The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
4
|
sequence length |
55
|
structure length |
55
|
Chain Sequence |
VPCDNVSSCPSSDTCCQLTSGEWGCCPIPEAVCCSDHQHCCPQGYTCVAEGQCQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cytokine
|
| molecule keywords |
Granulin-5
|
| publication title |
Structure dissection of human progranulin identifies well-folded granulin/epithelin modules with unique functional activities.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
4
|
| structure length |
55
|
| sequence length |
55
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00396 | Granulin | Granulin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JYE A; 2JYT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GB4 A; 2WXL A; 4IWO A; 2MLB A; 2KD0 A; 3N3K B; 3ZIM A; 3TEW A; 1A5R A; 4NJ7 A; 1S3S G; 2DEN B; 3PZ8 A; 3E56 A; 5AZH A; 3APF A; 3RPF C; 2L0F A; 4ZHP A; 2KNB A; 3H6N A; 3C19 A; 3L54 A; 4FBJ B; 2K5P A; 3AE7 B; 2D3C A; 3MC0 B; 3LDZ E; 4B9K A; 1TS3 A; 4OZB A; 2INC C; 3RNG C; 1V9J A; 4C4V A; 1WXA A; 3B2G A; 4ZRK A; 4ANX A; 3PHX B; 1E5W A; 4RGN A; 1OQQ A; 1WF9 A; 1V1O A; 3BII D; 2BYT A; 1CK1 A; 2WDV B; 4MGK E; 3SR6 A; 1F52 A; 4NAM A; 2NTT A; 2KAC A; 3ZQ4 A; 1XLN A; 4USA A; 1A70 A; 1JCK B; 3ZW3 A; 4E74 A; 2YLM A; 1YJ1 A; 3AE1 B; 4AQ7 A; 2KLG A; 4HJK A; 3DDC B; 1P7F A; 3M95 A; 1UWX A; 2NPT B; 4MGY E; 2LRW A; 2Y5C A; 3OG5 A; 2I2Y A; 3AED B; 5J17 A; 2RGF A; 3ZKJ C; 1F77 A; 2VZK B; 3I9V 1; 4A55 A; 2ON8 A; 2QDF A; 3PPA A; 4F8C B; 3HHM A; 2DZJ A; 3IHP C; 1FEH A; 3RI7 C; 2KQ4 X; 2FBW B; 2BVC A; 3VUY A; 1H4R A; 2M17 A; 1C1Y B; 3BIN A; 4M02 A; 2V0G A; 2KTR B; 4WQO B; 3RNA C; 2ZW1 A; 1PGX A; 2J7Q B; 1I4Q A; 3GP7 A; 2NCN A; 1QKZ A; 2WNM A; 1KLU D; 4FA6 A; 1RWS A; 2O6V B; 2LJ5 A; 3RNE C; 4AWJ A; 1TS2 A; 1XEE A; 2V3N A; 4GGQ A; 2MP2 A; 2QMT A; 3JSV A; 3HM6 X; 3X0W A; 3EA6 A; 4XDD A; 4NY0 A; 4YSX B; 1MI0 A; 2GI9 A; 5BO4 B; 3DPD A; 5AUK A; 5FR6 A; 3ZDT A; 2G4D B; 1U4A A; 3B08 A; 2M56 B; 3U30 A; 2JY6 A; 3P4R B; 2PEA A; 4MJS B; 4WJP A; 1WJ6 A; 2FID A; 2KDM A; 4KGS A; 3V3X A; 4TSS A; 1EM7 A; 3U7Z A; 1SEB D; 1VZ6 A; 3NY5 A; 4N9F 4; 3AE6 B; 1N60 A; 2PVG C; 2Y3A A; 2A5U A; 3BYY B; 3TIX A; 3K9O B; 3M3J A; 3T3N A; 3PV1 A; 2MCN B; 4MH0 E; 2BB5 A; 4YL8 A; 1WR6 E; 2VRR B; 4H2A A; 4JL9 A; 5EE9 A; 3U7D A; 3QX1 A; 4FJV B; 2PE6 B; 1H8C A; 3LXF A; 3NRZ A; 1ZDX A; 2LFI A; 2MJE A; 2CJN A; 3AE2 B; 1T0Q C; 2XK5 A; 3Q3O C; 4BBN F; 4WJQ A; 3RMK C; 1CJE A; 2KAJ A; 4LDT B; 3ETR A; 1C4P A; 1NI3 A; 4ANW A; 4ZDV A; 3TSS A; 1TT5 B; 1EF5 A; 1SB3 C; 3R66 C; 4J3O D; 3QAQ A; 4RNA A; 4MAC A; 3WIM A; 1V81 A; 1N6Z A; 4AS1 A; 4G50 A; 1ZKH A; 2WXG A; 3L0W B; 3A1Q A; 4CYE A; 1JWA D; 1E6E B; 1WY8 A; 1JAL A; 1K51 A; 3UIP B; 2HJ1 A; 3MHS D; 3SD5 A; 5JHA A; 4XZ4 A; 1MG8 A; 4KKI A; 1ACC A; 1YJJ A; 4W9F A; 1YN5 A; 1D5Z C; 2LGD A; 4WWN A; 1YJI A; 1Q10 A; 1XD3 B; 4JQW C; 2BKF A; 4K7W A; 3KUD B; 2KFJ A; 2R2O A; 4MSQ B; 1ROE A; 3VUX A; 3DVN V; 1TIF A; 4FJY A; 4BKT A; 2NVU I; 4F7Z A; 1Y8R C; 4G11 A; 4A90 A; 2KMM A; 2JVC A; 5HG2 A; 3QWZ B; 3B2F A; 1MHH E; 2NTS A; 3MTN B; 2DNF A; 1PDX A; 1K8R B; 4MM3 A; 2QEJ C; 3IVF A; 4MSM B; 1FNV A; 2KQ7 A; 4Q2J A; 2G3Q B; 2LGI A; 3JW0 X; 1TBE A; 1KTK A; 3DHI C; 1FNW A; 2KJ6 A; 2OED A; 4JWU C; 1BT0 A; 2NBU A; 1JQ4 A; 3R8B A; 3V6C B; 5D3D A; 2KC1 A; 5H92 C; 3H9D A; 1R7S A; 1FRR A; 4B95 A; 4JWS C; 5C1Z A; 3VRA B; 2WP9 B; 4BVU C; 1WYW B; 2WWZ A; 1D3Z A; 3N30 A; 1WFY A; 2LGS A; 4BBN C; 3EGR A; 3GZN I; 1V97 A; 2RDG A; 4C7Z A; 1DOI A; 1CMX B; 4PK1 A; 4HKZ E; 3Q8C A; 1TY2 A; 3ZNH B; 1AYF A; 3UGB B; 4DXA B; 2GOW A; 3DBS A; 2ONQ A; 2W82 A; 3APD A; 3DHG C; 2G4S A; 4BFR A; 1F2R C; 1KM7 A; 2L00 B; 3DBH I; 2L7R A; 2MQJ A; 3V62 A; 4MGI E; 4RGT A; 3B1L X; 2NMQ A; 5G55 A; 4GSW A; 2REX A; 1FMA D; 3P4Q B; 5J2R A; 4O1N A; 3Q8A A; 4JPS A; 1VLB A; 2KN5 A; 2WDR B; 5L83 A; 1JRU A; 3EHV A; 1UBQ A; 2N9L A; 2ICI A; 2D3A A; 2O2V A; 3B0A A; 1Z2M A; 3AE9 B; 3OLM D; 3A9J A; 1LFD A; 2FCN A; 3EFU A; 3IXS A; 4YTM B; 3MJ5 A; 1ZUD 2; 3NS8 A; 2WGS A; 1ZPS A; 1XT9 B; 3Q69 A; 4M0W B; 5HFY A; 1N61 A; 4GDL A; 2PPH A; 1TJE A; 1TYG B; 2N4F A; 1RLF A; 2W55 A; 3BYT B; 3VR8 B; 1ZE3 D; 2KYW A; 1EUV B; 1OQY A; 2QCZ A; 2YEP F; 1FRD A; 2N1V A; 2AWT A; 3KQ4 A; 1L0V B; 5TR5 A; 4ANU A; 3RNB C; 2MJD A; 1J8C A; 3DVG Y; 5DCN A; 1WMH A; 4HEA 1; 5MPO A; 4I6N B; 1KLG D; 1TGZ B; 2C7M B; 2QC8 A; 1FFV A; 3ZNI D; 3SU8 X; 1IGC A; 3R7Q A; 1QOF A; 1FIQ A; 3W1S A; 3AEC B; 1T5X D; 2JZZ A; 4K3B A; 1ZDV A; 4LJO B; 4XX5 A; 4US9 A; 2KX3 A; 4GXB A; 1EU4 A; 5LNK 1; 1L6V A; 2JXX A; 3HUI A; 3TJP A; 3ZVV A; 2KWD A; 2QSD A; 2MWS B; 2JX5 A; 4FXC A; 4KDI C; 2N7J A; 4TMA B; 1FPY A; 4WAF A; 3VR9 B; 3ZO5 B; 4L2Y A; 4TQ0 A; 2WXO A; 4HPM B; 5AZG A; 4A3O A; 2W54 A; 2A4Z A; 3RYT A; 1ISN A; 4K7U A; 5G5H A; 1WX8 A; 3VDZ A; 2BS2 B; 5CX3 A; 5IP4 D; 3CST A; 3QC8 B; 2WYQ A; 5KHQ A; 1T3Q A; 3W9C B; 4A3P A; 2OJW A; 3Q3F A; 1KJT A; 1FCL A; 5H8Y E; 4LNN A; 4BOS C; 4KKJ A; 1TZ1 A; 2QIL A; 1JWS D; 4NQL B; 2WDQ B; 3WAO A; 1T6B X; 2K25 A; 2K9X A; 3WAL A; 2LZ6 A; 4DDG D; 3AH7 A; 1WGK A; 2NS5 A; 5JHB A; 3ML8 A; 3APC A; 5AZF A; 2HTM E; 1WX9 A; 1YMH E; 2DWQ A; 3RNF C; 4WAA A; 5FKA C; 1SSN A; 3UI3 A; 1XQQ A; 1AWD A; 1YOV B; 2MRP A; 2L8J A; 1J7B A; 2SEB D; 1Q0W B; 3UF8 A; 3OWE B; 1PUT A; 3A4R A; 2DAJ A; 3MJW A; 2L1A A; 2RMM A; 4E3C A; 4ZRP A; 4CHK A; 3Q8F A; 5KHO A; 2HDE A; 4J6I A; 3PLU A; 3RD2 A; 4ACF A; 4YTP B; 2DAF A; 2MBQ A; 3C0R B; 5DPW A; 4IKG A; 1FM0 D; 4AJW A; 2N0S B; 2G9H D; 4TKN A; 2KHW B; 2L32 A; 2D11 A; 3QHT A; 2Y5B B; 3Q8B A; 1I7H A; 3NZS A; 5FR3 A; 2KAN A; 4DQO C; 5CTR C; 2JRI B; 1LO5 D; 2LXA A; 5FK9 C; 4RGM A; 4C4V B; 5LXI B; 3RN9 C; 4JX1 C; 4OZC A; 2ZPN A; 2R2Q A; 2INP E; 3WAN A; 3VAW A; 1JWM D; 2MH7 A; 2N1W A; 1G6J A; 1KH0 A; 1MPE A; 3GOE A; 4NAW A; 3TEY A; 1YNT E; 3JVZ X; 1L6U A; 1L0X B; 1WJ4 A; 1LQB A; 3SHQ A; 1N62 A; 1EO6 A; 3TMP B; 2LD9 A; 4II2 B; 2BS3 B; 3Q3M C; 4G0N B; 1C78 A; 1QOA A; 1E8W A; 4EE2 A; 2N7D A; 1SXT A; 4GOC A; 2V1Y A; 3AV8 A; 1VZ8 A; 1TKE A; 4LNI A; 4WUR A; 4KIK A; 1WGG A; 4W9I A; 1DGJ A; 1WI0 A; 1C77 A; 2LHD A; 3R2I A; 3EFC A; 4A6Q A; 5D7G A; 3FKY A; 3URY A; 2XN9 C; 2KC2 A; 4OVU A; 1UNS A; 1VD2 A; 4ANV A; 3W5V B; 1IBX A; 1GNU A; 1FNU A; 4MT5 A; 3T9L A; 1XLP A; 3HVD A; 4BKS A; 2KT7 A; 1BML C; 1SE4 A; 1TY0 A; 5C3J B; 2ZCC A; 4BOZ B; 4ARC A; 5IN7 A; 2N9E B; 2WU2 B; 4OVV A; 2DYB A; 2MP2 B; 3JSV B; 1JW9 D; 5E6P A; 3V05 A; 3U4E G; 1P1A A; 3R3M A; 2IZV B; 4ZRQ A; 1YN4 A; 1J19 A; 2J42 A; 1L0Y B; 2LWP A; 4BZA A; 1WR1 A; 1WWT A; 1UWM A; 2BYV E; 2M4N A; 2WXI A; 2C9W B; 2W9N A; 1ZGU B; 4NNJ B; 2KQS A; 4OW0 A; 1WX7 A; 3NVY A; 4WH4 A; 5C23 A; 2PTL A; 3AU5 A; 5IA7 A; 2ZEQ A; 1WGD A; 2WXH A; 4LJP B; 1OEY J; 3BY4 B; 3DOW A; 3ZYY X; 3TBL D; 2ZJD A; 4KV2 A; 3P2B A; 1YQB A; 2N9P C; 3AE4 B; 5L95 C; 2KJH B; 2UU7 A; 5HHD G; 1QIL A; 2WLB A; 3AU4 A; 2UYZ B; 2I1K A; 2LI5 A; 3AB5 A; 1PFD A; 3HRD D; 2XK5 B; 1C9F A; 1XCT L; 3DWG C; 2LMC A; 5BMI A; 2KTF A; 2IDY A; 5I4D A; 1YX6 B; 4FN2 A; 2EMS A; 1HE8 A; 3ZRF A; 1F9J A; 3RNC C; 4XWT A; 1Y56 A; 1IUE A; 3KLS X; 2G45 B; 4KZ0 A; 2ASQ A; 3T8M A; 3NVV A; 2Z0D B; 4WQM A; 3BZD B; 2RSU A; 5TSS A; 5D3I B; 1LGR A; 5D94 A; 2ZNV C; 4IW0 A; 2V3P A; 4LTU A; 4HCP B; 4KDL B; 2DLB A; 3SDL C; 3TEZ A; 3A1Q B; 2ZNV B; 3P42 A; 4MH8 A; 1WZ3 A; 1QF6 A; 4W9L A; 3M62 B; 4GMV A; 3JYU A; 1K52 A; 5EE3 A; 5EE0 A; 3QIJ A; 1F2R I; 4HRO A; 4DHJ D; 1Q5W B; 2LUE A; 1WXQ A; 5HI1 A; 3PT2 B; 3VXW A; 3AXC A; 2V3S A; 5BMG A; 2WXR A; 1L2N A; 2WX1 A; 2PLP A; 4MM3 B; 1Q1O A; 3VVW B; 4I6L B; 2IO0 B; 3IT4 B; 3PLV A; 4ZHO A; 2IND C; 2MJ3 A; 1WXM A; 1STE A; 2RDH A; 1FCC C; 5T8I A; 4ICV A; 4LNK A; 2BQQ A; 2IY1 B; 1WE6 A; 2IGD A; 3GE8 C; 1GJZ A; 2CU1 A; 4P1B C; 2KX0 A; 1VDV A; 1RYJ A; 4BKS D; 4IWP A; 3BVM A; 2BB6 A; 4AJY B; 1KFY B; 3EEC A; 1WGY A; 4RF1 A; 1SBB B; 4HDO A; 3MC9 A; 1UZX B; 1K53 A; 4TV3 A; 2M8S A; 3W5U B; 4JGH B; 2WXP A; 3AEF B; 1SE3 A; 1HTQ A; 4RFB A; 1XF5 L; 4HKQ A; 5DPR A; 2IY0 B; 1NDD A; 3N9Y C; 1E7U A; 2IO2 B; 1WE7 A; 1J0G A; 4IDI A; 4ITK A; 2AEH A; 4ZOH C; 3DVN U; 1GB1 A; 2MBO A; 2ZW0 A; 1YQ3 B; 4GU2 A; 2EKI A; 3BK1 A; 2GBR A; 3UQB A; 2KN4 A; 4IWQ A; 1DYQ A; 1XLO A; 3QK0 A; 2FCM A; 2JYT A; 2FE8 A; 2ZVO A; 4ZYS A; 2X38 A; 2WQY B; 3HK0 A; 3P63 A; 2FIF A; 1WM3 A; 4YXD B; 4US8 A; 4KGT A; 2UWQ A; 3N1Z C; 4L23 A; 1FD6 A; 3PGE A; 1GUA B; 3H1U A; 5EDS A; 2IBI B; 3MP9 A; 5GMV A; 2HTH A; 2O2V B; 3RCZ A; 2DZK A; 2RPV A; 3I63 C; 3A9J B; 4PYZ A; 2OOB B; 2WX0 A; 3ZNZ B; 4EKU A; 2VH2 A; 1SGH A; 2VH1 A; 3BK2 A; 2N9X A; 2VZK D; 4B0M A; 2CJO A; 3AUL A; 3VRB B; 3ML9 A; 3RUI B; 2M0A A; 1ZOY B; 1JWU D; 4FHK A; 2EEL A; 3M63 B; 1X1M A; 1GPX A; 3CSF A; 2W3S A; 3DQV A; 4IM3 A; 2CKH B; 4GDL B; 3V6E B; 3X23 A; 2BYF A; 4OVZ A; 3CWI A; 1WGH A; 3AEE B; 3A9K A; 4IC7 B; 4DBG A; 3UIN B; 2BBC A; 2OJR A; 1NEN B; 4W9J A; 4DXG A; 2KOX A; 5D2M B; 4WJO A; 5E6J A; 2WHI A; 2D10 A; 3PHW B; 3V60 A; 4XDC A; 2IYD B; 1GG3 A; 1V5T A; 1WMH B; 4RF0 A; 4YWG G; 3QA8 A; 3W1S C; 1YIW A; 2JYE A; 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4IOI E; 4HPP A; 4PYU A; 1N63 A; 3R2T A; 2YEP B; 3RZF A; 2GLS A; 2ZZP B; 4A9A A; 1E7V A; 1QOB A; 2D5G A; 4GIV A; 1XXG A; 3AMZ A; 2HD5 B; 3PRZ A; 5GXG B; 2J0K A; 2HE7 A; 2WXQ A; 3R7R A; 3Q14 C; 1WH3 A; 3AE8 B; 4W9G A; 4YT0 B; 3A33 B; 4XC2 A; 4NAW B; 4M8M A; 2N9K A; 1V5O A; 4FUL A; 2WXJ A; 1R4M B; 3EC8 A; 4G3X B; 4DHJ B; 2LRU A; 2K3U A; 2JF5 A; 1FFU A; 1OTR B; 2IPK D; 1VJK A; 3QAR A; 4ASW C; 1LXD A; 4KIK B; 4RM8 A; 3U52 E; 4PS3 A; 2J0J A; 3AN1 A; 2K1F A; 1XO3 A; 3Q6B A; 3KUZ A; 2J52 A; 2D07 B; 2RR9 A; 4ICU A; 1E8Y A; 1WZ0 A; 3KW5 B; 1N5X A; 3DBL B; 2RD0 A; 2XBB C; 3H7P A; 5G5G A; 1L7Y A; 2KFK A; 2LUM A; 2LGY A; 4LK0 M; 1R4N B; 1ZW7 A; 4M01 A; 1L4D B; 1TKY A; 3Q3J A; 1OEY A; 1IBX B; 1KRH A; 1NEK B; 2BWF A; 4D2K A; 4MEL A; 1IYF A; 3VH4 B; 1DOY A; 4KX6 B; 2AQ2 B; 4C00 A; 1PGA A; 5BYS A; 3AEG B; 3QCA A; 3I5J C; 4A8X C; 3ZXV A; 1J7A A; 1T0Y A; 3T3O A; 1SE2 A; 3OJ3 A; 1NYQ A; 4EZL A; 2SAK A; 3IFW B; 2BKR B; 3U8Z A; 2IO3 B; 1RFA A; 1HA5 A; 1FO4 A; 1YN3 A; 1ET6 A; 1HXY D; 2NR2 A; 4LNF A; 4LNO A; 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