2JKPA

Structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron in complex with castanospermine
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
705
structure length
687
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 237
structure length 687
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkpA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkpA02
3C4UA 5FEPA 5BMWA 4O0KA 3W1MA 4IQLA 1F73A 5D05A 4KWWA 1H60A 1WOBA 1XCFA 3B06A 2DP3A 3LBMA 4K39A 2E5BA 1ZHAA 1ZAHA 3CU2A 4MZYA 1FCVA 3DYOA 3LLFA 4DPQA 1G4PA 2H3BA 2FDSA 4JY8A 1TSIA 1MZHA 4BFAA 3DFTA 4QSHA 3W84A 4JTLA 3RFAA 3HG3A 1DORA 4ONVA 3IAQA 3MYOA 4S1FA 3NPUA 1F6PA 4O18A 2Z0IA 4HSNA 5AC7A 1WDWA 1EP1A 4JTFA 1YTDA 3TSMA 1OX4B 2YDAA 4DBDA 3SFKA 4DO4A 2O7QA 2ZRXA 3Q37A 1YYAA 2GQ9A 3QF0A 5DLCA 2NWRA 1UASA 1OFDA 1AL7A 3TFCA 3W7OA 3KVJA 5C2XA 1Q45A 3INPA 4FNSA 1GPWA 2FB3A 2YGYA 4X3ZA 3OBAA 4O12A 4IJBA 5TQLA 3TDFA 1ZFJA 1O94A 1D9EA 1I2RA 4Z08A 1N7KA 1PHQA 1YDNA 3W7IA 4IMGA 2YXGA 3O63A 2WVZA 2BSLA 3QQ1A 4O28A 3M44A 2ZTJA 4PCFA 3W1UA 4PL2A 3BG5A 3VD3A 5D32A 3OG3A 3N34A 2V2HA 4CLMA 1H5YA 3CM4A 1VCGA 3SSJA 2JK2A 5BMXA 2HTMA 1YQ2A 2FB2A 4O4VA 3BLFA 4JYFA 2WQPA 3BLEA 3OEXA 1XDLA 1XKYA 4FIRA 3IV3A 2Y7FA 3E49A 3EX4A 1WQ5A 3FYOA 4LV9A 1SO0A 1Q6OA 3E9AA 3DXIA 3LV5A 4ZQOA 3MWXA 4RKAA 4JDBA 1SO4A 4I9AA 4LVDA 5HWJA 5C55A 4R53A 1EB3A 5C54A 5AHNA 5AYZA 5D2YA 4BZEA 4C1LA 4O54A 1K7XA 3T2PA 5DCDA 5AFDA 2V9DA 3DI1A 2ZQ0A 3T0DA 2I9EA 3C2EA 3G0XA 4JGDA 1TV7A 2XN0A 1TIMA 1LORA 4Y9AA 5EA9A 2BTMA 4PFMA 3TQVA 1RV8A 3EXRA 3RLUA 4HHPA 4MPQA 2HS6A 4E38A 3EWZA 1ICQA 1CW2A 3HPZA 2RH9A 4A2SA 4XTDA 1O4UA 2I14A 3VNDA 3CWNA 2A6LA 5I3JA 1VYSX 5F4XA 2NXIA 1QMLA 1H7NA 3T55A 5CPNA 1R47A 4NNAA 4XBSA 5F4SA 3O06A 3P74A 1OFOA 3W72A 4RLIA 4ZL1A 3W23A 3SEPA 3EB2A 1LXKA 1TPB1 2YX0A 4AEOA 1A5BA 3I6RA 3E1F1 3PBVA 3DZ1A 4LRSA 5DCEA 1C8VA 5G5IA 1A5SA 1K3UA 4GUHA 1N7OA 1SUXA 2BRWA 3R5EA 3W2NA 1NSZA 1J5TA 3VI2A 4LY8A 4N4PA 3MP5A 3BW4A 1AW2A 2BRVX 4LT9A 5FF3A 3I3BA 4WQ6A 2VOMA 1YXYA 1GQNA 2YFOA 2ZYFA 2F7FA 1TTJA 3S6DA 1FCBA 1I45A 4WX2A 3W7QA 4K8HA 3EX2A 3LGEA 3TV8A 1YPFA 4YXGA 1VLWA 1OFEA 3G1FA 4JTHA 5D09A 1X1ZA 1A5CA 3T0AA 3C61A 2R8WA 1KM0A 1SW7A 4MYAA 3TXZA 1HMWA 3FJLA 1JUBA 1EP3A 1UB3A 3SZ8A 2J9ZA 3EKLA 3P84A 3NQ6A 4DQWA 3LXBA 1XBZA 3DKLA 3QM3A 4GBUA 1H1YA 1ZALA 4HNNA 1RR2A 5F1UA 1PVNA 3TAKA 5KMYA 2XN1A 1F5ZA 3IGSA 2GVJA 4WY0B 1YPIA 4AHPA 3ZWTA 4DF2A 4A22A 3HG4A 3WK2A 2ISWA 4R33A 1AG1O 4S2BA 1YDVA 5TIMA 1VYPX 4BR1A 1WXJA 2DJXA 3L66A 4L4MA 4UFIA 3NPXA 4AMAA 3KX6A 4GJ1A 4NXKA 5EL1A 3EX3A 3M6YA 2DZUA 2VEKA 2NX3A 3MV11 3NL3A 3L21A 3N14A 3OIXA 2E24A 3IAPA 2QKFA 3S1XA 4BI7A 4QIUA 4OQVA 3PF3A 3HMJG 1GJPA 2TYSA 4MFEA 3DFNA 4GXMA 3UWZA 3W1XA 3WJSA 5KZDA 3LM7A 5HINA 3ABOA 2E5CA 3O15A 3UD6A 1ULVA 1BKSA 3P81A 4A2RA 2VEPA 3NQEA 3SGZA 4XKYB 1CI1A 1LRNA 2QCLA 1Y0EA 3HB9A 2GVGA 5K2ZA 1LLWA 5FF4A 2RDTA 3G1HA 5LKYA 1D3GA 2QAPA 1G7UA 2TRSA 3MV01 1KFBA 4G1KA 3GK0A 2F84A 3ZFHA 1RWFA 1JQVA 1KV5A 4NJJA 5J5RA 2J24A 3TIMA 1L2UA 3GXNA 1KFKA 4ADUA 1KM3A 3UPWA 4HNUA 2TSYA 3C8FA 4OT7A 4UFJA 1TCDA 3NR0A 1N7NA 5J5DA 2X1RA 2CFFA 1HL2A 1PCWA 2YZRA 3EWWA 1LTDA 2QCMA 4WJEA 3BPWA 4TMCA 1C29A 4TR9A 2XSGA 4RZ5A 2J27A 5K7JA 2PCQA 3FS2A 1P1XA 3P62A 3GR8A 5AC8A 3UQNA 1OK4A 3VD5A 1FWNA 4Z1CA 1GOXA 4O52A 1RQEA 3L65A 1GEQA 1NSRA 5IBXC 2GPTA 1K7FA 1YDOA 4K7YA 1YTKA 2NUXA 3PG9A 3QEZA 4BI5A 1AW5A 1NSXA 2ZRUA 1NS7A 3ANYA 4XBKA 3DFQA 1W3TA 4N9BA 2PRMA 3CPRA 3L67A 1X1IA 3BGGA 1TPC1 3PB0A 1SSGA 4JYEA 3W73A 5LNVA 2H90A 1K1WA 2A7NA 4NVTA 3PM6A 2OZ0A 5IBXA 1W3NA 4UTLA 2WPBA 3FJ6A 1DQWA 3TMLA 3W7EA 3LTPA 4Z1AA 3NEVA 2G5WA 1T99A 3I7QA 4TMBA 1IIHA 4GC4A 4FNPA 3MJYA 3WJWA 3OVRA 5KSWA 4IPIA 4NX0A 3NVTA 4E2BA 4I7WA 1F6KA 3M41A 3LRLA 1FXQA 1KA9F 3DYMA 4QJ1A 4WXZA 3W2LA 4D2JA 2ALDA 3ATYA 4QISA 2ZZ6A 1L6SA 3Q58A 5EY5A 1G69A 3N3MA 4UXDA 3TROA 1M7PA 2Z6IA 2B7NA 4KWVA 2FQIA 1JJKA 2XHNA 2DZXA 1N7PA 2B4GA 4YL2A 3IIXA 4O0ZA 1XI3A 5LHEA 1Z42A 3QYQA 3S1UA 1QCWA 1RWCA 1L6YA 5FEWA 3NM1A 5LZLA 3H54A 3LB0A 2VFIA 1DQXA 2NUYA 2BXVA 1LOQA 3P60A 2BX7A 2QJHA 2Q3OA 3HG2A 1PS9A 3NGJA 1E51A 2PC4A 4YMZA 1VS1A 1K03A 4EOUA 3BW2A 2OCZA 4N2YA 2Y62A 1OF8A 1LM1A 4UTJA 3W1TA 1OJOA 5AB3A 3ABRA 3KXQA 3GXPA 3PC0A 3SECA 3TR2A 3T4CA 3T2QA 3GVGA 3OA3A 5LHFA 3I3DA 5K9XA 1VLIA 1SFLA 2TPSA 5HUPA 3LHVA 3S42A 3FFSA 4JR5A 3CEUA 3LCLA 5TBOA 2NLIA 1G4TA 3MUY1 4MZ8A 2X1TA 1TJPA 3WJXA 2WKJA 2RHGA 2GQAA 4R34A 3VE7A 3R89A 2WV8A 4FF7A 4K7VA 2B0MA 1FCQA 4WY0F 3PVFA 5KITA 2QCEA 3B0VC 1Q6QA 4XWUA 1OX4A 1X1OA 2ZRWA 5D2VA 2X2GA 3IIVA 4Y90A 3NQAA 4BZGA 4ALDA 2WDAA 4UFMA 1KW1A 1KV8A 1BWKA 5LGXA 1FXPA 1F74A 3TAOA 4JICA 2W0UA 1NEYA 5A1AA 1TRDA 5AHFA 4NJKA 3S5NA 3I68A 2ZFAA 3FYPA 4LUIA 3UWUA 5KTLA 4FIQA 3EWUA 1ALDA 1QOQA 2E6FA 3BARA 1TPEA 4O17A 3MBFA 4M19A 2CLMA 3LTYA 5DBTA 3O07A 4AQ0A 1W1ZA 1FDYA 3CIXA 4O10A 4UTTC 2EHHA 2AQWA 3SI9A 4AWSA 1FCUA 4JYDA 1SQ7A 3TJXA 3LHUA 1QO2A 4R7JA 1J2WA 3G24A 3O6YX 5HMSA 2PURA 3GLCA 1DKWA 1F4HA 2Y7DA 4AWTA 1LBFA 4UIOA 4FB7A 4GUFA 4RV8A 5AYYA 2R14A 4RCXA 3NA8A 4M7TA 2YSWA 1Q6LA 4FNUA 5FI8A 3SIZA 3SR7A 4NX5A 5D38A 5EMUA 3N19B 2WW3A 2E22A 4MVAA 2RKXA 3LLDA 1IF2A 3ABQA 3UZ5A 4AHQA 4UTTA 2QF7A 3UWVA 5K4XA 3QSTA 1OYBA 3TXVA 1JCLA 1U5JA 1ONRA 4JD4A 5LNSA 3F03K 1W31A 1GVRA 3DHFA 3AO0A 4H6KA 1GVSA 3AJXA 4FX7A 3OVQA 2Q3RA 4CCDA 4XZ9A 3U6WA 1GZGA 3VD9A 5DELA 4WD0A 4TIMA 1MMUA 3CZJA 4RXFA 1H62A 3R12A 4NU7A 3E0IA 4ZQRA 1TTIA 1O5KA 1H50A 5AHEA 2CU0A 4ADSA 3MP4A 3NXFA 1ZNNA 5CPOA 2PRLA 3HIJA 4CNOA 2ZRVA 3OVPA 3PUDA 3ECQA 4X9SA 1LDCA 5BRBA 1QOPA 1O60A 1VHNA 4MJMA 2ATMA 3DI0A 4DF0A 4NJHA 2NV2A 2CLEA 2Z2UA 4UTMA 3BLIA 5CKSA 2A7PA 2WSQA 3PBYA 3TSDA 2G97A 3STEA 3P5YA 3GKFA 3LHTA 4DO5A 1W5MA 3STFA 3W1QA 3MHGA 3WK3A 1OJMA 4UC5A 4CCEA 1DP0A 1TPUA 4JS3A 2QEZA 1EPXA 1ZCOA 1KFEA 4DXVA 3G8EA 3G1DA 1W3IA 3HPXA 2YYTA 3DENA 3PUEA 3I3EA 3QPYA 3S5OA 4IXHA 2NX1A 1H7OA 2VENA 3W1LA 5C5YA 4ZMGA 1JQXA 2RFGA 4NNCA 3NZ1A 1NVMA 3P8IA 1FX6A 2WZSA 3NREA 2GJNA 3L0GA 3LDVA 4UTKA 1LXMA 1JOVA 3M0ZA 1SU5A 3GDTA 3O16A 2QCFA 2OT1A 2XFWA 2C13A 1NF0A 1W37A 4O50A 1F4AA 3WK0A 2GOUA 3CQ0A 3LHWA 4ZZ9A 1NSJA 4EIVA 2Q1FA 3R8RA 3BW3A 2CZDA 4LOCA 3W7GA 1D3HA 2ZRYA 3BVJA 3TQKA 2BWGA 2Y63A 3LXCA 3HJZA 4O16A 2ZZ7A 3K30A 1I4NA 1VYRA 2NXHA 3ATZA 4WZHA 4JNMA 1W8SA 1N7RA 4N02A 1XDMA 4RR4A 3CWOX 1JCNA 2DZVA 4RX0A 3PY2A 1QNVA 2QCDB 4UTHA 4POCA 5SWUA 3DYPA 3R2GA 1GT8A 4OV9A 4N9EA 2D73A 1HMUA 4O57A 1G4SA 1OJNA 1LRQA 3LX9A 5DY2A 3ABSA 5BNKA 2P10A 2J6XA 5K9DA 3SW6A 3U8GA 5E93A 1KBJA 1QPOA 1G7VA 4RJEA 1DOSA 3RLVA 3B03A 3BGJA 3TH6A 2C3ZA 2JGYA 1KFLA 1IXQA 4HPJA 4JTUA 3LCWA 4LS0A 2JGQA 3KVMA 1OF6A 4J9JA 4Y96A 3M7WA 3GR7A 5AHLA 3W76A 1M5WA 3A9IA 3F1QA 3THQA 1KFJA 4N4QA 3W7LA 3NYZA 2A4AA 1J4EA 3FLUA 5F1VA 1OFAA 3W2UA 4RK8A 3NPWA 3DHDA 1PX3A 3G1VA 3S9YA 5D37A 4GNJA 1SW3A 3W7HA 1LURA 1K7EA 3G1XA 4HN4A 3C2RA 1TB3A 1VC4A 4JIQA 1C9DA 1TV8A 3IGUA 1IXOA 1GVOA 4JY9A 1W54A 4K37A 3N9RA 3GKAA 4JTSA 1DV7A 2WO5A 1QPNA 4O1DA 1ZJIA 4PA8A 4NT0A 2TMDA 4IUOA 4PH6A 2Y70A 4UTWC 3LERA 5HNRA 1S5WA 1T8XA 2Q8LA 3W2MA 2C1HA 1X1HA 2Y89A 3PULA 3DKJA 4QNEA 5DCBA 1PL9A 4OGZA 1M6JA 1SO6A 3M1ZA 1BEUA 4HSOA 4Z0JA 2DZPA 3THAA 3FKRA 4UFLA 1SZFA 1NSSA 2WW0A 4O1BA 2E09A 1UG9A 3L5AA 4M6VA 1KM2A 1JR1A 1UJPA 3LCHA 4JTIA 3QJAA 3PBWA 2NWSA 1EA0A 1KTCA 2H6RA 2QCGA 1K8XA 4UTWA 4IMEA 4IWWA 2Y7EA 3UY8A 4GUJA 4AHOA 2A85A 3DECA 1TPDA 3IIPA 1LF9A 2X03A 3QW4B 4RNLA 4IX2A 7TIMA 2EKCA 1CX9A 1DBTA 3MI2A 4Y6GA 3W7KA 1FQ0A 4GWEA 2EPHA 4XTIA 3M9YA 5F2IA 3DH7A 3G3DA 1FDJA 3GDLA 1Z41A 3C56A 4UFHA 2A2IA 3I7SA 5AHIA 2VFHA 3S1WA 4K6AA 3Q2DA 4BK9A 3GDRA 5CPLA 1GWJA 1TPH1 2A6NA 3K25A 3B04A 4TU1A 1UBSA 4WUIA 1HN0A 1L9WA 3O1NA 4ADTA 3P82A 4ZQMA 3RU6A 1H7XA 1JCJA 1VCVA 3FOKA 1ZY9A 4AB4A 3LRKA 4ORIA 1WA3A 4K8EA 2QUVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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