2O4GA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 70
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4gA01
2R7YA 4W5NA 3V1QA 4OKJA 3NF6A 3KIOA 1XWLA 4ID5A 1NK7A 4B9NA 4FLVA 3U3GA 3HSTB 3SYZA 1F21A 4M42A 2Z1HA 3L3UA 4O0IA 2XY5A 1WNSA 2IS3A 3ALYA 1Q9YA 4B9TA 4DQQA 4CHNA 3EY1A 4OKEA 3PO4A 4XIUA 1WSGA 5J2PA 2G8VA 2F8TA 4QAGA 4FW1A 4O5BA 4Z4CA 1RNHA 4FYDA 4FLYA 3DLHA 4FJMA 1LAWA 4CHZA 3QINA 5HRNA 3KLFA 1IKXA 2YV0X 3K5NA 2X6NA 3BDPA 4M3ZA 4O55A 1RT4A 4DTUA 1X9SA 1RDBA 3RTVA 1KLMA 5KRTA 1U4BA 3DLEA 2GV9A 3AVIA 3VN5A 3KK2A 2E6MA 2OZMA 4AHUA 1WAFA 3OYKA 1CXQA 4MQ3A 2D5RA 4ELTA 4NCBA 3BGRA 1C1CA 2F96A 4CFDA 4CJLA 4BE0A 3T19A 2ZE2A 4B9UA 4IFVA 1S9GA 4RW9A 1JXBA 4CJKA 2G8FA 2IAJA 1BL3A 2Z1JA 4KI4A 4CJEA 1ZBLA 4H4MA 1NOYA 3NGIA 1RT1A 2WONA 3RMAA 4M41A 2KFZA 4M3YA 4CEOA 3CM5A 1R0AA 1C0MA 3AVKA 1C0TA 4AHRA 4M45A 1D9DA 5HP1A 2YNIA 4EP4A 4CGHA 3NF8A 1HPZA 2OPPA 4AHSA 2G8IA 2XY8A 2VWJA 4DSIA 3AA5X 5FRNA 2YKMA 4B8CA 4PUOA 5CYMA 4RW7A 3CFPA 4DWIA 1RT5A 2ZD1A 5K14A 3OYHA 4J2AA 1TK0A 3HPHA 1TV6A 1LWFA 1L3UA 1CXUA 3QIPA 1RBUA 3SPYA 3K5OA 1X1PA 4LD0A 3ZT1A 4KV8A 2Q3SA 1U47A 1QHTA 1C1AA 2DTUA 3VQ7A 4DTPA 1IKWA 2HHTA 2ZQBA 4FJNA 4N56A 3KK1A 4CK1A 3OJUA 3HT3A 3LWMA 2A1RA 4FJLA 1J9AA 3AVFA 3L2WA 1WSHA 3TR8A 1SL2A 4NCAA 1WSEA 4GW6A 4O0JA 4CIGA 4HCBA 2RPIA 4ELVA 3K5LA 3LPUA 4CFCA 1Z25A 4CK2A 4EZ9A 1IH7A 3S3OA 4NCGA 1YTAA 4HVJA 1U48A 4DFJA 4CJQA 4CJRA 3HP6A 4OGCA 4FJXA 4E7JA 1S1WA 3I8DA 1Q9XA 1REVA 3C94A 3THVA 4I7FA 2NUBA 3D45A 3MXIA 4DTOA 3O3FA 4H8KA 4EP5A 3B6PA 3VQQA 3ZSOA 2QKBA 5I3UA 2Y1IA 3TAGA 4IKFA 1S5JA 4DU1A 3LZIA 3KKSA 4DFPA 3NCIA 1NJXA 1CZBA 1VK0A 3KKRA 3LP1A 4KFBA 2WOMA 5JS2A 1VSEA 3VQ6A 4CJ5A 3PX0A 4ZTFA 4DG1A 4DTNA 5J2MA 4E1MA 3TAFA 3AV9A 1BGXT 1NK0A 2PYJA 1RCHA 3L2QA 2B4JA 1G15A 3NBPA 3VQ5A 4FJ5A 1HYSA 4BDPA 3DM2A 1VRTA 3V6DA 1O1WA 1FKOA 4B3OA 1J5OA 3TABA 3SPZA 3RRGA 2VG6A 3TWHA 1A5WA 4CF8A 4OPJA 4FLWA 1NKEA 4CF0A 2VG5A 3V9UA 4CECA 4K8XA 3HVTA 4FJJA 4Z4IA 1NJYA 1RDCA 3HJFA 4LY7A 2HHWA 4PQUA 3KLGA 2OPSA 2FBYA 3OYCA 3NAEA 3S3NA 4F3TA 2EX3A 3V1RA 4KPYA 1ASUA 1NK4A 1QSYA 4CERA 4FM1A 4KTZA 3TARA 1NKCA 1S6QA 3ITHA 3VQCA 3PY8A 4E7HA 2P1JA 1ZBUA 4JS5A 3TAEA 1VRUA 3SJJA 2IC3A 3HL8A 1S6PA 4ID1A 3ZSVA 2G8WA 1JLEA 1HMVA 1KVCA 3G10A 4M3XA 3K2PA 1HYZA 3QLHA 1C0UA 1ITGA 4FXDA 3B6OA 4FJKA 3D0PA 3O4QA 4E7KA 4IFYA 3TAPA 1SL0A 2HVHA 1JL1A 1JLFA 3ZSZA 2HVIA 1TVRA 5C25A 1D5AA 4CF2A 1JLGA 3NF9A 3I0RA 1WSJA 3U6FA 1DTQA 3KLIA 3TI0A 5HRRA 1HNIA 4AHCA 4BDZA 1XC9A 4CFBA 1KSPA 3OYGA 2P5OA 2KW4A 1HNVA 1HQUA 1VSKA 1B9FA 4DMNA 2PZSA 1QE1A 3V4IA 1L3TA 4DQIA 4M3WA 1SUQA 3VQEA 4M3TA 3AO5A 3SZ2A 3AO2A 4B9LA 3OYFA 3LZJA 4E0DA 3KLEA 2I5JA 1BI4B 3ZSQA 3SQ4A 2KZMA 3WNHA 2FC0A 3K5MA 4FK4A 4CGIA 1MU2A 3IAYA 1QTMA 3EYZA 1U45A 1FK9A 1NJZA 4BE1A 3M8SA 1B92A 3SNNA 3SUNA 1TGOA 2DY4A 2ITGA 2P5GA 3KJVA 1UWBA 4FCYA 5DMRA 3AO4A 5SWMA 4CEFA 4NYFA 3VA0A 4CJ4A 1ASVA 1KFDA 1KTQA 3AVGA 5FRMA 2X6SA 4C8KA 1NK9A 1HQEA 4TSXA 4AHVA 1TL1A 4OLAA 4CEAA 4FLTA 3F73A 4DTSA 4L8RB 3DI6A 3V9ZA 4HUGA 2QK9A 2HNDA 2VWKA 3LPTA 5DK5A 4B08A 2B5JA 3L2RA 1YVUA 3KK3A 3OYEA 2HHXA 3HPOA 1TKDA 1ZBIA 1W0HA 4CEQA 4FW2A 2ETJA 2RN2A 4AHTA 1IKYA 3S3MA 4F3OA 4KAZA 4DTJA 2BGGA 4OPKA 2FBXA 1WSFA 3P1GA 3OS0A 1NK6A 4OLBA 2HNZA 1N5YA 1BIZA 1TKTA 3AVAA 3LP3A 4LSNA 1Z26A 3RMDA 4DSEA 4CHOA 4E89A 3V1OA 4OGEA 4CHQA 5E41A 3NDKA 3O3HA 4BE2A 2XY7A 1XHZA 4K8ZA 3PV8A 3HVRA 1D8YA 3MEEA 4Z4HA 5KI6A 1FXXA 4FVMA 4C8OA 4OJRA 1NJWA 3HM9A 1ASWA 1BISA 2BANA 4JS4A 3QERA 1JLBA 3H08A 4CE9A 3K58A 1I3AA 3LAMA 1K6YA 3AA2A 3CM6A 3MEGA 2YHAA 1T03A 1RBTA 3OYNA 2KFNA 3NH1A 4DU4A 1RT2A 4FZZA 1VSJA 1VSLA 2Y1JA 4CGDA 4W5RA 2XO7A 3M8RA 1JLAA 1SV5A 1TKXA 3QEIA 3QNNA 1W9HA 3ZSWA 4CHPA 3LWLA 1KFSA 2XY6A 3HO1A 2IDOA 3ZSYA 4CEEA 4DS4A 3AVNA 4Y1CA 4KREA 4CJWA 4Z4GA 3TAMA 4B8AB 3LP2A 1EKEA 1RDDA 3I0SA 2QKKA 3VQAA 1KVBA 1L5UA 3SI6A 1BCOA 3DMJA 1VSHA 2YKNA 4AILC 1LAVA 2D0BA 3LALA 5CY4A 2HW3A 4DFMA 4RG8A 5HBMA 5HROA 4HHTA 1IG9A 3ULDA 3WNGA 3M8QA 2YHBA 2W42A 4Y1DA 1LWEA 3AO1A 1QSSA 2HHVA 1C6VA 1T05A 1JLCA 1XHXA 4KB1A 1BIUA 5JS1A 2HHSA 4DQPA 3SCXA 1SKSA 1CZ9A 1FKPA 1UAXA 2A1SA 5KGWA 3C95A 4AH9A 4CEZA 4N47A 3OJSA 1A5VA 1RTIA 1RTHA 4IBNA 3ASMA 4KKOA 4RW6A 4WE1A 4R5PA 1LW2A 1RBRA 3OYDA 1EXQA 3MXMA 3HK2A 2QXFA 2D0AA 2X74A 4Z4EA 3O4NA 1LWCA 3MEDA 3SV4A 4Q5VA 1SKWA 3OYMA 4Q0BA 3S9HA 5HRSA 1RDAA 4J2EA 2KQ2A 3V9SA 3NF7A 4E19A 4OKKA 4FJIA 3QEWA 3QEPA 2OZSA 1EETA 3OVNA 3ZT2A 1RTDA 2PYLA 4H4OA 2BDPA 2PY5A 1UA1A 3HYFA 2HB5A 1TL3A 4KO0A 4C8LA 5FROA 3QEXA 1TAQA 2GBZA 1NK5A 3PO5A 1J53A 3SQ0A 4FK2A 4RW4A 3WNEA 4F2RA 3QEVA 2GUIA 2JGUA 3C6UA 4CESA 3DLRA 3DOLA 1KVAA 3NGYA 3EZ5A 1TK8A 3KTQA 5C24A 1GOCA 3NGZA 1JL2A 1I39A 3WNFA 4E7LA 3NFAA 4CF9A 4Z4FA 2O4GA 3OYAA 1UA0A 5D3GA 3AVHA 2FBTA 4FM0A 1VSIA 3VQ4A 1A5XA 4JLHA 4YFUA 3LAKA 4DLEA 4LSLA 4CJ3A 1WN7A 2KZZA 1ZBHA 4E1NA 3OS2A 2HHUA 2RF2A 4MFBA 4ELUA 1S9EA 3HP9A 4W5QA 1Y97A 3KD1E 2Z1GA 4E3SA 3TANA 4YNQA 3MAQA 2E6LA 3DLGA 4CJSA 4KI6A 2YNGA 1U04A 1BQMA 4NYNA 3MECA 4C8NA 4FZYA 3SV3A 3CG7A 5CZ2A 3AA4A 5KGXA 4EZ6A 2ATQA 3C6TA 1VSDA 4KTWA 1QQCA 1JXEA 1HRHA 3P83D 3V9WA 1TKZA 3QETA 2G8UA 4GVMA 4DSLA 4Z0UA 5I42A 1T8EA 3SUQA 4CGGA 4I2QA 4HTUA 4DFKA 1RT7A 4UQGA 4CIFA 1S1TA 2O4IA 1IKVA 3U3YA 1RILA 2E4LA 5J1EA 3M8PA 4PY5A 4I9QA 3DRSA 3AVCA 2YNFA 5C42A 1S1UA 4LH5A 1KLNA 3TAQA 1RBSA 2LSNA 1EP4A 3VQBA 2VG7A 1BI4A 2DFFA 3HPGA 1KRPA 3ZSXA 4FLZA 5CYQA 3VQDA 4F4KA 3LDSA 5CZ1A 4KRFA 3QO9A 2KTQA 4FLXA 3DOKA 4DSFA 4I2PA 4FLUA 4O4GA 4DU3A 3OS1A 4QCLA 4KHUA 1ZYQA 3DLKA 4JRPA 5HLFA 1JKHA 3SQ1A 4ZTJA 4FZXC 4QOZB 1RT3A 3K57A 4CFAA 4DTRA 3AVLA 4J2BA 2YNHA 4BACA 3CFRA 5J2NA 5KTQA 3DRRA 1TK5A 4CK3A 1SKRA 2G8HA 2F8SA 3E01A 4DF4A 3RR8A 3RWUA 4KTQA 1BHLA 1ZBFA 4IDKA 4BWMA 3V81A 4N41A 4CHYA 3IG1A 3OYIA 3LP0A 4BDYA 3SUPA 4ZHRA 4KHNA 2P51A 3NH0A 1N6QA 4PWDA 2RKIA 5EU7A 3O3GA 2HNYA 2EHGA 5J2QA 4CGFA 4W5OA 1NK8A 4FJ7A 3IS9A 1YTUA 1WAJA 4KB0A 1CLQA 4W5TA 3ZT3A 4I9LA 5T7BA 4IG0A 3CFOA 4JRQA 4DF8A 3NH2A 1L3SA 4M3UA 4FJ8A 1J54A 3RRHA 2DFHA 4OVLA 4LH4A 3T1AA 3ZT4A 1X9WA 2B6AA 3OYJA 3DLBA 3G0ZA 4CCHA 2BE2A 4FJGA 2OPQA 1GOBA 3F9KA 1RTJA 1GOAA 3AVJA 3OYBA 3QESA 4B9VA 2XHBA 4CJFA 1UOCA 4C8MA 4CIEA 4BWJA 1QSLA 3SQ2A 4F2SA 4KHQA 1DTTA 4DQRA 2IOCA 4CGJA 3OY9A 3SUOA 4CJPA 4DSJA 4CJUA 3FFIA 3DRPA 3PUFA 3KLHA 4HCCA 4DS5A 1HJRA 4HUFA 3ZT0A 3K59A 1XI1A 1WSIA 3AVBA 4RW8A 4CEBA 1D9FA 4B9SA 4J2DA 1S1VA 3P5JA 4N5SA 4G1QA 2IGIA 3MXJA 3AO3A 3QIOA 1VSFA 1RT6A 1T7PA 4DQSA 4FJ9A 4KHYA 3AVMA 1X9MA 4CJVA 3VQ9A 4FM2A 3PX6A 3IRXA 1JLQA 4CJTA 4B9MA 3KD5E 1VSMA 4DTMA 3NHGA 1QS4A 1TAUA 2OPRA 5FDLA 2FBVA 3OYLA 1LV5A 2DFEA 2XRIA 4FK0A 3V9XA 4N76A 1BCMA 5HRPA 3PX4A 3ISNC 3L3VA 3JYTA 2OYQA 4F8RA 5KRSA 3QNOA 1B9DA 1YT3A 4KHSA 4FJHA 3CQ8A 1HYVA 4GMJB 3JSMA 3RR7A 2D0CA 4E7IA 3VQ8A 3L2VA 1NKBA 3ZSRA 3RMCA 2G8KA 4ICLA 1L3VA 2HMIA 4IG3A 1C1BA 3HXMA 4M3RA 1EX4A 3CYMA 4O44A 3VQPA 3VA3A 3RMBA 4DLGA 1U49A 2X78A 2HHQA 1IO2A 3DYAA 1KCFA 4DTXA 3UIQA 3A2FA 4HUEA 1LW0A 1Q8IA 1RBVA 1DLOA 1WLJA 4CEDA 4CF1A 1S1XA 3ZCMA 5SZTA 2OA8A 1SL1A 2Z1IA 3LANA 1BQNA 4PA1A 2AJQA 3L8BA 4DSKA 1NOZA 3AA3A 2JLEA 4KHWA 3NE6A 3T3FA 3L2UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXMB 4DKWA 1N8RO 4ID5A 3HSTB 2P9IB 3L3UA 1W7AA 2IS3A 1CZAN 4BGBA 2F8TA 1ATRA 4CHZA 1IKXA 2YV0X 4O55A 4WQ4A 3W3DA 1U4BA 3J81O 3VN5A 3KK2A 3MWPA 1BU6O 4MLEA 3OYKA 1GLDG 3FZLA 4CFDA 4BE0A 3SAGA 2P9KA 3Q7CA 3T19A 1EWRA 5CHIA 4OX9K 2WONA 2KFZA 4M41A 2WBNA 3MMVA 3EE8A 4H0PA 1C0GA 3WXJA 1HPZA 2OPPA 4AHSA 1NNEA 4G9ZA 5FRNA 2YKMA 1TUYA 3CI5A 3CFPA 4X66K 1NGIA 1HJOA 3CF5L 1XNRK 1CXUA 5LJWA 3BP8A 3QIPA 3K5OA 2IVPA 2DTUA 4DR7K 4B1ZA 3KK1A 3L4QA 3OJUA 4MDAA 3AVFA 1WSHA 3P38A 1VQ5N 4NCAA 2UXCK 4GW6A 4CIGA 2RPIA 3K5LA 1Z25A 1IH7A 2WTUA 4DFJA 2CGJA 2FF6A 4E7JA 3THVA 1QVFM 2BUPA 2NUBA 5M1PA 4IEIA 4EP5A 3EE9A 3ZSOA 5I3UA 2Y1IA 3TAGA 4IKFA 1S5JA 4DU1A 4DV5K 4DFPA 3NCIA 3CCEN 1CZBA 1VK0A 1KAXA 1NBWA 1SZ2A 4CJ5A 1VSEA 3CJAA 5JLHA 5J2MA 3ATVA 2PYJA 3AV9A 1BGXT 1G15A 3MK6A 4FOEA 1VRTA 1WUAA 1FKOA 2FLOA 4X64K 3THXA 3W0LA 5AFUH 3RRGA 3TWHA 4CF8A 2ZF5O 4CF0A 4K8XA 1WOQA 4FJJA 1WBDA 1NJYA 1RDCA 2NRWA 3HJFA 4B3RK 4PQUA 3KLGA 4JHDB 3NAEA 2FBYA 2EX3A 1S22A 2I7NA 4RTFD 1NK4A 3E9LA 4CERA 4KTZA 3TARA 3R9PA 3PY8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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