2P51A

Crystal structure of the s. pombe pop2p deadenylation subunit
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
SQISPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords SPCC18.06c protein
publication title The 1.4-A crystal structure of the S. pombe Pop2p deadenylase subunit unveils the configuration of an active enzyme
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 89
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2007-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2p51A00
3OYAA 4H4OA 1HQUA 3ULDA 3S3NA 1KLNA 3QNNA 4O0JA 4CF9A 4PA1A 4YFUA 1ZYQA 3CFOA 3DOLA 1LWCA 4IBNA 3I8DA 3SV4A 4FM1A 3F73A 3U3YA 2F8TA 2B4JA 3DOKA 5FRMA 1QS4A 4CE9A 3KK1A 4F8RA 1C1AA 3U3GA 5HP1A 4FJHA 4KHWA 5CZ1A 1N5YA 3RR8A 4CGDA 3O4NA 3VQBA 4O44A 3VA3A 3K5LA 4CEEA 4CFDA 3ITHA 4M45A 5HRSA 2G8FA 3PX4A 2OYQA 2GV9A 2RKIA 2OPPA 2YKMA 3LPUA 4AHRA 3V9WA 4DTSA 3SUPA 1Z25A 3DLHA 3QEVA 4ELUA 1TL1A 1EXQA 1GOCA 4F2SA 3ALYA 2ZE2A 1IO2A 4QAGA 4CHOA 3SYZA 1TK8A 3L3VA 1SKRA 4K8ZA 1S1VA 3KKSA 4LD0A 2OPRA 2Z1JA 1TK0A 3V9ZA 1BIUA 3OYEA 4HHTA 1EP4A 2YV0X 4W5NA 4CF1A 5D3GA 1U47A 2ZQBA 1VSLA 3KIOA 2IC3A 1QE1A 4CFCA 3ZSXA 3OYJA 3NDKA 4FLZA 2Y1JA 3TWHA 3HK2A 2G8HA 4FJ5A 1X9MA 3AVAA 4DTOA 3VQAA 3SQ0A 4J2AA 2HHQA 3M8QA 1X1PA 2LSNA 3NF7A 4FCYA 4FJNA 3QNOA 3TAPA 2D0CA 3CYMA 4J2DA 3NBPA 1U48A 1VSDA 2B5JA 4B08A 3DRSA 4RW8A 4CF8A 4CHQA 4FW2A 5J1EA 3SI6A 1TKDA 1S1TA 3WNHA 4FLXA 1S6QA 3KD5E 4FJXA 2KZMA 4O4GA 4OPJA 4DSFA 2QKBA 3ZCMA 4DSJA 3QINA 2QKKA 5FROA 1NK0A 4CEAA 4ZTFA 2IS3A 2IOCA 5HRNA 1LWEA 1A5VA 1ASVA 4ID5A 4N56A 4HCBA 2GUIA 4N76A 4DQPA 1RT5A 4QOZB 2G8VA 1ASWA 1VSMA 2VG6A 3A2FA 4W5RA 1UA1A 3NCIA 3QETA 1NOZA 4ZHRA 2X74A 4B3OA 2YNFA 4M3WA 2HHTA 4CJUA 1NKEA 3HP9A 4CGIA 1HMVA 4CJ4A 4C8OA 2KFNA 1LW2A 1RBTA 4DS4A 3LAKA 4CJLA 5SWMA 4E7JA 2FC0A 4DSEA 3SQ1A 2AJQA 1SKWA 2F96A 4F3OA 1R0AA 4CJPA 1CXUA 4FJIA 1YTUA 3OJUA 3KKRA 4DTXA 1GOAA 3L2VA 4E1MA 5HRRA 4G1QA 1HJRA 2B6AA 3HJFA 3LZIA 4DFKA 4DU3A 4CF2A 3LP2A 2F8SA 4KB0A 4W5TA 3HPGA 3V4IA 4BE0A 3PV8A 2XRIA 3PO4A 5KTQA 4C8KA 1JLEA 3AV9A 4Q5VA 1NK6A 3MXJA 1UOCA 3PO5A 5KI6A 5KGWA 4CHZA 2KZZA 1ZBHA 2HNZA 3L8BA 4OGEA 2P1JA 4DTUA 4CHNA 4CJ5A 5CZ2A 5I42A 1C1BA 1IKVA 3OS0A 1SUQA 1VSIA 2OZSA 4Z4HA 1NKCA 1NK4A 3AVKA 2BANA 4E7IA 1RDAA 2QXFA 4E1NA 3K5MA 1Q9XA 4DQIA 4FJ8A 3ZSWA 2QK9A 5CY4A 3K57A 1U45A 3M8PA 4E0DA 3VQ7A 1TAQA 4KPYA 1HYSA 4ZTJA 3AVCA 1RDDA 4O55A 1BI4A 1KLMA 4F3TA 4KHNA 2HHUA 4ID1A 2X6NA 2A1RA 4DWIA 3TABA 2OZMA 4IDKA 1WSEA 3I0RA 3V6DA 4CEOA 4RW7A 1XWLA 2WOMA 4FVMA 1D9FA 3ZT2A 5J2QA 2G8WA 4CJQA 4CEZA 4B9LA 1SL0A 4KTZA 3NAEA 4BACA 3DRRA 4KAZA 1WAJA 1S1XA 2RN2A 3T3FA 3NH1A 2JGUA 2ITGA 3AO4A 4HTUA 1LV5A 2G8KA 3QEWA 1ZBIA 1NJXA 4PUOA 3UIQA 3ZSVA 1BISA 4KKOA 4OLAA 4KB1A 4W5OA 3OS1A 3B6PA 3LWLA 1ITGA 2DFHA 4CESA 2EHGA 1T03A 4KRFA 1RILA 2HVHA 3HP6A 3QEIA 4TSXA 3K58A 3TAGA 1TAUA 4RG8A 1RBSA 1C0MA 2VWJA 4CECA 1IKYA 1JLBA 1RT1A 4FK4A 3RWUA 4OVLA 1S1UA 4CJTA 3VQQA 4L8RB 4BE1A 4PQUA 1J54A 3SV3A 1BQMA 1D5AA 4AILC 1RTDA 1RNHA 1N6QA 2R7YA 4FJJA 3G0ZA 4PY5A 1YT3A 4M3RA 4I7FA 1S5JA 4Y1DA 4JS5A 5J2MA 1X9WA 4N41A 3SUNA 1HQEA 3HVTA 3LP0A 1Z26A 4IFYA 2KW4A 4CK1A 5HRPA 4OGCA 2DTUA 3HVRA 4CJ3A 4CK2A 1HYZA 4HUEA 4EZ9A 3SQ4A 2XY8A 3DRPA 3VN5A 4BDPA 3O4QA 1TKZA 4GMJB 4CF0A 2KFZA 4CGJA 1HNVA 3HYFA 3M8RA 4KREA 1IKXA 3SZ2A 4M42A 1ASUA 1D9DA 4CGFA 3NGIA 3RMBA 2DY4A 3MEGA 1B9DA 1RT3A 3DLRA 4OKEA 2PYLA 2P5GA 1WN7A 1RT4A 1FXXA 5J2PA 1VRTA 4HUGA 1S6PA 4DTMA 3NF6A 4CJVA 2HNYA 1NKBA 4W5QA 5JS1A 3O3HA 1RBUA 4KHQA 1K6YA 3NE6A 1BIZA 2YNHA 3T19A 4CJKA 4QCLA 2IDOA 3CM6A 4RW9A 4FJMA 3KK3A 3C94A 3EY1A 4Z4GA 1WAFA 4C8NA 3OYHA 4FM2A 1C0TA 3S3OA 4UQGA 4O5BA 3O3GA 3DLGA 3QEXA 1RT7A 1J5OA 2HHWA 3DI6A 4OJRA 4CCHA 1BCMA 4DG1A 1KTQA 3VQCA 3VQ8A 3HL8A 5T7BA 4FJGA 3V9SA 1BHLA 2VG5A 3OYKA 1C1CA 4IG0A 2GBZA 4M3TA 1RDCA 3AA4A 1T7PA 2XY6A 1RTJA 3K5NA 4NCGA 3OYMA 1L3SA 4GVMA 3ZSQA 4M3XA 3NF8A 2W42A 4FLWA 4AHUA 1VSFA 1SKSA 3PY8A 1HPZA 3CFPA 1KRPA 3L2QA 2DFEA 1S1WA 1CZ9A 1NK8A 1GOBA 1RDBA 3NFAA 4I9QA 3RMAA 3AVIA 2X78A 4IG3A 5KRSA 3CM5A 4YNQA 1KVCA 3ZT0A 3V9UA 3TARA 3SNNA 3LALA 3P83D 1I3AA 4EP5A 1NK5A 4WE1A 4O0IA 3LPTA 4E7HA 3K2PA 3RMDA 1VSEA 1L3TA 5I3UA 1JLFA 1VSJA 2E6LA 2FBXA 3MXMA 2OPQA 4B9NA 4OKJA 4CGHA 5DMRA 2VG7A 1S9EA 3IG1A 3VQ9A 4DLGA 1U04A 4EZ6A 3RRGA 1IH7A 1UAXA 4Z4FA 4EP4A 3RMCA 3IAYA 2HVIA 4BWJA 4DU4A 4B9MA 1QTMA 2VWKA 3P1GA 3MEDA 4CJFA 5C25A 4BDYA 3AO1A 1FKPA 2Q3SA 3TAFA 1CZBA 4AHVA 4CEFA 3K59A 2P51A 5CYQA 3QO9A 4FM0A 4DFJA 4M41A 2HMIA 3MEEA 1VK0A 1REVA 4CGGA 2XY7A 3DLEA 1NJYA 2G8UA 3C95A 3AVJA 4K8XA 2ATQA 3TANA 4AHTA 3S3MA 2IGIA 1LAWA 1TV6A 3AA3A 5FRNA 3NF9A 3SPYA 1VSHA 3OVNA 1DTTA 2YHBA 3WNGA 4FXDA 4J2EA 4Q0BA 3RTVA 2Z1GA 3S9HA 2IAJA 4HVJA 4KHUA 3NH2A 1EX4A 2XY5A 3VQPA 3MXIA 1WSIA 3VA0A 4HUFA 3AVNA 3G10A 3SUOA 2D5RA 4C8MA 3E01A 4DF4A 3TAEA 2YNGA 4CIEA 1RTHA 2D0BA 3AVMA 3QEPA 3D45A 1LAVA 3V1OA 5KRTA 4CJRA 1JL2A 4KO0A 3VQ4A 3L2UA 1DLOA 1IG9A 4FLYA 3HPOA 3WNFA 1WSFA 4DTJA 5HROA 1NK9A 3F9KA 4CEQA 3SJJA 3ASMA 4N5SA 4E89A 3THVA 4J2BA 4KI6A 1LWFA 4I2QA 1QSLA 3CG7A 2BDPA 3NH0A 4CHPA 3IS9A 4R5PA 4CEDA 1UA0A 2XO7A 3HSTB 1BQNA 3VQEA 4B9VA 4FJ7A 3QERA 3KD1E 3EYZA 1L3VA 1CLQA 4DSIA 4JRPA 4DTPA 3QESA 2A1SA 4DQRA 2BGGA 4NYNA 3ZT4A 5HLFA 3ZSRA 3NGYA 1U4BA 4CJSA 1CXQA 1W9HA 3LAMA 1B9FA 4CK3A 4FJLA 1BL3A 3LANA 2OA8A 4KTQA 3C6TA 4DQQA 2OPSA 2E6MA 1TKXA 4B8CA 4BE2A 2NUBA 4DF8A 2KQ2A 1WSJA 3QLHA 4Y1CA 3O3FA 3KLFA 1T05A 1RCHA 4FZXC 4IKFA 1TK5A 5DK5A 4ELTA 3MAQA 1UWBA 3WNEA 1TKTA 4NCAA 2HW3A 2WONA 3V1QA 3K5OA 1YVUA 1XHXA 3SPZA 2Y1IA 1KFDA 4B9SA 3TAQA 4FK0A 2RPIA 1EETA 1FK9A 2ETJA 4OKKA 1KSPA 2EX3A 4I2PA 4MFBA 4JLHA 1QHTA 3KLIA 3CQ8A 1RBVA 4E7LA 4CEBA 2FBTA 4FZYA 1SV5A 2Z1IA 3HT3A 3NHGA 4FK2A 3SQ2A 4FJKA 1WSGA 3OYCA 3RRHA 3KLGA 3V1RA 2ZD1A 3V9XA 1W0HA 2RF2A 1HNIA 3PX6A 3SCXA 3B6OA 4CJWA 3TAMA 3ZSYA 5SZTA 4I9LA 4C8LA 4DMNA 1J53A 3DYAA 4LY7A 1EKEA 1JLGA 4HCCA 4GW6A 1DTQA 1NJZA 4MQ3A 1QQCA 3QIPA 3MECA 3AVBA 1TVRA 5J2NA 2PZSA 4CFAA 3HO1A 4DTRA 4CHYA 4LH4A 1L3UA 4CIFA 1D8YA 1WLJA 4FYDA 3OS2A 3OJSA 3EZ5A 3OYNA 3AA2A 2D0AA 4LSNA 1NK7A 1T8EA 3KTQA 2O4GA 1ZBLA 5JS2A 4NCBA 1Q9YA 1U49A 1SL2A 4Z4CA 3L2RA 4B9TA 1I39A 5C24A 4B9UA 3OYLA 4XIUA 1A5WA 3ZT3A 3OYFA 1F21A 2FBVA 4F2RA 2O4IA 1BI4B 1S9GA 4LSLA 3TR8A 1JLCA 3LDSA 4FW1A 1VRUA 3HPHA 2XHBA 4KHSA 1HRHA 4E19A 1JLQA 3HM9A 3CFRA 1IKWA 4E7KA 4KTWA 2YNIA 4DFPA 1KCFA 4LH5A 1XC9A 1TL3A 3DLKA 3OYBA 3VQ5A 1NOYA 2G8IA 3OY9A 1G15A 3PUFA 4B8AB 1J9AA 3ZSZA 3C6UA 2PYJA 4CERA 3HXMA 3SUQA 4DTNA 3H08A 3PX0A 5KGXA 3JSMA 5C42A 4DSKA 3V81A 3ZT1A 1JXBA 4JS4A 3L2WA 3JYTA 4FLVA 1O1WA 1LW0A 4FJ9A 3DLBA 4CFBA 1A5XA 1XI1A 4NYFA 3OYIA 3KLEA 4RW6A 4KFBA 3NGZA 4CJEA 4F4KA 1B92A 4Z4IA 3AVLA 4AHCA 5HBMA 2HHVA 3KK2A 4E3SA 3U6FA 2HB5A 2HHSA 1RT6A 5EU7A 2KTQA 3LZJA 3ISNC 1MU2A 1ZBFA 3AO5A 3AVGA 2BE2A 4RW4A 3DM2A 4DLEA 3AA5X 5FDLA 2HNDA 4IFVA 3OYGA 3KLHA 3ZSOA 1C6VA 3D0PA 4DQSA 4DFMA 1XHZA 4PWDA 3AO3A 4KV8A 5CYMA 1KVAA 3L3UA 3P5JA 3DMJA 3VQ6A 1BGXT 1BCOA 1RT2A 4OPKA 1WNSA 1RTIA 3IRXA 4Z0UA 3M8SA 3LWMA 4ELVA 1VSKA 3AO2A 3BGRA 4OLBA 3VQDA 5K14A 2X6SA 4AHSA 3BDPA 5E41A 4DS5A 4Z4EA 4FZZA 2YKNA 1JKHA 2I5JA 4BWMA 1KVBA 1RBRA 1TGOA 2DFFA 1JL1A 1YTAA 2Z1HA 4DU1A 4JRQA 1NJWA 2PY5A 4ICLA 3T1AA 1Y97A 3LP1A 4H8KA 1X9SA 1L5UA 1QSSA 1ZBUA 4KHYA 1C0UA 2HHXA 2FBYA 2E4LA 4N47A 4DSLA 4FLUA 1JXEA 1Q8IA 3AVHA 4AH9A 2P5OA 4KI4A 1QSYA 1JLAA 3QIOA 4M3YA 3AVFA 1KFSA 2YHAA 3OYDA 1SL1A 4BDZA 4M3UA 2JLEA 3I0SA 1WSHA 4H4MA 4M3ZA 3LP3A 1FKOA 4FLTA 3KJVA 3TI0A 4CIGA 1HYVA 3RR7A 3FFIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NLXA 4YFUA 1VHXA 4PA1A 4FPAA 4BRHA 3I8DA 3CCVN 3SV4A 3F73A 4FJHA 4BRGA 1N5YA 3CJAA 1CZAN 3K5LA 4M45A 2G8FA 2GV9A 3DLHA 3V9WA 1Z25A 1IBKK 3ZX2A 1TL1A 2UU9K 1EXQA 1GOCA 3ALYA 5JICA 1IO2A 3SYZA 3KKSA 4IEEA 1TK0A 1BIUA 1KXPA 3MN9A 3CETA 3H45C 3OYJA 4FLZA 3TWHA 2QTDA 4FJ5A 3IMXA 2YJEA 3SQ0A 2LSNA 3NBPA 1U48A 2B5JA 4CF8A 1ZBSA 3DRSA 4CHQA 5FPDA 4B9VA 1S6QA 1ESVA 4OPJA 4GV6A 4DSFA 4ILHA 3ZCMA 3CERA 3H3NO 1NK0A 2QWPA 4JNEA 1LWEA 4FWSA 1ASVA 1JCFA 2GUIA 4DQPA 1NGJA 4IJNA 1ASWA 2X74A 4WCEL 1QZ6A 4DS4A 4CJLA 2FC0A 1SQKA 2F96A 1R0AA 4CJPA 1CXUA 4FJIA 4DTXA 1GOAA 4CZEA 3LZIA 4DFKA 2HF3A 2IVNA 3AARA 4YDUC 4JI7K 4FO0A 3PV8A 2XRIA 4C8KA 1JLEA 5AQKA 1UOCA 4CHZA 2KZZA 4JKEA 5I42A 1C1BA 1IKVA 2OZSA 1SUQA 3VTIA 3LM9A 1Q9XA 4E1JA 3CCJN 4E1NA 4E7IA 4O8UA 4DQIA 4K43A 3EKSA 5BRDA 3Q7CA 5F2RA 2WC9A 4KPYA 4BRLA 3AVCA 4F9OA 5C12A 4ID1A 1ZXOA 2X6NA 1K73O 1K8AO 3R3LA 4DWIA 4NO7A 3W3DA 1DEJA 1XWLA 2OANA 4CJQA 4CEZA 1EWRA 4BACA 2QWOA 4JV5K 1S1XA 1HKCA 3NH1A 3KZBA 4EFHA 3MDQA 1Y64A 3AO4A 4X65K 1NMDA 1DT9A 3O80A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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