2PULA

Structures of 5-methylthioribose kinase reveal substrate specificity and unusual mode of nucleotide binding
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
392
structure length
381
Chain Sequence
KTPLYETLNESSAVALAVKLGLTLTCQEIGDGNLNYVFHIYDRALIIKQAVPYAKVESWPLTIDRARIESSALIRQGEHVPHLVPRVFYSDTEMAVTVMEDLSHLKIARKGLIEGENYPHLSQHIGEFLGKTLFYSSDYALEPKVKKQLVKQFTNPELCDITERLVFTDPFFDHDTNDFEEELRPFVEKLWNNDSVKIEAAKLKKSFLTSAETLIHGDLHTGSIFASEHETKVIDPEFAFYGPIGFDVGQFIANLFLNALSRDGADREPLYEHVNQVWETFEETFSEAWQKDSLDVYANIDGYLTDTLSHIFEEAIGFAGCELIRRTIGLAHVADLDTIVPFDKRIGRKRLALETGTAFIEKRSEFKTITDVIELFKLLVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Methylthioribose kinase
publication title Structures of 5-methylthioribose kinase reveal substrate specificity and unusual mode of nucleotide binding
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
total genus 144
structure length 381
sequence length 392
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.100: S-methyl-5-thioribose kinase.
pdb deposition date 2007-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2pulA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 2pulA02
3UNKA 4C33A 4PP9A 1T45A 4G31A 4J7BA 5DPVA 3SVVA 4WNPA 4MHAA 4H1MA 4KS8A 4Y8DA 4YBJA 1R0PA 3P7AA 4MF1A 4FKTA 4FG8A 4IFCA 5EKNA 2P3GX 1YWRA 3NEWA 4IX3A 5CY3A 3TI1A 4GK2A 2LAVA 3ZO3A 4AT5A 5ITAA 1Q62A 2H6DA 4RRVA 2PUIA 4FL2A 3V5PA 3PWYA 3F3TA 1SNXA 4X0MA 5CU4A 3DDPA 5BUIA 4PF4A 3JVSA 3A7JA 4XOYA 5AV0A 4OBPA 1UVRA 1M52A 2BCJA 4OLIA 4YTFA 2B7AA 2Y9QA 4U9AA 4XUFA 2NRYA 2YCFA 5EI2A 2W96B 5ANJA 3GGFA 5F9EA 3SQQA 1OL7A 5ETCA 4QMMA 5IQHA 3DT1A 4K8AA 3EQCA 3WE8A 4BZNA 1PMUA 3HECA 3ET7A 3Q3BA 4G5JA 3KULA 3ZZEA 1OKZA 3GUBA 4FKSA 3ZC6A 2OSCA 2VWIA 3GFEA 4MTAA 3RPOA 2VU3A 2C6IA 2F49A 3ODYX 4FG9A 3I60A 4OT6A 2X7OA 4DH5A 4GCJA 3W16A 2OFUA 3NZ0A 4P5QA 1V1KA 3NAXA 4AW2A 4E4XA 3VUKA 2BFXA 2ZJWA 3NAYA 4MBLA 3WZJA 1P4FA 4PMMA 3KXXA 2R0IA 4FL3A 3O17A 4C2WA 1H00A 1QL6A 2R7IA 1G8SA 3L8SA 3U4WA 4KD1A 1GIIA 3LXPA 4DEAA 2F7ZE 2CKOA 1NT2A 2I7QA 1M17A 3CQEA 4KNBA 2UW4A 3ANQA 4QYHA 5AX9A 4GU6A 1Q4LA 4EHGA 3A7GA 3COHA 2B55A 4MH7A 1LR4A 3KA0A 4KA3A 4XX9A 5E92A 5A9UA 5I9WA 2C6DA 3VW6A 3QCSA 3UQCA 1GZKA 2YACA 3H0ZA 2YCSA 3RZBA 2QNJA 4FIGA 4D1ZA 4ERKA 4RQKA 3G0FA 2LGCA 4RLKA 1JKLA 2QOKA 2WU6A 4DEDA 4JG6A 4HZSA 4PV0A 4XRJA 1JSTA 2XP2A 5DVRA 5DG5A 3SRVB 5A4LA 2UW0A 4O6LA 1YRPA 3IS5A 3SDJA 5HO8A 2F7XE 5A4QA 3CY2A 3P78A 3F6XA 2RKUA 2VGOA 3FXZA 4BCOA 1Y91A 3U87A 5M57A 4U7ZA 4ALUA 3OC1A 1LEZA 3TNPC 3E63A 5EM8A 3FMDA 3QD3A 2JIIA 4E6DA 4ANSA 4Q9ZA 3CGFA 4J8MA 5CYIA 4BDCA 3EQFA 4ZJIA 1KOAA 2X4ZA 1E9HA 2UW7A 2WMRA 2Z02A 4CFMA 2Z2WA 3WARA 5BVOA 2EUFB 5C03A 3EWHA 4FTCA 3I0OA 3LFQA 3KXZA 4AFJA 3F82A 1OPKA 4AZEA 3MFUA 4ANQA 4FC0A 4FKOA 3QL8A 3AGMA 4DFYA 1F3MC 4U94A 5FXSA 1Q8YA 2XNNA 4KSQA 3OWPA 2BHEA 3MVLA 3FJQE 4JRVA 2IZRA 3ZOSA 1LP4A 3BQCA 4IZYA 4EOLA 2BRMA 2R3GA 5M4FA 1ZOHA 3DLSA 3Q53A 5EM7A 4I1ZA 4D58A 2O63A 3P1AA 4NWMA 3TM0A 4QMOA 3T3UA 2YIQA 4QP1A 4O0UA 3RK7A 3LW0A 4KIPA 3UNJA 2FUMA 2J0MB 4QP6A 4I6FA 3IW5A 3LCKA 4FEUA 5C01A 4E5AX 4J8NA 2HAKA 2VTMA 4QMLA 2J0IA 1OPJA 1Z57A 4QP7A 3HEGA 5DFPA 4EH8A 2R5TA 3UIXA 3NUAA 1PMVA 4HCTA 3EN9A 4F09A 4ZTRA 4M68A 1YKRA 1U54B 3QYZA 5HQ0A 2ZV8A 1UU3A 4JT3A 4RIXA 4ZSJA 5BUEA 4AACA 4L42A 4M67A 4L3PA 2V7OA 2PZ5A 3RPSA 1PYXA 2PULA 3BBWA 4DT9A 3F66A 1NW1A 3Q4UA 2WNTA 2R0UA 2ZV9A 2W5AA 2PVKA 3LMIA 5ETAA 3FI3A 4HOKA 3VUDA 1W83A 4DEHA 2HWOA 2QOOA 3GU4A 4GVJA 1ZZLA 4GYGA 4WA9A 3JVRA 3C0GA 4L45A 3QXOA 4PNIA 4C35A 3ORMA 2YWVA 3FEGA 4LL0A 5CF6A 4XMOA 2WIHA 4FNWA 3FI2A 4TZRA 3GOPA 2WIPA 5ANOA 3ORPA 5JH6A 5I9YA 5HG8A 3QZFA 2B9HA 3VS2A 4ZK5A 1OUKA 5ANDA 3EFLA 1PXLA 4ZZNA 4YJSA 3E7OA 4G17A 4FTTA 2W17A 4LUDA 4L3LA 4LM5A 5D1JA 1WAKA 1H28A 3HAMA 5EI8A 3ULZA 2BZIB 5EHLA 4A9TA 5IPJA 2ZMCA 2XKEA 2UW8A 4QQJA 3RJCA 4ZJVA 2YM7A 3LCOA 4ID7A 3EQDA 1FINA 3KK8A 3REPA 4JOAA 3W2QA 4DG3E 4E6CA 1T46A 3W18A 4CV9A 4LG4A 5A6OA 3HMNA 2G9XA 2OXDA 3ZYAA 3P9JA 4EHZA 3UO6A 3DXPA 3ZLYA 4D5HA 4OTDA 3MVJA 1BMKA 5HNIX 2VTJA 3R7UA 5FM3A 4YZNA 3UBDA 4X3FB 2BRHA 1OVEA 2YN8A 3IOPA 3E93A 4JBQA 2C5VA 3NUUA 4YJTA 4XBUA 5CXZA 3DXNA 5M07A 3KRXA 4GL9A 1L8TA 3AC4A 4I92A 3H9RA 4RT7A 5AAGA 3VF9A 2JEDA 2OJFE 4AE6A 4F0IA 3PXZA 3VBQA 1FGKA 4CFXA 4UWYA 2PUNA 4WBBB 5JZJA 4WUAA 1W8CA 4FI1A 2ESMA 3O7LD 3LLTA 4JQ8A 2H96A 3R7VA 3LQ3A 3G9NA 3ORLA 4IX4A 3RI1A 3SW4A 5HVKA 5HVYA 5IA0A 1ZZ2A 4IJPA 1Y6AA 4K9YA 4FOCA 4CV8A 5JZNA 1XJDA 3HVCA 4E4MA 4TWCA 1CM8A 4PMSA 4X2JA 4D5KA 3C9WA 3C1XA 2Q83A 4TNBA 2R3HA 3HP2A 4FSYA 2XKDA 3QHWA 5F20A 4CZUA 1OL2A 4EYMA 4F7LA 3TZ8A 4FV5A 3MTFA 4U45A 5I9VA 3PP1A 3RK9A 2R4BA 4EHVA 3NUPA 3BYVA 4IVBA 5CVFA 5FTGA 2OZAB 3CQWA 1DI8A 3OFMA 4BBEA 3R7OA 2CNUA 2VX3A 2ITOA 3U6IA 3QTZA 2WTKB 2UW5A 3ZSGA 3AXWA 4H3PA 3VS5A 4C62A 1MP8A 5AFVA 4B8MA 5LQFA 3KRRA 3LPBA 5K3YA 3RPYA 3SGCA 3VNTA 3QRUA 4X2KA 4DG0E 1FVTA 3FBVA 5IMEA 2A1AB 3A8XA 2WKMA 2JAVA 3D4QA 3IPHA 4DFUA 4U5JA 4FVRA 4O21A 3VN9A 4HVGA 3L9LA 3QCYA 5I5ZA 5CEIA 3CC6A 4C37A 5JK3A 4O7RA 2PUPA 5M55A 2X9EA 3HDMA 3OCTA 4GW8A 5CZIA 4LGGA 3UPXA 2G2IA 2VO7A 4ITHA 3PJCA 4QPSA 4TNDA 4B6LA 4XHKB 4BI0A 4C36A 4PNKA 3LAUA 2IVUA 4B8LA 3UPZA 3KXGA 3MI9A 5BYZA 1OL5A 2UZLA 5DT4A 2PU8A 2V22A 3DNDA 5AP4A 4AA4A 5K4JA 4PQNA 4RIWA 2VO3A 4N6ZA 3BHHA 4FKGA 4Y85A 3MGYA 3VRYA 1DAYA 1ZMWA 4O81A 4EYJA 4AT3A 1Q99A 1PHKA 2PHKA 5LMKA 1OIQA 3AC5A 2I1MA 1GZOA 4BVUA 4CTCA 3PUPA 3CLYA 2C68A 4FT7A 5A4CA 4GS6A 2YM3A 2HZNA 4RJ6A 1J3HA 4FV3A 3QKLA 5D41A 3PJ2A 2Q0NA 3GXLA 3VJNA 1WMKA 4UN0C 3UGCA 3R9HA 3R1YA 3UZPA 1XH7A 3QRJA 4XOZA 3R9NA 4GV1A 2CNVA 4MKCA 4EK8A 1W82A 2R64A 4FKPA 3UJGA 3IKAA 5IA2A 4TN6A 1G3NA 3AD5A 2EB3A 3EL8A 4AOTA 4BIBA 2B4SB 2HENA 1PXIA 2ONLC 4I5MA 3F3UA 2V7AA 2J4ZA 1ZARA 4G3FA 4K0YA 3EIDA 4S2ZA 4V0GA 4QMXA 4BTKA 4MBJA 3V5LA 3EQPA 2W1FA 2XBAA 3AMAA 4HGTA 4W4YA 2X1NA 5FDPA 4IC8A 5DRDA 5ETFA 5AEPA 4BIEA 2YAAA 4TXCA 3PRIA 2QI8A 2Y4PA 2BAJA 3LFFA 4APPA 3E92A 3WF6A 4E5WA 3Q9YA 3S4QA 4Z9LA 4I22A 3P08A 2DWBA 4MWIA 5EDPA 1VYZA 1HOWA 3CE3A 3ORIA 2QONA 1CKPA 1KV1A 4IC7A 3QU0A 1H07A 4GUEA 1KV2A 4NUSA 2X8DA 1NA7A 1VJYA 3PLAE 2QOIA 3E8DA 4GKIA 2AC5A 5DI1A 1YWNA 4ZSGA 3MWUA 1JVPP 4BN1A 4ASEA 2BRNA 2GS7A 3VS4A 3FKLA 3OWKA 5EYMA 4FV4A 4IVDA 4I5HA 4JQ7A 4J52A 2XIRA 2C6TA 1P4OA 4F99A 2XBJA 4ASXA 2JGZA 3GU5A 3DXQA 4U98A 3U8WA 1CMKE 3BHYA 2BHHA 4JBPA 5LJJA 4GYIA 1E1VA 5CF5A 3ZO1A 5L2SA 5EDRA 2XK9A 1AQ1A 3LQ8A 4FTRA 3AT2A 1U4DA 5BVEA 2OU7A 3G6HA 3VUMA 4XG8A 1BI8A 1Y57A 3EKKA 3PE1A 3T8OA 3PPZA 4M13A 3O2MA 2J0LA 1H4LA 2W7XA 4ACGA 3S00A 4P4CA 2PSQA 4EOOA 4RVLA 5BYYA 2JD5A 3DK3A 4J98A 3CJGA 4AN2A 5M06A 1YOLA 4KUJA 4EORA 2ZAZA 5HGIA 5JRSA 5I0BA 2VTQA 3FMHA 1JKSA 4TWNA 3F2RA 4MQ1A 1JKTA 2J50A 2XKCA 3KB7A 3EKNA 4FZDB 5KE0A 4CXAA 4MD8E 4OTWA 2Q0BA 3IW8A 4GMYA 4FKUA 3GC7A 4FSTA 2C3JA 3ACJA 4DGGA 3EOCA 4HNFA 2CGVA 3KY2A 4R6VA 4DN5A 3RALA 2BILB 3BLRA 4B4LA 4F7SA 4FK3A 5BVWA 4F65A 2P2HA 2VTOA 2HOGA 4FSMA 2C5NA 4ZS0A 2NRUA 4DEEA 3V8SA 3ZRLA 3SKCA 3DAEA 2WTCA 4KIOA 4W4VA 1OL6A 4DGNA 5BVNA 2QOBA 3ERKA 4YNOA 5CU6A 4XV3A 2UVZA 3QTWA 5E4HA 2CLQA 3PZEA 3ZDIA 2OJIA 2QLQA 2GTNA 4QYYA 4C4IA 4JR3A 5BMSA 4XG6A 2YZAA 2ZDUA 1ZYSA 3BCEA 3I5NA 4RLLA 5HG9A 5CAUA 2PUUA 3FMJA 3QTIA 1ATPE 5HBJA 4O7ZA 4USEA 2XNBA 4IZAA 2JLDA 4S30A 3F3WA 3RMFA 4M69B 4EJ7A 5E8WA 3NGAA 2E9NA 2YM8A 2QODA 4QP9A 2X2MA 5I9UA 4ALWA 4X2NA 3BYOA 4MX9A 5KBQA 2KTYA 2I0VA 4YZBA 5DNRA 2F57A 2JKKA 4O27B 4MXZA 3MB6A 5DT3A 3V5WA 4HGLA 2ERZE 4Z3VA 3ROYA 4DTAA 2OIDA 4G6OA 4BICA 2J2IB 1WBWA 5HE3A 3SHEA 5M08A 3IDBA 1AD5A 1OUYA 2VTHA 4MVFA 4UB7A 4PL3A 2WMVA 3AD6A 4IDVA 3FV8A 2C47A 4DBNA 3OHTA 3PY0A 4FV7A 4IX6A 4WUNA 4MBIA 3DKGA 4RMZA 3DBDA 3R00A 4WNOA 3PXKA 1WZYA 3QQKA 3WOWA 5JQ5A 3W0OA 1YHVA 2W1IA 3TJCA 4WNMA 4O7PA 2IVTA 5CS6A 3A7FA 5G6VA 4BDDA 3BV3A 4D9TA 4DFNA 2XNOA 5FM2A 4R5YA 4PTGA 3ACKA 5J95A 2R3LA 3UG2A 5A54A 4LMNA 1OZ1A 2C6LA 4NM5A 1R3CA 2HIWA 4O82A 4G9RA 4I93A 4QMUA 2X2KA 5T68A 2GTMA 3FYJX 3LCDA 4IAYA 4JI9A 4C7TA 1P5EA 4JQEA 3IG7A 5FBNC 3F3VA 3MV5A 5IF1A 4O7WA 2XEYA 3O96A 3PIXA 2CN8A 4BCQA 3UP2A 4BYJA 3OT3A 4W4XA 2BAKA 2YCQA 5AMNA 3GU8A 4N70A 3FLQA 4NM7A 3G5DA 3I1AA 3A4OX 1RQQA 3R2YA 4I41A 3NUXA 1OKWA 2BUJA 4DF3A 4A9SA 4BKJA 3VHKA 1OGUA 2UUEA 2WTJA 4O0TA 5EI6A 5IA5A 2CN5A 3BELA 4NTSA 4I6QA 2IO6A 3VBVA 4RX7A 1DS5A 2QOLA 4IAAA 4DE4A 3P7CA 4D1SA 3UZRA 2ZYBA 2VWYA 1PXPA 1ZOGA 1Q97A 4PRJA 3AMBA 5B2MA 4QQ5A 2VAGA 4JAJA 1RW8A 2JITA 5HIDA 4DG2E 2QCSA 5J7HA 2YDKA 4F0GA 2PZYA 4QYGA 4NT4A 2VNYA 3U51A 4DTKA 2OO8X 3BGZA 4FBXA 4I6BA 3FZTA 4NM0A 4S34A 4APCA 4N0SA 4UBAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BZH B;  2XS0 A;  4QMN A;  3JR1 A;  3FHR A;  3LJ2 A;  3ANR A;  3GC8 A;  1WBO A;  3FE3 A;  4YJQ A;  2CCH A;  2CSN A;  4CG8 A;  4E8A A;  1JKK A;  2W1H A;  2XVD A;  5EFQ A;  2OZA A;  4EH7 A;  2W5H A;  3BYM A;  5G1X A;  4FTN A;  1UU9 A;  4CFV A;  2G01 A;  3HP5 A;  3R02 A;  2IVS A;  2PZR A;  2RIO A;  2C3I B;  2XYN A;  5CEK A;  3KXH A;  4USF A;  3MES A;  5IEY A;  3S95 A;  5L3A A;  4BCK A;  4FZF B;  5CSX A;  3O0G A;  1NXK A;  2WMQ A;  3AMY A;  4FMQ A;  3R7I A;  3R9O A;  4F1M A;  3CKX A;  4RX8 A;  3PDT A;  4KBC A;  2B52 A;  4XCU A;  2FST X;  3ORT A;  3P7B A;  1M2R A;  3FDN A;  4U44 A;  4BF2 A;  4Z55 A;  5JKG A;  5LMA A;  4PMT A;  5EQP A;  3KMU A;  2WB8 A;  3PG1 A;  4D9U A;  2WQB A;  5HLW A;  4XG2 A;  2OWB A;  5EYD A;  3BYS A;  4H1J A;  3AC3 A;  1ZWS A;  5DR6 A;  2QOF A;  5CQU A;  5EK7 A;  1PME A;  4BDI A;  5HTC A;  4C61 A;  3UDS A;  4JX7 A;  1VYW A;  2P55 A;  4P5Z A;  1P2A A;  5AUY A;  3ZU7 A;  4CSV A;  4R5S A;  4CLI A;  1OKV A;  4DH8 A;  2WOT A;  3QTQ A;  2KUL A;  3QQJ A;  1GNG A;  5E1S A;  4FTU A; 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 2BAL A;  5H2U A;  2XAO A;  2XJ2 A;  4EOQ A;  5AUZ A;  5AM6 A;  4KKG A;  4S31 A;  4UZD A;  3WBL A;  3QD2 B;  3DGK A;  5DGZ A;  2GHL A;  5JMS A;  3UDZ A;  4YZD A;  3V01 A;  5A4T A;  2X7F A;  5CAN A;  4H58 A;  4J99 A;  4E6A A;  1TQM A;  4ZLO A;  3VS7 A;  4BBF A;  1OB3 A;  2CGW A;  4YJU A;  2ZDT A;  4C0T A;  3AQV A;  4F1O A;  2WQM A;  3TNW A;  3D15 A;  3PVW A;  2XJ1 A;  3HNG A;  4BI2 A;  5BVF A;  3LCT A;  3K54 A;  3Q60 A;  2ZB1 A;  1OGY A;  3FYK X;  5BMM A;  2UZB A;  2H8H A;  4R3P A;  5EDQ A;  1K2P A;  3S1H A;  1YW2 A;  4TKS A;  4XP0 A;  2A0C X;  3TDV A;  1STC E;  2RGP A;  5JGA A;  4NK9 A;  4EOP A;  1KE5 A;  2DYL A;  3DY7 A;  4YTI A;  4XP3 A;  2WMX A;  2UW3 A;  4GT5 A;  1ZYJ A;  4JDI A;  3ATT A;  4RIY B;  1CSN A;  3DJ5 A;  3UIU A;  1H1P A;  3KVW A;  3G6G A;  4HZR A;  5FQD C;  1B6C B;  4QP2 A;  2VUW A;  4FTK A;  4PMP A;  4OUC A;  3FZR A;  2OW3 A;  5AA8 A;  3I7C A;  1ZYL A;  5LXM A;  2PVL A;  3PTG A;  2WFY A;  4FNY A;  3WIG A;  4FJV A;  5KKR B;  3IGO A;  3ZRK A;  4FKV A;  4BCF A;  4NST A;  2JFM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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