2OWCA

Structure of a covalent intermediate in thermus thermophilus amylomaltase
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
499
structure length
498
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase
publication title Three-way stabilization of the covalent intermediate in amylomaltase, an alpha-amylase-like transglycosylase.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 178
structure length 498
sequence length 499
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2007-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2owcA00
3DYMA 5A6LA 4WJXA 3WQ6A 3F4VA 1VJZA 3ZIZA 4A3HA 1V0MA 3CUJA 3ZSTA 3WNKA 3ZR6A 5ECUA 3VDHA 1J0JA 4ZE5A 1R7OA 1W1YA 1CPUA 1C3FA 1V3HA 3SUUA 2DT3A 4TTGA 3HJEA 2XTKA 2BVTA 3VNYA 3VIOA 1W9DM 2PWEA 1VJSA 1NWSA 3A4XA 3NSMA 3RM4A 4ZFMA 2WSKA 4B15A 5E09A 1CGWA 1ISZA 4DWSC 1XV8A 1DEDA 5CGTA 1J18A 5DO8A 4MDOA 1XH2A 1J11A 1PIGA 4U2YA 1KQYA 1US2A 1H09A 1VAHA 2XWDA 2X1IA 1JDAA 3VPLA 4BQ2A 4S3JA 3NCOA 1SMDA 4C7GA 1C90A 1WAWA 5D9MA 1HNYA 3W38A 1LF1A 5DT7A 3T08A 4D6IA 1TVPA 3GNOA 3GBDA 7CGTA 3W6MA 4QCFA 3U7VA 3L4YA 3SEPA 1ZU8A 4AZCA 3SCUA 1ODUA 3OLDA 2WMHA 3VGFA 4QLJA 4UZSA 3O2LA 3D3AA 2VZUA 4QCEA 2E3ZA 1OGBA 1AMYA 2UWFA 5I0DA 2BXZA 2ZX8A 1RP8A 1ISYA 4F66A 1C8YA 1V3IA 5A1AA 3QHOA 3ZT6A 4NRRA 3VDBA 5IDIA 3HU7A 4CU6A 1UD3A 2D22A 3W82A 1M01A 3VU2A 5BXSA 5A8NA 1GCYA 3WEOA 2BY0A 3PZTA 1I75A 4P7OA 5BRPA 1B3VA 1E3XA 2C8NA 3BAWA 3MO4A 1V6XA 4PYSA 2PWFA 2QHAA 1XYZA 3FW6A 2VQUA 5M17A 1HJXA 5A2AA 3WD3A 1C92A 4AEEA 4XZWA 3AMLA 2ZXQA 2J78A 2WHKA 1E73M 4B3LA 2V3DA 3SURA 1UH2A 2OSYA 3WQ4A 1DWGM 3VNZA 4AZBA 1GOMA 1JAEA 3PTKA 3CBWA 3DHUA 3AROA 4JCMA 1MW3A 1W9UA 2V5DA 3ARXA 2DIEA 4UQAA 1FH9A 1B30A 4UQDA 3II1A 2X0HA 1JYNA 3VX1A 1H5VA 4WF7A 2G3NA 2BY1A 2JEQA 5TD4A 1E0WA 2VCAA 1DWIM 2ZICA 2J4GA 4W85A 2WKGA 3WENA 5FD0A 3WNNA 4HPGA 4C7FA 4CGTA 2G4FA 2QMKA 3W28A 5A94A 4J27A 3N1AA 2XPKA 3B8SA 2VRJA 3WDPP 1DHKA 3FHAA 1HN1A 3OGVA 4OBRA 1IT0A 1E3ZA 4A3YA 2CKSA 5C8BB 1GOWA 2ZX5A 2OYLA 3WQVA 4B9YA 2PWHA 1HL9A 1ISWA 1QI3A 1LWHA 4JHOA 1UQZA 4AZCB 4EAMA 2WAGA 3AXXA 1X6LA 2XYLA 4FMVA 2Z1KA 1V03A 2D0HA 3SCQA 3WBEA 5C71A 1W9XA 4HZ8A 1QHPA 1CXKA 1ZB5A 1VIWA 1V6UA 1Y7VA 2QMJA 1UZ1A 2F2HA 5E0CA 1UA7A 2Y8VA 5HPCA 1B1YA 2YBUA 3VGHA 1BSIA 3HN3A 1JXKA 3AIWA 1KGXA 4GZJA 4W93A 3ARTA 4HU0A 3GNRA 2VVSA 3QHMA 5I2UA 3N13A 3BSHA 1W3LA 3AS1A 1FHLA 2JF7A 1CXIA 3VMNA 3W81A 2WK2A 2WHMA 2VZOA 4J3UA 4EE9A 1NP2A 3F5KA 2E0PA 3S6TA 2D3LA 1HT6A 1QW8A 1OIFA 3CMJA 4JL2A 1H3GA 1GOQA 2WVSA 4J28A 5AY7A 1GOKA 2EPLX 2GJXB 2PWGA 3VDAA 1JYXA 3SCRA 3WD1A 1CXEA 1HJUA 1RPKA 1P6WA 3MUIA 2VX4A 1ZBCA 1UOKA 4GI8A 4P8XA 2XG9A 2DDXA 3TTYA 3VD7A 1UUQA 3GH5A 2V3GA 5IHRA 1GQJA 3NSNA 2XFYA 3RPMA 1RD6A 2ZXDA 5DFAA 2EPMX 2QPUA 3UR8A 1Z32X 2YA1A 3DYPA 3O9NA 3L4WA 3BAJA 2A3CA 5JIPA 3WH9A 2WMJA 4UFHA 1NP0A 1QHOA 1OINA 1W2PA 3OGRA 4DUXA 3CUGA 2XSAA 2OSWA 4XB3A 5M5DA 4W7VA 1MW2A 5IFTA 1WO2A 1HP5A 1IZKA 1UD4A 5A2CA 4HZ6A 5IXEA 3RJXA 2ZUVA 3IANA 1UG6A 1J01A 4TX6A 2AAAA 1ZBWA 4BCEA 4Z2KA 2G3MA 3WMBA 3VIJA 1R87A 4PMRA 3ALGA 4IM4A 1AQMA 4OZOA 4M29A 3K8LA 2QV4A 3M7SA 3GDBA 2GK1A 2UY4A 2CIPA 2J7HA 1E4LA 4AC1X 5LA1A 1C8QA 3J7HA 4PN2A 1VBUA 3OG2A 4NRSA 2X0YA 2E4TA 1VRXA 3L4ZA 3AICA 1CDGA 2PC8A 2DSUA 2YDRA 3AMKA 4ATDA 5A6SA 4GXPA 4UFLA 1EOMA 3MV01 1XH0A 4U31A 3OLGA 4X0VA 1PEZA 2WVVB 3N11A 5CPSA 3ZOAA 4XV0A 1WB0A 1BFNA 4J3WA 2WPGA 5GNYA 5CPQA 5D8WA 1QI0A 3VMPA 2Y4SA 2PB1A 2YL9A 2D3NA 4LGXA 3RO8A 2DH3A 5CLWA 4MAVA 3UEQA 1CWYA 3WL0A 3WEMA 5HOSA 5GQBA 3CZGA 3W24A 1MFVA 1J0HA 1W2VA 3CMGA 4ZENA 4PMUA 5D4YA 2A3HA 4P8UA 2BVYA 1V3LA 2WZEA 3WDQA 5LYRA 4H04A 4HP5A 3UERA 3HMCA 4GO8A 3WDHA 3ZJ7A 1E70M 4QLKA 4PMOA 3N12A 1GONA 5HPOA 3AXIA 3W29A 1CZ1A 2QF8A 5KZ6A 2B31A 3UR7A 3GXIA 4D1JA 1K9TA 4GKLA 1KGWA 2FH8A 3UG5A 2VC9A 1H1NA 4H41A 3TTSA 3AZTA 3RM8A 3W6LA 4DWSB 2WMFA 4J3XA 2XGBA 2W67A 2YA2A 1JZ4A 1GUVA 3S2CA 2XIIA 2NT1A 3AFBA 1LG1A 1PPIA 3AIRA 3FNDA 4XX6A 4MJ2A 2WMGA 4TTUA 2AOSA 5ABEA 4TVUA 5GPRA 1CLXA 2J7EA 3AYSA 5D8ZA 4J3TA 1RP9A 1EOKA 2ZXAA 1OM0A 5FOOA 1XH1A 3GYCA 1VFFA 4E8DA 2YDSA 3RCNA 1JNDA 2PBGA 1JYWA 1CECA 4BQ5A 2WLZA 8CGTA 4AZ5A 1C8XA 4RL3A 2YOCA 3EMQA 1OT2A 3VDCA 5IFPA 2EPNA 3CHEA 4ZE4A 8A3HA 1MQRA 1FA2A 4GI6A 3OGSA 1M04A 1PX3A 3PBGA 2VJXA 3F5LA 1W32A 4Z2HA 5BWFA 2WW5A 1UZ4A 4KGLA 1HF6A 4AD3A 3WL1A 5DF0A 2ZUMA 2WB5A 3AHTA 5I6SA 3SCVA 1CXFA 3U7BA 1TZ7A 2Y8KA 1FH7A 1MXGA 3ZT5A 3WH6A 1H41A 2ZE0A 3CUHA 1JYVA 5CGMA 1XCXA 1KXTA 1V0NA 3GNPA 3OLIA 3DECA 4R5EA 1HKJA 1OIMA 4JFTA 1NQ6A 4OOZA 1EQCA 2GSJA 3WN6A 4AXNA 5ABHA 3GXDA 2OWCA 3UG4A 4MADA 2CHOA 2E9BA 2CBIA 3ARSA 3QHNA 4MPKA 2BY3A 1QNPA 4NSBA 3CZ8A 4AZ6A 4F79A 3L4TA 4JFVA 2V38A 1E6RA 1DWFM 2ZUWA 2TAAA 3OLEA 2ZUNA 2BY2A 5AYBA 1E6QM 2CYGA 3MSDA 4M80A 2D1ZA 4JAWA 2BNJA 2J62A 1E6XM 3WQ5A 3FY1A 4AZ7A 1TMQA 2X2YA 4UOJA 4BA0A 7A3HA 3IAQA 1CGVA 1W3JA 2V5CA 2E8ZA 1E9LA 4JFUA 1E72M 2GUYA 4IISA 2VOTA 1KQZA 1DWHM 4U3AA 1WDPA 1V02A 1UWQA 1JAKA 1V0KA 1WZMA 3BMWA 4PMNA 4JCLA 1US3A 5CPTA 1UWSA 4V28A 1KCLA 4CD5A 1XRVA 1CEOA 1YHTA 3WQWA 5HDRA 2YA0A 3AZSA 3W26A 4YHEA 4GQQA 2J74A 3WD0A 4AIUA 4CVUA 2J8FA 3WH8A 2CKRA 1GOOA 1BYDA 5CSYA 3VO0A 1EQPA 1K9FA 3N9KA 3NSXA 1UQYA 2XM1A 3MMDA 4KH2A 1JI1A 4PBGA 4CN1A 2EBNA 1EDGA 5KEZA 4X0NA 1VENA 4MDPA 2WZHA 4OBSA 3TP4A 1UWTA 3THCA 2WMKA 2FGLA 3F5JA 4JKKA 7TAAA 2PI6A 4CN6A 3VMOA 1QI4A 3UCQA 2JIEA 3WUBA 1JF5A 4R27A 1MW1A 3CO4A 2WZIA 2WKLA 1E6SM 4MNLA 2YL8A 5EFDA 4KRTA 4HA1A 1LJYA 4AD5A 5E70A 1QHZA 1WZKA 3SIMA 4PCTA 4OOUA 3K8MA 2F61A 4PUEA 1DP0A 4W88A 2C7FA 1B3YA 1WDSA 1KBKA 3AIBA 3PZNA 1E6ZA 3RIKA 2XWEA 4HZ7A 1BVZA 1CNVA 3BAIA 3KL3A 3WF4A 4W87A 4FF5A 5AYIA 4W84A 1NWRA 2FHFA 1GJUA 4U5KA 2VZSA 5HBFA 2GJRA 4UZUA 1K9DA 1J0ZA 4D6CA 3SCSA 1V02E 1WPCA 4DUWA 1UD5A 4AYSA 2Q8XA 6A3HA 1J0YA 4PSPA 2O9OA 4MB5A 1CGTA 5CQ1A 1BYBA 4P7NA 2JALA 3MUAA 2CBVA 3T0BA 2PF0A 3CHDA 3WNLA 1E43A 2WHJA 2O9RA 2GDUA 3VINA 1G94A 4TVCA 5BXTA 4PSRA 5ABGA 3ZJ8A 1JF6A 2WYSA 2WCAA 4S3KA 3W25A 1E6PA 3U5UA 1O6IA 3TONA 2DSWA 2FHCA 1QI2A 2OSXA 1U30A 3POHA 4V2XA 2XSBA 1W1VA 3A6OA 5F7UA 1KBBA 1SR0A 3IJ7A 5FKYA 2D24A 4W5ZA 2E40A 2IXUA 1GVIA 4V27A 2ESCA 3MUY1 1E15A 1HJQA 1AQ0A 2WBKA 4QLLA 1E5JA 3CUFA 4NZCA 1BF2A 4H7VA 1CTNA 4TX8A 2UY2A 3FAWA 3ZO9A 5A8OA 4MB4A 1LL7A 4M56A 3MS8A 1B3ZA 3BLKA 1UD8A 4M24A 1OBAA 3AYRA 3GXMA 1M53A 2VL4A 4PCSA 1CIUA 1CGYA 2DSZA 2GVYA 1UKSA 3WH5A 2OWWA 4GI9A 1YQ2A 4P7QA 4PMQA 1CGUA 2WXDM 2CESA 2VI0A 5CG0A 4PMVA 1HJWA 4BF7A 4GO9A 1H2JA 2E8YA 2CCRA 1ISXA 3VIKA 2D23A 2CETA 3QOKA 4PMYA 2BHYA 2CBUA 1ITXA 3ARVA 2VZTA 4JIEA 3BGAA 4PEEA 1GZJA 3WIJA 4JKMA 2CNCA 1Q6CA 5CSUA 4MNKA 4OUEA 4IPLA 3QOMA 1HL8A 3WDIA 3MV11 3MUZ1 4FLOA 1E4MM 2VO5A 4P7RA 1W1TA 4UQEA 1OCQA 1QNOA 5A8MA 3I3BA 4B16A 4HMEA 3ECQA 3FN9A 1Q6FA 4QP0A 1CXHA 1KR1A 2WVUA 1QNRA 1VFUA 4H8UA 2VURA 2WCGA 3RJYA 4DUVA 3WUFA 3ZMRA 3NDYA 1UD6A 3WDJA 1TFVA 1OWQA 1UR8A 1ODZA 2XIBA 2VX6A 4Q22A 4RE3A 1BQCA 4GQRA 2BV9A 2VT0A 1LL4A 2OWXA 4FLRA 1KR0A 4L4PA 1UWIA 1U2YA 2VVNA 5EB8A 1NOWA 5CZKA 2V3EA 1EDTA 3AHZA 1LL6A 1Q6DA 4D6FA 3ZR5A 3PZQA 4TUFA 3FHQA 2XVKA 4E4PA 4D6JA 2J7BA 3IK2A 2A3AA 5A6JA 2XVPA 3KWXA 2D0GA 1B0IA 2YL5A 2WWCA 1GOIA 1BG9A 4YN5A 1JZ6A 3M6DA 5I5RA 1XD1A 3EDDA 1J12A 2CXGA 1MXDA 1WDQA 1UR1A 3OIHA 3AMGA 1XSJA 3L2MA 2YL6A 3ARUA 2E9LA 3VIMA 1D7FA 2XM2A 1CLVA 3NUKA 5JBDA 3GH7A 3N15A 4UFKA 2G3JA 4D72A 4PTMA 3L4UA 4WSJA 5I79A 1WDRA 5A6AA 3AIUA 1EA9C 3AIEA 3JUGA 3KL0A 4UFIA 4ZXOA 4C7DA 1UHVA 3CHFA 1G9HA 1B31A 3SCNA 3VD4A 5DMYA 3MMUA 2QLYA 1VFOA 1EHAA 4ATLA 1C93A 5A6KA 2J8GA 1R86A 2RGMA 1D2KA 4DM1A 4WKAA 3EMZA 2EPKX 2DIJA 4X9YA 1PJ9A 2W4XA 3QGVA 5C70A 5FIPA 3WKZA 1G1YA 3KE0A 1K9EA 3MMWA 3AQUA 3LPFA 2DT0A 4CCEA 5EFFA 4KWUA 1W9BM 2AMGA 5FL1A 5M03A 1V08A 2XGIA 2WC3A 3T0DA 2DSVA 4JKLA 2G8ZA 5EBAA 1HXJA 4M8UA 3OZOA 1OGSA 4WK9A 3WELA 5DT5A 1EO5A 4PMZA 4J3VA 1UKPA 1ZS2A 2BFGA 1NOFA 5CJ5A 3N04A 1V6VA 1CGXA 2X8RA 3BCDA 4UOQA 2GK1B 2Y2WA 4N0RA 1NWUA 2CHNA 4H8VA 3WD2A 3WF2A 1ITCA 1ZJBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DYM A;  5A6L A;  4WJX A;  3WQ6 A;  3F4V A;  1VJZ A;  3ZIZ A;  4A3H A;  1V0M A;  3CUJ A;  3ZST A;  3WNK A;  3ZR6 A;  5ECU A;  3VDH A;  1J0J A;  4ZE5 A;  1R7O A;  1W1Y A;  1CPU A;  1C3F A;  1V3H A;  3SUU A;  2DT3 A;  4TTG A;  3HJE A;  2XTK A;  2BVT A;  3VNY A;  3VIO A;  1W9D M;  2PWE A;  1VJS A;  1NWS A;  3A4X A;  3NSM A;  3RM4 A;  4ZFM A;  2WSK A;  4B15 A;  5E09 A;  1CGW A;  1ISZ A;  4DWS C;  1XV8 A;  1DED A;  5CGT A;  1J18 A;  5DO8 A;  4MDO A;  1XH2 A;  1J11 A;  1PIG A;  4U2Y A;  1KQY A;  1US2 A;  1H09 A;  1VAH A;  2XWD A;  2X1I A;  1JDA A;  3VPL A;  4BQ2 A;  4S3J A;  3NCO A;  1SMD A;  4C7G A;  1C90 A;  1WAW A;  5D9M A;  1HNY A;  3W38 A;  1LF1 A;  5DT7 A;  3T08 A;  4D6I A;  1TVP A;  3GNO A;  3GBD A;  7CGT A;  3W6M A;  4QCF A;  3U7V A;  3L4Y A;  3SEP A;  1ZU8 A;  4AZC A;  3SCU A;  1ODU A;  3OLD A;  2WMH A;  3VGF A;  4QLJ A;  4UZS A;  3O2L A;  3D3A A;  2VZU A;  4QCE A;  2E3Z A;  1OGB A;  1AMY A;  2UWF A;  5I0D A;  2BXZ A;  2ZX8 A;  1RP8 A;  1ISY A;  4F66 A;  1C8Y A;  1V3I A;  5A1A A;  3QHO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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