The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Ubiquitin
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| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
16
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| structure length |
80
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| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K8A A; 2K89 A; 3PST A; 3PSP A; 3L3F X; 2K8C B; 2K8B B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LKY A; 1SKR A; 3WKB A; 3M7D A; 2C28 A; 4J9K A; 3PX4 A; 1LV5 A; 2ESE A; 4PHE A; 4ELT A; 4MHV A; 1L6N A; 4B9N A; 2BKE A; 1IIP A; 4KLL A; 5FP0 A; 3FYH A; 1SV0 C; 1K5O A; 1M6Y A; 1ZQX A; 3BJY A; 2W8L A; 5ALY A; 7ICR A; 2ZTE A; 8ICI A; 4RQ3 A; 1RYR A; 1ZD2 P; 4DWI A; 4KLH A; 1JAL A; 3E0F A; 1NOM A; 2JEJ A; 2QKQ A; 4Y2P A; 4NLZ A; 3PVX A; 4PHA A; 2W3S A; 7ICF A; 3TAR A; 3M8S A; 5AI5 A; 7ICP A; 2H5X A; 3BS7 A; 1BNP A; 2JMG A; 5KFK A; 3V7K A; 3M9N B; 3WK7 A; 1SKW A; 5EOZ A; 5KFH A; 3JPO A; 4US8 A; 5EWG A; 1RYU A; 1K1S A; 2MA1 A; 4UAZ A; 4IQU A; 5HR6 A; 1ZQQ A; 5J0Q A; 3NVZ A; 1OUQ A; 3EPG A; 4RQ6 A; 3QNM A; 1MN8 A; 5IIL A; 4EYH B; 4DL4 A; 3WK5 A; 2J6T A; 3A0H U; 1UT5 A; 2ZJA A; 2G0A A; 2AH5 A; 5KAI U; 1JN3 A; 4NLC A; 2KSO A; 4B9L A; 1UT8 A; 1N61 A; 4ECQ A; 1XSN A; 2BCU A; 4I2J A; 4P2H A; 3ONN A; 9ICM A; 4XQ8 A; 1ZQV A; 2G5H B; 2QB1 A; 5ALX A; 2NRX A; 2JEF A; 2H3F A; 2BCR A; 1UCV A; 3UXO A; 4KLJ A; 1TK0 A; 3AU2 A; 3WKA A; 4GC6 A; 4KLD A; 2DFL A; 4AYB F; 2F77 X; 1S10 A; 4ELV A; 1FEZ A; 2MAX A; 1SWW A; 3K1R B; 5KG0 A; 4QZB A; 3RBE A; 4P4P A; 1DXS A; 5KT3 A; 4IC9 A; 4CGZ A; 2K4H A; 1RDF A; 2W7P A; 3C23 A; 5J2J A; 5T14 A; 4IL6 U; 1K1Q A; 1A6S A; 1RZT A; 8ICC A; 4GIB A; 2XGP A; 2XCP A; 3PMN A; 2QB0 A; 4NM1 A; 4BX9 C; 4FO6 A; 4RQ2 A; 4LZD A; 4Y2S A; 5ALM A; 3PW4 A; 1XSP A; 5J2C A; 4XA5 A; 2Y9T A; 2WTF A; 3O0F A; 1JUD A; 5KNI A; 4C4T A; 1T3Q A; 4DL2 A; 4ECV A; 4ED0 A; 8ICH A; 1ZQF A; 3PR4 A; 5C0Y A; 3GV5 B; 2O6K A; 5AKH A; 3EUB 2; 3V72 A; 4P0Q A; 4UAU A; 5ALZ A; 3MR5 A; 2HOQ A; 5J2B A; 9ICT A; 4DO9 A; 3I28 A; 2HCF A; 4TUS A; 2C2D A; 1SXE A; 4J9N A; 2ZIW B; 2KIW A; 4QZG A; 4F93 B; 5DBA A; 8ICQ A; 4C7Y A; 2EZX A; 4MFC A; 3IV6 A; 3AN1 A; 3ISB A; 4Q8F A; 3GV7 B; 3GQC A; 3PW0 A; 2ASJ A; 3RB6 A; 8ICL A; 1LVH A; 2DQN B; 4QW9 A; 2WAQ C; 1ED1 A; 2A1A A; 4AP9 A; 4JWM A; 4J9S A; 3NS1 A; 2PKE A; 3MC1 A; 4G3I A; 4NV0 A; 4TUP A; 4KLQ A; 3PR5 B; 4MF2 A; 4UAV A; 3UXP A; 1PK3 A; 3UM9 A; 3MGV A; 1Q8K A; 2IHN A; 5D49 A; 3G6Y A; 4I28 A; 4Y2R A; 4E0D A; 1JX4 A; 2I1Q A; 5DKW A; 3ISC A; 1ZQK A; 1TK8 A; 1BPZ A; 5KFT A; 2XY5 A; 2JZB B; 4F2S A; 2CPR A; 2A1J B; 4YMM A; 4NL9 A; 2PFQ A; 1S0V A; 1A77 A; 2Y0S F; 5DG9 A; 1IG6 A; 2MU2 A; 2JHD A; 1TK5 A; 1ZQO A; 5L1I A; 4J9O A; 4PL1 A; 2C2R A; 9ICW A; 3EW9 A; 3NAS A; 1T7P A; 3I1Y A; 4TUQ A; 2ISO A; 4KLT A; 4KMU A; 4MF8 A; 1PVP A; 4F91 B; 4KLF A; 4QIW C; 5F9L A; 1BVS A; 3MR6 A; 5C5J A; 3H7I A; 4GXK A; 7ICM A; 4F4Y A; 2ZXI A; 1URJ A; 2F44 A; 4U6P A; 3MR2 A; 3M1Y A; 3TI0 A; 4QZ9 A; 2XGQ A; 4B6J A; 1Z3E B; 2UVR A; 5AK4 A; 3RJJ A; 3Q8L A; 3KZX A; 4P0Q B; 1TAU A; 4QWC A; 4Y2Q A; 2KJ9 A; 4B9U A; 4DQP A; 5ALH A; 5KT2 A; 3BQT A; 2ISP A; 3GU3 A; 3UMB A; 7ICV A; 1NZB A; 1L5U A; 2LKY A; 5A0L A; 1BPB A; 2W55 A; 4DSF A; 7ICL A; 4KIT B; 4IS7 A; 1L7O A; 3J81 j; 2JEG A; 4RUA A; 2EAN A; 2K4I A; 2JV3 A; 4IR1 A; 3LWM A; 3S6J A; 1N56 A; 5D4B A; 3SYZ A; 3PX0 A; 2IBK A; 2ZTD A; 2CXY A; 1ZQM A; 1FO4 A; 2HHS A; 3SI8 A; 9ICH A; 3CW2 C; 1HJP A; 3BQ2 A; 5JUM A; 3GV8 B; 3WU2 U; 5DB6 A; 1X9X A; 5B66 U; 4PGY A; 4FZL A; 4C8K A; 3PST A; 5KFS A; 2FLN A; 2ZUC A; 5HR7 A; 3ETR A; 2NV3 A; 2ZIU A; 2OYY A; 3WK6 A; 3OTQ A; 1YT3 A; 5E79 U; 4CRX A; 3WK9 A; 3UPQ A; 4GXI A; 4G9B A; 3H4B A; 3D2N A; 2JH7 A; 3N97 B; 1UA1 A; 4EX6 A; 3EZ5 A; 2ZIX B; 4M0A A; 9ICE A; 4ECT A; 3QE9 Y; 1V85 A; 3KOO A; 2LPE A; 3K1Z A; 2HBL A; 1C20 A; 1NKB A; 2FLP A; 3LVW A; 3PO4 A; 5KG6 A; 4YMO A; 3M9O B; 3KBB A; 3ISD A; 5G5G A; 1ZQC A; 1F44 A; 5AM0 A; 9ICN A; 4NXZ A; 2GO7 A; 3ZDC A; 2XI9 A; 3ZDA A; 4M9L A; 8ICX A; 2HMX A; 2HOI A; 1RYS A; 5AKJ A; 3E58 A; 4M9J A; 3MDC A; 3FC4 A; 1X66 A; 4J9L A; 1QSL A; 3M6Z A; 2P66 A; 5L1L A; 1TAM A; 4KX3 A; 3C28 A; 3KD3 A; 1Z19 A; 4I2C A; 5ALP A; 2KN7 A; 2BQU A; 1YZ6 A; 2HDO A; 2NRZ A; 1KLN A; 5ALI A; 1H38 A; 4DQI A; 5AM4 A; 2FMS A; 3CNH A; 4RQ8 A; 2JXJ A; 3IG8 A; 5KG4 A; 4B9T A; 2D8C A; 1ZD3 A; 4BXO B; 2I9G A; 7ICU A; 5AKL A; 9ICP A; 5EWE A; 2OWO A; 4IRD A; 4JMU A; 3G6V A; 1B22 A; 3RAQ A; 2KIV A; 1U45 A; 2ZTC A; 4JWN A; 2EAP A; 9ICC A; 9ICV A; 3JPQ A; 2PI4 A; 1A76 A; 5L1M A; 3SQI A; 3N7S C; 3RAX A; 1KL9 A; 5J0S A; 3C2L A; 2IOF A; 2R18 A; 8ICS A; 1JRO A; 4GLX A; 2HVH A; 3CRX A; 4EYI B; 3C5G A; 1JXL A; 5ALU A; 3N7R C; 1OW5 A; 2KVS A; 1ECW A; 4ECY A; 2PMZ F; 4NJ8 A; 4P0P A; 1N63 A; 1UPH A; 4MFF A; 1ZQT A; 2FMQ A; 1QSY A; 5AM2 A; 2EQY A; 1DK3 A; 3B0Y A; 4O3N A; 4K4G A; 1DGS A; 4M9H A; 5KFM A; 1ZD5 A; 5L1J A; 2FJ6 A; 2K8A A; 5EE1 A; 8ICO A; 1NNL A; 5CP2 A; 5J0R A; 5GTH U; 2XID A; 4DF4 A; 3WK4 A; 4C7Z A; 2K8C B; 3GDX A; 3L5K A; 4Q45 A; 2PFP A; 1T4G A; 3H0R B; 3H8W A; 3RJF A; 2W43 A; 3WKE A; 3TAQ A; 1BPX A; 2RDI A; 2F8L A; 2GWS A; 1WYG A; 1SIJ A; 5AKI A; 4I2A A; 3QU9 A; 4DSJ A; 1HEK A; 5BPC A; 3QU2 A; 1C7Y A; 2BHN A; 2L5Y A; 5DLF A; 5AKE A; 4DFK A; 2BDP A; 4DQQ A; 4UAY A; 4J9P A; 5ALW A; 3OJU A; 1QSS A; 5H2F U; 4YP3 A; 4QZC A; 1KN5 A; 4O3O A; 3NVW A; 5ALD A; 5EE3 A; 1NKE A; 1L3V A; 2QLT A; 3RR8 A; 3TAD A; 2MRL A; 2LYB A; 4EBC A; 3F2B A; 3VC8 A; 3HKZ F; 2V9W A; 1JXE A; 5ALT A; 3OHB A; 2BCQ A; 1PK1 A; 7ICQ A; 1NKC A; 4EEK A; 3BS5 A; 2MUT A; 3SV4 A; 9ICI A; 4YCX A; 3AQE A; 4YXM A; 3C1Y A; 4UAR A; 3U26 A; 2KTQ A; 3Q8S B; 2E8N A; 2XY6 A; 2FI1 A; 1ZQ1 C; 3AU6 A; 2F1H A; 1SZH A; 1SL2 A; 1KSP A; 9ICG A; 1KBU A; 2YY6 A; 4WJ3 B; 2EAM A; 5J2I A; 2LHT A; 4PHP A; 1QCK A; 1NK4 A; 5ALJ A; 3Q8Q B; 3PNC A; 3LYS A; 4AYB C; 4F4K A; 9ICA A; 4GC7 A; 3NTU A; 3LDA A; 4UB8 U; 4R63 A; 5KFE A; 4XUS A; 2ASD A; 2NYV A; 3KHG A; 2K60 A; 5DQI A; 5KAF U; 2VKQ A; 4R65 A; 4Y2X A; 1T8E A; 3QUC A; 3CP8 A; 4OD0 A; 3AMZ A; 4DS4 A; 1KFD A; 2VJ4 A; 1X9W A; 4F4W A; 2ALZ A; 4NL9 C; 3K75 D; 1EXN A; 3QEA Z; 1HIW A; 3HT3 A; 2DUY A; 1KFS A; 1U4B A; 2OEH A; 5J0T A; 9ICS A; 3RH5 A; 3UQ0 A; 3OSP A; 3QZ7 A; 3IHQ B; 5J2E A; 2UVW A; 5CHG A; 5J2H A; 4F4X A; 5J0W A; 3C2M A; 2FLL A; 4K4I A; 2KD1 A; 3RJK A; 5J0O A; 1KRP A; 5AI9 A; 2W9B B; 4KLI A; 2D6F C; 1LKY B; 3BQ1 A; 3SEN A; 3N28 A; 1WCN A; 2GLE A; 3H8S A; 9ICU A; 3DV9 A; 8ICG A; 4PL2 A; 4ZH4 A; 3FDS A; 5JU5 A; 1Q3V A; 3AEV A; 2F8K A; 2BPC A; 2FDR A; 2NRV A; 4CF3 A; 4KN4 A; 4Y2Y A; 4ECZ A; 3A0B U; 2PFN A; 5DGA A; 2KKV A; 3V6H A; 2FPM A; 2W54 A; 1NK8 A; 1CUK A; 3T5J A; 3MFI A; 2KK0 A; 3BQ0 A; 1AQ6 A; 3OSN A; 4TQR A; 5DG8 A; 5AK6 A; 3PY8 A; 3I76 A; 3TAN A; 4TQS A; 4MEY A; 1NK7 A; 2WF5 A; 1NK0 A; 4C8O A; 1XS9 D; 2VAN A; 4DCC A; 2WB1 F; 3ALR A; 2H3Q A; 1L7N A; 3GIM A; 3Q8K A; 3PO5 A; 4J9R A; 2AHO B; 2NRT A; 5IIO A; 2KFZ A; 2WFA A; 5AM3 A; 5KFQ A; 1ZQH A; 1MQ3 A; 4DSK A; 1SWV A; 1F0M A; 2KJ8 A; 4FFD A; 5J2K A; 5JTI A; 3THV A; 4UQG A; 3QU5 A; 2Y0S C; 1B43 A; 2HSZ A; 2XC9 A; 2HHW A; 3F5E A; 2J6S A; 1X6J A; 4YMN A; 3LWL A; 3AL0 B; 3RR7 A; 5J8Y A; 3RH6 A; 3QX7 A; 3BDP A; 4QWD A; 3RFA A; 1PVQ A; 5KFF A; 2KSO B; 4FS2 A; 3V6J A; 3C21 A; 4NLN A; 4C80 A; 3UXN A; 8ICV A; 2LMR A; 4Y2J A; 4RQ1 A; 4QZH A; 3LK9 A; 2WF7 A; 9ICX A; 5J29 A; 2ATL A; 5IIJ A; 5ALS A; 2K4E A; 4MEX A; 4FZN A; 2A3V A; 4RNN A; 2EZZ A; 4ED8 A; 3AQF A; 3TKA A; 1SGG A; 2XVT A; 5KFV A; 4RQ4 A; 2G08 A; 2DKZ A; 4XRH A; 2Y9U A; 4US9 A; 4GXJ A; 1L7P A; 3PSP A; 1BPE A; 2W11 A; 3ETL A; 1RQL A; 1ZQR A; 2CRX A; 2E3T A; 3T3F A; 5KFI A; 3DDH A; 4RZR A; 3TAP A; 4RU9 A; 1NI3 A; 5DB7 A; 8ICA A; 1S0M A; 1IV8 A; 1S9F A; 7ICS A; 5KT4 A; 3V7L A; 2FPK A; 3C2K A; 3OGU A; 2BDU A; 4KLS A; 4PH5 A; 1QQ6 A; 2QAR A; 1U47 A; 4C8L A; 1V9P A; 2OCE A; 4QW8 A; 2IOH A; 4FE3 A; 5AKK A; 2KZM A; 5ALO A; 2W7O A; 1SL1 A; 4RQ7 A; 2LYH A; 1GO3 F; 2KOB A; 4DOC A; 2JRZ A; 2JH1 A; 2QB0 B; 4UW9 A; 1SV4 A; 4RT2 A; 4YVZ A; 1IXR A; 2VIX A; 5KFP A; 4ECX A; 5KG7 A; 4UAT A; 4O3R A; 5AIB A; 3EWA A; 1X6I A; 1Z4O A; 2E8O A; 2YN4 A; 3IN5 A; 3HP6 A; 4YQW A; 1RQN A; 4KN7 A; 3C29 A; 3MDA A; 5HHI A; 3N7P D; 5ALQ A; 1JMS A; 1NJZ A; 5DDY A; 3V6K A; 2M9N A; 4J03 A; 3RJI A; 2KIC A; 3FM9 A; 2FPL A; 5AM5 A; 2EAO A; 3OHA A; 4YN4 A; 2BGW A; 1MC8 A; 3IDW A; 3H40 A; 5EWF A; 9ICR A; 8ICY A; 4DQR A; 2R8H A; 4PGX A; 3UMG A; 2BQR A; 3H0M B; 8ICM A; 4J9M A; 2HHV A; 4O9M A; 3RBD A; 1DOQ A; 2B6G A; 2RLT A; 3M6K A; 4R8U A; 4PJ0 U; 1D8B A; 1N5W A; 5IIN A; 4R66 A; 1L8L A; 3FAH A; 3ICX A; 1T94 A; 4F92 B; 2F2A B; 2ODG A; 2HHU A; 3SMV A; 3TAC B; 1Z4N A; 8ICT A; 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3PSI A; 1KW4 A; 2Y1I A; 1RXV A; 4C8M A; 1U48 A; 3Q8M A; 1NZP A; 5KTQ A; 1DRG A; 2D3D A; 2YQE A; 4CNQ A; 2KP7 A; 4ED6 A; 2KKP A; 4OCZ A; 5HHH A; 2ZIU B; 4LJX A; 1JI7 A; 1D9D A; 3AM9 A; 4BJQ A; 2LBO A; 4I29 A; 4DL7 A; 4HYK A; 4BGD A; 4DL6 A; 2EH9 A; 5J0X A; 3HKZ C; 5DQG A; 2YMQ A; 5K4L A; 4P4M A; 3KTQ A; 2R8I A; 1NJY A; 5DBC A; 7ICG A; 1CEZ A; 1DK2 A; 3B0X A; 1XU4 A; 4IRK A; 5JRT A; 1J2N A; 2DF4 B; 2F1J A; 4F5R A; 2V4Q A; 1P7D A; 2KZZ A; 3C5F A; 1QQ7 A; 1D9F A; 5AI4 A; 5G5H A; 3DEE A; 5KFN A; 5DQH A; 1VDV A; 2N1R A; 2HHQ A; 5KFX A; 2GH1 A; 2R8G A; 4OJL A; 3NRW A; 4KLE A; 2BR0 A; 1S76 D; 5DGB A; 5KFA A; 4M9G A; 4C8N A; 3IG5 A; 2BPG A; 2MSN A; 4NLB A; 1FFU A; 2G07 A; 3N4M B; 4ELU A; 5F3X B; 4EZ9 A; 2R8K A; 2YB4 A; 1QLN A; 8ICP A; 3K4G A; 2YX8 A; 1FIQ A; 4K4H A; 2HW3 A; 4O5C A; 1ZQI A; 2ZIV A; 4YG2 A; 4O3S A; 4OJ6 A; 3QXG A; 3KZI U; 2E8M A; 5J2D A; 2E5S A; 3PW5 A; 2BCV A; 1QTM A; 5KG5 A; 2H3V A; 5KFW A; 2HI0 A; 5J8Y C; 2BZF A; 4UAS A; 2JR5 A; 5AKZ A; 5CWR A; 4UB2 A; 3T5L A; 1KKX A; 1QH9 A; 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