2O92A

Crystal structure of a signalling protein (spg-40) complex with tetrasaccharide at 3.0a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of a signalling protein (SPG-40) complex with tetrasaccharide at 3.0A resolution
rcsb
total genus 111
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2o92A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o92A01
5CLTA 2ZX5A 3L2MA 3CHEA 3AIEA 3THCA 3WUGA 4J3SA 1US2A 4U3AA 3AHTA 5M5DA 5HPCA 5D9OA 1VEMA 2Z1SA 3N17A 3PTMA 1YQ2A 2XFYA 1CDGA 4BCEA 4AD5A 3CUFA 1V02E 1C93A 4OJYA 1E6ZA 2XSBA 4HU8A 1M04A 3CUJA 1GOOA 1R7OA 3ARRA 3FXYA 3POCA 4HMEA 4DM1A 2PWDA 1UD3A 1V6YA 4OBRA 3AZRA 2BY0A 1H0IA 2UY2A 1LL7A 4P7NA 2Y8KA 3UR7A 2FHCA 4W8LA 1CIUA 1CENA 2UY4A 1H11A 4M29A 1CNVA 4UFMA 5FIPA 1Q6CA 1E15A 1W3KA 1JZ3A 5GNYA 2DSKA 4FLRA 1BYCA 4WK9A 3W24A 2YBTA 2Y2WA 1CWYA 1E55A 1QI2A 3SCQA 1PPIA 1GQKA 1BF2A 1QHOA 2E9LA 3AISA 1QBBA 4CU8A 1OWQA 1HKJA 3IJ8A 4CD5A 1I1WA 1LQ0A 3RM8A 5JBDA 2JF6A 3EYPA 3PZTA 4PRWA 1J0ZA 4Y7EA 4B3KA 2JIEA 3IAQA 5AC4A 4P8UA 2WK2A 2WNWA 1XHGA 4IUGA 3QOKA 1W2PA 2VR4A 3WQ8A 3W28A 1EO7A 1PX4A 1GOKA 1JXKA 1UR9A 5D9NA 3VNYA 3TP4A 4H41A 4MNLA 2VCCA 3TTSA 2FGZA 5C70A 2XFRA 3U5UA 3ZR5A 4MADA 1HKMA 2D22A 3L4WA 4PSPA 3AMDA 1E4LA 1E6RA 4P8WA 1ODUA 1CGVA 2QLYA 2VJXA 1V02A 4TVCA 3W26A 1G01A 4GO8A 1HNYA 4IM4A 1LJYA 3VIGA 3VD4A 4UTFA 3CUIA 2G3JA 1E6XM 4ZXLA 3MU7A 4W8AA 3AIRA 2TAAA 3WUBA 4JZ5A 2CETA 1TMQA 2XVKA 3L4TA 1VJSA 2OWCA 3AHZA 3NJ3A 4ZFMA 2W4XA 1HIZA 4QP0A 4FK9A 1XSJA 4B3LA 3SCPA 1BYBA 5DEZA 4PMYA 2WWCA 1M53A 4OOUA 1H09A 3FHQA 1NP0A 3PTQA 1I75A 3OZPA 2WHKA 4DWSC 1H5VA 4AEEA 4OBSA 3VX0A 1MVYA 4H8HA 3WMBA 4M8UA 2XG9A 1WNOA 2XVNA 4PMVA 2E9BA 4CD8A 1CGXA 3NYDA 3WN6A 1WO2A 2WZHA 2XGIA 4FMVA 2V3GA 3M6DA 2YIHA 4C7DA 1NM9A 2VX4A 3VD7A 1UZ4A 2VVSA 2WC3A 3AMGA 1UYQA 2AMGA 5CLWA 3WDPP 3O9NA 1U33A 3F5JA 3U57A 1KR1A 3BAKA 2VTFA 2Z1KA 5CG0A 1FH7A 2W63A 3OLIA 3EDDA 3VD5A 2PI6A 8A3HA 5BXTA 2XWEA 5ABEA 4R5EA 4B9ZA 3RDKA 3L4XA 3WDQA 1NH6A 3II1A 2CITA 1QW9A 3WF3A 1M01A 2D0HA 5E09A 1C7SA 1J0JA 1UR0A 5ECUA 3MO4A 4WIWA 1E4MM 4F9DA 3CZ8A 4AZGA 3VIHA 1M03A 1E4IA 3SEPA 4GIAA 3MS8A 2Y24A 3OGVA 4RE4A 1FP8A 2J74A 1JIBA 1CXLA 5JH8A 1VBRA 1GOWA 1CPUA 3CMJA 3ARUA 3L4VA 2WCSA 3PZNA 1C7TA 4JHZA 3VGFA 4MB1A 1XYZA 4QAWA 1UD8A 1FHLA 4BQ4A 7TAAA 1R87A 1DHKA 2IUZA 1PAMA 1RPKA 2X8RA 5C71A 2YDSA 4YHGA 3K4AA 2O9PA 3W38A 4W7UA 2XM2A 4XUYA 4HZ6A 4Z2KA 4HA4A 3GDBA 1BVNP 3BLKA 2UY3A 3CUGA 5ABFB 3AMKA 5BXRA 3T2OA 4ACZA 1MQRA 4JIEA 1SFSA 3N13A 4WSKA 1IZKA 3GNRA 1VFMA 1J11A 4HZ8A 3WNMA 3QOMA 1PBGA 4W89A 1HJVA 3QHOA 4CVWA 4P7LA 4X9YA 3L4UA 3NUKA 4N42A 5FKYA 1W2VA 4BS0A 3WD0A 3AIQA 1NP2A 3N04A 3MKKA 2GJPA 3DC0A 1QNQA 3A47A 1LG1A 2BVTA 3AFBA 1W91A 4TOQA 4UFKA 3LMYA 3CLWA 1QPKA 4KRTA 4PSRA 1O7AA 3CZKA 2ZUNA 1E0WA 3VIPA 3PBGA 1KXVA 3CHDA 1HT6A 3ZSSA 2PWEA 3L4YA 2W61A 4MDOA 3WELA 4ZE4A 1BFNA 1QNRA 1CBGA 8CGTA 3KE0A 5GQBA 3EDKA 3SUSA 1V6UA 1JXJA 1GPFA 1CGWA 3AIWA 4UZUA 3W27A 1XH2A 2W67A 1B31A 1Q6GA 1AQMA 1GW1A 4MDPA 3JUGA 3ARXA 5I79A 3OLEA 5KEZA 3AXIA 1NOUA 3W82A 1JDDA 2G4FA 2WAGA 1TVPA 1UWQA 4UFIA 4GZJA 1B9ZA 1JZ5A 1WE5A 3F5LA 3ARWA 2QV4A 5D8ZA 5BROA 3RILA 3WH9A 3VD3A 2XVGA 3A4XA 2BY2A 3SCWA 4FLOA 1UWIA 1NQ6A 2VQTA 3G6LA 4JKLA 2CHOA 3SIMA 3A4WA 2WB5A 5A8OA 4XZWA 3K4DA 2J7EA 4YN5A 1JL8A 3VILA 1VFFA 4F66A 3SUUA 3AZSA 3EDFA 3K8MA 3MMUA 2D24A 5I24A 3ARZA 3VMNA 4IISA 3N18A 4CN6A 1VEPA 2YL6A 3O6AA 4JFUA 1NWUA 2QF8A 3WD2A 2VC9A 2J7FA 3CHFA 3M07A 1N82A 2RGMA 4UQDA 4F9JA 2W62A 2QHAA 1JFXA 1HF6A 2A3AA 4UFJA 1UHVA 1HVQA 1B90A 4E8CA 1W9BM 2VMFA 3WQWA 2JALA 2E40A 1X6LA 1XC6A 1DWFM 2ESCA 1EXPA 4NRRA 3WNLA 3RIKA 4DWSD 1KGWA 1V3HA 2WW5A 5LA2A 2J79A 4MAVA 3DYPA 4CUCA 4P7OA 1BVZA 3VX1A 1E9LA 1ZB5A 1UR1A 4H2CA 3SCSA 3AIVA 1JG9A 3GBEA 4OUEA 4OIFA 2NSXA 1GOMA 1QHPA 2WM0A 3B9EA 4CCDA 2WCGA 3AHVA 4UQEA 1B30A 2E9MA 4FLSA 4W87A 1R8LA 2DSVA 1QW8A 2VX7A 3ZQ9A 2PBGA 2RGLA 3K8LA 2VCAA 4DUXA 1MQPA 1QNSA 3WD3A 5AYBA 1AMYA 4AD4A 1B3ZA 1Y7VA 2ZWZA 1JGIA 3WH7A 4FLQA 3KL0A 2XGBA 4F79A 3WBAA 2E3ZA 5DF0A 1KBKA 4CD7A 4TTUA 3UCQA 4AMCA 1VRXA 1TCMA 5I3DA 3QR3A 1HP5A 1HL9A 1DWIM 1OD0A 2GJXB 4TVUA 4W7VA 4D6CA 2CESA 1BSIA 1GVIA 2WC4A 2YA2A 4CN1A 3GZAA 4GZEA 2BXYA 4D6FA 5GNZA 1JD9A 2NT0A 3LPPA 1ITXA 1FH8A 4WKFA 4P7QA 3ZT7A 3KZSA 2C0HA 1WZKA 2J7GA 4LXFA 1E71M 1KGXA 5A2AA 4P8XA 4B15A 1WB0A 3CBWA 5A6BA 4GQRA 1EDGA 2FGLA 3A4AA 2OWWA 3VMPA 2V3DA 1ISVA 2EPKX 2V3FA 4MNMA 4IPLA 1GONA 2YJQA 3WDJA 1MW0A 2YDRA 3IJ7A 1W9UA 1DWJM 5A6BD 1JNDA 5A6LA 1B3YA 4ZE5A 2XTKA 1B0IA 4PTXA 3VIFA 2F2HA 4JFWA 1OM0A 4MB4A 4UQBA 1TR1A 3OIHA 2D3NA 4JAWA 1V0KA 1X6NA 2WMKA 1X1NA 5GNXA 4EAMA 1SMDA 2DSZA 2MANA 1OIFA 2VURA 4HA3A 2DT2A 4N0RA 3WH5A 4QCEA 3BAXA 2WHLA 2VR5A 5A6KA 3WFZA 1CGUA 1W9DM 2GK1B 4UOJA 3OB8A 4GXPA 4M81A 2E8ZA 3VDCA 4AD0A 3FAWA 4CCCA 1DEDA 4V27A 2OSXA 3QGVA 3A6OA 3K8KA 1G9HA 3MUAA 4V28A 4D6IA 2D20A 2D0FA 3U5YA 3BSHA 3WNOA 4LX4A 1NWRA 1EHAA 3AHXA 1PX8A 1VENA 3VD9A 3ZJKA 4TX8A 3WEOA 2VRQA 1E0XA 1HP4A 5DT5A 5JIWA 4DUVA 5JUVA 4D6GA 2WYSA 1GQIA 5BYWA 1XH0A 3PZOA 4W88A 4AW7A 1JF6A 5M3WA 3CMGA 2WLYA 1TFVA 1Q6DA 1FH9A 3B9AA 2FH8A 3OBAA 4TUFA 2FHFA 1CEOA 3ARYA 3VGDA 6CGTA 5A94A 2XWDA 1EDTA 5EFDA 3S2CA 4UCFA 1XRVA 2XYLA 2WXDM 1JYNA 3NSNA 1DWAM 1W9PA 3DYMA 3VU2A 4AZCB 3VVGA 3BAIA 3BAYA 2BVDA 1WDPA 3M46A 1D7FA 1MFVA 4AD1A 1MW3A 2JIWA 2YLAA 5BXSA 1KXQA 1TA3B 1ISZA 4QCFA 1DP0A 4W5UA 4UQ9A 7A3HA 2QMKA 2ZUWA 3F4VA 1BGAA 5I6SA 3L2LA 3ZT6A 5HBFA 1SMAA 1S46A 3BMVA 1K9DA 3VNZA 2D23A 4XZBA 3WL1A 4HPGA 1CXFA 5LYRA 2BVYA 2WBKA 1WZAA 2E0PA 3FAXA 1MQQA 3PZVA 1PEZA 2ZXDA 3BMWA 4AXNA 2WVVB 4E8DA 3WQ5A 1W3JA 3WSUA 2OSYA 3D5HA 1ODZA 1UOKA 1OBAA 1V0LA 4J3UA 2PC8A 5I2UA 2AOSA 1W1VA 3QHNA 1XH1A 1KBBA 1DWGM 1TE1A 5LA0A 1I1XA 1Q6EA 2EPMX 2ZUMA 2XJ7A 1J0IA 4XX6A 1GZJA 1NOWA 2QPUA 4PMDA 5DMYA 1LLOA 3VO0A 2YOCA 3VINA 1OINA 2XFFA 5A2BA 4KMQA 5CXPA 1CXEA 2CPUA 3F5KA 4D6JA 2WHMA 1E43A 1TG7A 1UUQA 1UR2A 4AC1X 1JFHA 1JYXA 3RM9A 1ESWA 4LPCA 3CIVA 3WIJA 1C8YA 1UH2A 4UFHA 4PBGA 2J25A 2X0YA 2WHJA 1TZ7A 3BLPX 3ZT5A 4FF5A 4HA1A 1KXHA 2WVSA 3T0DA 4J7RA 4CN4A 4BQ5A 1HL8A 1XYFA 2O9TA 5FD0A 3VM7A 3NSXA 1V08A 4AZ5A 5E6ZA 4B9YA 1PIFA 1J0KA 2HVMA 3TTQA 4ACYA 4U33A 4CGTA 3MV11 4KGLA 5CPTA 4W86A 2WMIB 2BHUA 3WUEA 1V3LA 1UKOA 2BFGA 1GNXA 2WZEA 2DIJA 2C8NA 4HU0A 4BF7A 4GINA 2EPOA 4GKLA 1W1TA 2WMFA 4B16A 2V5CA 1C92A 4Z2GA 5CGMA 1KGUA 2QMJA 4S3JA 2G8ZA 2EQDA 1H41A 1CLXA 1B3VA 3GH4A 4NI3A 3MSDA 4NRSA 3GBDA 4MAZA 3NSMA 5CPQA 3SCUA 5A6SA 4CCEA 2J78A 1KR0A 2E4TA 4GPNA 3GXFA 2Y8VA 5A1AA 1H4PA 2XVPA 5AY7A 3APGA 1GVYA 1KFWA 3WD4A 4C7GA 2VRKA 3LPGA 3ZJ7A 1UZ1A 3SUTA 3AZTA 3MV01 5IFTA 1CGYA 3PZIA 4U2ZA 3VUPA 4H8VA 4WF7A 1K9EA 4U5KA 3WF2A 1E3XA 1W1PA 3IANA 2X09A 4W7WA 2WKLA 4H7VA 4AZBA 3T2PA 1OSEA 2PB1A 2YL9A 3MUZ1 3M7SA 5A3HA 4HP5A 1KCKA 3AHYA 2NT1A 4CD6A 3CTTA 3W4RA 1W3HA 1OT1A 1F4HA 2ZUVA 1SR0A 1ECEA 1QI4A 4HTYA 1UD2A 2ZXQA 1VF8A 1UD5A 7CGTA 5IHRA 3T09A 1UD4A 4W93A 3HN3A 3WMSA 1EA9C 2QPSA 3AS3A 1JZ4A 1B2YA 2JF7A 4ATLA 5DO8A 3BCFA 3ZOAA 3LPFA 4TXEA 1WP6A 3UETA 1EHNA 5ABFA 1QNOA 3RJYA 3EMZA 1FP9A 2ZXBA 4U2YA 4AZ6A 5A2CA 3WEMA 1BHGA 1ZS2A 3RCNA 1C8QA 2A3EA 1UWUA 4L4OA 1CYGA 3MANA 3GYCA 5CZKA 1HJSA 2YKKA 2YA1A 4EK7A 1VBUA 4MB5A 3PTKA 4JHOA 2F8QA 1FFQA 1UA3A 2X2YA 2J7CA 3RM4A 1PZ2A 3WQ4A 5IHSA 3WY1A 4H04A 4QDMA 3MMWA 2IXUA 3RPMA 1J12A 3S6TA 3DHPA 1JF5A 4MNJA 2Y5EA 5A95A 4M56A 3FW6A 2CKRA 1BG9A 5DT7A 3UR8A 1QOXA 3EBVA 4YHEA 3SCVA 1ZU8A 1QI0A 1W9VA 1E6PA 3VKKA 3WMCA 2VT0A 1R86A 4DWSB 4PMQA 4XB3A 3MMDA 3BXWA 1XGZA 3SURA 2J7DA 3VOCA 3RJXA 4CU6A 1B1YA 3K1DA 1W9XA 1W32A 3WKZA 3GNPA 1CECA 2BNJA 1V0NA 4RL3A 4PN2A 2D1ZA 1TUXA 3GTNA 2CBVA 3D3AA 1XD1A 1GQJA 1HXJA 3WDRA 2D0GA 4Z2JA 4UQCA 3OGRA 3SCRA 1WDQA 2G3IA 3OG2A 3AXXA 1E0VA 4NF7A 2JE8A 1BG4A 4D1IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2F61 A;  5HOS A;  1ZBV A;  3RME A;  2CBU A;  2UWF A;  4IPN B;  4PEE A;  1E3Z A;  1EGZ A;  1HN1 A;  5A8M A;  1J18 A;  1OGB A;  1ISY A;  5I5R A;  4GI6 A;  3WQV A;  3CZJ A;  3QHM A;  2YLL A;  1GHS A;  1G0C A;  2DT0 A;  2VNC A;  1JD7 A;  1E40 A;  3ALF A;  2YL8 A;  3VM5 A;  2CHN A;  2DPE A;  4UOZ A;  1H0G A;  3OA5 A;  4TTG A;  3WEN A;  1V0M A;  1ISX A;  2WCA A;  5E0F A;  2OSW A;  3DYO A;  4ZEN A;  1RD6 A;  1HKI A;  1D3C A;  4AIU A;  2WVU A;  4OOZ A;  3HU7 A;  2NW0 A;  1XSK A;  2C7F A;  1CTN A;  1OGS A;  1Z32 X;  3A3H A;  2CBJ A;  1HKK A;  3WNP A;  5D4Y A;  2UY5 A;  3BCD A;  1BYA A;  6A3H A;  1JZ2 A;  5JIP A;  2YA0 A;  1JI1 A;  1J9Y A;  4X0V A;  1V3J A;  2A3H A;  3KL5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1S5V A;  2R24 A;  2D2J A;  5JMU A;  5HTG A;  3WK1 A;  3ABZ A;  1HX0 A;  1VEO A;  1L9W A;  4DX3 A;  3RLV A;  1WDD A;  4NSB A;  4K68 A;  4DPP A;  1SU5 A;  4JTR A;  2QUU A;  5ABT A;  4MPK A;  2R9R A;  4IL0 A;  3AQU A;  4OZO A;  2FGB A;  3MUX A;  2ZRX A;  1EDQ A;  2EBN A;  3U7V A;  3HJE A;  3CPU A;  3K30 A;  5U4N A;  3P8I A;  3KX6 A;  4AHO A;  1EYW A;  3ZMR A;  5I78 A;  4RDW A;  1JVW A;  4BQ2 A;  2BXZ A;  4RE3 A;  3T6C A;  3TTY A;  4PCS A;  3O5K A;  1S1R A;  3CZL A;  3M1Z A;  4GX8 A;  4Z0S A;  5GJN A;  3PY2 A;  5FF7 A;  4ZOA A;  5I3K A;  1VR6 A;  5G1T A;  1PZ1 A;  1Q2S A;  3TA9 A;  1XV8 A;  1LCO A;  4K7Y A;  3G8E A;  5DIU A;  1L6W A;  1YNQ A;  3M5Z A;  1WAW A;  3PC0 A;  1ZBV A;  3W2M A;  1EPV A;  2POD A;  4AF0 A;  1DJQ A;  1N55 A;  2IS7 A;  3NL3 A;  2F2D A;  1XLJ A;  4PEE A;  3ABX A;  3QN3 A;  1EGZ A;  4IHC A;  5A8M A;  3S2N A;  1OGB A;  3ODK A;  3QHM A;  2WNN A;  3E0I A;  3CZJ A;  5I09 A;  3TYZ A;  2ZA1 A;  1R3Q A;  4IQD A;  4ICN A;  1IWB A;  1TPE A;  3QJA A;  1GOX A;  3VZY A;  4ZA0 A;  5FSD C;  4LY8 A;  3DYO A;  3SEC A;  4NZ5 A;  3EXR A;  1RD6 A;  4AWU A;  2OEK A;  4OOZ A;  3UW6 A;  1XSK A;  5CJM A;  2QGY A;  2C7F A;  3DEN A;  1OGS A;  1Z32 X;  4P2V A;  2DUZ A;  2CC0 A;  1HKK A;  3W7E A;  4C6M A;  1TPW A;  4FNS A;  2PBC A;  1LRN A;  3BCD A;  1BYA A;  6A3H A;  1JZ2 A;  1R2R A;  2YA0 A;  3BIC A;  3URA A;  1J9Y A;  1JCH B;  4H6K A;  1XYC A;  4RNF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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