The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
91
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structure length |
87
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Chain Sequence |
TQFEKLMENMRNDIASHPPYAPRRGEFCIAKFVDGEWYRARVEKVESPAKIHVFYIDYGNREVLPSTRLGTLSPAFSTRVLPAQATE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
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| publication title |
Crystal structure of human P100 tudor domain
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
24
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
91
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.31.1: Micrococcal nuclease. |
| pdb deposition date | 2006-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L2R A; 5M9O A; 2LDM A; 1WJS A; 3O8V A; 5KE2 A; 3MP8 A; 4X34 A; 2EQK A; 1OZ3 A; 5D6Y A; 2GFA A; 2K3Y A; 3DLM A; 3FLG A; 3MO8 A; 4UC4 A; 5KCH A; 2IG0 A; 3MEU A; 4RG2 A; 3OS2 A; 3KUF A; 3S3M A; 3NTK A; 3LGL A; 4QVZ A; 3MP6 A; 3MEW A; 2EKO A; 3EAE A; 2BKD N; 1N27 A; 2VYT A; 2EQU A; 2JZ2 A; 2LRQ A; 3FEO A; 3L2Q A; 2R58 A; 4FU6 A; 5KH6 A; 3H6Z A; 5IN1 A; 2WAC A; 3UWN A; 2BIV A; 2RHX A; 4C5G A; 2L89 A; 3ME9 A; 4B9X A; 2HQX A; 4PL6 A; 4C5E A; 2RJD A; 4A4F A; 3L2U A; 2RJC A; 3OYF A; 3E9G A; 3QII A; 3C4S A; 5CIU A; 2M16 A; 4FL6 A; 4NS5 A; 4ZTF A; 2XK0 A; 3OYG A; 1G5V A; 2E5Q A; 2RI3 A; 3MEA A; 3OYE A; 3L2V A; 2EFI A; 3OYB A; 3BDL A; 3OS0 A; 4IUQ A; 4A4E A; 4BE0 A; 2G3R A; 3LLR A; 3Q1J A; 2NLU A; 1XNI A; 5KE3 A; 3FC3 A; 3GOX A; 3OYI A; 3OYM A; 2P0K A; 3DB4 A; 5J26 A; 1KHC A; 5C6S A; 4E7J A; 2JTF A; 2M1H A; 3OMC A; 4E7K A; 2D9T A; 2X4W A; 4EDU A; 4A4G A; 5FRN A; 2LTO A; 3OYJ A; 3L2W A; 3M9Q A; 2LVM A; 4E7I A; 3LGF A; 3OYK A; 3OB9 A; 4QQG A; 3QBY A; 2MWP A; 4E7L A; 2EQM A; 1RI0 A; 3FDR A; 3QJ6 A; 4N4H A; 4II1 A; 4IUP A; 2R57 A; 3OS1 A; 3QKJ A; 2RO0 A; 4Z02 A; 4N4G A; 3OYL A; 1MHN A; 3NTH A; 2BUD A; 3LYI A; 5D6W A; 2CKK A; 3MEV A; 3H8Z A; 2RHZ A; 4QQ6 A; 3SD4 A; 3OMG A; 4BE1 A; 3S3N A; 4A4H A; 4IKF A; 2XDP A; 5D6X A; 4CRI A; 4IUR A; 2DIQ A; 2E6N A; 2O4X B; 2K3X A; 3OYC A; 2RI5 A; 4HCZ A; 4ZTJ A; 1SSF A; 3PNW C; 4N4I A; 3OYD A; 1OYX A; 1OZ2 A; 3OYH A; 3MP1 A; 2GFU A; 3E9F A; 4BE2 A; 3MET A; 4OVA A; 3OQ5 A; 3PMI A; 2FHD A; 5FRO A; 2PQW A; 3PFS A; 3S6W A; 4BD3 A; 2R5A A; 3LH0 A; 3OYN A; 4IUT A; 2R5M A; 4BDY A; 3OY9 A; 1OI1 A; 4GY5 A; 4PLL A; 4BAC A; 2O4X A; 3DB3 A; 4QQD A; 2RHI A; 2GF7 A; 2M0O A; 4QW2 A; 2EQJ A; 2F5K A; 4IUV A; 4BDZ A; 2X4X A; 5FRM A; 3LX7 A; 2RJE A; 4C5H A; 3L42 A; 3OYA A; 2MWO A; 1WGS A; 2B8A A; 3OA6 A; 2RHU A; 1WJQ A; 2DAQ A; 5KCO A; 2LCC A; 4C5I A; 1H3Z A; 3CEY A; 2DIG A; 2RHY A; 2X4Y A; 3PMT A; 4LD6 A; 2L8D A; 2RJF A; 2RI2 A; 3P8H A; 4IUU A; 3ASK A; 4E7H A; 3S3O A; 5IAY A; 2YRV A; 1WJR A; 4Q5W A; 3F70 A; 4L59 A; 4PLI A; 3ZEH A; 4B9W A; 5C0M A; 3NTI A; 5J39 A; 3UT1 A; 3P8D A; 2X35 A; 2QQS A; 2QQR A; 2HQE A; 2L3R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FRY A; 4LDW A; 3QDR B; 4LD9 K; 5KCH A; 2KK4 A; 1KQ1 A; 3S3M A; 4JS4 A; 2EGE A; 4M7A C; 4C92 E; 2EKO A; 2GTO A; 3EAE A; 1Y7X A; 1VQM T; 1O75 A; 3CCL T; 1PHT A; 1VQP T; 4DQ2 A; 2A37 A; 2LNH B; 2FPF A; 1S72 Q; 2QDL A; 1VQN T; 1JXM A; 2QA4 Q; 1UUE A; 1I4K 1; 1RLP C; 1OV3 A; 5GJV B; 4PKC C; 2XDB A; 5GAN h; 1D1A A; 1OU8 A; 2HSE B; 2OTL Q; 2E70 A; 3OS0 A; 5A0D A; 3FC3 A; 4Y28 E; 3VRY A; 3I55 A; 1B3Q A; 1KHC A; 3ER0 A; 2NWM A; 4JZ3 A; 2L3S A; 4BI4 A; 2XG8 D; 1KC8 R; 1XQH A; 4M75 A; 4NL2 A; 1GCP A; 1U3O A; 4M78 E; 1M90 U; 4ZN1 A; 2F2X A; 1PD1 A; 2F69 A; 2RD1 A; 1N9S A; 3RES A; 5D6W A; 2CKK A; 1VQ7 A; 1D1B A; 3OS5 A; 2GGR A; 2GNC A; 3JB9 H; 2BE9 B; 4IUR A; 2QXF A; 1GBR A; 4RCB A; 4AT1 B; 1QVG S; 5EG2 A; 3MET A; 1HD3 A; 1AT1 B; 3M0U A; 4C92 D; 1D0X A; 2JW4 A; 2XD0 A; 4PJJ A; 3PVQ A; 2DA9 A; 1YJ9 A; 3UAT A; 3QZ5 B; 5A0G A; 3OW2 A; 1Q82 R; 4C0D B; 1BI0 A; 3GF5 A; 4J9E A; 4RG8 A; 1FMW A; 2DL8 A; 4F17 A; 1ZSZ B; 3JCM b; 1R0C B; 1QVF P; 4IUU A; 3ZFJ A; 1X75 C; 3VUB A; 2EJF A; 2QEX A; 3H9N A; 2HQE A; 4C0Z A; 4C92 C; 2CZ0 B; 3LWH A; 8AT1 B; 2EQK A; 4EMK A; 5I2M A; 2V8K A; 1D1C A; 1H3H A; 4XU2 A; 2DIL A; 3JB9 J; 1VQ5 T; 3MEW A; 4KUL A; 4M78 D; 1NYG A; 1WZO A; 2BKD N; 2MF2 A; 4HA8 A; 1BI2 A; 1OX9 A; 1WFW A; 3H6Z A; 5CKH A; 3V8K A; 1YFN A; 1PKT A; 2NUT A; 5CAI A; 4JLI A; 1K0S A; 1YCS B; 3INZ A; 4DOV A; 5CIU A; 5I2S A; 1D3B A; 3X26 B; 4ZGJ B; 3OYB A; 1WHM A; 2DER A; 3VU3 C; 2DYI A; 3A1P A; 1VQL Q; 1D09 B; 5C6S A; 2M1H A; 2D9T A; 2X4W A; 5HCK A; 1M27 C; 2DZC A; 3QBY A; 2E3H A; 3CCV T; 2X9H A; 4MZM A; 2F2V A; 1QLY A; 2P84 A; 2HKN A; 2KSS A; 4BE1 A; 1N8R R; 4BUG A; 4ZNX A; 1MNE A; 3JCM d; 2NYS A; 4LDY A; 2KXC A; 3S6W A; 4C0G A; 3L1A A; 1J3T A; 5LJ3 e; 2D0N A; 5KYU A; 2YUN A; 1VQ6 Q; 1K4U S; 4QW2 A; 5I22 A; 4M7D F; 2DKG A; 4C5H A; 5GAN 5; 3NMZ C; 2RHY A; 2YLB A; 2RJF A; 2RI2 A; 4OMP A; 2K2M A; 2HBP A; 3JAM E; 2HNI A; 4PJM A; 3CCS Q; 3CC4 Q; 1NBE B; 4LN2 A; 3G4S T; 1Q95 G; 2KVQ G; 1BB9 A; 4OMF B; 4RMO A; 1KD1 C; 4HVU A; 3CC2 T; 4LDX A; 5M9O A; 1VQO T; 4AFS C; 3OW2 P; 3OA6 A; 1LCK A; 1TU0 B; 4F16 A; 1W2B S; 5CQX A; 3V7R A; 4ME7 A; 3CCQ T; 1IRX A; 1EIF A; 1AWJ A; 2VYT A; 2EQU A; 2MOX A; 5LJ3 d; 3TU4 K; 3CME T; 5KH6 A; 2I2L A; 4CC7 A; 1OOT A; 3M59 A; 3QWY A; 4R0K A; 3J7A F; 2D8H A; 4RKU E; 4RTT A; 6AT1 B; 2QAZ A; 1X2Q A; 2AK5 A; 1UGQ B; 4KH1 B; 3BDL A; 3WVD B; 1WYX A; 1OPL A; 3QYH B; 1YBY A; 1UGP B; 2DL7 A; 5GAN 6; 1OX8 A; 1MMD A; 2LTO A; 4JRQ A; 3M9Q A; 4N0A A; 2EIF A; 1XOV A; 3JCM W; 1YIT A; 4DBH A; 3I55 Q; 2GCX A; 4LDV A; 3QJ6 A; 1RAD B; 1WI7 A; 2DL4 A; 2ESW A; 4IUP A; 3OS1 A; 2K7A A; 2PZ1 A; 1MHN A; 2CZ6 B; 4DEY A; 2YXY A; 2BUD A; 2CP7 A; 4FYV B; 2RHZ A; 3CCR Q; 4ZGE B; 4A4H A; 3SB2 A; 5IXF A; 3JCM f; 2FZG B; 2LQN A; 4M75 C; 5CK9 A; 2DIQ A; 2LJ0 A; 4J7F A; 2DMO A; 1OZ2 A; 4PJO C; 2JM8 A; 2CYZ B; 1M1F A; 5GAM e; 1VQ7 Q; 2FZK B; 2YLC A; 3KXT A; 3CPW S; 5D7U A; 2KY9 A; 2F2W A; 1VIE A; 1Y96 A; 3U23 A; 1YI2 T; 1IXD A; 1AWO A; 1FMK A; 3VKI A; 3TSZ A; 1WLP B; 2RHU A; 1YJ9 Q; 2DTH A; 1TH7 A; 4CI0 C; 3CEY A; 2SRC A; 3H0F A; 4AFU C; 2JT4 A; 3F70 A; 1GFC A; 1QWE A; 1AOJ A; 3OSS C; 1PD0 A; 1M9S A; 2EYZ A; 2LDM A; 4XQ3 A; 3MP8 A; 3CCE A; 2BTT A; 3D7S B; 2PUK B; 3OS2 A; 1RAA B; 2HQH A; 2FPD A; 2QEX Q; 2QTV A; 1EX4 A; 5CO7 A; 4CC3 A; 3VV0 A; 3RNJ A; 1B34 A; 1RAB B; 2EGA A; 1HXD A; 2E1H A; 4ORZ A; 4EMK C; 4A63 B; 1WQ7 A; 3FIF A; 2CT3 A; 1QVG A; 1X6G A; 1DJ7 B; 1LOJ A; 4PL6 A; 3QII A; 3CPF A; 5CR2 A; 4FIB A; 3JCM P; 4FM4 B; 5J3B A; 3O5Z A; 3RER A; 1XTD A; 1TWB A; 4BI8 B; 2BZ8 A; 2J06 A; 4IUQ A; 3TSW A; 4A4E A; 3OBY A; 3THK A; 4PFP A; 4DBQ A; 1VQM A; 3CCL A; 1ZLM A; 3CBO A; 4QVD A; 5GAN 2; 3OMC A; 4A54 A; 4E7K A; 2P0P A; 1ACM B; 5FRN A; 4JS5 A; 3OYK A; 5GMK m; 3EGD B; 3BE3 A; 3CC7 T; 3KBG A; 2EQM A; 1VQN A; 3UF4 A; 3QKJ A; 4FW1 A; 2FB7 A; 4LUE A; 3VUZ A; 1LVK A; 4EMG A; 4ZGD B; 3NTH A; 3RKY A; 3CBP A; 3IQL A; 1Q7Y U; 3S3N A; 3EG9 B; 3JRZ A; 3VS4 A; 3EHQ A; 1WHG A; 1KD1 R; 1MMN A; 4Z89 A; 4F7U B; 4HCZ A; 3OYH A; 1I8F A; 3SDZ A; 4YTL A; 4BY6 B; 1BKB A; 2DD5 A; 4OGE A; 2CP3 A; 1T0J A; 3GNF B; 4BD3 A; 2DNU A; 3OYN A; 1JEG A; 3OY9 A; 2M0O A; 3PIO A; 2F5K A; 5FU6 B; 5IH2 A; 3GP8 A; 2FZC B; 3RIR A; 1Y0M A; 1YN8 A; 2KXD A; 2X4Y A; 3PMT A; 4LD6 A; 5LJ3 j; 1TUD A; 4M7D G; 2DEU A; 2QQR A; 2AKK A; 2DM1 A; 2K5I A; 2QGG A; 5CKE A; 2ZCF B; 2EAY A; 3JCM Q; 1BIB A; 2F1L A; 3RDV A; 4JRI A; 4RUG A; 2D1X A; 2KE9 A; 3JCM V; 5LJ5 g; 4P5N A; 1MND A; 1NYF A; 3I35 A; 2LQK A; 1Y07 A; 3OYF A; 1VQ4 T; 2HL3 A; 1CKA A; 2E5Q A; 2XIC A; 3OYE A; 1ZBX A; 1FXX A; 4LUD A; 2XDD A; 3BY7 A; 1G3W A; 2LNV A; 3E1S A; 1VQ5 A; 2HCK A; 2P0K A; 1SRL A; 2DJQ A; 2O31 A; 2LMJ A; 4XU1 A; 1M8M A; 4XAX B; 3L2W A; 1QVG P; 1HJD A; 2K5F A; 3X28 B; 4HT9 A; 2DXT A; 1AWW A; 3UA6 A; 3KFV A; 3WXM B; 4DOW A; 2JOY A; 3QHS A; 2LZ6 B; 2DL5 A; 1YIT Q; 3AHU A; 4N0A C; 1BYM A; 4JJD A; 1W2B A; 2KR3 A; 4KUD K; 4J9I A; 4JJC A; 2LJ3 A; 2CSI A; 2Y4Y A; 1WXU A; 3I9Q A; 2EJ9 A; 1V29 B; 1K73 C; 2IVW A; 3CCV A; 4PLL A; 4C8Q B; 2X4X A; 4AG1 C; 5GAM j; 2OAU A; 2ZGW A; 1UTI A; 1IHV A; 4FSX A; 4O6J A; 1KC8 U; 4OP0 A; 4E6R A; 1RI9 A; 2MCN A; 4JPB W; 2AKL A; 3NTI A; 3UT1 A; 3GIB A; 1QCO A; 2B86 A; 4X34 A; 2MI6 A; 1ZUU A; 2KDS A; 2VUB A; 1WDX A; 1WXB A; 3BW1 A; 2E65 A; 1I07 A; 1SKU B; 3SWN A; 2XU8 A; 3TVT A; 3CCE Q; 1Q81 U; 1FMV A; 4HCB A; 5FW9 A; 5KYX A; 2DYB A; 4F14 A; 1W4S A; 3G4S A; 1N8R C; 3CPW A; 1Q82 U; 1D0Y A; 2C06 A; 3CC2 A; 2CRE A; 3EG2 A; 2P4T A; 2CSQ A; 1X6B A; 2NLU A; 2DZ9 A; 2YDL A; 1UEB A; 4O5V A; 4ESR A; 2W0Z A; 4GBQ A; 3CME A; 1CKB A; 3TCJ A; 3HSB A; 3LGF A; 2E3I A; 4F7U F; 3T9N A; 4PK4 A; 2ZAE A; 1VQM Q; 3EG0 A; 3CCL Q; 3EH2 A; 4Z02 A; 4M7A G; 2IIM A; 4FW2 A; 1G83 A; 4QQ6 A; 4PFO A; 3X20 B; 5DM7 R; 3GBQ A; 5KYW B; 1AZG B; 2EGC A; 5LJ3 h; 3I56 T; 1VQN Q; 4FT2 A; 3OYC A; 5FWB A; 4J83 A; 2FEI A; 5GAO q; 2KT1 A; 1E6G A; 3VRZ A; 3PFS A; 3CCU T; 3FRN A; 1G8X A; 4RTY A; 4JJB A; 4AFZ C; 2WSC E; 1JJ2 P; 1BCO A; 2O4X A; 2EQJ A; 4BDZ A; 2CZ1 B; 2GBQ A; 1ABQ A; 1GFD A; 1UHC A; 1W2B P; 1X6O A; 5ECA A; 3G6E T; 1WHH A; 3J80 E; 3M4Y A; 3S3O A; 4F04 B; 4PJO F; 2YRD A; 4OB2 B; 4D6W A; 2CT4 A; 3P8D A; 2X35 A; 4ZN3 A; 1YI2 A; 2K3B A; 2E10 A; 3O8V A; 3EHR A; 1IZ6 A; 4K11 A; 4QVZ A; 4FYW B; 2XHC A; 3JCM X; 4DBF A; 1KQS S; 2RNA A; 3G71 A; 1YWP A; 1K8A C; 4FU6 A; 2ZPG B; 2AZS A; 2RHX A; 3ME9 A; 2V1R A; 3BDU A; 1BI3 A; 2OAW A; 2O9S A; 3R6N A; 4OMM A; 3CMA A; 2P0Q A; 1M3B A; 2D8J A; 2C0O A; 2XK0 A; 3QPH A; 3NPF A; 3PGG A; 2COW A; 4KBM B; 1K73 R; 3MCA B; 1I81 A; 1YJN A; 2JS0 A; 2MPX C; 3X24 B; 5HKC A; 2E6Z A; 4RTX A; 2KEA A; 1VQ5 Q; 4FT4 A; 4QQG A; 5AT1 B; 5GMK i; 2M9U A; 3CPW P; 5GAM h; 1BBZ A; 1NPP A; 1T3L A; 3JCM e; 2M51 A; 5LJ5 d; 3H8Z A; 2HAX A; 3GPL A; 3E19 A; 2LX9 A; 3A5Z B; 2QI2 A; 3OYD A; 4C8Q F; 4MDW A; 1VA7 A; 1IHW A; 1U1S A; 4M78 C; 2E64 A; 4M77 B; 3HRU A; 1M3A A; 2P4R A; 3EFR A; 2CS7 A; 3HFN A; 3LH5 A; 1GCQ A; 1M30 A; 3LH0 A; 4F7U E; 4XU0 A; 4GLK A; 1ABO A; 2CP6 A; 2GF7 A; 3ZL7 C; 4M7A B; 1JO8 A; 1KK7 A; 3OYA A; 1UHF A; 3CCV Q; 2DAQ A; 2QQA A; 5GAN 8; 4J6Y A; 1VQ8 T; 1C0M A; 2X3X D; 4E7H A; 1JB0 E; 3A8O B; 2JJ9 A; 5FWC A; 3HL8 A; 1SEM A; 2JMC A; 3PT9 A; 5GAO r; 3QXE B; 3PTA A; 5J39 A; 2OX7 A; 3VS7 A; 4EPC A; 1NJI C; 1SSH A; 1MMA A; 2KRM A; 4E7Z A; 2EKH A; 1OZ3 A; 2X51 A; 1JQQ A; 2ZZD A; 3FLG A; 1YJW T; 3KUF A; 3LGL A; 2VV5 A; 1I5L A; 4M7D A; 4KT0 E; 1N27 A; 2KNB B; 4J6X A; 2R58 A; 3QO3 A; 3CCJ A; 2WAC A; 4HCC A; 1ZUK A; 1WHL A; 3SWN C; 4QT7 A; 2DK3 A; 1RAH B; 3ZBD A; 5DLO A; 4X9C A; 1GL5 A; 2DVE A; 2RI3 A; 2LJ1 A; 1TUG B; 3FJ5 A; 1PG5 B; 3G4S Q; 1AD5 A; 4OB0 B; 3CC4 T; 3PE0 A; 3CC2 Q; 4MDX A; 3EGX B; 2RM4 A; 3OYJ A; 4FSS A; 4ATO A; 2LQW A; 2Y90 A; 5LJ5 f; 1NM7 A; 1UE9 A; 2PUO B; 1TXQ A; 3CME Q; 3OYL A; 3DKM A; 4E2F B; 4R55 A; 4A4K A; 3LYI A; 1KIK A; 3QZ9 B; 4F7U G; 3HPW A; 2MIO A; 3I5S A; 2Y4X A; 4KUI A; 3PIP A; 2CH4 A; 2HDA A; 1FWZ A; 4J9F A; 9ATC B; 4J7I A; 1SF9 A; 3NFC A; 3HKS A; 4C92 B; 1W1F A; 1M2V B; 2DE0 X; 4X1V A; 3SHW A; 4J9C A; 1K8A R; 1NEB A; 1T3S A; 2E5K A; 3A98 A; 2NUP B; 2OTJ A; 5FRM A; 3I55 T; 1IRE B; 2MWO A; 5KYN A; 1QVF S; 5FU7 C; 2ZPH B; 2J6K A; 4HKE A; 1VUB A; 4C8Q E; 3P8H A; 4XK8 E; 2C0I A; 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