN1A 4H41A 5M3WA 5GPRA 4M82A 2NT1A 1WAWA 1NP0A 3BAXA 4AD5A 2DDXA 1W9VA 5BRQA 2WPGA 4DWSB 2X1IA 5D9NA 4L4PA 3W27A 4Z2KA 2ZUMA 1DWFM 3IAQA 3U7VA 4UOZA 2CERA 3BAKA 1HNYA 1O6IA 1V6UA 4W8BA 3VUPA 4AISA 1QNSA 4M29A 3SCWA 3WEMA 4JL2A 3NYDA 2G4FA 4P7RA 1B3XA 3PZIA 1H11A 3F5JA 3CTTA 4ZXLA 4ATDA 3ARXA 1SR0A 4H7VA 2BHYA 3MKKA 3AHYA 1KFWA 1JFXA 1BLIA 5I23A 3AHVA 3DYMA 3GH5A 1KWGA 2D2OA 4J3XA 1US3A 1FFQA 2D3NA 2WBKA 2WMHA 4EANA 1W3HA 1GW1A 2DIEA 3NCOA 4XB3A 4CCDA 4BCEA 3K1DA 4UQ9A 1LG1A 3QHMA 2ZWZA 3KL0A 1C90A 1GQLA 1PBGA 3VDHA 2GUYA 2DSWA 1M01A 2WHMA 1X1NA 4W87A 2J7DA 2X05A 1QHZA 4CN6A 2WMFA 4GINA 1E4MM 4W86A 1CLXA 4D6CA 3AS2A 3VU2A 4AMCA 4TX6A 1BYBA 3OLDA 1DWJM 4QP0A 2JIEA 1J10A 4B15A 3AS1A 4D6FA 1VENA 3TOPA 3AROA 3CH9A 3CUJA 2VX5A 3B9DA 1BYCA 3NIYA 4CVUA 1BPLB 4HMDA 1CXLA 1VEMA 4U31A 4J3WA 4PEEA 4EAMA 2WZHA 1NWSA 2X0HA 1UQYA 3DECA 1EHNA 2DT1A 1WB0A 4MB5A 6A3HA 1C92A 4W8AA 3ZJ8A 2EPKX 1ECEA 2WWCA 1C7TA 3NJ3A 4MNKA 2J77A 4KRUA 2WB5A 5C71A 3MSGA 1YHTA 1E6NA 1UR4A 3TA9A 2PF0A 3MV01 3L4WA 3M07A 4BQ2A 2O9PA 5GNYA 1G1YA 4FK9A 2YA0A 1ISYA 1BHGA 3VNYA 4J28A 3AZRA 3MV11 1PZ2A 1XD1A 8A3HA 1KWKA 2ZX6A 4WJXA 1B3VA 2QHAA 3ZJ7A 3WL0A 1V02A 2VCCA 4UFJA 3OZPA 3VGHA 2WMIA 1X6LA 5HPOA 1EIBA 1HVXA 2WMGA 2BVTA 2FHBA 1MW1A 1AMYA 1N82A 3ARTA 4UFHA 1D3CA 3WDPP 1FHDA 2E9LA 4B9ZA 1WNOA 3N13A 3PTQA 3ARSA 1MQQA 1O7AA 5A6BD 5A6BA 3BLPX 3K8KA 3KE0A 5E70A 1E5NA 4CKQA 1CEOA 3WMBA 3OBAA 1CGUA 3GXFA 4FLSA 4HA4A 2IUZA 4U5KA 5JBEA 3O2LA 1V6WA 4CCCA 1Y7VA 1XH2A 1P6WA 3WF0A 1JAKA 1KGXA 1TA3B 3SCTA 5I2UA 5D8WA 3VM5A 5CPQA 1UH3A 3SCSA 1QNOA 2WAGA 2WVUA 3N17A 5CJ5A 1JD7A 3AQUA 4UOJA 5KZ6A 4W5UA 2WCGA 1U33A 1H1NA 1UKOA 4U2YA 1LLOA 3GYCA 1BF2A 2GJXA 5E09A 1NM9A 4MNJA 4MPKA 5A3HA 5DT5A 2PI6A 2G3MA 1VFFA 2GJPA 2VRJA 3OLEA 3CUGA 3AMCA 3UG3A 3WD0A 5EMYA 3CBWA 4Z2JA 5EBAA 1ISXA 1ZBVA 5BCAA 1EQPA 1HJVA 2GDVA 2VX6A 1FH7A 2UY2A 2XJ7A 5D4YA 4PMRA 4UZUA 3A6OA 2C7FA 1I1XA 1Q6EA 5BWFA 1QI3A 3PZGA 4H04A 1HIZA 4QCFA 2O9OA 1ZB5A 2VTFA 3GH7A 3UESA 3WNPA 4JZ5A 4YHEA 3LPFA 4PUDA 5E0FA 1JDDA 1J0HA 4GQQA 1NWUA 5A8NA 2J7EA 3PTMA 4M24A 4PTWA 5IDIA 1SYTA 1MFUA 3VMPA 4J3UA 4AWEA 1E71M 1HJUA 2VZVA 3AMDA 4M1RA 3VD5A 4J27A 5KEZA 4WSKA 4OKDA 3W24A 2PWEA 2W62A 1E1FA 4ATLA 2J25A 5EFFA 3AMLA 4U3AA 2PWFA 1EOKA 3ALGA 3GBDA 5FL1A 1MW0A 3PZVA 2AOSA 3VPLA 1JZ2A 3T08A 2TAAA 1WDSA 4NI3A 4UCFA 3WF1A 5F7UA 4LYRA 1HKIA 4XV0A 1L8NA 2BHZA 1CXHA 1E72M 3KL5A 3DHPA 3M7SA 1VFMA 3W26A 1UWIA 1W91A 3ARPA 1CGYA 2DSVA 3NSXA 3VIPA 2OSXA 4AD0A 2QLYA 5BXTA 1J18A 3I3EA 3PZNA 1E6PA 4PMZA 4X9YA 3F4VA 3WEZA 2WLZA 1MWOA 3CUFA 1U2YA 5A8MA 2CIPA 3FW6A 2A3HA 1GHRA 2XGIA 1V08A 2J74A 3VD3A 4JHZA 1QI2A 1UWTA 5BYWA 1FH9A 4D6EA 4GIAA 2FHCA 2VCAA 3SCOA 2DPEA 2XFRA 3HJEA 3VD4A 1ISWA 2G3IA 2WMJA 4R5EA 1E70M 3FHQA 3AIUA 5D9PA 1E0VA 1JGIA 2ZX5A 2EBNA 3GH4A 4AYSA 1FOBA 2CHOA 4XZWA 1KBKA 5DO8A 1BSIA 1ZJAA 3GNPA 3WH7A 1JZ6A 3ARUA 3AHXA 4PSRA 3IANA 1B31A 5IXEA 3BSGA 4HOZA 2MANA 4OUEA 3N12A 4NZCA 4W7WA 3A4XA 1CGTA 5LA2A 3D5HA 1XRVA 2XM2A 4AIOA 1VIWA 1V03A 4OBSA 3ZSSA 4CU6A 3VGEA 4JL1A 3AIRA 1UUQA 2J7HA 3AI0A 2VR4A 1KXTA 3VIJA 1DEDA 3UG5A 5CLWA 2CCRA 3AJ7A 5CLTA 1CXFA 4HTYA 2WMIB 5I77A 3VINA 2VL4A 1GOOA 2O9RA 3WMSA 4YHGA 2PWGA 2VRKA 1W9DM 3FAXA 2QPUA 2CITA 1BYDA 2EJ1A 1V0LA 2VZOA 3WEOA 4PYSA 4M8UA 1I1WA 2X8RA 4XZBA 4V28A 3UEQA 1EH9A 2X09A 2VCBA 3RPMA 1TCMA 1XGZA 5D9OA 2E40A 4M81A 1QW9A 3WQ6A 4YN5A 1OGBA 1IZKA 1PAMA 2NSXA 1EXPA 1C3FA 1B1YA 3KWXA 1IV8A 4W89A 2VMFA 2RGLA 3SUTA 1DHKA 3AMKA 3EDKA 1ISVA 1Z32X 2CBIA 3BAWA 7TAAA 1JYWA 2WYSA 1E4IA 3VILA 4YPJA 1HJWA 4TTUA 3MUAA 1UD3A 4CD6A 7A3HA 1U30A 3WNOA 4QLLA 2W63A 2JALA 4L4OA 1UA7A 2EPMX 1R7OA 4JKMA 2GJXB 1H0GA 1DWIM 2VRQA 2WC3A 1FP9A 1G94A 2D22A 3CO4A 4HMEA 3VGBA 1M03A 4EE9A 4QLJA 3PZOA 2OWXA 3AIWA 3ZIZA 3ZT7A 1IT0A 4QLKA 2WSPA 3SCNA 4DWSC 4X0VA 4AD3A 2WC4A 1L0PA 5GQBA 3AMGA 5CGMA 3DC0A 1V0MA 4BF7A 1QNPA 4JKLA 1E9LA 1XCWA 2V3GA 2GJRA 1H4PA 1W32A 2WCAA 4KWUA 1LQ0A 4X0NA 2HISA 1XSJA 3A3HA 1RH9A 3ZJ6A 1C91A 1E0XA 1WP6A 3VIFA 1ESWA 2BS9A 3E1F1 4HA3A 4UTFA 1V3IA 3T2PA 5CPTA 4RL3A 2YDRA 2VVSA 2DH2A 1WZMA 1OBAA 4MJ4A 3AICA 2EO7A 3A4AA 3RIKA 3W0KA 1XV8A 1H5VA 4AEFA 2WLYA 1SFSA 1E4LA 3N15A 4RE2A 2CBJA 3TTQA 1Q6DA 2J8GA 4UQAA 5C70A 3W29A 2WVSA 4NRRA 3ZMRA 1BGGA 1VF8A 1Q4NX 1PX8A 2XSAA 1OCQA 3RMEA 4KGJA 2A3AA 4JFWA 4PMDA 4AZHA 2WXDM 2YL9A 2ZX9A 1W9PA 3UETA 4D6JA 3OLGA 3CUIA 3CZLA 5BRPA 1UR1A 4BQ4A 4DUXA 3M6DA 2YA1A 4AD4A 3N11A 4ACZA 4E8CA 1CXKA 2WC7A 2ZXQA 2QF8A 2YL5A 5IHSA 2E8ZA 5A6JA 4H8UA 1J0ZA 1JYNA 1ZBCA 2PWDA 1JNEA 1JZ4A 1HKKA 4Q22A 1CDGA 3WDJA 3CLWA 3WBEA 4GZEA 3U5YA 4NRSA 5HXMA 1W2VA 4W5ZA 1J0YA 1B0IA 3RM9A 2YLAA 2O92A 3WDIA 3WQVA 1PX3A 5DT7A 1Q6CA 4GI6A 4HU8A 3W53A 4J3TA 4PMNA 4MADA 5BXSA 7CGTA 5A6SA 2X2YA 3ARZA 2OYKA 4MNLA 1KGUA 5I24A 4MAZA 1FP8A 1WKYA 2CBVA 3WF4A 1HJSA 3FXYA 4ZEPA 2ZUTA 1QI0A 5A6KA 3ZO9A 1V3KA 4CD5A 1C8XA 3W6MA 4M80A 4TVCA 1W3LA 3O6AA 4B3LA 3N04A 1TE1A 4IPNB 2IXVA 2NW0A 2VR5A 2G41A 1GNXA 4MTVA 1HP4A 2WKGA 2C8NA 4P8XA 1JD9A 4OOUA 4CN4A 1A3HA 2WK2A 3VMNA 5BROA 3T2OA 1D7FA 1NQ6A 1GONA 4CD7A 3ZQ9A 1H3GA 2ZIDA 3EDJA 2XGBA 1PZ3A 2A3BA 3BXWA 4CU8A 3AISA 1ZL1A 3WD2A 1J0KA 4D72A 4R27A 3MUIA 3UR7A 1HKMA 1UZ1A 2E0PA 3WQ4A 4ML4A 3WD4A 2E3ZA 4F79A 4WLCA 3K8MA 2EXOA 8CGTA 2JIWA 1H2JA 4HU0A 1GOIA 1V3HA 3CZJA 1E15A 3B9EA 4TOQA 2VZUA 2PBOA 4PMYA 3MUY1 2XG9A 1NH6A 1WDRA 3NUKA 4DM1A 1GCYA 2NT0A 3GXIA 1Q6FA 2D0HA 4KRTA 3FAWA 1MFVA 2XTKA 4W8LA 3T2QA 1W1VA 5FKYA 2B31A 2OLHA 4P8VA 4DUWA 5JUVA 1HL8A 1BFNA 1OINA 2GK1A 5IHRA 1GQIA 2VUYA 1E1EA 4GXPA 5ECUA 4Q7NA 1RPKA 2D1ZA 1ZBKA 3OB8A 5A2AA 3VIKA 2A3CA 2YOCA 4ACYA 2ZUUA 3RCNA 2YLLA 2W66A 4UFKA 1LG2A 4AZCA 3N18A 1PEZA 2ZX7A 2JEQA 4FLQA 4V2XA 3VGDA 6CGTA 1GVIA 3OGSA 1WDQA 1G5AA 2CXGA 1JZ8A 2VZSA 1R7AA 4D71A 3AIBA 1R87A 3WUEA 1UKTA 1JFHA 3QOKA 3T09A 1QNRA 3HU7A 2F8QA 4P7LA 3ZSTA 3GXMA 1GJUA 4F9DA 1ITXA 5HPCA 2V5CA 4PN2A 1V3LA 2WVTA 4TUFA 3BH4A 2BVDA 4LQ1A 3GNOA 1GQKA 2OYLA 1V3MA 1E6RA 1UKPA 3SCVA 1PIFA 4CUCA 4PSPA 2OWWA 1XD0A 2BY3A 4PUEA 2QV4A 2XM1A 2RGMA 3AFBA 2V3DA 3OG2A 4UQDA 4AZ5A 1B30A 1CLVA 2VX4A 1CIUA 4WKHA 1JG9A 1BG4A 4UZSA 5A69A 1CXIA 3VM7A 4GI9A 5A6MA 1EDQA 1C8QA 3VX0A 1LL7A 3L2LA 1W9BM 1RD6A 1DWAM 4CD8A 2JF7A 1NWTA 3AXIA 1UH4A 1E5JA 4BS0A 4TTGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CTN A;  3WNK A;  1UD8 A;  4J3S A;  4MJ2 A;  2DGA A;  2DSK A;  1JXK A;  5I5R A;  1F4H A;  4KMQ A;  3CZK A;  3WH5 A;  3ECQ A;  1M7X A;  1UWR A;  4AD1 A;  1HJX A;  5FD0 A;  1B90 A;  3FND A;  3AHZ A;  2CPU A;  4PTX A;  2ESC A;  4GZI A;  3BLK A;  2ZUW A;  3SIM A;  3SUR A;  5M5D A;  1OD0 A;  4C7F A;  1UR8 A;  5I79 A;  3PZQ A;  4OZO A;  4AD2 A;  2WSK A;  3OZO A;  1KBB A;  4AZG A;  1V6V A;  1KCL A;  4GI8 A;  5A2B A;  3AYR A;  3KL3 A;  4UFM A;  1OGS A;  4TVU A;  5FOO A;  2VI0 A;  1MW3 A;  3EDF A;  4IM4 A;  1NP2 A;  1DTU A;  1R8L A;  1CXE A;  2ZUS A;  1ZU8 A;  1R85 A;  4AY1 A;  5C8B B;  3UER A;  4P7Q A;  4W7U A;  4JFV A;  3W6L A;  2XUC A;  4N42 A;  1JIB A;  4H2C A;  2VC9 A;  3NSM A;  3MAN A;  3I3B A;  3OGV A;  3VKK A;  1CGX A;  2J7G A;  2XVP A;  4GQR A;  2DT2 A;  4GPN A;  4PMV A;  1LF1 A;  3W28 A;  3HMC A;  1TA3 A;  3WL1 A;  4AZI A;  1WCG A;  2OSY A;  4MB1 A;  2Y4S A;  5GNZ A;  2YL6 A;  2VOT A;  1VJZ A;  3RM4 A;  4E8D A;  3FHA A;  1DWH M;  5FL0 A;  3QGV A;  3HN3 A;  1HVQ A;  1HX0 A;  3ZT5 A;  3QHO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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