2O9RA

Beta-glucosidase b complexed with thiocellobiose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase B
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9rA00
5LA2A 2E4TA 1LF1A 4IISA 4E2OA 4B15A 3WQ5A 4Z2JA 3APGA 4GI8A 5A8OA 4XB3A 5JBDA 2O92A 3RJYA 3VIFA 6A3HA 4U2ZA 1PEZA 1TA3A 2GJXB 4X0VA 3PZ9A 3BAKA 1FP9A 1R86A 1JZ6A 1WP6A 2VRJA 2ZUUA 1TMQA 1V02A 4IM4A 2GSJA 4M24A 4N0RA 1BGAA 4AZ7A 2W62A 3B9EA 4DWSA 3CH9A 1XV8A 3HU7A 3WQ8A 3QHOA 4AZ6A 1BYAA 4BF7A 1RP9A 2ZIDA 2GJPA 3GM8A 2J7HA 2W66A 3W38A 1IZKA 1OGGA 3MANA 1TVPA 1TR1A 1UR8A 4W88A 5FL0A 4Q22A 1V3KA 3PZOA 5BWFA 4HMEA 2YA2A 4TTUA 3SCVA 1BF2A 3K4DA 1GNXA 2B31A 2QLYA 2XFFA 3DHPA 3PZTA 3NYDA 5I23A 4OKDA 1CENA 3EYPA 2Q8XA 2ZX8A 1GVIA 1KXVA 3FNDA 4HP5A 1VRXA 4W5UA 3TTQA 3VDAA 3W53A 3WH6A 5M5DA 2FDMA 3K8MA 1E43A 1L8NA 1CGUA 2CYGA 2G3IA 1W1VA 1KB3A 1K9DA 2VRKA 1XD0A 4W89A 1I1WA 3VIMA 1VF8A 1ECEA 2W4XA 4PSRA 4GI9A 3VIKA 2J7GA 1CECA 1W3KA 3VIJA 3VNZA 1QOXA 1JYWA 2EPNA 3AMLA 1KXTA 4D71A 3WL1A 1VJZA 3ALFA 2A3EA 1W9PA 4C7DA 5CQ1A 1CZ1A 3BSHA 3CPUA 2YIHA 3GH4A 5IFTA 3W26A 3ZQ9A 5A6JA 1JZ4A 1UH2A 4QCEA 1D3CA 5KZ6A 1J18A 3VOCA 3N13A 3SUUA 1O7AA 4EKJA 3VX1A 1G9HA 2BVYA 3NCOA 1EA9C 2W61A 1W2PA 2VZUA 4F66A 3MV01 1V3IA 5C70A 1MXGA 1KQZA 1E5JA 1OCQA 3W4RA 2VCCA 1GPFA 4H04A 3W37A 1NWSA 1XSJA 2C7FA 2VZSA 5DMYA 4U33A 3AISA 3OLDA 3WKZA 3L2LA 4D6IA 5LA1A 4QFUA 1XD1A 4ZENA 4ZE4A 4M8UA 1CGTA 5HOSA 2Y24A 2DGAA 3MU7A 3N17A 2YA0A 2FHCA 2VOTA 1WAWA 1MW0A 3T2PA 4HZ8A 2Y5EA 3MSGA 1CXEA 2WXDM 2VR5A 4URIA 1C3FA 3AXXA 3PTQA 1C91A 4CVUA 4FLOA 3BAWA 3AZTA 3AZRA 1E71M 2YBUA 4LQ1A 3WDRA 2XUCA 1UHVA 2WLYA 3AOFA 1B90A 1BLIA 2CBUA 2ZICA 1V03A 2WC4A 2XJ7A 1B2YA 1MFUA 2YDSA 1K9TA 2V3FA 3ZMRA 5D4YA 3OZPA 4QCFA 3M6DA 2EPKX 1KXHA 1HKJA 3CZ8A 1QI2A 3PHAA 1ZBVA 3ARYA 3PTKA 1DWHM 4UOZA 1HVQA 4MNMA 4Z2LA 2JIWA 1UH4A 3VMOA 4D6HA 4DWSB 3OGVA 1W1PA 4LYQA 3VGEA 4UQ9A 5A6SA 5JBFA 3DYPA 1Z32X 1E6QM 1W1YA 3ZT5A 5BXTA 5KEZA 4BQ4A 2WMJA 3U7BA 4L4OA 1TFVA 3SUTA 1BYDA 2CBIA 3UG3A 1UD4A 5FL1A 4PMUA 1UZ1A 1E56A 2TAAA 1JFHA 3L4TA 1I1XA 3WH9A 3AHXA 3W0KA 3EMQA 1B3XA 3POCA 1HKIA 2BHUA 5CPTA 1M01A 3ARZA 3KL3A 1JD9A 4CCDA 2O9OA 4PTWA 4UQEA 2D23A 2OYKA 4KGJA 1KFWA 2DH2A 1PIFA 2WZHA 4FLQA 6TAAA 1JG9A 3LPPA 2Y8VA 4GQQA 1JNEA 1FA2A 2ESCA 3AIVA 5FKYA 1HP5A 1H2JA 3GBDA 1KWKA 4H8HA 1C8QA 2J7BA 2X0HA 4JZ5A 2VZOA 2VQUA 4PSPA 1LG2A 1C8YA 4PUDA 4UFMA 1CWYA 1GHRA 2G8ZA 3CO4A 1GOWA 1UKOA 4MNJA 4U3AA 3VIHA 1DWJM 1JL8A 5HXMA 2A3AA 2WVVA 4LX4A 1UA3A 1V6VA 4R27A 4YPJA 1F4AA 2XFRA 1W3JA 2V38A 1AMYA 3AZSA 1PAMA 2VQTA 4AMCA 2CERA 3EDDA 2OLHA 5A2AA 1MQQA 4TXEA 1KR1A 5ABEA 3OGSA 1KR0A 3VU2A 4RL3A 4DM2A 1H1NA 2PF0A 1UWUA 1CXLA 4OZOA 3W6MA 3WFLA 1SMDA 1E0XA 5EB8A 1GHSA 2WCGA 3RO8A 3POHA 4MB3A 3ARPA 1QBBA 1UD8A 3CUIA 3QOMA 3EDJA 5AY7A 4CU7A 1MQRA 3WEOA 5I79A 4TVCA 1CXHA 3SCOA 3SCUA 2FH8A 1CPUA 3RDKA 3AMDA 1KBBA 1CGXA 3M7SA 1HJSA 5A1AA 1Q6EA 1M53A 1E4NA 1H3GA 1MQPA 1QVBA 1ODUA 4TVUA 1B9ZA 2WHJA 4D1IA 1WPCA 1L0PA 4MADA 2VI0A 2BNJA 4OBRA 2WMFA 3BMVA 2XSBA 2CKSA 5E0FA 2X1IA 3A4XA 2OSXA 1SFSA 2ZWYA 1GOQA 1UR2A 3OBAA 3MUIA 4ZXOA 3WL0A 1VENA 4PTVA 2VCBA 2D0GA 4UQDA 5BRPA 3U7VA 3DYOA 1V08A 4AZGA 1H0GA 3VIPA 4P7QA 4PRWA 3A47A 3UETA 1E6NA 2D1ZA 4AD2A 6CGTA 3LPOA 2RGLA 3WD2A 1UKSA 4DUVA 5DT5A 2OWCA 2J8FA 3BLKA 3II1A 2X05A 2AMGA 2DSKA 4U5KA 3AXIA 3PZGA 4X9YA 3G6LA 1DHKA 3N04A 3CZGA 2D3NA 4J3WA 2D20A 2VZTA 4P7RA 3WF1A 4UCFA 3GDBA 4JCLA 2PI6A 3WMSA 1I75A 3AHVA 3WDPP 4ACZB 1TCMA 1LL6A 1E3XA 1W2VA 3AROA 2UY2A 1JYXA 2BFGA 4BS0A 1CYGA 4J28A 3T0AA 1KCLA 2OYLA 1QNQA 3TOPA 3ZR6A 1HJXA 2DSWA 1U30A 1VFMA 3FHAA 3ZT6A 4HPGA 4AD5A 4AW7A 3WD1A 3GXFA 4BA0A 3VM7A 4HTYA 1JDCA 1MYRA 3OZOA 1H09A 5I5RA 3TONA 3AHTA 2JALA 3VMPA 5CJ5A 2VC9A 1HXJA 4D6EA 2VUYA 3ZJ6A 1OGSA 1OD0A 4QLLA 2CEQA 4JIEA 1VFUA 1TUXA 1GOIA 2DIEA 2ZX7A 2ZXQA 2VRQA 2Y8KA 3AS1A 3WNNA 1V6XA 2VT0A 2WVVB 4XV0A 1Q6CA 1N82A 2E8YA 4J3SA 4MAVA 1R85A 4B9ZA 4B3LA 1DTUA 3OLGA 3CTTA 4UOJA 5LYRA 1HJVA 1OBAA 1EH9A 5I3DA 1ESWA 4ZE5A 1BAGA 5DF0A 5AC4A 2XVPA 4HMDA 3WQ4A 3WMBA 3O2LA 3F5LA 1C90A 1DEDA 1W9UA 2YJQA 4ATDA 4J3UA 4PEEA 4P7OA 2WHLA 1J11A 1YQ2A 2XPKA 3W25A 2VJXA 2ZX5A 3CUGA 1D7FA 1M7XA 3WELA 2VNCA 3VGHA 1E55A 3WF2A 1UD6A 3MKKA 3GXMA 1RP8A 1JI1A 2XFYA 4M1RA 2RGMA 2G41A 3AS2A 4J3TA 1C93A 1GW1A 1HJQA 5BXRA 3GZAA 4S3JA 4UZUA 1JZ8A 5A2CA 3OG2A 1PX4A 1EGZA 5JBEA 1J0ZA 7TAAA 1XH1A 1KGUA 4AZHA 1B30A 2E8ZA 3WDIA 5HNNA 3VGDA 3M07A 2WLZA 4CD5A 1MWOA 5M03A 1KGXA 3AFBA 2YL5A 2GJRA 1CIUA 3SCNA 1B0IA 3T2QA 1OSEA 1V02E 1OB0A 2EEXA 4ACYA 3VD4A 5F7UA 4A3YA 4BQ3A 2DSUA 4MNLA 2WSPA 3UG5A 4HPHA 2BHYA 4TUFA 4W7UA 3AIRA 5CPQA 4D6CA 2YBTA 3SUWA 1UG6A 4UTFA 5E70A 1UWRA 3AHYA 2BY2A 1V6UA 3HJEA 4CCCA 5A94A 5AC5A 3ARSA 2PWDA 5JIWA 1SYTA 2Z1KA 4W7WA 1R7AA 2J7DA 2O9TA 2WHMA 2CXGA 4IPLA 3CLWA 1LJYA 1D2KA 1B3WA 3WQWA 2E0PA 1NP0A 1H49A 1J01A 1JD7A 2Z1SA 2WANA 1XYZA 2WBKA 4D6DA 4PMOA 4F79A 1EHNA 1VEPA 2VX6A 1FFRA 4WKHA 5ABFB 1OIMA 2WCAA 2PC8A 2VR4A 2F61A 1XYFA 2FHFA 3SEPA 3UR7A 4CD4A 4CVWA 1P6WA 5GNZA 2EBNA 1XHGA 3AS3A 3N11A 5D9NA 2EO7A 2WK2A 1E72M 5EMYA 3WQ6A 2YLLA 1K9EA 2YKKA 1A47A 1PX8A 2A3CA 4JKLA 1Q6FA 2WC3A 3EDKA 3CHFA 4GINA 1TVNA 1J0HA 4WSJA 1GVYA 4JCMA 2GK1B 3EMCA 5CLTA 4YN5A 3TTOA 1IV8A 1CBGA 1J9YA 3VGBA 3WF3A 1PIGA 1W3HA 1AQHA 1QI0A 1HL8A 8CGTA 5CGTA 3FAXA 2WW5A 5CGMA 5D9OA 4ML4A 2XWDA 5HBFA 2XIBA 3LPFA 4MJ4A 2J75A 3OLEA 3WF4A 3PZUA 4W8BA 5HPOA 4E8CA 1W9VA 1WCGA 1K6AA 5LA0A 2ZX9A 3VKKA 4JFWA 4CGTA 2HVMA 1V0LA 3QOKA 4HU0A 1WDSA 2XM1A 4B16A 3ALGA 1U2YA 2YLAA 2DEPA 1GJWA 2XGBA 3SCRA 3OLIA 5I77A 2G3JA 5FD0A 1CLVA 4L4PA 1FH9A 9CGTA 3N15A 3IJ9A 5A95A 3RJXA 1W9XA 4NI3A 2JF6A 1V6WA 3VGGA 3WNOA 2XHYA 3ZJKA 4MB5A 3N9KA 3GXIA 2XGIA 3K8KA 2G3MA 4KWUA 1E4MM 1E6SM 2A3HA 1MW1A 2PB1A 1HP4A 1EOKA 2F2HA 3ARUA 3K8LA 1KQYA 3B8SA 4F9JA 4MTVA 1E70M 4N42A 1UD5A 1TA3B 3VUPA 2ZXAA 4MJ2A 2J8GA 4GO8A 3AIQA 3EBVA 1B3VA 1OGBA 2WPGA 4CN6A 2WM0A 3SCQA 3GNOA 1B1YA 1BSIA 4FLRA 4AZIA 1QHZA 4KRTA 4W8LA 2J78A 3ECQA 2V3DA 3CHEA 3AXHA 3KWXA 3VX0A 3WNLA 5C71A 2NT0A 3M46A 4W85A 1DWGM 1JAEA 1UKTA 2VVSA 5DT7A 5ECUA 4LGXA 1E6RA 1Q4NX 2IXVA 2CPUA 1ZS2A 4PBGA 2YA1A 3WH8A 2PWEA 3ZIZA 4BQ5A 4DM1A 1E1EA 3CIVA 4P7LA 2YDQA 2PBGA 3AQUA 1Q6DA 1W9BM 2QMJA 3VVGA 2IUZA 4AY1A 4PMXA 3CZLA 3NDYA 2CNCA 1GOMA 1UR1A 3T0DA 2D0FA 4PMZA 3KZSA 2CBJA 3VDBA 1PZ2A 5CLWA 5HDRA 3NIYA 1WZLA 2WKLA 2ZOXA 2BY0A 2XIIA 4W5ZA 3GXDA 1NWRA 2J77A 2J7CA 2WNWA 5I24A 3DECA 5ABGA 3MO4A 4D6GA 3L4UA 2EJ1A 4PTMA 2XM2A 3AMGA 1LLOA 2WVTA 3VNYA 3VGFA 1WZKA 7A3HA 1G01A 4U3CA 5IHRA 4MAZA 4WKAA 4PUEA 1GJUA 1VB9A 4DUXA 5CSUA 4JKKA 5AYBA 4AYSA 4CUCA 3I3DA 2WYSA 2WBGA 3TTSA 5A6BD 2ZUVA 4GI6A 1UWSA 3SIMA 4YHGA 5I6SA 2QV4A 4HU8A 1UKQA 3WBAA 3NSNA 1ZU8A 2GUYA 3EDFA 5CG0A 1FH8A 2J62A 3RPMA 1HN1A 4OIFA 1LWJA 4A3HA 1UOKA 3VIIA 2D2OA 2OWXA 4NZCA 4JFVA 3CMJA 4AXNA 1ODZA 1V0KA 3VM5A 3WSUA 1VEMA 2QF8A 4GZEA 1LL4A 3GH5A 1XH2A 1UWQA 3WQVA 2WSKA 1WKYA 3FHQA 4XZWA 1VFFA 1FFQA 1VJSA 2VX4A 2CHOA 4QP0A 5GPRA 3BCDA 1CXFA 4M80A 3AJ7A 3GBEA 3FAWA 1UR0A 1OWQA 5GNYA 4MDPA 3UERA 3RCNA 4ATLA 3ZM8A 4WSKA 4PMNA 3WUEA 1QW9A 4V27A 1JYVA 2WC7A 3W82A 1W32A 2W67A 3BC9A 4M56A 4PTXA 4M29A 1BPLB 1EDTA 2DT1A 1OIFA 4RE2A 3ARQA 2D24A 2ZXBA 3BAXA 4JFUA 2JEQA 2E9MA 4IUGA 4S3KA 1BVZA 1UYQA 2DT0A 4TTGA 1E4LA 4WK9A 3AIUA 1EOMA 2ZUMA 3VMNA 4B9YA 3F4VA 1ISYA 5BRQA 4D6FA 2VVNA 2E9BA 3K46A 2UY5A 1XSIA 2EQDA 4MB4A 1JZ2A 4J27A 3IJ7A 4JAWA 2PWGA 3O9NA 3QGVA 3QR3A 4PN2A 1PZ3A 3KE0A 3UG4A 3L4XA 2G3NA 3CZEA 1NWTA 4W87A 3UEQA 1MW2A 2F8QA 1DP0A 4JKMA 1B3YA 3AI0A 3VTRA 4IPNB 1E0VA 2BY3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LA2 A;  2E4T A;  1LF1 A;  4IIS A;  4E2O A;  4B15 A;  3WQ5 A;  4Z2J A;  3APG A;  4GI8 A;  5A8O A;  4XB3 A;  5JBD A;  2O92 A;  3RJY A;  3VIF A;  6A3H A;  4U2Z A;  1PEZ A;  1TA3 A;  2GJX B;  4X0V A;  3PZ9 A;  3BAK A;  1FP9 A;  1R86 A;  1JZ6 A;  1WP6 A;  2VRJ A;  2ZUU A;  1TMQ A;  1V02 A;  4IM4 A;  2GSJ A;  4M24 A;  4N0R A;  1BGA A;  4AZ7 A;  2W62 A;  3B9E A;  4DWS A;  3CH9 A;  1XV8 A;  3HU7 A;  3WQ8 A;  3QHO A;  4AZ6 A;  1BYA A;  4BF7 A;  1RP9 A;  2ZID A;  2GJP A;  3GM8 A;  2J7H A;  2W66 A;  3W38 A;  1IZK A;  1OGG A;  3MAN A;  1TVP A;  1TR1 A;  1UR8 A;  4W88 A;  5FL0 A;  4Q22 A;  1V3K A;  3PZO A;  5BWF A;  4HME A;  2YA2 A;  4TTU A;  3SCV A;  1BF2 A;  3K4D A;  1GNX A;  2B31 A;  2QLY A;  2XFF A;  3DHP A;  3PZT A;  3NYD A;  5I23 A;  4OKD A;  1CEN A;  3EYP A;  2Q8X A;  2ZX8 A;  1GVI A;  1KXV A;  3FND A;  4HP5 A;  1VRX A;  4W5U A;  3TTQ A;  3VDA A;  3W53 A;  3WH6 A;  5M5D A;  2FDM A;  3K8M A;  1E43 A;  1L8N A;  1CGU A;  2CYG A;  2G3I A;  1W1V A;  1KB3 A;  1K9D A;  2VRK A;  1XD0 A;  4W89 A;  1I1W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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