The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
GSHMLEMAGALDASQMSNLPPSTLNLSLTGVMAGDDDSRSIAIISKDNEQFSRGVNEEVPGYNAKIVSIRPDRVVLQYQGRYEVLGLYSQEDSGSDGVPGAQVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
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| molecule keywords |
General secretion pathway protein C
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| publication title |
Solution Structure of Homology Region (HR) Domain of Type II Secretion System.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Dickeya dadantii
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| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2Y4Y A; 2Y4X A; 2IVW A; 3OSS C; 2LC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y4Y A; 4D8D A; 2CYZ B; 2HAX A; 2KXD A; 2BZ8 A; 1BIB A; 5LJ3 d; 1MND A; 2F1L A; 3E19 A; 3EFO B; 1BB9 A; 4KGX B; 3H9N A; 1Y96 B; 3ZL7 C; 3M58 A; 3TRE A; 3HSB A; 3CQT A; 1VQN Q; 2J6F A; 4Z8A A; 3M53 A; 1YI2 T; 2KEA A; 4M78 F; 2VXE A; 1NYG A; 2VV5 A; 1X2Q A; 2RHI A; 2YUN A; 3LW5 E; 1VQ5 T; 1C0M A; 4JDS A; 1QW1 A; 1H3Z A; 1ZX6 A; 1ZQ1 A; 1V1C A; 2HL5 C; 1WX6 A; 1N9S A; 4Z88 A; 1Q81 R; 4CC4 B; 4C8Q B; 3MEV A; 4BE0 A; 2KY9 A; 2V1R A; 1PKT A; 2KI7 A; 3M0S A; 1OU9 A; 4F14 A; 4VUB A; 1KQS S; 1FX7 A; 1VQ5 A; 2ZCF B; 4GBQ A; 4PLL A; 4OGE A; 1WNL A; 4IUT A; 2XMF A; 2K7A A; 2DRM A; 2ZPG B; 4M77 C; 4LDV A; 5KE3 A; 1NEG A; 3JCM e; 3CD6 T; 2DL4 A; 3S3O A; 1Y7X A; 2DBM A; 1KSW A; 4RTZ A; 1UGS B; 2MWO A; 3X24 B; 1ZA2 B; 4C8Q D; 1BCM A; 3RKX A; 1VYU A; 1ZUY A; 3MCA B; 2XU8 A; 3E1S A; 2QAZ A; 4II1 A; 4C92 A; 1AWO A; 3CD6 A; 1MHN A; 5D6Y A; 1V76 A; 2EKH A; 4Z89 A; 3PVL A; 2CT4 A; 2P4R A; 3TSW A; 1MGQ A; 3G1J A; 2NWM A; 2VXF A; 2E41 A; 1Q82 C; 4KT0 E; 2AZS A; 2QK0 A; 3M55 A; 2FO0 A; 4IUQ A; 2COY A; 1WA7 A; 3I9Q A; 5KYN A; 2G3R A; 5A0L A; 1BCO A; 1M1K C; 4FYY B; 1S72 Q; 1PM3 A; 1X6B A; 1OX9 A; 5CIU A; 4DEY A; 4E7H A; 3H8Z A; 2GGR A; 1IZ6 A; 2HSE B; 4LXC A; 1YIT T; 4J9E A; 2VWF A; 4QKU A; 1JRI A; 3QUI A; 2DET A; 3NHN A; 3HTR A; 1ZSG A; 2M16 A; 2QTX A; 2CSQ A; 2DD5 A; 4M7A A; 5HK0 A; 2DIQ A; 3T9N A; 3M57 A; 1B07 A; 2NYS A; 2QAS A; 4ME7 A; 1YIT A; 2F5T X; 5KYY A; 1EZZ B; 2PVD B; 2VAS A; 1RUW A; 3CCL T; 5GAN 8; 4ATO A; 2BZX A; 2JMA A; 1D3B B; 3CC2 Q; 4M7D A; 3A8L B; 3FIF A; 1EX4 A; 5D7U A; 2E5Q A; 3MEW A; 3THK A; 5GAO n; 3RNJ A; 4A4K A; 3L2V A; 1M3A A; 4DBQ A; 4M77 B; 5IHI A; 1M2V B; 3OW2 P; 2RHX A; 1YWO A; 3V8L A; 5GMK l; 3HPW A; 4A4G A; 3CCL A; 1UG1 A; 2EW3 A; 2BUD A; 3M0U A; 2CZ1 B; 4BD3 A; 1NJI C; 1E6H A; 4BY6 C; 3G4S T; 3I5S A; 1NM7 A; 4FT2 A; 2L3S A; 2X35 A; 5CO7 A; 3UAT A; 3JB9 D; 5IXB A; 1HK9 A; 1M3C A; 4E7J A; 4IUP A; 4OMN A; 2NUZ A; 4MZM A; 4C8Q G; 3PIO A; 1ZBJ A; 4AFS C; 3L2R A; 2JS2 A; 4M77 D; 4DBH A; 2PUO B; 2CP6 A; 2Y90 A; 3G4S A; 2VVK A; 4HXJ A; 1WI7 A; 4A63 B; 3QWY A; 1PSE A; 4HT9 A; 2A3L A; 4PFZ A; 1O75 A; 1M27 C; 3VJP A; 4V2S A; 2CZ0 B; 4JLI A; 1YHQ T; 1D0Z A; 4CC3 A; 2KQW A; 2IG0 A; 1CSK A; 3OBW A; 4F7U A; 5I22 A; 4M7A C; 3E9G A; 1CKB A; 1PD1 A; 1Q86 R; 4OML A; 5J39 A; 3OYH A; 1OV3 A; 2KRS A; 5EG2 A; 3RIR A; 3UDC A; 4FSX A; 2XHC A; 1JXO A; 5AYF A; 4C8Q F; 2LQW A; 1YHQ A; 2ED0 A; 4M7D C; 1JQQ A; 1SEM A; 2MK5 A; 2DXB A; 2X4J A; 3VRZ A; 5I11 A; 2K57 A; 1WJS A; 4XTU A; 1I5L A; 5GMK m; 3EH2 A; 4Z02 A; 4C0Z A; 3PIP A; 2F2X A; 4E7Z A; 1NG2 A; 5A0D A; 2CP5 A; 4M4Z A; 1ABO A; 3SEM A; 1WHH A; 2CP2 A; 4BI8 B; 4J7I A; 1I07 A; 3I5R A; 4IUU A; 4AT1 B; 5KE2 A; 1ACM B; 2RMO A; 1PSF A; 2NUT A; 1QVF A; 2DXU A; 1EIF A; 1B34 B; 3ZFJ A; 2JVV A; 2J6K A; 2ZAE A; 1VA7 A; 1TTH B; 1UDL A; 2XDD A; 2CP0 A; 2DE0 X; 4OF1 A; 2FRW A; 3PNW C; 1A0N B; 1YJW Q; 3OMC A; 1ZSZ A; 3CCU Q; 4J9D A; 2X4Y A; 3G71 Q; 3CME T; 5I2S A; 2OX7 A; 4LDX A; 2DIL A; 2XIC A; 5DY9 A; 3KXT A; 2QDL A; 3C0C A; 3JCM d; 2D9T A; 2EBP A; 5CVI A; 4BY6 B; 4MZT A; 1YNZ A; 2YLC A; 5GAO l; 2IPO B; 2M02 A; 1CKA A; 1N8R C; 2EYZ A; 1WPY A; 3JB9 G; 4XK8 E; 4B9X A; 2L5Q A; 1SSF A; 2KSS A; 1IGU A; 2M9U A; 4EIK A; 4QQ6 A; 3M54 A; 2DXC A; 1IRE B; 1VYV A; 5DLO A; 4J9I A; 4M77 G; 2KYM A; 2D8H A; 3MEA A; 4HVU A; 2QYZ A; 3URG A; 1M5Q 1; 1VQL T; 2JM8 A; 2A28 A; 1RAI B; 4M7A B; 1QWE A; 3CC7 T; 1ZBX A; 1UEC A; 1YWP A; 4RTW A; 1I5O B; 2XK0 A; 4QVC A; 3M9Q A; 3MET A; 3CPW P; 2DTH A; 3X20 B; 1KJW A; 4PKC C; 2MWP A; 5KYY B; 3JB9 F; 4B9W A; 3G6E T; 4JLG A; 6AT1 B; 3CCR T; 4KUL A; 1NLP C; 4M7D B; 3NGP A; 5A2Q E; 1ZSZ C; 1VQL A; 5CR2 A; 3CC7 A; 1G5V A; 2C06 A; 1H64 1; 4L59 A; 4M77 F; 1KG1 A; 2RHU A; 2LZ6 B; 4M7A D; 3DKM A; 2J05 A; 1K8A U; 2P0K A; 3CBO A; 3FDR A; 2JMC A; 3G6E A; 4LDW A; 5IT9 E; 2V26 A; 3CCR A; 2HQE A; 1VQ7 A; 3HHT B; 1K9M C; 1U06 A; 4JRK A; 5GAO m; 3PMT A; 2HQH A; 1SHF A; 2AKL A; 3KUF A; 1K4U S; 3RMQ A; 2H3J A; 1BIA A; 2DL8 A; 4M7D D; 3MO8 A; 1KC8 U; 4RG8 A; 1VQ9 T; 5GMK h; 1TUD A; 1RAF B; 3UF4 A; 1RLP C; 2R58 A; 4NL2 A; 3CCM T; 1WFW A; 3P8H A; 4O5V A; 4Y28 E; 2DD4 A; 1VQ8 A; 4ZN1 A; 2I0N A; 5GJW B; 2GNC A; 2K3B A; 4ELZ C; 5IAY A; 2FVU A; 4CRI A; 3CCS T; 2XD0 A; 2JOY A; 3CCQ A; 1VQ9 A; 2EGC A; 3JSC A; 3OYD A; 3OS0 A; 2HZY A; 2D0Q B; 2L8D A; 1AEY A; 2O9V A; 1NEB A; 2EYQ A; 1SG5 A; 3CCM A; 1D1A A; 4BI4 A; 2K4Y A; 1VQ7 Q; 2IIM A; 4JJN K; 3OYA A; 1U3O A; 2C0I A; 3EGX A; 3RMS A; 4C92 E; 1R0B G; 1VQM Q; 3CC4 Q; 1Q95 G; 2LCS A; 2QDY B; 5LJ5 g; 4C8Q C; 5M9O A; 1OZ3 A; 3MP1 A; 1YCY A; 2DPP B; 2DVE A; 2JS0 A; 1YJ9 T; 2LX9 A; 2D1X A; 3EHQ A; 3OS1 A; 2KR3 A; 1TUG B; 3JB9 I; 5FRM A; 2R5A A; 5IH2 A; 1QWF A; 4GLM A; 1YFN A; 4XTY A; 4C0F A; 5CK9 A; 3HRS A; 2KAF A; 3CCQ Q; 2YRC A; 4C0D B; 5GAN h; 1JJ2 P; 1RAG B; 1LVK A; 1PKS A; 2JN0 A; 1H92 A; 3PTA A; 3TSZ A; 3SDZ A; 4LNP A; 1QVF S; 1VQO Q; 1KD1 C; 1WHJ A; 4HT8 A; 1YJ9 A; 1LCK A; 3CMA T; 1ZSZ B; 2E4H A; 1G83 A; 1UGP B; 4Q5W A; 2OTJ Q; 2DF6 A; 3SFM A; 4M75 E; 3HFO A; 2HEQ A; 1X27 A; 4JS5 A; 2L3R A; 4C5E A; 1ZLM A; 2RK1 A; 1MV3 A; 1MMN A; 4M7A G; 1UB4 A; 4X9C A; 2AIR B; 3SD4 A; 2YT6 A; 1X43 A; 2RHY A; 3UT1 A; 1AHJ B; 3OYN A; 4DOV A; 2LCC A; 1LOJ A; 2HMA A; 1UFF A; 1X2K A; 1YIJ T; 1OEB A; 4M7D G; 4X9D A; 3CCJ T; 2V8I A; 3OYJ A; 1G8X A; 4LDY A; 3REA B; 1OZ2 A; 2VGM A; 3V7R A; 3VKI A; 2DIG A; 4C0G A; 3OW2 A; 2JTM A; 3JB9 J; 4LN2 A; 2ZZD A; 2KYB A; 4LUE A; 4WF2 A; 1VQP T; 3EG3 A; 2PUK B; 2GFU A; 2CH4 A; 2O2O A; 2RI3 A; 4J8O A; 4AFU C; 4M7A F; 2JW4 A; 3BY7 A; 1YIJ A; 4K11 A; 1G3S A; 4NOY A; 4HCC A; 7AT1 B; 2CH4 W; 4EMK A; 2GBQ A; 1QCF A; 1M4Z A; 4DEX A; 3EGD B; 1M1F A; 3JCM P; 2DJQ A; 3L2W A; 2JJ9 A; 4LD6 A; 4ZGD B; 3MP6 A; 1VQP A; 4OMP A; 4PJN A; 3H0I A; 4M7D F; 1JXM A; 1QP2 A; 4PLI A; 2L2P A; 1PCX A; 3EFS A; 3BE3 A; 1Q7Y U; 4GY5 A; 1YI2 A; 2OTL T; 1WLP B; 4BI3 A; 1VQ6 Q; 3RDV A; 2LNH B; 3REB B; 3I55 T; 4ZNX A; 3VS3 A; 1K76 A; 3FC3 A; 5HY6 A; 4F7U E; 4XAX B; 2QXF A; 2LQN A; 2MYS A; 4LDU A; 1FMW A; 1EFN A; 3WVE B; 1QLY A; 2F5K A; 2DO3 A; 2LQ8 A; 2AT1 B; 5KYW B; 3GF5 A; 1RL2 A; 1SKU B; 3I55 A; 4A4H A; 1E7O A; 2A7Y A; 1M30 A; 3S3M A; 2A08 A; 1AWW A; 2BZY A; 1F1B B; 2RQW A; 2R5M A; 2L3Q A; 1X6G A; 2YWW A; 4O6J A; 2M51 A; 2PTK A; 2FZG B; 1YI2 Q; 1M8M A; 1IO6 A; 5GAN f; 1Q81 C; 1VQ5 Q; 3WVD B; 4FCY A; 1AZG B; 1AOJ A; 1G3Y A; 3MJX A; 3RKW A; 1TXQ A; 3HKS A; 1LJO A; 4E2F B; 4JPB W; 1K8A R; 5LJ5 h; 2GF7 A; 4D8K A; 3EGX B; 3N5B B; 1GL5 A; 2KRN A; 1XJW B; 2O01 E; 4WTO B; 4RKU E; 3QJ6 A; 2DZC A; 2FYK A; 3G7Z A; 4PJL A; 1N6A A; 2FZC B; 4JJB A; 1KC8 R; 3L42 A; 2RJC A; 2HNI A; 3VYH B; 3A8O B; 3CD6 Q; 4MDX A; 4M75 A; 2MCN A; 1P92 A; 2JM9 A; 3TQ7 P; 1X6O A; 3FLG A; 2GCX A; 3NTH A; 4OB0 B; 2LJ3 A; 3QWX X; 4J9H A; 2OAU A; 1IXD A; 4DA4 A; 2LMJ A; 5GAN 2; 4FL6 A; 2DEU A; 1BU1 A; 2EYW A; 3QXE B; 2EQM A; 1NPR A; 2CDT A; 4C92 C; 4Y92 A; 4MMK A; 2RN8 A; 3BW1 A; 1ABQ A; 2RJE A; 2A0F B; 3OYL A; 2EQK A; 4A53 A; 3QZ5 B; 5GAM h; 3CCV T; 2PVG B; 4F16 A; 2MOX A; 1NBE B; 3CPW A; 1K73 C; 5CKD A; 1FYN A; 3VS4 A; 2PU9 B; 1KD1 U; 1Y0M A; 1E6G A; 4JRP A; 4GLK A; 3V7C A; 1OU8 A; 4X34 A; 3JAM E; 4FM4 B; 4B6M A; 4E6R A; 2HQX A; 5CKB A; 2VGN A; 2LVM A; 1BI3 A; 4FYX B; 3CCV A; 3SWN A; 1T0J A; 3AT1 B; 3JCM X; 4JJC A; 2COW A; 2JZ2 A; 1YIT Q; 4XTW A; 2CGH A; 2K2V A; 5LJ5 j; 5GAO p; 4FSS A; 1M2O A; 3LYI A; 3OW2 S; 8ATC B; 1DJ7 B; 3VV0 A; 4A4E A; 4E7K A; 1D0X A; 1G3T A; 1MMD A; 3R6N A; 2QGG A; 3UPU A; 1U1S A; 2DYB A; 3LGL A; 2E3H A; 4EMK B; 4JS4 A; 5HK3 A; 1NPP A; 2QEX T; 3NFC A; 1IGQ A; 1UHF A; 2K5F A; 3NTK A; 5FW9 A; 3CCL Q; 3GOX A; 1QVG P; 2DBK A; 2EIF A; 4ESR A; 2K5L A; 4N0A A; 3OMG A; 1GCQ A; 2FRY A; 3JRZ A; 3VYG A; 4RTX A; 1I8F A; 3ZEH A; 4X1V A; 3DB4 A; 1U8R A; 2QEX A; 4KBM B; 1SRL A; 4BDY A; 1OOT A; 2DVJ A; 3EG2 A; 3OYB A; 2E10 A; 3G4S Q; 2FHD A; 2HKQ B; 1Y07 A; 3JV3 A; 4IUR A; 2K6D A; 1XNI A; 4YTL A; 2CS7 A; 5LJ5 f; 4HA8 A; 1K1Z A; 1QVG S; 1K0X A; 4J5Y A; 2RK2 A; 5FLX E; 3ULR B; 2M1H A; 1QP3 A; 4DOW A; 2LRQ A; 2MF2 A; 3GLX A; 3M0Q A; 2EFI A; 5GAN g; 2K3X A; 4C92 B; 2J7I A; 2QA4 T; 2P0Q A; 1UGQ B; 5EC7 A; 1YHQ Q; 2CRE A; 1PNJ A; 5I21 A; 4PJJ A; 2V8K A; 1Z9Q A; 2X51 A; 2X4W A; 4DBR A; 1SHG A; 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1PC0 A; 2YXY A; 2FG0 A; 3CPW S; 3OYE A; 2B86 A; 2DXT A; 3OYF A; 4LE9 A; 1AVZ C; 5HKC A; 3JCM W; 2K9G A; 3L2U A; 3EFR A; 2O88 A; 3MEU A; 1PD0 A; 4KUD K; 2KNB B; 3HL8 A; 1BI1 A; 3M0P A; 2VKN A; 1I0C A; 1UGV A; 1HJD A; 1YJN T; 3RKY A; 1WHL A; 4FU6 A; 2LQK A; 1WJQ A; 1VQL Q; 1T3S A; 1KHI A; 1K73 U; 3CC7 Q; 1UGR B; 3EG1 A; 1IHV A; 4RTT A; 2DMO A; 1WZO A; 4AFZ C; 1NJI U; 1VQ4 T; 4HCK A; 3H0H A; 3C12 A; 3PE0 A; 4F7U B; 1UHC A; 5LJ3 h; 3PGG A; 3G6E Q; 1J3T A; 2EWN A; 3PFS A; 4XQ3 A; 3CCR Q; 5GAN 6; 3JCM b; 1YJN A; 1ZUU A; 3OS2 A; 4RTY A; 1ZUK A; 1MMA A; 3M5A A; 3CCS A; 1AT1 B; 1WJR A; 3O8V A; 4RCC A; 2KMT A; 5FU7 B; 1TU0 B; 1OPL A; 1RAD B; 1BI0 A; 4JZ4 A; 3VS6 A; 1R8O B; 4C92 G; 1KD1 R; 2FPE A; 1VQ4 A; 3PT9 A; 3X25 B; 2LJ1 A; 2HBP A; 2PVO B; 4BE2 A; 2YUQ A; 2I2L A; 2RF0 A; 1OUL A; 2AK5 A; 3INZ A; 2EGA A; 5J26 A; 4J7F A; 1VQ8 Q; 4MML A; 5GMK i; 1IHW A; 4J9G A; 4IUV A; 1UJY A; 2K2M A; 3RBB B; 3S3N A; 1HYO A; 3I35 A; 5CKF A; 4D6W A; 1BBZ A; 2DJZ A; 1YCS B; 1VQ9 Q; 2YDL A; 2CSI A; 4RCB A; 1VUB A; 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