The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
GNGASRDWKMAIKRCSNVAVGVGGKSKKFGEGNFRWAIRMANVSTGREPGDIPETLDQLRLVICDLQERREKFGSSKEIDMAIVTLKVFAVAGLLNMTVSTAAAAENMYSQMGLDTRPSMKEAGGKEEGPPQAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
Matrix protein p15
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| publication title |
NMR structure of the myristylated feline immunodeficiency virus matrix protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Feline immunodeficiency virus (isolate petaluma)
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| total genus |
33
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H3I A; 2K4H A; 4ICA A; 2H3V A; 4IC9 A; 2NV3 A; 2LYB A; 2JMG A; 2H3F A; 2K4E A; 1L6N A; 2K4I A; 1ECW A; 2H3Q A; 1ED1 A; 1TAM A; 1UPH A; 1HEK A; 1A6S A; 2N1R A; 1HIW A; 2GOL A; 2H3Z A; 2LYA A; 4JMU A; 2HMX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5ALZ A; 5J0S A; 5KFC A; 3PW7 A; 2W03 A; 5J0Y A; 4I2I A; 1NKB A; 5TIS U; 2HW3 A; 1RZT A; 2XY6 A; 2WAQ F; 5EWE A; 1ZQV A; 5A0L A; 1F5S A; 1EXN A; 1ZQC A; 2DL0 A; 2C2E A; 2OWO A; 2C2D A; 2AGQ A; 4B9V A; 3H8J A; 2FE9 A; 2WHE A; 4BWM A; 2AXT U; 2RDJ A; 2LI6 A; 4QZD A; 4ECU A; 4UB1 A; 4BUG A; 2AQ0 A; 3TAP A; 4F4Z A; 1P7D A; 4IL6 U; 8ICR A; 4LZG A; 4JB3 A; 1L8L A; 4O5E A; 5KAF U; 3WK6 A; 5ALT A; 4YFK A; 3OSN A; 2WTF A; 4ELT A; 2DGZ A; 2KVS A; 4DSK A; 1BNO A; 3WK5 A; 4NL9 A; 4ECY A; 2AGO A; 3EWA A; 2YB4 A; 1NNL A; 3NS1 A; 4P0P B; 2UVR A; 5AK4 A; 1N61 A; 2R8K A; 4O3R A; 3G6Y A; 1ZQF A; 3RAQ A; 3AEV A; 5ALV A; 1JAL A; 4RQM A; 1A77 A; 2F8K A; 2HHQ A; 2ISO A; 5ALQ A; 3GV5 B; 3QU4 A; 4ECX A; 2KG5 A; 1ZYQ A; 4KTQ A; 5DB7 A; 3QUB A; 2CXY A; 1ZQS A; 1IG6 A; 1CI4 A; 2KJ8 A; 2ZUD A; 2BQU A; 2RDI A; 5J2K A; 4RU9 A; 3RRG A; 5AK6 A; 8ICZ A; 4ACO A; 4Q8E A; 1H38 A; 3KHG A; 1J2M A; 4ECW A; 5ALJ A; 4AYB C; 3WK9 A; 5KAI U; 5KT7 A; 3R9K A; 5J2I A; 3Q8P B; 8ICA A; 1BNP A; 2ZTD A; 4ECS A; 2A3V A; 1DRG A; 5KFJ A; 9ICT A; 8ICS A; 1DK3 A; 1GO3 F; 3OPX A; 5DLF A; 3WKA A; 2Y9T A; 2KVC A; 1Z00 B; 4OJP A; 7ICE A; 5AI9 A; 2Y0S C; 3RJF A; 3SAH A; 2XI9 A; 4O0I A; 3UXP A; 1V97 A; 1WUD A; 1ZQD A; 3AUO A; 1ZJN A; 4F5P A; 5J0R A; 1A6S A; 2Q0Z X; 1C20 A; 4PL2 A; 1UCV A; 5T14 A; 4R8U B; 4RZR A; 2W9C B; 3ISB A; 5BPC A; 3TAN A; 3ONN A; 4O3O A; 2ASL A; 4YXM A; 4I2J A; 5DQG A; 1RYS A; 4QZ9 A; 3HJE A; 4A8E A; 5KFY A; 5F3X B; 3H0L B; 8ICP A; 9ICI A; 1L3V A; 9ICG A; 1ZD2 P; 4QWA A; 1SIJ A; 5KFU A; 3AN1 A; 3I76 A; 1QQ6 A; 2OH2 A; 3PW5 A; 4Y2T A; 2BPG A; 4KIT B; 2NRZ A; 4EEN A; 3NTU A; 4C8M A; 1U48 A; 2E8O A; 1BPZ A; 5IIO A; 1X2I A; 1CRX A; 1RG6 A; 1KEJ A; 4KLE A; 1U9L A; 1F44 A; 3MR2 A; 2K89 A; 5KL1 B; 3KZX A; 3EYZ A; 3AMZ A; 4IRK A; 3E0F A; 2DWQ A; 5KFR A; 4F93 B; 1X6I A; 3CRX A; 3M7D A; 3F5E A; 3PML A; 4YG2 A; 1ZQY A; 3QZ7 A; 2QLT A; 1RM6 C; 3RH6 A; 3LVV A; 4MFA A; 2JZB B; 2YY6 A; 2BQR A; 3LWL A; 5BOM A; 2B21 A; 2ZJ5 A; 2WF7 A; 1SWW A; 3N28 A; 3PO4 A; 1QSL A; 2IHM A; 3GQC A; 2XGP A; 3RF9 A; 3PX0 A; 4UAV A; 4HYK A; 4J9S A; 2R18 A; 5HML A; 4PZO A; 8ICW A; 3MR3 A; 8ICH A; 4PHA A; 4C8L A; 2FPM A; 1B43 A; 1TV9 A; 1V9P A; 8ICE A; 1C7Y A; 1ARO P; 5AKY A; 4ED3 A; 5C0Y A; 1L3S A; 1L5U A; 7ICQ A; 1QLN A; 1NJY A; 2KOB A; 1PK3 A; 4YCX A; 1ZQN A; 3JPO A; 3WK8 A; 4QWB A; 4QNL A; 1BPB A; 5KNI A; 4ECZ A; 1S0N A; 8ICL A; 3QZ8 A; 4LVS A; 4MF8 A; 4PGX A; 4DEZ A; 2E8M A; 3MGV A; 4KMO B; 4RPX A; 1JUD A; 4TQS A; 5DBA A; 5KG2 A; 1X6J A; 4RPY A; 1COO A; 3IV6 A; 5KT2 A; 4UB3 A; 1WWV A; 1OW5 A; 2G08 A; 4P4M A; 1L7P A; 4TUQ A; 2L5Y A; 1ZQB A; 2XO7 A; 2AJQ A; 4AP9 A; 4ELU A; 7ICJ A; 1NKE A; 4RNO A; 4UAT A; 9ICE A; 4GLX A; 2HVH A; 5J0W A; 4EBE A; 3M9M B; 5ALY A; 1ZQA A; 3PSP A; 3KD3 A; 5KG1 A; 1MA7 A; 8ICC A; 4Y2Y A; 5H2F U; 1QQ5 A; 2YMQ A; 2BHN A; 7ICG A; 1CUK A; 4Z6C A; 3RJE A; 1TK5 A; 4UBB A; 4IQU A; 3KKA A; 5DGB A; 7ICP A; 1WYG A; 3MAB A; 4DSL A; 4G9B A; 4IR1 A; 2ESE A; 1S76 D; 3G6X A; 2RHF A; 4YR2 A; 4Y2Q A; 4KLG A; 1XS9 D; 3BS5 B; 4KLT A; 1KKX A; 4ECQ A; 2BCS A; 5EWF A; 4US9 A; 2HHX A; 2ZTE A; 4NWI A; 5AIA A; 1ZQG A; 1BGX T; 1B4F A; 3N7P D; 2ZUC A; 1IV8 A; 3PZP A; 5DLG A; 1S0V A; 1K1S A; 9ICQ A; 1DGJ A; 5L1L A; 4CCH A; 4F5O A; 3WKE A; 4F71 A; 3TI0 A; 3TAQ A; 3H4D A; 3MFI A; 1L7M A; 1BPX A; 3WKC A; 3PO5 A; 2I1Q A; 2OCE A; 4NJ8 A; 3EW9 A; 1YT3 A; 4F4K A; 4QWD A; 4IC9 A; 2E8P A; 2NRV A; 1Q3U A; 4B9U A; 4QIW F; 1VDV A; 4QZG A; 4QWC A; 4QZB A; 5KFS A; 1SV0 C; 5KT5 A; 1VJ5 A; 9ICR A; 3ZDD A; 3C21 A; 1X9S A; 1KTQ A; 1LVH A; 5ALU A; 4USA A; 1SWV A; 3VCB A; 2XC9 A; 3ETL A; 2HSZ A; 4PGQ A; 1L3T A; 4F3O A; 4F4Y A; 1ZQL A; 1PK1 B; 2ES6 A; 2MUT A; 3ZDE A; 5J0P A; 3H7I A; 2JEJ A; 3RH4 A; 2EAN A; 2N1R A; 7ICF A; 1NK5 A; 4QW8 A; 2KIC A; 2PKE A; 2Y9U A; 4LZD A; 2A1J A; 1KBU A; 2F77 X; 1DOQ A; 4DOB A; 5KG7 A; 2K4E A; 2LKY A; 3Q8L A; 3MFH A; 4RQ0 A; 4ELV A; 4KLQ A; 3MR5 A; 4Z6E A; 3Q8M A; 3H8W A; 2DUY A; 1XSP A; 4DOA A; 5AI4 A; 2C22 A; 4O3P A; 4IQV A; 4XA5 A; 5L9X A; 3OSP A; 3MBY A; 2FMP A; 4DQS A; 9ICM A; 1NK4 A; 5DB8 A; 3JPS A; 5EWG A; 3GV8 B; 4F92 B; 5HR7 A; 3K1Z A; 2YN4 A; 4DSE A; 2QAR A; 2OYY A; 2DKX A; 4XQ8 A; 3GIK A; 5KFF A; 2HOQ A; 4JK1 A; 2VIX A; 2KZZ A; 4NLB A; 5AIB A; 3C2L A; 5DQI A; 2KFN A; 2PI4 A; 4US8 A; 2LBO A; 4QZC A; 3ORY A; 1X9X A; 1BPY A; 3LYS A; 5CR0 A; 7ICI A; 2I6X A; 4YN4 A; 4BJQ A; 4HAI A; 5J0T A; 3PW2 A; 1XC9 A; 2DPI A; 2E3T A; 5KFV A; 1UA1 A; 2PMZ C; 4DQI A; 2QB0 A; 4F2R A; 4UAZ A; 2EAP A; 1AQ6 A; 3BDP A; 2CRX A; 2K4H A; 5KFH A; 2H3V A; 4OJL A; 1KFT A; 2YX8 A; 5KFL A; 1RYU A; 2Y0S F; 3RJJ A; 2H5X A; 3KHL A; 2R8H A; 3RBE A; 4GC6 A; 4M9L A; 1D9F A; 1TE2 A; 2KD1 A; 7ICV A; 1IIP A; 2FLP A; 3SEI A; 2KJ5 A; 2HHW A; 2KJ9 A; 5AK5 A; 5KFI A; 1JRP A; 4QZE A; 1QSY A; 4BXO A; 2C2R A; 4QIW C; 4EEY A; 1TVA A; 3G6V A; 2LYB A; 2E5S A; 2JMG A; 3SR6 A; 1ZQT A; 4RQ2 A; 2BDU A; 1MQ3 A; 5CWR A; 5DKW A; 3C5F A; 2HVI A; 1Z4O A; 3CYM A; 3UM9 A; 4F8R A; 1ZQP A; 1IM4 A; 2CN1 A; 4X5V A; 4DL2 A; 5KFA A; 4M6W A; 3C2M A; 1L7O A; 2W9B A; 3DEE A; 2HCF A; 4I2G A; 2EH9 A; 4EEK A; 5HHH A; 4YR0 A; 5AKX A; 1S0O A; 5JUM A; 3QEB Z; 4M9G A; 2AQ4 A; 4FO6 A; 2KE7 A; 1T7P A; 3QUQ A; 1TAM A; 2KV2 A; 3NVW A; 3JPT A; 3IG8 A; 4PHE A; 2LMR A; 3IG5 A; 4UB8 U; 2KZ3 A; 2M0N A; 2BCQ A; 5EE3 A; 1NJW A; 2IMW P; 1SGG A; 5KFT A; 3CNH A; 1FEZ A; 5JRT A; 1JI7 A; 5AKJ A; 5DQH A; 1U47 A; 4NLZ A; 2F1H A; 4IR9 A; 4ED0 A; 2ZIV B; 3GU3 A; 3QUT A; 4FZL A; 3MDC A; 4YD2 A; 4KLS A; 5ALM A; 4R63 A; 2HHV A; 3EZ5 A; 1WCL A; 3H8S A; 3SAF A; 4JWN A; 3UMB A; 5G5H A; 4Y2V A; 2G06 A; 1T3Q A; 4QZI A; 3IHQ B; 2KIW A; 3V6K A; 2FI1 A; 3F2D A; 7ICS A; 4OJ5 A; 3MDA A; 3SV3 A; 2KP7 A; 4OJ6 A; 4P0Q A; 2WF8 A; 4UB4 A; 3KHR A; 2BPC A; 3ICX A; 3QYP A; 4DL7 A; 5AKG A; 4C7Z A; 3SI8 A; 4J9P A; 1KLN A; 1J2N A; 3V7J A; 3BQ7 A; 1KSP A; 1PVQ A; 2OM6 A; 2K8A A; 5ALH A; 3UPQ A; 1D8L A; 5ALI A; 5KFX A; 2UVV A; 3RB4 A; 4GFJ A; 1PVR A; 3ISD A; 2DF4 B; 8ICN A; 3ZD9 A; 1YZ6 A; 4F91 B; 1MN8 A; 2ODG A; 4P4P A; 3PSI A; 2EQY A; 4R64 A; 5J2G A; 1WWU A; 3A0H U; 4MEY A; 4DLE A; 1Z1B A; 3IP4 B; 2F44 A; 3I28 A; 2NO4 A; 4CF4 A; 4PHD A; 4TUS A; 5HMM A; 4YVZ A; 3RJH A; 5ALW A; 3NGD A; 5CP2 A; 1S9F A; 4C80 A; 1JXE A; 2W8K A; 1YZ7 A; 4DLG A; 4C0Z A; 4RQ5 A; 3Q8K A; 7ICK A; 2VAN A; 9ICU A; 5AHX A; 3IM1 A; 4ZOH C; 1SXE A; 1D8B A; 1UHU A; 2ZIW A; 8ICG A; 4I27 A; 2Y1J A; 2GWS A; 3THV A; 1KW4 A; 4DFD A; 2PFO A; 3N7R C; 2YTU A; 1SKS A; 4C4T A; 2A1A A; 4IS7 A; 3C5G A; 3T5L A; 3T5H A; 3NRZ A; 1D9D A; 1DXS A; 4F4X A; 1T3N A; 3TAC B; 4UAW A; 3QE9 Y; 1NZB A; 5KFQ A; 2P35 A; 1Z4N A; 5J2D A; 3WU2 U; 1ZD5 A; 3PVX A; 3EPG A; 3SV4 A; 4I2A A; 2PFQ A; 2KSO B; 4YR3 A; 5HHI A; 4R66 A; 4IRC A; 2BZF A; 5KL8 B; 5ALL A; 2W55 A; 3TAR A; 4P4O A; 4FS2 A; 1OUQ A; 3UQ0 A; 1ZQ1 C; 3ALR A; 3SZ2 A; 3BJY A; 4U6P A; 4RNN A; 2LM1 A; 3KOO A; 4UQG A; 2ASJ A; 4F4W A; 5KFD A; 5HP4 A; 3PW0 A; 4J9Q A; 5J2C A; 5DGA A; 3WKB A; 4CF5 A; 1SKW A; 4EZ6 A; 4ICA A; 3NVZ A; 3K75 D; 1CEZ A; 1NI3 A; 2W7P A; 2W3S A; 1JXL A; 2NRX A; 9ICJ A; 2KKV A; 9ICO A; 4UW9 A; 3LDA A; 3WK4 A; 3TQ1 A; 2OHF A; 1RQL A; 2IOF K; 4BGD A; 3PV8 A; 3KTQ A; 3L3F X; 2R8J A; 4UAY A; 2J6U A; 1RQN A; 1K5O A; 4Y2J A; 1RDF A; 2PFN A; 4Q8F A; 2DFL A; 8ICI A; 4KN4 A; 5KT4 A; 4QZH A; 4PGY A; 4OO1 J; 1L7N A; 2Q4T A; 1JIH A; 5ALO A; 3KKA C; 3MC1 A; 2E8N A; 1FO4 A; 5JU5 A; 3PMN A; 4U7C A; 4F5R A; 8ICT A; 2W04 A; 1LV5 A; 9ICB A; 3TFR A; 8ICX A; 2H3Z A; 1S8O A; 4M9H A; 1U49 A; 2ZTC A; 5J2F A; 5J29 A; 4KLU A; 3PR5 B; 3NAS A; 5IIJ A; 4O5C A; 5KFK A; 3M1Y A; 2Z7J A; 2FLL A; 2NYV A; 2J6T A; 2V4R A; 1XSL A; 7ICT A; 2BKE A; 3UMC A; 2F3N A; 3DDH A; 4NLK A; 2G09 A; 3D2S A; 1WG8 A; 4Z6D A; 3N97 B; 7ICL A; 2BGW A; 4EYI B; 1RPL A; 1SXD A; 3RB0 A; 2P66 A; 4B9S A; 3MGH A; 9ICN A; 3SYZ A; 2HOF A; 4NLN A; 4I2C A; 2ZIU B; 8ICU A; 1UPH A; 2LYH A; 4EX7 A; 4I2E A; 3IRU A; 2LYA A; 2IOH A; 1T94 A; 2MUT B; 4XRH A; 4Y2P A; 3L5K A; 3BS7 A; 3RAX A; 1N2X A; 4DL6 A; 1BVS A; 4K4H A; 5F9L A; 2VA8 A; 4QZ8 A; 2JH1 A; 1QQ7 A; 2A1J B; 4KLO A; 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1UQV A; 2NV3 A; 2G07 A; 2W9A A; 2XVT A; 4DL4 A; 4M6W B; 2W9B B; 1HJP A; 4PZN A; 1JN3 A; 1NJZ A; 1ZQQ A; 3IN5 A; 2ZJ8 A; 3RJI A; 5AKE A; 9ICW A; 2KMD A; 5EE9 A; 2EZZ A; 4NXZ A; 5KG0 A; 8ICJ A; 4EX6 A; 1ZRM A; 4CRX A; 4CGZ A; 2ISP A; 5AIC A; 1S77 D; 4EBD A; 4DF8 A; 4J03 A; 2J6S A; 1ZQK A; 4DSJ A; 3BQT A; 2RQ5 A; 3HKZ F; 3RJG A; 2CPR A; 2FPK A; 2OXO A; 3E2E A; 4UAS A; 2P6U A; 4J9M A; 4DSF A; 5ALS A; 2W11 A; 5F9N A; 4Y2R A; 5ALX A; 5EE0 A; 4O3N A; 3TKA A; 3GV7 B; 3V6H A; 3V7K A; 4NL9 C; 5AKL A; 3BZC A; 3KBB A; 1ED1 A; 2RRD A; 4DL5 A; 4YMM A; 4DCC A; 1KQQ A; 4R65 A; 4DOC A; 3ISC A; 1S97 A; 3LK9 A; 5J0O A; 1L3U A; 1XWL A; 3JPQ A; 3HWT A; 2M9N A; 4ED6 A; 3AQF A; 3T5J A; 4F50 A; 2ZIX A; 4KX5 A; 4P0Q B; 5DDM A; 2E1F A; 3ZI4 A; 3M9N B; 2B0C A; 2R8I A; 7ICU A; 4CNQ A; 5ALE A; 4DO9 A; 5AI0 A; 9ICA A; 3V6J A; 2BCU A; 4QW9 A; 4ECT A; 4UAR A; 3RTV A; 4FS1 A; 4PH5 A; 2AU0 A; 3PW4 A; 2GO7 A; 3QU9 A; 4PHP A; 3QXG A; 4NM1 A; 1TAU A; 2K8B B; 1Z3E B; 4JUZ A; 2WF5 A; 3TAD A; 3H0M B; 3H8M A; 4RNM A; 3N7S C; 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