2OA8A

Crystal structure of mtrex1 with ssdna
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
231
structure length
220
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 68
structure length 220
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2oa8A01
2VG6A 1KVCA 1IG9A 2DY4A 4C8MA 3O3FA 4E89A 4C8LA 1U04A 4I7FA 4CEDA 4M45A 4H4MA 1SKRA 4B9TA 4F8RA 3QIOA 4FM1A 4FLUA 3QERA 3QEVA 1S1UA 1SL2A 3NH1A 1A5WA 4EP5A 3K58A 3PO5A 4M3ZA 3QO9A 4CFAA 4CEOA 3O3HA 4QAGA 4QOZB 1IO2A 4FJMA 3WNEA 2XRIA 5FROA 2HMIA 2HHTA 2YV0X 4FJXA 4Z0UA 4DSKA 1WAJA 4CFCA 4CERA 1QSLA 1VRTA 3AVIA 2RF2A 3TARA 1RDCA 4E19A 3KIOA 1WSGA 1EETA 3LWLA 4GMJB 3NGYA 1NOYA 3QINA 3KLHA 1T8EA 4KTZA 4IFYA 3M8PA 1BL3A 4LH5A 1CLQA 3OYCA 3NE6A 3PY8A 4LSLA 4DU3A 3I0SA 3QNNA 3C6TA 1CZ9A 3VQ9A 3VA3A 2ZD1A 4M41A 4DQPA 3HVTA 1SL0A 1RT2A 1RILA 1GOAA 3KLFA 3NHGA 3SUPA 1T7PA 4AHCA 3RR8A 1C1CA 3PX6A 3QEWA 3ZT1A 1NJYA 1K6YA 4N56A 3V4IA 5HRRA 3AVAA 1MU2A 3G10A 1JLFA 3KD5E 4KTQA 1ASVA 3L3VA 4FJ7A 3TAPA 2X6SA 1UOCA 3AA3A 4CEZA 3T3FA 2VWKA 2RN2A 3K5OA 4ZHRA 4DF8A 3DRPA 1RBVA 3DLHA 4CJ4A 4HCBA 4E7IA 3DLRA 1D8YA 3IG1A 4IFVA 4CGFA 3PX0A 4CK3A 3I0RA 4DQIA 1LW2A 3L2VA 4B9SA 4DTXA 4DTMA 3HXMA 1JXBA 4DWIA 3VQDA 4Q5VA 1C1AA 2YNFA 1NK7A 1VSFA 1RDBA 3PUFA 3SCXA 3DOKA 4CJ3A 2HHQA 2JGUA 3MEDA 3U3GA 3OYKA 3OYHA 3AV9A 4FJKA 1SV5A 3OYIA 5DK5A 4PA1A 3NF6A 3PV8A 3NGIA 3AO1A 4M3RA 3TI0A 2X78A 3VQ6A 1L3SA 3RMCA 3OYEA 2DTUA 1S6QA 2P1JA 4FW2A 4W5TA 2KFZA 3QIPA 3KJVA 1WLJA 4DTOA 4XIUA 5C25A 3LPUA 1Z25A 4CF2A 4KI4A 1U45A 5J2QA 3AVHA 3VQ4A 4E7HA 3V9SA 3NDKA 4CHOA 4YNQA 4W5RA 3TAEA 4FJJA 1JLCA 4CJQA 4DS4A 4Q0BA 2I5JA 3OS0A 2G8FA 1TV6A 2E4LA 1A5XA 1CZBA 3AVBA 1C0UA 3VA0A 4B9LA 4M3WA 3MXJA 4KPYA 3AVGA 3KK3A 1RCHA 3KKSA 1L3UA 1VSHA 2YNIA 3THVA 3NF9A 3VQ5A 1S6PA 1B92A 1I3AA 3BDPA 2BANA 3OS2A 3L2QA 2HHUA 1JXEA 4HTUA 4FLXA 3KLGA 1ZBLA 2IGIA 3ZSVA 2ATQA 5J2NA 1BGXT 1D9FA 2QKKA 3H08A 3L3UA 2OA8A 3HVRA 4NCGA 4KHWA 1A5VA 4RW8A 4RW9A 2OZSA 2XY5A 1UA0A 2LSNA 4DTJA 3SQ0A 4H4OA 4E1NA 3RR7A 3WNHA 1FK9A 3M8RA 1VK0A 4FCYA 4CHYA 4DLEA 5CZ2A 4IDKA 1TVRA 3S3MA 3EZ5A 2VG5A 5I3UA 2XY6A 4CF9A 2GBZA 3T19A 1Q8IA 2OPPA 1UWBA 4OKEA 4CJLA 5J2MA 3LAKA 3DLBA 3V9WA 3SPZA 4M3UA 4Z4HA 4BE1A 3L2WA 3IS9A 1FXXA 3ZSWA 5SWMA 1Q9XA 2FBXA 4DTRA 1HJRA 4B8CA 4CGIA 3OJSA 4BACA 1ZBIA 3O3GA 4M42A 3LALA 1RBSA 3NH2A 3CFRA 1YTUA 5J1EA 3NH0A 1BIZA 1S1WA 2KW4A 4CJKA 2G8HA 3MXMA 3AO5A 1LWEA 4KFBA 3RRHA 2FBYA 4J2DA 4M3XA 1T05A 4IG3A 4CFBA 3VQAA 4DQQA 1LV5A 1JLBA 4K8XA 2P5OA 3KD1E 4FJIA 3O4QA 4EP4A 4C8KA 3NF8A 3DLGA 4FJNA 2IAJA 1RNHA 1J53A 1U48A 1ZBUA 2NUBA 1ZBFA 3CFPA 3SUOA 1U49A 3VN5A 4CECA 2KZMA 4AH9A 3LAMA 4O4GA 1SL1A 4KAZA 2IOCA 3F9KA 1RDAA 4G1QA 3T1AA 3C95A 1DTQA 4DTUA 3WNGA 3OYBA 3KLEA 1C1BA 3HL8A 4DQRA 3QEIA 4WE1A 2DFFA 2OYQA 3QETA 4N76A 3ZT4A 4W5QA 1Z26A 4FJLA 2DFHA 3MEGA 4AHUA 4BE0A 3RMDA 2HHVA 4ZTFA 3DMJA 1SUQA 4B9NA 3V6DA 5DMRA 4DU1A 4DQSA 2YKNA 1BIUA 4FZYA 4CJWA 4CHQA 4EZ9A 4NCBA 2GUIA 5CYMA 4FM0A 4IG0A 5K14A 4CESA 4CJUA 3CG7A 3HSTB 2OZMA 3HP6A 1XI1A 4QCLA 3KKRA 1VSKA 1CXUA 2A1SA 3BGRA 4CF8A 2BDPA 2EX3A 4KKOA 1JLGA 4C8NA 4B08A 3OYMA 3S3OA 2B5JA 1IKVA 3ZSYA 1TK5A 1NK0A 3ZSRA 3OJUA 4DTPA 3L2RA 4NYFA 1U47A 3SJJA 1J5OA 1JLEA 4F2RA 1IKYA 4M3YA 5HROA 4N47A 2HVIA 4FK4A 3CM5A 3VQ7A 3HK2A 3AVKA 4JS5A 4CIFA 2Q3SA 4LSNA 4BWJA 3MAQA 3VQEA 2IS3A 1ZBHA 3HJFA 4E7LA 1BHLA 4CEEA 3TANA 4FJGA 1JKHA 3AVCA 3E01A 4UQGA 1GOCA 3EYZA 4FLTA 1KVAA 1WSIA 1GOBA 4NCAA 2G8VA 5I42A 4LH4A 3DRRA 2Z1IA 1XHXA 2EHGA 5HP1A 1N6QA 1T03A 4AHSA 4Z4IA 1S9GA 4B8AB 4H8KA 4FLYA 2WONA 3OYLA 3OS1A 3SV3A 3AVFA 3SQ1A 3D45A 1Y97A 3ALYA 3DLKA 3IAYA 1QS4A 1NJWA 1RDDA 2IC3A 5KRTA 1X9WA 4PUOA 3B6OA 4R5PA 1NK5A 1Q9YA 1KLNA 4CF1A 3K5NA 3DLEA 4CJPA 4LD0A 3V9XA 1KVBA 3F73A 4I9QA 3HO1A 5SZTA 4RW7A 1XHZA 4PQUA 3P1GA 1IH7A 1HYZA 3HM9A 2F96A 4HVJA 4J2EA 4DSIA 3V1QA 1HMVA 4OKKA 4KHSA 4ZTJA 1BISA 1X9MA 4I2QA 2GV9A 1L3VA 3TABA 4E7KA 4GW6A 4Z4GA 1YVUA 1N5YA 2G8IA 4OGEA 5HLFA 1TGOA 1DTTA 3DOLA 2WOMA 4O0JA 1J9AA 1F21A 3JYTA 4KTWA 4FLVA 2BGGA 2KQ2A 4OLAA 2FC0A 3HYFA 4AHRA 1XC9A 1S9EA 2YHAA 2G8KA 2P5GA 4N41A 1WAFA 3M8SA 3LP1A 1D9DA 2PYJA 2Y1JA 4DSLA 4FK2A 3LZIA 2AJQA 1RBUA 1JLAA 4GVMA 1RT1A 4DFKA 3SV4A 4DF4A 3TWHA 4CGJA 4FJ8A 4KB1A 4JLHA 4BDZA 3S9HA 2PYLA 3P5JA 4O55A 3V81A 1NK9A 2QKBA 3JSMA 1XWLA 1WNSA 1NJXA 5FRMA 1LAWA 3RWUA 3CFOA 4Z4FA 4FLWA 4Z4CA 1WSEA 2Y1IA 1KCFA 4TSXA 1TKTA 2FBVA 3M8QA 4RG8A 2RKIA 5HRPA 3QEPA 1W0HA 1VSJA 1RT6A 1W9HA 3VQCA 4CK1A 4YFUA 1QQCA 1RT5A 1YT3A 2ETJA 3VQ8A 3ZSQA 4AILC 1TK8A 2KTQA 3C94A 5KRSA 4CGHA 1QE1A 3TAMA 4CF0A 1FKPA 4BDPA 3SQ2A 3EY1A 1J54A 3ZCMA 3B6PA 3ZSZA 4CJSA 3HT3A 3NAEA 1SKSA 1NKCA 4L8RB 2YNHA 3G0ZA 4DU4A 1RTJA 3MECA 3QESA 1ZYQA 4JRPA 3FFIA 4CGGA 1TL3A 1VSDA 3LPTA 3SI6A 1UAXA 5J2PA 4KRFA 2P51A 3ULDA 2B6AA 1C6VA 1ASWA 1BCMA 1LW0A 3VQPA 1S1TA 5HBMA 2ZQBA 4AHTA 1CXQA 1RTHA 2Z1HA 2FBTA 3QLHA 4OPKA 3SZ2A 4E3SA 4CEBA 4CFDA 4CEFA 4DSEA 1YTAA 4NYNA 1U4BA 3IRXA 4RW4A 3P83D 1ASUA 4BDYA 2E6MA 3NCIA 3HPOA 2HNYA 2D5RA 4HUFA 3KTQA 3NFAA 4OGCA 3DYAA 4OPJA 4FM2A 2X6NA 1L3TA 3LANA 4FK0A 4ID5A 2YKMA 3RRGA 3HP9A 1EXQA 5EU7A 3I8DA 4KHYA 3K2PA 2Z1JA 3V1RA 3UIQA 5JS1A 1WSFA 3V9UA 2A1RA 4ELVA 4J2BA 2YHBA 1QHTA 2F8TA 1TKDA 2HB5A 1O1WA 3CQ8A 1SKWA 3PX4A 5D3GA 4LY7A 1WSHA 3DM2A 1IKWA 4Y1CA 4CEAA 3DRSA 4CJ5A 3SYZA 2G8WA 1TK0A 4F2SA 4K8ZA 2O4GA 3AA4A 3RMAA 4CE9A 2PZSA 3MXIA 3QEXA 5FDLA 4DSFA 3OY9A 1NKEA 3WNFA 3OYNA 4CJVA 2G8UA 5JS2A 4IBNA 3ISNC 4FJ9A 2HHXA 3L8BA 4ELTA 3SUQA 4HCCA 4KHUA 4OKJA 1LAVA 1BI4A 3QNOA 4W5NA 4Z4EA 4CGDA 1L5UA 1JL2A 4OLBA 1NK6A 4IKFA 4DSJA 4DFJA 4JS4A 1BQNA 4B3OA 4PWDA 1KSPA 2O4IA 4KREA 5CZ1A 4KI6A 4CHPA 1S1VA 5KGWA 3SPYA 3OYJA 4CJEA 2ITGA 4E0DA 1IKXA 1DLOA 3LWMA 4HHTA 4M3TA 1RTDA 2F8SA 1KFSA 1TAUA 1I39A 4FVMA 3AO2A 2XY8A 4OJRA 2D0AA 2D0CA 2BE2A 4CCHA 4HUEA 1EX4A 2OPQA 1TKXA 4CK2A 4CIGA 5C24A 4KB0A 3K5LA 3SUNA 4ICLA 2HVHA 1C0MA 1KTQA 3ZT2A 4KHNA 1B9DA 1HQEA 4CJTA 1TL1A 5FRNA 1ITGA 4BWMA 4C8OA 3K57A 1LWCA 1KLMA 3LP2A 3NBPA 3AO3A 2HNDA 1TAQA 3O4NA 4KV8A 5KI6A 1QSSA 1RBRA 1NK8A 2QXFA 1B9FA 1RT3A 3S3NA 5KGXA 3LP3A 1NKBA 1HNVA 3KK1A 4RW6A 3AVJA 1R0AA 5C42A 1S1XA 3KLIA 3TAQA 4DMNA 4I2PA 2B4JA 2VG7A 1X9SA 3ZSOA 3LZJA 3NF7A 3AA5X 4ELUA 2KFNA 2XY7A 3OYGA 3CM6A 3RTVA 4B9VA 3MEEA 4CHNA 1NK4A 1BI4B 4PY5A 3HPHA 5HRSA 1C0TA 3DI6A 4KHQA 2HNZA 4EZ6A 4DG1A 4OVLA 3AVLA 2HW3A 3AA2A 4CHZA 2W42A 4DTNA 3L2UA 4KO0A 1RBTA 3AO4A 4I9LA 3V9ZA 3U3YA 1QSYA 4FJHA 4MQ3A 3C6UA 4E1MA 1UA1A 4DFPA 4B9MA 3ZT3A 2OPRA 4W5OA 2R7YA 4HUGA 3OYFA 1WSJA 4DTSA 1HRHA 4BE2A 3ITHA 1HNIA 4ID1A 4Y1DA 5CY4A 5KTQA 1NJZA 1EP4A 4CJFA 3PO4A 1TKZA 1REVA 1BQMA 4FZXC 2ZE2A 1RT4A 4F3TA 2YNGA 4JRQA 1BCOA 1VSMA 4CIEA 1HYSA 1S5JA 3ZT0A 2JLEA 2Z1GA 1LWFA 4FW1A 1RT7A 4O0IA 2XO7A 1QTMA 2KZZA 1KFDA 4N5SA 3TR8A 2D0BA 3KK2A 4F4KA 3VQBA 1X1PA 1VRUA 4DLGA 4FYDA 4FZZA 1G15A 3HPGA 2VWJA 4E7JA 2HHSA 3OYAA 3ZSXA 3LDSA 3U6FA 4FLZA 1EKEA 3TAGA 2PY5A 3VQQA 5CYQA 3SQ4A 2QK9A 4DS5A 1RTIA 3AVNA 4DFMA 5T7BA 4J2AA 3ASMA 3SNNA 4O5BA 1VSEA 3K5MA 3A2FA 3LP0A 3CYMA 3RMBA 1VSLA 4O44A 4B9UA 5E41A 1D5AA 2OPSA 1HQUA 1JLQA 1FKOA 5HRNA 2E6LA 4CEQA 4MFBA 3NGZA 1KRPA 2HHWA 3AVMA 3K59A 3V1OA 2XHBA 1NOZA 1JL1A 3OYDA 2IDOA 3TAFA 1HYVA 1HPZA 3OVNA 2X74A 3D0PA 4FXDA 1WN7A 4FJ5A 4CJRA 2DFEA 4F3OA 4AHVA 1VSIA 2RPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VG6A 1IG9A 4I7FA 4M45A 3VEYA 4LFAK 1SKRA 1NGCA 4A5AA 1LCUA 4LF8K 3FGUA 2YV0X 4XH1A 1QSLA 3AVIA 3WQTA 1RDCA 3KIOA 1EETA 3LWLA 3NGYA 3QINA 3OYCA 3NE6A 4LSLA 4BQZA 4BRCA 5BR9A 4M41A 5AQHA 4DQPA 3R9PA 1RT2A 1YHQN 1RILA 5AQQA 3KLFA 4DUYK 4LF6K 4RWTA 4JI2K 4N56A 1IG8A 3KD5E 3ZX0A 4JKFA 4KHPK 1V4TA 2KKZA 3DLHA 2QWLA 4JHDB 1D8YA 3IG1A 4IFVA 2P9IB 3CF5L 4DWIA 4Q5VA 4BVOA 1RDBA 3SCXA 3DOKA 4JI3K 3MEDA 2IVPA 5AQIA 3OYHA 1W2BM 3UB5A 5M1QA 1SV5A 3E9PA 5DK5A 4M3RA 3TI0A 2DTUA 5AZJA 4M7YA 3RMCA 2P1JA 4FW2A 4W5TA 3QIPA 1WLJA 1VAZA 2UXCK 4DV3K 5C25A 3LPUA 4CF2A 2VYPA 4KI4A 3ATUA 3V9SA 3TAEA 1BO5O 3K9KA 4Q0BA 4CJQA 2Q31A 3L6QA 2E4LA 3HRGA 4BG8A 3KK3A 1L3UA 1NG9A 2YNIA 2F9TA 3OA9A 3CJBA 4B3TK 3O9UA 2BANA 3BP8A 1JXEA 1VQNN 2E1ZA 2IGIA 1BGXT 2GWKA 4BROA 2HBKA 3HVRA 4NCGA 1Z05A 4KHWA 4RW8A 2OZSA 2LSNA 3OTOK 1H1VA 4E1NA 4C1NK 1VQPN 1BOTO 4FCYA 4DCHA 4IDKA 2BUPA 4FPAA 4DUZK 5I3UA 4BY9C 2GBZA 5B8HA 4JI0K 5J2MA 2A5XA 3LAKA 3VESA 5GINA 1U2VA 4KH5A 3L2WA 1FXXA 4BR2A 2FBXA 1HJRA 4CGIA 4YHHK 2E2QA 2AA4A 3KZBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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