2OWWA

Covalent intermediate in amylomaltase in complex with the acceptor analog 4-deoxyglucose
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
499
structure length
498
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase
publication title Three-way stabilization of the covalent intermediate in amylomaltase, an alpha-amylase-like transglycosylase.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 178
structure length 498
sequence length 499
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2007-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2owwA00
1VIWA 3VTRA 4V27A 3D5HA 3WL0A 2GJPA 2WSPA 2IXVA 9CGTA 2WWDA 2WZEA 2OWWA 4HMEA 1LQ0A 1LL6A 2NSXA 3NIYA 3GNPA 1E6NA 4AIEA 3D3AA 1H1NA 1QI3A 5BRPA 3W82A 3AHVA 1BAGA 1UD6A 2WHJA 4D72A 1XHGA 3CO4A 2GK1B 1UWTA 3EMCA 3GTNA 3VGGA 2ZUUA 1LG1A 4CN1A 1I75A 2WCAA 2J47A 1CLVA 4W89A 2VX4A 1KBKA 4CCCA 3VMPA 2UY5A 5A2CA 3RDKA 5AC5A 2F2HA 3PZOA 5BXTA 4AIOA 2YA0A 1JZ6A 2CBIA 2VZTA 4V2XA 5A6BA 1DWGM 2BXZA 4CU7A 1HT6A 2J7CA 1TCMA 3BAIA 3WD0A 1PX3A 4MAZA 3WH9A 1QNPA 2O9RA 1GOWA 2W67A 1E40A 1OT1A 1UD3A 2XIBA 4E8CA 2CHNA 3NUKA 1KGWA 1UD4A 1R85A 4AD4A 2ZX6A 1FA2A 1CDGA 3WDRA 2WZIA 3SCTA 1HX0A 3WDQA 1MXGA 2YLLA 2YKKA 6A3HA 3PHAA 3SCOA 1C8YA 1OD0A 1TMQA 3OLIA 4AZGA 3VD9A 3O2LA 3IK2A 3WQVA 2YA2A 2WMIA 1FP8A 3AS2A 7A3HA 2V5DA 3VIPA 4F9JA 3BMWA 4W86A 4AZ7A 3SIMA 5KZ6A 4FMVA 1EGZA 5CZKA 4CGTA 2YL5A 1NOUA 5D9NA 3VOCA 1XH1A 1NP2A 4UZUA 2VVNA 2ZICA 3N17A 4TVCA 1NH6A 7CGTA 3ARRA 5F7UA 2Z1SA 3ZT6A 1CENA 1CGWA 2J7BA 2X0YA 2E40A 1WO2A 3ZOAA 4H7VA 3AHYA 3SURA 4MTVA 3W38A 3MANA 1EQCA 5A6LA 4HZ7A 3KL3A 5HBFA 1UH4A 2DT1A 3L4WA 3RIKA 3VDBA 4B3LA 4ACZA 3VIIA 3QHNA 1CPUA 3VGHA 3WQWA 2FH8A 3CLWA 2VZVA 3N13A 3AFBA 4WSJA 1VJSA 2CBUA 4JFUA 3AS0A 4AZCB 3PZIA 1VEMA 4ZENA 2WHMA 5E09A 4UFHA 5GPRA 1WDPA 1E6RA 2NT1A 3ZJ6A 3TONA 1NWTA 1B3VA 3N9KA 3VILA 4PTWA 1M53A 4PYSA 3EYPA 4MNLA 2CBJA 3GBEA 1SMAA 4UFKA 1HVQA 1UKQA 2ESCA 3TOPA 2CXGA 3WD3A 1J18A 4ATDA 4FF5A 5A1AA 5CSUA 6CGTA 4Q7NA 4TXEA 3VIFA 3GXFA 3PZGA 3SCRA 1HL9A 1RD6A 1E73M 1D7FA 3GDBA 4AYSA 1JDCA 1UKPA 1QNQA 4QFUA 5CGMA 1V6XA 1V03A 1VFMA 3ARTA 3BAJA 4FLQA 4NRSA 4AD2A 3CMGA 3ZO9A 1HNYA 2EPNA 3U7VA 1DWHM 4JAWA 1OWQA 2W61A 3S6TA 4ACYA 4AW7A 1N82A 2NW0A 2BY3A 2OYKA 4D6FA 2UY3A 1LWJA 1OB0A 2D23A 2DDXA 3WNKA 2CIPA 4AEEA 1LLOA 2WMHA 1UR9A 2D24A 2QMJA 1HKIA 4M29A 4M80A 5A6BD 3WF2A 1HL8A 7TAAA 4DWSC 3T2QA 3KEHA 1ISWA 1E3XA 1CTNA 1TG7A 2WXDM 5IHRA 3VUPA 1KGUA 3GZAA 2BFGA 1J12A 2DT3A 1K9TA 1P6WA 4R5EA 2Y24A 1B30A 1MXDA 2YDQA 1WDSA 2E9LA 3W27A 3WQ4A 1QI2A 3W53A 3I3BA 4LXFA 1J0JA 2YOCA 2EJ1A 3WFLA 3WDPP 3ZJ7A 1OINA 3E1F1 1UA3A 2BY1A 4ZFMA 3W4RA 1OD8A 1EOMA 4E4PA 1EOKA 1BLIA 3NSMA 1KWKA 3O9NA 2VX5A 4DUWA 2WLZA 4PTMA 3ZR5A 3WBAA 2PWHA 4H8VA 1HJSA 4EAMA 1KR1A 4YN5A 5A8MA 3T2PA 5A6JA 4UCFA 5JUVA 1QW8A 1OM0A 1Q4NX 4PRWA 1VRXA 2DSVA 1B1YA 4U5IA 4TX6A 1W1TA 2J4GA 3I3DA 1ISYA 2YIHA 3L4XA 3GXDA 1KWGA 1HP4A 1KB3A 1EIBA 1TVPA 2DSUA 4UQBA 2C8NA 2WVVB 3ZM8A 2BV9A 1W32A 3BLPX 5CPTA 1JXKA 5D4YA 1BVNP 4IISA 5LYRA 3ZMRA 1FH9A 1ECEA 2D1ZA 4P7LA 5EFDA 4LX4A 4MNKA 4HOWA 4EE9A 3VD5A 2VQUA 1LL7A 3PZNA 1W1YA 4M1RA 2XIIA 2VRJA 1E1EA 3VO0A 3W29A 4MB1A 5M03A 1R7AA 4ATWA 4EANA 2WBKA 4YHGA 4CVWA 3CZLA 1U30A 3WMCA 1CXIA 1UWRA 1K9DA 2D20A 1UKOA 3N11A 1XRVA 3TTYA 3KL0A 4FLOA 3M07A 3TTOA 2XWDA 4X0VA 1B3YA 1GOMA 2WMKA 3HU7A 4WIWA 5CSYA 1MQQA 1HN1A 1E15A 3LMYA 4PMQA 4CD4A 3KE0A 4KMQA 4D1JA 5BXPA 4LQ1A 1VFOA 5I77A 2JEQA 2X8RA 4PSPA 2X2YA 5FOOA 2VCAA 5CPSA 1UWSA 1C7TA 3VKKA 2VCCA 4W5ZA 5CXPA 2ZIDA 1OSEA 2AAAA 2CBVA 1C90A 2O9TA 3NSXA 4PCSA 1C91A 1RPKA 2WAGA 5M3WA 4CD6A 4HZ8A 2DSKA 3AZTA 5CPQA 5A2AA 5A95A 3VMOA 1CECA 4KRTA 1IZJA 1SYTA 3WMBA 3K1DA 3K46A 4CN4A 3T0BA 2WHLA 2J77A 4H8UA 2XM2A 1UOKA 1V0LA 3SUVA 3CZEA 1FFRA 5D9MA 3AMGA 1MW0A 5DFAA 1B90A 1WNOA 3G6LA 4HPHA 1H3GA 4ZXLA 1NWUA 2G3JA 1DWIM 1EHAA 3AISA 3CUIA 3ARZA 2WLYA 1VEOA 2WCGA 3B8SA 4IPNB 1Y7VA 1J0YA 2D0GA 1KQYA 4BF7A 1QNRA 1QHZA 3NCOA 3WH6A 3PTQA 4PTVA 2PWGA 4W8LA 3AIRA 3LPFA 1JFXA 5DF0A 4AZCA 3OZOA 1SFSA 3SCNA 2ZWZA 3OLEA 1DEDA 3VNZA 4A3YA 1BQCA 1FOBA 1Q6CA 1DWJM 3AOFA 1PIFA 3CPUA 2DSZA 1XCXA 2V3EA 3WF0A 1W2PA 1VF8A 2F61A 2XVNA 4H2CA 4WKHA 3ZSSA 2O9PA 1VENA 4M8UA 1UZ4A 1OBAA 3NYDA 4MJ2A 1W91A 4EK7A 1XGZA 1UUQA 1E55A 4XX6A 1HJVA 3CTTA 4UOJA 2PB1A 1A3HA 2QPUA 1F4HA 2WANA 2BXYA 1NQ6A 5HNNA 1UR8A 3K4AA 4U5KA 3QOMA 4AD0A 4WF7A 3UG5A 5FD0A 1W1PA 3L4VA 1R7OA 1W3HA 4BCEA 2PWDA 4CD7A 1EO5A 1BYCA 1VFUA 4Q22A 3OG2A 2XJ7A 3GH4A 4D6IA 1BTCA 4QLLA 1XV8A 1JDAA 2V3DA 1KGXA 4DUVA 2HVMA 1VAHA 1WKYA 3ZT5A 4YPJA 4ML4A 4BA0A 2GJXA 1FH8A 3AYRA 3DYOA 3LPGA 1DWAM 3A3HA 4GZEA 4XUYA 3A4XA 1HKMA 5E70A 1Z32X 3BGAA 5M17A 3CZGA 3TP4A 3BAYA 2CERA 2W91A 1E5NA 4Z2LA 3GYCA 5DEZA 5EB8A 2CITA 4CVUA 5ABHA 1ZJBA 1CGTA 2DGAA 1HKKA 1G94A 4R27A 4W85A 3QR3A 3U5UA 2YBUA 2ZX7A 1PZ3A 2W66A 1CGUA 4CCEA 3MSDA 4JZ5A 4HMCA 4NSBA 3IAQA 2IUZA 5A6SA 1GOOA 1UR2A 2W5FA 5DT7A 3EMZA 2VZSA 1SR0A 4OOUA 1GUVA 1V0KA 3PZMA 1TFVA 3VIGA 5A8QA 4UQEA 3POCA 4D6GA 1AQMA 1NWSA 5AY7A 5BRQA 3CIVA 3F5LA 3FAXA 3WD4A 3U5YA 4WJXA 4U3CA 1E0XA 1WAWA 2EBNA 4TOQA 5GQBA 1V0NA 3RMEA 3G6MA 1MW1A 3DHUA 3BCFA 2WVVA 5CLWA 2PBGA 4U33A 1ESWA 3ARPA 2W63A 3APGA 3WUBA 1W3JA 3WD1A 4UFJA 4QLJA 4BQ2A 5CQ1A 2XTKA 1PX8A 1WZKA 4GPNA 3GNRA 3VM5A 1JG9A 3ZT7A 3BSGA 2W92A 2EPLX 4FLRA 4UOQA 2DSWA 3WFZA 1LL4A 5BXSA 3MMUA 5D8WA 4AZBA 3EDDA 2DIJA 1QW9A 4HA1A 3T2OA 4IM4A 3GBDA 3A4AA 4ATLA 3WF1A 1H5VA 4QCFA 1WZAA 3CUFA 1PEZA 3AXIA 1ZBVA 3W0KA 5I6SA 4D6CA 4PMVA 4FK9A 1UQZA 1EQPA 4PN2A 2RGLA 3WH7A 3K8KA 3WF4A 4H04A 4WLCA 3THDA 2X1IA 3II1A 1E72M 1HVXA 2A3BA 1E4LA 4GKLA 2C7FA 5E0FA 2OWCA 5BWFA 3VPLA 1S46A 2XHYA 8A3HA 3BH4A 5ABFB 1V6WA 4P7OA 1RH9A 2V5CA 3WD2A 5FL0A 1I1WA 4CD5A 5AYBA 1E6ZA 1UZ1A 2CPUA 3BXWA 1GQKA 3UCQA 2FDMA 1E56A 1H0IA 4F66A 4B15A 4B16A 1DHKA 3M6DA 3AZRA 2DT0A 1J11A 4WKAA 4D6EA 2J7DA 3K4DA 2YL8A 2FHBA 4F8XA 1JYXA 3WQ8A 4PMZA 1YHTA 2G8ZA 3W26A 2YA1A 1MFVA 4LYQA 5E6ZA 3WH5A 2FHCA 4F9DA 2J8FA 1GCYA 4J3XA 2OLHA 3ALGA 3WNPA 3ARWA 2EO7A 2VL4A 3U7BA 1E0VA 4W7UA 1JD9A 1E5JA 4J3WA 2A3AA 3QOKA 3ZIZA 4CKQA 1KBBA 1B0IA 4NI3A 1TVNA 4UR9A 1BFNA 1BSIA 1FP9A 1M04A 2OWXA 2DH3A 3L2LA 4CU6A 4QLKA 1UA7A 3B9EA 3UR8A 1G9HA 1D2KA 2W62A 3EBVA 3WNLA 4JIEA 2JF6A 2GDVA 3OBAA 3GH5A 4JCMA 1QI0A 5ECUA 1AMYA 2E9MA 3UETA 2VO5A 1BYDA 4J27A 1M01A 3CHEA 3N15A 3K8LA 2PF0A 2VT0A 3SCSA 3WBEA 3CZ8A 1GJUA 1V6YA 4PUEA 1UR0A 1H4PA 1B9ZA 1G01A 2OSWA 1GVYA 2EPMX 3BSHA 3POHA 4OOZA 1BG9A 1NWRA 3AHXA 3GXIA 1BGGA 4AD5A 3VVGA 5DMYA 3CGTA 1DWFM 4M56A 2PWFA 1PPIA 3F5JA 1KCLA 5DO8A 1XC6A 2FGZA 3WNOA 3ZQ9A 1M7XA 1UYQA 5A6AA 1B3ZA 4LGXA 4Z2GA 4CCDA 4GI6A 5IFPA 5A2BA 2PBOA 1EDQA 3FN9A 3OLGA 3CHCA 1OT2A 3UERA 1CXLA 1ODZA 1NP0A 2XUCA 5JBDA 1UD5A 2CETA 2VI0A 1O7AA 2GJXB 3AZSA 2Y8VA 1DP0A 3THCA 1EDGA 4KH2A 1JZ2A 2W4XA 3L4TA 1JYWA 2VNCA 1R87A 4MNJA 1QVBA 4RE2A 3WH8A 1WE5A 1WCGA 4J3TA 1GHRA 1M03A 4AZ5A 1X1NA 1UKSA 2V3FA 3NDZA 4U31A 2UWFA 2FH6A 3VIJA 2CKRA 4P7QA 4DM2A 3UR7A 4LYRA 4M24A 5I78A 1AQ0A 3SUWA 1K9EA 4QP0A 4TX8A 4P8XA 1JI1A 1US2A 4HTYA 4KRUA 1SMDA 5IFTA 3MMDA 3WSUA 4H8HA 1E6QM 2CNCA 3WQ6A 1US3A 5GNXA 3AMKA 2ZUNA 3ARQA 4CU8A 1E4MM 4GINA 1UWQA 3ARVA 3PN8A 2VUYA 3AYSA 4JCLA 3ARXA 1UWUA 4JFTA 2AOSA 1GQLA 2JIEA 3AIQA 1FFQA 4P7NA 2EPKX 1NOFA 1WDRA 3T0AA 1CXFA 2XYLA 3DHPA 5I79A 4C7DA 3AIVA 5GNZA 2YDRA 3ECQA 4EKJA 4PMNA 1CIUA 3AI0A 2E3ZA 4JKKA 2CKSA 2OSXA 3PZ9A 3FHQA 3ZR6A 1GPFA 2B31A 3SCUA 1A47A 2ZUMA 1UKTA 1E0WA 2GFTA 2J7EA 2VC9A 3BAKA 3SUUA 4X0NA 5CGTA 2WCSA 1W9UA 3NJ3A 4A4AA 2BVTA 4GI8A 4W5UA 1W9DM 4PEEA 3AHTA 5E0CA 3VGEA 2VZUA 4QDMA 1JF5A 3VGFA 4HPGA 1OGGA 2QPSA 4HOXA 1ZBCA 1C3FA 1QI5A 2BHZA 4AZIA 5C71A 2J78A 2X05A 3UESA 1L0PA 4GQQA 5I23A 1V3HA 3ARUA 5JIPA 3CHDA 3N18A 3RO8A 1UHVA 2GVYA 4JKMA 1AQHA 1RP8A 3L4UA 3W6MA 2VMFA 2XGBA 5EMYA 2WW5A 4UTFA 3RM4A 4J7RA 4S3KA 4HMDA 2A3EA 1H2JA 1GORA 3EDJA 1ZBKA 8CGTA 2VJXA 2PWEA 4U3AA 3BAWA 3VX0A 3WL1A 2ZXBA 2YDSA 3RM8A 5ABFA 1MW2A 3AMDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VIW A;  3VTR A;  4V27 A;  3D5H A;  3WL0 A;  2GJP A;  2WSP A;  2IXV A;  9CGT A;  2WWD A;  2WZE A;  2OWW A;  4HME A;  1LQ0 A;  1LL6 A;  2NSX A;  3NIY A;  3GNP A;  1E6N A;  4AIE A;  3D3A A;  1H1N A;  1QI3 A;  5BRP A;  3W82 A;  3AHV A;  1BAG A;  1UD6 A;  2WHJ A;  4D72 A;  1XHG A;  3CO4 A;  2GK1 B;  1UWT A;  3EMC A;  3GTN A;  3VGG A;  2ZUU A;  1LG1 A;  4CN1 A;  1I75 A;  2WCA A;  2J47 A;  1CLV A;  4W89 A;  2VX4 A;  1KBK A;  4CCC A;  3VMP A;  2UY5 A;  5A2C A;  3RDK A;  5AC5 A;  2F2H A;  3PZO A;  5BXT A;  4AIO A;  2YA0 A;  1JZ6 A;  2CBI A;  2VZT A;  4V2X A;  5A6B A;  1DWG M;  2BXZ A;  4CU7 A;  1HT6 A;  2J7C A;  1TCM A;  3BAI A;  3WD0 A;  1PX3 A;  4MAZ A;  3WH9 A;  1QNP A;  2O9R A;  1GOW A;  2W67 A;  1E40 A;  1OT1 A;  1UD3 A;  2XIB A;  4E8C A;  2CHN A;  3NUK A;  1KGW A;  1UD4 A;  1R85 A;  4AD4 A;  2ZX6 A;  1FA2 A;  1CDG A;  3WDR A;  2WZI A;  3SCT A;  1HX0 A;  3WDQ A;  1MXG A;  2YLL A;  2YKK A;  6A3H A;  3PHA A;  3SCO A;  1C8Y A;  1OD0 A;  1TMQ A;  3OLI A;  4AZG A;  3VD9 A;  3O2L A;  3IK2 A;  3WQV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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