2J8GA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (e94q mutant in complex with a tetrasaccharide- pentapeptide)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYQDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage cp-1
total genus 94
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2j8gA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2j8gA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j8gA01
2J77A 1KXHA 4ATDA 2IUZA 2VX5A 4NSBA 3NSNA 5DF0A 4D6CA 1HJXA 4MJ2A 4CUCA 4FLQA 2OWCA 2DSZA 3VIKA 2VCCA 3VU2A 3CBWA 2OYMA 2ZICA 4WLCA 1BVZA 4C7FA 1LWJA 2GJPA 1CDGA 1TG7A 2WANA 4CN6A 1EDQA 3MV11 1B90A 1NM9A 2HVMA 1QW9A 3SCWA 5F7UA 3MO4A 2J75A 1B30A 4AEEA 3RPMA 1KCLA 1RH9A 1XRVA 4U5IA 1NARA 3EMQA 5IDIA 1K9EA 1NWRA 1UR4A 1W9UA 3VMPA 3FHAA 3PZUA 2BS9A 1GW1A 1TMQA 1UWUA 3WH7A 1XHGA 2VRQA 2VI0A 3WH6A 1BYDA 2VRKA 4YHEA 3HU7A 1UWTA 2YL5A 3TTSA 1UD4A 1VEOA 4DWSC 1OGGA 1XCXA 1GUVA 2E9MA 5E9AA 6A3HA 4D6IA 1W1VA 3A6OA 1H09A 2XIIA 2XFRA 2UY4A 2FGZA 1VEPA 2QV4A 1G94A 4B3KA 1EIBA 4L4PA 3WF0A 2G3JA 3CLWA 3OBAA 1UKTA 1QNPA 3CZLA 3WQ6A 2XSAA 3CIVA 3QGVA 4H8UA 4JAWA 1CGYA 4ML4A 1B9ZA 2ZUUA 2ZUSA 4LGXA 4WSJA 2WM0A 1E73M 3EMCA 1S46A 3WMSA 1KQYA 3AI0A 2J7EA 3MANA 4QCFA 3W27A 3ZR5A 1UR0A 1V0LA 4EANA 2XGIA 1EQCA 1UKQA 4UZUA 3BAIA 2F6EA 3QOKA 2GVYA 5E70A 1E40A 1LL7A 2FDMA 3FNDA 2WNWA 5M5DA 3WQ4A 3AS2A 3K4DA 3CMJA 1GQKA 3T09A 2D1ZA 2QLYA 2YA1A 5BRPA 2D22A 2Z1KA 3POHA 5CLTA 1G0CA 5D9OA 2XHYA 3BCFA 2CHOA 1QHOA 2HISA 2OWXA 4U31A 5ABFA 2VTFA 3WD2A 1BGAA 1CGUA 1UH3A 5DT5A 3ZOAA 1JZ5A 1JF6A 4U33A 3TP4A 1MW2A 3N17A 2YL6A 3T0DA 4DUVA 4AD4A 3CUGA 5EBAA 1OM0A 2G7CA 1H4PA 4CD8A 4TVDA 2WMFA 1I75A 1V0KA 4HTYA 5LYRA 1B3VA 4PBGA 4ACZB 2CBJA 3RO8A 2JE8A 1W9XA 1E6ZA 3ARSA 2YA2A 4M82A 1W9BM 3WNKA 2VOTA 2GK1A 2BY1A 2XGBA 2VZVA 3AMDA 1B3XA 6CGTA 1TE1A 1CYGA 3KL5A 3WD4A 4P8VA 1CXLA 2VCAA 1VEMA 1ZBVA 5A8NA 1HIZA 1E6QM 1P6WA 4MB3A 2F8QA 1E6XM 4UQ9A 4C7GA 3N15A 1E4IA 2QPUA 1H2JA 4MNJA 3UG5A 1MYRA 1GZJA 4TXEA 4XB3A 1MFVA 2PBGA 1V6YA 2WZHA 3ALFA 3AQUA 4CGTA 1KR1A 1XC6A 3ZSTA 1US3A 4PYSA 4S3KA 5I0DA 1UR8A 3OG2A 4HU0A 3SCSA 1JAEA 2BHUA 4HZ6A 1GNXA 3I3EA 3GH7A 4JKLA 3WIJA 4D6FA 1V0NA 4J28A 1UZ1A 5GPRA 4MNMA 3BAXA 5A69A 1W3JA 2ZX5A 4D71A 4W7VA 1E43A 2WBGA 3AMLA 3CHDA 1NWTA 4PMNA 4LXFA 3ZSSA 1OCQA 4D72A 1M03A 1E6PA 1K9FA 1CBGA 1VBRA 1FA2A 4CVWA 1W1PA 2FHFA 4PTVA 1WDQA 5ABFB 2E8YA 1MXDA 2ZXAA 5A6JA 4W5ZA 3ZR6A 4D6DA 4AC1X 3OGRA 1ZJAA 1MQRA 1GHRA 1A3HA 3L4UA 2Y4SA 5ECUA 1OINA 3VUPA 1CIUA 3MSGA 1VAHA 3T0BA 1XD1A 1ISVA 2ZUWA 4P8XA 2DT2A 1NWUA 4B15A 3FAXA 2V3EA 3N04A 2VR5A 3MU7A 1BAGA 1LQ0A 1WAWA 1ISWA 4Z2LA 2XM1A 2WMKA 4BQ2A 2OYLA 3GZAA 4JHZA 2CBUA 4QLLA 4KH2A 2ZX7A 1C7TA 3CZ8A 3VNZA 1M04A 5GNZA 1V3MA 2GK1B 1K9DA 4BQ5A 2AOSA 3GH4A 4CVUA 4PTMA 1RP8A 1PPIA 5E6ZA 2D2OA 3WMBA 1JDAA 3WN6A 3EDJA 2WSPA 1UG6A 4ZENA 1CGWA 3SIMA 3SCQA 2E9LA 5I23A 3CHFA 5A95A 1ISXA 1VFOA 4JCMA 1ZU8A 1NH6A 1ISZA 3AMCA 2XM2A 4TUFA 5HPCA 4Z2HA 2UY2A 8CGTA 2C7FA 1MQPA 2FH6A 3VMOA 3A4XA 5A8OA 3PZIA 1DWGM 2EQDA 1LLOA 4CKQA 1E6SM 1KCKA 1O6IA 4JKMA 2XJ7A 2XVLA 2CCRA 3HN3A 3WD3A 3MMWA 3N1AA 5JIPA 1E70M 4OJYA 5FD0A 3ARVA 3AXXA 3L2LA 2W63A 2X0YA 5HDRA 2QHAA 4GXPA 2A3CA 4FK9A 1TCMA 3MUY1 4MAZA 1EGZA 4NZCA 3ARZA 4M29A 4PSRA 3ZMRA 3RDKA 3W0KA 3TTOA 3WMCA 5EMYA 1GOIA 3QHMA 5A6MA 1NP2A 2VC9A 1OB0A 4NI3A 1DEDA 4U2ZA 8A3HA 4PUEA 2Z1SA 3PBGA 1OSEA 2WVUA 1BYAA 4M24A 3DYPA 2YIHA 3GXMA 4AD2A 4Q22A 3KLKA 2UWFA 2DPEA 3GBEA 2W91A 4KWUA 3HZ3A 2QF8A 4PMVA 3WUGA 5A94A 4JFSA 2CESA 2OWWA 3WNOA 3VD3A 4KGLA 4MB5A 4DWSD 2V5DA 2XVKA 3ARTA 1V3LA 3WNLA 4GINA 1U30A 1MW3A 1HNYA 1R85A 1H1NA 2WZIA 2YDRA 4W93A 2DSKA 1PZ3A 4WK9A 3SUWA 3AICA 2X8PA 5A2AA 5D9MA 2VX6A 3VTRA 4Z2GA 4J3UA 1HJWA 2WHLA 4HA3A 5ABGA 1BQCA 1MW0A 3ALGA 1J0KA 3BCDA 1KBKA 3FXYA 3L4VA 4EK7A 3KE0A 4A3HA 4UOZA 1HKKA 1E4LA 3TTYA 1E5JA 4ATWA 5C70A 1KQZA 1XYFA 5M3WA 1U33A 2VVSA 4MDOA 4HOZA 1UOKA 2D3NA 4GPNA 1XH2A 1UA3A 2O9RA 4AZ6A 4EAMA 5LA1A 3VIGA 1OT1A 3GBDA 2ZWZA 2WMGA 1EH9A 3PZTA 1DP0A 4FMVA 4V27A 4GO8A 2OSYA 2V05A 1FFRA 1PBGA 1HVXA 2A3BA 5D4YA 4ZFMA 2VZSA 4LYQA 1DWHM 3TTQA 4AZGA 2X1IA 3WL1A 2V3GA 4OZOA 4XZBA 3WUEA 3W26A 4FLOA 1XH1A 3KWXA 1ESWA 2VNCA 3RMEA 1MWOA 3NSXA 3F5JA 2BHYA 4TTGA 5GNXA 2EXOA 4NBYA 1JZ7A 3IANA 5BRQA 3DYOA 3BSHA 1VENA 4GZEA 4B16A 1ZBWA 4D1IA 4E8DA 3G6LA 3MUIA 1IT0A 1US2A 2O9TA 2F61A 1E56A 2MANA 2XVNA 4UNIA 4Z2KA 4TOQA 2QPSA 1KGWA 3AIEA 4HA1A 3CZKA 2ZOXA 4GI6A 3CHCA 3EDEA 3KL0A 2Y8KA 1JDDA 2J7CA 4KGJA 4UZSA 1G01A 3OLEA 2Y5EA 3EYPA 3KEHA 2RGLA 1HT6A 2YKKA 4QFUA 4V2XA 3WDQA 2GSJA 1UD2A 1J12A 1F4HA 2XVGA 4F9JA 3B9DA 4DUXA 5IFPA 1CXEA 4KRTA 4UR9A 3VO0A 3W82A 1UKOA 1RD6A 4D6HA 1D7FA 4D6GA 2JF6A 3GH5A 5ABEA 4M81A 1WE5A 4QLJA 1O7AA 2FGLA 3A3HA 3ZQ9A 2W4XA 3BSGA 2E4TA 3ZJ7A 2ZIDA 3VPLA 1UWIA 2WKGA 3W81A 1E71M 4DUWA 1QVBA 4AD3A 3DYMA 2X8OA 3MMUA 1GVIA 3AFBA 2DT1A 3L4WA 2A3AA 2J62A 5E0CA 1XV8A 1EHAA 1V3KA 2ZXQA 3VGBA 3BXWA 3PZOA 1JYNA 1KWKA 3I3BA 2W5FA 1GOWA 5E0FA 3VIFA 2Y24A 3SUUA 1PX3A 1U2YA 4BQ3A 2PWFA 3VILA 3VM5A 3EDKA 1DWIM 4JFWA 4PEEA 2YJQA 5BYWA 2WVSA 2XG9A 3CUFA 4H04A 4HMCA 1OBAA 1QBAA 1VRXA 3CGTA 1C8YA 5A6BD 2CERA 4NRRA 4CD7A 1HKJA 2V3DA 3GTNA 5D8ZA 3K8MA 1E0WA 1EDGA 4N42A 3NSMA 2WW5A 4ZXLA 4AYSA 2JFEX 2ZUTA 1CXIA 1LG1A 2O92A 2BVYA 1KGUA 3PN8A 2OSWA 3PZMA 3SEPA 2BMLA 2WMJA 3CH9A 2DIJA 2D0HA 1H49A 2YLLA 1E9LA 3I3DA 3GNRA 1J11A 3SURA 1OIMA 2BXZA 2OLHA 1UQZA 4HPGA 4W8BA 1JI1A 3HJEA 1CGVA 4JCLA 1JGIA 4M80A 3W4RA 1GOQA 3WDHA 2XWDA 5CG0A 5BXTA 3GNPA 5DT7A 4MB1A 4PMDA 1CGXA 1GOKA 1SMAA 5M17A 1CECA 1UWSA 1A47A 1FH7A 1C93A 1UH4A 2ZX6A 2F2HA 1BYCA 3NCOA 4D6JA 3LPFA 2E9BA 2J79A 4AW7A 1PX4A 4C7DA 1JDCA 2VT0A 1JL8A 5A2CA 5CZKA 2NT0A 1E3ZA 2O9OA 3GXFA 3OGVA 2J47A 4UTFA 1B3WA 3FN9A 5C71A 3WDRA 1ZB5A 3WUBA 2XIBA 3VIIA 4CD4A 1D2KA 1RP9A 2J8FA 4PMQA 3AXHA 4AMCA 5IXEA 3UG4A 1JNDA 2DH3A 1CLXA 3AMKA 3BMVA 1E1FA 5D8WA 2VZTA 3W6LA 3EBVA 1GVYA 2J25A 4J27A 3B9AA 3WEMA 3BMWA 2WB5A 3BAWA 1EDTA 1HX0A 5D9PA 2XFYA 2UY5A 4UFIA 2WAGA 3CHEA 1W9DM 4NBZA 1QI4A 1F4AA 3B8SA 3F5LA 3MUZ1 1ZS2A 5CXPA 5A8QA 7TAAA 3AS3A 2CKSA 2ZX8A 1WZMA 3CUJA 3ARWA 2QMKA 4H7VA 3WH8A 1HF6A 2G3NA 3L4ZA 5CGMA 1E5NA 3BC9A 4JFTA 2CETA 3L4TA 4IM4A 3AISA 4W7WA 3PTMA 4U3AA 4F79A 3UESA 3N13A 2VQUA 4PSPA 3DHUA 4GI8A 1G5AA 2E8ZA 1BGGA 4WF7A 3RM4A 1OWQA 3GXDA 1V3HA 5FKYA 4QP0A 2CHNA 2EPLX 1QNRA 3FHQA 4GQQA 1UR1A 2PWGA 3BLPX 3PZGA 1QI2A 1R7OA 2D0GA 1W9VA 2O9PA 2V5CA 2QMJA 2D20A 1KXQA 4H41A 4AZIA 1L0PA 4LX4A 4TVCA 2VYUA 1UA7A 4OKDA 1J10A 3L4XA 5E6YA 3WH9A 4R5EA 5FCZA 3UG3A 4P7LA 1D3CA 3VX0A 4OBRA 4HA4A 4XUYA 5BCAA 2ZWYA 2WVTA 1SMDA 2BY3A 1QOXA 3OLIA 3W53A 3WD0A 2FHCA 2E40A 5BROA 1KB3A 1Q6DA 4AIUA 3KLLA 1JZ4A 4NC0A 3LPOA 2BNJA 2WHJA 4UQEA 2X8RA 2J8GA 3MKKA 5A1AA 1C90A 4E2OA 3AYRA 4E4PA 3S6TA 4HZ8A 3UR7A 4U2YA 1B0IA 1NWSA 2BFGA 1B3YA 4HU8A 4W86A 1V6WA 2CBVA 4B9YA 5IFTA 1V02A 4AYGA 1R8LA 1WCGA 4JL2A 3SCUA 1H11A 3LPPA 3T2OA 3ZM8A 1H0GA 3U57A 1B1YA 2WVVA 1PZ2A 2J74A 2BY0A 1Q6CA 3AIRA 1QPKA 1ITCA 2CXGA 3AYSA 1JFHA 1AQHA 1BYBA 2OSXA 5I6SA 2GDVA 4TTUA 3VIMA 5A3HA 4IISA 3W28A 5HXMA 1FOBA 4QDMA 1NP0A 5BXSA 1ODZA 4CN1A 3WL0A 5E09A 1IV8A 2WWCA 2VO5A 1J0ZA 1OD0A 1YQ2A 3BH4A 4F8XA 1OIFA 4AWEA 3WF1A 1JAKA 5AY7A 4Q7NA 4FLRA 3ZJKA 1X6NA 2X0HA 3GDBA 5LA0A 3RIKA 4W87A 2DSWA 1TA3A 1JXJA 5HNNA 4QLKA 3OGSA 5A8MA 1K9TA 1TFVA 4AY1A 3L2MA 3SCOA 4S3JA 2WCGA 4UQAA 2JIWA 5A6AA 3PZQA 1E6NA 3AIVA 4AIEA 1EO5A 3K46A 4GZJA 3JUGA 1VJZA 4J3XA 1E15A 3WD1A 1Q4NX 1FFQA 3VDAA 3VIHA 4PMXA 1LJYA 1MQQA 1EQPA 7A3HA 3HIAA 4PMUA 2DH2A 1IZJA 4UFKA 2WLYA 4B9ZA 5DEZA 2XUCA 3ZT5A 4QCEA 1E0VA 4M8UA 2ZXDA 1V0MA 4A3YA 3SCNA 1CENA 4YN5A 3M7SA 3NDYA 1TR1A 1WDSA 1JIBA 3AIUA 3WQWA 4RE2A 5A6SA 1JXKA 3CZGA 3WDPP 1ZJBA 4U3CA 1GJWA 3F4VA 4OUEA 3WSUA 2WSKA 4OBSA 2PWHA 1BVNP 1JD9A 3HMCA 2YL8A 1UD8A 1C3FA 2BHZA 2WVVB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J77 A;  1KXH A;  4ATD A;  2IUZ A;  2VX5 A;  4NSB A;  3NSN A;  5DF0 A;  4D6C A;  1HJX A;  4MJ2 A;  4CUC A;  4FLQ A;  2OWC A;  2DSZ A;  3VIK A;  2VCC A;  3VU2 A;  3CBW A;  2OYM A;  2ZIC A;  4WLC A;  1BVZ A;  4C7F A;  1LWJ A;  2GJP A;  1CDG A;  1TG7 A;  2WAN A;  4CN6 A;  1EDQ A;  3MV1 1;  1B90 A;  1NM9 A;  2HVM A;  1QW9 A;  3SCW A;  5F7U A;  3MO4 A;  2J75 A;  1B30 A;  4AEE A;  3RPM A;  1KCL A;  1RH9 A;  1XRV A;  4U5I A;  1NAR A;  3EMQ A;  5IDI A;  1K9E A;  1NWR A;  1UR4 A;  1W9U A;  3VMP A;  3FHA A;  3PZU A;  2BS9 A;  1GW1 A;  1TMQ A;  1UWU A;  3WH7 A;  1XHG A;  2VRQ A;  2VI0 A;  3WH6 A;  1BYD A;  2VRK A;  4YHE A;  3HU7 A;  1UWT A;  2YL5 A;  3TTS A;  1UD4 A;  1VEO A;  4DWS C;  1OGG A;  1XCX A;  1GUV A;  2E9M A;  5E9A A;  6A3H A;  4D6I A;  1W1V A;  3A6O A;  1H09 A;  2XII A;  2XFR A;  2UY4 A;  2FGZ A;  1VEP A;  2QV4 A;  1G94 A;  4B3K A;  1EIB A;  4L4P A;  3WF0 A;  2G3J A;  3CLW A;  3OBA A;  1UKT A;  1QNP A;  3CZL A;  3WQ6 A;  2XSA A;  3CIV A;  3QGV A;  4H8U A;  4JAW A;  1CGY A;  4ML4 A;  1B9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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