The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
YSFYQFVMTVRGRHDDKGRLAEEIFDDLAFPKHDDDFNILSDYIETHGDFTLPMSVFDDLYEEYTEWLKFLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| molecule keywords |
UPF0346 protein MW1311
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| publication title |
Crystal structure of UPF0346 from Staphylococcus aureus. Northeast Structural Genomics target ZR218.
rcsb |
| source organism |
Staphylococcus aureus subsp. aureus
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| total genus |
24
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06855 | YozE_SAM_like | YozE SAM-like fold |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | YozE SAM-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KVS A; 2FJ6 A; 2O6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SZP A; 2KVS A; 4RNO A; 2XCA A; 2HHX A; 1TE2 A; 2CPR A; 4OJ5 A; 2E8N A; 5DQH A; 1O08 A; 3RB3 A; 3KHH A; 3V7J A; 3N7P D; 4DFD A; 3ZDA A; 1RYU A; 5KFL A; 1DOQ A; 5KFI A; 5J2I A; 1ZRM A; 4PGQ A; 4K4G A; 5AKX A; 8ICH A; 3OSN A; 4ED8 A; 4NM1 A; 3B9J A; 2A19 A; 1Y88 A; 2KIW A; 3L3F X; 1N5X A; 3HIL A; 2EDU A; 2DKZ A; 3C28 A; 3SD7 A; 1QSS A; 4DL4 A; 5HHI A; 4BXO B; 1ZQX A; 5AKL A; 2OHF A; 1ZQG A; 4DL6 A; 3SI8 A; 4RU9 A; 1L6N A; 3L5K A; 5KAI U; 2V4R A; 4C7Y A; 3UMG A; 4F4Z A; 3QXG A; 4QWD A; 4X5V A; 3PST A; 5KG0 A; 4EYH B; 5ALG A; 1T94 A; 1SXD A; 4ECW A; 4LJX A; 4QZC A; 4AYB F; 3S6J A; 1Z00 A; 1K5O A; 3A0H U; 3TFS A; 5IIL A; 1JRP A; 3TAQ A; 4P0Q A; 2QB0 A; 4AP9 A; 1RDF A; 2K8C B; 4NLB A; 5KT4 A; 4FS2 A; 1U47 A; 3RJE A; 4Y2T A; 1ZQT A; 4UB5 A; 3H7I A; 5KT3 A; 4MFC A; 5KFT A; 4M04 A; 3SR6 A; 3RH5 A; 8ICS A; 2G5I B; 5KT2 A; 3GV8 B; 4YR2 A; 4PL1 A; 5AKJ A; 4QW8 A; 4I2H A; 4PZO A; 2NRX A; 3E0F A; 3UMB A; 1ZQY A; 4DOC A; 4I2G A; 3TI0 A; 3QX7 A; 9ICG A; 2KZZ A; 2JZB A; 4RUC A; 3KHL A; 3UMC A; 4GIB A; 2D6F C; 3TFR A; 2VA3 A; 4Q8F A; 2IOF A; 1WWU A; 1Z4O A; 2LHT A; 5AKI A; 3GV5 B; 5HMM A; 3RB4 A; 3BZC A; 3T5L A; 5JRT A; 2AGP A; 2FLL A; 4OCZ A; 5J0X A; 1ZJN A; 3AL0 B; 2K4H A; 3SZ2 A; 3Q8S B; 7ICI A; 5KFZ A; 1BPZ A; 3KZI U; 1F44 A; 1V85 A; 3BS5 B; 5J2H A; 3ISB A; 3TAR A; 1KN5 A; 1WYG A; 3WKC A; 1TAQ A; 3IG5 A; 2W8L A; 1NZP A; 4O9M A; 2IBK A; 1T8E A; 2KG5 A; 3QU2 A; 4NLG A; 4RNN A; 5AK3 A; 3UPQ A; 2P35 A; 3CW2 C; 1K1Q A; 3NTU A; 2NRZ A; 2K89 A; 1A6S A; 2ES6 A; 3PSI A; 4P4O A; 1YZ6 A; 2DWQ A; 4B9L A; 3C2K A; 3HT3 A; 3KD3 A; 4BGD A; 3QU4 A; 4YR0 A; 1COO A; 5J0Y A; 4KLH A; 5AM4 A; 3LWM A; 4KN4 A; 5DGB A; 1RQL A; 2ASL A; 1J2N A; 4B9N A; 1V38 A; 4RNM A; 4FBT A; 2PFP A; 4O3N A; 3D6J A; 5J0S A; 1RZT A; 2XO7 A; 3GQC A; 4GLX A; 1ZQV A; 4F5P A; 3V6H A; 3L4P A; 1QSY A; 2V4Q A; 4J9R A; 3QZ7 A; 2I1Q A; 4YMN A; 4DFM A; 3AQF A; 4RQM A; 2IHM A; 2BR0 A; 5F9N A; 4Z6D A; 2NYV A; 2KEY A; 3RJH A; 4KLF A; 4M6W B; 3H4D A; 4QJF B; 3C29 A; 3AU2 A; 2JV3 A; 3DEE A; 9ICF A; 1LKY B; 1SIJ A; 4PHD A; 1F5S A; 3MR5 A; 4Q45 A; 1S8O A; 3MDA A; 4JV1 A; 1KW4 A; 4C8O A; 1D8Y A; 4PJ0 U; 4UAR A; 5DDM A; 2OEH A; 5KG3 A; 2VA8 A; 2ZIU A; 4P0P A; 5CR0 A; 2WTF A; 4R66 A; 1SGG A; 2AHO B; 2ZUC A; 2KKV A; 2KHV A; 1TVA A; 3KZX A; 4R8U B; 3NUQ A; 3GIM A; 5KFB A; 2PXI A; 4UAT A; 2YY6 A; 4J9L A; 4ED6 A; 4YXM A; 2XGQ A; 2J6U A; 1UA1 A; 4FZL A; 5KG1 A; 3ZDE A; 3M9N B; 2W9M A; 4DSL A; 4JV2 A; 1IXR A; 5T14 A; 9ICJ A; 1U9L A; 5AIA A; 3G6X A; 1MC8 A; 3H0M B; 5DGA A; 3GU3 A; 4EEN A; 1T7P A; 4JB3 A; 1T4G A; 2LM4 A; 4O3M A; 4F5N A; 1Z1V A; 4NLK A; 5EE0 A; 4P4P A; 1HUZ A; 5EWG A; 2F1I A; 2OXO A; 5C5J A; 1PUZ A; 3UXP A; 2VIX A; 4TQR A; 2KP7 A; 3UQ2 A; 3WU2 U; 3D2N A; 2HHU A; 8ICZ A; 2UVV A; 1J97 A; 4DQS A; 7ICN A; 4US8 A; 2ZJA A; 1J2M A; 1RQN A; 3B0Y A; 3FYH A; 3LK9 A; 3VCB A; 3IHQ B; 1L3T A; 3ISD A; 2MAX A; 3TAD A; 1UT5 A; 4DL5 A; 2AGO A; 4YVZ A; 2FE9 A; 1N60 A; 3V7K A; 2ZUB A; 1D9F A; 2ZJ8 A; 2Y9U A; 2HHT A; 5ALO A; 1KFD A; 2CN1 A; 1KFS A; 3M7D A; 1ZQ1 C; 2HDO A; 1COK A; 4UBC A; 5HML A; 4ED1 A; 2XY7 A; 1NKE A; 1S0N A; 3ONN A; 5IIO A; 2ZIW B; 1TK5 A; 5HR6 A; 5L1J A; 3D2S A; 2JEI A; 1ZQR A; 1UHU A; 1BNO A; 5BPC A; 4BWM A; 7ICK A; 3VC8 A; 3AEV A; 1S0M A; 3ZI4 A; 9ICC A; 8ICE A; 1FIQ A; 4G3I A; 4I2A A; 2E8O A; 1PK1 B; 1WCL A; 4NXZ A; 2BQU A; 2E5S A; 3QE9 Y; 3C21 A; 5KFO A; 4KLO A; 4KLE A; 3HRD D; 1Q8K A; 1RPL A; 5JUM A; 1RYR A; 1TAU A; 3Q8P B; 1KTQ A; 2BDU A; 5III A; 1N62 A; 2EZX A; 4PHE A; 1BNP A; 3H0L B; 3BJY A; 2HOQ A; 2Y9T A; 3BQ2 A; 9ICR A; 1PVQ A; 3PR4 A; 1X40 A; 3GIJ A; 2W9B A; 5EE3 A; 5ALU A; 4F4X A; 4YFK A; 5AKY A; 5KFX A; 5H2F U; 1B0X A; 4UB8 U; 5AM3 A; 2C22 A; 1XU4 A; 4C4T A; 7ICS A; 8ICJ A; 2BHN A; 1JXL A; 2XC9 A; 5EE1 A; 2IHN A; 1XO0 A; 5ALM A; 5KFM A; 1ZD2 P; 2LI6 A; 1U49 A; 2G5H B; 1DGS A; 3CRX A; 3LVW A; 4B9S A; 3RB6 A; 5AI8 A; 4HYK A; 2R8J A; 4TUP A; 2HMX A; 3NVZ A; 4OJP A; 4KLT A; 2R8G A; 4B9T A; 1IIP A; 2F77 X; 4F5Q A; 9ICN A; 1QQ7 A; 4EX6 A; 5KFC A; 5ALQ A; 4O0I A; 2QAR B; 2W9C A; 5J2D A; 4I2D A; 2KHQ A; 5AI9 A; 2WF8 A; 4NM2 A; 1SL2 A; 2PMZ F; 4P4M A; 4LVS A; 3E58 A; 2BZF A; 3QUT A; 4NL9 C; 4ECS A; 4XRH A; 4Y2Y A; 5J29 A; 1RM6 C; 4EBE A; 2OWO A; 2FPM A; 3PO4 A; 3V7L A; 2ISO A; 2W03 A; 2YB1 A; 2K4I A; 5L1I A; 1N2X A; 1XSP A; 4B9V A; 4ED0 A; 5AKZ A; 4NLC A; 8ICT A; 5ALP A; 2G0A A; 5AM5 A; 1RXV A; 2ASJ A; 5F9L A; 1VDV A; 2P66 A; 2G09 A; 1KLN A; 4QZ8 A; 1JXE A; 4QWC A; 4OJO A; 2G07 A; 2HHV A; 3C5F A; 2OH2 A; 4BXO A; 3N7R C; 4M2Y A; 1RG6 A; 3KBB A; 4DQI A; 3RR8 A; 5EWF A; 1N56 A; 4F2S A; 3SEN A; 3RF9 A; 1SV0 C; 5KFV A; 1S10 A; 1D9D A; 5DDY A; 5GTI U; 5A0L A; 5D46 A; 5J0Q A; 4YR3 A; 9ICV A; 2W04 A; 8ICW A; 3ICX A; 4MEX A; 5J0T A; 3NVY A; 1HUO A; 3H8W A; 2Z7J A; 2NRV A; 1X9M A; 1FFU A; 5J2J A; 4QZH A; 3ZDD A; 4UAV A; 4RQ1 A; 4J9K A; 4M9H A; 4CE6 A; 5J2G A; 4QW9 A; 2C2E A; 2NO5 A; 4RQ5 A; 2HBL A; 3IG8 A; 5J0O A; 3QEA Z; 2W43 A; 3RFA A; 5KFR A; 2WF6 A; 4ICA A; 2EAN A; 1QSL A; 3WKB A; 5DG8 A; 1L7N A; 3OHB A; 3QUC A; 4OJL A; 2DGZ A; 3QU5 A; 1X9S A; 4TQS A; 2KZ3 A; 4PZN A; 1M6Y A; 1AQ6 A; 3C5G A; 9ICP A; 4F71 A; 4BX9 C; 4B9U A; 4F4W A; 3PMN A; 4F4K A; 3V6K A; 1XS9 D; 3BS5 A; 2JH1 A; 8ICC A; 2NV3 A; 3RB0 A; 3NVV A; 1MN8 A; 4CRX A; 1B22 A; 4M47 A; 3RH4 A; 4DFP A; 1ZQW A; 3HJE A; 4YCX A; 1H38 A; 1KSP A; 2F76 X; 3HW8 A; 1S9F A; 1X42 A; 4YXJ A; 7ICM A; 4C4S A; 1KEJ A; 2BPC A; 2F8L A; 3EPI A; 3R9K A; 3J81 j; 4KTQ A; 4JUZ A; 1L5U A; 4Y2S A; 4IL6 U; 5DB6 A; 2Y1I A; 2WB1 C; 4JV0 A; 1NZB A; 4O3O A; 1Z4N A; 4RQ8 A; 3WK9 A; 4EEK A; 5KAF U; 2F3N A; 3K1Z A; 4DS5 A; 2F1H A; 1QH9 A; 4GFJ A; 1JUD A; 3QNM A; 3OPX A; 3CNH A; 1NKC A; 5KFE A; 1NJX A; 5KL8 B; 1NK8 A; 5CWR A; 3QZ8 A; 4YN4 A; 3OTQ A; 2DBY A; 2R8K A; 9ICA A; 9ICS A; 4M6W A; 2BKE A; 1ZQE A; 1ZQD A; 3KTQ A; 9ICK A; 2EZZ A; 3N28 A; 1LKY A; 8ICA A; 1ZYQ A; 3TQ1 A; 2JGA A; 1LVH A; 1WWV A; 9ICI A; 4OO1 J; 5KFH A; 2KFN A; 4AYB C; 7ICL A; 5G5G A; 3JPS A; 3FDS A; 4DFK A; 1S0O A; 4B9M A; 4ECT A; 3ZDC A; 3AQE A; 2CXY A; 4QZF A; 1BVS A; 4R8U A; 2R8I A; 3NVW A; 5EOZ A; 3WK8 A; 3QUQ A; 3G6V A; 3O0F A; 2HVI A; 4DSF A; 2W3R A; 4KMU A; 4DFJ A; 1RYS A; 1ZQO A; 4ZOH C; 3C2M A; 2W54 A; 5KT6 A; 5EWE A; 4O3R A; 4JWM A; 3ALR A; 1N48 A; 3MR3 A; 2HW3 A; 1TK8 A; 1IG6 A; 2W11 A; 9ICU A; 5CHG A; 3SYZ A; 4IQT A; 4I2F A; 5TIS U; 1A77 A; 5KFW A; 3WK4 A; 3PR5 B; 4DL2 A; 2WF9 A; 4RQ3 A; 3TAC B; 3AUO A; 2FMP A; 3GZF A; 2EAO A; 1YZ7 A; 4TUS A; 2Y1J A; 8ICY A; 5DKW A; 3BS7 A; 3I1Y A; 1JIH A; 3C23 A; 1X9X A; 2FLP A; 1K1S A; 1S76 D; 4RPY A; 1B43 A; 3QEB Z; 5IIN A; 2YQE A; 2GOL A; 3FM9 A; 2ZTC A; 5DB9 A; 3T5J A; 4Y2P A; 1SZH A; 4NLZ A; 2W55 A; 3MFI A; 3LWL A; 4OJ6 A; 4KLD A; 4F4Y A; 3SMV A; 4RT3 A; 1SWV A; 4KLG A; 3UXO A; 9ICT A; 3Q8R B; 3WK6 A; 1X9W A; 4EZ9 A; 5ALI A; 1JX4 A; 1SKW A; 2LYA A; 2A1A A; 4K4H A; 2A1J B; 2ZIW A; 4I27 A; 1UCV A; 1U45 A; 3WKA A; 1A0P A; 2I6X A; 2P6R A; 1ZQL A; 3WKE A; 1ZD3 A; 2YML A; 1S77 D; 1L8O A; 1GO3 F; 3THV A; 5ALX A; 5AI5 A; 2GH1 A; 5DQG A; 3N97 B; 4DSJ A; 1ZXI A; 3PW0 A; 1SKS A; 1F0M A; 1PK1 A; 4GC6 A; 4ECZ A; 8ICP A; 5KFN A; 2HHS A; 2E8M A; 3RH6 A; 5AM1 A; 1X66 A; 4NV0 A; 4MEY A; 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2MU2 A; 2NO4 A; 2CRX A; 1NJW A; 4M9L A; 1KKX A; 2MRL A; 3EW9 A; 4ED7 A; 4QZI A; 3GIK A; 2G06 A; 5AKE A; 4FFD A; 3TAP A; 3RR7 A; 4EYI B; 3AN1 A; 2PI5 A; 4J9M A; 2H5X A; 2KKP A; 3RJJ A; 1UPH A; 5KFD A; 1L3U A; 5HP4 A; 2KIV A; 1ZQK A; 1ZQP A; 2N1R A; 5IIJ A; 2Y0S F; 3RJI A; 1XO1 A; 3NRZ A; 3K4G A; 5J2K A; 2UVW A; 1Q3U A; 2KFZ A; 1BPD A; 2HHQ A; 4YQW A; 2RQ5 A; 8ICI A; 3V72 A; 3RJG A; 5DLG A; 1BPX A; 3HKZ F; 3F2C A; 1BGX T; 4XUS A; 4JK1 A; 2IMW P; 2BCU A; 2HVH A; 8ICX A; 2H3V A; 3EWA A; 4O3P A; 2LYB A; 5KFG A; 2ODG A; 4CCH A; 1QLN A; 4O3S A; 2I5H A; 3LVV A; 2ZIX B; 4RQ4 A; 5KG4 A; 4GXK A; 2DF4 B; 4C8L A; 2D3D A; 1L3S A; 5AK4 A; 1UA0 A; 1X6J A; 2FMS A; 3PSF A; 3UQ0 A; 4F91 B; 5ALF A; 1IV8 A; 2EQY A; 5AM0 A; 2JEG A; 3OGU A; 4UQG A; 4O5E A; 1JI7 A; 3IV6 A; 4JMU A; 5DB7 A; 4NLN A; 3QUB A; 4DWI A; 2BQ3 A; 4YG2 A; 2DQN B; 5IIK A; 3RJK A; 5L1L A; 5BOL A; 3JPO A; 3FC4 A; 4I29 A; 8ICK A; 1SXE A; 2P6U A; 2BCV A; 4Z6C A; 5JU5 A; 3PVX A; 4BWJ A; 4JWN A; 5DBA A; 1HJP A; 3NAS A; 7ICU A; 2JHD A; 5E79 U; 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