2O9PA

Beta-glucosidase b from paenibacillus polymyxa
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase B
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 167
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9pA00
4FF5A 3WQWA 3MSGA 2G8ZA 3K1DA 1UZ1A 2WNWA 3W4RA 3T09A 2CBJA 4QCFA 1UKOA 4IPNB 3VGFA 1V0NA 3WQVA 2WMIA 1SR0A 4OOZA 2C0HA 1LWJA 1CGTA 4U5KA 2BV9A 4D6JA 1EHAA 3TTSA 2VNCA 4AXNA 1NM9A 1H0IA 1QI3A 1BTCA 2OSYA 2D0FA 4PMRA 3DC0A 3RO8A 1PJ9A 3LPGA 2C8NA 2WWDA 1CZ1A 1C8XA 3WD1A 2GUYA 4PTWA 1W3JA 4ACYA 4RE2A 1CECA 2GDUA 4QFUA 4TVUA 5HBFA 1GQJA 2PWHA 1SMAA 3OGVA 3WD2A 5FIPA 2G3NA 4J3TA 1BQCA 3VIKA 2GK1A 3WELA 5CGTA 4U5IA 4PMQA 1OBAA 2FHFA 2OWWA 4PCSA 1V03A 3AIQA 2GDVA 1CXLA 4W87A 4EE9A 4CUCA 2VX4A 1KBKA 3WEZA 4UOZA 1LWHA 2YA0A 5A8NA 5AC4A 4W5ZA 5M17A 2D2OA 1XD0A 3THDA 2B31A 4D6IA 5GPRA 3RILA 1E40A 2EQDA 2JFEX 4UFHA 1ECEA 1EGZA 3W27A 4DUXA 4H8VA 1L8NA 3VTRA 1JNEA 3MV11 1GJUA 2FDMA 4HA1A 3AMCA 1JAKA 3UCQA 3MMWA 4AEEA 2XM1A 3E1F1 4MJ4A 3MSDA 1CGWA 3MUY1 4CD4A 3VD7A 4R27A 3RCNA 5F7UA 3PZTA 2ZUNA 3BAXA 4OOUA 4Z2LA 3AJ7A 4Z2KA 3UETA 3GNOA 1UG6A 2J8FA 2G4FA 2E9BA 1OT2A 1JXJA 3ARSA 3VD5A 1JAEA 1BGAA 5D9MA 1OIFA 1GVYA 2E0PA 1W1YA 3O6AA 1FFQA 1NOUA 2BHYA 4L4PA 5DT7A 1R8LA 3SUWA 5E70A 5CLWA 2V3EA 4UQCA 2WMHA 3AIUA 1CYGA 4UQEA 1FP9A 2FH6A 4A3YA 1BHGA 3TOPA 3EMQA 2VMFA 3OA5A 1DWIM 4WLCA 1HX0A 5FD0A 3OLGA 1WCGA 1WDQA 2D3NA 4A3HA 1G94A 2QMKA 2YL8A 2WLZA 2CYGA 4MAZA 2DH3A 1V3HA 1M04A 1WB0A 3PHAA 6TAAA 3T2QA 2E8YA 2WBGA 3K4DA 2CHOA 3ZJKA 3BMVA 4UQAA 1UWUA 3HN3A 3PTKA 1FP8A 4BA0A 5I5RA 4PSRA 3LPFA 1LJYA 5FCZA 3ZOAA 1WNOA 3AIRA 2OWCA 1KXTA 5IDIA 4E4PA 1J10A 4AW7A 1JDAA 1HL8A 2WYSA 1HJWA 1JF5A 3I3EA 2XPKA 4ZE4A 1OT1A 4J3XA 4XV0A 3WF1A 1DWFM 4F9DA 2EBNA 4UFIA 2ZE0A 2CETA 3GNPA 4W88A 3OGRA 4ACZB 4HA3A 1UOKA 3PZQA 3VMNA 1B2YA 3AS3A 3N18A 3TA9A 1DEDA 1NWSA 1J0HA 3CPUA 4GINA 3W82A 1HJQA 1XYFA 3PTQA 3WDPP 1FHLA 1XH1A 2XG9A 2PWDA 5DEZA 2DSUA 1CXIA 2YDQA 3ARUA 5EFFA 4S3JA 3T08A 3GNRA 1E15A 1V3KA 3AHXA 2ZUMA 1OCQA 1GOOA 2J7HA 3B9EA 1E0WA 1M7XA 4PYSA 2BXYA 2X0YA 3CZJA 1I1XA 1K9DA 2WCAA 3EDKA 1B3VA 2FHBA 5BXTA 2PB1A 1JIBA 5A6AA 4AZBA 2VQUA 1DWAM 2CCRA 3GBEA 3WENA 1QW9A 1UKSA 1XCWA 2WSKA 3DYOA 4PMVA 2DSWA 5HPOA 4AIUA 4AIOA 2E4TA 1NWTA 4ATDA 1H1NA 3NSMA 3AHZA 1BG4A 3BAKA 2QHAA 4AISA 4Z2HA 1UH2A 3D3AA 2QV4A 2GJXB 4ZE5A 3HJEA 4AZIA 5ABFA 4MB1A 3VM5A 1TA3B 2CNCA 3VNYA 4H2CA 1VB9A 2EPLX 2VTFA 1FH9A 3T2PA 3ZMRA 3NDYA 1KXVA 3VX1A 2YLAA 1UH4A 4TUFA 2YDSA 3OG2A 5CPQA 2RGLA 4CU8A 1OM0A 4W8AA 2BFGA 1UR1A 1UUQA 3TTOA 3II1A 1WZKA 1H0GA 4K68A 4JL2A 2OSXA 2PI6A 1J12A 2F61A 4ZEPA 2OYLA 1U33A 1GNXA 3SUSA 1TCMA 1HIZA 3ZJ7A 4AY1A 1IZJA 1SYTA 3GXDA 2VX6A 2X8RA 2A3AA 2DH2A 2ZICA 3UR8A 1V02E 1EOMA 1MXDA 3A47A 3WF4A 2YBTA 1E6ZA 2YL6A 3FHQA 2ZXDA 5A8MA 2WLYA 3GXMA 1MQPA 1E3XA 1UR8A 1UD5A 1X6NA 4F8XA 2J7GA 2XVGA 1U30A 3CH9A 1CIUA 1B3ZA 2J79A 4EK7A 1E4LA 1J0KA 4CCDA 3ZQ9A 4NI3A 5TD4A 4AEFA 3UR7A 3WUFA 3WH8A 1R7OA 4PSPA 3AIVA 1W9BM 3CUGA 1LQ0A 4U33A 1PZ3A 1Q4NX 1GHSA 1F4HA 4FLRA 3RPMA 1UR9A 4KWUA 2D22A 4V2XA 1HNYA 4JL1A 4C7GA 3WDIA 1UWQA 2FHCA 1R86A 3L4ZA 1VEOA 1V0LA 2J7DA 4D6DA 1W2VA 2XFFA 3WEMA 4D72A 4LQ1A 3ZSSA 1TR1A 3VD4A 2WVSA 5HPCA 1WDRA 3VDAA 3AIEA 1EO7A 3VINA 2ZUWA 1W1PA 4OZOA 3WBAA 1BVNP 4OKDA 1FOBA 3CUIA 1J01A 4MDPA 4MADA 4MNKA 2OYKA 4HOXA 2ZIDA 4HU0A 3OZPA 1B30A 5FL0A 3THCA 1QHPA 5FL1A 1VEMA 3T0AA 3IJ7A 2O92A 4UQDA 3WDQA 1C7SA 3B9DA 4IISA 3AMKA 4XZWA 2XFYA 4ZFMA 2PF0A 1JFXA 2JF7A 1RP8A 1WPCA 1HN1A 2DT3A 4X9YA 2V5DA 4GO8A 5KEZA 5D9PA 4JFVA 4JFWA 5BXSA 1ITCA 3L2LA 2VX7A 3BLKA 1A3HA 1JG9A 4DUWA 1L0PA 2WPGA 5CZKA 4AZ5A 1QOXA 3U5YA 3WH7A 2JEQA 4BF7A 1NQ6A 4W86A 1OD8A 5I23A 4TTUA 1GJWA 2W62A 3WD0A 5HXMA 5C8BB 1OINA 3GTNA 1UA7A 1H5VA 4WSKA 2W5FA 4HMCA 1EHNA 1W91A 4JHOA 3M6DA 2XSAA 4W85A 5DF0A 4V27A 3VIMA 1MYRA 4JCMA 1WE5A 3ZR5A 5I78A 1G9HA 3FNDA 4DWSB 1QPKA 4E2OA 1E0VA 1V6YA 2J47A 1OB0A 1ISZA 4CGTA 1FHDA 4Y7EA 1EIBA 3U5UA 4OUEA 2CESA 4FLSA 3BAJA 1UQYA 1EOKA 2G41A 4AZCA 1EQCA 2W63A 4A4AA 3TTQA 1JF6A 1FH7A 1HP5A 4LPCA 4XZBA 3TONA 5DMYA 4GI8A 3NCOA 4EANA 1BGGA 3POHA 4PBGA 2VR5A 2DIEA 2X1IA 4P7QA 1UA3A 4FK9A 3AIBA 2J8GA 1E6RA 1TVNA 2D20A 4M81A 2G3IA 1QI4A 4HPHA 3ARRA 4PUDA 5BWFA 3NJ3A 1GOQA 3PZOA 1KFWA 5DT5A 2NT0A 1E73M 4J3SA 1CXFA 1XSJA 1TE1A 3EDDA 3VGDA 3PZNA 1WP6A 5A6LA 4WKHA 2X2YA 2Y24A 5D8ZA 2GFTA 4GPNA 2X05A 4EKJA 1AMYA 2JIEA 1CGUA 1GOIA 5A2AA 1JZ2A 1V3JA 5AC5A 2OSWA 2GVYA 1ZBCA 1KQZA 3KEHA 1V6WA 2YKKA 1HJVA 1I1WA 1JYWA 4MB5A 3CMJA 4P7LA 3IK2A 7A3HA 1KR0A 2VZOA 1VIWA 1JYXA 5LA2A 4C7DA 3CHDA 1VAHA 5AYIA 1XH2A 4J3WA 4B15A 2WBKA 1PX8A 3L4XA 4AD5A 3WF2A 2CIPA 4AZ6A 2WZEA 5ABGA 3WL1A 4M1RA 3K8KA 4H8UA 3RM9A 2BHZA 4W84A 5DFAA 1V3LA 2VRQA 1B3XA 1QI2A 1UD3A 1X6LA 4UZSA 1WZLA 4IPLA 4UQBA 1E1FA 2XGIA 2D23A 2VRJA 1ZBVA 1BSIA 3EYPA 1GOWA 2XWDA 1QNPA 2XUCA 2TAAA 2O9PA 3A6OA 1ZB5A 2WHJA 1Q6FA 3DYMA 2IXVA 3VIJA 4MNMA 4BZYA 3IJ8A 5HOSA 3POCA 4MPKA 4PMNA 1W1TA 2VL4A 1J0IA 4P7OA 3RJYA 3OLIA 3VMPA 3A4WA 1HP4A 3VUPA 2ZXQA 1TUXA 2FGLA 5C71A 1W9VA 1EH9A 5CPTA 2ZUSA 2GK1B 1UD2A 1V3MA 1VJSA 4P8VA 1QHZA 4KGJA 1GPFA 1E4NA 1ITXA 4H41A 1UWRA 3QGVA 4CD7A 5CPSA 1BYBA 2G3JA 2DEPA 1E56A 1Y7VA 2PBOA 5I0DA 5CXPA 4WK9A 1E9LA 3EDFA 4D6CA 3W6MA 4HU8A 2E9LA 2XSBA 1MWOA 2VUYA 2EPMX 4GQRA 2V38A 2JE8A 2V3DA 3GXIA 5LYRA 3AS0A 1C90A 2O9TA 4W8BA 3ARWA 4D6GA 4J3VA 5E0FA 4BCEA 3DHUA 1ISWA 1AQHA 1XSIA 3WF3A 1LL6A 3CUHA 3WNPA 4LYPA 5A2BA 1E4MM 3EMZA 2CHNA 2J75A 3NUKA 4CKQA 1HXJA 4B9ZA 1QW8A 1R87A 5ECUA 2WZHA 1MW2A 1G0CA 1IV8A 2ZX5A 3FAXA 3T0DA 4CVUA 5I79A 1HVXA 4DM1A 1UD8A 2BY2A 1CGXA 3ZO9A 1CDGA 1JZ5A 1M01A 6CGTA 2PBGA 3WNOA 3VIFA 2J78A 4WF7A 1WZMA 1JI1A 4FMVA 3ALFA 5IHRA 3UG3A 3IAPA 1JZ3A 2Q8XA 1PBGA 2DSVA 3GH5A 1KXQA 1Q6GA 4GZEA 4AD2A 1XC6A 3S2CA 4GI6A 5CGMA 2DT1A 3L4TA 3TTYA 3GBDA 4PMOA 3VIPA 1E71M 1CXEA 2YA2A 3BAYA 2XTKA 4UOJA 1LLOA 2EXOA 3W81A 1JNDA 1OGGA 5FKYA 4RE3A 4NRRA 5GQBA 1HF6A 4ACZA 4OIFA 3I3BA 4HTYA 4AZHA 1MFVA 1MXGA 3NDZA 3ZJ6A 1PAMA 3AIWA 3AS1A 1VF8A 2UWFA 4IM4A 4BQ5A 4KMQA 1UWSA 3MU7A 1H49A 3VDCA 4YHGA 5ABEA 4W8LA 2WC7A 1VFFA 5A6MA 2PWGA 4UZUA 3SCNA 5DO8A 4JZ5A 1UHVA 1UKTA 3BCFA 3OZOA 3J7HA 3WQ5A 3LMYA 4M24A 1GVIA 4UQ9A 2YL5A 3B9AA 5LA1A 4PEEA 3AI0A 2WC4A 3KE0A 3W6LA 3BSGA 1QBBA 3LPOA 1MQQA 2FGZA 2CKSA 2ZUUA 5M3WA 2ESCA 2YOCA 2Y5EA 1SMDA 2WB5A 3F5LA 3PZMA 1UQZA 4LYRA 2A3CA 5C70A 3QHMA 2W61A 1R7AA 2E3ZA 2W66A 3AXXA 4JCLA 2OYMA 3CTTA 3M07A 1A47A 1UH3A 1UR4A 1JI2A 4JKMA 2GJXA 2W4XA 4F66A 1IZKA 5BRPA 4MAVA 2VCBA 5CG0A 1J0ZA 4MTVA 3AMDA 1HKMA 2O9OA 3L4WA 2GJPA 4S3KA 1UWIA 1JYVA 1ZS2A 2WXDM 3SURA 5JUVA 2J4GA 1E3ZA 3VPLA 2VVSA 3T2OA 1GONA 3N1AA 4Z2GA 1UD4A 4CCCA 3AXIA 4ML4A 4D71A 1QBAA 3CO4A 1AQ0A 1H09A 2XVLA 1B3WA 3CBWA 4PTXA 5ABFB 4PUEA 4PMZA 1JDCA 1LL4A 3SCSA 3W37A 2JALA 4YPJA 4U3AA 1HT6A 1UKQA 4H04A 1BYDA 3EDJA 4Z2IA 3OLDA 3K4AA 4W89A 4DWSD 4HPGA 3CHEA 1R85A 1BLIA 2V3GA 5E6YA 3FW6A 3W38A 2EPOA 2WHLA 3FAWA 3GZAA 3L4VA 5E9AA 1QNSA 4ZXOA 3EDEA 3EMCA 1VEPA 2BY3A 2XGBA 4URIA 4WKAA 4BQ4A 4OJYA 2BNJA 3AFBA 4P8WA 5GNYA 1JFHA 1WDSA 2XJ7A 3SUUA 2J25A 5IFTA 2IUZA 1EDGA 2ZX7A 3AMGA 2XVKA 1E72M 2HISA 1V6UA 1HJSA 2UY5A 2VRKA 1CPUA 3VIGA 5I6SA 3WH9A 4PTMA 3UESA 4NZCA 1CXKA 4H8HA 1CENA 1E6PA 1VRXA 2VCAA 5JIPA 1PZ2A 2CBIA 2QMJA 4B3LA 3ARZA 3ARYA 3WD4A 4P7NA 5BRQA 3WNLA 1Q6CA 5IXEA 2CERA 3KL5A 5CQ1A 1GCYA 3VO0A 4U2ZA 3VDBA 4MJ2A 1LG1A 1JXKA 4BQ2A 3SCQA 3WMSA 3ARPA 2JEPA 3CMGA 3OIHA 2WMKA 4W7UA 3G6MA 4P7RA 3ZT6A 4ATLA 3NYDA 1XRVA 3CZ8A 1H11A 3FHAA 1TZ7A 2VZSA 3MUZ1 1OGSA 1C91A 2VC9A 3SCTA 4Z2JA 2WK2A 1UWTA 4MB3A 3WUBA 3TP4A 5I2UA 1V6XA 3AHYA 2W67A 1S46A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FF5 A;  3WQW A;  3MSG A;  2G8Z A;  3K1D A;  1UZ1 A;  2WNW A;  3W4R A;  3T09 A;  2CBJ A;  4QCF A;  1UKO A;  4IPN B;  3VGF A;  1V0N A;  3WQV A;  2WMI A;  1SR0 A;  4OOZ A;  2C0H A;  1LWJ A;  1CGT A;  4U5K A;  2BV9 A;  4D6J A;  1EHA A;  3TTS A;  2VNC A;  4AXN A;  1NM9 A;  1H0I A;  1QI3 A;  1BTC A;  2OSY A;  2D0F A;  4PMR A;  3DC0 A;  3RO8 A;  1PJ9 A;  3LPG A;  2C8N A;  2WWD A;  1CZ1 A;  1C8X A;  3WD1 A;  2GUY A;  4PTW A;  1W3J A;  4ACY A;  4RE2 A;  1CEC A;  2GDU A;  4QFU A;  4TVU A;  5HBF A;  1GQJ A;  2PWH A;  1SMA A;  3OGV A;  3WD2 A;  5FIP A;  2G3N A;  4J3T A;  1BQC A;  3VIK A;  2GK1 A;  3WEL A;  5CGT A;  4U5I A;  4PMQ A;  1OBA A;  2FHF A;  2OWW A;  4PCS A;  1V03 A;  3AIQ A;  2GDV A;  1CXL A;  4W87 A;  4EE9 A;  4CUC A;  2VX4 A;  1KBK A;  3WEZ A;  4UOZ A;  1LWH A;  2YA0 A;  5A8N A;  5AC4 A;  4W5Z A;  5M17 A;  2D2O A;  1XD0 A;  3THD A;  2B31 A;  4D6I A;  5GPR A;  3RIL A;  1E40 A;  2EQD A;  2JFE X;  4UFH A;  1ECE A;  1EGZ A;  3W27 A;  4DUX A;  4H8V A;  1L8N A;  3VTR A;  1JNE A;  3MV1 1;  1GJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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