2PPQA

Crystal structure of the homoserine kinase from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
316
structure length
310
Chain Sequence
TDITEDELRNFLTQYDVGSLTSYKGIAENSNFLLHTTKDPLILTLYEKKNDLPFFLGLMQHLAAKGLSCPLPLPRKDGELLGELSGRPAALISFLEGMWLRKPEAKHCREVGKALAAMHLASEGFEIKRPNALSVDGWKVLWDKSEERADEVEKGLREEIRPEIDYLAAHWPKDLPAGVIHADLFQDNVFFLGDELSGLIDFYFACNDLLAYDVSICLNAWCFEKDGAYNVTKGKALLEGYQSVRPLSEAELEALPLLSRGSALRFFLTRLYDWLTTPAGALVVKKDPLEYLRKLRFHRTIANVAEYGLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Homoserine kinase
publication title The crystal structure of the homoserine kinase from Agrobacterium tumefaciens.
rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
total genus 96
structure length 310
sequence length 316
ec nomenclature ec 2.7.1.39: Homoserine kinase.
pdb deposition date 2007-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2ppqA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 2ppqA02
3EQBA 2C68A 3LIJA 4W8DA 1LPUA 4G3EA 4AN2A 3PRFA 5HG5A 4AFEA 4FSZA 1O6YA 2W5AA 3BCEA 4FKPA 5CENA 3FMLA 4M13A 4V05A 3OWKA 1MUOA 4S33A 3RWPA 5BUEA 4O2ZA 3TZ7A 2VD5A 3PG1A 4O84A 4XBUA 3FI2A 5GIPE 4FKTA 1JKLA 1DI8A 4PUZA 4XMOA 2F49A 4O96A 4WRSA 5EK7A 1Q3WA 3P23A 3U8WA 3AMAA 3FYJX 4FKQA 3QCQA 3UG2A 1ZYDA 3DJ5A 4NJ3A 3E8EA 4OTRA 2WMAA 2RFDA 4IHPA 2RIOA 5KNJA 2PWLA 4L42A 3DXQA 4FZ6A 3ZRMA 2GQGA 2HYYA 4FT9A 3WF6A 4XHKB 2VN9A 4AACA 4EUUA 2ESMA 1JOWB 4DFNA 2ITYA 3COMA 5CAQA 3L8SA 5EOBA 2PULA 5IPJA 4LG4A 1RJBA 3BYMA 3BEGA 2EWAA 1ZMVA 2ETKA 5ETAA 3WF7A 5D41A 5IISA 4IAFA 5DBXA 3BEAA 2QOCA 3QALE 2F9GA 4MF1A 3EQIA 2Y4IC 3CXWA 4U80A 4BCJA 3AC5A 3E87A 3QLGA 3QTUA 3V5JA 2JBPA 3UP7A 2E9OA 3VUHA 4EK8A 5KHWA 1PYXA 5HD7A 2ITOA 2PZIA 2NP8A 3LQ8A 4KRCA 4P5ZA 3OG7A 3VJNA 4EH6A 3E88A 2VV9A 1KE9A 4GW8A 5HNGA 1YHWA 3ORTA 3MBLA 4FKJA 3U51A 3A2CA 3MIAA 5HCZA 4XG4A 3W2CA 2HCKA 5IA5A 2YIRA 2H9VA 2F7EE 3RPRA 4DTBA 3F69A 3KQ7A 1YOLA 4CGAA 3QTIA 4YZDA 1PYEA 3KKVA 4PL3A 4ZIMA 4D5KA 4FIEA 4A4LA 1W8CA 5HU9A 4ZSGA 3F5GA 4MWIA 4M3QA 4JAIA 4EBWA 5EI8A 4O86A 4KIOA 2IPXA 3Q3BA 5A14A 3REPA 3MVJA 5DH3A 4F0IA 1ZLTA 2B1PA 3PXKA 2J50A 3PJ3A 4FV1A 4CG9A 3W16A 1U5RA 3FI4A 4EQUA 2C6IA 5EH0A 3R7YA 3GC9A 2F57A 5LQFA 3KRJA 4TXCA 3NLBA 3NNVA 3ORMA 4QMQA 1WZYA 3FY0A 4W4YA 3VHKA 3II5A 3KY2A 2OH0E 4NM7A 2JDSA 1IASA 4ALWA 5E8UA 4PTCA 2IW9A 4V01A 4G3DA 4MEDA 1YOMA 2HIWA 4FODA 4HZRA 3PFQA 4RVTA 2PUNA 1REKA 2C6MA 2GHLA 3W0QA 2B4SB 3C0IA 4AOJA 2GNGA 2EB2A 3PXZA 4BCQA 2JD5A 3E7OA 1ZY5A 3RAHA 2R7BA 3LZBA 1OGUA 2VUWA 3DZOA 4F7JA 4NW6A 3HX4A 3V8TA 4RIOA 3H0ZA 4WNMA 5D12A 3NCZA 3DXPA 2QOLA 4E1ZA 5LWMA 2ACXA 3QQHA 4P90A 3P4KA 4F0FA 3F88A 4DBNA 4JNWA 1ND4A 3ZUUA 2VX0A 4Y8DA 3VQHA 5AUTA 4KIQA 3CY2A 4EH2A 1X8BA 3DS6A 1FGKA 2VX3A 5CSHA 2YM4A 4JR7A 4QNYA 5KE0A 3AD4A 2WMVA 4FG9A 3VN9A 4QMUA 3PVBA 4AA0A 4X21A 2JEDA 3LFAA 5T3QA 1Q8ZA 1OL7A 4MXCA 4JQ8A 2FA2A 5I9ZA 5HLPA 4G3CA 3B2WA 2PMOX 1BUHA 3BGQA 3BV2A 3RAKA 5JK3A 2CKEA 2X9EA 4C37A 1PXNA 5H2UA 2PE1A 3ELJA 4JG8A 5I9XA 1MRYA 1XKKA 1YI4A 2XK7A 4GV1A 3P0MA 5EW9A 3R9HA 4U94A 2QVSE 2OK1A 2UW4A 4C59A 5AMNA 1OVEA 4JOAA 3F5UA 3P7AA 3G15A 3NUYA 3QWJA 2V7OA 5HE2A 4APCA 3KA0A 4W8EA 3C4FA 3ZU7A 3PSCA 4CMUA 3VS6A 3L9LA 3T3VA 3OW3A 3VUGA 5E91A 3RP9A 1O6LA 4K8AA 5BVWA 3Q4ZA 3TWJA 2HK5A 4QMXA 3O71A 4QP9A 1FBNA 2WTCA 4QMLA 5J7HA 1S9JA 4WA9A 2YAKA 2I0VA 3ZLYA 5DT0A 4AFJA 4YJSA 5C01A 5E8WA 4BICA 2Y8OA 3VW8A 4BGGA 4XV9A 5EQYA 4BB4A 2QOHA 4OGRA 2H34A 2RFNA 2XF0A 4AW2A 4YBJA 1CM8A 4HPTE 1ZARA 2J0MB 3V3VA 4YHFA 5IG1A 4BRXA 4JIAA 3OF0A 2Z7LA 3R8MA 3TNPC 3QQGA 4AW1A 2W1GA 3MV5A 2BZKB 3QZFA 4JBVA 4Z7HA 3LXNA 3UQCA 2XNEA 3D4QA 3LHJA 5GHVA 4LRKA 3QLFA 4DT8A 3ZOSA 2V55A 2UZWE 4AG8A 3ORNA 5E8ZA 2CSNA 3TNQB 4GJ2A 5EKOA 3E5AA 4ZMFA 3QAME 4XP0A 2R3GA 3JY9A 2W17A 4WNKA 1IAJA 4W4VA 2LAVA 2I40A 3O0GA 4FT5A 4TT7A 4JR3A 2XYUA 3LAUA 4II5A 5C8MA 3S0OA 4EORA 3ORKA 3HL7A 4TTHB 1U5QA 5CSXA 4ANMA 2VTRA 5JMSA 3GC8A 2G9XA 4UY9A 3H9RA 4OBOA 3UZPA 2BKKA 4ACDA 2GNLA 4F1TA 2CNQA 3GQIA 1URWA 2B53A 2ETMA 4FC0A 5ANJA 3UMWA 5K4JA 2X2MA 4TYEA 1WVXA 2W1ZA 2BR1A 3GB2A 4GUEA 4TYJA 4USFA 3U6IA 4O7TA 3CY3A 2VU3A 5F4NA 3O96A 1J1CA 4RFMA 3UGCA 4E6QA 4UYAA 3ZRLA 3NYNA 2YN8A 4CD0A 4LQMA 4AOTA 3ZZWA 2OXXA 2QLUA 2E2BA 3B8RA 5DYJA 3MVHA 4R6VA 3OOGA 2F4JA 3W1FA 5ETFA 3PWDA 4G17A 3GVUA 2OI4X 3W0NA 5FTGA 5KKRB 1QPJA 4R5SA 1BX6A 2PSQA 4YTFA 4HVSA 3LCTA 4JG6A 4YURA 1YKRA 4BI0A 5C1QB 3LM5A 4M0ZA 1WBVA 2O8YA 4FTLA 3VVHA 2E9PA 2ZMDA 2B52A 3FYKX 4LL0A 4FTQA 4TN6A 4WG3A 3T3UA 5CVFA 3L8XA 3UO5A 2J7TA 5ANOA 3A99A 2BFYA 4BBEA 3BHHA 3C50A 2UVYA 2WHBA 4G31A 3EQGA 4XP2A 4JG7A 4TYGA 3CQUA 1PXPA 4G1WA 1FVVA 2V7AA 2R3HA 4GG7A 4PQNA 5CNOA 5M56A 4JDHA 2OIDA 4JX3A 5H8BA 3C0HA 2UUEA 3QTSA 2BHEA 5HVYA 5A54A 4EOIA 1PJKA 3OTVA 4OTIA 3QD4A 2OFVA 4Y83A 4AT3A 3QTXA 4QQJA 5M44A 3ZRKA 2Y4PA 4B7TA 4O0RA 4F64A 4RSSA 3FKNA 3WZDA 5J1VA 2C0OA 5CNNA 4PDSA 2C3LA 3F3WA 2JGZA 2I0EA 4YJQA 4RVKA 1YQJA 4CKRA 3SW4A 3FLYA 3IOKA 5DEYA 3FMDA 3O8PA 4U9AA 2ZDTA 5ITAA 1APME 2CGVA 2QO7A 3FMNA 2R2PA 5C27A 4UWCA 3V8SA 4AT4A 2JDVA 4E4NA 5M4IA 5EM6A 4C61A 2XKCA 4KSQA 5JFSA 3RMFA 4L7FA 1Q8TA 5HG7A 4F9BA 4EK6A 3BKBA 3DBFA 3ZLXA 5DN3A 2JC6A 4IIRA 3BHVA 3KC3A 1YXSA 3PJCA 4I5CA 3FMJA 3UC3A 5AP1A 3S00A 4D55A 3L8PA 2PZYA 2QR8A 2VTIA 2ITXA 5EYMA 3TDVA 4O7YA 2C6LA 3QUEA 4IVCA 2GTMA 3KVXA 5AP2A 5C4KA 1J7LA 4QQCA 3E62A 4E5AX 5CXHA 3SX9A 2B55A 3KXHA 5BYYA 1JSVA 2C30A 1E9HA 2WELA 3D5WA 3LCKA 3M42A 3QGYA 4FKGA 4H1MA 2QOBA 1SNUA 4CFMA 5AV0A 2OO8X 2ZVAA 3KEXA 5AIKA 2UZVA 5I9YA 3AC3A 4RFZA 1UVRA 1T45A 3FL4A 5G1XA 2JKOA 1OBDA 4FSMA 4FTIA 3O7LD 5BMSA 3DFCB 3VS0A 1HCLA 4RA5A 4ZMEA 2UW3A 3H3CA 1XH9A 3BE9A 3AMYA 3A7HA 1CSNA 1FVTA 2WTDA 3FZTA 5DFPA 3QX4A 1OB3A 4DFUA 1XH8A 3I4BA 2BVAA 3KXNA 4UALA 3VF8A 3QKMA 4MD7E 1B6CB 4BCIA 4O0WA 4ZTQA 4ONAA 3TNHA 4EHGA 4USEA 1VYZA 1PW2A 4O0UA 1JKTA 3JS2A 4WBBB 5DE2A 2YJRA 2CPKE 3GU8A 3DBEA 3ZUTA 2IO6A 1DI9A 5AV3A 1Y6AA 5D7AA 3OXTA 4H36A 4YZBA 2Y4IB 4IWPA 4LMNA 2XK9A 4AE6A 2P4IA 2QNJA 2VWIA 5HIDA 5IQHA 3P5KA 2EVAA 2PZPA 3VC4A 2OU7A 3KF4A 4C4IA 5C4LA 3OWLA 5K5NA 3KXMA 1TQIA 5HG9A 4LL5A 4X2GA 1M17A 4YGAA 3OUKA 4I22A 2J0KA 4CCBA 3SVVA 4LMUA 4U97A 5LJJA 1OI9A 1YDSE 3PIZA 5B2LA 1A9UA 2YWPA 3DB6A 2ITTA 1O6KA 1VR2A 2AC5A 5I0BA 2VTNA 2QO2A 3MPTA 2XKDA 4PF4A 4FZFB 4GFGA 3G5DA 5FEDA 4Z55A 1Q5KA 4QP3A 2OZAA 5M09A 4CLIA 3TACA 3BQRA 1OKYA 2RG5A 4L46A 2WQMA 3UODA 2UZNA 1I44A 3BPRA 4EKLA 3QTZA 4R7HA 4PP7A 5M4CA 4M67A 3F5XA 3EQDA 5CF6A 2WAJA 4L00A 4LV8A 4PWNA 4GK3A 4WRGA 4Q2AA 3L8VA 2Z02A 3C5IA 4FKOA 2PYWA 5J5SA 3HMIA 3H4JA 4FL1A 4PMPA 2YDKA 3LXLA 2YDJA 3NRMA 2VWXA 2X7GA 3FZRA 1YRPA 3OWJA 3HV5A 3D5UA 3SXFA 3D5VA 3E8DA 5KX8A 4ZSEA 4X2FA 2IJMA 4GYGA 3FHIA 3FMEA 5E1EA 4IDTA 4BVUA 4RA4A 5TOZA 3C4EA 2VGOA 2XVDA 5EDPA 4EOSA 1IEPA 5DR2A 1WBWA 3UVQA 1H8FA 3G6GA 1O9UA 4FV4A 4I0SA 3R7IA 3L1SA 2BILB 4FKVA 5IUIA 4XBRA 2JDRA 4FT7A 4ZLOA 4AN3A 2DS1A 4E20A 4FR4A 3CTJA 3TKIA 5IQFA 4G16A 3TT0A 4HCTA 4XOZA 3A4OX 4NL0A 4ASDA 5CAPA 5JGAA 4V04A 4N6YA 2C5VA 1LEZA 5AAEA 1CKPA 3DQXA 3WF5A 5AAGA 3M2WA 2WQEA 1YHVA 3OCBA 3IKAA 3QU0A 2QKWB 5HHWA 5CVHA 2Z60A 2NPQA 4C02A 3CKWA 4X3FA 2X0GA 3TJDA 4O7NA 4MXXA 4R5YA 3FPQA 4CTCA 3QTQA 5EFQA 2BZJA 2VTQA 3Q2MA 5HE3A 2ONLC 5C8NA 1PXIA 4F9AA 2VWUA 5IQDA 1UWJA 3A8WA 4YHJA 5AUUA 3CPCA 3C0GA 4I0RA 4NTTA 5AADA 2JKKA 2OJGA 5LOHA 3IW7A 1SVGA 2J5EA 1H07A 4QTCA 5JSMA 1XH4A 2PY3A 2VNWA 5E8TA 4FGBA 5AV2A 3GFWA 1PHKA 3QRKA 5JRQA 4NZWB 3PY3A 5C8KA 2HY81 3WBLA 4ACMA 4FUYA 2PMIA 3NUAA 5CLPA 3CPBA 3NGAA 3MFTA 3WILA 2OJJA 3KF7A 3EYHA 4U7ZA 5B7VA 3SC1A 4QMNA 4ZZNA 5JKGA 5LVLA 3GP0A 3PZHA 2CN5A 3CKXA 3W0OA 4K18A 4ZZMA 2BCJA 4DC2A 1J7UA 4EYJA 1G8SA 3UPZA 2VO3A 1ZMUA 3OOMA 2W9FB 1Q99A 3LMHA 4O83A 2PZRA 4PMSA 1OZ1A 4BBMA 4XV1A 3ZONA 4CFXA 2JITA 3D9VA 4QP6A 3QXOA 4O0TA 4Z9LA 4RLKA 2R3LA 2VO0A 2CN8A 3LFFA 4FT0A 3I0QA 4IX6A 2X4FA 3THBA 3I5NA 3TJCA 4XX9A 3W55A 1GZNA 2ZOQA 3CGFA 3QD3A 3ROCA 4EOQA 3MJ2A 3FLNC 4ERWA 2WTJA 4HZSA 2B54A 3C4ZA 2CKOA 3AD6A 2ETRA 3R83A 5CSPA 3UPXA 4CEGA 3PXQA 3QQJA 2C5YA 5L6WL 1UU3A 1YDTE 2BZHB 4PX6A 5JFWA 3CTQA 3KN5A 3IW8A 4K6ZA 3I6WA 3ERKA 4G2FA 3GCPA 2UZUE 4JQEA 2WU7A 3O50A 3FMKA 3FI3A 1OPLA 4YO6A 5AIRA 5EG3A 1JSTA 2E9NA 4D0XA 1RQQA 4DEDA 2XMYA 4WOVA 4XOYA 3LFEA 3R1YA 1YXXA 4IAIA 3OT8A 4PDOA 2GNHA 4YPDA 4PTEA 4UB7A 1H24A 2J0JA 4RZVA 3BU3A 2PMLX 5KKRC 2XIXA 2IZTA 4NM3A 2XNBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VBW A;  5BVN A;  3PIY A;  4FVR A;  1YVJ A;  3PZE A;  2NRU A;  5FEE A;  2B7A A;  3R2Y A;  4FL2 A;  1ZAO A;  4U3Y A;  2DWB A;  3EKK A;  4ZAU A;  3N4T A;  4QP2 A;  4NM0 A;  4C4H A;  2I0H A;  5KMM A;  4UXQ A;  4FIH A;  2W9Z B;  1Q8U A;  1P14 A;  3IQ7 A;  4NK9 A;  3Q9W A;  1A06 A;  3S2P A;  3KFA A;  5F95 A;  2W5H A;  4O0S A;  2C5N A;  5EHL A;  2O0U A;  3MY1 A;  1W0X C;  3NUP A;  3R21 A;  4RIW B;  4EH7 A;  4AZT A;  3PIX A;  5AFV A;  4YSM A;  2QG7 A;  3OC1 A;  3BLR A;  3G9L X;  3RAI A;  4K11 A;  3T9T A;  4OT5 A;  2WMS A;  2RF9 A;  5AEP A;  2WPA A;  5J1W A;  3W2P A;  4BGQ A;  4A9U A;  3UOJ A;  4XUF A;  4GT5 A;  4YZM A;  2VX1 A;  3ZO3 A;  2RGP A;  2PVK A;  5FXR A;  1JSU A;  1FOT A;  4FYN A;  4G6L A;  1XJD A;  4LI5 A;  1UA2 A;  4EK4 A;  4ZP5 A;  4AF3 A;  4LGG A;  4ZSA A;  2GCD A;  3R63 A;  4KIN A;  2WXV A;  2YM6 A;  3HAV A;  5JGB A;  3MPM A;  4MTA A;  3R7O A;  3ID6 C;  4F6U A;  2C5X A;  5FDX A;  2XNP A;  5M07 A;  4EH4 A;  2XBA A;  2OIQ A;  3CP9 A;  3EFL A;  4BF2 A;  3C9W A;  4X6R A;  4GKI A;  5DT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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