2J8FA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (e94q mutant in complex with a disaccharide- pentapeptide)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYQDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage cp-1
total genus 94
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2j8fA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2j8fA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j8fA01
4MNJA 5JIWA 2XM2A 3VD4A 2PWDA 2WMFA 2CKRA 3KE0A 5A6LA 2F61A 3VNYA 4AZBA 2ZX7A 4EK7A 2ZUWA 1K9FA 1Q6GA 1OINA 1Q6EA 2WWCA 3PTKA 5CLWA 2QMJA 3WD3A 1L8NA 3NSMA 4AIEA 4D6DA 4JKMA 2D2OA 3OGRA 1KXHA 2V3FA 4X0VA 2FH8A 1VIWA 1EIBA 1E43A 4N42A 2XGBA 1RH9A 1JDAA 4XX6A 1G0CA 5KZ6A 3VDHA 2D0GA 3WDRA 3EDKA 3I3BA 4RL3A 3N11A 4DWSA 4U31A 2G3JA 3SCNA 3CUHA 1CGUA 1WZKA 4MNKA 4YPJA 1TVPA 4YHGA 1V0KA 2WYSA 1UWRA 1E3ZA 4QLLA 1UR8A 4MB5A 4U5KA 2O9OA 5DMYA 4JKLA 2YJQA 4PYSA 1CGTA 3AICA 4J3TA 3AHZA 4W85A 1VEOA 1Y7VA 3AS3A 5A2AA 4AZIA 5CXPA 1DWAM 3ZO9A 1UG6A 3DYMA 3GZAA 2A3HA 3WF0A 3G6LA 3L4VA 5A2BA 2OLHA 3VIIA 3EDEA 1WAWA 3VIPA 2JIWA 5DEZA 3WUGA 1YQ2A 3IJ7A 4EKJA 4DWSB 5I2UA 2G4FA 3BCDA 3OLGA 5JUVA 2WPGA 4B9ZA 4W87A 1JYVA 3CZGA 4KRUA 3RPMA 3W24A 4YN5A 2EPLX 4PMYA 1WB0A 3WNNA 3PZGA 3B9AA 3TTOA 4JL2A 3NSXA 1HKKA 2XUCA 3K1DA 3VGFA 2XFFA 2F2HA 5CPQA 1Q6CA 3BMWA 1W9DM 3VDAA 1XYZA 1JNDA 2HVMA 3OIHA 2QF8A 1MYRA 4LX4A 3EBVA 1HP5A 2PF0A 3VIFA 1EGZA 4LYRA 1J10A 2WCGA 2WMIA 5CZKA 3UEQA 1JYXA 2VR5A 3K8KA 3EDFA 1CPUA 2VRJA 2YDSA 3L4UA 4GQRA 2QPUA 4J3XA 3UESA 1V6XA 1V0LA 1QNRA 5ABFA 2A3CA 1ODZA 1BG4A 4QLJA 1DHKA 3BH4A 2IUZA 2E9MA 5C71A 3WNKA 5A8NA 3BGAA 3ZSSA 1W2VA 1JD9A 1V0MA 3POHA 1W32A 4NBZA 2EQDA 1E1FA 4ZENA 3NDYA 4JHOA 2WK2A 1WCGA 4WIWA 1HJUA 4NF7A 3M07A 4JAWA 3OLEA 3CUIA 1KR0A 2XFRA 4C7FA 1HJWA 4MNMA 5ABFB 4PMXA 3W4RA 4PMQA 1W91A 1AQHA 4DM2A 6CGTA 3GNPA 4IM4A 1FOBA 3WNOA 4AZ7A 2YA0A 4CCDA 3LPFA 4FK9A 5CSYA 2BXYA 2BY1A 1PX3A 2EPOA 4TVUA 1EA9C 2J4GA 5FKYA 4OIFA 4FLRA 1CENA 4H8UA 4D6IA 4UQEA 3WH8A 1HF6A 4HZ8A 2AOSA 5I6SA 4CVUA 2VCCA 1JZ6A 1HN1A 2ZUMA 1EO7A 1PAMA 5GPRA 4P8UA 1HKMA 1HCXA 3ARTA 4UOZA 4D6EA 1XH2A 1ZBKA 3N12A 2E8YA 1XD1A 1JYNA 2WHKA 1TZ7A 3AXHA 2XSAA 1CECA 2ZICA 2D3NA 1HL9A 1V6YA 3F5KA 3RILA 4HPGA 1TR1A 3GBDA 1LWHA 2FDMA 1GQIA 5HDRA 1WDSA 4HA3A 3ALGA 4LQ1A 4AW7A 2WZHA 4W89A 1ZBCA 2PWFA 2W67A 2C7FA 3SURA 1LL7A 3VIKA 1W1PA 2G41A 4CU8A 1PZ3A 1HXJA 3ZIZA 1KB3A 2CYGA 3MU7A 3OGSA 4UZSA 2E4TA 4R27A 1JF6A 1H8GA 4Q22A 4PTXA 3VILA 3BSGA 4PBGA 4AD0A 5M03A 3WUBA 1NOWA 4D71A 3O9NA 4XB3A 4GQQA 4QCEA 1W3LA 1UR4A 1GOMA 2EEXA 2X1IA 4PCTA 3RO8A 4L4PA 5DO8A 2J75A 1QNPA 3MMDA 3WUFA 3RIKA 5AYBA 2WZIA 3WBAA 4NRSA 1NOUA 3FN9A 2GFTA 2GUYA 1J0JA 3VGBA 3BAWA 3AYSA 1X6NA 1PIFA 1JZ5A 4AIOA 2WVUA 1DWGM 5BXRA 1GOQA 2WVTA 1EOKA 4HZ7A 2WC7A 4GPNA 4CD6A 2X8OA 1GHSA 1BYCA 4OUEA 5BXPA 4HMEA 4W88A 1WPCA 2XWEA 3RJXA 1B90A 1WDRA 2OWWA 3KLKA 1B2YA 1BSIA 4OOZA 1U30A 1C7SA 3PZOA 3ARZA 3WL0A 2E40A 4IPLA 3MMWA 4NSBA 5CQ1A 2V3GA 1GJWA 2VCAA 5C8BB 4CVWA 4F9JA 1QI0A 1JDCA 5E0CA 4PMOA 2ZXBA 2Y2WA 1LL4A 3L4WA 1PBGA 5A6KA 2ESCA 3E1F1 1UZ4A 4E4PA 1I1XA 2W62A 2J7FA 5D8WA 1BF2A 3THDA 3T2PA 3A6OA 1W9XA 1HT6A 4L4OA 2WC4A 1PX4A 1NH6A 5ABEA 4NI3A 3PZVA 1BVNP 5A8MA 3HN3A 1V08A 2DT2A 3AROA 4UOQA 3EMZA 2E9LA 3GM8A 5CGMA 4ACYA 4QAWA 2XWDA 1GW1A 3T08A 1E6PA 4QFUA 3A4WA 5GNYA 5I3DA 5AY7A 1P6WA 1FA2A 1OIFA 3LPOA 4IUGA 3W6LA 3AZRA 1OCQA 3ZJ7A 3QHMA 1QI2A 1FH9A 2X09A 3MSDA 4A4AA 4UFKA 1ZJBA 3UG4A 5BWFA 1CLVA 2QLYA 4BCEA 2WANA 4J3SA 1N82A 3PZMA 2CIPA 3M46A 3CMGA 3RM8A 3WDJA 2QJ6A 4JFVA 2VR4A 4GZIA 4AZ5A 3NUKA 4UNIA 3NDZA 4U5IA 3VKKA 5I0DA 1UR9A 3AJ7A 5A6JA 1UKQA 2ZUSA 1OT1A 4D1IA 3KL5A 4RE2A 4AY1A 4LXFA 4X9YA 1M04A 4CKQA 2CXGA 2CBVA 1CYGA 1JI2A 5FOOA 1UR2A 3SIMA 1QI3A 4V28A 3OGVA 1IZJA 4JIEA 2XFYA 2CESA 1R7AA 3AS1A 3ZOAA 3L4XA 4WK9A 1R86A 3SUTA 2UWFA 3L4ZA 1J11A 1M53A 3THCA 2DSKA 3QHNA 1BQCA 1E71M 2NT1A 3WH9A 1VEMA 3DC0A 5HPOA 3GTNA 4ATLA 1ISYA 3VTRA 3NJ3A 2DDXA 1BLIA 7TAAA 2WM0A 3RDKA 4TTGA 3IAPA 2XTKA 4ZEPA 2BS9A 2ZX5A 3AHVA 1HIZA 1QI4A 4LGXA 4MAZA 3A4AA 4CN4A 2BY3A 3W26A 1R85A 4HPHA 3AIVA 3QOKA 3WKZA 3POCA 2ZUVA 1JGIA 4GI9A 3ZJ6A 2DSWA 3CZLA 1OB0A 4BQ5A 1XHGA 4CD8A 4D6GA 1H11A 3PTQA 1GOWA 4BQ2A 5EFFA 3VDBA 3FHAA 5EFDA 4H04A 2J7DA 3WEOA 3EMQA 3OA5A 2ZUNA 1E6NA 4J3WA 4KH2A 3WSUA 1X1NA 4OKDA 3BLKA 1QW9A 3G6MA 3N9KA 2W92A 4W93A 1V3JA 2VX4A 3AHTA 1IV8A 1JZ4A 3ARQA 4E2OA 4MADA 1E4IA 2G7CA 1XD0A 2WMHA 2QMKA 3AI0A 3KWXA 3CPUA 4CU7A 1UA3A 3II1A 3J7HA 3PZUA 2WMKA 1LQ0A 1ZJAA 2XVPA 1XSJA 1E6XM 2A3AA 4PTMA 5E70A 3MS8A 5D8ZA 4LYQA 3VIHA 2YL5A 1KCKA 5E6YA 1CXKA 2GJPA 3ZJ8A 4KWUA 3KL0A 2CHOA 4PCSA 2BV9A 1E4NA 3D5HA 1XCWA 4P7LA 1XV8A 1SFSA 2F8QA 1LWJA 1C91A 4XZBA 4QCFA 1C92A 4V27A 4OBSA 4F8XA 4HU0A 1EDGA 1WNOA 1W3KA 1UUQA 4MB3A 3HU7A 1QHZA 3S2CA 1UD4A 1EOMA 4FMVA 3NYDA 4LPCA 1BFNA 2CCRA 2WLYA 1OWQA 1NWSA 1VFMA 3SCSA 4CN1A 4QLKA 4AISA 1VRXA 1GCYA 3D3AA 5E0FA 2DH3A 3MUZ1 5BRPA 4TXEA 3VGGA 1DP0A 1WE5A 1W9BM 4JCLA 1H41A 3SUSA 2W66A 3APGA 4AXNA 3BAIA 1MFUA 4XUYA 4JKKA 3VD9A 1E3XA 2WCSA 2XIBA 1GQKA 1UWTA 2W91A 2A3EA 3DYPA 2X8PA 1CTNA 4NBXA 2VRQA 2YLLA 5I5RA 1OIMA 3RM4A 4UQAA 4XZWA 4GIAA 3U5YA 2YBUA 3GH5A 4F79A 2XJ7A 3WQ4A 2VNCA 4AEEA 1J12A 4ATWA 1JI1A 1W9PA 2WW5A 1NM9A 3WQ5A 4GKLA 4WF7A 1ISZA 4HMCA 1QVBA 2YA1A 3TA9A 2BXZA 3ARUA 1LL6A 1H5VA 2EJ1A 5M5DA 1E6ZA 2WXDM 1V3KA 2DH2A 5CSUA 4CUCA 4CD4A 2YL9A 4AZ6A 3UR7A 5HOSA 3QR3A 5D9MA 2D22A 2WB5A 2X2YA 1JZ3A 1B0IA 1BYAA 5AYIA 3VD3A 4BQ3A 1KGUA 4PMVA 4ZXOA 3SCOA 4WSJA 1HKJA 1V6VA 1XSIA 4CCEA 2Y5EA 2FH6A 5EBAA 5F7UA 3SCVA 1M03A 5CLTA 9CGTA 1E56A 5IFPA 2JEPA 1JDDA 1V6WA 1V3HA 1ESWA 3N13A 1TUXA 3VMPA 3WD0A 1VFFA 3VIJA 4D6FA 1CGXA 4B16A 3T0BA 4U3AA 2V3DA 4FLSA 1RP9A 2TAAA 2YA2A 3AOFA 3VINA 3ZT5A 4UTFA 1DEDA 1BPLB 1ECEA 3U7VA 3T2OA 3FW6A 5BXSA 3WQWA 3WD4A 3UETA 3CZKA 1QNOA 3PZIA 4M24A 4PSRA 3HMCA 1OGGA 3WF4A 1V3LA 2NT0A 1B3XA 1GONA 1WDQA 4UFIA 4Y7EA 1TA3B 1J0IA 1CGYA 2WSKA 2J7GA 5FL1A 4UFJA 1JG9A 4GO8A 1QI5A 3N18A 5A6SA 3VD5A 1G1YA 1UQYA 3SEPA 3WIJA 1QBBA 5A8QA 1J0ZA 3ZT7A 1ZBWA 4AD1A 2VCBA 3OLIA 1Q6DA 1O7AA 1WZMA 1EHAA 2FHCA 1EDQA 1KQYA 1UKPA 5FL0A 5A2CA 1AQ0A 3GDBA 2J47A 1C90A 3VGDA 3W0KA 4D6CA 2DIJA 3WDIA 1JNEA 2G3IA 2EPKX 2VVNA 1NWRA 3GXDA 2J78A 4WSKA 2PWGA 1PPIA 1KBBA 4NC0A 2Y8VA 5A6AA 1GPFA 4CN6A 5FCZA 2JF6A 2E0PA 4UFLA 4R5EA 2D0HA 2Y24A 1CWYA 4UOJA 4H8HA 1J0YA 3VX1A 3UR8A 1FHLA 3VO0A 2WHJA 1IT0A 1JZ8A 1NP2A 1E5JA 2PI6A 3U5UA 1TVNA 2J8GA 1B31A 2J8FA 1QOXA 3L2MA 4AZCA 4BS0A 3KL3A 1JFXA 4W7VA 3ZSTA 4HOXA 1E70M 1W1VA 4M8UA 1H09A 4HZ6A 2PBOA 4BQ4A 4LYPA 4DWSC 1J01A 3AXIA 5LA2A 1UWSA 1RD6A 2D24A 1GOOA 1DTUA 2XVNA 1HJQA 1FP9A 3DHPA 3PZTA 3AFBA 4J27A 2JALA 2GSJA 4NRRA 1JD7A 3L4YA 1KR1A 3T0AA 2CBJA 2ZXQA 3LPPA 1H0IA 1ZB5A 2O92A 1HJVA 5IDIA 1GVMA 3L2LA 1U33A 3BAYA 1XRVA 7CGTA 3CUFA 2CNCA 3S6TA 4AD4A 1C8QA 4AZCB 4P7RA 3MUAA 1KWKA 2WVVB 1JL8A 3W25A 3W37A 4HU8A 1ISWA 4GI6A 4U3CA 1O6IA 1UKSA 1JXKA 4H8VA 1MW1A 5TD4A 1UWUA 1B9ZA 4MB4A 3PN8A 4CCCA 3CGTA 7A3HA 2YIHA 2OYKA 5BROA 1MFVA 1UQZA 4AD3A 1J9YA 2BFGA 3GXIA 2J7BA 3AMCA 1V3MA 1W1TA 5I24A 2XSBA 1EHNA 1HJXA 1TMQA 1BAGA 2ZOXA 5ECUA 5A6MA 1QPKA 5C70A 4J28A 2YKKA 3W38A 1KGWA 3ZMRA 5FIPA 3VMNA 4JFWA 1QBAA 4HA1A 2C0HA 1KBKA 3GH4A 4M82A 3B9EA 1GOKA 1UYQA 2PWHA 3FXYA 1ISXA 3A3HA 1E6QM 4P8WA 1NQ6A 5DT5A 4ZFMA 2OSWA 1W9UA 1OD8A 1CNVA 2J77A 1MW0A 4NBYA 3N15A 2VJXA 4UFMA 2DSUA 3IK2A 1UH4A 5A94A 4BZYA 3U57A 2UY2A 2VT0A 4BA0A 4AWEA 1VF8A 1KWGA 4V2XA 1HP4A 1GJUA 4AD2A 1Q4NX 4OZOA 1AMYA 2EO7A 4W8LA 2V5DA 1KQZA 3VOCA 4HOWA 3UG3A 2QV4A 3OBAA 1E1EA 3WQ8A 3MUY1 1KFWA 1OSEA 2BVDA 1C3FA 3HJEA 1XH1A 2DQXA 1QHPA 3MKKA 4U2ZA 4PEEA 4PMNA 4UQ9A 1FFRA 2V38A 3CHFA 1GQJA 3AMDA 2VL4A 4GI8A 1PEZA 1PIGA 4JZ5A 3BMVA 4AZHA 4KGLA 2GJXB 5BYWA 3GXFA 1U2YA 4MTVA 4F9DA 1OD0A 2VRKA 2W63A 3W82A 4OOUA 2WLZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MNJ A;  5JIW A;  2XM2 A;  3VD4 A;  2PWD A;  2WMF A;  2CKR A;  3KE0 A;  5A6L A;  2F61 A;  3VNY A;  4AZB A;  2ZX7 A;  4EK7 A;  2ZUW A;  1K9F A;  1Q6G A;  1OIN A;  1Q6E A;  2WWC A;  3PTK A;  5CLW A;  2QMJ A;  3WD3 A;  1L8N A;  3NSM A;  4AIE A;  4D6D A;  4JKM A;  2D2O A;  3OGR A;  1KXH A;  2V3F A;  4X0V A;  2FH8 A;  1VIW A;  1EIB A;  1E43 A;  4N42 A;  2XGB A;  1RH9 A;  1JDA A;  4XX6 A;  1G0C A;  5KZ6 A;  3VDH A;  2D0G A;  3WDR A;  3EDK A;  3I3B A;  4RL3 A;  3N11 A;  4DWS A;  4U31 A;  2G3J A;  3SCN A;  3CUH A;  1CGU A;  1WZK A;  4MNK A;  4YPJ A;  1TVP A;  4YHG A;  1V0K A;  2WYS A;  1UWR A;  1E3Z A;  4QLL A;  1UR8 A;  4MB5 A;  4U5K A;  2O9O A;  5DMY A;  4JKL A;  2YJQ A;  4PYS A;  1CGT A;  3AIC A;  4J3T A;  3AHZ A;  4W85 A;  1VEO A;  1Y7V A;  3AS3 A;  5A2A A;  4AZI A;  5CXP A;  1DWA M;  3ZO9 A;  1UG6 A;  3DYM A;  3GZA A;  2A3H A;  3WF0 A;  3G6L A;  3L4V A;  5A2B A;  2OLH A;  3VII A;  3EDE A;  1WAW A;  3VIP A;  2JIW A;  5DEZ A;  3WUG A;  1YQ2 A;  3IJ7 A;  4EKJ A;  4DWS B;  5I2U A;  2G4F A;  3BCD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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