The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKATANDKTYERQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| publication title |
Chimeric SHA-D domain "SH3-Bergerac": 3D structure and dynamics studies
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
9
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JU5 C; 3REB B; 2LJ3 A; 2OI3 A; 1OPL A; 2CDT A; 2X3W D; 2DL4 A; 2X3X D; 1A0N B; 4LN2 A; 1SEM A; 1G2B A; 2CT4 A; 2ESW A; 5IH2 A; 1W1F A; 3UA7 A; 3M0P A; 2DJQ A; 2RPN A; 1SRM A; 4A63 B; 2DRK A; 1UE9 A; 4J9H A; 2DL8 A; 1QKW A; 1WLP B; 2J05 A; 3VS6 A; 2GBQ A; 3NMZ C; 3UAT A; 1W6X A; 3U23 A; 1ZSG A; 2EQI A; 1HSQ A; 2GTO A; 4AFU C; 4HCK A; 1E7O A; 2JTE A; 2CRE A; 2L3Q A; 2O31 A; 2E5K A; 1WXB A; 4J9E A; 4OMP A; 1TG0 A; 4WCI A; 2KGT A; 3THK A; 2VVK A; 1H8K A; 1X43 A; 1ZUU A; 2EYX A; 2VKN A; 1BB9 A; 3NPF A; 1QWF A; 4HVW A; 2YDL A; 3LH5 A; 1GFC A; 1GCP A; 3PE0 A; 4ORZ A; 2DRM A; 1JEG A; 1E6G A; 2D0N A; 4CC4 B; 4OMQ A; 2M51 A; 2FRY A; 1LCK A; 2JXB A; 2GNC A; 3H0F A; 4AFS C; 2JMA A; 1MV0 B; 1OOT A; 2ECZ A; 4FSS A; 2DLP A; 1T3L A; 1BU1 A; 1AWW A; 1ZUY A; 2KBT A; 1UG1 A; 2LCS A; 3TSW A; 1NYF A; 1JQQ A; 2DBK A; 4HVV A; 2KXD A; 1MUZ A; 1NLO C; 1T0H A; 1OEB A; 1WX6 A; 5FW9 A; 2ROT A; 1I07 A; 4LE9 A; 2YUN A; 1JO8 A; 5GJW B; 2ROL A; 1Z9Z A; 3NGP A; 3UF4 A; 3EGU A; 2NUZ A; 2DL3 A; 1KIK A; 1HD3 A; 1GRI A; 2EGC A; 3UA6 A; 2GTJ A; 2JT4 A; 2D1X A; 2J7I A; 2BZ8 A; 3JV3 A; 2DX1 A; 1PKT A; 2J6F A; 4J9B A; 4RTW A; 3I5R A; 1WIE A; 2DE0 X; 2F2X A; 2FEI A; 2YT6 A; 2K2M A; 2RMO A; 1YCS B; 5L23 A; 2KR3 A; 2LQN A; 2CH4 W; 3IQL A; 2O88 A; 2ENM A; 3H41 A; 1AOJ A; 1XOV A; 2DL7 A; 2D8J A; 3EG3 A; 4GLM A; 1NYG A; 4JJB A; 5I22 A; 3RBB B; 4IIO A; 1UGV A; 2MOX A; 2XMF A; 4F14 A; 1UHF A; 1K0S A; 1ZUK A; 3EG0 A; 1IO6 A; 2EPD A; 1K1Z A; 2EYY A; 2DBM A; 1ABO A; 2K9G A; 2KRS A; 2EYW A; 3H0H A; 1NG2 A; 4DEY A; 2HSP A; 1YNZ A; 3EG2 A; 4JZ3 A; 2BZX A; 1TUC A; 2ED1 A; 1ZX6 A; 2EVR A; 1NM7 A; 5FWC A; 1TUD A; 1UEC A; 2C0O A; 1BK2 A; 3RNJ A; 2CUD A; 1NLP C; 2B86 A; 3VS0 A; 1WXT A; 1SSH A; 1V1C A; 1WXU A; 2RQU A; 2BZY A; 2PTK A; 1M3B A; 2J6O A; 4JZ4 A; 2A37 A; 1T0J A; 1OV3 A; 1GFD A; 2NWM A; 2HBW A; 1UJ0 A; 2C0I A; 4RTU A; 2V1Q A; 3EHQ A; 1PKS A; 2DYB A; 2RN8 A; 2JS2 A; 4J9D A; 3SHW A; 2AK5 A; 1ZBJ A; 2YUO A; 5IHI A; 1S1N A; 1G83 A; 2A36 A; 1N5Z A; 2O9V A; 3VRY A; 2LMJ A; 1GBQ A; 1U06 A; 4R0K A; 1WYX A; 4LUD A; 1WA7 A; 2KE9 A; 4JJC A; 1X27 A; 1GCQ A; 2H8H A; 1U3O A; 1PHT A; 1GL5 A; 2LNH B; 1UDL A; 1UHC A; 4D8D A; 4J9C A; 2CSI A; 2LJ0 A; 1J3T A; 1SHG A; 2FG0 A; 2SEM A; 2KYM A; 4QT7 A; 1UUE A; 1AWJ A; 2O2O A; 1M8M A; 1GCQ C; 2RF0 A; 2J6K A; 4GBQ A; 1H92 A; 3FJ5 A; 3I35 A; 4LUE A; 4ZNX A; 3PVL A; 3M0U A; 1I1J A; 1M30 A; 1RLQ C; 1MV3 A; 1ZLM A; 2FRW A; 2LJ1 A; 4KRT A; 1KSW A; 3SEM A; 5HCK A; 4DEX A; 4K11 A; 1CKB A; 3C0C A; 2BTT A; 1ARK A; 1NEG A; 2KT1 A; 1GBR A; 4M4Z A; 2LZ6 B; 3PVQ A; 2HEQ A; 2O9S A; 4RTX A; 1RI9 A; 4F16 A; 1FYN A; 2YUQ A; 4Y92 A; 2C0T A; 4D8K A; 1FMK A; 2EYZ A; 2FPF A; 1UFF A; 1X6B A; 1M27 C; 5GJV B; 4AFZ C; 4HVU A; 2DF6 A; 1UTI A; 2FPE A; 1EFN A; 1AVZ C; 1AEY A; 4RTV A; 3M0Q A; 2W0Z A; 2L3P A; 1B3Q A; 2DL5 A; 1RUW A; 2PZ1 A; 2CUB A; 1T3S A; 4RTY A; 1W70 A; 2DVJ A; 2EGA A; 2YSQ A; 2KRO A; 1QCF A; 1H3H A; 2I0N A; 2RNA A; 3I9Q A; 2K79 A; 1K0X A; 1OPK A; 2K3B A; 2EGE A; 1AD5 A; 2JMC A; 3M0T A; 2MCN A; 3REA B; 1VYU A; 3A98 A; 2QDL A; 2CT3 A; 1ABQ A; 3ULR B; 2KRN A; 3M0S A; 3VS4 A; 2AZS A; 4LNP A; 4AFQ C; 4X1V A; 4HXJ A; 1KFZ A; 4OML A; 3QWX X; 2DMO A; 1B07 A; 2L2P A; 1PRL C; 1X2Q A; 4OMM A; 1RLP C; 1JXO A; 2MIO A; 2DIL A; 4RUG A; 2L3S A; 2FPD A; 2GQI A; 2DNU A; 2LP5 A; 1Z9Q A; 4RTT A; 1YN8 A; 4OMO A; 2FO0 A; 3ZL7 C; 4E6R A; 1E6H A; 5IHK A; 5FWB A; 1X2K A; 5IXB A; 1M3C A; 1X69 A; 1Y57 A; 1AWX A; 2KXC A; 2RQW A; 3GBQ A; 4Z8A A; 3H0I A; 1VA7 A; 1CKA A; 1QWE A; 4ESR A; 1YP5 A; 2DA9 A; 1SHF A; 2RQT A; 2AKK A; 2RQR A; 3R6N A; 4J9I A; 2F2W A; 2A28 A; 2D8H A; 1WI7 A; 1KJW A; 3QWY A; 5I11 A; 2EKH A; 1SPK A; 2W10 A; 3EG1 A; 2EBP A; 2JW4 A; 1AWO A; 4CC3 A; 2HCK A; 1CSK A; 2GGR A; 2PNI A; 4AG1 C; 4CC2 A; 2DM1 A; 1U5S A; 1YWO A; 2KEA A; 2AKL A; 3KFV A; 4AG2 C; 3TVT A; 2F2V A; 1K4U S; 2ABL A; 1K76 A; 2JS0 A; 2KNB B; 2SRC A; 4OMN A; 2IIM A; 4EIK A; 2KT8 A; 1M3A A; 4Z88 A; 1HJD A; 4CC7 A; 2K6D A; 2OAW A; 3TSZ A; 3VS5 A; 2HDA A; 3VS2 A; 4JPB W; 2AZV A; 2VWF A; 2A08 A; 1X6G A; 2JM8 A; 1YWP A; 2LX7 A; 1SRL A; 2CSQ A; 1WFW A; 1QKX A; 1BBZ A; 1NEB A; 2LQW A; 1VYV A; 4J9F A; 2YUP A; 3I5S A; 2EW3 A; 2L0A A; 4J9G A; 3VS7 A; 2JM9 A; 1PWT A; 3O5Z A; 4F17 A; 2RQV A; 1AZE A; 1AZG B; 5IXF A; 2G6F X; 2KRM A; 2P4R A; 2KYB A; 4RTZ A; 3NHN A; 2V1R A; 2ED0 A; 4Z89 A; 4IIM A; 1WDX A; 5IHN A; 3VS3 A; 3VS1 A; 1JXM A; 3M0R A; 3EHR A; 3CQT A; 5EC7 A; 5ECA A; 1PNJ A; 2CH4 A; 4JJD A; 2OJ2 A; 1I0C A; 1UJY A; 1QLY A; 1VYT A; 1K9A A; 1Y0M A; 2M0Y A; 1PRM C; 2J06 A; 2K7A A; 3VRZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HFO A; 5KCO A; 4M7A C; 3REB B; 3DLM A; 1OPL A; 2X3W D; 3KXT A; 4EMG A; 3JB9 H; 1BI3 A; 2BIV A; 4LN2 A; 3CCQ T; 4J6W A; 1SEM A; 3RES A; 2CKK A; 4PJN A; 1I5O B; 1G5V A; 1D3B B; 2CZ0 B; 1MMG A; 2QA4 Q; 3QO3 A; 3OYB A; 2DRK A; 4J9H A; 2P4T A; 4OGE A; 2Y4X A; 4C5H A; 4QQG A; 1YIT Q; 2QTV A; 1ZSG A; 2EQI A; 1HSQ A; 3CD6 T; 1VUB A; 2L3Q A; 2O31 A; 4OMP A; 1KC8 R; 4J83 A; 1UGP B; 2WSE E; 3KBG A; 4M75 D; 1B34 B; 1LOJ A; 3EAE A; 1Q81 R; 4EMK C; 3RMS A; 1LNX A; 4XU3 A; 2X9H A; 4CC4 B; 2FRY A; 3SWN A; 2IG0 A; 1OOT A; 3QZ5 B; 2QQA A; 2DBK A; 1VQL A; 4HVV A; 2RH2 A; 2KXD A; 1NLO C; 5CKD A; 1V76 A; 1T0H A; 3JCM P; 1OEB A; 1I07 A; 5GAN 2; 2NUT A; 3A8O B; 4KUD K; 1R8O B; 3CPW S; 3MCA B; 4BUG A; 2ROL A; 4NS5 A; 4WF2 A; 3EGU A; 3JCM f; 2DL3 A; 3LGF A; 1XJW B; 1HD3 A; 5GMK h; 1KQS S; 2JT4 A; 2J7I A; 1DJ7 B; 3QZ9 B; 2D6F A; 4N4H A; 3CCE A; 4RTW A; 3G4S Q; 3WXM B; 2F2X A; 4M75 F; 1MMA A; 1TXQ A; 2ZPH B; 1Q7Y C; 5L23 A; 2EQK A; 2D0Q B; 3P8B B; 2DD5 A; 2EIF A; 5A0D A; 1LPL A; 2ENM A; 1SKU B; 2HZY A; 2DO3 A; 3CME T; 2FB7 A; 3X24 B; 1VOM A; 1NYG A; 3M53 A; 4IIO A; 3CCR T; 4KH0 B; 4LD9 K; 3HRU A; 3EG0 A; 2ZAE A; 3M4Y A; 4PJO E; 2EYY A; 2V26 A; 3M5A A; 1QCO A; 4EDU A; 3I56 T; 2CYZ B; 4PK4 A; 4PL6 A; 4ZTF A; 1NE8 A; 1BI0 A; 3OYD A; 5HY6 A; 2LQK A; 3ER0 A; 1ZX6 A; 2JTM A; 2EVR A; 4QQD A; 5FWC A; 4M7A D; 3CBP A; 3VYG A; 3A8H B; 4QVC A; 5IN1 A; 5GMK j; 4D6W A; 4EPC A; 3VS0 A; 2H3E B; 1WXT A; 4FCY A; 3CC7 Q; 2RQU A; 2DK3 A; 2GF7 A; 4JRK A; 2A37 A; 1T0J A; 2NWM A; 4JS5 A; 1V29 B; 1UJ0 A; 2C0I A; 4RTU A; 2V1Q A; 1PKS A; 3SDZ A; 1VQL T; 5FLX E; 4YTL A; 1MMN A; 4M77 D; 2MWO A; 2YLC A; 3M9Q A; 5IHI A; 2JJ9 A; 2LT4 A; 2P0P A; 5LJ5 e; 1ZSZ B; 2M0O A; 1ACM B; 1WA7 A; 2KE9 A; 3V7R A; 1UB4 A; 4C92 F; 1KQ2 A; 1GCQ A; 2VXE A; 1GL5 A; 1JBM A; 2LNH B; 2X35 A; 2E6N A; 1UHC A; 3SD4 A; 3CCM A; 3NTH A; 4XU0 A; 1ZA2 B; 3RR6 A; 1PSE A; 2LJ0 A; 2FL7 A; 1YIJ Q; 2FG0 A; 4QT7 A; 2KYM A; 4WTO B; 2MAM A; 3V8J A; 3VUZ A; 5KE2 A; 1M8M A; 3E9F A; 4GBQ A; 1H92 A; 3I35 A; 4M7A F; 2ZPF B; 3PVL A; 3M0U A; 1IB8 A; 1RLQ C; 1MV3 A; 1PCX A; 3E2U A; 3EGD B; 3GNG A; 1RAI B; 4K11 A; 2HMA A; 3C0C A; 2BTT A; 1ARK A; 2KT1 A; 4E7S A; 2M9U A; 1VQM Q; 4RTX A; 4F16 A; 3JB9 D; 2YUQ A; 3A1P A; 4FT2 A; 2XHC A; 2FPF A; 1UFF A; 3HTR A; 2E1H A; 1M27 C; 5GJV B; 4AFZ C; 4BY6 B; 3MP1 A; 2DF6 A; 1UTI A; 2M16 A; 3L2W A; 2P0K A; 1OX9 A; 4IUQ A; 3CCL Q; 3G6E Q; 4ZGE B; 5KYW A; 2W0Z A; 4RG2 A; 4J7F A; 2EWN A; 1JJ2 S; 3KUF A; 2CUB A; 1I5L A; 3OW2 A; 4RTY A; 1W70 A; 5CKE A; 3UT1 A; 4A4F A; 2I0N A; 2RNA A; 4XAX B; 3CC4 T; 3I9Q A; 3GPL A; 2XID A; 1VIF A; 2DIG A; 3M0T A; 2MCN A; 3H8Z A; 2HL5 C; 2CT3 A; 1XNI A; 3VS4 A; 3M59 A; 4M75 A; 4OML A; 3HFN A; 4M75 G; 1QW1 A; 1BCO A; 1Y7X A; 2DMO A; 3RDV A; 3S3O A; 2ZCF B; 2DTO A; 1RLP C; 2MIO A; 4RUG A; 2V8I A; 2FPD A; 4HT9 A; 2DNU A; 2LP5 A; 2LCL A; 2DEU A; 3JB9 F; 3ZFJ A; 1OYX A; 4A53 A; 2KVQ G; 4E6R A; 4BDY A; 3QJY A; 1VQ8 Q; 5FWB A; 2OX7 A; 5LJ3 d; 2QYZ A; 2RQW A; 5GMK l; 3E1S A; 2K4Y A; 1M2V A; 1UGQ B; 3R6N A; 4MZT A; 1YJN A; 4J9I A; 1W2B A; 1WHH A; 4OMF B; 2RK1 A; 2ZPI B; 3V8L A; 1D1C A; 3QWY A; 5GAM g; 5FU6 B; 3RIR A; 2OTJ A; 3EG1 A; 1AWO A; 4A4G A; 3M4G A; 1CSK A; 4F7U F; 4AG1 C; 4CC2 A; 1VQK Q; 2E3I A; 5LJ3 h; 2CZ1 B; 3MJX A; 2ABL A; 2JS0 A; 2KNB B; 2COZ A; 2BUD A; 3MHX A; 3SFM A; 1M3A A; 3QII A; 1YHQ T; 3TSZ A; 5A0G A; 3WVD B; 1G8X A; 4PLL A; 4DA4 A; 1FWZ A; 2JM8 A; 1YWP A; 1ZSZ C; 3I55 Q; 3CCV Q; 2V8J A; 4FL6 A; 4DBH A; 1WFW A; 2DTH A; 5D6W A; 1QVP A; 4MDX A; 1BBZ A; 1H3Z A; 4KGZ B; 2ZPE B; 1UEB A; 5GAO m; 1IGQ A; 3VU3 C; 1TTH B; 1VQ7 A; 2O01 E; 4J9G A; 3CCE Q; 1C1A A; 3GOX A; 5IXF A; 1S72 Q; 1KD1 C; 4C92 E; 5C6S A; 4J7I A; 2GQV A; 4OB3 B; 3VS1 A; 3CCU Q; 3M0R A; 3CQT A; 4J6Y A; 2COW A; 4M7A A; 3OYF A; 2DEQ A; 4II1 A; 4M7A G; 3CPW P; 2P0Q A; 2QGF B; 2YXY A; 1YJW T; 2E6Z A; 4M77 B; 1M90 C; 4MZP A; 1I0C A; 1QLY A; 4M7A E; 1VYT A; 5LJ3 j; 3GIB A; 2M0Y A; 2XDP A; 3G71 A; 5GAO r; 5CK9 A; 1M2O A; 3CMA T; 3OA6 A; 2QA4 T; 1D1A A; 1YJ9 A; 1IGU A; 1RL2 A; 2X3X D; 3TCJ A; 4BY6 C; 4X9D A; 4E7Z A; 1G2B A; 2CT4 A; 3DB4 A; 1Q86 C; 4M77 A; 4M77 G; 2KK4 A; 2EJF A; 4BI4 A; 2DJQ A; 2LVM A; 4A63 B; 2V8K A; 5LJ3 f; 2HQX A; 3CCJ A; 2MF2 A; 1WLP B; 1IXD A; 3A5Z B; 3UAT A; 1W6X A; 5FRN A; 4KUL A; 3JB9 I; 2GTO A; 4AFU C; 5LJ5 h; 3CCQ A; 4EMK A; 1WXB A; 4WCI A; 5LJ5 g; 3THK A; 2VVK A; 1OU8 A; 1NJI U; 1H8K A; 1X43 A; 5GAN f; 1ZUU A; 2OTL A; 2VKN A; 2R58 A; 4PJL A; 3OYL A; 4HVW A; 1Y07 A; 2YDL A; 2MWP A; 2LC4 A; 4ORZ A; 2DRM A; 4M78 B; 1E6G A; 4CI0 C; 1KK7 A; 3CD6 A; 3RER A; 4FU6 A; 3MEU A; 3H6Z A; 2JMA A; 3F70 A; 1VQ7 T; 2NUP B; 1T3L A; 4BD3 A; 1AWW A; 2KBT A; 2AT1 B; 3TSW A; 5D6Y A; 1LJO A; 1NYF A; 1JQQ A; 3E9G A; 3JB9 G; 2ATC B; 1MUZ A; 5HKC A; 1Q82 U; 2RO0 A; 3JB9 J; 1XTD A; 3EH1 A; 3OMC A; 1WX6 A; 2ROT A; 4O6J A; 2JN0 A; 2LNV A; 4JJN K; 5AYF A; 3FIF A; 5GJW B; 5GAN 3; 2QK0 A; 1Z9Z A; 3G4S T; 2LT1 A; 1NBE B; 1M9S A; 5FU6 C; 3ZEH A; 5GAN 5; 3CCS Q; 1KIK A; 1WHM A; 2NYS A; 2EGC A; 1GRI A; 3LWH A; 4B6M A; 5M9O A; 5LJ5 j; 2BZ8 A; 3EG9 B; 1QMC A; 4E7H A; 3QYG B; 4OB0 B; 1PSF A; 4NL2 A; 5CR2 A; 4QVZ A; 1AHJ B; 1G3Y A; 3VKI A; 9ATC B; 1G3W A; 1UGS B; 1YJ9 T; 4F7U E; 1YCS B; 3BFM A; 1OU9 A; 4FW1 A; 2LQN A; 2O88 A; 3PFS A; 1AOJ A; 1XOV A; 2DL7 A; 2NLU A; 1BI1 A; 1NJI C; 1BI2 A; 4FYX B; 2R5M A; 3CCJ T; 2MOX A; 2XMF A; 4C8Q D; 1UHF A; 3HKS A; 2YLB A; 1KD1 R; 3OYH A; 2DBM A; 1ABO A; 2KRS A; 2EYW A; 3G7Z A; 3H0H A; 4HKE A; 3JCM b; 4DEY A; 1OX8 A; 4XTZ A; 3VYH B; 4PFP A; 4IUU A; 2QEX Q; 1I4K 1; 2JTF A; 2OTL T; 4JZ3 A; 3QG1 A; 1TUC A; 4X34 A; 2QG9 B; 2WSF E; 3CME A; 1YI2 Q; 1TUD A; 1UEC A; 2C0O A; 3CCR A; 1QVF S; 3JCM g; 3OYJ A; 3RNJ A; 3JCM W; 1M90 R; 2CUD A; 2XK0 A; 1VQP Q; 1Q7Y U; 4M77 C; 1Q82 C; 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