2P9SA

Structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with atp/mg2+
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
414
structure length
397
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-like protein 3
publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 127
structure length 397
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2p9sA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9sA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9sA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9sA04
2IVPA 3KHYA 4KBOA 3A5MC 4FWNA 3LDNA 4BR4A 2YI1A 2QXLA 5F2RA 3TPQA 3J8AA 5AQGA 2NLXA 3S41A 2A41A 3M3ZA 4K25A 2OANA 3O80A 2ITMA 2VCPA 1RGIA 4WYBA 1TYQB 1QZ6A 3ATVA 4H5VA 1WUAA 3DAWA 3HSCA 2YJEA 2A5XA 4JHDB 5AQRA 1NMDA 3CJCA 2BTFA 3QBWA 5AQJA 1CZAN 1KAXA 3LDLA 1NM1A 4L3QA 3QDKA 2FF6A 2P9LA 5JLHA 4QS8A 1MWKA 1Y64A 4O8KA 2Q97A 1R59O 3MN7A 1RDWX 2Q2RA 3ENHA 4ISFA 1ATSA 2GWKA 4CZFA 2E2OA 1BG3A 3H46O 2FSNA 4BG8A 5ADXH 3MN5A 5B8HA 1HKGA 5AZIA 3DXMB 4YDUC 1V4SA 5BRDA 2E8AA 3CIPA 1HJOA 3CI5A 3MN6A 3LDOA 4FL9A 1NWKA 3A5NC 4BC3A 1YAGA 1TUYA 2NRHA 3SMPA 2ZGYA 3VEWA 5I9EB 1QQNA 1P8ZA 1WOQA 2E2PA 1NGBA 3O5BA 1DEJA 1SZ2A 3ENOA 5BREA 2ASMA 1E4FT 3FZFA 2V7YA 5TKYA 3WUHA 5EY4A 1V4TA 4K42A 3VGMA 4H5NA 4CBWA 4IZ9A 4EHUA 5LJVA 4BRNA 3GOIA 1YVNA 5BN9A 1IG8A 2EWSA 3M1FA 1OKJA 3UKUB 1QQMA 4H0OA 1U2VA 4O5FA 1NGGA 5AQXA 3FFKB 4RWTA 3EL2A 2HOEA 3H6EA 5FPMA 2HF4A 1T6CA 1RFQA 2GUPA 5AQHA 2QWLA 3H1VX 3QBXA 2D1KA 1BOTO 3EZWA 4RTFD 4AM7A 4CD3A 3H45C 3KZBA 3QICA 5BR9A 1ESVA 3VF4A 5AQUA 3HZ6A 3TU5A 3CQYA 3UKRA 2P9SB 3I33A 2P9PB 2QWPA 1U6ZA 2GELA 5AZJB 3OHRA 4A2BA 4FOIA 4XH1A 2VYPA 4IXCA 3AAPA 4EFHA 2ZGZA 4CZGA 1LCUA 2CGKA 2IVNA 5JICA 4JAXA 3VEXA 2A3ZA 3FZKA 4B1XB 3O8MA 4AM6A 5AFUH 4PL7A 3SK3A 4YDUA 2QW9A 2YCHA 4BRQA 3FGUA 4FSVA 2QWOA 4FOEA 5KPTA 1ATRA 3EKUA 5AQPA 2CGJA 4C23A 5BPNA 1SAZA 4B9QA 4FPAA 4CZIA 3D2EA 3LDQA 1NGHA 3VF6A 2Q1NA 3ZEUB 2P9NA 5AQSA 4CZKA 2W40A 2YHXA 3RSEB 3LDPA 2ZF5O 4JD2A 1ZBSA 3U4LA 3C0BA 2ASPA 2A42A 3FE1A 2P9IA 5EX5A 1EQYA 3QMLA 2E1YA 4EHTA 2P9UB 4H5WA 5AQIA 5AQWA 2D0PA 3A5OC 3D2FA 4IJAA 3UE5A 3CJ9A 1ATNA 2CH6A 4BR7A 3O08A 3BP8A 5LJWA 4BVPA 4BRAA 3VGKA 5AQTA 2E88A 1NGJA 3GBTA 4WQ4C 4FWMA 3ZETA 2AA4A 1X3MA 3LM2A 1K8KA 1XQSC 1G99A 3QFUA 1DKGD 4BR9A 3MCPA 3VEZA 3QB0A 5JLFA 3VOVA 2Q0RA 5BPMA 1GLLO 3FZLA 2GTDA 3W0LA 2E2NA 2E20A 1NGCA 3U9ZA 2Q0UA 2GEMA 3WEEB 3JXUA 2V51B 4FWQA 3VETA 4BR5A 5BN8A 3VEOA 3A8YA 3QFPA 3R8EA 5E26A 3SMSA 1X9JA 3VEVA 1TYQA 3P4IA 2BUPA 3MMVA 4BRPA 3CJAA 4A62A 1E4GT 2QWQA 4DHYA 2I7PA 4JHDA 3WXKA 1MWMA 4BRMA 4IJNA 3VF2A 3AY9A 4H0YB 4B1ZA 5AQLA 3SLCA 4QS9A 4H0TB 2P9KB 2KHOA 4CZHA 5FPNA 3BF3A 1MA9B 3JS6A 4RCHA 3AARA 1KAYA 5FPDA 4ISEA 4BGBA 3MDQA 2PAVA 2UYTA 3CERA 3ULEB 1JCFA 1NLVA 4JN4A 5AQQA 3DXMA 4BQZA 3C7NB 1J6ZA 3WXLA 3AAQA 3VEYA 1NGEA 3GL1A 3H1QA 4PL8A 1GLBG 2AP1A 4IWVA 2CH5A 4WQ5C 2D4WA 4K41A 4FWSA 3EKSA 3WQUA 1GLEG 2F9TA 4BC5A 5F1XA 3DXKB 2DPNA 3WXIA 2HF3A 5ELZA 3FZHA 1NGAA 4BC4A 4F9OA 3VGLA 4LC9B 2FSJA 4BREA 4WQ4A 2I7NA 3FZMA 3GDQA 4BC2A 4MLHA 3ZX2A 4XH5A 2HMPA 4BRGA 2W41A 4BR2A 3EN9A 4IO8A 4ISGA 2A6AA 1GLCG 3UKUA 4B1WB 5BRHA 3GG4A 1HX1A 5KQ8A 4GY2B 4FWPA 4DB3A 1S3XA 4DCHA 1Z6RA 4H5RA 3HM8A 2P9LB 4PKIA 3H3NO 4H5TA 4XH4A 4B1YB 5AQZA 4FWKA 5LY3A 3CJBA 3M6GA 3HBTA 3HI0A 2E2QA 1IJJA 5KPRA 3SJHA 4K43A 4BROA 3ATUA 5AZIB 3EO3A 3R6MA 4BRHA 3CQXA 2P9SA 2P9PA 4CI6A 3LM9A 2PBDA 4CZEA 5AZJA 4EAHD 1HUXA 1SQKA 1GLDG 2QM1A 3G25A 5AQMA 3CHWA 4I6MB 1HPMA 4CZLA 3MK6A 3VESA 1X3NA 1XC3A 5EOYA 1KXPA 3UB5A 5AQKA 2FLOA 1YUWA 4E1JA 4Z94A 1NGFA 4B1UB 4NO7A 4BG9A 1HKCA 4GNIA 3O1BA 2YJFA 4FWLA 5AQYA 5BPLA 4PKHA 3B8AX 4BRFA 5BRFA 3GE1A 4WQ5A 5AQNA 1JCGA 1NBWA 1KAZA 4BVOA 2V52B 2FF3B 4Y0WA 3ZEUA 1HKBA 1C0FA 3R9PA 1D4XA 1U2VB 1BWFO 3ZX3A 4JNEA 2QWNA 3RSEA 4CBXA 2FSKA 1T6DA 4BGAA 4MLEA 3IMXA 1JCEA 5ADXA 4M7YA 4PKGA 3HTVA 4BRLA 5KPZA 4BRKA 1ZC6A 2WUSA 3KVGA 2P9UA 2V7ZA 5JMVA 3W3DA 2F9WA 1XUPO 4BQLA 4HTLA 3L0QA 2YHYA 4H0VB 4BR0A 4DQ8A 4I6MA 1NGDA 4M7XA 4MO5A 3UKRB 4BRIA 3ZX0A 5AQVA 1BA0A 5KQDA 5AR0A 1S22A 1Z05A 4EIAA 4CD1A 4CJ7A 1Q18A 3CETA 2NZTA 3O6WA 3VPZA 4M63C 1ZXOA 1GLAG 4CZMA 1TUUA 5AQOA 4FWOA 1MDUB 2Q36A 5EVZA 2ASOA 5AQFA 3CJ7A 3WXJA 3IUCA 4H03B 1BO5O 3O4WA 1QQOA 4B1VA 3WEEA 3ID8A 4BRDA 3F9MA 3FR0A 4XEIA 4MO4A 3BUZB 2H3GX 1BDGA 3BF1A 3D7EO 2QWRA 2GWJA 1NGIA 3DWLA 3WQTA 1BA1A 3MN9A 3D2EB 4BRCA 3FLCO 3I8BA 3DJCA 2VWBA 2P9NB 3U9DA 3IDHA 5E84A 4JD2B 3VERA 3IFRA 2Q31A 2A40A 1GLJO 2ZWHA 2YHWA 5EXWA 5CE3A 1H1VA 2P9IB 3A0IX 2IVOA 1BU6O 1C0GA 2P9KA 3A5LC 4FPBA 4HWIA 3BEXA 3CJ1A 1GLFO 1HLUA 2FXUA 4FO0A 1YXQA 4J8FA 5FPEA 1DGKN 1QHAA 3D2FB 4CBUA 3ULEA 4H0PA 5F0XA 3VENA 3L4IA 3C7NA 3LL3A 2J4RA 1BUPA 3O1WA 2IIRA 2CGLA 2D0OA 4QS7A 1T44A 4A61A 5AFUA 1QZ5A 4H0XB 3ZETB 4CZJA 3WT0A 4NB4A 2QWMA 1K8KB 3H3OB 1LOTB 3L6QA 3U8XA 4A2AA 3DXKA 4FWRA 2E1ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A1SA 1QQCA 4AF1A 3A5MC 1N6QA 4H8KA 3RMAA 1U47A 4BR4A 3RRHA 4X66K 5F2RA 4QOZB 5AQGA 4BWJA 2D5RA 3S41A 3M3ZA 3CMAN 3IRXA 4FW1A 4IDHA 3CD6N 4BDPA 3ITHA 3OYHA 4H5VA 3HSCA 2QTDA 3LWLA 1LAVA 2YJEA 2OZSA 3IAYA 4DSLA 3OVNA 2IOCA 3V1RA 1NOYA 3P38A 3O9UA 1CZAN 3KLIA 3LDLA 1NM1A 4O55A 3QDKA 2FF6A 4LSLA 1WLJA 4WE1A 1IKYA 2IC3A 4ISFA 1NKBA 1A5XA 2WFBA 4KFBA 5ADXH 5HRRA 1V4SA 2OTJN 2E8AA 3OYFA 4FL9A 5H1SQ 3S5TA 4M3ZA 4AH9A 2NRXA 5M1FA 2NRHA 1X9WA 2ZGYA 1TGOA 1QQNA 3CYMA 3O5BA 4FJIA 4DTMA 4CF9A 4R79A 3A2FA 3ENOA 4JI7K 4GV6A 1LAWA 4U67L 3LALA 5TKYA 4YORA 1QSSA 3EE9A 2O8EA 2PY5A 1WSEA 3CFOA 4BRNA 4CF0A 2OYQA 3EZ5A 1YVNA 3JAMO 4YFUA 3DRPA 1JXEA 3L3VA 4CFAA 1JLEA 3UKUB 1QQMA 4H0OA 1P90A 1BISA 5JVGL 4O5FA 5AQXA 4RWTA 3EL2A 5C12A 3OYAA 1C0UA 1Q82O 2QWLA 3H1VX 4JI1K 1BOTO 4DQRA 2KFNA 1ZBLA 4O44A 4AHRA 4X62K 3E1YA 3RMDA 4DSFA 1W2BM 1HNXK 3QNOA 4HUGA 3PX0A 4G9ZA 3TU5A 3EYZA 1U6ZA 5AZJB 4YOUA 4CF2A 1XMOK 4EFHA 1VQ6N 3NBPA 4BECA 3P5JA 3QERA 4FK0A 2CGKA 2PYJA 1BIUA 1ILYA 4AM6A 3DI6A 5KGXA 3PSIA 4DQQA 4CJ5A 2QKBA 3CPEA 4N47A 1QE1A 5BPNA 3OY9A 1SAZA 4B9QA 3C6AA 1EWRA 3D2EA 3LDQA 1DTTA 2KLAA 3VF6A 4CZKA 1WBDA 4C1NK 3MAQA 4Z4EA 3C0BA 2ASPA 1GOCA 3HT3A 2O8CB 1RBVA 2E1YA 4EHTA 4CEDA 4H5WA 3THXB 2YKMA 2D0PA 1ZBFA 5SWMA 4IJAA 3S3OA 1VQ8N 2E88A 4CF8A 4CJ4A 4GKKK 1TKTA 2VWKA 1K73O 3NGYA 1X3MA 3LM2A 2XO7A 4CGIA 4FJXA 3SPZA 3KIOA 1G99A 3VQBA 1HQEA 4B08A 4BR9A 5BPMA 2WOMA 1S6PA 3S3NA 1ZYQA 1J54A 4IFYA 3U9ZA 2Q0UA 3JXUA 3HXMA 3KWIA 5E26A 3KK2A 1DLOA 3VEVA 4ILJA 4E7IA 4DV3K 3MCAB 4CE9A 2I7PA 4RW9A 2F8SA 2HHUA 1A5VA 4IJNA 4DMNA 3L2QA 3TSUA 3MEEA 2YKNA 1CZ9A 3EY1A 4KHWA 1ZBHA 3SLCA 4AHTA 3D6RA 4CGFA 4FJKA 1N33K 4PWDA 4FCYA 4WFBL 2G8WA 1MA9B 4RCHA 3V1QA 3AARA 1KAYA 2DFFA 4FJJA 4BGBA 2RF2A 3MDQA 2UYTA 3CERA 3DXMA 1S1TA 3PSFA 3AAQA 3VEYA 4YNQA 1NGEA 1WB9A 4YOTA 3HVRA 3O9QA 1GLBG 4IOAL 1I39A 2CH5A 1IKWA 3I55N 1RT7A 1SUQA 3KLEA 4KKOA 4CHYA 1BL3A 3M8RA 4FJ5A 5C10A 2DY4A 4BC5A 3SJJA 3OS1A 3OYBA 5ELZA 1EKEA 1L3SA 4GKJK 4Q0BA 1CXUA 4A5BA 4DR6K 2VG7A 3GDQA 3FZMA 3BGRA 4MLHA 2HBMA 4LFCK 4IO8A 4ISGA 2A6AA 1GLCG 1J9AA 4B1WB 2YX6A 1A5WA 1CZBA 3HOSA 4GY2B 4DB3A 4HHTA 3PX6A 4KHNA 1Q8IA 5JENA 1S1VA 3OS0A 3SAFA 3J7AP 4DTXA 1KRPA 4BACA 4DV1K 1IH7A 1KVBA 2X6SA 2WTUA 4DUYK 5AQZA 1FKOA 3QEIA 3CJBA 3HP9A 3ZT2A 3ATUA 3R6MA 2PBDA 1JLGA 3P83D 1N36K 4ELUA 4JI4K 4CFCA 3G25A 3QEVA 1NK6A 3QLHA 4I6MB 1XC3A 1VHXA 4ZHRA 1KXPA 3UB5A 4CJPA 2FLOA 4Z94A 4B1UB 3WNFA 4PUOA 4OKEA 4GNIA 3O3FA 4F3TA 5BPLA 1BI4A 4PKHA 4LFBK 2NUBA 5BRFA 3C6HA 1HNZK 2O8EB 5JVHL 4DSJA 1NBWA 1WNSA 3OYNA 2OPRA 3SZ2A 3SBTA 1X9SA 3ZX3A 4JNEA 2UXCK 3RSEA 1C1CA 4CBXA 4DUZK 4MLEA 3SNNA 4GMJB 5T7BA 2HBLA 4JEPA 4M3YA 4M7YA 3K0SA 4CK3A 3HTVA 4DTUA 4PY5A 4BRLA 3VQ7A 2P9UA 4E72A 1XUPO 2G8FA 3L0QA 4H0VB 3SAGA 1NGDA 2KW4A 4IEIA 3I8DA 2YHBA 1G15A 4JLHA 4NLCA 5AQVA 1BA0A 4CHOA 4JRQA 1BGXT 4FLUA 3U6FA 1QSYA 3L2WA 2NZTA 1ASUA 3VPZA 4M63C 4BEBA 5C25A 1O13A 1ZXOA 5HLFA 4B9VA 4FXDA 4CZMA 5HRNA 4B8CA 5AQOA 2ATQA 2BGGA 4H03B 2HMIA 2HHVA 3OTOK 1QQOA 3NAEA 4BRDA 4XEIA 1MU2A 3BUZB 4O4GA 3DWLA 4DTNA 4DV6K 3D2EB 4CHPA 5JS1A 2BE2A 4NCGA 4UQGA 2PFUA 3IFRA 2G8IA 2A40A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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