2PBDA

Ternary complex of profilin-actin with the poly-pro-gab domain of vasp*
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis for the recruitment of profilin-actin complexes during filament elongation by Ena/VASP
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 120
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2pbdA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2pbdA04
2ZF5O 4DQ8A 1V4SA 4BRDA 1ZC6A 3ATVA 3WEEA 3WXJA 2P9PB 1QQMA 2P9KA 2HF4A 3AAPA 3QFPA 3ZETB 4FWRA 4M63C 3ZX0A 4Y0WA 4BRQA 4IJNA 3QB0A 5KPTA 1U6ZA 3R9PA 2IVNA 2WUSA 1TUUA 5EX5A 4IWVA 1MWKA 3VEOA 1TYQB 3DXKB 3D2EB 3SMPA 1NGEA 1IG8A 2VYPA 4B1VA 4FPBA 1MDUB 1QZ5A 2NLXA 5KQDA 2IIRA 5AQVA 3MN6A 3O4WA 4AM7A 4WYBA 2E1ZA 1HPMA 4CBWA 1GLFO 3AY9A 3RSEB 3EO3A 2FF3B 2A3ZA 1U2VB 2QWMA 3LDQA 3GOIA 2Q36A 3FGUA 4JN4A 1BUPA 3DXKA 1GLCG 2V52B 2P9UA 1BA0A 1NGJA 3M3ZA 4H0YB 3A5NC 2FSJA 3MN5A 2IVPA 3LL3A 4ISGA 1CZAN 4B9QA 3KZBA 5AQUA 1HUXA 4FOIA 1P8ZA 1Z6RA 1U2VA 3DAWA 5FPEA 5AR0A 3R8EA 3B8AX 5KQ8A 5AQSA 4K25A 3DXMA 2CGLA 3H3NO 5BRFA 2AA4A 2P9SB 3SJHA 2Q97A 5I9EB 3UE5A 3CJAA 2F9TA 2W41A 2NRHA 5EVZA 5AQFA 4BVPA 4CBUA 4PL7A 3SMSA 4BG8A 4FL9A 3KVGA 5AQXA 3KHYA 3ENHA 1GLJO 3VERA 3H1VX 4BR7A 3MDQA 2E1YA 3ZX3A 4CI6A 5AQZA 4O5FA 3L4IA 3VOVA 3M6GA 1RFQA 1BU6O 4A62A 3BF3A 3L6QA 1WOQA 4BR4A 4BRCA 4JNEA 5AQJA 4CD1A 3A0IX 3FZHA 3O8MA 5AQKA 3CI5A 3WQTA 1OKJA 2Q0UA 3H3OB 4BR9A 4I6MA 1LOTB 2A6AA 3D2FB 1V4TA 4B1UB 4FWQA 4XH5A 1TUYA 1HX1A 2GUPA 3ATUA 3WUHA 3JS6A 4M7YA 3AARA 5AQYA 3O5BA 4BRAA 5BREA 5ADXA 1J6ZA 2E20A 3CQXA 1LCUA 2FSKA 3CJ1A 1BOTO 5AZIB 1NGIA 4YDUA 3D2FA 5KPRA 3FLCO 3W0LA 2CH6A 4MO5A 4RWTA 1XC3A 5BPNA 3FZMA 4H03B 2P9KB 1ZBSA 1R59O 1NGAA 2A5XA 3HBTA 4JD2A 4CZKA 4DCHA 3H6EA 2GELA 3BF1A 2E2NA 4H0TB 3LDLA 4H5VA 4XH4A 2V7ZA 3GDQA 4B1ZA 5AQHA 3HZ6A 4BR2A 4QS7A 2QXLA 5AFUH 3QFUA 5AZJA 1T6CA 4CZJA 5JLFA 3FZKA 3UKRB 3VF2A 3WQUA 2V51B 3IMXA 2QWQA 1DGKN 3I33A 4JHDA 2HOEA 5CE3A 3IUCA 2E8AA 3VEXA 3I8BA 4XH1A 3H46O 2HMPA 4PKHA 5BR9A 4HWIA 1JCGA 4CZIA 1HKGA 4BRKA 2P9UB 2ZGYA 3EL2A 1ESVA 3A5LC 3UKRA 2I7PA 3LDNA 2E2OA 3CETA 1DKGD 2V7YA 5BRDA 2ZWHA 4H0XB 1SZ2A 5AQLA 2UYTA 2ITMA 1Q18A 3DXMB 2DPNA 3A5OC 4CZGA 4BRIA 4H5RA 2PAVA 1WUAA 3A5MC 3LM2A 4WQ4A 4FWKA 1HKBA 5E84A 4WQ5A 3WXIA 4BR5A 3HM8A 4E1JA 1SQKA 4BREA 1NLVA 5AQNA 5AQTA 3TU5A 3FZFA 3IFRA 3BEXA 2ASPA 2D4WA 4BGAA 4CBXA 1QQOA 3G25A 1ZXOA 1HLUA 3WXKA 4IZ9A 5AQRA 5BN9A 4B1XB 4BG9A 5LJVA 3CHWA 3EN9A 4FO0A 1YUWA 3UKUB 3QMLA 5AQGA 3MN9A 4IJAA 2QW9A 1EQYA 4CZFA 4BRHA 4I6MB 5JICA 4BQZA 4K43A 5AQIA 3UB5A 4KBOA 1NGCA 3QICA 4FWPA 4MLHA 4O8KA 3CQYA 2D1KA 1D4XA 4H5NA 4MO4A 3VGKA 4BVOA 3IDHA 2FF6A 1NGHA 1NGBA 2OANA 2BUPA 3LDPA 3UKUA 2QWNA 5AQOA 4GY2B 3U4LA 3O1BA 3QBWA 4NO7A 5TKYA 2GWJA 4BC4A 3VGLA 3J8AA 1SAZA 5FPNA 3VGMA 3ZEUB 3P4IA 1ATRA 1GLEG 2GEMA 3DJCA 4IXCA 4PL8A 2YJFA 4DB3A 4K42A 3LM9A 4JD2B 3EZWA 3VENA 1KAYA 4PKGA 2QM1A 2YJEA 3CJBA 4RCHA 2A40A 4FWSA 4H0VB 4FWLA 5F0XA 3LDOA 2ASOA 1BG3A 1GLLO 3U8XA 4L3QA 3ZEUA 5AZJB 3R6MA 2P9LA 1GLAG 2CH5A 4JHDB 1DEJA 4IO8A 1NWKA 4H0PA 3CJ9A 5FPMA 3D7EO 2QWOA 5F2RA 3VEWA 4B1WB 1H1VA 2QWRA 5JLHA 3VF6A 4FWOA 4BGBA 4BRFA 5KPZA 3VPZA 5BPLA 1YXQA 1XUPO 4B1YB 4J8FA 4AM6A 2A41A 2YI1A 1S22A 5AQMA 4CZHA 3MMVA 4QS9A 1E4FT 3VF4A 4JAXA 4BC3A 3U9ZA 2Q1NA 1XQSC 4DHYA 4ISFA 1RDWX 2Q2RA 4FWMA 3O08A 2J4RA 2P9IA 1YAGA 3DWLA 1QHAA 2E2PA 4FWNA 3ULEB 5ADXH 1C0FA 3HI0A 2BTFA 2FSNA 3C0BA 4BR0A 3SK3A 4ISEA 4EIAA 4H5TA 1E4GT 1S3XA 3VESA 3O1WA 4NB4A 2VCPA 4BRGA 3C7NB 3TPQA 5EY4A 4CJ7A 4CD3A 3EKUA 3MCPA 5FPDA 3ULEA 4EHTA 4Z94A 1HJOA 2Q31A 2P9PA 5EOYA 1G99A 4YDUC 3ZETA 3JXUA 3O80A 5LJWA 1X9JA 3F9MA 5E26A 3BP8A 1JCEA 1MA9B 3BUZB 1Y64A 3C7NA 4EAHD 3FR0A 4BROA 4MLEA 2F9WA 5AQPA 4F9OA 5ELZA 2NZTA 1TYQA 3SLCA 3D2EA 4PKIA 4C23A 3GE1A 3S41A 3MK6A 3ZX2A 2IVOA 2VWBA 1K8KB 4XEIA 2ZGZA 4CZEA 3VEVA 4A2BA 1KXPA 3H45C 4BRLA 3MN7A 5B8HA 3RSEA 4GNIA 4BC5A 1NBWA 4LC9B 3CERA 3EKSA 3GBTA 2E88A 2PBDA 1JCFA 1X3MA 2YHYA 5EXWA 3U9DA 1BDGA 2EWSA 5AQQA 3WT0A 3FFKB 3ID8A 1QQNA 1K8KA 2QWPA 4FOEA 3HTVA 2AP1A 3CJ7A 4FPAA 3VEZA 4H5WA 2YHWA 3A8YA 1NM1A 2YCHA 1NGFA 2CGJA 3L0QA 2D0PA 5JMVA 2ASMA 1RGIA 3VETA 3QDKA 2KHOA 2P9SA 3WXLA 4M7XA 2FXUA 3M1FA 1NGDA 3HSCA 1GLDG 4HTLA 2YHXA 1MWMA 2P9LB 5AFUA 4BRNA 2CGKA 1QZ6A 3CIPA 1YVNA 1IJJA 4A61A 1X3NA 2QWLA 1KAZA 2I7NA 4WQ4C 5LY3A 4K41A 4WQ5C 2GWKA 2H3GX 2E2QA 4BQLA 2Q0RA 3GL1A 5BN8A 3GG4A 4H0OA 4CZMA 4RTFD 1ATSA 1NMDA 3ENOA 1KAXA 1HKCA 1NGGA 2P9NB 2D0OA 2HF3A 4EFHA 4BRPA 3CJCA 2P9IB 4BC2A 1ATNA 1BO5O 3FE1A 3WEEB 1C0GA 1T6DA 5BRHA 4BRMA 1BWFO 3H1QA 5BPMA 1Z05A 3OHRA 4FSVA 2GTDA 4A2AA 1BA1A 3W3DA 2P9NA 2FLOA 3AAQA 3FZLA 1T44A 5AQWA 3VEYA 4QS8A 5AZIA 1GLBG 5F1XA 2W40A 3O6WA 4EHUA 3QBXA 4CZLA 2A42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUQA 4HCBA 3QLHA 1XHZA 2P9PB 1QQMA 2P9KA 3OJSA 1RT7A 3AAPA 4NYNA 4BRQA 1DT9A 2NRZA 2QI2A 1IKYA 5JS2A 4E1MA 1NJIO 3ITHA 1VRTA 5CY4A 3D2EB 4DSIA 2B5JA 1IG8A 3V9UA 3ZT2A 1QZ5A 3L2UA 1JJ2M 3MN6A 3O4WA 4EZ6A 4M3RA 4WYBA 4FLZA 1HPMA 2F4VK 3EO3A 1U2VB 4YOUA 1EETA 3OBWA 3CCSN 1QTMA 3EE8A 1NK8A 3DXKA 3LAMA 4FVUA 2PFUA 2P9UA 3AV9A 5CZ1A 2UUCK 4FJ5A 5M1QA 3MN5A 5KRTA 4NXMK 1Z25A 3LL3A 1VQMN 4ISGA 1RBRA 4B9QA 3AA5X 4OJRA 4RW6A 1CXUA 1DTTA 4CEOA 4K25A 2CGLA 3H3NO 4DSEA 4DF4A 4CJ4A 3HJFA 4BWJA 4FK0A 2Q97A 1S6QA 3CJAA 3MXMA 1KFDA 2W41A 2WONA 2O8FB 2ITGA 4BVPA 3V6DA 4PL7A 4KB0A 3LP2A 5AQXA 1YI2N 1WAJA 3KHYA 3EYZA 2OA8A 1VQ5N 3ZT1A 1KVBA 1RFQA 4O5BA 3BF3A 3L6QA 3O9QA 3KK3A 4BRCA 4OKKA 3G0ZA 4JNEA 1KLMA 5AQJA 3A0IX 5CZ2A 1BGXT 1D8YA 3DOKA 2GUIA 3PIOL 3THWB 1TKZA 3MEGA 3OYGA 3HPOA 5E41A 1LOTB 2A6AA 3U3YA 1FKOA 4FWQA 1C1BA 4B8CA 4M7YA 5AQYA 3O5BA 3HT3A 4BRAA 1DTQA 4J2EA 2YKNA 3K0SA 4F8RA 1ZYQA 5D3GA 4KHWA 1LCUA 4CGIA 3OYAA 4IG3A 5JVHL 5SZTA 2G8IA 1NGIA 2BDPA 1T8EA 5C42A 4YDUA 1J5OA 4C8KA 4FM1A 4W5NA 1BISA 3FLCO 1XC3A 4JI7K 1ZBSA 2A5XA 4IOXA 4CGHA 2GELA 2V7ZA 4B1ZA 3V4IA 5DK5A 1S5JA 3HZ6A 2XY5A 2X6SA 3PUFA 1ZBUA 5AFUH 5AZJA 1T6CA 5LMNK 1WN7A 3VA3A 2V51B 4MDAA 4CGJA 5HOOA 2E8AA 3I8BA 3DMJA 4FLXA 4XH1A 5HRNA 4ILJA 3TAPA 1Y97A 1ESVA 3UKRA 4O55A 4I2QA 2E2OA 4AHRA 2V7YA 4JS4A 1U47A 1NOZA 2ZWHA 2D0AA 5AQLA 4BE0A 3HXMA 3NVMA 4DTXA 2G8VA 4WQ4A 4FWKA 1VQ4N 4BACA 4JYAK 4DR4K 4MFBA 4H4OA 3B6PA 4E1JA 1S1VA 4FCYA 5FDLA 4BREA 2O8DB 4F3OA 3QERA 4FJMA 5AJ3K 5AQNA 1YHQN 4OPJA 3PIPL 4AHTA 3NCIA 2ASPA 3OA9A 3O9SA 1N6QA 2Z1HA 1VSJA 3KK1A 5M1PA 2GX9A 5AQRA 5BN9A 4B1XB 4Z4EA 3K5LA 4UY8O 3DLRA 5AQGA 3ULDA 4IJAA 3NF7A 2YNGA 4K0KK 4BRHA 4RG8A 5GAGP 1BIZA 4K43A 3TSQA 4OGEA 2BH1A 2FBTA 2D1KA 4CF2A 1VQ7N 4HUFA 2XY6A 2OANA 3LDPA 3VQ4A 2X78A 2YKMA 2O4GA 4NO7A 4CEFA 1B92A 3NMUA 3R1XA 3ID6A 3VGMA 3ZEUB 3VTIA 4I9QA 4GVEA 3KIOA 3DJCA 3P5JA 4PL8A 1A5XA 4KH4A 4CHOA 1EWRA 1KAYA 4PKGA 4RCHA 1ZBFA 3AO4A 5F0XA 4JKAA 3U8XA 3RWUA 2QKKA 1NK9A 3SBTA 1JLBA 4CEAA 3OYEA 3RMAA 1GLAG 4JHDB 1NWKA 3AVLA 4CJKA 3CJ9A 1VSIA 1RTHA 4LH4A 1Q81O 5F2RA 1C0TA 3OYFA 5JLHA 2YNHA 5KPZA 3VPZA 4M3UA 1J53A 4B1YB 1KVCA 2RHKA 3VQCA 3L2RA 4DFMA 4Z4GA 3ZT3A 4B9MA 4OVLA 4LFBK 4LSLA 1S22A 3MMVA 3VF4A 4DTRA 2VQEK 1RT3A 2NRWA 5J2PA 4FWMA 5GIOA 4F2SA 5CHIA 3K9JA 2HB5A 5GADP 4DG1A 3ALYA 1YAGA 1QHAA 3ULEB 2XRIA 3HI0A 3H08A 4CFCA 2FSNA 4JEPA 1QQCA 4C8NA 3RR7A 4EIAA 4H5TA 2ZJPL 4BE7B 3THYB 3DLBA 2IS3A 3QEIA 4CJ3A 2VCPA 4CF9A 1U04A 3TPQA 2NRVA 1U45A 3HYFA 5FPDA 4Z94A 2Q31A 1G99A 4YDUC 3SAGA 3J7ZO 1SL0A 3JXUA 4JI6K 3LANA 4FJLA 5HP1A 1JCEA 4KKOA 3C7NA 4EAHD 1TV6A 3FR0A 1OVQA 4F9OA 5ELZA 3DLLL 2WOMA 3AVFA 4C23A 3ZX2A 4XEIA 4CIGA 4DTOA 1KXPA 3MX5A 3HP6A 4WFNL 4BRLA 4U7BA 2QEXN 3DM2A 4JV5K 4B3SK 3V81A 2LSNA 2E88A 4JI1K 1JCFA 5J2QA 3DLKA 3U9DA 2JWLA 4G1QA 4E3SA 4QOZB 2W00A 3FFKB 2HHUA 1NK7A 2QWPA 3NBPA 1C6VA 3Q7CA 4DSJA 3L2QA 4H5WA 3L4QA 4EP4A 1NM1A 1M90O 4CERA 3O9TA 4FJXA 5TKWA 3AO5A 3CCRN 4DUYK 2KHOA 1O1WA 3ISNC 3WXLA 2C1IA 5KGXA 4DMNA 3SQ2A 3T1HK 1NGDA 1IKVA 4HTLA 4FJHA 2P9LB 3AVKA 4BRNA 5GINA 3AVMA 1EX4A 2X74A 1UA0A 2NRTA 4CHQA 1NK6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SUQ A;  4HCB A;  3QLH A;  1XHZ A;  2P9P B;  1QQM A;  2P9K A;  3OJS A;  1RT7 A;  3AAP A;  4NYN A;  4BRQ A;  1DT9 A;  2NRZ A;  2QI2 A;  1IKY A;  5JS2 A;  4E1M A;  1NJI O;  3ITH A;  1VRT A;  5CY4 A;  3D2E B;  4DSI A;  2B5J A;  1IG8 A;  3V9U A;  3ZT2 A;  1QZ5 A;  3L2U A;  1JJ2 M;  3MN6 A;  3O4W A;  4EZ6 A;  4M3R A;  4WYB A;  4FLZ A;  1HPM A;  2F4V K;  3EO3 A;  1U2V B;  4YOU A;  1EET A;  3OBW A;  3CCS N;  1QTM A;  3EE8 A;  1NK8 A;  3DXK A;  3LAM A;  4FVU A;  2PFU A;  2P9U A;  3AV9 A;  5CZ1 A;  2UUC K;  4FJ5 A;  5M1Q A;  3MN5 A;  5KRT A;  4NXM K;  1Z25 A;  3LL3 A;  1VQM N;  4ISG A;  1RBR A;  4B9Q A;  3AA5 X;  4OJR A;  4RW6 A;  1CXU A;  1DTT A;  4CEO A;  4K25 A;  2CGL A;  3H3N O;  4DSE A;  4DF4 A;  4CJ4 A;  3HJF A;  4BWJ A;  4FK0 A;  2Q97 A;  1S6Q A;  3CJA A;  3MXM A;  1KFD A;  2W41 A;  2WON A;  2O8F B;  2ITG A;  4BVP A;  3V6D A;  4PL7 A;  4KB0 A;  3LP2 A;  5AQX A;  1YI2 N;  1WAJ A;  3KHY A;  3EYZ A;  2OA8 A;  1VQ5 N;  3ZT1 A;  1KVB A;  1RFQ A;  4O5B A;  3BF3 A;  3L6Q A;  3O9Q A;  3KK3 A;  4BRC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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