2JFEX

The crystal structure of human cytosolic beta-glucosidase
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
459
structure length
459
Chain Sequence
FPAGFGWAAATAAYQVEGGWDADGKGPCVWDTFTHQGGERVFKNQTGDVACGSYTLWEEDLKCIKQLGLTHYRFSLSWSRLLPDGTTGFINQKGIDYYNKIIDDLLKNGVTPIVTLYHFDLPQTLEDQGGWLSEAIIESFDKYAQFCFSTFGDRVKQWITINEANVLSVMSYDLGMFPPGIPHFGTGGYQAAHNLIKAHARSWHSYDSLFRKKQKGMVSLSLFAVWLEPADPNSVSDQEAAKRAITFHLDLFAKPIFIDGDYPEVVKSQIASMSQKQGYPSSRLPEFTEEEKKMIKGTADFFAVQYYTTRLIKYQENKKGELGILQDAEIEFFPDPSWINVDWIYVVPWGVCKLLKYIKDTYNNPVIYITENGFPQSDPAPLDDTQRWEYFRQTFQELFKAIQLDKVNLQVYCAWSLLDNFEWNQGYSSRFGLFHVDFEDPARPRVPYTSAKEYAKIIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords CYTOSOLIC BETA-GLUCOSIDASE
publication title The Crystal Structure of Human Cytosolic Beta-Glucosidase Unravels the Substrate Aglycone Specificity of a Family 1 Glycoside Hydrolase
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 163
structure length 459
sequence length 459
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2jfeX00
4IM4A 4MJ2A 1XRVA 2J7BA 2D0FA 4MDPA 3MANA 5D9MA 4ATDA 1UH3A 3ZSSA 3A6OA 1GW1A 5BXRA 3VGGA 5JIPA 1H0GA 3M7SA 2VR4A 2WMJA 4GZEA 4W8BA 2TAAA 4PRWA 2PWGA 1KB3A 3WEZA 3N04A 3JUGA 1OGSA 1W9DM 3VDCA 1VEPA 1BPLB 2J7FA 4M8UA 1J01A 1PPIA 5IFPA 5TD4A 4U2YA 3MUAA 2JFEX 3T08A 3K4DA 1KQYA 2X05A 2BY0A 1V6XA 1JZ4A 4URIA 2ZXAA 3TONA 3UETA 1IV8A 2VZVA 1ZBCA 5LYRA 3W0KA 4ZENA 3GDBA 2A3AA 4U33A 2WYSA 4CD7A 3N18A 5M5DA 2VQTA 3EBVA 4BQ3A 1UKTA 1TMQA 2VZUA 4U2ZA 4Z2IA 1WO2A 5EFDA 3K8MA 2PWDA 4GO8A 1W1VA 6TAAA 1JZ6A 2JIEA 4MNKA 2CKRA 4AD4A 2V3DA 3WF3A 1BGAA 1K6AA 4HU0A 3SCRA 4TVCA 4N42A 4PTMA 1WE5A 1LG2A 4HU8A 3AMLA 2JEPA 2BXYA 1V3HA 2IXVA 2VZSA 3F5JA 5GNXA 1W91A 1XHGA 1GQKA 5FIPA 1CXLA 2XFRA 3K46A 3RPMA 1OINA 2QMJA 3SURA 3VX1A 5IXEA 5ABGA 3W37A 3L4WA 1E6NA 1JDCA 1MWOA 4HOZA 2ZWZA 1XV8A 2F8QA 3AXXA 2J8GA 4XUYA 3A4XA 2G4FA 3OGSA 3WN6A 2WSKA 2PI6A 4OUEA 1LLOA 2XWDA 4H8VA 1UKPA 3IANA 1QHOA 4WJXA 1QI3A 3ALFA 3VIHA 3WH6A 3BGAA 1JFHA 5CPSA 2VURA 3GXDA 3KEHA 4HOWA 3GXFA 1V02E 4UOQA 4PTVA 4U5KA 2GDVA 3BMWA 3NSXA 1DHKA 4P8UA 4AXNA 2CEQA 2O9PA 3AROA 3GXMA 5FKYA 4WSKA 3MV11 1B3ZA 4AD3A 3AS3A 2V5CA 4PTXA 1BG4A 2YBUA 4WSJA 4W8AA 1UD4A 1UR0A 4JKMA 3J7HA 4MNJA 1W9BM 3T2PA 1BHGA 2WVTA 3AI0A 4K68A 4TVUA 3ZJ8A 4XX6A 4KH2A 2UY2A 4W87A 2JE8A 4AMCA 3AZRA 5A8NA 1W3KA 3AYRA 1H4PA 1UYQA 2J78A 1K9TA 1XD1A 5EFFA 2X2YA 1OD8A 1UKOA 3VX0A 3W6MA 3ZIZA 4XZBA 3OBAA 5EMYA 1JFXA 3VGHA 5BCAA 1C93A 4TTUA 4MDOA 2ZWYA 3K8KA 3WUFA 1VEMA 4W7VA 1Q6FA 1WZAA 4L4PA 1A47A 3VD9A 4M24A 2GSJA 4M29A 1NWTA 2EPOA 1KGXA 3SCSA 1ZJAA 1EQPA 4B9YA 1CNVA 1C92A 3MSDA 1H5VA 2O9TA 2PBOA 2YA2A 2CHNA 1GZJA 5I24A 3WDHA 5CSYA 2D24A 2XFFA 3N17A 1SMAA 1DWFM 2W4XA 1LWJA 1PEZA 4HOXA 1UA7A 3O6AA 1TVNA 1LJYA 4PSRA 5I0DA 1ISXA 2XUCA 1E1FA 3VVGA 3K4AA 5HPOA 5E0CA 1C7TA 3WH8A 3T2QA 4IISA 1E6XM 5CXPA 3MV01 4OIFA 4ACZA 1C3FA 4TTGA 3VO0A 5ABFA 1A3HA 1FFQA 5D9PA 2X8RA 3WQ8A 2J25A 4M56A 3CIVA 4EE9A 1CTNA 2XGIA 1CLXA 3GXIA 2D22A 1AQMA 2J7HA 3ARTA 1GHSA 1JZ8A 2QMKA 3OA5A 1GOOA 3VD3A 3QOKA 2OLHA 2A3BA 3IAPA 2WBGA 4CU7A 1J12A 2Y8VA 1H2JA 1VEOA 4PTWA 3NSNA 5I78A 3W29A 1US2A 4F9JA 3OLEA 1WZMA 1EHAA 1HX0A 2JALA 2PB1A 3SEPA 2XG9A 4D6FA 1HKMA 5ABFB 1ZU8A 3CMGA 1EOKA 1JZ3A 5HBFA 3A4AA 1W1PA 3WL1A 5KEZA 2D23A 3GNPA 3L4TA 3MMDA 2OYLA 5A6AA 1CXIA 4IPLA 3L4UA 5I79A 5C70A 2OWXA 4EAMA 5HXMA 4AZIA 3IAQA 5JUVA 1GOQA 4ZE4A 2XWEA 1J0KA 3PZGA 2DDXA 1B3YA 2B31A 3VIIA 4J27A 3E1F1 4QLLA 3GZAA 4LQ1A 1HJSA 3VD5A 4B15A 2D0GA 5EBAA 2W62A 3VIGA 4GQQA 1D3CA 2CBIA 1HP5A 5FL0A 1EIBA 1UUQA 2WLZA 5LA0A 2E9LA 3TP4A 4P7LA 2VVSA 3WH9A 3AIEA 3PZOA 1MXDA 1D2KA 5ECUA 1EH9A 4CUCA 2AOSA 1C7SA 1CXEA 2ZUTA 4Z2GA 1Q6EA 1NWSA 1C8XA 5JBFA 3QHMA 5FCZA 1TCMA 2WMFA 4B3LA 1BTCA 3W26A 1CGTA 4S3JA 1JYVA 3WNMA 5AYBA 1CGWA 3MMUA 2FHBA 1HL8A 2G8ZA 4FF5A 1D7FA 1UR8A 1GUVA 3QOMA 3AXIA 3WQVA 1FA2A 1M03A 1E6PA 1PZ2A 3AICA 4UQCA 2WHLA 3LMYA 2W5FA 4P8WA 1DTUA 4D72A 3CZ8A 2VX5A 4JKKA 2AAAA 1EQCA 4OBRA 4DWSC 3KL0A 4XZWA 2E3ZA 4TOQA 3NCOA 2DH2A 3SUTA 1CLVA 3PHAA 2VJXA 3ARWA 3A4WA 2EQDA 1CGUA 2YBTA 2DT2A 2EPNA 1DWHM 3SCQA 2XGBA 2YLLA 3OIHA 5A6KA 1JYNA 3UESA 3BAXA 5BYWA 1I1XA 1ZBWA 2WW5A 5JBEA 4PN2A 5GQBA 3WMSA 3WDJA 1UR2A 4RE2A 2G3NA 4P7NA 4D6EA 3PZMA 2VRKA 4JCMA 4KMQA 1QPKA 1CXFA 2Y24A 3CZKA 1NM9A 1KCLA 1JAEA 3EMZA 3ZR6A 1JF5A 3WEMA 1ZL1A 1MW2A 2X0HA 2ZX5A 4UQEA 4EK7A 1E56A 4BS0A 1GORA 4UFLA 1WCGA 4JFWA 3AS1A 3BMVA 3WNNA 1NP0A 4X0NA 4HA3A 1CEOA 4BQ5A 4JZ5A 2PBGA 1ISWA 2UY4A 5GNYA 3WQWA 4AY1A 2A3EA 3CZLA 1JI1A 4AD2A 1V6VA 2AMGA 4MJ4A 3N13A 4AZ7A 1DWJM 2IXUA 1QOXA 4P8VA 1P6WA 2J74A 3MUZ1 3QR3A 1OCQA 1J18A 4MB3A 3WELA 5M3WA 2NW0A 4GIAA 1KCKA 1Q6GA 1IZJA 1W2PA 3W53A 1SFSA 4DWSD 1BYBA 4DWSA 3N15A 2CNCA 4U3CA 4Z2JA 3EMQA 2WBKA 1PIFA 4WF7A 1QI4A 1EO5A 3ALGA 3KWXA 3RM4A 2D3NA 1B3WA 5A6BD 5E9AA 2WC7A 1ISVA 5A6BA 1UZ4A 2DQXA 1CPUA 4S3KA 4ZE5A 4D6JA 2CKSA 4QCFA 1UR1A 1B1YA 1US3A 3HN3A 1MQPA 1B9ZA 3DYMA 1CIUA 4LX4A 3AS0A 2RGLA 2DT3A 3GYCA 2VVNA 1BG9A 3LPGA 4U31A 1B0IA 3BAYA 2ZUWA 3AHYA 4DM2A 1E5NA 3I3EA 1YQ2A 4HPGA 4HZ6A 3WD1A 2F61A 1QHZA 4BQ4A 4Q7NA 4LPCA 2EEXA 1ZJBA 1MQRA 2CITA 3WBAA 3VDHA 1HL9A 2ZUVA 3OZOA 2ZXBA 1JGIA 2DSZA 1C8QA 1MW0A 4GINA 4GO9A 4AZ6A 4J3UA 5FOOA 3MKKA 3TTSA 2QV4A 4NZCA 3WBEA 3VOCA 2WCSA 1XH0A 2HVMA 2BV9A 3CZGA 3WQ5A 4JKLA 1O7AA 1TUXA 1WDRA 4AZHA 1ODUA 3DHPA 5BXPA 1CXKA 1JZ5A 5E6YA 2DT0A 3WH5A 4H7VA 1G9HA 2C0HA 3AHVA 3S2CA 2D3LA 1G01A 5CPQA 2WC3A 4W89A 1UWQA 1TA3B 1JNEA 2ZOXA 2WLYA 4CU6A 1XSJA 1QNSA 1TZ7A 2JEQA 2EPLX 4ACYA 1V0KA 5CGTA 4UFHA 4AZCA 1HP4A 1GHRA 2BY3A 1DWAM 1R87A 2WVVA 4E8CA 8A3HA 1KR1A 2BVYA 4P8XA 2E8YA 4B3KA 1VRXA 3AYSA 1J9YA 3TTYA 1I1WA 2DPEA 3LPOA 4MAVA 3M46A 4E2OA 2EO7A 3HMCA 1E4IA 2ZX7A 3OLGA 2OSWA 3PZNA 3VIJA 4NF7A 4JIEA 5FD0A 1J0HA 2G3IA 4IUGA 3CHEA 4UFKA 3VDAA 1TFVA 2J79A 3SUUA 4V27A 2V38A 4TX6A 3VGFA 1NWUA 4AZCB 4P7RA 2XIBA 1OT1A 2WVVB 2OSYA 2PF0A 2XFYA 1CDGA 4OKDA 3CPUA 4AEEA 2VCCA 3ZMRA 1WB0A 4UQBA 3AZTA 3FAWA 3CTTA 3EMCA 5C8BB 3WDRA 2VL4A 1KR0A 3MU7A 2VMFA 1R8LA 2VC9A 2VZOA 3II1A 4A3HA 1C90A 3K8LA 4BQ2A 4N0RA 1CENA 1RD6A 3WDQA 1FFRA 2J75A 3AIBA 5A6SA 4H2CA 1BYCA 3ARUA 4JHZA 5A2CA 3EDFA 3EDDA 3WD0A 3WENA 4FK9A 4W7UA 4U3AA 1H09A 4B9ZA 1FP8A 4HMDA 3T2OA 3GBEA 4UNIA 2WMHA 1GOMA 4MTVA 1QI0A 1KBBA 2DSWA 1UD6A 2ZUMA 4U5IA 1OBAA 3BSGA 3I3BA 3PZIA 1AQHA 3AMDA 2CPUA 1EOMA 4TX8A 2FGZA 5HOSA 2WHKA 4NI3A 5CZKA 4R5EA 6A3HA 1B90A 3NSMA 3N9KA 4KWUA 2XM1A 4A3YA 1W1YA 2J4GA 1UD3A 2XSBA 3TTOA 4UR9A 5A6LA 3APGA 1RH9A 4CD6A 3W28A 2XTKA 5CLTA 3T0DA 1V3MA 2WKGA 3CUGA 3U5YA 3AMGA 1LL6A 3W38A 2XVPA 5A1AA 2O9OA 1UH4A 5D4YA 4PMNA 7TAAA 1U33A 3BSHA 3ZO9A 3WNOA 2ZUUA 3CBWA 1TR1A 2CBJA 5HDRA 1TG7A 4FLQA 8CGTA 1QNPA 1Q4NX 1JYXA 2VX6A 3RJYA 3B9DA 4UFMA 1FP9A 1E40A 2Q8XA 2JIWA 3GM8A 2GJXA 1E6RA 1JXKA 2EPMX 2ZE0A 4DUXA 4BCEA 1HXJA 3QHOA 4M82A 4X9YA 3GH4A 3B9EA 3RILA 3W6LA 3ZJ7A 4C7DA 1G94A 3ZQ9A 3WNLA 1H11A 1VFUA 1HJWA 1FH7A 3VIPA 5HPCA 1DWGM 3G6LA 3PBGA 1AVAA 4AWEA 3POCA 2DGAA 1ESWA 1QBAA 2W91A 2YDSA 3HJEA 2Y4SA 3QHNA 4H04A 1VFMA 2EXOA 1OM0A 3EDEA 3RJXA 3W82A 1VJSA 4UQAA 2GJXB 2C8NA 5E6ZA 1PX4A 2Z1SA 3NYDA 2XVNA 2WHMA 4QP0A 3SCPA 3W27A 1OD0A 4C7FA 2BY2A 4UOJA 1HVXA 3SCOA 5A2BA 3OG2A 1JIBA 1JXJA 1CXHA 4CD4A 4OJYA 1BF2A 3WY1A 1FH9A 2J7EA 1E6ZA 1G0CA 1HIZA 4J3VA 1UD8A 3VIKA 3A3HA 4P7QA 3AOFA 3WF1A 1J0IA 3G6MA 1H0IA 5I3DA 1JDAA 2JF6A 4CGTA 1J11A 3FNDA 2BVDA 4OOUA 3DC0A 1LL4A 1H3GA 1BLIA 2XIIA 4ATWA 2CETA 1W9XA 3IJ9A 3T09A 1DP0A 4B16A 2YOCA 1J10A 3BH4A 1HF6A 1GVIA 3POHA 1HKKA 2NSXA 3WKZA 2VUYA 1ITCA 1XYFA 1H1NA 1JD9A 3CO4A 4W88A 3AMKA 4TVDA 1PJ9A 1HVQA 4W85A 3EDJA 4KGLA 1MW3A 1V3IA 1QVBA 5DT5A 3W24A 2YDQA 2D2OA 1E15A 4GI8A 3RM8A 3VUPA 1KWGA 1WP6A 1F4AA 1MQQA 2GK1B 1OIMA 2YA1A 3AISA 4CU8A 3NIYA 4LYRA 2WSPA 2ESCA 4D6IA 4DUWA 1UZ1A 3SUVA 3ARQA 3B9AA 4F8XA 5D9OA 1NH6A 3UG3A 1V0LA 3VGEA 1UR9A 5D9NA 4UZUA 1N82A 3DECA 3FHAA 1M04A 2D1ZA 3AHXA 3VIMA 1E73M 3CUJA 4ZXLA 3GH5A 3U57A 2BHYA 1RPKA 2G3MA 2MANA 2BFGA 4J3XA 4DM1A 1JF6A 2WANA 1UHVA 2D0HA 4CCDA 1W3LA 4H41A 1VAHA 3U5UA 3EDKA 1I75A 1BYDA 5DEZA 3ZJKA 3PZTA 4R27A 1XCWA 4PMQA 2VQUA 3AIQA 5I77A 5BWFA 1GVYA 2E9MA 3UERA 3VGBA 2VX4A 1R85A 4PCTA 2GVYA 2CCRA 5A95A 2V3FA 3UR7A 3BAWA 4FLRA 2V3GA 5CQ1A 4NRRA 1XSKA 4UFJA 5LA2A 2EBNA 3L4ZA 3UG4A 1GOWA 3WSUA 4LYQA 1VJZA 1Q6DA 4Z2LA 5E09A 3OB8A 3A47A 2XPKA 3VMNA 4AC1X 2WVUA 1UWUA 1NWRA 1UD2A 5I23A 1WZLA 3CUHA 3TA9A 3WNKA 1E72M 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IM4 A;  4MJ2 A;  1XRV A;  2J7B A;  2D0F A;  4MDP A;  3MAN A;  5D9M A;  4ATD A;  1UH3 A;  3ZSS A;  3A6O A;  1GW1 A;  5BXR A;  3VGG A;  5JIP A;  1H0G A;  3M7S A;  2VR4 A;  2WMJ A;  4GZE A;  4W8B A;  2TAA A;  4PRW A;  2PWG A;  1KB3 A;  3WEZ A;  3N04 A;  3JUG A;  1OGS A;  1W9D M;  3VDC A;  1VEP A;  1BPL B;  2J7F A;  4M8U A;  1J01 A;  1PPI A;  5IFP A;  5TD4 A;  4U2Y A;  3MUA A;  2JFE X;  3T08 A;  3K4D A;  1KQY A;  2X05 A;  2BY0 A;  1V6X A;  1JZ4 A;  4URI A;  2ZXA A;  3TON A;  3UET A;  1IV8 A;  2VZV A;  1ZBC A;  5LYR A;  3W0K A;  4ZEN A;  3GDB A;  2A3A A;  4U33 A;  2WYS A;  4CD7 A;  3N18 A;  5M5D A;  2VQT A;  3EBV A;  4BQ3 A;  1UKT A;  1TMQ A;  2VZU A;  4U2Z A;  4Z2I A;  1WO2 A;  5EFD A;  3K8M A;  2PWD A;  4GO8 A;  1W1V A;  6TAA A;  1JZ6 A;  2JIE A;  4MNK A;  2CKR A;  4AD4 A;  2V3D A;  3WF3 A;  1BGA A;  1K6A A;  4HU0 A;  3SCR A;  4TVC A;  4N42 A;  4PTM A;  1WE5 A;  1LG2 A;  4HU8 A;  3AML A;  2JEP A;  2BXY A;  1V3H A;  2IXV A;  2VZS A;  3F5J A;  5GNX A;  1W91 A;  1XHG A;  1GQK A;  5FIP A;  1CXL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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