The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Ubiquitin
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| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
12
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PST A; 2K89 A; 2K8C B; 3L3F X; 3PSP A; 2K8A A; 2K8B B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TUP A; 4NLZ A; 4C8O A; 3BQT A; 2ZJA A; 4RQN A; 2FMS A; 2Y9T A; 3WKE A; 2QAR A; 2KHV A; 4PL1 A; 1Q46 A; 1QSL A; 4YD1 A; 3HKZ C; 2Y0S C; 1WCN A; 4F71 A; 7ICJ A; 4Z6D A; 8ICQ A; 1L8L A; 4X5V A; 2VJ4 A; 1H38 A; 4UAY A; 3H0R B; 1U49 A; 2R8H A; 5KFV A; 4F4W A; 7ICO A; 5C0Y A; 5HR7 A; 7ICQ A; 1SV0 A; 3C1Z A; 2YMP A; 5J0U A; 1NKB A; 5JRT A; 4BXO B; 4RUC A; 1ZRN A; 5HP4 A; 5KFK A; 5DBA A; 1U4B A; 2MU2 A; 5CA7 A; 1D9F A; 2WB1 F; 3MC1 A; 2BGW A; 2E1F A; 4UB3 A; 3HRD D; 4EBD A; 8ICJ A; 2Q0Z X; 3AMZ A; 4DS4 A; 3THV A; 3CRX A; 2B6G A; 1N48 A; 2G5H B; 4DL7 A; 2ZIU B; 4P4P A; 4ELU A; 2VKQ A; 4YR2 A; 3QU5 A; 5KG1 A; 1N56 A; 3OHA A; 4O3O A; 4NM1 A; 1U47 A; 4Y2J A; 5A0L A; 7ICS A; 1PZN A; 4B9N A; 1CEZ A; 3OTQ A; 5IIO A; 2KV2 A; 1ZQB A; 1IIP A; 2PI5 A; 3Q8K A; 3C28 A; 3PNC A; 3IV6 A; 2BHN A; 3UXP A; 1BPX A; 5CWR A; 4C80 A; 9ICK A; 2FLN A; 4UAU A; 3V7L A; 1ZQH A; 3D6J A; 4UAT A; 4C4T A; 1QSY A; 2C28 A; 3TAD A; 2W9M A; 3QUQ A; 5J2J A; 2K89 A; 4UAZ A; 5AK6 A; 5B5E U; 2LKY A; 2QB0 A; 1CI4 A; 2OYY A; 4QJF B; 5KFF A; 2KZZ A; 1SIJ A; 1BNO A; 1WWV A; 5DGA A; 4OCZ A; 4YMM A; 4TUQ A; 2FJ6 A; 3I1Y A; 2XGP A; 1NNL A; 1N62 A; 4M6W B; 1RM6 C; 2ZTE A; 2HVH A; 3RJG A; 5ALG A; 2FMP A; 5KFI A; 2BQU A; 4UB5 A; 1D9D A; 5J29 A; 2GO7 A; 3KFU F; 3SAG A; 5AKG A; 2RQ5 A; 2I1Q A; 5ALF A; 4DSK A; 2YMM A; 2HDO A; 2ZUB A; 4FZN A; 1RZT A; 1LKY A; 2R8I A; 4YXM A; 3TKA A; 4BWJ A; 4I2F A; 9ICL A; 1X9X A; 3RH6 A; 4FFD A; 3TAC B; 2KZM A; 3RAQ A; 2KE7 A; 4DSI A; 3LWM A; 3OSN A; 3H4B A; 5CB1 A; 3T79 A; 2D6F C; 3RBD A; 4DFP A; 4RNO A; 3I28 A; 4QW9 A; 4I2B A; 2ATL A; 4B9S A; 3NVY A; 3PMN A; 4QZF A; 2KJ9 A; 5J0O A; 5L1J A; 2ZUD A; 3PV8 A; 4EBC A; 5J0P A; 2LHT A; 2RLT A; 2CPR A; 3PW0 A; 2P35 A; 2AHO B; 1KRP A; 7ICU A; 3G6V A; 2WTF A; 4DFM A; 5ALM A; 5F3X B; 9ICX A; 4IL6 U; 4CF4 A; 3B9J A; 2ISP A; 4ZH4 A; 3C5G A; 2MAX A; 2EDU A; 3RJI A; 1V85 A; 5J2F A; 4O3M A; 4O9M A; 2KMD A; 2LI6 A; 2WF7 A; 5KFP A; 2KSO A; 2XY6 A; 1ZD4 A; 3RB0 A; 4EEY A; 1UHU A; 1ZQQ A; 1KSP A; 1ZQY A; 3DV9 A; 2W3S A; 4USA A; 3ZDB A; 1YT3 A; 1FFU A; 4NLK A; 4Z6C A; 1WYG A; 3PW2 A; 4M04 A; 4ECT A; 4M9J A; 1NJW A; 1RYU A; 5AKH A; 1BPY A; 4ECW A; 4QNL A; 3WU2 U; 1ZYQ A; 3QUT A; 4EYI B; 3HJE A; 4EX6 A; 3BDP A; 3AU2 A; 3H0M B; 3KOO A; 5KT2 A; 5EOZ A; 2IA6 A; 3UQ0 A; 2EH9 A; 4R63 A; 7ICV A; 2HOI A; 4DO9 A; 3KHH A; 3QU4 A; 4BDP A; 3ONN A; 5L1I A; 3IN5 A; 4F2S A; 8ICA A; 2PMZ F; 5DGB A; 3MDA A; 4M9G A; 1N63 A; 2BCV A; 4Y2Y A; 4JV1 A; 2JEJ A; 2UVV A; 1TAM A; 4YMN A; 3WK5 A; 2HBK A; 3MAB A; 4KLM A; 3V7J A; 1KN5 A; 3E58 A; 3AN1 A; 1IXR A; 2QB0 B; 4YCX A; 2HBL A; 1SV0 C; 2AGO A; 5KG5 A; 4F4Y A; 3TQ1 A; 1TKD A; 2BKE A; 3Q8L A; 2G07 A; 1T8E A; 4M0A A; 3KKA A; 4FS1 A; 2BPF A; 1L3U A; 4CNQ A; 2R18 A; 5ALS A; 5AKL A; 4Q43 A; 1YZ6 A; 1NJZ A; 4GC7 A; 3HT3 A; 3GZF A; 2A19 A; 4B6J A; 2MSN A; 4P4O A; 3GIJ A; 5ALX A; 3F2B A; 2QKQ A; 1X9W A; 2ZXI A; 2W3R A; 5KG6 A; 3N7R C; 8ICW A; 9ICU A; 3BQ7 A; 8ICH A; 3T5H A; 4RPX A; 1GO3 F; 1QCK A; 4KLJ A; 4Z6E A; 5DG7 A; 2W9A A; 3B0Y A; 1LKY B; 4UB8 U; 1HUZ A; 1V97 A; 4QZG A; 1ZQA A; 4KLO A; 1B4F A; 5ALI A; 4IS7 A; 2L5Y A; 2YMQ A; 3RJK A; 3PR4 A; 3QUB A; 4QZA A; 2HBJ A; 1SZH A; 1KKX A; 4Q45 A; 2XC9 A; 2HSZ A; 4ED0 A; 2JV3 A; 4DF4 A; 2K60 A; 1JRP A; 1O03 A; 3TAD C; 3MGV A; 1N61 A; 5D4B A; 2XGQ A; 2VAN A; 1KTQ A; 3R9K A; 4KLE A; 1L3S A; 3F5E A; 2ZG6 A; 5J0W A; 1PVR A; 4UBB A; 4QWE A; 3C29 A; 5AKZ A; 8ICI A; 2AXT U; 5G5G A; 2ODG A; 1TV9 A; 4RNM A; 3G6X A; 4F5R A; 3JPS A; 3MR2 A; 2XO7 A; 3GIM A; 3TFS A; 1JI7 A; 2C2R A; 3C5F A; 1PUZ A; 2CN1 A; 1VJ5 A; 2VA2 A; 4IQU A; 4C8M A; 1EXN A; 3N4M B; 2DF4 B; 1NZP A; 3SAF A; 3NAS A; 3H8S A; 3OSP A; 3AQE A; 1TK0 A; 1PVQ A; 1S5L U; 1F44 A; 3TAN A; 2DKZ A; 5J2B A; 2KSO B; 4U6P A; 4Q8E A; 3CP8 A; 2KJ8 A; 3H4D A; 2LYH A; 2FI1 A; 4I28 A; 1AQ6 A; 2JH7 A; 2H3Z A; 2K8B B; 9ICI A; 1DOQ A; 3L3F X; 4BGD A; 1J2N A; 4CGZ A; 2EZY A; 1P7D A; 3CYM A; 2PFO A; 8ICN A; 2IMW P; 4P4M A; 4F5N A; 4EYH B; 2P6R A; 3M9M B; 2WF5 A; 2KHQ A; 5BOL A; 1JMS A; 5IIK A; 2GOL A; 3SI8 A; 1QH9 A; 2ISO A; 4EEL A; 5EE3 A; 4O3N A; 9ICH A; 4KLS A; 3WK9 A; 3SMV A; 4J9N A; 5GTH U; 4KN7 A; 5AKE A; 4OJ6 A; 3QNM A; 2Z7J A; 1HJP A; 3EWA A; 2QLT A; 4C8N A; 2VA3 A; 3WK6 A; 1ZQO A; 1HIW A; 5AI8 A; 4MF8 A; 2Y1J A; 1FEZ A; 4UB2 A; 3WKC A; 2Y9U A; 3ED5 A; 3F2C A; 4GLX A; 4PGY A; 2F76 X; 4J9R A; 1S77 D; 1F5S A; 2FMQ A; 3RFA A; 5L1L A; 3Q8Q B; 8ICE A; 3GV7 B; 2F44 A; 3RAX A; 5D46 A; 2K8A A; 1L7O A; 2K8C B; 3PZP A; 3LDA A; 3BQ0 A; 4ECY A; 2W43 A; 4JV2 A; 4DQS A; 2IBK A; 4ZOH C; 3SV3 A; 3C21 A; 4C7Z A; 2W8K A; 1L3T A; 3L4P A; 1A0P A; 5AI6 A; 3ISC A; 5JTI A; 5J0T A; 4QZI A; 4OO1 J; 3K75 D; 3ETR A; 4KLT A; 4PL2 A; 4I2G A; 1TK5 A; 3T5K A; 1V9P A; 4F50 A; 4C0Z A; 1T3Q A; 2KVS A; 4NLN A; 5L1M A; 1N60 A; 2NRV A; 1ZQI A; 8ICT A; 1Q3V A; 4ECS A; 8ICL A; 3RH5 A; 3NUQ A; 3L5K A; 3JPN A; 3PW4 A; 9ICT A; 1NK4 A; 5DKW A; 4WJ3 B; 4K4G A; 2WF9 A; 1ARO P; 8ICB A; 5AM3 A; 2ZIX A; 3C2K A; 5J0Y A; 2I6X A; 3JPO A; 3GDX A; 1XSP A; 3PSP A; 4KLQ A; 2NV3 A; 5ALL A; 2W03 A; 2IOF K; 2OEH A; 3GFK B; 4ED2 A; 4DLG A; 1ZQ1 C; 4IR9 A; 4B9M A; 3Q8M A; 3QZ7 A; 2FPM A; 3KKA C; 1ZQF A; 5AM0 A; 5AIC A; 1DXS A; 4J9O A; 3SQI A; 5ALD A; 3FDS A; 3GV5 B; 1C7Y A; 2N1R A; 5ALW A; 1KBU A; 2HHS A; 5KT4 A; 1MN8 A; 2EAP A; 5B66 U; 1LVH A; 3BS5 A; 2P66 A; 2MUT A; 4UBC A; 3H8J A; 3RJF A; 4RQ1 A; 3BZC A; 1QQ5 A; 7ICH A; 1JUD A; 4PHP A; 5KFQ A; 3JPP A; 4DQR A; 3T5J A; 4I2J A; 2DFL A; 3PX4 A; 5D49 A; 4QZD A; 1K1Q A; 1T7P A; 3AM9 A; 2G0A A; 5DB8 A; 1XU4 A; 1ZQN A; 4Y2Q A; 1LV5 A; 1Z1V A; 4Y2V A; 3IP4 B; 1URJ A; 5KG2 A; 5KFM A; 5J2I A; 4PPX A; 1ZQS A; 3F2D A; 1X66 A; 5ALT A; 3MFH A; 2JEI A; 1X6I A; 4PHA A; 4QZH A; 5AIA A; 4QW8 A; 4KTQ A; 4QWD A; 1K5O A; 4C8L A; 2DQN B; 3EPI A; 2K4P A; 2OXO A; 4I29 A; 3BS7 A; 3LVV A; 2NRW A; 4QIW C; 5HMM A; 2KP7 A; 9ICR A; 3LWL A; 1XO0 A; 5AKJ A; 5J2G A; 5BOM A; 4UAW A; 1KFS A; 3PVX A; 5C5J A; 3RR7 A; 3T5L A; 1VLB A; 2DWQ A; 8ICV A; 2YX8 A; 3Q8P B; 2W9B A; 2K4H A; 5IIN A; 2IOF A; 2AGQ A; 3HP6 A; 2H3V A; 2O6K A; 5KFH A; 2DL0 A; 3H40 A; 3GV8 B; 4KX5 A; 2J6T A; 2KKP A; 1X6J A; 2AJQ A; 5DG8 A; 5AKK A; 1NOM A; 2H3F A; 3ISD A; 5CR0 A; 3PX6 A; 4FBU A; 3HKZ F; 2Y0S F; 5IIJ A; 4YG2 A; 2JZB A; 1TK8 A; 2AH5 A; 3CW2 C; 8ICZ A; 3MDC A; 9ICJ A; 2H5X A; 4GFJ A; 3M7D A; 2MA1 A; 4O3Q A; 3OJU A; 4I2E A; 1XSN A; 4Y2S A; 2PFP A; 4QZC A; 4AYB C; 2OWO A; 1DGJ A; 1RPL A; 4JWM A; 4EEN A; 2W54 A; 2ZIX B; 3ICX A; 4AP9 A; 2V4Q A; 7ICP A; 3PSI A; 1ZQM A; 1JN3 A; 5KT7 A; 4DL5 A; 3HW8 A; 3SV4 A; 3PR5 B; 3SD7 A; 4F91 B; 1BPB A; 3K1Z A; 5K4L A; 4LZG A; 1VDV A; 5ALY A; 1FFV A; 4BJQ A; 4EZ9 A; 3F53 A; 3QYP A; 4F4X A; 2W7P A; 4GXK A; 4RNN A; 3AQF A; 9ICB A; 2PFN A; 2QAR B; 3D2Q A; 3DDH A; 5AM2 A; 5KFC A; 4RPZ A; 3AL0 B; 2HOF A; 4Y2U A; 1QQ7 A; 3ORY A; 7ICG A; 4PJ0 U; 5ALR A; 7ICK A; 3RB3 A; 2ASJ A; 5F9N A; 2G06 A; 4NJ8 A; 4RZR A; 4UAV A; 1S10 A; 2AGP A; 1T3N A; 2ZUC A; 5JUM A; 2EAO A; 2W04 A; 5ALO A; 3BS5 B; 2G09 A; 1SKR A; 2MUT B; 3PML A; 1JX4 A; 4QIW F; 3TAP A; 1DRG A; 3FC4 A; 2XCA A; 4PZO A; 5BPC A; 2HHT A; 4MHV A; 4J03 A; 1KFD A; 1JXE A; 9ICS A; 1Z4O A; 1HEK A; 1ZD5 A; 5KL8 B; 4J9L A; 3EYZ A; 1S0N A; 3OPX A; 1BNP A; 3KZI U; 1XSL A; 4FO6 A; 5DB6 A; 5KFL A; 1T94 A; 2HHU A; 1S97 A; 1UQV A; 1IV8 A; 3WKD A; 4U7C A; 5J2A A; 2I5H A; 4JB3 A; 4NXZ A; 4JUZ A; 2BZF A; 4ELT A; 2YY6 A; 3GII A; 2RP5 A; 2Y1I A; 4B9T A; 1F0M A; 4M9H A; 4Y2R A; 5KFX A; 3M8R A; 1PVP A; 1ZD2 P; 4OD0 A; 1ZQK A; 1L3V A; 3OJS A; 3EW9 A; 5T14 A; 1SWV A; 3JPT A; 2XCP A; 1BGX T; 1ZQT A; 1SGG A; 2A1J A; 4ECV A; 3IDW A; 4F5Q A; 4RQ4 A; 9ICN A; 4DFJ A; 4O5C A; 2K4E A; 2J6S A; 5JU5 A; 2KIW A; 3VC8 A; 9ICO A; 2FDR A; 1NI3 A; 1ED1 A; 3NVV A; 1IM4 A; 7ICF A; 5DBB A; 5FP0 A; 4MFF A; 3NVZ A; 2W9B B; 2RDI A; 5AKY A; 3LK9 A; 2EQY A; 2DUY A; 3KHL A; 4DQP A; 4I2A A; 4YQW A; 2E5S A; 2H3I A; 5KFY A; 2P6U A; 5KFU A; 3KHG A; 4J9P A; 5KFT A; 8ICP A; 4CF3 A; 5ALH A; 4PZN A; 3PX0 A; 4KLI A; 1JXL A; 3FM9 A; 1KLN A; 3WK4 A; 2DPJ A; 4ECU A; 5AK3 A; 3BQ2 A; 5KAI U; 1QQ6 A; 2JZB B; 1XO1 A; 3V6J A; 2R8J A; 3AUO A; 1NK7 A; 4NM2 A; 4DWI A; 4GIB A; 1WWU A; 5ALZ A; 1Q8K A; 4QWC A; 3BQ1 A; 5HR6 A; 4M9L A; 2BCU A; 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4QWB A; 3C1Y A; 1TAU A; 4US9 A; 3SAH A; 5HHI A; 1OW5 A; 4YVZ A; 4YN4 A; 1S9F A; 1WUD A; 3S6J A; 3PO4 A; 3IRU A; 4YXJ A; 5KFJ A; 5CRX A; 4LZD A; 2OH2 A; 2EAN A; 4RT2 A; 4XUS A; 1X40 A; 3KZX A; 3H8W A; 1ZJN A; 1XWL A; 2ZIW A; 4RQ2 A; 4JMU A; 2RRD A; 4F5O A; 4DLE A; 4MEX A; 1ZQU A; 4YFK A; 2KTQ A; 1HUO A; 3ZD9 A; 7ICL A; 2AU0 A; 2WB1 C; 4I2H A; 4OJP A; 2OCE A; 3MGI A; 5EWE A; 1XNS A; 3QZ8 A; 1X9M A; 1LB2 B; 1J2M A; 4J9K A; 1SXE A; 1T4G A; 2ESE A; 1NJY A; 3IHQ B; 2VA8 A; 4QZE A; 3C23 A; 5AI9 A; 2KNJ A; 3M1Y A; 5CJ7 A; 7ICR A; 2BCR A; 1TAQ A; 5DLF A; 3MFI A; 2E8O A; 2XVT A; 4MFC A; 3PSF A; 5KFA A; 1SZP A; 1SL0 A; 1UT8 A; 1Q3U A; 3HIL A; 4RQ6 A; 2HW3 A; 5KL1 B; 4OJ5 A; 3LVW A; 4DSF A; 1K1S A; 2OHF A; 3V6H A; 4M47 A; 1L7P A; 3O0F A; 4NLB A; 5KT6 A; 2JRZ A; 4FBT A; 3QU9 A; 4IC9 A; 2HMX A; 1A77 A; 2R8K A; 4F3O A; 5CP2 A; 3TI0 A; 3UXN A; 3MR3 A; 7ICI A; 4PHD A; 4ED8 A; 2E8N A; 4YD2 A; 2E3T A; 3B0X A; 1Z1B A; 1MC8 A; 1U45 A; 5KNI A; 4ED1 A; 5J0R A; 4XRH A; 1NK9 A; 2FPL A; 2LYA A; 3M8S A; 4DS5 A; 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