The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
69
|
structure length |
69
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Chain Sequence |
MLVIVRLQDQTLPFELPAGARASQLSNLLSSSGMAFSLHTQGRVLSEAAELNDKMVIDAFVPADGAGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosomal protein
|
| molecule keywords |
GlUb(S27a)
|
| publication title |
Sequence and structure evolved separately in a ribosomal ubiquitin variant
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Giardia lamblia atcc 50803
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| total genus |
9
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| structure length |
69
|
| sequence length |
69
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QLB B; 1E9M A; 2MJE A; 3AE9 B; 3HVZ A; 3P4P B; 4JWU C; 5EE0 A; 1OFF A; 1V97 A; 5G5G A; 1DOX A; 1KF6 B; 1L5P A; 1RYJ A; 1R7S A; 2HTM E; 4YT0 B; 5G5H A; 5H92 C; 3AEB B; 2WP9 B; 1TJE A; 1E7P B; 2M56 B; 2Y5C A; 4P6V F; 3AEE B; 1QF6 A; 4USA A; 2W3S A; 3PO0 A; 1N61 A; 3CIR B; 3LB8 C; 4HRO A; 3AE6 B; 3AE4 B; 4C7Z A; 1GAQ B; 2WLB A; 3VRB B; 1WRI A; 1YJJ A; 1IUE A; 2CJN A; 4N6E B; 1VJK A; 3W5V B; 1TKE A; 4YTN B; 2PKO A; 4IDI A; 3AEF B; 4N58 A; 4WWM A; 2MJ3 A; 1WGK A; 3AEC B; 3NVZ A; 4US9 A; 5MPO A; 3AN1 A; 4YTP B; 1FRD A; 2BT6 A; 1FIQ A; 1OQQ A; 4ZHP A; 2KAJ A; 2QJL A; 1L6U A; 3AE3 B; 1XLN A; 3NVW A; 1EWY C; 1NYQ A; 2K5P A; 4N59 A; 1DOY A; 2WDV B; 1TYG B; 3ABV B; 4YSY B; 5EE1 A; 4ITK A; 1TKY A; 2KMM A; 1SIJ A; 1VDV A; 2H89 B; 3SFE B; 1FMA D; 1XO3 A; 2BS4 B; 1ZUD 2; 3FAH A; 4ZOH C; 3BII D; 3VR8 B; 2WDQ B; 2JQR B; 3B9J A; 4C7Y A; 1NVI D; 1QOG A; 1N63 A; 3KWL A; 3L4P A; 2AX5 A; 1E0Z A; 4US8 A; 1XLP A; 2CJO A; 1JAL A; 2W3R A; 1N62 A; 3AEA B; 1J7B A; 1PUT A; 5GXG B; 1J7C A; 3VRA B; 1QT9 A; 1QOA A; 1ZP0 B; 2DWQ A; 2W54 A; 1E6E B; 1WWT A; 3NRZ A; 4YSX B; 1PDX A; 2PVO D; 4HRS A; 1GPX A; 1JW9 D; 1ROE A; 3P4Q B; 3AE8 B; 2WQY B; 2BS2 B; 1JWA D; 2OHF A; 3AED B; 1FM0 D; 3AH7 A; 3AMZ A; 3AE2 B; 3P1M A; 2L52 A; 1AYF A; 1ZXI A; 3ZYY X; 2FBW B; 1NEK B; 2CU3 A; 1FXI A; 1VLB A; 5H8Y E; 2JX5 A; 1I7H A; 2G1E A; 2Q5W D; 3AE5 B; 1CZP A; 2PVG C; 3SFD B; 1DOI A; 1PFD A; 2B76 B; 1V8C A; 3LXF A; 1FXA A; 1JRO A; 2WS3 B; 3W5U B; 4C80 A; 2L83 A; 2ACZ B; 1QOF A; 1NI3 A; 1YQ3 B; 3AM9 A; 2MJD A; 3NS1 A; 1RFK A; 2EKI A; 3AE7 B; 1F0Z A; 4KX6 B; 3AE1 B; 4FXC A; 3RPF C; 2H88 B; 4ZHO A; 1A70 A; 3CWI A; 3EUB 2; 3P63 A; 5AUI A; 3AB5 A; 1B9R A; 1XLO A; 2K9X A; 4JWS C; 1JRP A; 1RWS A; 3ETR A; 4A9A A; 4JX1 C; 4YTM B; 1N60 A; 3DWG C; 5C2T B; 3W9C B; 3HUI A; 3SR6 A; 1UWM A; 1N5X A; 2QIE B; 1FFU A; 2K22 A; 3AEG B; 3HRD D; 1SF0 A; 1DGJ A; 2W55 A; 1TKG A; 4YXD B; 1E10 A; 2PIA A; 3AV8 A; 5EE3 A; 1KFY B; 2BS3 B; 1WYG A; 3NVY A; 4LTU A; 1N5W A; 2LEK A; 3P4S B; 1JQ4 A; 1NYR A; 1XLQ A; 1YJI A; 2E3T A; 1L0V B; 5EE9 A; 3WCQ A; 1FO4 A; 1T3Q A; 2WU5 B; 2M19 A; 1JWB D; 2MH7 A; 4YSZ B; 3VR9 B; 2DBY A; 3FC4 A; 3NVV A; 1ZOY B; 3P4R B; 1L6V A; 2WDR B; 1YQ4 B; 2WU2 B; 5AUK A; 1QOB A; 3B2F A; 3B2G A; 1OQR A; 4WQM A; 5C3J B; 1RM6 C; 1FRR A; 2N0S B; 1AWD A; 1NEN B; 1SB3 C; 1FFV A; 3DWM A; 1CJE A; 1J7A A; 1WXQ A; 1KRH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YX6 B; 3HVZ A; 2J0K A; 2Y5B B; 2SEB D; 3RI7 C; 3RCZ A; 3T3O A; 2JU6 X; 3DHH C; 1GAQ B; 5D7G A; 4ZDV A; 1QQR A; 4YTN B; 1C76 A; 2QSD A; 4WWM A; 3P2B A; 3A1Q B; 4FJV B; 4KSK C; 3VUY A; 1VD2 A; 1QZE A; 2BT6 A; 4RF0 A; 2VRR B; 1WE6 A; 4YL8 A; 5E6O A; 3VHT C; 4XWT A; 4OHJ A; 2PPH A; 3U4E G; 2DZK A; 1F2R I; 1TS3 A; 3H6N A; 2KDE B; 3OG5 A; 2EMT A; 2WXJ A; 2VZK D; 4NAW A; 3U30 A; 1J7C A; 1WFY A; 1HXY D; 1TY2 A; 1VRA B; 1WE7 A; 4Q2J A; 3VXW A; 4D2K A; 3U52 E; 2JYE A; 1AYF A; 4M01 A; 3Q3J A; 2XN9 C; 2JPH A; 4W9L A; 3AE5 B; 3QAR A; 4S17 A; 2ZPN A; 3SFD B; 1FCC C; 4C56 C; 3ZW3 A; 1L7Y A; 1FXA A; 1FNU A; 3VH3 B; 2O6V B; 4QAY A; 3W5U B; 2KMA A; 1V86 A; 2MJD A; 3AE7 B; 3QCA A; 2N9E B; 1P1A A; 2JVC A; 5D94 A; 1RWS A; 3T3N A; 1E7V A; 1CMX B; 4DXA B; 2WXH A; 1UWX A; 3C19 A; 4GB9 A; 1WYG A; 4ZRP A; 2E3T A; 2JWU A; 3L0W B; 3FC4 A; 4RFB A; 3P4R B; 2WDR B; 2FCM A; 4EZK A; 1PQS A; 4MH0 E; 2AQ2 B; 4BFR A; 2LRW A; 4HDO A; 3RZW C; 1U4A A; 3RNG C; 2D10 A; 4EKU A; 2D3C A; 2INN E; 4ACF A; 1CQV A; 2M56 B; 1RAX A; 2JUO A; 2FCQ A; 1I4P A; 1JCK B; 1UZX B; 2RSU A; 3KUD B; 3AEF B; 1PGX A; 2NS5 A; 3NVZ A; 1WJ4 A; 3Q14 C; 1R4N I; 4W9C A; 3ZDM C; 1P0R A; 1TS2 A; 2GBK A; 3PPA A; 2IYD B; 2IO0 B; 3IVF A; 2KMM A; 3SFE B; 4DHZ E; 1FMA D; 4TQ0 A; 2D3B A; 4PYZ A; 4GIV A; 4PK1 A; 1QOG A; 1N63 A; 2RD0 A; 5J18 A; 4NQL B; 3M3J A; 2IND C; 2NPT A; 3BVZ A; 1R4N B; 2K39 A; 2LGI A; 1J19 A; 4ARI A; 3APD A; 2I1J A; 1WWT A; 3VTV A; 4GDK B; 1FNV A; 2UWQ A; 3ZYY X; 2MX2 A; 1WIA A; 1GNU A; 1IBX A; 3A9K A; 2KC2 A; 4NQK E; 2Z8L A; 3W2D A; 4H2A A; 5JXV A; 4FXC A; 1SJE D; 4ZHO A; 3QWZ B; 1SGH A; 1EU4 A; 4MGI E; 1WR6 E; 1WGR A; 1WZ0 A; 2W55 A; 1IYF A; 3P4S B; 3L16 A; 2QCZ A; 4C4V A; 1ISN A; 2R2O A; 4XDC A; 1YQ4 B; 2ZVO A; 2HD5 B; 5C3J B; 1LO5 D; 2Z0D B; 1SB3 C; 3V60 A; 1E9M A; 3IFW B; 4AP4 C; 5EE0 A; 4URK A; 2K1F A; 3K9P B; 5G5G A; 4XE0 A; 2Y5C A; 3H7P A; 3KYC D; 2O2V B; 3PVL A; 3CIR B; 3R7R A; 3ZKJ C; 3N32 A; 2LZ6 A; 2QIL A; 3BZD B; 3VRB B; 1P7F A; 4R3D A; 2KN4 A; 2WXI A; 2XK5 A; 2XBB C; 1VZ7 A; 2AQ3 B; 4HJK A; 1GOZ A; 2JXT A; 2Y5P A; 1KH0 A; 2FCS A; 1IGD A; 3MHZ A; 3QC8 B; 1NYQ A; 3GZN I; 1WJN A; 3APC A; 2H89 B; 1IGC A; 3RNF C; 5TSS A; 3FAH A; 1WGY A; 4LNO A; 4HKZ E; 3B9J A; 1KLG D; 2MSE D; 3NZU A; 1C4C A; 3EC8 A; 3IXS A; 5T8I A; 4I6N B; 2W3R A; 2J52 A; 3AEA B; 3KQ4 A; 3TSS A; 3DBR I; 3N3K B; 2HDE A; 4II2 B; 3GZN B; 2IO3 B; 3ZDT A; 3AMZ A; 2K6D B; 4BVU C; 4W9F A; 3ZO5 B; 1FXI A; 2GBN A; 2Q5W D; 2J4X A; 1HQR D; 2DZI A; 2KQ4 X; 2ZEQ A; 3QK0 A; 2LJI A; 2LWP A; 2M8S A; 4IG7 B; 1WGG A; 4C80 A; 1QOF A; 2LXA A; 3AE1 B; 5AUI A; 3BK1 A; 5J2R A; 1WZ3 A; 3AB5 A; 4JWS C; 3MHS D; 1DYQ A; 2NR2 A; 3RZF A; 4LNF A; 1EWC A; 4LCD E; 3RFZ B; 2N7D A; 1WM2 A; 2J0J A; 3I63 C; 4RMA A; 4L1B A; 2C7N B; 2LGX A; 4NJC A; 1ZXH A; 2EMS A; 2L00 B; 1QOB A; 2KWC A; 3MC0 B; 2NMQ A; 2N0S B; 1AWD A; 1P3Q U; 1NEN B; 2MWS B; 3DWM A; 3B08 A; 3GB1 A; 3O13 A; 2MJE A; 3P4P B; 4RGM A; 3IAS 1; 3H1U A; 4YT0 B; 3AEB B; 2JT4 B; 3PO0 A; 4K7W A; 3AE6 B; 1D5X C; 5L83 A; 3MJW A; 1WRI A; 3ZGZ A; 2DAJ A; 4FLH A; 1IUE A; 1HA5 A; 1TKE A; 2PKO A; 1T0R C; 3N1Z C; 3BWU D; 1HZ6 A; 5JHB A; 2LRU A; 4W9G A; 3Q3F A; 3Q3O C; 1EWY C; 3CST A; 4YSY B; 1BXT A; 2FCN A; 2KTF A; 3BII D; 4CHK A; 1B1Z A; 1WX7 A; 2CJO A; 1MHH E; 5KHQ A; 1UNS A; 5G2N A; 2A5U A; 4FHJ A; 1BML C; 5L95 C; 1YN4 A; 3RMK C; 3PRM B; 3EFC A; 1FM0 D; 3AE2 B; 1CK1 A; 4LNN A; 2LHE A; 2CU3 A; 2WXL A; 2KHW B; 1KOT A; 3PSE B; 3J9C A; 2CHX A; 3NS8 A; 2BWE S; 3R2I A; 1E8Z A; 4FBJ B; 3Q8F A; 4EFO A; 2QC8 A; 2KNB A; 2FIF A; 3TJP A; 4DDG D; 2DLB A; 1FCL A; 4GOC A; 4HWI B; 4YTM B; 4JX1 C; 2KT7 A; 1V5O A; 5BYR A; 2MBE A; 5CX3 A; 3KVF B; 1ZDV A; 1E10 A; 1I4Q A; 3NVY A; 2JZ3 B; 1L0V B; 3OAW A; 1WXS A; 4OZC A; 2PW9 A; 2WHI A; 2L05 A; 4X57 B; 3U7D A; 3QAQ A; 1VZ6 A; 4ANX A; 1S1Q B; 3B2G A; 4N9F 4; 2N7J A; 1GJZ A; 1E7U A; 2KVZ A; 3A1Q A; 2CS4 A; 2QHO A; 2HTH A; 2REX A; 3V3X A; 2DNF A; 1MPE A; 1DOX A; 2CKH B; 1K50 A; 4JGH B; 2QMT A; 4ZYS A; 4LLG M; 4RM8 A; 2AL6 A; 3FIL A; 4NPN A; 4MGK E; 5IAA C; 2DYM A; 3IT4 B; 4CYE A; 4ZHP A; 1KJT A; 1EM7 A; 3ABV B; 2MBB B; 1K51 A; 3KUZ A; 3I9V 1; 2ZJD A; 3IT6 B; 3AU5 A; 1A5R A; 1C77 A; 1NDD A; 2N1V A; 1N62 A; 1TZ1 A; 1J7B A; 4A6Q A; 1PDX A; 2LHD A; 3AH7 A; 1R4M I; 3VAW A; 3Q8E A; 1Y56 A; 4ZYN A; 3M62 B; 2LFI A; 3PGE A; 2L3Z A; 1NBF C; 3DHI C; 3DDC B; 5DCN A; 3ZXR A; 2E6X A; 4JIO U; 3NHE B; 3GE8 C; 3ZNZ B; 1V81 A; 4BOS C; 1R4M B; 2L83 A; 1LM8 B; 3Q8C A; 4ZRI A; 1WX8 A; 2KC1 A; 4LDT B; 3EEC A; 2WDT B; 3EFU A; 2QEJ C; 3ETR A; 2D07 B; 1N60 A; 1FPY A; 3HHM A; 4FN2 A; 2BS3 B; 4BZA A; 1N5W A; 3RNB C; 2AWT A; 5HI1 A; 3VTW A; 3ECI A; 4AQ7 A; 3VR9 B; 3DCG A; 4KKJ A; 2CHZ A; 5LLI A; 4ZRK A; 3DVG X; 2DAF A; 5AUK A; 2CHW A; 4PYU A; 1KM7 A; 2WXR A; 3I3T B; 1OQR A; 1EF1 A; 3BY4 B; 4AOF A; 1T0S C; 1SIF A; 1LXD A; 5JHA A; 1QIL A; 2DEN B; 2D2Q A; 1L5P A; 2KAC A; 4M8M A; 2G3Q B; 3UQA A; 1YNT E; 4IKG A; 3W5V B; 3L17 A; 2N1W A; 4GDL B; 4ANU A; 4JLC A; 4GDK A; 2OJR A; 4BKT A; 4KGR A; 1WYW B; 3AE3 B; 1DOY A; 5BYQ A; 1SEB D; 3JSV B; 2V4L A; 2J53 A; 3TEY A; 1XLP A; 5HFY A; 3PHX B; 3ZRF A; 3AXC A; 2M1M A; 1QOA A; 2W54 A; 1JW9 D; 2WXG A; 4B95 A; 3AE8 B; 1GC7 A; 3Q3M C; 2BS2 B; 3AED B; 1V5T A; 2N4F A; 4FJZ A; 1ZXI A; 4HPP A; 3PS6 A; 2ZCC A; 4PT5 A; 1V1P B; 3EGR A; 2MBO A; 3OJ3 A; 4MEM A; 4HPL B; 2C7M B; 1M4V A; 2JWZ A; 2Z0E B; 1F0Z A; 4F1S A; 3BIN A; 1TGZ B; 1WGH A; 2JSV X; 1KTK A; 1F77 A; 1ZKH A; 3W1Y A; 4OVZ A; 3WIM A; 1DGJ A; 2PIA A; 2PJH A; 2LEK A; 4NAM A; 1JQ4 A; 1YJ1 A; 3HM3 A; 2LGS A; 5CHV C; 1YN5 A; 2O2V A; 4M8N A; 4EE2 A; 1D3Z A; 2NTT A; 2GBJ A; 3SDL C; 3HK0 A; 2M0A A; 1YX5 B; 3ZNG C; 4DXG A; 1J7A A; 4JWU C; 3DQV A; 2BYE A; 3TCA A; 2WP9 B; 1E7P B; 2KMC A; 4USA A; 2W3S A; 3WAO A; 1OQY A; 4K3C A; 2D5G A; 4LNI A; 2KD0 A; 4WWO A; 4II3 B; 3T9L A; 1WJ6 A; 1SXT A; 3KYD D; 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3TUO A; 1FD6 A; 2MRP A; 3A9J B; 3TIX A; 1C3T A; 1RFA A; 1NI3 A; 5DPT A; 2KX0 A; 3P63 A; 2N9L A; 3NY5 A; 3DWG C; 2G4D B; 3HUI A; 2N9K A; 2BGF A; 4W9I A; 1ZDX A; 3HRD D; 3WAN A; 3R2T A; 1V9J A; 3C0R B; 3N1Y C; 3VDZ A; 3AV8 A; 4A3P A; 1NYR A; 1XLQ A; 2MP2 A; 1L2N A; 1FO4 A; 1ZGU B; 2DBY A; 1ZOY B; 1V2Y A; 2FUH B; 2IY0 B; 1WRD B; 3Q2A C; 2L0F A; 1E8W A; 3V05 A; 5JH5 C; 4DDI D; 2O6V D; 2LUM A; 3V6E B; 4PS3 A; 4IUM B; 1OFF A; 1KF6 B; 1R7S A; 2QDF A; 2RPV A; 2BB6 A; 5FR3 A; 1TS4 A; 4HRO A; 3LB8 C; 3AE4 B; 2V9H A; 2KN5 A; 3CMM B; 3KH0 A; 1VJK A; 4XGA B; 2SAK A; 2K8B A; 3CSF A; 2LVP A; 5MPO A; 1H8C A; 1FRD A; 2FE8 A; 4E71 A; 3VR8 B; 4ZOH C; 2C7H A; 2PEA A; 1GUA B; 3H9D A; 2LAS A; 3NJT A; 2D3G A; 3NRZ A; 1T0Q C; 4XZ4 A; 2WGS A; 4HPM B; 1I4R A; 5BO4 B; 4BBN C; 1Y8R C; 2L7R A; 4JL9 A; 1CZP A; 5E6N A; 5IKC M; 3CF6 E; 3VFK A; 2WS3 B; 2LGY A; 2K8H A; 3I57 A; 1ZPS A; 3QJZ A; 1YQ3 B; 2KDI A; 3DVG Y; 2LD9 A; 2CR5 A; 2H88 B; 3CWI A; 1WXM A; 1B9R A; 2KKC A; 3W9C B; 4WWN A; 1ESF A; 1TT5 B; 2QIE B; 2BPS A; 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