The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
199
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structure length |
199
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Chain Sequence |
MANIAVQRIKREFKEVLKSEETSKNQIKVDLVDENFTELRGEIAGPPDTPYEGGRYQLEIKIPETYPFNPPKVRFITKIWHPNISSVTGAICLDILKDQWAAAMTLRTVLLSLQALLAAAEPDDPQDAVVANQYKQNPEMFKQTARLWAHVYAGAPVSSPEYTKKIENLCAMGFDRNAVIVALSSKSWDVETATELLLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| molecule keywords |
Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa
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| publication title |
A Novel and Unexpected Complex Between the SUMO-1-Conjugating Enzyme UBC9 and the Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25 kDa
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
66
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| structure length |
199
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| sequence length |
199
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.23: E2 ubiquitin-conjugating enzyme. |
| pdb deposition date | 2006-11-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00179 | UQ_con | Ubiquitin-conjugating enzyme |
| A | PF00627 | UBA | UBA/TS-N domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin Conjugating Enzyme | Ubiquitin Conjugating Enzyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BEP A; 4G3O A; 2ZTC A; 2LVQ D; 1FZY A; 2R0J A; 3GLF E; 1Q34 A; 1C4Z D; 2VRR A; 1S1Q A; 4DDI A; 1E94 E; 4NR3 A; 1JAS A; 1Y8G A; 1G41 A; 1SG9 A; 3K9P A; 2YHO B; 5D0K A; 2DKL A; 2B3T A; 1V92 A; 2ESK A; 1JAT B; 1JR3 E; 1AYZ A; 2JZ0 A; 3EB6 B; 3RCZ B; 2JNH A; 4LAD A; 4NRG A; 5AIU B; 2GRQ A; 4GPR A; 3SY2 C; 2LBC A; 4YC1 A; 2LVA A; 2O25 A; 2CLW B; 3B89 A; 1FBV C; 5F6U A; 1T43 A; 4ONN A; 1ZMU A; 2LVO C; 2HWJ A; 3OBX A; 3A4S A; 2L4F A; 3R42 A; 4TKP A; 1OAI A; 1GO5 A; 2Q0V A; 4IP3 B; 4BWF A; 4BVU B; 1WZW A; 2JP7 A; 4Y1L A; 3BBZ A; 3BZH A; 3W31 B; 1HJP A; 2K0B X; 3VON C; 2A4D A; 1M4Q A; 4L83 A; 4UN2 B; 1VEG A; 1WGN A; 2JY5 A; 4W5V A; 4X57 A; 1KPP A; 3LCV B; 2CWB A; 3FN1 B; 1KPS A; 1ZMV A; 2OOA A; 1JAT A; 2K9D A; 2MR9 A; 2KNV A; 2DAK A; 2HAK A; 5D0M A; 5JNE B; 1XB2 B; 2DAW A; 2QGX A; 1X23 A; 1WJ7 A; 2CLW A; 4QPL B; 5JI2 E; 2DAY A; 2MJ5 B; 4DHI D; 4ONM B; 2DAE A; 2O25 C; 2Z5D A; 3SQV C; 5EGG A; 2C2V B; 2PX9 B; 1WIV A; 5D1K A; 5F6X A; 2OOB A; 3UGB A; 2L2D A; 4Y1L C; 1DO0 A; 1WHC A; 2R0I A; 2GJD A; 2JY7 A; 5AIT B; 1VDL A; 3ZNI C; 1PZV A; 1ZV1 A; 3OBQ A; 1DV0 A; 3EVX A; 2G3Q A; 2H5X A; 1I7K A; 2EKF A; 3RPG A; 3T6P A; 1AIP C; 2KHH A; 1HT1 E; 2CYX A; 5F6V A; 2DEN A; 1JBB A; 1PGY A; 4ONL B; 1W4U A; 2ZTD A; 2F4Z A; 2A7L A; 4ONM A; 2AAK A; 4JQU A; 4DS2 A; 3UIO A; 4GEW A; 4DHZ F; 1BVS A; 2KLY A; 2Z6O A; 3KPA A; 2UYZ A; 5D2M A; 1ZUO A; 3OBS A; 4Q5E C; 1HT2 E; 3E21 A; 3RZ3 A; 2DAI A; 2LXP A; 2GMI B; 2BWE A; 1KPQ A; 3UIN A; 2DAX A; 2H2Y A; 1QCQ A; 4V3L A; 2HLW A; 3A33 A; 1IXS A; 1OQY A; 2MRO B; 2OB4 A; 4ZNY A; 2BWB A; 3PTF A; 1A3S A; 2DZL A; 2AYV A; 2DAG A; 1VEJ A; 2F0R A; 2MT6 A; 1ZDN A; 1KYI A; 2UCZ A; 2E2C A; 2KNZ A; 2DAM A; 2ONU A; 4ONL A; 4DBG B; 3OJ4 A; 4AP4 B; 2GRN A; 5IFR A; 2ESP A; 4HEO A; 1WR1 B; 1NV9 A; 3WE5 A; 2EBM A; 2QNJ A; 2FUH A; 2EKK A; 1Z2U A; 2DHY A; 4CCG A; 2Y9P A; 2XWU A; 2LTU A; 2EJS A; 5AIE B; 4V3K A; 2C2V C; 3FE3 A; 2DI0 A; 3JVZ A; 4Q7J A; 4NRI B; 2AWF A; 2LVN C; 4DDG A; 3HCU B; 2GMI A; 2RRU A; 1IM2 A; 2L4E A; 2NVU C; 1R4G A; 1CUK A; 2FO3 A; 2YB6 A; 2GRR A; 4JUE A; 2K07 A; 2YZ0 A; 4EJE A; 5FER B; 3K9O A; 2KNA A; 2OO9 A; 2LVP C; 2Z6P A; 2JZ1 A; 1VEK A; 3FSH A; 5DFL A; 5D1M A; 2PWQ A; 2ESO A; 1T6O A; 3IHP A; 1F4I A; 1G3I A; 1HQY E; 5F6W A; 1C7Y A; 1VG5 A; 4Q5H C; 5F6E A; 4F2L A; 4R71 A; 3P9G A; 1A5T A; 1J74 A; 2WZJ A; 1M4P A; 1VQ1 A; 4NRI A; 4R62 A; 1UFZ A; 3UIP A; 3P9H A; 2OXQ A; 1FXT A; 5D1L A; 2EKE A; 5HPT C; 1YF9 A; 1TR8 A; 4A49 B; 5F6Y A; 1YRV A; 1Y8X A; 1P3Q Q; 2F4W A; 3CEG A; 2CP8 A; 1J7D B; 2DNA A; 3IEC A; 2GRP A; 2PE6 A; 2JY6 B; 1MN3 A; 3GLG E; 1Y6L A; 1WGL A; 1UZX A; 3E95 A; 1Z5S A; 4DHJ C; 3HCT B; 5FQ2 A; 4LDT C; 1UKX A; 3VON B; 3FRI A; 2EBK A; 3ONG B; 1G4A E; 3MMP A; 1EFU B; 4AUQ A; 2KJH A; 2QHO B; 2DMF A; 3O2U A; 4M1N A; 1QZE A; 2C4P A; 1OTR A; 4YII U; 3GLI E; 4II2 C; 3LCU A; 1DO2 A; 4NR3 B; 2QSF X; 2GRO A; 1ZGU A; 1U9A A; 1IFY A; 2Y4W A; 2BF8 A; 1J7D A; 1U9B A; 4S3O A; 2JY8 A; 2YBF A; 4A4C C; 3GLH E; 1OKS A; 1TTE A; 3JW0 A; 1Q02 A; 3H8K A; 4WZ3 A; 4NRG B; 1NV8 A; 2Y9M A; 4WP2 A; 2MGW A; 3ZQS A; 2ESQ A; 1XXH E; 4P5O G; 3TGD A; 1ZMW A; 1WZV A; 4ONN B; 5AIT D; 3H4J A; 3R3Q A; 4A4B C; 3E95 C; 2EDI A; 3FRH A; 4FH1 A; 1YH2 A; 4F1I A; 3OBU A; 1YLA A; 1Z3D A; 3L1Z A; 2JUJ A; 3F92 A; 5KNL C; 3E46 A; 3L1Y A; 5F6D A; 4MDK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JI0 M; 3TWM A; 3HHZ A; 2BEP A; 2ZTC A; 1FZY A; 1PJS A; 3J7A S; 5LMN M; 2VRR A; 4AKI A; 1K3X A; 4DDI A; 4NR3 A; 1Y8G A; 1G41 A; 3KS4 A; 4MGI E; 1OFH A; 3FTF A; 4IBI A; 3OTO M; 2ESK A; 3FTE A; 4IBE A; 2A5Y B; 2VF8 A; 3U6Q A; 2X8A A; 1FNN A; 4GPR A; 4FWD A; 1V34 A; 3AOE C; 3VKG A; 1NSF A; 1J09 A; 1FBV C; 1T43 A; 4NL4 H; 4LCB A; 1N36 M; 3UJN A; 3OBX A; 3VLF B; 1NNJ A; 3R42 A; 4TKP A; 4IP3 B; 2Q0V A; 4L15 A; 2CHQ A; 4DV0 M; 4Y1L A; 3HWS A; 1L1T A; 3HHY A; 1IN8 A; 3WHL A; 4UN2 B; 3U6M A; 1VEG A; 2L09 A; 3FN1 B; 3FD9 A; 1ZMV A; 2OOA A; 2JWS A; 1R6B X; 3JR4 A; 5EXP A; 4LJ8 A; 4XGI A; 2QZ4 A; 2QGX A; 1W5T A; 1X23 A; 4IBC A; 1IBL M; 1KSF X; 2DAY A; 4IBG A; 3GLI B; 4ONM B; 1J7K A; 2Z5D A; 3SQV C; 4KHP M; 3J2P B; 2V1U A; 5FTM A; 2HKJ A; 5JI3 E; 5D1K A; 2XLJ A; 2OOB A; 2RGH A; 1DO0 A; 2R45 A; 4EIW A; 5ITX A; 2JY7 A; 2XSZ A; 1VDL A; 3ZNI C; 3A42 A; 1PZV A; 2I7N A; 1IXS B; 4XBO A; 2EA0 A; 4DV6 M; 1DV0 A; 4X66 M; 3EVX A; 2G3Q A; 2H5X A; 1HNX M; 3Q8X A; 4M0W A; 3CF0 A; 3T15 A; 4G4N A; 1QAO A; 2KHH A; 3VDP A; 5F6V A; 4MH0 E; 4JN6 A; 1KFV A; 3GPP A; 2NQ8 C; 1QAN A; 3L28 A; 3JR5 A; 2FFJ A; 3KW6 A; 4M0D A; 4D80 A; 2FE8 A; 2ZTD A; 2F4Z A; 3U60 B; 2A7L A; 1ZAE A; 3U6L A; 2AAK A; 1L2D A; 1IN5 A; 3SC3 A; 2Z6O A; 5EP4 A; 3SHG B; 1ZUO A; 2R4J A; 1N32 M; 3VKH A; 1HT2 E; 1QQW A; 2DAI A; 4GHA A; 4JI5 M; 2Z3X A; 5IT9 S; 1N33 M; 2BWE A; 4AKH A; 4B7G A; 3V76 A; 4PCZ A; 4FCT A; 2DAX A; 1QUS A; 2LWX A; 1QCQ A; 4V3L A; 2XZF A; 2CFO A; 2OB4 A; 3PTF A; 4IBK A; 3C9P A; 1VEJ A; 2F0R A; 2APL A; 4A3V B; 1KYI A; 4DR6 M; 3W68 A; 3SYL A; 2ONU A; 1DGB A; 4XK8 F; 3OJ4 A; 4AP4 B; 1NV9 A; 4MGK E; 1QDR A; 3CGW A; 2UUB M; 4QNM A; 3AJI B; 4REZ A; 1NO1 A; 2EO2 A; 3JVZ A; 1NHG C; 2R4E A; 2QBY B; 4DDG A; 2DWL A; 3HU3 A; 2K6B A; 3DOA A; 1L2B A; 1R5L A; 1R4G A; 1CUK A; 1R2Y A; 3KOX E; 4L78 A; 5EJC A; 3EIE A; 3M6A A; 1TF0 B; 5KO3 A; 3K8Z A; 4FVM A; 1VEK A; 3FSH A; 1PJQ A; 2ESO A; 1F4I A; 4IIW A; 2Z4R A; 1QVR A; 1G3I A; 4MB7 A; 4R71 A; 1A5T A; 1VQ1 A; 4B3M M; 3LQQ A; 3PNV A; 4WW0 A; 4RF1 A; 3ZCB B; 4GHL A; 2DWM A; 2VII A; 5D1L A; 3L29 A; 1DGH A; 3GRY A; 1TR8 A; 3FUW A; 2Y20 A; 1YRV A; 4QOS A; 3CEG A; 2CP8 A; 4K0K M; 3GQ4 A; 2DNA A; 3U61 A; 4LJ4 A; 3GLG E; 1Y6L A; 1WGL A; 1IY2 A; 2OPF A; 2VQE M; 2HL7 A; 1SXJ C; 2QCU A; 4PDG A; 2YR0 A; 4Y28 F; 4DHJ C; 3GLG B; 3HCT B; 4GC5 A; 4LDT C; 3VON B; 3KSX A; 4LFA M; 2KJH A; 2DMF A; 4M1N A; 3KP1 E; 4YII U; 1ORY B; 4QHT A; 1DO2 A; 3LVW A; 1ZGU A; 1U9A A; 1IFY A; 4LF7 M; 2WSE F; 1U9B A; 4S3O A; 4A4C C; 3GLH E; 5C1B A; 3AOE A; 3H8K A; 4WUR A; 4NRG B; 4WP2 A; 4TUW A; 2H1R A; 2BJW A; 2ESQ A; 1ZMW A; 3GLH B; 1WZV A; 1TGU A; 1LV7 A; 3E95 C; 2CEA A; 4LJ5 A; 1Z59 A; 1NJG A; 1YH2 A; 4F1I A; 3OBU A; 4AG6 A; 1Z3D A; 1AUA A; 1EE8 A; 2JUJ A; 1WR1 B; 1OFI A; 3GP1 A; 2ZAN A; 4G3O A; 3W0F A; 3B74 A; 3GLF E; 1C4Z D; 2J5Y A; 2C9C A; 1E94 E; 1GAB A; 4X65 M; 3K9P A; 2YHO B; 2DKL A; 1YE9 A; 2B3T A; 1L8Q A; 2Z7J A; 3GLF B; 4HL4 A; 4LAD A; 4R7G A; 2LBC A; 4MGY E; 5EXT A; 3L27 A; 2UXB M; 4D81 A; 5ITR A; 2R46 A; 1ZMU A; 4AG5 A; 1C1K A; 1GVN A; 5ITT A; 1OAI A; 4ITQ A; 1WZW A; 1XXH A; 2JP7 A; 1R7R A; 4QNR A; 5H37 D; 3GPY A; 1HJP A; 2XH9 A; 5BPV A; 2KRU A; 2A4D A; 1DGG A; 1G59 A; 4FW9 A; 3GRR A; 4W5V A; 2G8L A; 1KPS A; 1JAT A; 2K9D A; 2HAK A; 4IJE A; 5D0M A; 1IXZ A; 1XB2 B; 2YNM D; 4LY6 A; 3TWL A; 4AKG A; 3SHF A; 2CLW A; 2C9O A; 3E4R A; 4MM3 B; 2O25 C; 3GPX A; 2R44 A; 1Q39 A; 2UUC M; 3UMM A; 4DUZ M; 3D8L A; 5EGG A; 5F6X A; 4LJ9 A; 4GKK M; 3KXE C; 2R0I A; 2N35 A; 3HJ8 A; 1QYR A; 4DR3 M; 4OVZ A; 3GPU A; 3SAW A; 3RPG A; 3T6P A; 1AIP C; 5LMU M; 2CYX A; 3CF6 E; 3PXG A; 1PGY A; 3FYD A; 3GQ3 A; 4PT5 A; 4KT0 F; 2R62 A; 2Y0T A; 2L6O A; 4OW0 A; 3U6P A; 2M5Z A; 3MHV C; 1Q3B A; 1R2Z A; 3HU1 A; 3OBS A; 2F5Q A; 4Q5E C; 3B9P A; 3E21 A; 3RZ3 A; 4NC6 A; 2ZM6 M; 3TPZ A; 3B7N A; 3B7Q A; 2CE7 A; 3U6C A; 3U6O A; 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