2MJVB

Solution structures of second bromodomain of brd4 with di-acetylated twist peptide
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KDVPDSQQHPAPEKSSKVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Twist-related protein 1
publication title Disrupting the Interaction of BRD4 with Diacetylated Twist Suppresses Tumorigenesis in Basal-like Breast Cancer.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 34
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2mjvB00
5DW2A 5ENHA 4UIZA 4Q0OA 5CUGA 5D3RA 4N4GA 3GG3A 4YYDA 2RNWA 4NXJA 5DKDA 5DFDA 3MB3A 2DVVA 5EI4A 5C7NA 5LJ0A 5A5PA 4QSQA 4NUDA 3SVHA 3RCWA 2E3KA 4J0SA 5HEMA 4GPJA 5F25A 2YEMA 4YY6A 5D3PA 3MQMA 3UV2A 5DYAA 4NS5A 1N72A 3U5LA 4YBSA 3U5NA 5DW1A 3QZSA 5DLXA 5IG6A 2E7NA 3U5JA 3S91A 4NR7A 3AQAA 5F5ZA 5LKZA 4ZW1A 4IR4A 4NR5A 5EPRA 3O35A 4QSSA 4XY9A 5ENCA 4O76A 5A5SA 5L99A 3MUKA 1EQFA 4J3IA 5C4QA 4QSVA 5I40A 5I83A 4CUPA 2YYNA 5E9MA 4NUEA 4HXNA 5D3JA 3MB4A 5I80A 4AKNA 4TZ2A 4ALHA 4HBWA 4NQNA 5CU8A 5I89A 4LYIA 5IGKA 3O33A 4PCIA 5IGNA 5LVRA 1F68A 5DBMA 5D7XA 4YH4A 4MEOA 3UVXA 4NR8A 5K29A 4QYLA 5I86A 5LJ2A 5EVAA 5HM0A 2H60A 5EWVA 3MULA 5AD2A 4TYLA 4CFKA 1E6IA 4Y03A 4IOOA 5CUDA 4MENA 3HMEA 2G4AA 5F63A 4YBMA 4HBVA 5DY7A 5C89A 5AMEA 5KO4A 3IU6A 5EM3A 3U5PA 5DX4A 4N4FA 5DLZA 4QYDA 5C8GA 2RS9B 4UIYA 3TLPA 5CS8A 2I7KA 5IBNA 4CURA 5EISA 2DVQA 3UVWA 5I1QA 5EWHA 5LUUA 4O72A 4QC1A 5ENJA 5FFVA 3S92A 5E9VA 3QZVA 5ETBA 5CQ8A 5HRXA 4NRCA 4IR5A 4TZ8A 5CGPA 1WUMA 5A81A 3Q2FA 4QEUA 5I7XA 4YYGA 5L8TA 4O7BA 4FLPA 4O7AA 5EWCA 5DFCA 4TU6A 2RI7A 4UITA 2KTBB 4QSXA 4UIWA 4O70A 4CUSA 4QR4A 4N4IA 4TT6A 5TCMA 5HELA 3UW9A 4TQNA 4PS5A 4HXLA 5HFRA 5CY9A 5E9LA 5EA1A 4UYHA 4X2IA 5L98A 3U5OA 3JVKA 3O37A 3P1CA 4NUCA 4QSRA 4QY4A 4J1PA 3U5KA 4KV1A 4CUQA 5D0CA 5ETDA 4WIVA 2R0YA 4QNSA 3I3JA 4Z1SA 4UIVA 4QR5A 5D26A 4NR6A 4UIUA 5ENGA 5II2A 4BW2A 3P1FA 4E96A 2R0SA 5HQ6A 4QUTA 5FH8A 4YYMA 4HXOA 3UVYA 2E7OA 4QUUA 4HXKA 4YY4A 5ENFA 2DVSA 5CFWA 5JI8A 3U5MA 5EPBA 5FH6A 4HXMA 5FE3A 5AD3A 5EWWA 5AMFA 3ONIA 2YEKA 4LZ2A 5KTUA 4UYDA 4BW4A 3MXFA 4KCXA 4C67A 2MJVB 4LZSA 5CQ3A 3HMHA 5C85A 3JVLA 4A9FA 3P5OA 5FE5A 4CUUA 4O71A 2RFJA 4QSPA 4HBYA 5CRMA 4BHWA 5H1TA 5EP7A 5CUBA 4PCEA 4LZRA 4XY8A 5FG4A 2OSSA 2I8NA 5CRZA 5J0DA 5HJCA 4IORA 2N9GA 4LDFA 5IGLA 5ACYA 4QSUA 3IU5A 5D25A 5DKCA 3P1DA 4IR3A 4O74A 2DKWA 4TS8A 4UYGA 4TU4A 2R0VA 5ENBA 4N3WA 4XYAA 4O7EA 5E9IA 5DYUA 4C66A 4A9HA 5A7CA 5HQ7A 4LYWA 4O77A 5HFQA 5DKHA 5FE4A 5FE6A 4HXSA 5KU3A 4PKLA 5TB6A 4YYIA 1ZS5A 5F3AA 4XUBA 3DWYA 3G0JA 5I88A 5LKTA 5D3TA 3O36A 4OUFA 4ZQLA 5IIDA 5A82A 4YH3A 3SVFA 3LXJA 3UV5A 4A9KA 5DFBA 4NR4A 5I7YA 5HRWA 4O78A 4KV4A 2D82A 5HCLA 5CQ4A 4QB3A 3JVMA 5CZGA 3AADA 5EU1A 4YYKA 3FKMX 5E0RA 5KHMA 5A5QA 5E3GA 4YATA 5H1VA 4MEPA 3O34A 5LVQA 5HLSA 3G0LA 4QBMA 3LQIA 2OUOA 4TT4A 4QEWA 5BT5A 5CUAA 3UV4A 2GRCA 5G4RA 4BW1A 4LYSA 4LC2A 2L84A 4QR3A 1X0JA 4YADA 4IR6A 5II1A 4MR6A 4CFLA 4NR9A 2YELA 4NRAA 5FDZA 5L97A 4QEVA 5CQAA 4A9IA 2L5EA 1JM4B 5F62A 1WUGA 5F61A 4NQMA 4UYEA 4O7CA 2YW5A 4CUTA 5FG6A 4O75A 2FSAA 4NYWA 3P1EA 5DYXA 4MEQA 5E7DA 4A9NA 5D3LA 4A9LA 3LQJA 4HBXA 4Z1QA 5FG5A 5FE7A 4PY6A 3JVJA 3Q2EA 4Z93A 5DYCA 2DATA 4NRBA 5CP5A 3DAIA 5EWDA 4HXPA 5E9KA 5F1LA 5JWMA 2D9EA 4YK0A 5A85A 5BT3A 5KTWA 2RO1A 4QZSA 4TTEA 2NXBA 2YQDA 5F60A 4ALGA 3UVDA 4MR4A 4O7FA 5FBXA 2YDWA 4LR6A 4A9OA 5E74A 2RNXA 5I29A 5LJ1A 2RNYA 4A9EA 4DONA 2DWWA 4XUAA 5D3NA 5HRVA 4MR3A 4WHWA 5BT4A 4BJXA 5CPEA 4NYXA 2LSPB 3SVGA 5C87A 5FE2A 5HENA 5IGMA 5HQ5A 4LRGA 5H1UA 2F6JA 3HMFA 5CQTA 5F2PA 4UIXA 5EPSA 4UYFA 4WHUA 3LQHA 4PTBA 5A5NA 5FE8A 2DVRA 5LKXA 2L85A 5CUEA 5CTLA 2F6NA 4ZC9A 4OGIA 4YYJA 5CQ7A 5F36A 5FH7A 5H85A 5FFYA 4QC3A 5EV9A 4CL9A 5A83A 4A9MA 5LKUA 4QSWA 5COIA 5FE0A 5D24A 5EQ1A 3NXBA 5A5OA 4QSTA 5D3HA 5EGUA 4YYNA 4BW3A 4HXRA 5ENEA 4CLBA 5F1HA 4RVRA 4A9JA 5FE1A 4YAXA 5ENIA 5CQ5A 5D3SA 4Z6HA 5E3DA 3D7CA 4F3IA 4MR5A 5CQ6A 5KTXA 3ZYUA 4IOQA 4OGJA 2WP2A 3K2JA 5G4SA 2WP1A 4Z6IA 4TT2A 4J0RA 2R10A 5EK9A 5A5RA 5E9YA 4YABA 1JSPB 4N4HA 4YC9A 3QZTA 5EICA 5CUCA 5L8UA 4Q0NA 4YYHA 2OO1A 5L96A 5FB1A 5FE9A 4UYFB 3LJWA 4NYVA 5E73A 5FFWA 5FB0A 4YBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DW2A 5ENHA 4UIZA 4Q0OA 5CUGA 5D3RA 4N4GA 3GG3A 4YYDA 2RNWA 4NXJA 5DKDA 5DFDA 3MB3A 2DVVA 5EI4A 5C7NA 5LJ0A 5A5PA 4QSQA 4NUDA 3SVHA 3RCWA 2E3KA 4J0SA 5HEMA 4GPJA 5F25A 2YEMA 4YY6A 5D3PA 3MQMA 3UV2A 5DYAA 4NS5A 1N72A 3U5LA 4YBSA 3U5NA 5DW1A 3QZSA 5DLXA 5IG6A 2E7NA 3U5JA 3S91A 4NR7A 3AQAA 5F5ZA 5LKZA 4ZW1A 4IR4A 4NR5A 5EPRA 3O35A 4QSSA 4XY9A 5ENCA 4O76A 5A5SA 5L99A 3MUKA 1EQFA 4J3IA 5C4QA 4QSVA 5I40A 5I83A 4CUPA 2YYNA 5E9MA 4NUEA 4HXNA 5D3JA 3MB4A 5I80A 4AKNA 4TZ2A 4ALHA 4HBWA 4NQNA 5CU8A 5I89A 4LYIA 5IGKA 4AKIA 3O33A 4PCIA 5IGNA 5LVRA 3D1DA 1F68A 5DBMA 5D7XA 4YH4A 4MEOA 3UVXA 4NR8A 5K29A 4QYLA 5I86A 5LJ2A 5EVAA 5HM0A 2H60A 5EWVA 3MULA 5AD2A 4TYLA 4CFKA 1E6IA 4Y03A 4IOOA 5CUDA 4MENA 3HMEA 2G4AA 5F63A 4YBMA 4HBVA 5DY7A 5C89A 5AMEA 5KO4A 3IU6A 5EM3A 3U5PA 5DX4A 4N4FA 5DLZA 4QYDA 5C8GA 2RS9B 4UIYA 3TLPA 5CS8A 2I7KA 5IBNA 4CURA 5EISA 2DVQA 3UVWA 5I1QA 5EWHA 5LUUA 4O72A 4QC1A 5ENJA 5FFVA 3S92A 5E9VA 3QZVA 5ETBA 5CQ8A 5HRXA 4NRCA 4IR5A 4TZ8A 5CGPA 1WUMA 5A81A 3Q2FA 4QEUA 5I7XA 4YYGA 5L8TA 4O7BA 4FLPA 4O7AA 5EWCA 5DFCA 4TU6A 2RI7A 4UITA 2KTBB 4QSXA 4UIWA 4O70A 4CUSA 4QR4A 4N4IA 4TT6A 5TCMA 5HELA 3UW9A 4TQNA 4PS5A 4AKHA 4HXLA 5HFRA 5CY9A 5E9LA 5EA1A 4UYHA 4X2IA 5L98A 3U5OA 3JVKA 3O37A 3P1CA 4NUCA 4QSRA 4AKGA 4QY4A 4J1PA 3U5KA 4KV1A 4CUQA 5D0CA 5ETDA 4WIVA 2R0YA 4QNSA 3I3JA 2EJNA 4Z1SA 4UIVA 4QR5A 5D26A 4NR6A 4UIUA 5ENGA 5II2A 4BW2A 3P1FA 4E96A 2R0SA 5HQ6A 4QUTA 5FH8A 4YYMA 4HXOA 3UVYA 2E7OA 4QUUA 4HXKA 4YY4A 5ENFA 2DVSA 5CFWA 5JI8A 3U5MA 5EPBA 5FH6A 4HXMA 5FE3A 5AD3A 5EWWA 5AMFA 3ONIA 2YEKA 4LZ2A 5KTUA 4UYDA 4BW4A 3MXFA 4KCXA 4C67A 2MJVB 4LZSA 5CQ3A 3HMHA 5C85A 3JVLA 4A9FA 3P5OA 5FE5A 4CUUA 4O71A 2RFJA 4QSPA 4HBYA 5CRMA 4BHWA 5H1TA 5EP7A 5CUBA 4PCEA 4LZRA 4XY8A 5FG4A 2OSSA 2I8NA 5CRZA 5J0DA 5HJCA 4IORA 2N9GA 4LDFA 5IGLA 5ACYA 4QSUA 3IU5A 5D25A 5DKCA 3P1DA 4IR3A 4O74A 2DKWA 4TS8A 4UYGA 4TU4A 2R0VA 5ENBA 4N3WA 4XYAA 4O7EA 5E9IA 5DYUA 4C66A 4A9HA 5A7CA 5HQ7A 4LYWA 4O77A 5HFQA 5DKHA 5FE4A 5FE6A 4HXSA 5KU3A 4PKLA 5TB6A 4YYIA 1ZS5A 5F3AA 4XUBA 3DWYA 3G0JA 5I88A 5LKTA 5D3TA 3O36A 4OUFA 4ZQLA 5IIDA 1ZKRA 5A82A 4YH3A 3SVFA 3LXJA 3UV5A 4A9KA 5DFBA 4NR4A 5I7YA 5HRWA 4O78A 4KV4A 2D82A 5HCLA 5CQ4A 4QB3A 3JVMA 1PUOA 5CZGA 3AADA 5EU1A 4YYKA 3FKMX 5E0RA 5KHMA 5A5QA 5E3GA 4YATA 5H1VA 4MEPA 3O34A 5LVQA 5HLSA 3G0LA 4QBMA 3LQIA 2OUOA 4TT4A 4QEWA 5BT5A 5CUAA 3UV4A 2GRCA 5G4RA 4BW1A 4LYSA 4LC2A 2L84A 4QR3A 1X0JA 4YADA 4IR6A 5II1A 4MR6A 4CFLA 4NR9A 2YELA 4NRAA 5FDZA 5L97A 4QEVA 5CQAA 4A9IA 2L5EA 1JM4B 5F62A 1WUGA 5F61A 4NQMA 4UYEA 4O7CA 2YW5A 4CUTA 5FG6A 4O75A 2FSAA 4NYWA 3P1EA 5DYXA 4MEQA 5E7DA 4A9NA 5D3LA 4A9LA 3LQJA 4HBXA 4Z1QA 5FG5A 5FE7A 4PY6A 3JVJA 3Q2EA 4Z93A 5DYCA 2DATA 4NRBA 5CP5A 3DAIA 5EWDA 4HXPA 5E9KA 5F1LA 5JWMA 2D9EA 4YK0A 5A85A 5BT3A 5KTWA 2RO1A 4QZSA 4TTEA 2NXBA 2YQDA 5F60A 4ALGA 3UVDA 4MR4A 4O7FA 5FBXA 2YDWA 4LR6A 4A9OA 5E74A 2RNXA 5I29A 5LJ1A 2RNYA 4A9EA 4DONA 2DWWA 4XUAA 5D3NA 5HRVA 4MR3A 4WHWA 5BT4A 4BJXA 5CPEA 4NYXA 2LSPB 3SVGA 5C87A 5FE2A 5HENA 5IGMA 4AI6A 5HQ5A 4LRGA 5H1UA 2F6JA 3HMFA 5CQTA 5F2PA 4UIXA 5EPSA 4UYFA 4WHUA 3LQHA 4PTBA 5A5NA 3ERRA 3VKHA 5FE8A 2DVRA 5LKXA 2L85A 5CUEA 5CTLA 2F6NA 4ZC9A 4OGIA 4YYJA 5CQ7A 5F36A 5FH7A 5H85A 5FFYA 4QC3A 5EV9A 4CL9A 5A83A 4A9MA 5LKUA 4QSWA 5COIA 5FE0A 5D24A 5EQ1A 3NXBA 5A5OA 4QSTA 5D3HA 5EGUA 4YYNA 4BW3A 4HXRA 5ENEA 4CLBA 5F1HA 4RVRA 4A9JA 5FE1A 4YAXA 5ENIA 5CQ5A 5D3SA 4Z6HA 5E3DA 3D7CA 4F3IA 4MR5A 5CQ6A 5KTXA 3VKGA 3ZYUA 3D1BA 4IOQA 4OGJA 2WP2A 3K2JA 5G4SA 2WP1A 4Z6IA 4TT2A 4J0RA 2R10A 5EK9A 5A5RA 5E9YA 4YABA 1JSPB 4N4HA 4YC9A 3QZTA 5EICA 5CUCA 5L8UA 4Q0NA 4YYHA 2OO1A 5L96A 5FB1A 5FE9A 4UYFB 3LJWA 4NYVA 5E73A 5FFWA 5FB0A 4YBTA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DW2 A;  5ENH A;  4UIZ A;  4Q0O A;  5CUG A;  5D3R A;  4N4G A;  3GG3 A;  4YYD A;  2RNW A;  4NXJ A;  5DKD A;  5DFD A;  3MB3 A;  2DVV A;  5EI4 A;  5C7N A;  5LJ0 A;  5A5P A;  4QSQ A;  4NUD A;  3SVH A;  3RCW A;  2E3K A;  4J0S A;  5HEM A;  4GPJ A;  5F25 A;  2YEM A;  4YY6 A;  5D3P A;  3MQM A;  3UV2 A;  5DYA A;  4NS5 A;  1N72 A;  3U5L A;  4YBS A;  3U5N A;  5DW1 A;  3QZS A;  5DLX A;  5IG6 A;  2E7N A;  3U5J A;  3S91 A;  4NR7 A;  3AQA A;  5F5Z A;  5LKZ A;  4ZW1 A;  4IR4 A;  4NR5 A;  5EPR A;  3O35 A;  4QSS A;  4XY9 A;  5ENC A;  4O76 A;  5A5S A;  5L99 A;  3MUK A;  1EQF A;  4J3I A;  5C4Q A;  4QSV A;  5I40 A;  5I83 A;  4CUP A;  2YYN A;  5E9M A;  4NUE A;  4HXN A;  5D3J A;  3MB4 A;  5I80 A;  4AKN A;  4TZ2 A;  4ALH A;  4HBW A;  4NQN A;  5CU8 A;  5I89 A;  4LYI A;  5IGK A;  3O33 A;  4PCI A;  5IGN A;  5LVR A;  1F68 A;  5DBM A;  5D7X A;  4YH4 A;  4MEO A;  3UVX A;  4NR8 A;  5K29 A;  4QYL A;  5I86 A;  5LJ2 A;  5EVA A;  5HM0 A;  2H60 A;  5EWV A;  3MUL A;  5AD2 A;  4TYL A;  4CFK A;  1E6I A;  4Y03 A;  4IOO A;  5CUD A; 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