The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
MIFPGATVRVTNVDDTYYRFEGLVQRVSDGKAAVLFENGNWDKLVTFRLSELEAVKPILEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
Ssl0352 protein
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| publication title |
Solution NMR structure of Ssl0352 protein from Synechocystis sp.
rcsb |
| source organism |
Synechocystis sp.
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| total genus |
9
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| structure length |
66
|
| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11623 | NdhS | NAD(P)H dehydrogenase subunit S |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2O4X B; 2B8A A; 1WGS A; 2LRQ A; 2RHX A; 2RJE A; 2GFA A; 3LH0 A; 3UT1 A; 3OYD A; 4E7H A; 4E7I A; 3OMG A; 3L2W A; 4PL6 A; 3NTH A; 3P8H A; 2R5A A; 3E9F A; 2XDP A; 3H6Z A; 3OYJ A; 3L2R A; 1WJS A; 4L59 A; 3OS2 A; 4BE1 A; 4II1 A; 2G3R A; 2R58 A; 4PLI A; 4NS5 A; 3MEV A; 3OS1 A; 3P8D A; 3L2V A; 2RI5 A; 1WJR A; 2DIQ A; 3MP6 A; 3LGF A; 5KE3 A; 3MP1 A; 3GOX A; 3BDL A; 5KCO A; 2WAC A; 4A4H A; 1MHN A; 3OYL A; 4BE2 A; 2RHZ A; 2QQS A; 4A4G A; 3S3M A; 2E5Q A; 2EKO A; 3S6W A; 3OMC A; 3MP8 A; 3Q1J A; 4X34 A; 3ZEH A; 3S3O A; 3QBY A; 4Q5W A; 4QQG A; 3H8Z A; 3PMI A; 1G5V A; 3MEA A; 2LVM A; 4LD6 A; 4Z02 A; 4B9W A; 3OYK A; 2E6N A; 4FL6 A; 2EQJ A; 4C5E A; 3FDR A; 4EDU A; 3DLM A; 3OYE A; 4FU6 A; 3MEW A; 2EQU A; 2RHY A; 3NTK A; 2K3X A; 5J39 A; 5C0M A; 2PQW A; 2X4W A; 3CEY A; 5D6X A; 5M9O A; 5FRN A; 2L8D A; 5FRO A; 2K3Y A; 3FLG A; 5J26 A; 4C5H A; 1OI1 A; 4IUP A; 4IUQ A; 5KH6 A; 2RJC A; 3C4S A; 5C6S A; 3ME9 A; 4QQD A; 4UC4 A; 5KE2 A; 3QII A; 4IUV A; 3OA6 A; 2BIV A; 4CRI A; 3L2U A; 2LCC A; 4ZTJ A; 2JZ2 A; 2RO0 A; 2XK0 A; 2MWP A; 3ASK A; 2M1H A; 4IKF A; 4E7L A; 3EAE A; 1WJQ A; 3SD4 A; 3NTI A; 2MWO A; 1KHC A; 4PLL A; 5CIU A; 3LGL A; 2LTO A; 2R57 A; 2L3R A; 2HQX A; 2EQM A; 5IAY A; 4BAC A; 2BUD A; 2F5K A; 2DAQ A; 2RHI A; 4BD3 A; 5KCH A; 4BDY A; 4IUU A; 5D6W A; 4QVZ A; 4B9X A; 2RI2 A; 4QQ6 A; 4QW2 A; 1N27 A; 3OYB A; 3L2Q A; 3OS0 A; 3OYA A; 4C5I A; 3OB9 A; 2RJF A; 2HQE A; 2FHD A; 2X4Y A; 4RG2 A; 3O8V A; 2IG0 A; 2VYT A; 3PNW C; 3OYM A; 3OQ5 A; 3S3N A; 3OYG A; 3MET A; 2D9T A; 2LDM A; 3MO8 A; 2X4X A; 4E7J A; 1OZ2 A; 3OYN A; 3PFS A; 4BDZ A; 2X35 A; 2YRV A; 3FEO A; 3F70 A; 3QJ6 A; 2CKK A; 3E9G A; 3PMT A; 1OZ3 A; 2JTF A; 3KUF A; 2GF7 A; 4GY5 A; 3DB3 A; 5D6Y A; 5IN1 A; 3OY9 A; 1H3Z A; 4IUT A; 3LLR A; 3L42 A; 1XNI A; 4ZTF A; 3LYI A; 1RI0 A; 4OVA A; 3QKJ A; 3MEU A; 2L89 A; 2R5M A; 4C5G A; 3OYF A; 3LX7 A; 4N4G A; 4HCZ A; 3OYH A; 2DIG A; 4BE0 A; 1OYX A; 3UWN A; 3OYI A; 5FRM A; 3M9Q A; 2EFI A; 2GFU A; 2BKD N; 3FC3 A; 4A4F A; 4IUR A; 2M0O A; 2M16 A; 2P0K A; 2RI3 A; 3DB4 A; 3OYC A; 4N4I A; 2EQK A; 2O4X A; 2QQR A; 4N4H A; 4A4E A; 4E7K A; 2RHU A; 1SSF A; 2RJD A; 2NLU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WGS A; 3REB B; 4J9C A; 5I2S A; 3GP8 A; 1PCX A; 1EFN A; 2BE7 D; 3CC4 Q; 1U06 A; 3VV0 A; 3OYJ A; 3C0C A; 2OTJ Q; 5I2M A; 4QVD A; 1A0N B; 2DL7 A; 3OS1 A; 2KEA A; 1YHQ Q; 1VA7 A; 3SWN C; 4M7A C; 3BDL A; 5KCO A; 4XTY A; 5GAO l; 3G71 T; 3NPF A; 5GMK i; 2HBP A; 1JJ2 S; 2BZY A; 1O75 A; 1M1K R; 3VJP A; 1WI7 A; 4OB1 B; 3CCE A; 2V1Q A; 2XDD A; 5GAN 7; 1PKS A; 1GCQ C; 2QQA A; 1I81 A; 3FDR A; 2COY A; 1FX7 A; 3H9N A; 3MEW A; 3JCM f; 5KYW B; 1AZE A; 3AT1 B; 3JCM h; 1H92 A; 2IVW A; 1BI2 A; 2JM9 A; 4CC7 A; 1WNL A; 2EWN A; 3CC4 A; 4ZTJ A; 2LCC A; 2KXD A; 3PE0 A; 3M0T A; 3HRT A; 2MPX C; 2YWW A; 2F69 A; 4RUG A; 3SD4 A; 3M0Q A; 4ME7 A; 1Q82 R; 3CCL T; 4Y28 E; 4D8D A; 2KSS A; 4LDW A; 2F5K A; 3EHQ A; 4HKE A; 3D7S B; 3JSC A; 5GAM g; 5KYX A; 4QQ6 A; 3G71 Q; 5L8R E; 4FCY A; 1OPL A; 1XJW B; 1D0Z A; 3M5A A; 2QA4 T; 3SB2 A; 2DIL A; 1B34 B; 5CKB A; 1G83 A; 4F17 A; 4JDS A; 4E7Z A; 1VYV A; 2RQW A; 1QVP A; 1YJW A; 2MCN A; 2QG9 B; 3RR6 A; 6AT1 B; 4FYW B; 1RI0 A; 3CBP A; 1K73 C; 4M78 B; 2M0Y A; 4GBQ A; 2JVV A; 3CXC S; 4BE0 A; 3P8B B; 5FRM A; 1T3S A; 2EPD A; 2GFU A; 3C94 A; 1RAF B; 2A7Y A; 4OMM A; 2EQK A; 2RO0 A; 3JB9 H; 4JS4 A; 4ORZ A; 1KC8 C; 2DEU A; 4HVW A; 3G71 A; 1RAD B; 4M75 C; 4E7H A; 2VKN A; 4R0K A; 4C0D C; 2QA4 Q; 4N0A C; 1ZLM A; 3CCM T; 4K11 A; 4ZNX A; 3V7R A; 1EIF A; 4MZM A; 4II1 A; 1ABQ A; 4AFS C; 3EHR A; 2JMC A; 3L2Z A; 5KYU B; 4M7D G; 1W2B P; 1UHF A; 2ABL A; 3CCU T; 2L3P A; 2EGE A; 3CCV T; 2YLC A; 3OSV A; 3OW2 S; 5KYY B; 3CCL A; 5EG2 A; 2LNH B; 5FLX E; 3CCR T; 2F2V A; 1D0X A; 4IUQ A; 4QQD A; 4BY6 B; 3JCM W; 2QA4 A; 2GQV A; 3QII A; 2VAS A; 3CCM Q; 1YWP A; 1K4U S; 1FMV A; 2DTH A; 2WSF E; 1SEM A; 2HNI A; 3VS5 A; 2HQX A; 1VQM T; 1AWO A; 3VKI A; 2RQV A; 2ZZD A; 1UJY A; 1N27 A; 5CQX A; 3M0R A; 4XTW A; 1RAB B; 3CCU Q; 2L5Q A; 1KD1 C; 3RMQ A; 4A54 A; 2OX7 A; 1Y96 B; 3I5R A; 1PC0 A; 2ECZ A; 2QGF B; 1D3B B; 1YBY A; 2DET A; 3OYN A; 2X3X D; 4OGC A; 2MYS A; 5LJ3 j; 2YUO A; 3CCR Q; 3E9G A; 5CKH A; 4DEY A; 3LW5 E; 3DB3 A; 3L42 A; 4ZTF A; 1VQ6 T; 2KR3 A; 2E65 A; 1WIE A; 1MMA A; 1QKX A; 2DL8 A; 2L2P A; 4VUB A; 5LL6 S; 4LN2 A; 3CCM A; 2WSC E; 3J80 E; 4E2F B; 4RTZ A; 4IUR A; 3SFM A; 3BW1 A; 4E7K A; 1N9S A; 2AKL A; 4IIM A; 4BI8 B; 3HRS A; 3CCU A; 3CCV A; 1Y71 A; 2P0Q A; 4J9H A; 3OS5 A; 2K79 A; 3RKY A; 4L59 A; 3MCA B; 2J06 A; 1GXI E; 1WXB A; 2EW3 A; 4KGZ B; 3SWN B; 4M7A B; 3CCR A; 2RI5 A; 2K4Y A; 3M57 A; 2C0O A; 3X24 B; 2LZ6 B; 3GOX A; 1OOT A; 1S72 Q; 2HSP A; 4JJC A; 4DA4 A; 2WAC A; 1VQ6 Q; 1ABO A; 4C8Q B; 5GMK j; 2MOX A; 2PUK B; 2LJ0 A; 4M78 G; 2GTJ A; 3OBW A; 3MJX A; 1UUE A; 1FWZ A; 4OMP A; 3H0I A; 1NYF A; 2MMP A; 1AEY A; 1VQM A; 1AWW A; 1FXX A; 1GFD A; 1OX8 A; 3CBM A; 4F14 A; 2DJZ A; 4M78 F; 3JV3 A; 2QEX T; 1M4Z A; 3CXC P; 1Q86 R; 2HAX A; 3PGG A; 5KH6 A; 4ZN1 A; 1OPK A; 1H8K A; 2M1H A; 1K76 A; 3TEE A; 2HDA A; 4WF2 A; 7AT1 B; 1OU9 A; 2XDB A; 1JB0 E; 1YI2 T; 1VQ6 A; 4XU0 A; 2CZ7 B; 4MDW A; 4XTX A; 2YSQ A; 3JCM b; 1OEB A; 1QVF A; 1ZA2 B; 3OQ5 A; 2HSE B; 2M51 A; 1UGP B; 2XD0 A; 1LVK A; 4HA8 A; 1IXD A; 4PJO B; 5D7U A; 1JEG A; 1SKU B; 2QEX Q; 4HT8 A; 4F16 A; 3GLX A; 2L89 A; 3INZ A; 2A36 A; 1ACM B; 4F7U E; 1Q7Y C; 1SPK A; 3JCM c; 3FJ5 A; 3VUB A; 4A53 A; 2RF0 A; 2K9G A; 3FRN A; 3QO3 A; 2QQR A; 2QAS A; 4Z88 A; 1B07 A; 2RM4 A; 3NTH A; 2DE0 X; 2COW A; 1FYN A; 2HKQ B; 1PG5 B; 3G4S Q; 2AKK A; 3MEV A; 4OP0 A; 4E47 A; 1MV0 B; 2K3B A; 1JU5 C; 2E5K A; 3H0F A; 4J9G A; 1NBE B; 2QEX A; 2JMA A; 3EG3 A; 1VQ7 Q; 2EAY A; 3GIB A; 5I11 A; 2D8J A; 3QZ9 B; 3OMC A; 4HVU A; 2KBT A; 1Z9Q A; 3I56 T; 1VIF A; 4MMK A; 3CC2 T; 3RER A; 3PMI A; 2E10 A; 2AHJ B; 2YUN A; 1T0H A; 3NHN A; 5GAM d; 4C5E A; 4EDU A; 4FW2 A; 1YI2 A; 1XOV A; 1WHJ A; 1M8V A; 2FG0 A; 3LWH A; 2EQI A; 2RJC A; 2DER A; 4KGX B; 2RB6 A; 1M1G A; 2CH4 W; 2JZ2 A; 1U8R A; 9ATC B; 5GAM e; 5IH2 A; 1G8X A; 2JW4 A; 3OSS C; 4M7A G; 4M77 A; 1X6O A; 1BI1 A; 4QVZ A; 5GMK l; 5J3B A; 2HQE A; 2FHD A; 4RG2 A; 1K9M C; 1JJ2 A; 4OMN A; 4J9D A; 3I56 Q; 3CC2 Q; 4M7A F; 1BU1 A; 3MO8 A; 4JUV A; 2X4X A; 1DJ7 B; 1RLP C; 2JNG A; 2FZG B; 4NOY A; 4C8Q F; 4M77 E; 3PMT A; 1OZ3 A; 5IN1 A; 3CCS T; 1BBZ A; 3V8L A; 1BCO A; 5GAN j; 4PJJ A; 5IXB A; 1YJN T; 4RTX A; 5LJ5 f; 5FW9 A; 3EGX A; 2LCS A; 2BKD N; 3VS2 A; 4C92 E; 1SSF A; 3GBQ A; 5GAN 8; 1B3Q A; 2COZ A; 1I07 A; 2DBM A; 3I56 A; 5GAN d; 3CC2 A; 3PT9 A; 1T0J A; 1WHK A; 2KQW A; 3L2R A; 3A8H B; 1K8A U; 2CGH A; 3PVL A; 4PJO G; 4J6X A; 2MF2 A; 3P8D A; 1HXD A; 1P92 A; 3JB9 J; 4EMG A; 3CME Q; 3RIR A; 2DFU A; 3THK A; 1M1K C; 2DO3 A; 2CP7 A; 2EJF A; 2RHZ A; 1U5S A; 3R6N A; 4DBR A; 2EYY A; 1YJN Q; 4X34 A; 4PJO F; 3Q1J A; 4J7I A; 4XQ3 A; 1PM3 A; 1QWF A; 4KGV B; 2DVJ A; 3SDZ A; 4B9W A; 4FL6 A; 4KUD K; 1ZUU A; 4DBH A; 2YHT A; 4M75 G; 2LQ8 A; 1Y07 A; 3M58 A; 2DVE A; 4UC4 A; 1Q82 C; 4JS5 A; 2VC8 A; 3X28 B; 1M3A A; 2F5T X; 2F2X A; 2LT4 A; 2G6F X; 5LJ3 g; 1YIT Q; 1QVF S; 5CIU A; 5GAO m; 1VQ5 T; 3CCS A; 5CCA A; 1R8O B; 3NFC A; 3TVT A; 1UGV A; 2FPD A; 3OYM A; 2VV5 A; 3CCQ Q; 1YJN A; 3OYG A; 2D9T A; 2EJ9 A; 2I2L A; 2KT8 A; 1YJ9 Q; 4E7J A; 3OW2 A; 1W6X A; 2SRC A; 3EG2 A; 3UDC A; 1H3Z A; 3LLR A; 2RN8 A; 3VUZ A; 1EX4 A; 2CZ6 B; 3EH1 A; 4JPB W; 1IRX A; 1SHF A; 3WXM B; 2ZAE A; 1YIT A; 1BIB A; 2DPP B; 1VQ5 Q; 2P0K A; 2M16 A; 5GAO r; 1ZA1 B; 4PL6 A; 3OB9 A; 2OTJ T; 4HT9 A; 1ZUK A; 3UT1 A; 4E7I A; 1YHQ T; 4BI3 A; 4BI4 A; 2DRM A; 2EYZ A; 5CVI A; 4M7D B; 1YJ9 A; 3EH2 A; 1Q81 U; 3CPF A; 1WDX A; 5ECA A; 4C0F A; 2IIM A; 3QJY A; 2DKG A; 1WQW A; 2B86 A; 5CQY A; 1YCS B; 3RUX A; 4X9D A; 2O9S A; 1VQL T; 3S3M A; 1HJD A; 2EJG A; 1VQK T; 2DMO A; 2RQR A; 1ZSZ C; 5CKE A; 2FEI A; 4Z02 A; 1VQ9 Q; 1VQ5 A; 2A37 A; 4FYV B; 4KH1 B; 3J81 E; 3WVD B; 1C1A A; 4RG8 A; 1YIJ Q; 4J9I A; 1ZHI A; 3CD6 Q; 2DL5 A; 2DEQ A; 4IUP A; 4RKU E; 3L1A A; 4MZT A; 4OB3 B; 3VU3 C; 2KMT A; 3L2U A; 3UAT A; 2DZ9 A; 1NJI U; 3EFO A; 3FJP A; 2A3L A; 3EFR A; 8AT1 B; 1BKB A; 1Q81 R; 2BUD A; 2VXE A; 3GNF B; 5D6W A; 1JQQ A; 4M77 C; 2HKN A; 2CP2 A; 4C0Z A; 2ENM A; 2CP0 A; 1VQL Q; 1LCK A; 2HCK A; 1VQK Q; 2E41 A; 1SHG A; 2KYM A; 2D0Q B; 1Y7X A; 4FSX A; 1NPR A; 1O9S A; 2CRE A; 3EG9 A; 1QVG A; 1M5Q 1; 2P4R A; 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1VUB A; 3VS1 A; 3OYY A; 4RTT A; 3M59 A; 4AG1 C; 2CP6 A; 2HZY A; 2LT1 A; 1UG1 A; 2E12 A; 2XHC A; 1WXU A; 1QKW A; 3G6E A; 4BDZ A; 4JRI A; 2EBP A; 2PNI A; 1RLQ C; 4RTY A; 3A98 A; 2JN0 A; 4P5N A; 1X75 C; 3SHW A; 4RCB A; 3GNG A; 1SSH A; 3LWI A; 4FM4 B; 1VQP Q; 1UGR B; 1ZBJ A; 1TUD A; 2O9V A; 1GFC A; 1ZUY A; 1VQ8 Q; 3HKS A; 2D0N A; 3OMG A; 1JJ2 P; 1GL5 A; 1QQJ A; 1S72 T; 3E9F A; 2D8H A; 2Y4Y A; 3E19 A; 1J3T A; 5AT1 B; 4BE1 A; 3TQ7 P; 3JB9 G; 1U3O A; 1ZX6 A; 2CZ0 B; 1RUW A; 1MND A; 1MNE A; 4PNO A; 4ZGE B; 1K73 U; 3O5Z A; 2FPF A; 4MML A; 4PK4 A; 5LJ3 d; 1GRI A; 1I4K 1; 4TVR A; 1VQP A; 1B7T A; 3MEA A; 1PSF A; 2LQK A; 2ROL A; 3A1P A; 3PIP A; 1PKT A; 4GLM A; 3VS0 A; 2RHY A; 2Y90 A; 3NTK A; 1KC8 U; 5M9O A; 4L6V 5; 1B34 A; 5LJ3 e; 1OI1 A; 1X2Q A; 1TTH B; 3DKM A; 1PNJ A; 1HSQ A; 3ME9 A; 1OX9 A; 2XK0 A; 2ZPF B; 4J9F A; 2DXB A; 2AT1 B; 3QXE B; 3JB9 I; 2BE9 B; 3NTI A; 2DTO A; 4MDX A; 5HK3 A; 2LX7 A; 1UEB A; 2FB7 A; 2NUP A; 2LQN A; 1BB9 A; 2HEQ A; 1QVG S; 2H3E B; 1RAA B; 4AFZ C; 4QW2 A; 3M53 A; 1PWT A; 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