2OLHA

Crystal structure of a signalling protein (spg-40) complex with cellobiose at 2.78 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of a signalling protein (SPG-40) complex with cellobiose at 2.78 A resolution
rcsb
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2olhA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2olhA01
1MW1A 1TR1A 1PZ3A 1EHAA 4U3CA 4DWSC 3NUKA 4MNKA 1U2YA 3DHUA 3AHTA 2FH6A 4V28A 1X6LA 3W26A 4CD7A 3A3HA 4AY1A 4HZ6A 1X6NA 1B0IA 2CNCA 2WNWA 5ABGA 2WVSA 3N11A 2ZWZA 1E4NA 1W9PA 4AIEA 2YBTA 1JNEA 1B3XA 3AXIA 1V3LA 5A95A 1CPUA 3EMZA 3AS1A 2WMJA 1ESWA 2JALA 5JBDA 3ALGA 2J79A 4HU8A 4A3HA 2CYGA 1FH9A 5KEZA 2VR5A 2GDUA 4C7FA 4LPCA 2XM1A 1CXFA 4ATWA 1B30A 1FP8A 1JDCA 1HNYA 2OLHA 1HIZA 4MB1A 1P6WA 1XV8A 3CHDA 2JF6A 4UR9A 1SFSA 3ZSSA 1E4LA 1W3KA 1V3IA 2BV9A 3MO4A 4D6DA 1AQHA 5A8QA 3SCPA 3CH9A 3TTYA 1CGTA 5DO8A 4H8UA 1JI1A 4B16A 3CZGA 3EDFA 3AIEA 2CBIA 4W8AA 3WH7A 1W1PA 2DPEA 1EDGA 4GO8A 2AMGA 2V3GA 3W53A 3AIWA 4DUWA 2J8FA 4JKMA 1Q6FA 1HKKA 2DH2A 2CKRA 2BHZA 5I0DA 4AW7A 3BXWA 1W2VA 3ZM8A 3LPFA 1RH9A 2QMKA 3U7VA 4W89A 4AYSA 1EQPA 1V0LA 1UYQA 1UKTA 4JL2A 3FY1A 4ZENA 1E0XA 2G3MA 1GOKA 1BVZA 2O9OA 3THCA 4GXPA 3B9AA 5D9OA 5GQBA 2G4FA 3TTSA 4UQEA 3WUBA 4KMQA 3GTNA 3RM9A 2BNJA 1VFMA 2WKLA 2XSAA 3K46A 4XV0A 5A3HA 4UQBA 5JIWA 5A8NA 3OLDA 4KRTA 3WDIA 4KRUA 2V38A 3RILA 3D5HA 5CPSA 1H09A 5C71A 2G8ZA 4WKAA 3WD1A 1VEOA 3PZMA 5CPTA 3HN3A 3WL1A 1V3JA 3PZNA 1H5VA 1PIFA 5E70A 5CPQA 3CZEA 3WUFA 4UFMA 1SMDA 3SCQA 3UERA 1W3JA 1NOWA 1NWSA 1TFVA 3JUGA 4F9DA 2Z1SA 4UFJA 1CYGA 4FLOA 2D3NA 3BAXA 4JFWA 4LGXA 4PMRA 1V0NA 1HKMA 2OYLA 3VD3A 4D1JA 4W7UA 1MQRA 1DWIM 2BVYA 5KZ6A 3VTRA 4WK9A 4DWSB 3TP4A 3AYSA 4R27A 1V3MA 4GI9A 3RM4A 3BAWA 1HL9A 4QLJA 2JFEX 1C93A 4CCEA 1NM9A 4BQ5A 1I75A 8CGTA 2ZE0A 5D4YA 2ZUWA 7A3HA 3AHYA 1W9BM 2G3IA 4UQAA 4BCEA 1OCQA 5D9MA 1WAWA 3VILA 1TG7A 4J7RA 2CEQA 3OGRA 1JIBA 1J0ZA 4MAVA 1WDQA 2CKSA 1VFFA 4W7WA 1E1FA 5EB8A 1UH3A 2FDMA 1LL7A 2VMFA 3MSDA 1PEZA 3L4VA 5AYIA 3N1AA 2O9TA 3RJXA 2C0HA 2UY2A 3LMYA 3WNNA 1VF8A 3MV01 1ZBWA 1H2JA 3MU7A 3OLGA 5GNZA 1XGZA 2WHJA 3VNYA 3A4AA 4KGLA 4S3KA 3ARPA 1LG1A 4A4AA 1JZ7A 4TXEA 1XH2A 1OINA 4OIFA 4PMZA 3ARXA 1B3VA 1HF6A 4UOQA 1WB0A 3VIGA 1PZ2A 3PZOA 1NH6A 2BHYA 4HP5A 5A2CA 1JD9A 1J18A 2WC7A 3VMNA 3GDBA 1ZB5A 3PN8A 5AY7A 4CN1A 4M1RA 5A6LA 5LA2A 4PMOA 1A3HA 2J62A 3VDAA 2HVMA 1ITXA 3APGA 3BCDA 2MANA 1V6VA 3OGSA 1K9FA 1MQPA 2V5CA 1LWJA 1QW8A 1CZ1A 2J7DA 4HA4A 5LA0A 2QMJA 4E2OA 3L4WA 1FP9A 2WMIA 4DUXA 1CEOA 1KQZA 1GQLA 3KWXA 4HU0A 5EMYA 2VTFA 5FL0A 4J3SA 1JL8A 1UD4A 1NARA 2WC4A 4HMDA 1PJ9A 1E71M 2PWDA 1E5NA 3WL0A 1LWHA 4LYRA 3IK2A 2DSVA 3TTQA 4FLSA 3OZOA 1WKYA 1V0KA 4OBSA 4W88A 5BXSA 1XH0A 4PUDA 1MFUA 2VO5A 1F4HA 2CPUA 1ODUA 1K6AA 1O6IA 2D23A 5BRQA 5I2UA 1GW1A 3L4YA 4L4PA 4PN2A 4D6JA 3AIUA 1UKOA 1BGAA 1EXPA 1KXHA 4TUFA 4CCCA 3K8MA 4N42A 2E9LA 1ZBVA 2VCBA 1J10A 4QCEA 1E0WA 3WF2A 1J12A 2OSWA 1BLIA 1CGYA 3CUIA 2FGZA 3G6LA 5BXRA 3A4XA 4WJXA 4DWSD 2W5FA 3CBWA 4ZEPA 1JXKA 4H41A 3WQ5A 1QBBA 2WZEA 1GOQA 3EDDA 4H8HA 2YLLA 2J7GA 1OGBA 4XB3A 4AWEA 3GH4A 3WNOA 3W28A 2WSKA 2VT0A 1B90A 3AMCA 1HKIA 3RM8A 1NP2A 1W91A 2VC9A 2QF8A 1WDPA 3SUTA 2F61A 1AVAA 3SCNA 3ZJ8A 4N0RA 3WDHA 5CQ1A 5HDRA 1JZ2A 3DYMA 1FFRA 5FOOA 2GJRA 3WDJA 1EHNA 5HBFA 2AAAA 3WF3A 1W3HA 2X0YA 4CD4A 1WCGA 3BAKA 1HJXA 1FH7A 1R87A 4U33A 3N12A 1I1XA 5CXPA 3MV11 1QI5A 3TTOA 1B3ZA 4F79A 4MPKA 5GNXA 1UH4A 4UCFA 1GVYA 5A2AA 1H0GA 3RJYA 2ZXDA 3N9KA 1OGSA 3UCQA 1GQJA 1CLVA 1VBRA 2E8YA 3PZIA 3A4WA 3UR8A 1W1VA 1B31A 5HNNA 2ZWYA 2BY2A 1C8XA 4YHGA 2ESCA 2YDSA 3PTMA 1OD0A 3LPGA 2GSJA 3QHMA 4GPNA 2V3DA 5CLWA 1UWRA 4J3TA 4HMEA 2WMHA 2A3BA 2EQDA 3ECQA 1KB3A 2CESA 1CGXA 1GCYA 3GXDA 1N82A 4M80A 3ZJ6A 4YPJA 4CGTA 3VIKA 2CERA 4OZOA 4DM2A 3ZT5A 3TA9A 2JEQA 3ZIZA 3EYPA 3ZO9A 5A6KA 2J74A 1NWRA 4MDOA 1KWKA 2UY5A 3KE0A 3WQ6A 3RDKA 2VRJA 5E6ZA 2XIBA 3WBEA 4CD6A 3ARTA 1GVIA 1GOMA 2PBOA 4JCLA 3WUGA 1M7XA 3KL5A 3WELA 1OIFA 4PSPA 2J25A 1PPIA 5IHSA 4CKQA 1QI4A 1VFOA 4BZYA 2WBKA 1W9XA 1UG6A 1QNPA 2NSXA 2XSBA 4J3VA 3W82A 2WLYA 4MJ2A 1WPCA 4HTYA 3BLKA 3W6MA 2VVNA 2YJQA 3VGGA 1I1WA 1BYDA 2UWFA 1GNXA 1GOWA 1E6XM 2D22A 2GVYA 3PBGA 4AZ7A 2ZIDA 1TZ7A 1EH9A 1R8LA 3QGVA 5ABFA 2F8QA 4WKHA 1JAEA 3POHA 3IJ7A 2XPKA 1UKSA 4K68A 2XUCA 1GOOA 1XH1A 2X09A 1M53A 4D6CA 3TOPA 3BSHA 1M01A 4MNMA 4P7RA 4TVUA 3VIPA 4QDMA 4D72A 3CHFA 4WIWA 1JFXA 4ML4A 4PTXA 2PC8A 3B9EA 4LYQA 4P7QA 2EPOA 3BAYA 2J7FA 1CXHA 4BQ2A 1JYVA 1LF1A 3NCOA 4XUYA 3AHZA 3TONA 3CPUA 3UG5A 4KWUA 4JKLA 3GZAA 1BYAA 4UQ9A 4D1IA 3CHCA 4UQDA 1MW2A 1UR0A 2EBNA 4PTMA 1BYCA 3EMQA 2G3NA 4AEEA 4AZCB 2DSWA 1KR0A 1J9YA 3WH6A 1S46A 1UUQA 4PMXA 1V3HA 4AD2A 4QCFA 5CZKA 2J78A 1V03A 1C7TA 2WC3A 1US3A 5D9NA 2YA0A 5ABFB 1C8QA 5A8MA 1UQYA 3AIVA 3ARSA 1KR1A 4Z2GA 4PMDA 2OWXA 5E09A 3WKZA 1KWGA 1QNSA 2V3FA 2NW0A 1GJUA 4NZCA 3BMVA 3CMGA 3VINA 1AQ0A 1EDTA 4KH2A 2WAGA 1J0KA 4AD1A 1UWTA 1JI2A 4CCDA 1HL8A 1OBAA 3FAXA 1E6NA 2XHYA 4CVUA 1FHLA 3PZ9A 1UA3A 5EFFA 2OYKA 4DWSA 3K1DA 3K4DA 5FKYA 1JXJA 1KCKA 4TVCA 2VCAA 3VMOA 1UWQA 1BHGA 3SCWA 2WWDA 2WZHA 4U5IA 4AZ5A 4E4PA 5M03A 1V3KA 1MVYA 3UEQA 4HOXA 2D3LA 3AJ7A 5ABHA 4JCMA 2CXGA 5DF0A 2G41A 3ALFA 5ECUA 3OZPA 3GH7A 4HZ8A 4E8DA 1E1EA 3AI0A 3L4UA 5E6YA 3WMBA 4WF7A 3VX0A 2BS9A 3UG4A 1K9TA 2JIEA 3WF4A 3W24A 1BPLB 1MFVA 4U2YA 1JYXA 2D20A 3N13A 1IV8A 1E55A 1E56A 1TMQA 2ZOXA 3BSGA 4EE9A 5CSYA 2ZUSA 3VIHA 1QOXA 3BC9A 1UH2A 4GQRA 3GNOA 4PTWA 1W1TA 2YL8A 2BFGA 1D2KA 1KBKA 4TVDA 2OYMA 5DT7A 2ZXQA 4OJYA 2W66A 1VENA 4OOUA 5A8OA 3WN6A 1QPKA 2QPSA 5A8PA 4L4OA 1PAMA 3RIKA 3VKKA 1W2PA 3VDBA 2VX4A 3WIJA 4QAWA 1DTUA 4AXNA 4M82A 3SCOA 5I24A 3WQVA 4W87A 5A6BA 4YN5A 1PBGA 1TE1A 4WSJA 3W38A 2EO7A 4HPHA 3QR3A 3U5YA 2CETA 3NSXA 3HU7A 1CGUA 3OA5A 3ZJ7A 3WH5A 4OOZA 3A47A 3POCA 1JF6A 1QHOA 2EEXA 4HPGA 4JFSA 2DSKA 2VJXA 1E4MM 1US2A 1CLXA 2XM2A 4F9JA 1UA7A 4ACZB 3N18A 1ZJBA 3AMDA 4AEFA 3ARQA 5JBFA 3NJ3A 3WF1A 5I3DA 2YOCA 1BG9A 4GINA 4D71A 5EFDA 2WMKA 2VL4A 2EJ1A 4AMCA 3MANA 3PZGA 4W84A 2XFYA 5JH8A 3MUZ1 3AIRA 3VUPA 3NDZA 4IM4A 4J3XA 1BAGA 4ATLA 1HJUA 2XTKA 2GFTA 3KZSA 3EDEA 1SYTA 3CUJA 4QLKA 2OWCA 1V6XA 3E1F1 1H3GA 3O6AA 2FHBA 3WSUA 4UFIA 2VZOA 1DWAM 3I3BA 2XVPA 1LJYA 1C92A 1V6YA 4TX6A 1E6PA 3EBVA 3AROA 4JKKA 4RL3A 3ARWA 5JUVA 1W9VA 4Z2LA 1Q6GA 3AQUA 2V3EA 3VIFA 1L8NA 3L4ZA 2YKKA 3GBEA 2QHAA 4PMYA 2DT3A 3GNRA 3QOKA 2WVTA 1ZBKA 3VM7A 2VRQA 1PX4A 1DWJM 2JF7A 3U7BA 1J01A 5HPCA 3WNLA 3L4XA 4DUVA 4ZE5A 4Z2HA 2O9RA 3BLPX 2XFFA 1KGXA 2WK2A 3IJ9A 1E6RA 3BCFA 1F4AA 3T2PA 5I5RA 2XFRA 1H11A 2E4TA 2E9BA 1HP4A 3GXMA 1J11A 4PMVA 3WFLA 5A6JA 1LG2A 1NWTA 2BXYA 1TVNA 3CMJA 5E9AA 1KGWA 2YA1A 3VNZA 2WLZA 2WWCA 5AC5A 2W61A 1B9ZA 1R85A 1MW0A 3FHQA 1XRVA 4NSBA 5I77A 4ZXLA 4RE3A 3WD2A 1JFHA 3WQ4A 4OUEA 2CHOA 2E8ZA 3WF0A 4PSRA 4S3JA 2UY4A 3W6LA 2QPUA 1UQZA 2ZX9A 4BF7A 3CZ8A 4TTUA 3AZTA 2DT2A 1VIWA 3RO8A 3NIYA 2IUZA 4V27A 4MNJA 3EDKA 5E0CA 1JZ5A 1JDAA 3BAJA 2XGIA 1E72M 3CUFA 1DHKA 2FHCA 1FA2A 3PTQA 5A6MA 1SMAA 3VIMA 2CBVA 1MW3A 1QW9A 5M3WA 1G94A 1TUXA 4CU8A 4RE4A 2WBGA 3VOCA 3W29A 1OD8A 2PB1A 4V2XA 4IPNB 1JYWA 1BF2A 2YLAA 5D8ZA 2PI6A 3KEHA 4U31A 2ZICA 3VGDA 2EPLX 4D6EA 3OB8A 2YIHA 3AXXA 1XD1A 2XG9A 5A1AA 1Q4NX 2WYSA 2VZUA 1G5AA 1UD2A 4CN4A 3I3EA 2O92A 2ZX7A 5I23A 1C3FA 2CITA 5AYBA 4AZGA 1UWUA 1GOIA 2AOSA 3WENA 3U5UA 4UOJA 3WMSA 2X0HA 1KXVA 1JG9A 1UR9A 4XZWA 3OG2A 1U30A 1NP0A 1CIUA 4W5ZA 3MKKA 4LQ1A 4A3YA 3NSNA 2GUYA 1W9DM 3GBDA 2W92A 3BGAA 2Y8VA 3WEMA 4U3AA 4JZ5A 3HMCA 5I79A 3SUSA 3BAIA 1RP9A 3VD9A 2FGLA 2HISA 1OM0A 1CGVA 3F5KA 3VGBA 3ZT7A 1HVXA 5LYRA 2OWWA 3VDHA 4GZJA 4U5KA 1JZ6A 2GJXB 1JD7A 1EO5A 1H49A 1CTNA 4GZEA 3UESA 1OB0A 2OSXA 5FIPA 1D7FA 2J4GA 1HJQA 1UZ4A 4HOWA 4UQCA 9CGTA 4EANA 2GJPA 3FAWA 4URIA 2DIJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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