The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
GAMGPKDIVDPATPYPGDKVIITEGAFEGFQAIFTEPDGEARSMLLLNLINKEIKHSVKNTEFRKL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Transcriptional activator rfaH
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| publication title |
An alpha helix to beta barrel domain switch transforms the transcription factor RfaH into a translation factor.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
8
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-05-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KDS A; 2IG0 A; 3CPW A; 1VQM A; 2OTL T; 5IT9 E; 1VQ7 A; 3G71 T; 3LGL A; 1YIJ A; 3CME A; 4ZN1 A; 1JJ2 S; 3G6E T; 1QVF A; 3CC2 T; 3OW2 A; 2L3R A; 3CCR T; 1VQ6 T; 1QVG S; 2OTL A; 1VQ4 T; 3G71 A; 1Q81 U; 1NJI C; 1M90 U; 3CCR A; 5A2Q E; 4YTL A; 4RG2 A; 1W2B S; 3CCQ T; 1YJW A; 1VQP T; 1JJ2 A; 3I56 A; 3CC4 T; 1YJ9 T; 1VQO T; 1YI2 T; 3PIO A; 3CCU A; 1Q82 U; 1VQ7 T; 5LL6 S; 3CME T; 1YJN A; 3LH0 A; 1RL2 A; 4X34 A; 1KC8 U; 1VQO A; 1YI2 A; 1XTD A; 1VQN T; 3CCS A; 1M1K U; 5HY6 A; 1Q7Y U; 2JUF A; 1W2B A; 5J26 A; 3J7A F; 1K73 C; 3A5Z B; 3JAM E; 1VQN A; 3CC7 A; 1K8A U; 3CCJ A; 1YJW T; 1X6O A; 3I56 T; 1S72 T; 1VQ9 A; 1VQ8 T; 3TRE A; 3PIP A; 1VQ5 T; 3CCU T; 4TVR A; 1KQS S; 1NZ9 A; 5DLQ E; 3CXC S; 1YJN T; 1S72 A; 1M90 C; 2QEX A; 1VQ8 A; 1VQ5 A; 2EIF A; 3CCS T; 1QVG A; 1VQK T; 1YIT T; 1Q86 U; 3CD6 A; 1EIF A; 3KBG A; 3CMA A; 1KD1 U; 2E6Z A; 3HKS A; 4QQD A; 1Q82 C; 3CC7 T; 3CPF A; 1VQK A; 2G3R A; 3CCJ T; 4ZN3 A; 1KQS A; 1YIT A; 2KVQ G; 3CXC A; 1VQ9 T; 3CCL A; 5FLX E; 1YHQ T; 1K9M U; 1M1K C; 1Q7Y C; 1NPP A; 1NPR A; 1YHQ A; 2QEX T; 3OW2 S; 1N8R U; 2E70 A; 3CCM A; 4CRI A; 2JNG A; 2LVM A; 1K8A C; 1Q81 C; 3CCE T; 3CD6 T; 2CKK A; 3P8B B; 3G4S A; 3CMA T; 2OTJ A; 2DO3 A; 2MWP A; 2LCL A; 1M1G A; 2MWO A; 3CCE A; 2QA4 A; 3CCL T; 3I55 T; 1NJI U; 3LGF A; 3CCV A; 2JOY A; 1KHI A; 3DB3 A; 3J81 E; 1Q86 C; 1XNI A; 3J80 E; 1K73 U; 2MI6 A; 1IZ6 A; 3I55 A; 1KC8 C; 1KD1 C; 5IAY A; 3G6E A; 2JVV A; 3CCM T; 3CC2 A; 3CPW S; 1VQ6 A; 1VQ4 A; 3ER0 A; 3G4S T; 1QVF S; 2OTJ T; 1VQL T; 1SSF A; 3DLL A; 1K9M C; 1YBY A; 1UEB A; 1BKB A; 5J3B A; 1VQM T; 2XHC A; 5DM7 R; 2LQ8 A; 2QA4 T; 1YIJ T; 3CCQ A; 3DB4 A; 1VQP A; 3OYY A; 1VQL A; 3CCV T; 3CC4 A; 1N8R C; 1YJ9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KYM A; 4R55 A; 5LJ3 g; 1OX9 A; 4OB0 B; 3CBM A; 4FM4 B; 1WXB A; 5CK9 A; 1G5V A; 1QVF A; 5FRO A; 1AEY A; 1QVG S; 1W2B P; 1UFF A; 2A08 A; 1YFN A; 2MAM A; 2PTK A; 4C8Q E; 4RG2 A; 1UB4 A; 4A53 A; 1JJ2 A; 1VQO T; 2L89 A; 4F17 A; 3FEO A; 2XU8 A; 1QKW A; 1QCO A; 1Q7Y U; 3EG1 A; 1JQQ A; 5GAM d; 3J7A F; 5EC7 A; 1OEB A; 4RCB A; 1M4Z A; 1MHN A; 1K9M R; 1GFC A; 1Z9Q A; 3SHW A; 3MP1 A; 4RTV A; 1U1S A; 1D3B A; 4F7U B; 2W0Z A; 5DLQ E; 1J3T A; 3OYA A; 4JRP A; 2ZPE B; 1WX6 A; 2EYW A; 4M7A A; 5GAN 7; 2GNC A; 4B9X A; 1ZSG A; 4OMP A; 2A28 A; 1PNJ A; 2E65 A; 2K2V A; 4BY6 B; 2RQR A; 4ZGJ B; 2LCS A; 2G3R A; 2BUD A; 4A54 A; 1TSF A; 5FLX E; 2JT4 A; 2RJD A; 1X01 A; 2QTX A; 5FU7 C; 3HRT A; 1WHM A; 4OMM A; 1YHQ A; 2HZY A; 2LX9 A; 3OW2 S; 2CH4 W; 2QQR A; 1TTH B; 1Y71 A; 4D8K A; 3S3O A; 4WTO B; 2DYB A; 3JCM W; 4LDV A; 1WGS A; 2LZ6 B; 3MKD A; 2K79 A; 1ZQ1 A; 2NWM A; 1ABQ A; 1AHJ B; 1QCF A; 5GMK j; 3EHR A; 1OV3 A; 1PKT A; 2OX7 A; 3E19 A; 2ED0 A; 2AT1 B; 3G6E A; 1MV3 A; 2VC8 A; 3R6O A; 1T0J A; 3G4S Q; 4PFP A; 3QYG B; 2F69 A; 3DLL A; 3EG9 A; 4M7D G; 1YIJ Q; 3EG2 A; 2EFI A; 2KYB A; 4KGV B; 2OTL Q; 4BD3 A; 3VYH B; 1G8X A; 1TG0 A; 1VUB A; 3S6W A; 3CC2 Q; 3DLM A; 4MZT A; 2F2W A; 2DM1 A; 5KYW A; 3MEU A; 5GAN 3; 2X4X A; 1NJI C; 4M7D D; 3PNW C; 3E1S A; 5LJ5 e; 2FPF A; 2D0N A; 3CCQ T; 1MMN A; 1KFZ A; 1WFW A; 2JS0 A; 3M54 A; 1VQ7 Q; 1M8M A; 4M75 G; 4HA8 A; 2ZPH B; 1RL2 A; 4R0K A; 1MUZ A; 2RNA A; 5CKE A; 1YI2 A; 2A0F B; 5HY6 A; 1W2B A; 3PT9 A; 4KT0 E; 1MGQ A; 2A3L A; 1IO6 A; 3GOX A; 1WHH A; 3I56 Q; 1S72 Q; 2KE9 A; 2RPN A; 1K8A U; 1VQ9 A; 2V8K A; 4M75 D; 2HKQ B; 4KGZ B; 2MIO A; 3PMT A; 3OSS C; 2DZ9 A; 3HRU A; 4DEX A; 2EIF A; 3QHS A; 4ELY C; 1I0C A; 3TSW A; 1UUE A; 4ANJ A; 3E9F A; 4C0D C; 1Y96 A; 3X24 B; 2YUP A; 4PFO A; 2IVW A; 3OYF A; 1QQJ A; 4FW1 A; 2OAW A; 4V2S A; 2FZG B; 2K3Y A; 3A1P A; 3G1J A; 1Y0M A; 2E5Q A; 1RLQ C; 2P84 A; 3I9Q A; 3CD6 T; 4M78 F; 3MP6 A; 2XDD A; 2COZ A; 1W70 A; 1TS9 A; 3CCL Q; 2GBQ A; 1C6V X; 4NL2 A; 3KUF A; 2GCX A; 3TQ7 P; 3QDR B; 4RKU E; 2CRE A; 1SG5 A; 1RI9 A; 3QXE B; 3E2U A; 2Y4X A; 4C8Q A; 5GJW B; 3JCM c; 4BUG A; 1NYF A; 1K73 U; 4ATO A; 4JJC A; 3VS2 A; 3URG A; 3M0P A; 1WXU A; 3C12 A; 3CCR Q; 2Y90 A; 4BB7 A; 4D6W A; 3BDU A; 4AT1 B; 1M90 U; 1N27 A; 1PD0 A; 2E5K A; 5CCA A; 2DIG A; 2LC4 A; 1H64 1; 3CCU A; 3ZFJ A; 5L23 A; 3LYI A; 3RKW A; 4HCK A; 1VQN T; 3CCS A; 4BE0 A; 3RBB B; 2GTJ A; 2QQ9 A; 5GMK i; 2M16 A; 5GAO m; 3CCJ A; 2DTO A; 2YLB A; 3CXC P; 1VQ8 T; 4UC4 A; 4JLI A; 1N5Z A; 2FHD A; 2ZGW A; 4XTZ A; 1AWJ A; 4B9W A; 4LUE A; 3KBG A; 3D7S B; 2EJF A; 1QVP A; 1Q82 C; 5GAN g; 1M3C A; 1P92 A; 2P4T A; 3T9N A; 2CGH A; 1BCM A; 5I11 A; 5FU7 B; 1BCO A; 4GLK A; 4VUB A; 2CZ6 B; 4LDW A; 4LUD A; 2DA9 A; 2ATC B; 1KHC A; 2QA4 A; 2VUB A; 1QWE A; 1AWW A; 2YUO A; 4J8O A; 2ZPF B; 3QWY A; 5GAM e; 1KD1 C; 2V26 A; 4C92 F; 4J6X A; 3OYE A; 4QKU A; 2H3E B; 2DD4 A; 3M9Q A; 1WJR A; 2VAS A; 2V1Q A; 1O9S A; 2RJE A; 1JU5 C; 1KQ1 A; 2LQ8 A; 2JTE A; 4C8Q C; 1VQP A; 3CCV T; 4KH0 B; 3I5S A; 4IIO A; 2YT6 A; 5FU6 C; 5GAO q; 3HHT B; 3G6E Q; 1YCY A; 1WLP B; 2DD5 A; 3OYB A; 3OYL A; 4NS5 A; 4J9H A; 4PNO A; 2R58 A; 3WXM B; 2D1X A; 2EGA A; 1WQW A; 2KAF A; 2AKK A; 3OS5 A; 4CC4 B; 2YHT A; 1PG5 B; 3IQL A; 1GFD A; 4C0F A; 2JUF A; 2WSC E; 4J83 A; 2CP6 A; 1R0C B; 2DTI A; 3CC7 A; 4XU0 A; 1ARK A; 2XDB A; 1K8A R; 1X6O A; 3OYJ A; 1BB9 A; 4LE9 A; 2O31 A; 1FWZ A; 1N8R R; 2JM8 A; 1G3W A; 1YJN T; 2K9G A; 5KYX B; 2RHY A; 5LJ3 d; 2M9U A; 4Z8A A; 3CMA A; 2KI7 A; 2HNI A; 2J06 A; 4M7A B; 4QVC A; 1VQ9 Q; 3CXC A; 3NHN A; 2V8J A; 1K9M U; 1UGR B; 1C0M A; 2OI3 A; 4RTT A; 3GF5 A; 2HQH A; 1T3L A; 3CCM A; 1TH7 A; 3CCE T; 2AKL A; 4JS4 A; 1DJ7 B; 2V8I A; 3JCM h; 2LCL A; 2AHJ B; 4PJO G; 4JJD A; 5IHI A; 4BY6 C; 4LNP A; 5C0M A; 1OPK A; 1FX7 A; 1UJY A; 1M1F A; 1WJQ A; 2KNB B; 1YNZ A; 2L3S A; 1BIB A; 2RHZ A; 1ZLM A; 1ZSZ A; 4PJO D; 1VQM Q; 1WNL A; 3OYM A; 3HFO A; 5AYF A; 4M7D F; 2NUZ A; 3DB4 A; 3QII A; 1K73 R; 3CC4 A; 1MND A; 2R5A A; 3CPW A; 3EG9 B; 4CI0 C; 1OOT A; 3G71 T; 3LGL A; 1YIJ A; 3H41 A; 1K9A A; 3VRY A; 1WI7 A; 5LJ5 f; 4WCI A; 2OTL A; 5KE2 A; 2EYQ A; 2M51 A; 4OB3 B; 4X9D A; 4M78 B; 3X20 B; 4RTZ A; 2QXF A; 1XJW B; 2QI2 A; 5A0D A; 1WIE A; 2DRK A; 3OS1 A; 4M75 F; 2VGN A; 3INZ A; 3ME9 A; 2HQE A; 3TEE A; 4XTW A; 4AFU C; 4Y28 E; 2K5L A; 1YJW T; 4PFZ A; 4ESR A; 2DXC A; 3OMC A; 2OJ2 A; 4R56 A; 3CCU Q; 3RES A; 2WSF E; 2HL3 A; 2P0P A; 1S72 A; 3CCS Q; 1VIF A; 1VQK Q; 3THK A; 2DL8 A; 3CCJ Q; 1HSQ A; 1M3A A; 4M78 E; 3NMZ C; 5GAN 8; 1UHC A; 1UGP B; 2FO0 A; 1Y96 B; 3REB B; 2JS2 A; 1Q81 C; 2ZCF B; 2BE7 D; 1X6G A; 4J6W A; 1U8R A; 2KQW A; 1PKS A; 2RN8 A; 2CZ1 B; 3O8V A; 2PVG B; 4M77 G; 1FMK A; 1Q86 C; 1FMV A; 2CH4 A; 2L3Q A; 2X4J A; 3ZBD A; 4XU1 A; 2R57 A; 1YCS B; 2OTJ T; 4RTY A; 2QA4 Q; 2ZPI B; 5DM7 R; 2RQU A; 4J9B A; 4M77 D; 3FRN A; 5HKC A; 3PVQ A; 2IG0 A; 1RAB B; 3KXT A; 3A8L B; 5IT9 E; 3OMG A; 4F04 B; 5FU6 B; 2L3R A; 2AK5 A; 3HFN A; 3C95 A; 1GXI E; 3CCR A; 4ZNX A; 4YTL A; 1QKX A; 1VQP Q; 3RNJ A; 2KT1 A; 2VV5 A; 1ZBJ A; 2E12 A; 3PIO A; 2KK4 A; 3VJP A; 1OI1 A; 2F2V A; 4C92 D; 3EH1 A; 1PD1 A; 2HMA A; 1K0X A; 2E41 A; 4BE2 A; 2YRD A; 1PRL C; 2DEQ A; 1IXD A; 1TUC A; 1NEB A; 4EMK A; 4A4G A; 3QZ5 B; 4BI4 A; 4OB2 B; 1IGQ A; 4XTU A; 3E9G A; 3VS4 A; 1YIT Q; 4E7Z A; 4IIM A; 3QG1 A; 1EIF A; 4KUI A; 3MO8 A; 3CC7 Q; 1UGV A; 2JN0 A; 3L2W A; 4DBQ A; 5L8R E; 2KVQ G; 5EG2 A; 1M1K C; 1G2B A; 2EYZ A; 1X2K A; 5CQY A; 4F7U G; 5KYX A; 1VIE A; 1SF9 A; 2KXC A; 5CIU A; 1I8F A; 3CMA Q; 4DQ2 A; 1SEM A; 3MEA A; 5GAN 5; 4C92 E; 1UGQ B; 2XI9 A; 4BDZ A; 5GAM f; 2E64 A; 1OQK A; 3NGP A; 2HD0 A; 2K6D A; 2DL7 A; 3CCM Q; 1UEC A; 2IIM A; 1VQL T; 1YBY A; 5KYN A; 3CBP A; 1U3O A; 1NLO C; 2MMP A; 2MPX C; 1BI2 A; 4LDU A; 3CCQ A; 1UE9 A; 2DVE A; 5ECA A; 5CR2 A; 2J6K A; 4OML A; 1G3Y A; 4FT2 A; 1XOV A; 5GAN d; 3VUB A; 1VQ6 T; 3I5R A; 2VWF A; 2QK0 A; 4OB1 B; 3JB9 J; 3WVE B; 3BW1 A; 4FSS A; 3CC4 Q; 3QSU A; 1YJ9 T; 2LJ1 A; 2HEQ A; 2PUK B; 1SKU B; 2SRC A; 3SD4 A; 4F14 A; 3CME T; 5GAN f; 4X34 A; 4MZP A; 4CC7 A; 3M59 A; 3OBW A; 2RQV A; 3G7Z A; 1ZUY A; 2ESW A; 3OYN A; 4M78 A; 3M0U A; 1AZG B; 1OZ2 A; 1MV0 B; 1VQ5 Q; 1I81 A; 1QLY A; 3ULR B; 3EGD B; 3EFO A; 2LQK A; 1Y7X A; 1KQS S; 2PUO B; 1PCX A; 4M7D B; 4EMK C; 4FYY B; 5J39 A; 1KJW A; 2PVD B; 3DKM A; 3CD6 A; 3X26 B; 4GBQ A; 1RAC B; 1QP3 A; 1FYN A; 1LOJ A; 2QQA A; 1YHQ T; 5GMK l; 2RK2 A; 4OMQ A; 2BKD N; 2VB6 A; 3VRZ A; 3RIR A; 5GJV B; 5GAO p; 1R8O B; 4IUU A; 4A4H A; 1N8R U; 2XK0 A; 1M30 A; 1FMW A; 1IHV A; 4HCC A; 3EFR A; 3NTK A; 3TCJ A; 1D0Z A; 2VXF A; 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3MHX A; 5IHK A; 2O2O A; 3CCV A; 2JMA A; 3VKI A; 4HT9 A; 3GP8 A; 2HSP A; 1LPL A; 4M77 F; 1I4K 1; 1QW1 A; 4KUD K; 5IAY A; 3LLR A; 2NYS A; 3QPH A; 4PJM A; 3OS2 A; 3GBQ A; 2AZV A; 5CO7 A; 2CP2 A; 1K0S A; 2QG9 B; 2DER A; 2QAZ A; 2BTT A; 2XD0 A; 2LNV A; 2GTO A; 3CPW P; 1VQ4 T; 3UF4 A; 2O9V A; 2D8J A; 4PL6 A; 2VKN A; 3UWN A; 3CCQ Q; 2RI2 A; 2ENM A; 3BY7 A; 2KXD A; 1Z9Z A; 2J05 A; 2QDY B; 1W2B S; 2BZY A; 1X27 A; 4OMF B; 2KMT A; 3EG3 A; 4C5I A; 3NTH A; 3S3M A; 1B7T A; 1RAA B; 1YJN A; 5LJ5 j; 2RB6 A; 6AT1 B; 2MK5 A; 3O5Z A; 4LD6 A; 2E1H A; 3RUX A; 2DF6 A; 2ROL A; 2JMC A; 4RTU A; 3MCA B; 3PIP A; 2SEM A; 1B34 B; 4TVR A; 2FRY A; 2XIC A; 1EX4 A; 5KYU A; 2M0O A; 4N4H A; 4EMK B; 4DBR A; 4RTW A; 2LX7 A; 2LCC A; 1SRL A; 4OP0 A; 4JDS A; 4JZ3 A; 5GAN e; 3EGD A; 4OVA A; 1YIT A; 2EQK A; 1LNX A; 3OQ5 A; 4OGE A; 4ZTJ A; 2DAQ A; 4J9I A; 4MDW A; 4M7D A; 1Q7Y C; 3C0C A; 2QEX T; 1WZO A; 1ZX6 A; 3CD6 Q; 2LVM A; 4F7U F; 3H0H A; 4FIB A; 2EGE A; 4FW2 A; 2NLU A; 2KBT A; 3RKY A; 4ZGE B; 1NJI U; 2JOY A; 4M7A G; 2XKO C; 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